Biologia Marinha e Biotecnologia

Ano letivo 2020/2021

Microbiologia do Ambiente Marinho

ECTS : 6

Barbara Chagas barbara.chagas@ipleiria.pt

Gabinete: 11; Atendimento: 6ª feira das 16h30 às 18h30

 Avaliação
Regime de avaliação contínua:

1. Componente teórica – 60% da nota final

• 2 testes escritos. Contribuição de 50% cada um.

Aprovação com classificação mínima de nove valores e meio (9,5).

2. Componente prática – 40% da nota final

• Relatório (50%)
• Apresentação e discussão (Seminário) (30%)
•Desempenho contínuo do aluno (em termos de participação ativa na
aula, interesse demonstrado na aula, assiduidade, concretização do
trabalho laboratorial e resolução dos exercícios) (20%) Aprovação
com classificação mínima de nove valores e meio (9,5).

TOLERÂNCIA DE 10 MIN!!!!!
 Avaliação
Regime de exame:

1. Componente teórica – 60% da nota final

Prova escrita a realizar na época de exames (normal ou recurso) com

duração de 2 horas (nota mínima de 9,5 valores)

2. Componente prática – 40% da nota final

Realização de actividade laboratorial (70%) e um exame teórico-

prático (30%) relativo à componente laboratorial (nota mínima de
9,5 valores).
1.Microbiologia
 Principais Sub-Disciplinas da Microbiologia

Microbiologia Microbiologia
Veterinária Clínica Microbiologia do
espaço

Microbiologia
Ambiental MICROBIOLOGIA Micologia

Microbiologia Microbiologia
de Solos
Marinha
Virologia Bacteriologia
O QUE É A MICROBIOLOGIA?

Mikros bios logos

‘Pequeno’ ‘vida’ ‘ciência’

DEFINIÇÃO:

‘Study of organisms too small to be clearly seen by the

unaided eye’

Microbiology, Prescott, 5th edition

7
Microbiologia

Os microrganismos apresentam duas características fundamentais

que os distinguem dos animais e das plantas:

❖ Dimensões reduzidas

❖ Unicelulares
Microbiologia
Os microrganismos podem dividir-se em dois grandes grupos:

- seres celulares, onde se incluem as bactérias, protozoários,

microalgas e fungos.

- seres subcelulares onde se incluem os vírus, mas também os

plasmídeos, viróides e priões.

Cada grupo de microrganismos é estudado por uma Divisão da

Microbiologia: Bacteriologia, Protozoologia, Ficologia, Micologia
e Virologia
Microbiologia
Porquê estudar microbiologia ?

Porque o estudo dos microrganismos permite-nos compreender

o mundo que nos rodeia (base bioquímica comum)

Porque a sua simplicidade torna-os excelentes ferramentas de

investigação (ciclo de vida curto, atingem elevadas densidades
em cultura, pequena dimensão)

Devido à sua simplicidade têm sido essenciais na resolução de

questões chave da Biologia (os mecanismos de hereditariedade
e expressão proteica assim como muitas vias metabólicas
foram descritos primeiramente em microrganismos)
Microbiologia
Desenvolvem associações mutualistas com vários tipos de
organismos (a digestão dos mamíferos, líquenes, associação
Rhizobium / leguminosa para fixação de azoto)

Produção de medicamentos para a industria farmacêutica

(antibióticos, insulina, vacinas, vitaminas)

Os metanogénicos e produtores de gás podem desempenhar

um papel importante na produção de energia

Fornecem muitos produtos chave para a Biologia Molecular

(polimerases, enzimas de restrição)

Desempenham um papel importante na transformação e

conservação de alimentos (fabrico de iogurtes, queijos, pão,
bebidas alcoólicas, silagem)
Microbiologia
Efeitos na Saúde Humana

Os microrganismos são causa de muitas doenças infecto-

contagiosas
Bactérias: doença do legionário (Legionella
pneumophila), colite hemorrágica (Escherichia coli
O157:H7), ulceras gástricas (Helicobacter pylori), febre
tifóide (Salmonella typhi)
Vírus: Febres hemorrágicas (Ebola e Hanta vírus),
leucemias (HTLV-I e II), sida (vírus HIV), hepatites,
gripe (vírus influenza)
Protozoários: malária (genéro Plasmodium),
toxoplasmose (Toxoplasma gondii)

São fundamentais no funcionamento do aparelho digestivo,

uro-genital e da pele

Fornecem antibióticos e vacinas

 O QUE É A MICROBIOLOGIA?
BACTÉRIAS VÍRUS

Escherichia coli Enterovírus

Pseudomonas Influenza virus
aeruginosa

Streptococcus Burkholderia Papilomavírus humano

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O QUE É A MICROBIOLOGIA?
FUNGOS PARASITAS

Aspergillus Saccharomyces Plasmodium vivax Ascaris

cerevisiae lumbricoides

Stachybotrys
Penicilium Taenia saginata
14
chrysogenum
O QUE É A MICROBIOLOGIA?
ALGAS OUTRA EXCEPÇÃO – ALGUMAS BACTÉRIAS

Epulopiscium
Gephyrocapsa fishelsoni
oceanica 1mm

Cosmarium Thiomargarita
namibiensis 15
O QUE É A MICROBIOLOGIA?

 Não a podemos definir somente em termos de

tamanho dos seus objectos de estudo

 Definimo-la também em termos das técnicas

utilizadas
 Isolamento de um microrganismo específico a partir de
uma população
 Cultura do microrganismo
 Implica técnicas de esterilização
Microbiology, Prescott, 5th edition

16
O QUE SE ESTUDA NA MICROBIOLOGIA

 Microbiologia geral: estuda a natureza fundamental e as

propriedades dos microrganismos

 Características morfológicas
Forma e tamanho das células, composição química e função das suas
estruturas internas

 Características fisiológicas
Necessidades nutricionais específicas e condições físicas necessárias ao
seu crescimento e reprodução

 Actividades bioquímicas
Metabolismo dos microrganismos

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O QUE SE ESTUDA NA MICROBIOLOGIA

 Microbiologia geral:
 Características genéticas
Hereditariedade e variabilidade

 Potencial de causar doenças

 Características ecológicas
Habitats diversos e relação com outros organismos

 Classificação
Relação taxonómica entre os grupos no mundo microbiano

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O QUE SE ESTUDA NA MICROBIOLOGIA

 Microbiologia aplicada: emprega a informação aprendida na

microbiologia geral no controlo e aplicação dos microrganismos de
maneira benéfica
 Indústria alimentar

 Agricultura
Produção de suplementos que são introduzidos nas rações animais

 Indústria farmacêutica
Produção de antibióticos, vacinas, etc.

 Indústria ambiental
Biorremediação, tratamento de esgotos, controlo biológico

 Investigação científica

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IMPORTÂNCIA DOS MICRORGANIMOS

 Produção de alimentos:
 Pão – dióxido de carbono produzido por Saccharomyces cerevisae
 Queijo Microrganismos produtores de ácidos, aromas, etc.
 Iogurte Streptococcus thermophilus, Lactobacillus bulgaricum, entre
 Cerveja –outros
etanol produzido por Saccharomyces cerevisae

 Produção de antibióticos, vacinas, vitaminas, enzimas

Ex. Penicilina derivada do bolor do pão – Penicilium chrysogenum
Vitamina B12 – sintetizada unicamente por bactérias e leveduras

 Indispensáveis no nosso ecossistema:

 Ciclos do carbono, oxigénio, azoto, enxofre
 Fonte de nutrientes

20
HISTÓRIA DA MICROBIOLOGIA

 Lucretius
 Acreditava que existiam criaturas vivas, invisíveis,
capazes de causar doenças

Tito Lucretius Carus

 Girolamo Fracastoro (98-55 a.C)

 Sugeriu que as doenças infecciosas eram causadas

por minúsculas partículas transferíveis, que poderiam
transmitir as infecções por contacto directo ou
indirecto
Girolamo Fracastoro
(1478-1553)

 Francesco Stelluti
 Fez as primeiras observações microscópicas em
abelhas e gorgulhos, usando um microscópio
provavelmente cedido por Galileo.
Francesco Stelluti
(1577-1652) 21
HISTÓRIA DA MICROBIOLOGIA

 Antony van Leeuwenhoek

 Mercador, usava lentes de ampliação para inspeccionar as
fibras das roupas.
 Como hobby gostava de polir lentes de vidro que montava
entre finas placas de prata ou bronze, formando
microscópios simples. Antony van
Leeuwenhoek
 Conseguiu ampliações de 50 a 300 vezes. (1632-1723)

 Observou águas fluviais, saliva, fezes, infusões e

especiarias.
 Encontrou inúmeros e diminutos objectos móveis a que
chamou “animáculos”.
 O número de “animáculos” aumentava se as infusões
fossem deixadas à temperatura ambiente. Microscópio de van
Leeuwenhoek

22
HISTÓRIA DA MICROBIOLOGIA

 Antony van Leeuwenhoek

 Em Setembro de 1684 escreveu uma carta à Sociedade Real Inglesa onde
descreve os “animáculos” que tinha observado

“Descobri, numa minúscula gota d’água, um incrível número de

pequeníssimos animáculos, de formas e tamanhos diversos. Eles
moviam-se por meio das ondulações, nadando sempre com a
cabeça para a frente, nunca ao contrário. No entanto, esses
animáculos podiam mover-se tanto para a frente como para trás,
embora os movimentos fossem muito lentos.”
 Observou bactérias e protozoários
 Esta descoberta originou acesas discussões sobre a origem destes
“animáculos”.

23
HISTÓRIA DA MICROBIOLOGIA

TEORIA DA GERAÇÃO ESPONTÂNEA (OU ABIOGÉNESE)

Organismos vivos surgem a partir de matéria
inanimada

Aristóteles (384-322 a.C.)

Virgílio (70-19 a.C.)

 De certas flores provinham, espontaneamente, abelhas

 Rãs e minhocas surgiam espontaneamente de um pequeno lago de lama

24
HISTÓRIA DA MICROBIOLOGIA

 Francesco Redi
 Em 1668 refuta, experimentalmente, a Abiogénese.

Francesco Redi
(1626-1697)

○ Utilizou 3 frascos nos quais colocou carne em putrefacção.

○ Deixou um deles aberto, selou outro e cobriu o terceiro com gaze.
○ Desenvolveram-se larvas apenas no 1º frasco e sobre a gaze do 3
frasco.

25
HISTÓRIA DA MICROBIOLOGIA

 John Needham (1713-1781)

 Defende, experimentalmente, a Abiogénese.
○ Cozinhou pedaços de carne para destruir microrganismos
preexistentes e colocou-os em frascos abertos.

Francesco Redi
(1626-1697)

○ Apareceram colónias sobre a carne cozinhada.

○ Conclusão: Os microrganismos surgem
espontaneamente a partir de carne.

26
HISTÓRIA DA MICROBIOLOGIA
 Lazzaro Spallanzani
 Repetiu a experiência de Needham mas
com algumas alterações:
○ Manteve os frascos selados
○ Colocou os frascos em água a ferver durante 45
minutos

○ Propôs a hipótese do ar transportar germes

Lazzaro Spallanzani
○ Comentou que a presença de ar exterior deveria (1729-1799)
ser necessária para o crescimento do animais já
presentes no meio de cultura
○ Defensores da abiogénese responderam
dizendo que o aquecimento do ar destruía a sua
capacidade para suportar vida.
27
HISTÓRIA DA MICROBIOLOGIA
 Theodore Schwann
 Repetiu a experiência anterior mas desta vez:
○ O frasco continha meio esterilizado
○ Permitiu a entrada de ar no frasco, depois do ar
Theodore Schwann
passar por um tubo aquecido ao rubro (1810-1882)
○ O frasco permaneceu estéril

 Georg Friedrich Schroder e Theodor von

Dusch Georg Friedrich
○ Novamente com um frasco de meio esterilizado Schroder
(1810-1885)
○ Permitiram a entrada de ar que passava através de
algodão estéril
○ Não houve crescimento no meio apesar do ar não
ter sido aquecido
Theodor von Dusch
(1824-1890) 28
HISTÓRIA DA MICROBIOLOGIA

 Louis Pasteur
“Não há condição conhecida hoje em dia pela qual
vocês possam afirmar que seres microscópicos vêm
ao mundo sem germes, sem pais iguais a eles. Os que
defendem isso exercitam o desporto das ilusões, das
experiências malfeitas, viciadas por erros que não
foram capazes de reconhecer e que não souberam
como evitar.” Louis Pasteur
(1822-1895)

Demonstrou que não existe Geração Espontânea

29
 HISTÓRIA DA MICROBIOLOGIA
 Experiência de Pasteur

 Usou frascos com colo longo e

curvado, preenchidos com meio e
aquecidos.

 As partículas de poeira
sedimentavam-se na região curvada
inferior do pescoço do frasco.

 Os microrganismos não
contaminavam o meio no frasco.

30
HISTÓRIA DA MICROBIOLOGIA

 Joseph Lister
 Técnicas assépticas: medidas que, por
eliminarem o efeito tóxico da presença
dos microrganismos, previnem a
infecção

 Enquanto pesquisava uma forma de Joseph Lister

(1827-1912)
manter as incisões cirúrgicas livres de
contaminações, descobre que o fenol
destrói as bactérias

 Embebeu compressas cirúrgicas com

uma solução diluída desta substância e
ainda borrifou a sala de cirurgia

31
HISTÓRIA DA MICROBIOLOGIA

 Robert Koch
 Estabelece, pela primeira vez, a relação entre a
presença de um microrganismo e uma doença

 Descobre uma bactéria em forma de bastão

(Bacillus anthracis) no sangue do carneiro que tinha
morrido de carbúnculo

 Isolou a bactéria e inoculou-a num animal saudável

Robert Koch
(1843 – 1910)
 O animal desenvolveu carbúnculo, sendo que as
bactérias isoladas eram iguais às observadas no
carneiro doente.

32
HISTÓRIA DA MICROBIOLOGIA
 Devido ao tamanho diminuto, à transparência e à motilidade dos
microrganismos, havia necessidade de desenvolver técnicas para
isolar e estudar os diferentes tipos de microrganismos

 Paul Ehrlich (discípulo de Koch) que pesquisava corantes, usava-os para

corar bactérias

 Cientistas alemães verificaram que cresciam colónias sobre batatas

fervidas, permitindo isolar microrganismos individuais. Assim,
desenvolveram meios, constituídos por substâncias que satisfazem as
necessidades nutricionais dos microrganismos

 Koch e os seus colaboradores demonstraram que uma substância extraída

das algas, o agar, podia solidificar os meios

 Richard Petri inventou uma placa de vidro especial para depositar o meio
contendo agar.

33
HISTÓRIA DA MICROBIOLOGIA
 Postulados de Koch: Por volta de 1880, Koch, com base nos
avanços das técnicas laboratoriais, desenvolveu e organizou os
quatro critérios necessários para provar que um microrganismo
específico causa uma doença em particular .
1. O microrganismo deve estar presente em todos os casos da doença e
ausente nos organismos saudáveis

2. O microrganismo deve ser isolado e cultivado em cultura pura, em

condições laboratoriais

3. A cultura pura do microrganismo produzirá a mesma doença quando

inoculado num animal saudável

4. O mesmo microrganismo deve ser novamente isolado do organismo

doente

34
HISTÓRIA DA MICROBIOLOGIA

 Postulados de Koch

35
HISTÓRIA DA MICROBIOLOGIA
Doença ou
Ano Agente etiológico Descobridor
infecção
1876 Carbúnculo Baciluus anthracis Koch
1880 Febre tifóide Salmonella typhi Eberth
1880 Malária Plasmodium spp. Laveran
1881 Infecções de feridas Staphylococcus aureus Ogston
1882 Tuberculose Mycobacterium tuberculosis Koch
1883 Cólera Vibrio cholerae Koch
1885 Tétano Clostridium tetani Nicolaier
Pneumonia
1886 Streptococcus pneumoniae Fraenkel
bacteriana
1887 Meningite Neisseria meningitidis Weichselbaum
1887 Febre de malta Brucella spp. Bruce
1894 Peste Yersinia pestis Yersin
1898 Desinteria Shigella dysenteriae Shiga 36
HISTÓRIA DA MICROBIOLOGIA

 Alexander Fleming

 Enquanto inspeccionava umas culturas

antigas verificou que um fungo tinha
crescido espontaneamente, como
contaminante, numa das placas
inoculadas com Staphylococcus aureus Alexander Fleming
(1881-1955)

 Verificou que as colónias que estavam à

volta do fungo (Penicilium notatum) eram
transparentes

37
HISTÓRIA DA MICROBIOLOGIA
Ano Evento Autor
Antony van
1684 Descoberta do mundo microbiano Leeuwenhoe
k
1857 Comprovação da teoria microbiana da fermentação Pasteur
1861 Refutação da teoria da geração espontânea Pasteur
1867 Desenvolvimento dos conceitos de técnica asséptica Lister
Postulados de Koch: critério para estabelecer o agente
1876 Koch
causal da doença
Desenvolvimento de técnicas laboratoriais
1881 Koch
microbiológicas
1882 Descoberta da causa da tuberculose Koch
1884 Desenvolvimento da coloração diferencial para bactérias Gram
1885 Desenvolvimento de vacinas Pasteur
1929 Descoberta da penincilina Fleming
38
 Fermentação e Pasteurização
Produtores de vinho e cerveja observavam os seus produtos
“azedados”, causando grandes problemas económicos.
Pasteur descobriu que leveduras convertiam os açucares em
álcool na ausência de ar - .

Pasteur aqueceu a cerveja e o vinho o suficiente para matar

as bactérias – . Obviando, assim, o
“azedamento” e degradação. Que comprovou serem causados
por microrganismos.

Tindalização : Tyndal derrubou de vez a geração espontânea pois

descobriu a forma de eliminar os esporos. Caldos com esporos eram
fervidos durante 3 dias seguidos durante 30 minutos.
1. Importância da Microbiologia

Efeitos no Ambiente

✓ Os microrganismos constituem a maior proporção de biomassa

do planeta, pelo que o seu impacto ambiental é enorme

✓ As Cianobactérias e algas marinhas são responsáveis pela

maior parte da fotossíntese, constituindo-se como os principais
fixadores de CO2

✓ Desenvolvem o processo de mineralização da matéria orgânica

tornando os nutrientes disponíveis para o ecossistema

✓ Utilizados como bioremediadores em ambientes poluídos

As comunidades microbianas são a base de todos os ecossistemas

Bactérias: são unicelulares, simples, procariotas. Incluem as
eubactérias e as archaeabactérias. Reproduzem-se por fissão
binária.
Vírus: Os vírus foram diferenciados de outros agentes
infecciosos por serem pequenos (filtráveis) e, por serem
parasitas intracelulares obrigatórios. São incapazes de produzir
energia ou proteínas independentemente de uma célula
hospedeira; multiplicam-se dentro de células vivas usando a sua
maquinaria.
Fungos: organismos eucariotas, com o material genético
circundado pela membrana nuclear.
Podem ser unicelulares (leveduras) ou multicelulares (bolores
/cogumelos).
Podem reproduzir-se sexuada ou assexuadamente.
Protozoários, algas e animais : Os protozoários são
unicelulares eucariotas heterotróficos. São classificados pelo seu
modo de locomoção. Reproduzem-se sexuada ou
assexuadamente. As algas são organismos autotróficos. Os
animais microscópicos (vermes chatos ou redondos,
denominados helmintos) são multicelulares.
 Introdução à Microbiologia do Ambiente Marinho
Microbes in the marine environment

Marine microbiology is one of the most exciting and

important areas of modern science

1. Powerful new tools in molecular biology, remote sensing and deep sea
exploration have led to astonishing discoveries of the abundance and
diversity of marine microbial life and its role in global ecology.
2. Now we realize the vital role that marine microbes play in the maintenance
of our planet, a fact that will have great bearing on our ability to respond
to problems such as the increase in human population, overexploitation of
fisheries, climate change, ocean acidification and marine pollution.
3. Study of the interactions of marine microbes with other organisms is
providing intriguing insights into the phenomena of food webs, symbiosis
and pathogenicity.
4. Marine microbes have beneficial properties such as the manufacture of
new products and development of new processes in the growing field of
marine biotechnology
 Introdução à Microbiologia do Ambiente Marinho
Microbes in the marine environment

Marine microbiology encompasses all microscopic

organisms and viruses

1. There is a huge diversity of interconnected microbial life forms in the

marine environment.
2. The term “microbe” is generic descriptor for all microscopic organisms
(i.e. the bacteria, archaea, fungi and unicellular protists), together with
the viruses.
 Introdução à Microbiologia do Ambiente Marinho
Microbes in the marine environment

Marine microbes are found in all 3 domains of

cellular life

1. Woese (1970) pioneered the use of ribosomal RNA (rRNA) sequencing in

order to develop a better view of microbial diversity.
2. Base sequence changes in the rRNA molecule occur very slowly in
evolution. Some parts are highly conserved and sequence comparisons can
be used to ascertain the similarity of organisms on a broad basis.
3. Archaea are not Bacteria.
 Introdução à Microbiologia do Ambiente Marinho
Microbes in the marine environment

Horizontal gene transfer accelarates evolution

1. Previously evolution was explained only by the processes of mutation and

sexual recombination, but we now know that the pace of evolution is
accelarated by the transfer and accquisition of modules of genetic
information. Wide spread in modern members of Bacteria and Archaea.
2. It´s called “transformation” and the cell may take up and express naked
DNA.
3. The enormous diversity of marine virus and the identification of a viral
origin of genes in many marine organisms indicate how important this is.
 Introdução à Microbiologia do Ambiente Marinho
Microbes in the marine environment

Viruses are noncellular entities with great

importance in marine ecosystems

1. Recognition of the abundance and diversity of marine viruses, and the role
they play in biogeochemical cycles and control of diversity in marine
microbial communities has been one of the most important discoveries of
recent years.
 Introdução à Microbiologia do Ambiente Marinho
Microbes in the marine environment

Microbial processes shape the living world

1. Bacteria and Archaea have shaped the development of life on Earth ever
since their first appearance – the metabolic processes that they carry out
in the transformation of elements, degradation of organic matter, and
recycling of nutrients play a central role in innumerable activities that
affect the support and maintenance of all other forms of life.
2. Microbes live and grow almost everywhere, whereas plants and animals
occupy only a small subset of possible environments.
 Introdução à Microbiologia do Ambiente Marinho
Microbes in the marine environment

Marine microbes show great variation in size

1. The most abundant microbes found in seawater are exceptionally small.

2. If nutrients are severely limiting, as they are in most of the oceans,
selection will favor small cells.
3. Marine eukaryotic microbes also show a considerable variation in size.
 Introdução à Microbiologia do Ambiente Marinho
Microbes in the marine environment

The world´s oceans and seas form an

interconnected water system

1. The oceans cover 71% of the Earth´s surface and contain 97% of the total
water on Earth. The average depth of the ocean is 3.8 km.
2. More than 80% of the area and 90% of the volume of the oceans
constitutes the deep sea, most of which remains unexplored.
3. It is usual to recognize five major ocean basins, although they actually
form one interconnected water system.
 Introdução à Microbiologia do Ambiente Marinho
Microbes in the marine environment

The upper surface of the ocean is in constant

motion owing to winds

1. Wind belts created by diferential heating of air masses generate the major
surface current systems.
2. Rotation of the Earth deflects a moving water (Coriolis Effect). This leads
to large circular gyres that move clockwise (northern hemisphere) and
anticlockwise (southern).
3. Such gyres and currents affect the distribution of nutrients and marine
organisms.
4. The marine ecossystem can be divided into 4 major biogeographical zones
: POLAR, COLD TEMPERATE, WARM TEMPERATE (subtropical) and
TROPICAL.
 Introdução à Microbiologia do Ambiente Marinho
Microbes in the marine environment

Deep water circulation systems transport water

between the ocean basins

1. Below 200 m, ocean water is not affected by mixing and wind generated
currents.
2. A system of vast undersea rivers transports water around the globe.
3. This termohaline circulation system is formed by the effects of
temperature and salinity causing diferences in the density of water.
4. The currents near the pole are more dense (because of evaporation and
water removal as ice) and tend to sink.
5. The current near the equator warms and becomes less dense, causing
upwelling
 Introdução à Microbiologia do Ambiente Marinho
Microbes in the marine environment

Seawater is a complex mixture of inorganic and

organic compounds

1. Seawater is slightly alkaline and contains more than 80 solid elements,

gases, and dissolved organic substances.
2. The concentration of salts has a marked effect on the physical properties
of seawater.
3. The gases oxygen and carbon dioxide are more soluble in cold water.
Oxygen is at his highest in the top 10-20 m. Concentration decreases with
distance from the surface untill it reaches a minimum between 200 a
1000m and bacterial decomposition of organic matter may create
conditions that are anoxic.
 Introdução à Microbiologia do Ambiente Marinho
Microbes in the marine environment

Light and temperature have important effects on

microbial processes

1. Light affects primary productivity.

2. Solar radiation leads to thermal stratification of water. In tropical seas
there is a marked thermocline at about 100-150 m, causing a considerable
difference in density from that of deeper waters. Below which there is a
sudden reduction in temperature to about 10ºC or less.
 Introdução à Microbiologia do Ambiente Marinho
Microbes in the marine environment

Marine microbes form a major component of the

plankton

1. The surface interface (neuston) between water and atmosphere is rich in

organic matter and often contains high numbers of diverse microbes.
2. Plankton referes to organisms suspended in the water column that do not
have sufficient power of locomotion to resist large scale water-currents (in
contrast to nekton, which are strong swimming animals).
3. Phytoplankton, zooplancton, bacterioplankton, virioplankton .
4. Femtoplankton (virus), picoplankton (bacteria, etc), nanoplankton
(flagellates, diatoms, etc), microplankton (cilliates, diatoms,
dinoflagellates, other algae)
Introdução à Microbiologia do Ambiente Marinho
Microbes in the marine environment
 Introdução à Microbiologia do Ambiente Marinho
Microbes in the marine environment

Microbes, particles and dissolved nutrients are not

evenly distributed in seawater

1. There is microscale heterogeneity in the distribution of nutrients around

organisms and particles of organic matter.
2. Large quantities of transparent colloidal polymers structure seawater into
a complex gel-like matrix.
3. Physical factors such as diffusion, shear forces and viscosity must be
considered.
4. Marine snow – There is a continous shower of clumps and strings of
material which falls through the water column. Consists of aggregates of
inorganic particles, plankton cells, detritus from dead or dying plankton,
and zooplankton fecal material, glued together by a matrix of polymers
released from phytoplankton and bacteria. Most have 0.5 micrometers but
can grow to several centimeters in calm waters.
 Introdução à Microbiologia do Ambiente Marinho
Microbes in the marine environment

Microbes play a key role in the formation of

sediments
1. In deep ocean about 75% of its floor is covered by abyssal clays and
oozes. The clays come from terrestrial dust, volcanic ash and cosmogenic
dust from meteor impact. The biogenous oozes contain 30% biological
material (shells of protistan plankton).
2. The calcareous oozes cover nearly 50% of the ocean floor
(coccolithophorids and foraminifera). Siliceous oozes are formed the shells
of diatoms and radiolarians.
3. Remineralization of readily degradable organic matter through microbial
action means that only a small fraction of fixed carbon reaches the deep
ocean floor. As organic material settles deeper into anoxic sediments it
acumulates more rapidly than it is degraded.
4. These special habitats (and others as hydrotermal vents, cold seeps, salt
marshes, mangroves and coral reefs) have novel bacteria, some with
biotechnological aplications.Production and oxidation of methane,
reduction of sulfur compounds are of special interest.
 Introdução à Microbiologia do Ambiente Marinho
Microbes in the marine environment

Microbes colonize surfaces through the formation of

biofilms

1. Biofilms consist of a collection of microbes bound to a solid surface by

their extracellular products, which trap organic and inorganic components.
2. All kinds of surfaces including other microbes, plants, animals, rocks and
fabricated structures may be colonized by biofilms.
3. As a result of metabolic processes, ecological succession results in the
development of microenvironments and colonization by mixed
communities of bacteria and protists to form layered structures known as
microbial mats (several milimeters thick). Very important in shallow and
intertidal waters.
4. Phototrophic bacteria and diatoms are major components of stratified
microbial mats.
 Introdução à Microbiologia do Ambiente Marinho
Microbes in the marine environment

Microbes in sea ice form an important part of the

food chain in polar regions
1. The structure of sea ice provides a labyrinth of different microhabitats for
microbes, with variations in temperature, salinity, nutrient concentration
and light penetration.
2. This enables colonization and active metabolism by distintive mixed
communities of psychrophilic photosynthetic and heterotrophic protists
and bacteria, as well as viruses.
3. Microbial activities also alter the physicochemical conditions, mainly owing
to the production of large amounts of cryoprotectant compounds and
extracellular polymers, leading to the creation of additional
microenvironments
4. The dominant photosynthetic organisms near the ice-sea interface are
diatoms and small dinoflagellates. Through photosynthesis the microalgae
make a small but significant contribution to primary production in polar.
5. Some microbes remain active even in the coldest parts of the ice:
biotechnological potential.
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Microbes in the marine environment

Microbial activity at hydrothermal vents provides an

oasis of life in the deep sea
1. Seawater permeates through cracks and fissures in the crust and interacts
with heated underlying rocks, changing the chemical and physical
characteristics of both the seawater and the rock.
2. Warm waters near hydrothermal vents contain large populations of
chemosynthetic bacteria and archaea, which fix CO2, using energy from
the oxidation of sulfides in the vent fluids. This metabolism supports a
food chain with many trophic levels that is independent of photosynthesis.
That is why dense communities of animals, including tubeworms, clams,
anemones, crabs, etc can be seen.
3. Many of the animals at vent sites contain chemosynthetic bacteria as
symbionts within their tissues or on their surfaces.
4. Bacterial populations directly support the growth of filter-feeding animals,
such as clams and mussels, or shrimps, which graze on microbial mats.
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Microbes in the marine environment

Cold seeps also support diverse life

1. Cold seeps are abundant along the continental shelf and slope.

2. There´s high concentrations of methane and sulfide suport

chemosynthetic communities consisting of free-living bacteria and archae
as well as those living symbiotically with invertebrates.
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Microbes in the marine environment
Living organisms are the habitats of many microbes
1. Microbial biofilms also form on the surfaces of all kinds of animals, algae,
and coastal plants which provide a highly nutritive environment through
secretion or leaching of organic compounds.
2. Many organisms seem selectively to enhance surface colonization by
certain microbes and discourage colonization by others.
3. Once established, particular microbes may themselves influence
colonization by other types.
4. These processes offer obvious applications in the control of biofouling as
well as surface (epibiotic) associations, and endosymbiotic associations
within the body cavities, tissue or cells of living organisms.
5. Many microalgae such as diatoms and dinoflagellates harbor bacteria.
Intimate associations between bacterial and archaeal cells are being
revealed by imaging techniques.
6. Seaweeds and seagrasses have dense populations of bacteria.
7. The external surfaces and intestinal content of animals have a diversity of
microbes. Such associations can be neutral or beneficial for both host and
microbe (symbiosis)