A dúvida é um momento importante do método. A partir dela, recusamos todas as
crenças em que notarmos a mínima suspeita de incerteza. Segundo Descartes (2005), para examinar a verdade é necessário colocar todas as coisas em dúvida. Com efeito, a dúvida é posta ao serviço da verdade. É necessário colocar tudo em causa, no processo de busca dos princípios fundamentais e indubitáveis. A dúvida justifica-se por causa de preconceitos e dos juízos precipitados; porque os sentidos muitas vezes nos enganam; dado que não dispomos de um critério que nos permite discernir o sonho de vigília; uma vez que alguns se enganaram nas demonstrações matemáticas; pois há a possibilidade de existir um deus enganador, ou um génio maligno, que nos ilude a respeito da verdade. Esta última hipótese de existir um deus enganador condena-nos a uma situação sem saída, isto é, o entendimento humano é de tal natureza que se engana sempre. Para além das causas, verificam-se também certas características da dúvida, tais como a metódica e provisória, ou seja, é um método para atingir a certeza e a verdade, não constituindo um fim em si mesmas; a hiperbólica, isto é, rejeita como se fosse falso tudo aquilo em que se note a mínima suspeita de incerteza; a universal e radical, incide sobre o conhecimento geral, os seus fundamentos e as suas raízes. Em síntese, a dúvida é um exercício voluntário e uma suspensão do juízo. Tem uma função catártica, já que liberta o espírito dos erros.
(A teoria do erro e as três substâncias: 1ª parte)
A vontade torna-se necessária para darmos consentimento aos juízos que o entendimento formula. Segundo Descartes (1988), os erros provêm da vontade, pois tem um campo mais amplo que o entendimento e é indiferente às coisas, derivando do bem e do bom. Explane que, quando não temos a certeza do que é verdadeiro, nos abstemos, a fim de não nos enganarmos. Porém, quando se afirma ou nega, utiliza-se o arbítrio livro e “(...) se me inclino para o lado falso, engano-me totalmente; se, ao contrário, abraçar o outro lado, pode ser que por acaso encontre a verdade (...)” não se está isento da culpa, pois é manifesto que o “conhecimento do entendimento deve proceder sempre a determinação da vontade”.