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Na molécula de DNA há o pareamento de uma purina com uma pirimidina: A sempre pareia
com T, através de duas pontes de hidrogênio, e C sempre pareia com G, por três pontes de
hidrogênio. Assim, a quantidade de A sempre é igual a de T e a quantidade de C é a mesma
que a de G. Porém, a quantidade de A + T não é necessariamente igual à C + G. Em adição, a
quantidade total de nucleotídeos pirimidínicos (C + T) é sempre igual à quantidade total de
nucleotídeos purínicos (A + G).
As bases só podem parear dessa forma apenas se as duas cadeias polinucleotídicas estiverem
em posição antiparalela, ou seja, orientadas em polaridade oposta: a dupla hélice tem giro
para a direita e é composta por dois filamentos lado a lado de nucleotídeos que são torcidos e
mantidos unidos por pontes de hidrogênio entre as bases nitrogenadas que estão no interior
da hélice,com açúcares e fosfatos voltados para o exterior. No arcabouço de cada filamento os
nucleotídeos são ligados covalentemente por ligações fosfodiéster que conecta o carbono 5’
de uma desoxirribose ao carbono 3’ do açúcar adjacente. Desse modo, cada ligação açúcar-
fosfato é dita como sendo de polaridade 5’ para 3’. Assim, a molécula de DNA caracteriza-se
por dois arcabouços estão em orientação oposta, ou seja, em polaridade inversa.
A complementaridade de pareamento de bases permite que elas sejam compactadas em um
arranjo mais favorável energeticamente no interior da fita dupla e que cada molécula de DNA
contenha uma sequência de nucleotídeos que é exatamente complementar à sequência .
A forma helicoidal do DNA depende do empilhamento das bases que confere estabilidade a
molécula de DNA, excluindo moléculas de água dos espaços entre os pares de bases no interior
da dupla hélice, e do pareamento das bases nos filamentos de polaridade inversa.