UNIVERSIDADE ZAMBEZE

FACULDADE DE ENGENHARIA AGRONÓMICA E FLORESTAL

DEPARTAMENTO DE CIENCIAS GERAIS

CADEIRA: BIOQUÍMICA 2º ANO

Ficha de Apoio

Aminoacidos, Proteinas e peptideos

OBJETIVOS

Após o estudo deste capítulo, o estudante deve ser capaz de:

✓ Nomear e desenhar as estruturas dos 20 aminoácidos presentes nas proteínas.

✓ Escrever as designações de três e uma letra para cada um dos aminoácidos comuns.
✓ Listar os grupamentos ionizáveis dos aminoácidos comuns e seus valores de pKa.
✓ Calcular o pH de uma solução aquosa não tamponada de um aminoácido polifuncional e a mudança no pH que
ocorre após a adição de uma determinada quantidade de ácido ou base forte.
✓ Definir pI e indicar sua relação com a carga total em um eletrólito polifuncional.
✓ Descrever a contribuição de cada tipo de grupamento R dos aminoácidos comuns para suas propriedades
químicas.
✓ Descrever a direcionalidade, a nomenclatura e a estrutura primária dos peptídeos.
✓ Identificar a ligação em um peptídeo que exibe o caráter de dupla ligação parcial e suas consequências de
conformação em um peptídeo.
✓ Identificar aquelas ligações na estrutura do peptídeo que são capazes de livre rotação e as letras gregas usadas
para designá-las.

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PROPRIEDADES DOS AMINOACIDOS
Dentre os mais de 300 aminoácidos de ocorrência natural, vinte constituem as unidades monoméricas predominantes das
proteínas. As abreviaturas de uma e três letras para cada aminoácido podem ser utilizadas para representar os
aminoácidos nos peptídeos e nas proteínas.

Tabela 1. Propriedades quimicas dos 20 Aminoacidos presentes em proteinas.

Nome Abreviatura Simbolo Massa Ocorrência pK1 pK2 pKR
molecular media em  – COOH  – NH3+ cadeia lateral
proteinas
Glicina Gly (G) 57,0 7,1 2,35 9,78
Alanina Ala (A) 71,1 8,3 2,35 9,87
Valina Val (V) 99,1 6,9 2,29 9,74
Leucina Leu (L) 113,2 9,7 2,33 9,74
Isoleucina Ile (I) 113,2 6,0 2,32 9,76
Serina Ser (S) 87,1 6,5 2,19 9,21
Treonina Thr (T) 101,0 5,3 2,01 9,10
Tirosina Tyr (Y) 163,2 2,9 2,20 9,21 10,46 (fenol)
Cisteína Cys (C) 103,1 1,4 1,92 10,70 8,37 (sulfidril)
Metionina Met (M) 131,2 2,4 2,13 9,28
Ácido aspártico Asp (D) 115,1 5,4 1,99 9,90 3,90
 - COOH
Asparagina Asn (N) 114,1 4,0 2,14 8,72
Ácido glutâmico Glu (E) 129,1 6,8 2,10 9,47 4,07
 - COOH
Glutamina Gln (Q) 128,1 3,9 2,17 9,13
Arginina Arg (R) 156,2 5,5 1,82 8,99 12,48
(Guanidino)
Lisina Lys (K) 128,2 5,9 2,16 9,06 10,54
NH3+
Histidina His (H) 137,1 2,3 1,80 9,33 6,04 (Imidazol)
Fenilalanina Phe (F) 147,2 3,9 2,20 9,31
Tirosina Tyr (Y) 163,2 2,9 2,20 9,21
Triptofano Trp (W) 186,2 1,1 2,46 9,41
Prolina Pro (P) 97,1 4,7 1,95 10,64

QUÍMICA DE AMINOÁCIDO
Os 20 aas (aminoácidos) comumente encontrados como produtos da hidrólise de proteínas, contêm grupos - carboxilo,
um grupo amino e um grupo R distinto, substituintes ligados ao átomo de carbono ()alfa.

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Estrutural geral dos aminoácidos

O carbono dos aas (exceto da glicina) é assimétrico e assim pode existir em pelo menos duas formas esterioisoméricas.
Apenas os L-estereoisômeros, os quais estão relacionados com o L- gliceraldeído, são encontrados em proteínas.

Os aminoacidos (aas) são classificados com base na polaridade do seu grupo R. Aminoácidos monoamino-
monocarboxílicos são ácidos dipróticos (+NH3CHRCOOH) em pH baixo, menor de 5. A medida que o pH aumenta até
perto de 6, do ponto isoelétrico, o prótão da carboxila é perdido para formar a espécie polar ou Zwitterion
(+NH3CHRCOO-), a qual é eletricamente neutra. Aumentando o pH provoca a perda do segundo prótão e liberta a espécie
NH2CHRCOO-. Aminoácidos com grupos R ionizáveis podem existir em espécies iônicas adicionais, dependendo do pH.

Denominação dos Principais Aminoácidos

GRUPOS R APOLARES
GRUPO no quadro verde (característica dos aminoácidos).

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GRUPOS R APOLARES

GRUPOS R CARREGADOS NEGATIVAMENTE

GRUPOS R CARREGADOS POSETIVAMENTE

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Classificação dos aminoácidos, quanto ao grupo R, em polar, apolar, carregado negativamente e carregado
positivamente.

Os aminoacidos podem ter carga total positiva, negativa ou zero

As formas carregada e não carregada dos grupamentos ácido fraco COOH e NH3+ ionizáveis que existem em solução
em equilíbrio protônico:

Embora tanto o R_COOH quanto o R_NH3+ sejam ácidos fracos, o R_COOH é muito mais forte que o R_NH3+. Assim, em
pH fisiológico (7,4), os grupamentos carboxila existem quase totalmente como R_COO-, e grupamentos amino
predominantemente como R_NH3+. A Figura abaixo ilustra o efeito do pH sobre o estado carregado do ácido aspártico.

As moléculas que contêm um número igual de grupamentos ionizáveis de carga oposta e que, por conseguinte, não
comportam nenhuma carga global, são denominadas “zwitterions”. Os aminoácidos no sangue e na maioria dos tecidos
devem ser assim representados como em A, abaixo.

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A estrutura B não pode existir em uma solução aquosa porque, em qualquer pH suficientemente baixo para protonar o
grupamento carboxila, o grupamento amino também seria protonado. De modo similar, em qualquer pH suficientemente
alto para que predomine um grupamento amino sem carga, o grupamento carboxila estará presente como R_COO-. No
entanto, a representação sem carga B é frequentemente utilizada para as reações que não envolvem os equilíbrios
protônicos.

Os valores do pKa expressam as forças dos acidos fracos

As forças ácidas dos ácidos fracos são expressas como seus pKa. Para moléculas com múltiplos prótons dissociáveis, o
pKa para cada grupamento ácido é designado ao se substituir o subscrito “a” por um número. O grupamento imidazol da
histidina e o grupamento guanidino da arginina existem como híbridos de ressonância com carga positiva distribuída entre
os dois nitrogênios (histidina) ou por todos os três nitrogênios (arginina). A carga global de um aminoácido ê a soma
algébrica de todos os grupamentos carregados positivamente e negativamente existentes – depende dos valores do pka
de seus grupamentos funcionais e do pH do meio adjacente. Alterar a carga nos aminoácidos e em seus derivados ao
modificar o pH facilita a separação física dos aminoácidos, dos peptídeos e das proteínas.

Em seu pH isoeletrico (pI), um aminoacido não comporta carga global

Os “zwitterions” constituem um exemplo de uma espécie isoelétrica– a forma de uma molécula que possui uma
quantidade igual de cargas positivas e negativas e, dessa forma, é neutra do ponto de vista elétrico. O pH isoelétrico,
também chamado de pI, é o pH a meio caminho entre os valores de pKa para as ionizações em ambos os lados
das espécies isoelétricas. Para um aminoácido como a alanina, que possui apenas dois grupamentos dissociáveis, não
existe ambiguidade. O primeiro pKa (R_COOH) é 2,35 e o segundo pKa (R_NH3+) é 9,69. Desta maneira, o pH isoelétrico
(pI) da alanina é

Para os ácidos polipróticos, o pI também é o pH a meio caminho entre os valores da pKa em ambos os lados da espécies
isoiônicas. Por exemplo, o pI para o ácido aspártico é

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Para a lisina, o pI é calculado a partir de

Considerações similares se aplicam a todos os ácidos polipróticos (p. ex., proteínas), independentemente do número de
grupamentos dissociativos existente.

Peptideos
Os aas podem ser unidos covalentemente para formar peptídeos, através de ligações peptídicas; os peptídeos podem
formar-se também pela hidrólise incompleta de proteínas. O comportamento ácido-base de um peptídeo é função do seu
grupo amino-terminal, seu grupo carboxila-terminal e dos grupos R que ioniza. Peptídeos podem ser hidrolisados, por
enzimas como a tripsina e quimotripsina, para produzir aas.

O resíduo amino-terminal de um peptídeo pode reagir com 1-fluoro 2,4-dinitrobenzeno produzindo um derivado
característico de cor amarelo. Alguns peptídeos ocorrem livres em células e tecidos e têm funções biológicas específicas,
incluem neste processo os hormônios, antibióticos e outros agentes com intensa atividade biológica.

OS GRUPAMENTOS FUNCIONAIS DITAM AS REAÇÕES QUIMICAS DOS AMINOACIDOS

Cada grupamento funcional de um aminoácido exibe a totalidade de suas reações químicas características. Para os
grupamentos de ácido carboxílico, essas reações incluem a formação de ésteres, amidas e anidridos ácidos; para os
grupamentos amino, a acilação, a amidação e a esterificação; e para os grupamentos _OH e _SH, oxidação e
esterificação. A mais importante reação dos aminoácidos está na formação de uma ligação peptídica (sombreada)

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A sequencia de aminoacidos determina a estrutura primaria
O número e a ordem de todos os resíduos de aminoácidos em um polipeptídeo constituem sua estrutura primária. Os
aminoácidos presentes nos peptídeos são chamados de resíduos aminoacil e são denominados ao se substituir os
sufixos -ato ou -ina dos aminoácidos livres por -il (p. ex., alanil, aspartil, tirosil). Em seguida, os peptídeos são
denominados como derivados do resíduo aminoacil do terminal carboxi. Por exemplo, Lys-Leu-Tyr-Gln é chamado de lisil-
leucil-tirosil- glutamina. A terminação -ina na glutamina indica que seu grupamento _-carboxila não está envolvido na
formação da ligação peptídica.

As estruturas peptidicas sao faceis de desenhar

Prefixos como tri- ou octa- indicam peptídeos com três ou oito resíduos, respectivamente. Por convenção, os peptídeos
são escritos com o resíduo que comporta um grupamento α-amino livre à esquerda. Para desenhar um peptídeo, utilize
um zigue-zague para representar a cadeia principal ou o esqueleto. Acrescente os átomos da cadeia principal, que
ocorrem na ordem repetida: nitrogênio, α carbono e o carbono da carbonila. Agora, acrescente um átomo de hidrogênio a
cada carbono α e a cada nitrogênio do peptídeo, além de um átomo de oxigênio ao carbono da carbonila. Por fim,
acrescente os grupamentos R apropriados (sombreados) a cada átomo de carbono α.

As abreviaturas com três letras ligadas por linhas retas representam uma estrutura primária ímpar. As linhas são omitidas
para as abreviaturas de uma única letra.

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Alguns peptideos contem aminoacidos incomuns
Nos mamíferos, os hormônios peptídicos contêm, geralmente, apenas os 20 aminoácidos, geneticamente codificados
ligados por ligações peptídicas comuns. Contudo, outros peptídeos podem conter aminoácidos não proteicos, derivados
de aminoácidos proteicos ou aminoácidos ligados por uma ligação peptídica atípica. Por exemplo, o glutamato
aminoterminal da glutationa, um tripeptídeo que participa no dobramento proteico e no metabolismo de xenobióticos, é
ligado à cisteína por uma ligação não α-peptídica (Figura abaixo). O glutamato aminoterminal do hormônio liberador de
tirotropina (TRH) é ciclizado em ácido piroglutâmico, sendo que o grupamento carboxila do resíduo prolil da carboxila
terminal é amidado. Os aminoácidos não proteicos d-fenilalanina e ornitina estão presentes no peptídeo cíclico dos
antibióticos tirocidina e gramicidina S, enquanto os opioides heptapeptídicos dermorfina e deltoforina, da pele das
pererecas da América do Sul, contêm d-tirosina e d-alanina.

FIGURA: Glutationa (δ-glutamil-cisteinil-glicina). Observe a ligação peptídica não α que liga a Glu à Cys.

Os peptideos são polieletrolitos

A ligação peptídica não tem carga em qualquer pH de interesse fisiológico. A formação de peptídeos a partir de
aminoácidos é, portanto, acompanhada por uma perda global de uma carga positiva e uma carga negativa por ligação
peptídica formada. Apesar disso, os peptídeos possuem carga no pH fisiológico devido a seus grupamentos carboxila e
amino terminais e, quando presentes, por seus grupamentos R ácidos ou básicos. Da mesma maneira que para os
aminoácidos, a carga total em um peptídeo depende do pH de seu ambiente e dos valores de pKa de seus grupamentos
dissociativos.

A ligação peptidica tem um carater de dupla ligação parcial

Embora os peptídeos sejam escritos como se uma ligação simples ligasse os átomos de carboxila e nitrogênio, essa
ligação exibe, na realidade, um caráter de ligação dupla parcial:

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Desta maneira, não há liberdade de rotação em torno da ligação que une o carbono da carbonila e o nitrogênio de
uma ligação peptídica. Por conseguinte, os átomos O, C, N e H de uma ligação peptídica são coplanares. A semirrigidez
imposta da ligação peptídica traz importantes consequências para a maneira pela qual os peptídeos e as proteínas se
dobram para gerar estruturas de ordem superior. As setas marrons circulares (Figura abaixo) indicam a rotação livre em
torno das ligações remanescentes da estrutura polipeptídica.

PROTEÍNAS

Proteínas são moléculas que consistem em uma ou mais cadeias polipeptídicas. Esses polipeptídeos
apresentam um comprimento variável, indo de aproximadamente 40 a aproximadamente 34.000 resíduos de
aminoácidos (embora poucos tenham mais de 1.500 resíduos) e, uma vez que a massa média de um resíduo de
aminoácido é aproximadamente 110 D, apresentam massas moleculares que variam entre aproximadamente 40
e 3.700 kDa.

Principais Funções
As proteínas exercem funções cruciais em todos os processos biológicos, algumas das principais funções são:
1 - catálise enzimática. As proteínas catalisam tanto as reações complicadas, como as simples. Ex: replicação de todo um
cromossomo ou hidratação do dióxido de carbono, respectivamente. As enzimas aumentam a velocidade das reações em
até um milhão de vezes. Todas as enzimas conhecidas são proteínas.
2 - transporte e armazenamento. Moléculas e iontes são transportados por proteínas específicas. Ex: hemoglobina
transporta o oxigênio nas hemácias, a mioglobina transporta oxigênio nos músculos e a transferrina transporta o ferro no

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plasma sangüíneo.
3 - movimento coordenado. As proteínas são o principal componente do músculo. A contração muscular é normal, quando
dois tipos de filamentos protéicos, estão presentes.
4 - sustentação mecânica. a alta força de tensão da pele e do osso é devida à presença de colágeno, uma proteína
fibrosa.
5 - proteção imunitária. Anticorpos são proteínas altamente especificas que reconhecem e se combinam com substâncias
estranhas tais como vírus, bactérias e células de outro organismo.
6 - Geração e transmissão de impulsos nervosos. A resposta das células nervosas a estímulos específicos é afeta através
de proteínas receptoras. Ex: a rodopsina é a proteína sensível à luz nos bastonetes da retina; a acetil-colina, é
responsável pela transmissão de impulsos nervosos nas sinapses, (nas junções entre as células nervosas).
7 - controle do crescimento e da diferenciação. A expressão seqüencial controlada da informação genética é essencial
para o crescimento e a diferenciação ordenada das células. Ex: o fator de crescimento de nervos guia a formação de
redes neurais. As atividades celulares são coordenadas por hormônios; como a insulina e o hormônio estimulante da
tireóide, são proteínas. Proteínas servem em todas as células como sensores que controlam o fluxo de energia e de
matéria.

As proteínas são constituídas a partir de um repertório de 20 aas, que podem ou não serem ligados por ligações
peptídicas para formar cadeias polipeptídicas, sendo estas cadeias ramificadas ou não. As seqüências particulares de aas
são especificadas por genes, que podem vir a forma algumas das mais importantes estrutura molecular – DNA. Se uma
proteína for submetida a modificação ou clivagem molecular, isto lhe conferira uma nova capacidade molecular de
interação com o meio. Sendo que as cadeias peptídicas podem se dobrar em estruturas regulares, tais como a-hélice.
Essas conformações só são possíveis devido algumas características das proteínas em fazer determinados tipos de
ligação como, por exemplo, ligação de pontes de hidrogênio, ligação iônica e ligação de Vander Waals.

Outra característica das proteínas é a solubilidade. Estas, quando são hidrossolúveis, têm a capacidade de se envolvem
em estruturas compactas com o interior apolar, tornando-se solúvel em meio polar. E quando, as proteínas, projetam para
o interior de sua estrutura molecular, a parte polar, estas têm agora uma capacidade de interagir com o meio apolar.
Desta forma as proteínas podem ter várias conformações estruturais, a qual pode lhe conferir diferentes tipos de
atividades, estas conformações ou níveis básicos de estruturas, são descritos em quatro níveis de estruturas.

Estruturas das Proteínas

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Estrutura primária – Sendo formada por meio das ligações lineares entre os aas.
Estrutura secundária – refere-se ao arranjo espacial de radicais de aas que estejam perto um do outro na seqüência
linear (estrutura primária). Algumas dessas relações estéricas são de um tipo regular, dando origem a uma estrutura
periódica. Ex: a -hélice e a fita são elementos de estrutura secundária;
Estrutura terciária - refere-se a ligação entre os arranjos espacial de radicais de aas que estão próximos na seqüência
linear. A proteína que contêm mais de uma cadeia polipeptídica em tal proteína, esta cadeia extra é denominada de
subunidade.
Estrutura quaternária – refere-se ao arranjo espacial de subunidades e à natureza de sues contatos. Ex: a hemoglobina
é constituída de duas cadeias a e duas b; as interfaces das subunidades nesse tetrâmero participam na transmissão de
informações entre centros de ligação distantes para O2, CO2 e H+. A seqüência de aas de uma proteína é que determina
sua estrutura tridimensional, sendo as ligações específicas e as alterações estruturais a essência das ações das
proteínas.

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