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QUESTIONÁRIO TUTORIAL DAS AULAS DE PROTEÍNAS - 3º Fase

Professor César M. Baratto

1. Por quê as células não contém milhões de diferentes proteínas inúteis mesmo que as
mutações poderiam levar a isso?
Resp.: A célula como unidade funcional nos organismos vivos criou a capacidade de produzir
moléculas. As proteínas possuem uma infinita sequencia de aminoácidos, até 100.000 tipos numa
única célula, com função. Todavia, a célula só vai produzir o que for importante pra ela, senão
tiver função, importância, a célula simplesmente não possui!
A estrutura tridimencional e a função da maioria das proteínas podem ser destruídas pela
desnaturação, demonstrando uma intrínseca relação entre estrutura e função. Algumas proteínas
desnaturadas podem renaturar espontaneamente para formar proteínas biologicamente ativas,
mostrando que as estruturas terciárias são determinadas pela sequencia de aminoácidos.
Diante disso, não surpreendemente, as células também elaboram (todas) vias de reciclagem e ou
degradação de proteínas irreversivelmente deformadas.

2. Quando ocorre uma mutação de um gene e em conseqüência há a produção de proteínas


com má conformação pela substituição de um aminoácido. Cite as duas principais
propriedades que os aminoácidos devem apresentar, que pela substituição, levaram à má
conformação.
Resp.: Cada tipo de proteína possui uma sequencia de aminoácidos única que confere uma
determinada estrutura tridimensional. Essa estrutura, por sua vez, confere à proteína uma função
específica.
Diferenças na função de proteínas resultam de diferenças na composição e na sequencia de
aminoácidos (estrutura primária). Algumas variações na sequencia de aminoácidos podem
ocorrer em uma proteína particular, com pouco ou nenhum efeito em sua função. Todavia, o
defeito pode variar de uma simples troca na sequencia de aminoácidos (como na anemia
falciforme) até a deleção de uma porção maior na cadeia polipetídica (como na maior parte dos
casos da distrofia muscular de Duchenne: uma grande deleção no gene que codifica a proteína
distrofina leva à produção de uma proteína encurtada e inativa.

3. Quais as principais ligações ou forças que estabilizam a estrutura das proteínas?


Descreva-as. Quais tipos estabilizam as estruturas primária, secundária, terciária e
quaternária das proteínas?
Resp.: Seja a própria interação da proteína com a cadeia polipeptídica ou da proteína com outras
moléculas, são os tipos de interações básicas que ocorrem nas biomoléculas: interações iônicas,
ligação de hidrogênio, ligação hidrofóbica, forças de Wan der Walls. Todas elas vão estar
interagindo conforme o tipo de aminoácido que esta cadeia polipeptídica está trazendo.
Estrutura primária: ligações peptídicas.
Estrutura secundária: Ligações de hidrogênio ou pontes de hidrogênio entre átomos só da
cadeia principal, grupo cetônico com o hidrogênio do grupo imino. Combinação de proteínas com
estrutura ∞-hélice e Folha- β.
Estrutura terciária: leva em consideração a distribuição,ou seja, o arranjo tridimensionalde
TODOS os átomos da proteína, incluindo da cadeia lateral dos aminoácidos e grupos prostéticos.
Interações: todos os tipos, ligações de hidrogênio, hidrofóbricas, Wan der Walls, ligações iônicas,
dissulfeto, etc.
Estrutura quaternária: arranjo de proteínas constituídas por mais de umasub-unidade, a maioria
entre 2-12. Tipos de interações: elas interagem entre si, interações não-covalentes, pontes
dissulfeto mantendo a estrutura quaternária. Na verdade pode haver todos os tipos de interações,
incluindo interações de grupos prostéticos.

4. Cite algumas das principais diferenças entre as formas de -hélice e de folha  em uma
estrutura secundária.
Resp.:
-hélice: ela forma uma estrutura helicoidal como uma mola. Nessa estrutura o esqueleto
polipeptídico é firmemente enrolado em torno deum eixo imaginário desenhado logitudinalmente
no centro da hélice, e os grupos R dos resíduos de aminoácidos se projetam para fora do
esqueleto helicoidal. Se fôssemos estender a molécula e ela ficasse como um fio estendido, os
átomos ficariam um longe do outro, na verdade quando ela está distribuída na forma helicoidal os
átomos que antes estariam longe, ficam bem mais próximos, aí o grupo ceto e o grupo imino
também irão ficar próximos, sendo a partir destas ligações de hidrogênio a manutenção da
estrutura -hélice. Considerar à manutenção desta estrutura:
Flexibilidade: rotação entre um aminoácido e outro, ligação do C- e o N. Esses aminoácidos
podem fazer rotação com o grupo C- eo grupo carboxílico e o C- com o gupo amino. Essa
flexibilidade permite que o aminoácido ao invéz dele ser distribuído como um fio distendido,
pode ir enrolando, ele pode dar voltas e manter essa estrutura helicoidal que é o que compõe a
estrutura secundária.
2º detalhe: no caso da -hélice, cada volta de hélice é formada por 3,6 residuos de aminoácidos e,
graças a essas voltas, pode-se ter um grupo ceto em frente ou muito próximo do grupo imino,
fazendo uma ligação de hidrogênio.
3º detalhe: proximidade de aminoácidos com a mesma carga. Como a cadeia precisa dar voltas,
os aminoácidos ficam muito próximos. Se átomos com a mesma carga muito próximos ocorre
repulsão.
4º detalhe: para poder fazer -hélice eu tenho que fazer voltas, chama-se voltas reversas e aí
então, a Glicina normalmente tem que ser encontrada nesta região para facilitar as voltas, porque
a cadeia lateral da Gly é só 1 hidrogênio (pequena) Pro (estrutura cíclica) em determinados tipos
de voltas o aminoácido fica com uma conformação curva.

Folha-: estrutura completamente diferente da -hélice, conformação . Essa é uma


conformação mais estendida das cadeias polipeptídicas, e sua estrutura é de novo definida pelos
esqueletos dos átomos arranjados de acordo com grupo característico de ângulos diedro. Na
conformação , o esqueleto da cadeia polipeptídica está estendido em forma de zigue-zague, ao
invés de estrutura helicoidal. O arranjo de vários segmentos lado a lado, os quais estão na
conformação  é chamado de Folha-.
A estrutura em zigue-zague dos segmentos polipeptídicos individuais dá origem a uma aparência
pregueada da folha em geral. As ligações de hidrogênio são formadas entre segmentos adjacentes
da cadeia polipeptídica, dentro da folha.
As cadeias polipeptídicas adjacentes em uma folha  podem ser tanto paralelas quanto anti-
paralelas, as ligações de hidrogênio intersegmentadas são alinhadas na folha  antiparalela.
Forças que mantém a estrutura: ligações de hidrogênio entre os grupo imina e grupo ceto: N-H e
C=O da cadeia principal, sem levar em conta a cadeia lateral

5. O que são estruturas supersecundárias? Cite alguns tipos formados pela -hélice e folha .
Resp.: A estrutura supersecundária, também chamado de motivos ou enovelamentos, diz-se à
combinação de proteínas com estrutura -hélice e de folha . Um motivo ou enovelamento é um
padrão de enovelamento identificável, envolvendo dois ou mais elementos da estrutura
secundária e a conexão ou conexões entre eles.
Observa-se que a estrutura supersecundária Não é um elemento estrutural hierárquico que fica
entre a estrutura secundária e a terciária. Ela é simplesmente um padrão de enovelamento.
A estrutura supersecundária pode ou não ser estável independentemente. A estrutura
supersecundária bem estudada, a espiral enrolada da estrutura da -queratina, também encontrada
em outras proteínas. O arranjo característico de oito hélices  na mioglobina é reproduzido em
todas as globinas e é chamado de enovelamento de globina.
Estrutura supersecundária pode ser muito simples, tal como dois elementos de estrutura
secundária dobrados um sobre o outro e representa apenas uma pequena parte de uma proteína,
exemplo é a alça Unidade --, Unidade -.
Estrutura supersecundária com estrutura bem elaborada, envolvendo um grande número de
segmentos proteicos dobrados juntos, como exemplo o barril  (é o único domínio da -
hemolisina (toxina que mata a célula, criando um orifício em sua membrana) da bactéria
Staphylococcus aureus.

6. Que propriedades comuns apresentam a -hélice e de folha  que tornam estas construções
universais nas proteínas?
Resp.:
A estrutura secundária descreve a conformação de porções da cadeia polipeptídica. O termo
conformação refere-se ao arranjo tridimensional dos átomos da molécula. Estudos concluíram
que as cadeias polipeptídicas apresentam uma conformação que permite o número máximo
possível de pontes de hidrogênio entre os aminoácidos. Duas conformações foram propostas:
-hélice: grupamentos laterais podem interagir entre si através de ligações não-covalentes fracas.
Essa interação permite que a sequência de aminoácidos se dobre, exceção cisteína. Esta
associação permite que a sequência de aminoácidos se enovele, ou seja, se dobre para formar as
estruturas tridimensionais (Toda matéria ocupa um espaço e tem uma estrutura tridimensional)
que vai inferir uma série de propriedades e características funcionais às proteínas, principalmente
sua capacidade de interagir com outras moléculas – estrutura helicoidal formada pelas Pontes
de Hidrogênio N-H e C=O (intra-cadeia) dos grupamentos amino e carboxila dos
aminoácidos. A ponte de hidrogênio se forma com o oxigênio da carboxila com o hidrogênio da
amida do 4º aminoácido subsequente.
folha  - consiste em vários segmentos de polipeptídios dispostos lado a lado, com estrutura
linear – conformação pregueada ou dobrada. Também caracterizada pelo grande número de
pontes de hidrogênio N-H e C=O (entre-cadeias) dos grupamentos amino e carboxila dos
aminoácidos, neste caso, não perpendiculares ao eixo da cadeia polipeptídica e projetam-se de
uma parte da cadeia à outra.
Relação com as estruturas terciárias e quaternárias:
A estrutura terciária é a combinação entre várias -hélice e de folha  (estrutura secundária),
podendo ser somente -hélice, folha  ou ambas.
A estrutura quaternária por sua vez é a combinação entre várias estruturas terciárias formando
estruturas diméricas, triméricas, tetraméricas, etc.

7. “A diferença entre a lã e a seda é a diferença entre as estruturas helicoidais e a de folha


pregueada”. Esta afirmação é válida? Justifique.
Resp.: Sim.
Lã: as unidades estruturais principais da fibra polipeptídica da lã (-queratina) são sucessivas
voltas da hélice . Logo, a conformação é -hélice – estrutura helicoidal, espiral mantida por
ligações não-covalentes fracas, ela pode ser estendida em comprimento e estará sujeita à forças
que a puxam - características do fio de lã, quando as fibras são puxadas as pontes de hidrogênio
são rompidas e as fibras se estendem. Na ausência de tensão as fibras encurtam e voltam ao seu
comprimento original.
Seda: a fibroína, proteína da seda é produzida por insetos e aranhas. Suas cadeias polipeptídicas
estao predominantemente na conformaçao , folha pregueada. Em função da estrutura  ser
estendida, a folha pregueada  é resistente à tensao, as fibras da seda não aumentam seu
comprimento por causa de sua arquitetura características.

8. Roupas de lã encolhe quando lavas em água quente, mas roupas de seda não. Explique o
porquê, baseando-se nas respectivas estruturas que são compostas.
Resp.: A lã processada encolhe quando as cadeias polipeptídicas são convertidas da
conformação  (submetidas à tensão estendida para a conformação nativa de hélice  na presença
de calor úmido.
A estrutura da seda - folha pregueada , com suas pequenas cadeias laterais de aminoácidos bem
empacotados – é mais estável à tensão do que a lã.

9. Por que a prolina é frequentemente encontrada em sítios onde a cadeia polipeptídica se curva
em ângulo fechado na mioglobina e na hemoglobina?
Resp.: A mioglobina e a hemoglobina são globinas” – família de proteínas de ligação ao
oxigênio. A maioria atua no armazenamento ou no transporte de oxigênio. Mioglobina
particularmente abundante nos músculos e a hemoglobina responsável pelo transporte de
oxigênio na corrente sanguínea.
A interação entre ligante não é tão simples, a interação é muito afetada pela estrutura da
proteína e com frequência é acompanhada por mudanças conformacionais. Por exemplo, a
especifidade com a qual o heme interage com seus diversos ligantes, explicada parcialmente por
impedimento alostérico (alosteria). Quando o O2 se liga ao heme livre o eixo da molécula de
oxigênio é posicionado em um ângulo em relação à ligação Fe-O. Essa interação também
depende dos movimentos moleculares na estrutura da proteína. A molécula de heme está
profundamente enterrada no polipeptídio dobrado, sem um caminho direto para o transito do
oxigênio da solução circundante para o sitio de interação com o ligante.
Simulações em computador de flutuações estruturais rápidas da mioglobina sugerem que existem
muitas dessas vias. Uma das principais é a rotação da cadeia lateral da His. A hemoglobina tem
uma curva de ligação com o O2 híbrida em forma de S ou sigmoide.
A estrutura de ambas as proteínas são muito similares nas estruturas primária, secundária
e terciária – conformações do tipo  e .
Prolinas não participam da estrutura em -hélice. A cadeia lateral da prolina forma um anel.
Todos os outros aminoácidos são abertos, cadeia aberta. A Prolina vai inibir a -hélice:
1º Fator- A prolina vai restringir a rotação devido a formação de anel da ligação C- com o N
(grupo amino). Para poder dar voltas, giros numa cadeia polipeptídica precisa de rotação;
2º Fator – para poder fazer a força que mantém a estrutura secundária de -hélice é a presença da
ligação H, a ligação vem de um grupo ceto de um aminoácido que se liga com o grupo imino com
o H ligado ao N. Na prolina, o aminoácido perde o H interrompendo o ciclo de transporte do
oxigênio na corrente sanguínea.

10. A glicina é um resíduo de aminoácido altamente conservado em proteínas (encontrado na


mesma posição da estrutura primária de proteínas relacionadas). Sugira uma razão para este fato.
Resp.: Porque a Glicina é uma molécula muito pequena, de estrutura muito simples, sua cadeia
lateral é apenas um hidrogênio. Não possui Carbono Central (aquiral). Por essas características a
molécula encaixa em locais pequenos.
Embora seja mais facilmente agrupada com os aminoácidos apolares, sua cadeia lateral muito
pequena não contribui realmente para interações hidrofóbicas.

11. Por que altas concentrações de uréia desnaturam proteínas? Explique o processo químico
relacionando a uréia, proteína, água e pontes de hidrogênio.
Resp.: Solvente orgânico, a uréia atua principalmente rompendo as interações hidrofóbicas que
mantem o núcleo estável das proteínas globulares. A ureia também rompe as ligações de
hidrogênio.

12. Quais das seguintes seqüências são corretas. Justifique sua resposta.
a) Uma folha  pode conter até cinco fitas. CORRETO.
Nas cadeias  são especialmente comuns as unidades estruturais constituídas de duas a
cinco fitas  paralelas ou antiparalelas.
b) As possibilidades de arranjo de aminoácidos são tão vastas que novas proteínas quase
nunca evoluem por alterações já existentes.

c) As proteínas são tão extraordinariamente diversas porque cada uma delas é feita de uma
única mistura de aminoácido que podem ser ligadas de maneira aleatória. FALSO.
O que diferencia uma proteína da outra é a sequencia de aminoácidos, ou seja, cada um no
seu devido lugar é que faz com que a proteína tenha função específica. A ordenação dos
aminoácidos é determinada pelo DNA.

d) A cauda hidrofobica da molécula de fosfolipídeos formam pontes de hidrogênio.


CORRETO.
Os fosfolipídios, dispostos em uma bicamada, compõem o tecido básico da membrana
plasmática. Eles são bem adequados a esta função, porque eles são anfifílicos, ou seja,
eles têm regiões hidrofílicas e hidrofóbicas. Essa característica permite que esses lipídios
separem meios aquosos, como o meio intra e extracelular, pela forma como se posicionam
na membrana plasmática. A cauda é hidrofóbica e a cabeça é hidrofílica.

e) Muitos aminoácidos possuem cadeias laterais hidrofóbicas. CORRETO.


A polaridade das cadeias laterais (Grupo R) varia amplamente, de apolar e hidrofóbico ao
altamente polar e hidrofílico.

f) As proteínas podem ser formadas por até 20 aminoácidos, mas outros aminoácidos in
comuns podem se derivados destes. CORRETO.
As proteínas de cada organismo, da mais simples das bactérias aos seres humanos, são
construídas a partir do mesmo conjunto onipresente de 20 aminoácidos. Como cada um
desses aminoácidos tem uma cadeia lateral com propriedades químicas características,
esse grupo de 20 moléculas precursoras pode ser considerado o alfabeto no qual a
linguagem da estrutura protéica é lida.

g) Aminoácidos podem formar peptídeos hormonais e ainda neurotransmissores.


CORRETO.
Os peptídeos apresentam importantes funções no nosso organismo. Alguns funcionam
como hormônios, outros como neurotransmissores, analgésicos e até antibióticos. Em
razão de suas importantes propriedades, os estudos científicos nessa área são amplamente
realizados e a síntese desses compostos em laboratório é cada vez mais frequente.