Enzimas: estrutura, cinética e regulação

Prof. Leonardo M. Cruz

Dpto. De Bioquímica e Biologia Molecular
Universidade Federal do Paraná (UFPR)
Estrutura de enzimas
 Enzimas são catalisadores
altamente específicos
Proteases

peptídio Componente Componente

carboxílico amino

Tripsina

Trombina
Sítio de hidrólise
Sítio de hidrólise
 Relação entre
estrutura e especificidade
Dihidrofolato redutase Complexo
(enzima) enzima-substrato
NADP+
(substrato)
Sítio ativo

tetrahidrofolato

O substrato se liga em uma fenda na

estrutura da enzima (sítio ativo), provocando
mudança na conformação (ajuste induzido)
 A natureza das enzimas
● A maior parte das enzimas são proteínas
● Alguns RNA também possuem atividade catalítica (ribozimas)
● Muitas enzimas requerem auxílio de diferentes grupos químicos
● Cofatores – um ou mais íons inorgânicos
– Ex., Fe2+, Mg2+, Mn2+ e Zn2+
● Coenzimas – moléculas orgânicas ou metalorgânicas complexas
– Atuam como um transportador transitório de grupos funcionais específicos
– A maioria é derivado de vitaminas e nutrientes orgânicos
● Grupo prostético – caso particular de uma coenzima ou íon metálico que
está fortemente ou covalentemente ligado à enzima
 Nomenclatura das enzimas
✔ EC – Enzyme Commission (www.chem.qmul.ac.uk/iubmb/enzyme) – acordo
internacional para nomenclatura das enzimas.
✔ Divide as enzimas em 6 classes, baseado no tipo de reação catalizada.

✔ As classes são subdivididas até o quarto nível e a enzima recebe um nome

sistemático que identifica a reação catalizada.

✔ Ex.: ATP + D-glicose → ADP + D-glicose 6-fosfato

- nome sistemático: ATP:glicose fosfotransferase; nome comum: hexoquinase

- Transfere o grupo fosfato do ATP para a glicose
- EC 2.7.1.1
(2) Classe transferase
(7) Subclasse fosfotransferase
(1) fosfotransferase com um grupo hidroxil como aceptor
(1) D-glicose como o aceptor do grupo fosforil

Classe Tipo de reação catalisada

1. Oxidoredutases Oxidação – redução; transferência de elétrons
2. Transferases Transferência de grupos químicos
3. Hidrolases Hidrólise; transferência de grupos químicos para a água
4. Liases Formação/quebra de dupla ligação por remoção ou
ligação de grupos químicos
5. Isomerases Isomerização; transferência interna de grupos químicos
6. Ligases Formação de ligações C–C, C–S, C–O e C–N por reações
de condensação acopladas a hidrólise de ATP
 Como as enzimas agem
Estrutura da quimotripsina

Sítio ativo
O sítio ativo constitui
um bolsa na estrutura
da enzima onde irá
ocorrer a reação
substrato

Aminoácidos do O substrato se liga ao sítio ativo,

sítio ativo que formando um complexo enzima-
ligam o substrato substrato.

A energia derivada da interação

deste complexo é chamada
energia de ligação (ΔGB) e é um
importante fator no mecanismo de
ação das enzimas.
A velocidade da reação é afetada,
não o seu equilíbrio
Uma reação do ponto de vista da termodinâmica
– a formação do produto é favorecida e a reação
é espontânea ΔG = energia livre (“útil”)
ΔG‡ = energia de ativação
S‡ = estado de transição

A reação é acelerada, atingindo

o equilíbrio mais rapidamente

O equilíbrio da reação não é

alterado

A reação é acelerada através

da diminuição da energia de
ativação
 Como as enzimas
catalisam suas reações?
 Ajuste induzido

A ligação do substrato a enzima induz

a uma mudança conformacional,
necessária para posicionar grupos
específicos na enzima para a catálise.
Cinética enzimática
 Modelo cinético de
Michaelis-Menten

k1 = constante de velocidade da formação de ES

k-1 = constante de velocidade de dissociação de ES
E = enzima livre k2 = constante de velocidade da formação de P
S = substrato
ES = complexo enzima-substrato
P = produto
[S]
V 0=V max⋅
[ S] K m
Determinação da velocidade da reação
em estágios bem iniciais, quando ainda
muito pouco produto está sendo formado.

k 2k −1
K m=
k1
Km é equivalente a [S] na
qual a V0 é metade da Vmax
Equilíbrio na formação
do complexo ES em
três concentrações
diferentes de substrato

E + S ↔ ES

Aumento na [S]
aproxima a
reação da Vmax
 Medindo Vmax e KM
Gráfico do duplo recíproco
Inclinação = Km/Vmax

1 Km 1 1
= ⋅ 
V 0 V max [S ] V max

Medindo a velocidade inicial em diferentes

[S], podemos calcular Vmax e Km.
 Número de renovação
ou turnover (kcat)

V max
k cat =
[ Et ]

E t =E + ES Et = enzima total

kcat é a constante catalítica que mede a quantidade máxima de produto gerado

por molécula de enzima em uma determinada unidade de tempo.
 Eficiência catalítica
k cat
Km

A relação entre kcat/Km é interpretada como a eficiência catalítica de

uma determinada enzima frente a um determinado substrato.

A relação entre kcat/Km pode variar para a mesma enzima frente a

diferentes substratos.
 Valores de
eficiência catalítica (kcat/Km)

Enzima Substrato kcat Km kcat/Km

Acetilcolinesterase Acetilcolina 1,4 x 104 9,0 x 10-5 1,6 x 108
Anidrase carbônica CO2 1,0 x 106 1,2 x 10-2 8,3 x 107
HCO3- 4,0 x 105 2,6 x 10-2 1,5 x 107

Catalase H2O2 4,0 x 107 1,1 x 100 4,0 x 107

Crotonase Crotonil-CoA 5,7 x 103 2,0 x 10-5 2,8 x 108
Fumarase Fumarato 8,0 x 102 5,0 x 10-6 1,6 x 108
Malato 9,0 x 102 2,5 x 10-5 3,6 x 107
β-lactamase Benzilpenicilina 2,0 x 103 2,0 x 10-5 1,0 x 108
Inibição enzimática
Inibição competitiva

Com aumento na [I]:

Vmax constante
Km aumenta
 Inibição não competitiva

Com aumento na [I]:

Vmax diminui
Km constante
Efeito do pH no controle da
atividade enzimática
A influência do pH pode ocorrer
devido a:

a) alteração do estado de
ionização de grupos catalíticos
essenciais (imidazol, carboxila,
amino);

b) mudança conformacional da
enzima.
Regulação Enzimática
 Vias
metabólicas

No metabolismo celular, grupos

de enzimas trabalham em
sequência para executar um
dado processo.

Em tal sistema, o produto de uma

reação enzimática se torna o
substrato para a próxima.
 Regulação do metabolismo
● A maioria das enzimas que atuam nas vias
metabólicas seguem a cinética de Michaelis-Menten
● Entretanto, cada via metabólica inclui uma ou mais
enzimas regulatórias
● Exibem aumento ou diminuição na atividade catalítica em
resposta a certos sinais
● Possuem um grande efeito na velocidade de toda a via
metabólica
● Permitem a célula ajustar o metabolismo para as suas
necessidades energéticas e de síntese de biomoléculas
 Enzimas regulatórias
● A atividade das enzimas regulatórias são
moduladas de diferentes formas:
● Regulação alostérica – ligação não covalente
reversível de compostos reguladores
(moduladores ou efetores alostéricos)
● Modificação covalente reversível
● Estímulo ou inibição por ligação a proteínas
reguladoras
● Ativação quando segmentos peptídicos são
removidos por clivagem proteolítica
 Enzimas alostéricas
Sofrem mudança conformacional em
resposta a ligação do modulador. Substrato

O modulador pode estimular ou inibir Modulador positivo

a atividade da enzima.
Enzima menos ativa
Enzima alostérica homotrópica –
o próprio substrato é o modulador.

Enzima alostérica heterotrópica –

o modulador é diferente do
Enzima mais ativa
substrato.

Complexo
Sítio ativo – ligação do substrato enzima-substrato
Sítio alostérico – ligação do modulador
 Regulação alostérica
baseada na estrutura
Enzimas alostéricas possuem diversas subunidades

Subunidades
regulatórias
Subunidades
catalíticas

90o

Aspartato transcarbamoilase

Geralmente a ligação de um modulador altera a conformação

da enzima e facilita a entrada de outros moduladores.
Inibição por feedback
A enzima regulatória é inibida pelo
produto final da via metabólica.

O restante das reações na via

metabólica também serão inibidas
devido a diminuição na concentração
do substrato.
 Enzima homotrópica
Normalmente o substrato funciona Efeito de um
também como um ativador. modulador:
Também atinge um Vmax constante
ponto de saturação k0.5 alterado

Modulação
menos comum:
Vmax alterada
k0.5 constante
Não pode ser
considerado
como uma Km

Enzimas heterotrópicas não possuem um padrão

para o gráfico de saturação com substrato.
 Regulação por
modificação covalente
● Outra importante classe de enzimas
regulatórias são moduladas por modificação
covalente
● Grupos químicos são ligados e removidos
das enzimas regulatórias por outras enzimas
Modificações covalentes
Zimogênios

Zimogênio:

- Termo usado para proteases.

- Precursor inativo de uma enzima.
- É clivado para formar a enzima ativa.
- Esta ativação é irreversível.