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Introducao a Genetica Molecular
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DNA: A natureza química do gene
O DNA (ácido desoxirribonucléico do inglês
deoxyribonucleic acid) foi descoberto em 1869.
Ele pretendia identificar os componentes
químicos do núcleo celular e o material
biológico por ele usado foram os leucócitos.
Friederich Miescher
Miescher descobriu que os núcleos celulares,
continham uma substância rica em átomos de
fósforo (P) e de nitrogénio (N), que ele
denominou nucleína.
Miescher, nunca encarou a nucleína como portadora de informação
genética. O meio científico da época, via as proteínas como as
únicas moléculas com a complexidade estrutural necessária ao
material genético. chiposseb@gmail.com
DNA: A natureza química do gene
Açúcar Desoxiribose
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Composição química: bases nitrogenadas
Bases púricas Bases Pirimidicas
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Estrutura dos nucleotidios
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Tipos de Ligações nos Ácidos nucléicos
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Modelo da Estrutura do DNA
O modelo de dupla hélice, atualmente aceito para descrever a
estrutura da molécula de DNA, é atribuído a James Watson e Francis
Crick, por sua publicação na Revista Nature, de 25 de abril de 1953.
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Modelo da Estrutura do DNA
Em 1938 William Astbury atraves de imagens cristalográficas do
DNA, determinou o intervalo entre os nucleotidios, posicionados em
intervalos de 3,4 Angströms (1 Angström equivale a 0,1 mμ)
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Analise da difracção de raio X do DNA
Os raios X são disparados nas fitas de DNA, e a dispersão dos Raios nas fibras é observada captando os raios em um filme
fotografico, no qual os raios X produzem pontos. O angulo de dispersão representado por cada ponto no filme da informações
sobre a posição de um átomo ou alguns grupos de átomo na molecula de DNA.
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Aula 3
DNA o Material Genética
Evidencias experimentais do DNA como material Genética
Experiência de Griffith
Experiência de Avery, Macleod e McCarthy
Experiência de Hershey-Chase
Funções e caracteristicas do Material Genético
Frederick Griffith
Avery
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Contudo, alguns pesquisadores mais ceticos levantaram a hipotese
que uma pequena quantidade de proteina pode ter permanecido
ligada ao DNA e não ter sofrido degradacão.
Como uma molecula de tão baixa complexidade como o DNA
podia codificar a diversidade de vida de planeta?
Experiência de Hershey-Chase
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Estrutura do RNA
Estrutura primária
É uma estrutura linear de nucleotídeos.
Estrutura Secundária
Há complementaridade
entre bases da mesma
cadeia o que provoca
uma torção da
molécula. Esse
pareamento cria uma
estrutura secundária
(folha de trevo).
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Tipos de RNA
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Funções do Material Genético
1. Funções Genotipica: Armazenar e transmitir a informação
Caracteristica → Capacidade de replicacao
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Funções do Material Genético
3. Funções evolutiva/adaptação:
Caracteristica → Mutabilidade
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Características da Replicação
Semiconservativa
Bidireccional
Descontinua
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Experiência de Meselson e Stahl
Conclusões
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Replicação Bidirecional
Oriem de Replicacao
A replicação inicia nas origens de replicação, que são sequências
específicas muito ricas em pares A=T. Reconecidas pelas proteínas
ORC. sitio de ligação de DNA Polimerase
Procariotas uma origem de replicação ,
eucaristias múltiplas origens. A replicacao inicia-se em vários pontos proseuindo nos dois
sentidos de cada bolha ate que todas as bolas se encontrem
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Replicação Bidirecional
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Forquilha de Replicação
A forquilha é o local no qual a dupla hélice é separda para produzir os dois
filamentos que servem com moldes para a cópia.
Separação das fitas e giro
A desnaturação da dupla fita ocorre a cargo da enzima DNA helicase que
rompe as pontes de hidrogenio entre as bases complementares, causando uma
torção na cadeia do DNA.
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Forquilha de Replicação
Estabilização da desnaturação
Durante a desnaturação e giro do DNA,
as fitas simples de DNA ficam expostas e
susceptiveis a renaturação. As proteinas
de ligamento unifilamentar (SSB)
ligaum-se as fitas do DNA unifilamentar
para Estabilizar a desnaturação,
impedindo o reconstituição da dupla
hélice.
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Características da DNA Polimerases
Um problema confrontado pelos cientistas até 1959, foi
compreender como as bases são levadas para o molde da dupla
hélice.
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Reacção catalísada pela DNA Polimerases
A DNA polimerase é a enzima que catalisa a reacção de alongamento
da cadeia polinucleotidica.
A energia para a reacção vem da quebra da ligação fosfato de alta
energia do substrato trifosfato (dATP)
DNA-polimerase
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DNA Polimerase
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DNA Polimerase
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Replisomo
Protócitos Éucitos
DNA polimerases DNA polimerases
DNA polimerase I (Pol I) DNA polimerase δ
DNA polimerase II (Pol II) DNA polimerase α
DNA polimerase III (Pol III) DNA polimerase β
Helicases DNA polimerase ε
Topoisomerases Helicases
Girases Topoisomerases
Ligases Girases
Primase Ligases
Proteínas desistabilizadores da Primase
hélice Proteínas desistabilizadores da hélice
Proteínas estabilizadoras (SSB)chiposseb@gmail.com
Proteínas estabilizadoras (SSB)
Processos da Replicação
Todo o processo ocorre ordenadamente e quase que simultaneo a
fim de prover uma replicacao rapida e fiel. Didaticamente é dividido
em três etapas. Iniciacao, Alongamento, Terminacao
Etapas da replicação .
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Etapas da replicação
Alongamento
•A medida que a DNA pol III se move para adiante, a dupla hélice está
continuamente se desenrolando adiante da enzima para expor outros trechos de
DNA que irão atuar como moldes.
•A DNA pol III actua na forquilha de replicação, a zona onde a dupla hélice está se
desenrolando.
•Como a DNA polimerase sempre adiciona nucleotídeos na extremidade 3’, apenas
um dos dois filamentos com polaridade inversa pode servir como molde para a
replicação no sentido da forquilha de replicação (síntese contínua no sentido da
forquilha de replicação).
•A síntese no outro filamento molde também ocorre nas pontas crescentes 3’, mas
esta síntese ocorre no sentido ‘’errado’’, pois neste filamento o sentido o sentido 5’
→3’ da síntese está distante da forquilha de replicação.
•A maquinaria de replicação reque que a síntese de ambos os filamentos ocorra na
região da forquilha de replicação→ fragmentos de Okazaki.
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Alongamento
No filamento contínuo, é necessário apenas um primer inicial. Entretanto, no
filamento de replicação descontínua, cada fragmento de Okazaki precisa do
seu próprio primer. DNA pol III amplifica a cadeia de RNA que compõe o primer.
DNA ligase une a ponta 3’ a ponta 5’ do fragmento de Okazaki posterior.
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Esquema da síntese do fragmento descontinuo ligging
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Fidelidade da copia da DNA-Pol
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Velocidade de copia da DNA-pol
O segundo marco da replicação do DNA é a velocidade.
E. coli replica em 40 minutos Genoma de 5 milhões de pb copiado a
uma velocidade de cerca de 2 mil nucleotídeos por segundo.
A E. coli usa duas forquilhas de replicação para copiar todo o seu
genoma. Cada forquilha deve sser capaz de se mover a uma velocidade
de até 1.000 nucleotídeos por segundo.
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III. TERMINAÇÃO
Procariontes E.coli
Telomeros e telomerase
A replicação da molécula linear de DNA em um cromossomo eucariótico
continua em ambos sentidos a partir de várias origens de replicação.
Este processo replica a maioria do DNA
cromossómico, mas há um problema
inerente na replicação das duas pontas das
moléculas de DNA linear, as regiões
chamadas de telômeros.
A síntese contínua do filamento leading
pode progredir até a ponta do molde.
Entretanto, a síntese do filamento
descontínuo requer primers na frente do
processo. Logo, quando o último primers é
removido, uma ponta unifilamentar
permancece em uma das moléluculas filas
de DNA. chiposseb@gmail.com
Término da replicação: Eucariontes
Telomeros e telomerase
As células eucitas desenvolveram um sistema especializado para evitar
esta perda.
•Elas adicionam várias cópias de uma simples sequência não codificante
ao DNA nas pontas do cromossomo para evitar o encurtamento, e a
consequente perda de informação genômica apôs cada cíclo de
replicação do DNA.
•Em humanos são adicionadas cópias da sequência TTAGGG a ponta 3`.
•Esta ampliação cria DNA não codificante que pode ser ‘’sacrificado’’
para o processo de replicação.
Telômeros são estruturas especializadas, nas pontas dos cromossomas, que
contêm repeticoes de uma curta sequencia de DNA que é adicionada a
ponta 3` pela enzima telomerase.
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Término da replicação: Eucariontes
Telomeros e telomerase
Uma enzima chamada telomerase faz
a adição desta sequência não
codificante a ponta 3’.
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Término da replicação: Eucariontes
Telomeros e telomerase
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Aula 4
Mutação e reparo do DNA
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Mutações Gênicas:
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Mutações espontâneas
Entre as mutacoes espontaneas podemos cita
1. Lesões espontâneas
1.a. Depurinação.
uma base purica (A ou G) de um nucleotideo é
perdida. Durante a replicacao do DNA, esse sitio
nao pode atuar como molde na formacao da fita
complementar.
Como consequencia, um nucleotideo qualquer é
incorporado como complementar ao sitio
apurinico.
1.b. Desaminação
perda de um grupo amino de uma base
nitrogenada. Essa modificação altera o padrão
de pareamento.
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Mutações Espontâneas
Mudança Tautômeriaca;
são isômeros que diferem nas
posicoes dos seus átomos e nas
liacoes entre os seus átomos. Com
transição normanal de uma forma
para a outra.
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Mutações Espontâneas
Mudança
Tautômeriaca
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Mutações Induzidas
Análogos de bases.
Estas são substancias que tem uma estrutura quimica similar a uma das bases
nitrogenadas do DNA. Devido a tal similaridade, a DNA polimerase nao consegue
distinguir entre a base correta do DNA e o analogo, podendo incorporar
erroneamente este ultimo durante a replicação
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Tipos de Mutações Induzidas por radiações
1.a. Transições
Nas transicoes uma purina é
trocada por outra purina, ou
uma pirimidina por outra
pirimidina.
1.b. Transversões.
Nas transversoes uma purina e
trocada por uma pirimidina ou
vice-versa.
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Tipos de Mutações Genicas
2. inserções e 3. deleções
As inserções e deleções consistem na adicao ou delecao de um ou alguns
nucleotideos. O principal problema desses tipos de mudancas e que afetam a matriz
de leitura.
Os nucleotideos do RNA mensageiro são lidos de três em três durante a tradução. Quando
adicionamos ou deletamos nucleotideos a matriz de leitura muda do ponto da adicao ou
delecao ate o codon de parada.
podendo mudar a sequencia de aminoacidos desde o ponto onde ocorre a mutacao ate o
codon de parada da traducao.
Tipo selvagem
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Mecanismos de Reparo do DNA
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Reparo por excisão de Nucleotidio BER
NER: usa enzimas diferentes do sistema anterior e mesmo quando apenas uma base está
alterada remove sempre cerca de 30 nucleótidos. O segmento de bases é removido por acção
de complexos proteicos que incluem nucleases e DNA helicases. A síntese de novo ocorre por
acção de uma DNA polimerase e de uma ligase. Este sistema é complexo e envolve cerca de
30 proteínas. EX: Correcao de dimeros de timina causados pera RUV em humanos.
Cancro da pele
Xeroderma pigmentosum deficit de
enzima responsavel pelo reparo de
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Aula 5
Expressão Genica do DNA ao
Fenótipo
Para usar a informacao, deve ser sintetizada uma molecular intermediaria que é
uma copia de um gene distinto com o uso da sequencia de DNA como um guia.
Essa molecula é o RNA.
1.O filamento de DNA que sera transcrito e o filamento que esta no sentido 3` → 5`
(chamado filamento molde).
O outro filamento não transcrito e chamado filamento códificante (sentido 5` → 3`).
O RNA formada terá polaridade inversa a do filamento molde de DNA (sentido 5`→ 3`), porém
tem a mesma polaridade e sequencia de bases que as do filamento codificante, com excepção
da T no DNA por U no RNA.
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Transcrição: Unidirecional
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Estrutura de um gene
Dentro de uma unidade de transcriçã existem tres importantes
regioes: uma promotora, codificadora e finalizadora.
O promotor
Determina o local onde a RNA polimerase se encaixa no DNA para iniciar a
transcricao genica. O promotor e composto por sequencias especificas de
nucleotideos que auxilia no reconhecimento e na ligacao de proteinas do
aparelho de transcricao.
Nele ocorre a indicacao de qual das fitas do DNA sera transcrita, a direcao da
transcricao e o primeiro nucleotideo a ser transcrito em RNA (numerado como
+1).
Por outro lado, os nucleotideos posicionados antes do sitio +1 do inicio da
transcricao recebem numero negativos (-).
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Estrutura de um gene
Sequências promotoras
Nos promotores bacterianos sao encontradas sequencias que variam muito de
promotor para promotor e sequencias curtas de nucleotideos comuns aos
promotores, conhecidas como sequencias consenso, tais como: a sequência
consenso -10 ou Pribnow Box (5`-TATAAT-3`) e a sequência consenso -35
(TTGACA).
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RNA polimerase
A principal enzima responsavel pela transcricao e a RNA polimarese.
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Etapas da transcrição
Iniciação
Reconhecimento do promotor. A RNA polimerase se liga a uma sequencia especifica de
DNA chamada promotor, situada perto do inicio da regiao trascrita.
Formacao da bolha de transcricao. Uma vez posicionada, a RNA polimerase separa as
duas cadeias do DNA e apenas uma das moleculas participa na sintese do RNA.
Ligacao do primeiro nucleotideo a molecula de RNA em formação.
Alongamento
Desligamento da sequencias consenso do promotor.
Aartir da adicao do segundo nucleotideo a cadeia em formacao com deselicoidacao do
DNA.
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Etapas da transcrição
Término
Reconhecimento da sequencia finalizadoras. Os finalizadores dependentes de rô, sao
capazes de causar o termino da transcricao apenas na presenca de uma proteina auxliar
chamada de fator rô.
Separacao da molecula de RNA recem sintetisada do DNA molde.
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Processamento do RNA
Diferente dos protocitos, a trascricao nos eucitos ocorre no nucleo. E a
maqunaria da traducao (Ribossomas) e os blocos de construcao das
proteinas estao no citoplasma.
Processamento do RNA, é um
conjunto de modificacoes do RNA,
deixando-o mais protegido para ser
encaminhado ao citoplasma.
O processamento do RNAm
I. Capeamento 5`
II. Poliadenilacao 3`
III. Splicing
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Processamento do RNA
I. Capeamento 5`
Com o objetivo de proteger o RNAm contra exonucleases presentes no
citoplasma a primeira etapa e o adicionamento um revestimento (CAP)
ao residuo terminal 5’ do RNA.
Outra funcao do CAP e interagir com fatores envolvidos na iniciacao da
transcricao.
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Processamento do RNA
II. Poliadenilação 5`
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Processamento do RNA
III. Splicing O pre-mRNA e formado por sequencias nao
codificantes (introns) e codificantes (exons), os introns
necessitam ser removidos durante o processamento do
RNA, ja que nao apresentam informacoes que serao
traduzidasem proteinas.
Splicing é o processo de modificada da
sequencia de pre-mRNA, pela remocao
de introns e juncao dos exons.
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Colinearidade de gene e proteína
A hipótese um gene-uma-proteína de Beadle e Tatum → primeira
compreensão sobre as funções dos genes = funcionamento das
enzimas, e cada gene aparentemente controla uma enzima.
Provável haver uma correspondência linear entre a sequência de
nucleotídeos no DNA e a sequência de aminoácidos na proteína.
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Código genético
Número de letras no codão
Se as palavras fossem de uma letra, seriam possíveis apenas quatro
palavras (A, U, G e C).
Se as palavras fossem de uma letra, seriam possíveis apenas quatro
palavras
→ se duas letras seriam possíveis 4 x 4 = 16 palavras.
Se as palavras fossem de três letras, então seriam possíveis 4 x 4 x 4 = 64
palavras
→ este vocabulário fornece mais palavras que o suficiente para
descrever os aminoácidos.
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Código genético
Uso de supressores para demonstrar um código de trincas
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Código genético
Uso de supressores para demonstrar um código de trincas
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Código genético
Como podemos explicar estes resultados?
•A adição ou deleção original induzida por proflavina pode ser
mutante, porque interrompe um mecanismo normal de leitura que
estabelece o grupo de bases a ser lido como palavras.
•Se cada tres bases no mRNA forma uma palavra, então a “matriz de
leitura“ começa nas tres primeiras bases da ponta, as tres seguintes
como a segunda palavra, e assim em diante.
•A adição ou deleção de apenas um único par no DNA mudaria a matriz
de leitura no mRNA a partir do ponto correspondente, fazendo com
que as palavras seguintes sejam lidas erradas;
•A mudança da matriz de leitura pode promover alterações sem nexo.
Entretanto, pode-se restaurá-la por um inserção ou deleção em outro
local.
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Código genético
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Código genético
Redundância do Código genético
Apenas 20 palavras são necessárias para traduzir aa conhecidos. Então, para que
são usadas as outras palavras?
•O trabalho de Crick sugeriu que o código genético é redundante.
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Redundância do Código genético
Regra de Oscilação da 3ª base
As regras de oscilacao ditam que nucleotidios podem e não podem formar pontes de
idrogenio com nucleotidios alternativos pela oscilacao (Grifft et al, 2008) .
A letra I representa inosina, uma base rara encontrada eralmente no anticodon no RNAt,
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Redundância do Código genético
Regra de Oscilação da 3ª base
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Código genético
Decifrando o Código genético
Decifrar o código genético, determinando o aminoácido especificado por cada
trinca, foi uma das maiores conquistas dos últimos 50 anos.
Se os nucleotídeos do RNA são misturados com polinucleotídeo fosforilase in
vitro, um RNA unifilamentar é formado na reação → mRNA sintético.
O primeiro mensageiro sintético obtido foi –UUUU-(pol(U) Marshall
Nirenberg e Heinrich Matthael (1961) misturaram poli(U) com a maquinaria
de síntese de proteínas do E. coli in vitro e observaram a formação de uma
proteína → polifenilalanina.
A trinca UUU → deve codificar fenilalanina.
Esse tipo de experimento foi conduzido por outros cientistas, para decifras
todos os codons dos 20 Aas que fazem o nosso código genético.
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Código genético
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Código genético
Codões finalizadores
Alguns codões não especificam nenhum aminoácido → codões
finalizadores ou de término.
Trabalho de Brenner com o fago T4 (1965) → mutações (m1-m6) ao
gene que controla a proteína da cabeça do fago.
Brenner examinou as pontas das proteínas encurtadas e as comparou com a
proteína tipo selvagem → não há padrão para cada mutante, em relação a
sequância de aa (glutamina, lisina, ácidio glutâmico, tirosina, triptofano e
serina).
Deduziu que alguns codões para
cada um destes aa eram similares
e podem mutar para o codão Codão de terminação:
UAG por uma única mudança → UAG = codão ambar
UGA = codão opala
postulou que UAG é um codão de
UAA = codão ocre
fim (terminador). chiposseb@gmail.com
Elementos da tradução
Os componentes da maquinaria de tradução e o processamento de tradução são muito
similares em procariontes e eucariontes.
O RNA transcrito dos genes é classificado como RNA mensageiro (mRNA) ou RNA
funcional. A grande maioria dos genes codifica mRNA cuja função é servir como
intermediário na síntese do produto génico final, a proteína.
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Activação do triptofano
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Controle da tradução I
• Afinidade da enzima
pelo tRNA disposto no
código
•A adição do aminoácido
ao tRNA incorreto é
muito lenta
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Controle da tradução II
• O aminoácido deve-
se encaixar no sítio
sintético da tRNA-
aminoacil-sintetase e
não aosítio de edição
•Mecanismo de peneira
dupla
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Ribossomas
A constituicao dos ribossomos e de aproximadamente 50% de rRNA e 50% de proteinas.
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Ribossomas
Sítios do ribossoma
Os sitios de ligacao ao RNAm esta
totalmente dentro da subunidade
menor.
Existem 3 sitios de ligacao para o
RNAt,
1º. Sítios A (aminoacil) abarca o RNAt
caregado (aminoacil-tRNA) que chega no
ribossomo.
2º. Sítios P (Peptidil) abarca o RNAt com a
cadeia polipeptidica crescente.
3º. Sítios E (Exit, saida) abarca o RNAt
desacilado (sem aa) pronto para ser
liberado do ribossoma.
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Inicio da tradução (Procariontes)
Nas bactérias tres proteínas, IF1, IF2, IF3 (de
fator iniciação), são necessários para iniciação
correcta.
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Inicio da tradução (Procariontes)
A principal tarefa da iniciação é colocar o primeiro aminoacil-tRNA no sítio P do
ribossomo.
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Inicio da tradução (Eucariontes)
Os mRNA dos Eucariontes não apresenta sequencia de Shine-Delgarno.
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Término A traducao continua até encontrar um dos tres codões de
finalização: UGA, UAA ou UAG.
As proteínas chamadas factores de
liberação (RF1, RF2 e RF3 em
Procariontes) e (eRF1 nos eucariontes)
reconhecem stop codons.
A análise bioquímica de muitas proteínas revela que uma variedade de moléculas pode ser
ligda covalentemente a grupos R.
• Cinases ligam grupos fosfato aos grupos hidroxila dos aminoácidos serina e treonina.
• Fosfatases removem estes grupos.
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Direcionamento de proteínas
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Resumo
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bibliografia
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