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Instalação de programas
- Abertura do Terminal
ls listar listar arquivos da pasta
cd mudar de pasta
cd .. Retornar à pasta anterior
///
Escolher campo de
força e modelo de água
1 2 3
Pegar estrutura no PDB Avaliar estrutura se está Gerar o arquivo “.gro”
pronta para ser (específico para o
utilizada gromacs)
Minimizar energia no
vácuo
Steepest Descent
3 4 5
Gerar o arquivo “.gro” Criar caixa Minimizar a energia do
(específico para o dodecaédrica sistema
gromacs)
Chama a função
Arquivo de
que precisamos: Tamanho da Saída: proteína
entrada “.gro” Tipo da caixa
editar o sistema caixa (nm) dentro da caixa
Minimizar energia do
sistema solvatado
Steepest Descent
5 6 7
Minimizar a energia Solvatar a caixa Minimizar a energia
do sistema inserindo solvente do sistema
Chama a função
Arquivo de entrada
que precisamos: Saída: proteína
ptn minimizada na Modelo de Arquivo de
solvatar o dentro da caixa
caixa água topologia
sistema e solvatada
Minimizar energia do
sistema neutralizado
Conjugate Gradient
7 8 9
Minimizar a energia do Neutralizar a carga da Minimizar a energia do
sistema proteína sistema
Chama a função
Arquivo de entrada Saída: proteína
que precisamos: Concentração Arquivo de
ptn solvatada c cargas
Neutralizar as salina topologia
minimizada neutralizadas
caargas
NVT
Inserção de Temperatura
Pressão Fixa
gmx grompp -f in.NVT.mdp -c protein. ion.min2.gro -p topol.top -o protein.NVT.tpr
NPT
Temperatura equilibrada
Inserção de Pressão
gmx grompp -f in.NPT.mdp -c protein.NVT.gro -p topol.top -o protein.NPT.tpr
Avaliar RMSD
Temperatura no NVT
gmx energy -s protein.NVT.tpr -f protein.NVT.edr -o temperature.NVT.xvg
xmgrace temperature.NVT.xvg
Temperatura no NPT
gmx energy -s protein.NPT.tpr -f protein.NPT.edr -o temperature.NPT.xvg
xmgrace temperature.NPT.xvg
Pressão no NPT
gmx energy -s protein.NPT.tpr -f protein.NPT.edr -o pressao.NPT.xvg
xmgrace pressao.NPT.xvg
RMSD – Passo NVT
gmx rms -s protein.NVT.tpr -f protein.NVT.xtc -tu ns -o RMSD.NVT.xvg
Visualizar os gráficos
xmgrace RMSD.NVT.xvg RMSD.NPT.xvg
Equilibrar a proteina
RELAXAMENTO:
Liberação da proteina
nohup python Equ.py > equilibration.out &
Libera o terminal
Série de
durante o
etapas de Log de cálculo
cálculo
liberação
1
3
4
6
Analisar o
Relaxamento da
proteína
Concatenar trajetórias
gmx trjcat -f protein.NVT.xtc protein.NPT.xtc protein.equ1.xtc protein.equ2.xtc
protein.equ3.xtc protein.equ4.xtc protein.equ5.xtc protein.equ6.xtc -settime -o
protein.equilibration.xtc
Centralizar: Protein
Output: System
Centralizar e ajustar a proteína na
caixa em relação à uma estrutura de
controle
gmx trjconv -s protein.NVT.tpr -f protein.equilibration-pbc.xtc -center -fit rot+trans -o
protein.equilibration-pbcfit.xtc
Chama a função
que precisamos: Sobrepõe grupos de
Estrutura
converter átomos dentro de
Estrutura inicial concatenada com
trajetória uma única simulação
pbc corrigido
Output – trajetória
com pbc corrigido
Protein-H
Protein-H
xmgrace RMSD.equilibration.xvg
Plotar energias de restrição do
processo de relaxamento
11. Position-Rest
xmgrace protein.position.rest.xvg
Plotar energias de restrição do
processo de relaxamento
11. Position-Rest
xmgrace protein.position.rest.xvg
Fase de Produção
Fase de Produção
Chama a função
Arquivo de
que precisamos: Parâmetros da entrada –
gerar o arquivo minimização proteína
de simulação
relaxada
Arquivo de
topologia
gmx grompp -f in.sim.mdp -c protein.equ6.gro -p topol.top
-t protein.equ6.cpt -o protein.sim.tpr -po protein.sim.mdout.mdp
Grupo 1
Output 0
RMSD
ptn relaxada x ptn simulada
gmx rms -s protein.sim.tpr -f protein.sim-pbc.xtc -tu ns -o RMSD.sim_relx.xvg
1
1
RMSD
ptn cristal x ptn simulada
gmx rms -s protein.min0.tpr -f protein.sim-pbc.xtc -tu ns -o RMSD.sim_crist.xvg
1
1
RMSD
Átomos pesados
gmx rms -s protein.sim.tpr -f protein.sim-pbc.xtc -tu ns -o RMSD.heavy.xvg
2
2
xmgrace RMSD.heavy.xvg RMSD.xvg
RMSF
átomos
gmx rmsf -s protein.sim.tpr -f protein.sim-pbc.xtc -o RMSF.xvg
2 – protein-H
2 - protein-H
xmgrace RMSD.Ca.xvg RMSD.xvg
RMSF
resíduos
gmx rmsf -s protein.sim.tpr -f protein.sim-pbc.xtc -res -o RMSF-res.xvg
2 – protein-H
2 - protein-H
xmgrace RMSD.Ca.xvg RMSD.xvg
RAIO DE GIRO
total
gmx gyrate -s protein.sim.tpr -f protein.sim-pbc.xtc -o gyrate.xvg
xmgrace gyrate.xvg
RAIO DE GIRO
Para cada componente (x, y, z)
xmgrace -nxy GYRATE.xvg