O complexo de Golgi é constituído por pilhas de sáculos achatados e por vesículas. Cada porção da pilha de
cisternas apresenta diferenças estruturais e funcionais. A face da pilha que recebe vesículas do retículo
endoplasmático recebe o nome de face proximal ou cis. Da face distal ou trans brotam as vesículas contendo
material que foi processado ao longo das cisternas golgianas. Esse processamento envolve glicosilação, sulfatação ou
fosforilação de proteínas e de lipídios. A fosforilação de um resíduo de manose destina enzimas para o interior dos
lisossomos. O Golgi também é responsável pela polimerização de açúcares, como aqueles que formam a parede das
células vegetais e as glicosaminoglicanas das células animais. As vesículas que brotam da rede trans do Golgi são
destinadas para secreção, para os lisossomos ou para a membrana plasmática. Todo o transporte intracelular é feito
por vesículas que brotam do retículo endoplasmático e do complexo de Golgi. Essas vesículas são cobertas por
diferentes proteínas e essa cobertura depende do local de brotamento da vesícula e do destino final das proteínas
empacotadas em seu interior. As vesículas cobertas atingem seu destino pelo reconhecimento estabelecido entre
proteínas de sua membrana e proteínas presentes nas membranasalvo.
As diferentes maneiras de captação de macromoléculas do meio extra ou intracelular fazem com que elas
sigam diferentes vias intracelulares, até alcançarem o compartimento celular onde ocorre a sua degradação. Essas
vias são a fagocítica, a autofágica e a endossômica. As vesículas resultantes da internalização das diferentes
substâncias são degradadas pelos lisossomos, organelas que contêm enzimas hidrolíticas com atividade ótima em
pH ácido. Os lisossomos também podem realizar a secreção de suas enzimas e digerir componentes do meio
extracelular.
Os níveis intracelulares de proteínas são mantidos tanto pela síntese quanto pela degradação dessas
moléculas. Moléculas não mais necessárias, sintetizadas com defeitos ou alteradas pelo uso, são marcadas para
degradação pela proteína ubiquitina, e essa degradação é realizada nos proteossomos, que são complexos
citosólicos e nucleares de enzimas proteolíticas.