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Comandos do Linux e

Instalação de programas
- Abertura do Terminal
ls listar listar arquivos da pasta
cd mudar de pasta
cd .. Retornar à pasta anterior

- Baixar estrutura cristalográfica no PDB


http://www.rcsb.org/
- Instalar Pymol
sudo apt-get install pymol

- Abrir estrutura cristalográfica da


proteína
pymol protein.pdb

- Ver estrutura pelas coordenadas


gedit protein.pdb
- Instalar Gromacs
sudo apt-get install gromacs

///
Escolher campo de
força e modelo de água
1 2 3
Pegar estrutura no PDB Avaliar estrutura se está Gerar o arquivo “.gro”
pronta para ser (específico para o
utilizada gromacs)

• Analisar qual a • Ver se é um • Escolher campo de


melhor estrutura monômero forças:
para o nosso GROMOS53a6
objetivo, dentre as • Escolher modelo de
disponíveis no PDB água: SPC

gmx pdb2gmx -f protein.pdb -p topol.top -i posre.itp -o protein.gro

Indica que estamos Saída 1:


arquivo de Saída 3:
usando o
Chama a função topologia arquivo da
GROMACS
que precisamos: Arquivo de Saída 2: tipo proteína que o
converter .pdb entrada “.pdb” de molécula gromacs lê
para .gro
Criar cela de simulação

Minimizar energia no
vácuo
Steepest Descent
3 4 5
Gerar o arquivo “.gro” Criar caixa Minimizar a energia do
(específico para o dodecaédrica sistema
gromacs)

• Escolher campo de • Lembrar que a face • Primeira


forças: mais próxima da minimização (antes
GROMOS53a6 proteína deve ter de solvatar a
• Escolher modelo de distância mínima de proteína).
água: SPC 14 A. • Steepest descent

gmx editconf -f protein.gro -c -bt dodecahedron -d 1.4 -o protein.pbc.gro

Chama a função
Arquivo de
que precisamos: Tamanho da Saída: proteína
entrada “.gro” Tipo da caixa
editar o sistema caixa (nm) dentro da caixa

gmx grompp -f in.min0.mdp -c protein.pbc.gro -p topol.top -o protein.pbc.min0.tpr

Chama a função Saída: proteína na


que precisamos: Parâmetros da Arquivo de caixa e com as
Gerar o arquivo minimização Arquivo de
entrada informações de
para simular topologia
minimização
gmx mdrun -deffnm protein.pbc.min0

Chama a função que Chama o arquivo que


precisamos: rodar a contem os detalhes do que
minimização fazer

gmx energy -s protein. pbc.min0.tpr -f protein. pbc.min0.edr -o energy. pbc.min0.xvg

Chama a função que Arquivo de Arquivo de saída com as


Arquivo anterior saída da
precisamos: fazer informações
à minimização minimização
análise energética energéticas solicitadas

xmgrace energy. pbc.min0.xvg

Programa para Arquivo a ser


visualizar os gráficos visualizado
Solvatar a proteína

Minimizar energia do
sistema solvatado
Steepest Descent
5 6 7
Minimizar a energia Solvatar a caixa Minimizar a energia
do sistema inserindo solvente do sistema

• Primeira minimização • Nesse momento • Continuar usando


(antes de solvatar a escolhe-se o o algorítmo
proteína). modelo de água steepest descent
• Steepest descent do sistema

gmx solvate -cp protein. pbc.min0.gro -cs spc216.gro -p topol.top -o protein.wat.gro

Chama a função
Arquivo de entrada
que precisamos: Saída: proteína
ptn minimizada na Modelo de Arquivo de
solvatar o dentro da caixa
caixa água topologia
sistema e solvatada

gmx grompp -f in.min1.mdp -c protein.wat.gro -p topol.top -o protein. wat.min1.tpr

Chama a função Saída: proteína


que precisamos: Parâmetros da Arquivo de
solvatada com as
Gerar o arquivo minimização entrada (ptn Arquivo de
informações de
para simular solvatada) topologia
minimização
gmx mdrun -deffnm protein. wat.min1

Chama a função que Chama o arquivo que


precisamos: rodar a contem os detalhes do que
minimização fazer

gmx energy -s protein. wat.min1.tpr -f protein. wat.min1.edr -o energy. wat.min1.xvg

Chama a função que Arquivo de Arquivo de saída com as


Arquivo anterior saída da
precisamos: fazer informações
à minimização minimização
análise energética energéticas solicitadas

xmgrace energy. wat.min1.xvg

Programa para Arquivo a ser


visualizar os gráficos visualizado
Neutralização do Sistema

Minimizar energia do
sistema neutralizado
Conjugate Gradient
7 8 9
Minimizar a energia do Neutralizar a carga da Minimizar a energia do
sistema proteína sistema

• Continuar usando o • o genion neutraliza • Agora utilizando o


algorítmo steepest as cargas algoritmo conjugate
descent adicionando Cl- e gradient
Na+ ao sistema e
fixa a concentração
iônica naquela que
vc escolher.

gmx genion -s protein. wat.min1.tpr -o protein.ion.gro -conc 0.15 -neutral -p topol.top

Chama a função
Arquivo de entrada Saída: proteína
que precisamos: Concentração Arquivo de
ptn solvatada c cargas
Neutralizar as salina topologia
minimizada neutralizadas
caargas

gmx grompp -f in.min2.mdp -c protein.ion.gro -p topol.top -o protein.ion.min2.tpr

Chama a função Saída: proteína


que precisamos: Parâmetros da Arquivo de
solvatada com as
Gerar o arquivo minimização entrada (ptn Arquivo de
informações de
para simular solvatada) topologia
minimização
gmx mdrun -deffnm protein. ion.min2

Chama a função que Chama o arquivo que


precisamos: rodar a contem os detalhes do que
minimização fazer

gmx energy -s protein. ion.min2.tpr -f protein. ion.min2.edr -o energy. ion.min2.xvg

Chama a função que Arquivo de Arquivo de saída com as


Arquivo anterior saída da
precisamos: fazer informações
à minimização minimização
análise energética energéticas solicitadas

xmgrace energy. ion.min2.xvg

Programa para Arquivo a ser


visualizar os gráficos visualizado
Equilibrar a temperatura
do sistema

NVT
Inserção de Temperatura
Pressão Fixa
gmx grompp -f in.NVT.mdp -c protein. ion.min2.gro -p topol.top -o protein.NVT.tpr

Chama a função Arquivo com os Saída: proteína


parâmetros para a Arquivo de
que precisamos: neutralizada com as
equilibração NVT entrada (ptn Arquivo de
Gerar o arquivo informações para
neutralizada) topologia
para simular equilibrar a temperatura

gmx mdrun -deffnm protein.NVT


Chama a função que
Chama o arquivo que
precisamos: rodar a
contem os detalhes do que
equilibração de
fazer
temperatura
Equilibrar a pressão do
sistema

NPT
Temperatura equilibrada
Inserção de Pressão
gmx grompp -f in.NPT.mdp -c protein.NVT.gro -p topol.top -o protein.NPT.tpr

Chama a função Arquivo com os Arquivo de Saída: proteína


que precisamos: parâmetros para a entrada (sistema Arquivo de neutralizada com
Gerar o arquivo equilibração NPT com temperatura topologia as informações de
para simular equilibrada) equilibração

gmx mdrun –deffnm protein.NPT


Chama a função que
Chama o arquivo que
precisamos: rodar a
contem os detalhes do que
equilibração de
fazer
temperatura
Analisar
temperatura e pressão
equilibradas

Avaliar RMSD
Temperatura no NVT
gmx energy -s protein.NVT.tpr -f protein.NVT.edr -o temperature.NVT.xvg

xmgrace temperature.NVT.xvg

Temperatura no NPT
gmx energy -s protein.NPT.tpr -f protein.NPT.edr -o temperature.NPT.xvg

xmgrace temperature.NPT.xvg

Pressão no NPT
gmx energy -s protein.NPT.tpr -f protein.NPT.edr -o pressao.NPT.xvg

xmgrace pressao.NPT.xvg
RMSD – Passo NVT
gmx rms -s protein.NVT.tpr -f protein.NVT.xtc -tu ns -o RMSD.NVT.xvg

Arquivo de Arquivo com a Unidade de


Chama a função
entrada do trajetória durante tempo para Saída: RMSD da
que precisamos:
NVT o NVT para ser analisar trajetória no NVT
RMSD
comparada

RMSD – Passo NPT


gmx rms -s protein.NPT.tpr -f protein.NPT.xtc -tu ns -o RMSD.NPT.xvg

Arquivo com a Unidade de


Chama a função Arquivo de trajetória durante tempo para Saída: RMSD da
que precisamos: entrada do o NPT para ser analisar trajetória no NPT
RMSD NPT comparada

Visualizar os gráficos
xmgrace RMSD.NVT.xvg RMSD.NPT.xvg
Equilibrar a proteina
RELAXAMENTO:
Liberação da proteina
nohup python Equ.py > equilibration.out &

Libera o terminal
Série de
durante o
etapas de Log de cálculo
cálculo
liberação
1

3
4

6
Analisar o
Relaxamento da
proteína
Concatenar trajetórias
gmx trjcat -f protein.NVT.xtc protein.NPT.xtc protein.equ1.xtc protein.equ2.xtc
protein.equ3.xtc protein.equ4.xtc protein.equ5.xtc protein.equ6.xtc -settime -o
protein.equilibration.xtc

Chama a função Trajetórias para Output (trajetória


que precisamos: serem única
concatenar concatenadas concatenada)

Opção c para as 8 trajetórias (protein-H)


Centralizar a trajetórias
concatenadas na caixa e corrigir as
condições periódicas de controle
gmx trjconv -s protein.NVT.tpr -f protein.equilibration.xtc -pbc mol -ur compact -center -o
protein.equilibration-pbc.xtc

Chama a função Coloca o centro de


Pbc da molécula
que precisamos: Estrutura massa da molécula
inteira
converter Estrutura inicial concatenada na caixa
trajetória (trajetória total) Centraliza a
molécula no pbc
Output – trajetória
com pbc corrigido

Centralizar: Protein
Output: System
Centralizar e ajustar a proteína na
caixa em relação à uma estrutura de
controle
gmx trjconv -s protein.NVT.tpr -f protein.equilibration-pbc.xtc -center -fit rot+trans -o
protein.equilibration-pbcfit.xtc

Chama a função
que precisamos: Sobrepõe grupos de
Estrutura
converter átomos dentro de
Estrutura inicial concatenada com
trajetória uma única simulação
pbc corrigido

Output – trajetória
com pbc corrigido

Groupo para Least square fit: Protein


Centralizar: Protein
Output: System
RMSD do processo de
equilibração
gmx rms -s protein.pbc.min0.tpr -f protein.equilibration-pbcfit.xtc -tu ns -o
RMSD.equilibration.xvg

Protein-H
Protein-H

xmgrace RMSD.equilibration.xvg
Plotar energias de restrição do
processo de relaxamento

Concatenar a energia das trajetórias (.edr)


gmx eneconv -f protein.NPT.edr protein.equ1.edr protein.equ2.edr protein.equ3.edr
protein.equ4.edr protein.equ5.edr protein.equ6.edr -settime -o protein.equilibration.edr

Yes e “c” para todas as trajetórias

gmx energy -f protein.equilibration.edr -o protein.position.rest.xvg

11. Position-Rest

xmgrace protein.position.rest.xvg
Plotar energias de restrição do
processo de relaxamento

Observar alinhamento por imagem


gmx editconf -f protein.equ6.gro -pbc -o protein.relax.pdb

pymol protein.relax.pdb protein.pdb

DENTRO DO PYMOL: aling protein.relax, protein


Plotar energias de restrição do
processo de relaxamento

Concatenar a energia das trajetórias (.edr)


gmx eneconv -f protein.NPT.edr protein.equ1.edr protein.equ2.edr protein.equ3.edr
protein.equ4.edr protein.equ5.edr protein.equ6.edr -settime -o protein.equilibration.edr

Yes e “c” para todas as trajetórias

gmx energy -f protein.equilibration.edr -o protein.position.rest.xvg

11. Position-Rest

xmgrace protein.position.rest.xvg
Fase de Produção
Fase de Produção
Chama a função
Arquivo de
que precisamos: Parâmetros da entrada –
gerar o arquivo minimização proteína
de simulação
relaxada
Arquivo de
topologia
gmx grompp -f in.sim.mdp -c protein.equ6.gro -p topol.top
-t protein.equ6.cpt -o protein.sim.tpr -po protein.sim.mdout.mdp

Saída: proteína Saída: proteína


Arquivo com as velocidades relaxada com as relaxada com as
do último frame da etapa de informações de informações de
relaxamento minimização minimização

gmx mdrun -deffnm protein.sim

Chama a função que Chama o arquivo que


precisamos: rodar a contem os detalhes do que
simulação fazer
Analisar resultado
da Dinâmica
Corereção da trajetória
gmx trjconv -s protein.sim.tpr -f protein.sim.xtc -pbc mol -ur compact -center -o
protein.sim-pbc.xtc

Grupo 1

Output 0
RMSD
ptn relaxada x ptn simulada
gmx rms -s protein.sim.tpr -f protein.sim-pbc.xtc -tu ns -o RMSD.sim_relx.xvg
1
1

RMSD
ptn cristal x ptn simulada
gmx rms -s protein.min0.tpr -f protein.sim-pbc.xtc -tu ns -o RMSD.sim_crist.xvg
1
1

xmgrace RMSD.sim.xvg RMSD.sim_crist.xvg


RMSD
Backbone da Proteina
gmx rms -s protein.sim.tpr -f protein.sim-pbc.xtc -tu ns -o RMSD.Ca.xvg
4
4
xmgrace RMSD.Ca.xvg RMSD.xvg

RMSD
Átomos pesados
gmx rms -s protein.sim.tpr -f protein.sim-pbc.xtc -tu ns -o RMSD.heavy.xvg
2
2
xmgrace RMSD.heavy.xvg RMSD.xvg
RMSF
átomos
gmx rmsf -s protein.sim.tpr -f protein.sim-pbc.xtc -o RMSF.xvg
2 – protein-H
2 - protein-H
xmgrace RMSD.Ca.xvg RMSD.xvg

RMSF
resíduos
gmx rmsf -s protein.sim.tpr -f protein.sim-pbc.xtc -res -o RMSF-res.xvg
2 – protein-H
2 - protein-H
xmgrace RMSD.Ca.xvg RMSD.xvg
RAIO DE GIRO
total
gmx gyrate -s protein.sim.tpr -f protein.sim-pbc.xtc -o gyrate.xvg

xmgrace gyrate.xvg

RAIO DE GIRO
Para cada componente (x, y, z)
xmgrace -nxy GYRATE.xvg

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