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Campo Elétrico
CDU: 501:620
Catalogação: www.sisbin.ufop.br
Aos meus pais
Agradecimentos
À Deus
Ao Prof. Alan Barros de Oliveira, muito obrigada pela orientação, motivação,
dedicação, paciência e amizade.
Aos meus pais, que me apoiam incondicionalmente, que sempre acreditam e apostam
em mim e que compartilharam e sempre compartilham as alegrias e tristezas de todo
meu caminho. Obrigado por serem os melhores pais do mundo e por me ensinarem a
buscar meus sonhos. Tenho orgulho de ser filha de vocês.
A toda minha família, obrigada pela confiança, incentivo e torcida de cada um de
vocês.
Ao Bruno, um irmão que o mestrado me proporcionou encontrar e que vou levar para a
vida toda. Amigo nas alegrias, tristezas, viagens e lanches, obrigada por todas as
conversas, pela companhia sempre, e por tornar os dias no laboratório e em Ouro
Preto muito mais agradáveis.
À Karina, obrigada pela amizade, conversas e paciência, e com quem pude dividir as
dificuldades de se fazer um mestrado. Ao Rafael, por todas as caronas, explicações e
por sempre me animar com sua alegria contagiante. À Laureana e Márcia, pela
amizade e conversas descontraídas. Sem dúvida, vocês fizeram esses dois anos
serem muito melhores.
Aos meus colegas, obrigada pela boa convivência.
À Letícia, Marcos, e todos meus amigos que sempre compreenderam minha ausência
e torceram tanto por mim.
Aos professores Ronaldo e Matheus, pelas discussões sobre o trabalho e conversas
no dia-a-dia. E obrigada à secretária Mariana, sempre atenciosa e ótima companhia
em momentos de descontração.
Ao professor Leandro Barros e ao Mateus Kohler, pelas explicações e imensa ajuda
nesse trabalho.
À CAPES, pelo apoio financeiro.
Num dia lindo e ensolarado, o coelho saiu de sua toca com o notebook e pôs-se à
trabalhar, bem concentrado. Pouco depois passou por ali uma raposa e viu aquele suculento
coelhinho, tão distraído que chegou a salivar. No entanto, ela ficou indignada com a atividade
do coelho e aproximou-se, curiosa.
- Coelhinho, o que você está fazendo aí tão concentrado?
- Estou redigindo minha tese, disse o coelho sem tirar os olhos do trabalho.
- Humm... E qual é o tema da sua tese?
- Ah, é uma teoria provando que os coelhos são os verdadeiros predadores naturais de
animais como as raposas.
A raposa ficou indignada.
- Ora! Isso é ridículo! Nós é que somos predadores dos coelhos!
- Absolutamente! Venha comigo à minha toca que eu mostro minha prova experimental.
O coelho e a raposa entram na toca. Poucos instantes depois ouve-se alguns ruídos
indecifráveis, alguns poucos grunhidos e depois... silêncio. Em seguida, o coelho volta,
sozinho, e mais uma vez retoma os trabalhos de sua tese, como se nada tivesse acontecido.
Meia hora depois passa um lobo. Ao ver o apetitoso coelhinho tão tão distraído agradece
mentalmente à cadeia alimentar por estar com seu jantar garantido. No entanto, o lobo também
acha muito curioso um coelho trabalhando naquela concentração toda. O lobo então resolve
saber do que se trata aquilo tudo, antes de devorar o coelhinho.
- Olá, jovem coelhinho. O que o faz trabalhar tão arduamente?
- Minha tese, seu lobo. É uma teoria que venho desenvolvendo há algum tempo e que
prova que nós, coelhos, somos os grandes predadores naturais de vários animais carnívoros,
inclusive dos lobos.
O lobo não se contém e farfalha de risos com a petulância do coelho.
- Ha, ha, ha, ha!!! Coelhinho! Apetitoso coelhinho! Isto é um despropósito. Nós, os
lobos, é que somos os genuínos predadores naturais dos coelhos. Aliás, chega de conversa...
- Desculpe-me, mas se você quiser eu posso apresentar a minha prova experimental.
Vocẽ gostaria de acompanhar-me à minha toca?
O lobo não consegue acreditar na sua boa sorte. Ambos desaparecem toca adentro.
Alguns instantes depois ouve-se uivos desesperados, ruídos de mastigação e... silêncio. Mais
uma vez o coelho retorna sozinho e volta ao trabalho de redação da sua tese, como se nada
tivesse acontecido...
Dentro da toca do coelho vê-se uma enorme pilha de ossos ensanguentados e
pelancas de diversas ex-raposas e, ao lado desta, outra pilha ainda maior de ossos e restos
mortais daquilo que um dia foram lobos. Ao centro das duas pilhas de ossos, um enorme
LEÃO, satisfeito, bem alimentado e sonolento, a palitar os dentes.
MORAL DA HISTÓRIA
Não importa o quão absurdo é o tema de sua tese.
Não importa que não tenha o mínimo fundamento científico.
Não importa se os seus experimentos nunca cheguem a provar sua teoria.
Não importa nem mesmo se suas idéias vão contra o mais óbvio dos conceitos lógicos...
O importante é: QUEM é o seu orientador!
(Tese do Coelhinho)
RESUMO
Water, a fundamental substance for life on the planet, is made up of only three
atoms, one of oxygen and two of hydrogen. Although of the apparent simplicity,
it has unusual characteristics to the liquids, like its anomaly in the diffusion, that
is the increase of the mobility under pressure. Currently, there are more of the
sixty anomalies cataloged for the bulk water. However, the more part of the
water responsible for life is in confined state, inside cells and in nanoscale
channels. Therefore, it is important to know how it behaves in confined
environments. Some progress has already been made in this direction, but with
focus on perfect confining means and in the vacuum. In this work, using the
molecular dynamic method for calculate the diffusion in systems carbon
nanotubes-water, we investigated the action of the external electric field acting
in the system. Although neutral, the molecule of water has electric dipole, that
certainly will be influenced by action of the field and, so, modifying her diffusion.
The importance of this study is due to the fact that most of the water in
biological media is not isolated, on the contrary, it is mostly ionic and therefore
loaded.
1. Introdução 11
1.1 Água . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . 11
1.2 Nanotubos de Carbono . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . .16
1.3 Água e Nanotubos de Carbono . . . . . . . . . . . . . . . . . . . 19
1.4 Objetivos . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . 24
2. Métodos 25
2.1 Modelos para a Água . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . 25
2.2 Modelo TIP4P/2005 . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . 27
2.3 Dinâmica Molecular . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . 27
2.4 Detalhes da Simulação. . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . 33
3. Resultados 35
3.1 Difusão . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . 35
3.2 Densidade. . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . 44
3.3 Ligações de Hidrogênio . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . 56
3.4 Comportamento das moléculas de água . . . . . . . . . . . . . . 69
4. Conclusão 73
A. LAMMPS 74
B. Softwares Utilizados 76
Referências Bibliográficas 77
x
CAPÍTULO 1
INTRODUÇÃO
1.1 Água
11
hidrogênio. (c) Esquema de um tetrâmero formado por quatro moléculas de
água. (d) Esquema das configurações, aberta e fechada, respectivamente,
formada pelos tetrâmeros. (Figuras adaptadas das Refs. [21], [98], [13] e [8],
respectivamente).
12
Assim como o comportamento diferente da compressibilidade, o calor
específico da água também tem um mínimo, que ocorre à 36 ºC sob pressão
constante (Figura 3).
13
Figura 5: A difusão da água possui um máximo para certa temperatura e
pressão, não observado em líquidos normais. Os círculos com as linhas
pontilhadas indicam os máximos nas densidades para cada temperatura. 13,122
14
dinâmicas observadas. Em seus resultados observaram que o relaxamento das
ligações de hidrogênio na água supercrítica ocorre em um tempo mais longo
que o da água em temperatura ambiente e que a utilização do modelo de
simulação para água SPC/E (do inglês, simple point charge/extended)
demonstrou os valores das constantes críticas próximos da água real. 17
Dentre os muitos estudos sobre a água, Scala et al. investigaram as
anomalias estáticas e dinâmicas da água, dentre elas a anomalia da
densidade, para a comparação com os dados experimentais, e identificou duas
fases sólidas, relativas à alta e baixa densidades.18
Além das características da água pura, vários pesquisadores também se
interessam por essa substância peculiar interagindo com outras moléculas. As
características macro e microscópicas desse líquido sofrem influência do
estado em que ele se encontra, isto é, quando livre (bulk) ou confinado. Em
1981, Berendsen et al. utilizaram um modelo computacional simples baseado
em potenciais empíricos para a água no intuito de se estudar hidratação de
proteínas. As propriedades medidas com as simulações foram satisfatórias em
relação a dados experimentais e, devido à simplicidade do modelo adotado,
com baixo custo computacional.22
O interesse por propriedades da água em diferentes meios também
intriga cientistas. Por exemplo, em 2014, Farimani et al. relataram a difusão de
componentes rotacional e translacional e a entropia de moléculas de água
dentro de um canal biológico, e o enchimento espontâneo dos poros devido ao
ganho entrópico.24 O confinamento de água em diversos materiais está cada
vez ganhando mais a atenção de pesquisadores. A. Bose et al. publicaram
recentemente um estudo sobre o nanoconfinamento de água dentro de
nanoporos influenciado por um campo elétrico, diferenças de potenciais
variando entre 0 e 10 V.25
Os nanomateriais de carbono: grafeno,26,27 grafite,28 estruturas
disformes,29 fulerenos e nanotubos, também atraem os pesquisadores. Estudos
recentes abordam a influência do carbono sobre a água.
Em 2013, K. Min, A. B. Farimani e N. R. Aluru publicaram um artigo
relatando o estudo das propriedades mecânicas da água dentro de um fulereno
(C60),30 artigo esse que sucedeu outro, publicado meses antes, por Farimani,
15
Yanbin Wu e Aluru, em que ressaltava a importância do estudo de uma única
molécula de água encapsulada por um fulereno para a investigação das
propriedades da água, observando que a combinação das características
encontradas podem propiciar aplicações diversas em pesquisas futuras em
nanotecnologia.31
Alguns estudos também são realizados com outras substâncias, visto
que anomalia de densidade e difusão não estão presentes apenas na água.
Em 2005, Zhang et al. investigaram misturas de Ar-Kr,32 e outros
pesquisadores simularam fluidos confinados,33-36 metano,37 CO2,38 e mostraram
que estes materiais e substâncias também apresentam anomalias. Nos
estudos que envolviam confinamento, observaram que substâncias confinadas
têm algumas propriedades alteradas.
16
investigaram, em 2007, a causa dessa característica dos nanotubos,
ressaltando que se devia a lisura dos mesmos.39
Com pouco mais de duas décadas, a descoberta do nanotubo de
carbono de múltiplas camadas por Iijima40 foi um grande avanço no estudo do
carbono e seus compostos. Em 1993, a observação de nanotubos de camada
simples e a possibilidade de sínteses de nanotubos, também por Iijima junto
com colaboradores,41 ampliou o campo de estudos desses novos materiais
multifuncionais.
Os nanotubos de paredes múltiplas (MWNT‟s – multi wall nanotubes)
são tubos formados por duas ou mais folhas de grafeno enroladas uma dentro
da outra, com diâmetros diferentes. Já o nanotubo de parede simples (SWNT‟s
– single wall nanotubes), tem apenas uma folha de grafeno enrolada. Os
nanotubos podem ser classificados como aquirais, que ao espelhar sua
imagem obtêm-se outra igual à original, tipos armchair e zig-zag, ou quirais,
que ao espelhar sua imagem não se encontra outra igual à original.3,42-47 A
Figura 6 mostra os tipos de nanotubos segundo o número de paredes.
17
Figura 8: Esquema dos três tipos de nanotubos: (a) zig-zag; (b) armchair; (c)
quiral.
18
térmica em nanotubos de carbono. Foi realizada a montagem com duas
camadas de nanotubos armchair (externo 10,10 e interno 5,5), com e sem
defeitos, observando a redução do coeficiente de expansão térmica devido ao
surgimento de defeitos nos nanotubos.45
Os nanotubos também possuem propriedades vibracionais e óticas
determinadas pela sua estrutura eletrônica.46 Técnicas variadas são utilizadas
para o estudo das propriedades dos nanotubos, uma dessas técnicas é a
espectroscopia Raman ressonante que possibilita o estudo de amostras,
isoladas, em solução ou dopadas, para saber as características de como eles
são formados. Há trabalhos experimentais relatando resultados satisfatórios
quanto à boa qualidade dos nanotubos dopados e depositados. 4,47
Há muitos estudos sendo realizados explorando as propriedades dos
nanotubos. Desde estudos sobre a resposta magnética e transporte térmico de
acordo com sua simetria,51,52 condução, propriedades e instabilidade
eletrônicas quando eles sofrem a incorporação de impurezas magnéticas 53 e
grandes deformações.54,55 Também há estudos sobre a dispersão em
solventes56 e fluxo iônico para a utilização dos mesmos como canais de
proteínas artificiais.57 Nos resultados obtidos em todos os trabalhos, foram
observados características magnéticas, térmicas e eletrônicas, favoráveis ao
uso como transportadores e armazenadores de substâncias, como água e
proteínas.
Fator fundamental na utilização dos nanotubos é a influência do
confinamento sobre as espécies confinadas. Já existem muitos estudos
tratando-se do confinamento de fluidos,33-34,58,59 misturas binárias60 e
substâncias como o gálio,61 a fim de observar a difusão que ocorre nesses
materiais. Com resultados satisfatórios para tantos elementos, a ligação
nanotubo-água não poderia ser esquecida, e se torna aliada na procura pela
compreensão desse líquido único.
19
confinamento e transporte de água em nanotubos é algo promissor para
avanços tecnológicos. A Figura 9 apresenta um esquema de moléculas de
agua dentro de um nanotubo de carbono.
20
Frenkel-Kontorova. Segundo os resultados obtidos neste trabalho, a interação
entre o nanotubo e as moléculas de água influencia na mobilidade das
moléculas, essa influência se deve a razão entre o parâmetro de rede do
nanotubo com a separação entre as moléculas.2
A relação da espessura e tamanho dos nanotubos e as propriedades do
transporte da água a baixas pressões também foi alvo de investigação. 71 Em
2015, uma pesquisa apontou um aumento não linear da viscosidade da água
com o aumento do diâmetro do nanotubo, ressaltando também a ligação entre
densidade e viscosidade.115
Há também o interesse pela água com misturas e comparando-a com
outras substancias. Em 2004, Kotsalis et al. verificaram que o deslizamento da
água misturada à nitrogênio e quando em fases diferentes –líquida/vapor- era
menor que o da água pura.73 Resultados comparando água e outras
substâncias também são relatados. Um artigo publicado, em 2013, sobre a
comparação da adsorção e mobilidade da água, ácidos vanílico e p-cumárico, e
tirosol em nanotubos, ressaltou a influência do diâmetro dos nanotubos na
mobilidade das moléculas. Observando que em nanotubos de paredes simples
e pequenos diâmetros ocorre a formação de cadeias moleculares. O aumento
do diâmetro e com nanotubos de múltiplas camadas a água se organiza em
camadas concêntricas dispostas radialmente ao longo do eixo do tubo.
Também há uma dependência entre a difusão da água e o diâmetro do tubo,
aumentando conforme o aumento do diâmetro. Em contrapartida, os ácidos
vanílico e p-cumárico, e o tirosol permanecem quase imóveis dentro dos
nanotubos com diâmetros menores que 26 Å.66
Ainda na adsorção, em 2016, o dodecil sulfato de sódio foi investigado
misturado à água dentro de nanotubos de carbono, a fim de verificar os efeitos
dele sobre as propriedades da água e sua capacidade de adsorção em
nanotubos. O uso do dodecil sulfato de sódio foi positivo para a difusão da
água, favorecendo-a devido à superfície hidrofóbica do nanotubo, pois ele é
adsorvido pelo mesmo.74
O aumento da temperatura de ebulição devido ao confinamento de água
é uma propriedade importante quando misturas são consideradas. Segundo um
estudo de Chaban e Prezhdo, a temperatura mais alta torna mais eficiente a
21
absorção de fármacos, quando dentro de nanotubos, pelo organismo de um ser
vivo.10
O interesse a respeito das propriedades elétricas também se faz
presente no que se trata de água confinada em nanotubos. Segundo um
trabalho publicado em 2011, o bombeamento e a eficiência na conversão de
energia eletro-cinética aumenta com a presença de cargas móveis.75 A
estrutura,11 bombeamento12 de água para dentro dos nanotubos e sua
permeação76 foram estudados e os resultados mostraram que os nanotubos
podem ser utilizados no desenvolvimento de dispositivos para a canalização
biológica, auxilio e confinamento de água. J. Hassan et al. fizeram uma síntese
de pesquisas, teóricas e experimentais, sobre água confinada em nanotubos,
onde ressaltavam o uso de nanomateriais para pesquisas futuras. 77
Muitos artigos retratam pesquisas sobre as anomalias da densidade e da
difusão. Recentes estudos sobre água confinada trazem resultados
esclarecedores sobre a influência das ligações de hidrogênio nesse
comportamento anômalo da água sendo responsabilizadas por boa parte das
anomalias.8
Em 2001, Errington e Debenedetti publicaram um estudo onde
investigaram até onde a ordem do sistema, estrutura desordenada semelhante
à da água bulk passando à ordenada semelhante a da água confinada,
considerando as ligações de hidrogênio (Figura 1-b), iria antes que as
anomalias da água começassem. Em seus resultados relataram que conforme
a ordem do sistema aumenta, as anomalias estrutural, cinética e
termodinâmica começam a aparecer, respectivamente.78
Ainda em 2000 e 2001, Gordillo e Marti pesquisaram as ligações de
hidrogênio na água confinada em nanotubos de carbono e perceberam que
menos ligações ocorriam em relação à água livre.79,80 Em um artigo publicado
em 2004, Kolesnikov et al. relataram a dinâmica da água confinada
caracterizada por ligações flexíveis de hidrogênio. 81 E estudos de 2008 e 2014,
Alexiadis et al. e Chen et al., relataram, dentre outras características, a
influência das ligações de hidrogênio na difusão da água confinada em
nanotubos de carbono.82,83
22
A difusão da água é uma das anomalias bastante estudadas. Striolo, em
2006, estudou a difusão da água confinada em nanotubos de carbono curtos. 87
E em 2012, Wang et al. publicaram um estudo relatando os efeitos da
superfície e confinamento causados pelo nanotubo na água, ressaltando que
em nanotubos com diâmetro menor que 12,2 Å ocorre um mecanismo de
difusão de duas fases devido a dupla influência do confinamento e da
superfície regular.88
Os tetrâmeros também influenciam nessa difusão, pois em um ambiente
confinado, com nanotubos mais finos, ocorre a alternância das duas formas,
fechada e aberta, dos quartetos de moléculas rearranjando continuamente a
estrutura interna da água.8
A difusão não é estudada apenas teoricamente, mas também,
experimentalmente. Em um artigo publicado por Xin Liu et al., em 2014, relatou
os resultados da difusão da água dentro dos nanotubos utilizando o método de
espectroscopia.89
O estudo da difusão da água com outras substâncias também é
realizado, como em uma matriz de poli(metacrilato de metila) contendo
nanotubos.90 E na pesquisa da presença de íons na água confinada, que
resultou em um valor máximo de difusão quando há cátions, (K + e Na+),
envolvidos e na diminuição do coeficiente de difusão quando ocorre o aumento
da concentração de ânions, (F-, Cl- e Br-).91
A influência que a temperatura e o tamanho,92 sob pressão,93 dos
nanotubos causam sobre o confinamento da água foram alvo de estudos em
2013 e 2015, observando que o fluxo dependia do diâmetro dos nanotubos,
sendo a dependência, também observada, de fluxo e pressão pequena. Assim
também, em 2014, L. B. Silva estudando as propriedades da água confinada
observou a dependência da densidade e coeficiente de difusão com o diâmetro
dos nanotubos de carbono.94
Além dessas influências sobre o comportamento da água confinada, a
aplicação de um campo elétrico nesse sistema nanotubo-água também gera
curiosidade entre os pesquisadores. Em 2015, Ritos et al.114 publicou um
estudo teórico em que discutia os resultados de biaxialidade, anisotropia e
densidade sob a influencia de valores diferentes de campo elétrico aplicados
23
em nanotubos com água. Divulgando assim, um estudo abrangente sobre
características da água confinada e sob efeito de um campo elétrico.
A viscosidade, além da difusão, também foi alvo de estudo no sistema
água confinada em nanotubo. Além disso, a busca por um modelo de água que
reproduza mais fielmente possível a realidade desse sistema é algo que requer
cuidado. Para o estudo sobre a viscosidade Kohler et al.115 utilizou o modelo
TIP4P/2005,116 que segundo sua pesquisa, foi o modelo que retratava melhor
os valores de densidade e difusão de trabalhos teóricos e experimentais já
divulgados.
B. Farimani e N. R. Aluru relataram os resultados encontrados, utilizando
o modelo SPC/E, para os coeficientes de difusão tangencial, axial e radial de
água confinada em nanotubos de carbono de diâmetros variados. Os
resultados foram analisados considerando as ligações de hidrogênio e
orientação da água, o coeficiente de difusão foi expresso como função do
diâmetro do nanotubo, havendo um valor mínimo, (≈ 0,1.10-5 cm²/s), de difusão
quando o diâmetro se aproxima de 1,25 nm, nanotubo armchair (9,9), e um
valor máximo (≈3.10-5 cm²/s) em um nanotubo (20,20) com diâmetro próximo à
2,7 nm.95
A difusão da água livre, encontrada por Farimani e Aluru, de 2,59.10-5
cm²/s95 está de acordo com outro resultado encontrado anteriormente para a
água em estado bulk.96 Eles observaram também que a proximidade da parede
do nanotubo faz com que o coeficiente de difusão tenha um aumento
significativo.95
1.4. Objetivo
24
CAPÍTULO 2
MÉTODOS
25
são modelos rígidos (R) de natureza empírica, onde a posição dos átomos é
fixa; mas há também modelos flexíveis, ligações entre os átomos são flexíveis;
e modelos polarizáveis, em que o termo de polarização é explícito.98
Nos modelos flexíveis as ligações podem possuir ângulos de flexão e
podem reproduzir espectros vibracionais. Já os modelos polarizáveis, devido
ao seu termo de polarização explicita, são capazes de reproduzir a água em
fases diferentes.98
A interação entre as moléculas se dá por interações longo alcance e
suas propriedades físicas, como calor de vaporização, densidade, constante
dielétrica e de difusão, variam de modelo para modelo. 99 O tamanho das
cargas parciais e a localização se diferenciam também, como mostrado na
Figura 10.
A localização de cada átomo nas moléculas se dá de quatro formas
diferentes, ocupando sítios. A Figura 10(a) demonstra uma molécula com três
sítios com um átomo em cada sítio tendo uma carga pontual, onde os oxigênios
têm parâmetros próprios de Lennard-Jones. Já a Figura 10(b) mostra uma
molécula com quatro sítios, onde o oxigênio possui carga positiva e os
hidrogênios possuem cargas negativas, e ocorre uma melhor distribuição
eletrostática.99 A Figura 10(c) mostra uma molécula de cinco sítios com as
cargas negativas divididas e um par de elétrons de valência, e a Figura 10(d) é
uma combinação das Figuras 10(b) e 10(c), com quatro e cinco sítios,
formando uma molécula com seis sítios.99
Figura 10: Disposição dos átomos em uma molécula, (a) com três sítios, (b)
com quatro sítios, (c) com cinco sítios e (d) com seis sítios.99
26
ressaltando que cada modelo tem uma característica propícia para estudos
particulares.100,101
27
considerada.102 A equação de força (Equação 2.1), para três dimensões, que
atua sobre uma partícula é dada2,104 por
⃗
⃗⃗ (⃗⃗⃗ ⃗⃗⃗ ⃗⃗⃗⃗ ) ( )
Figura 11: (a) Interações de pares entre sete partículas. (b) Interações em uma
das sete partículas para calcular a força resultante sobre a partícula A.106
Figura 12: (a) Primeiros vizinhos (azuis), da partícula central (vermelha). (b)
Esquema das condições de contorno.106
28
Um ensemble configura um sistema cujas propriedades são mantidas
constantes e é construído para representar um sistema macroscópico. 107 Para
o controle de temperatura e pressão, são utilizados os ensembles NVT
(número de partículas, volume e temperatura constantes) e NPT (número de
partículas, pressão e temperatura constantes), realizando a termostatização e
barostatização do sistema; onde P é a pressão do sistema, T é a temperatura,
N é o numero de partículas e V é o volume do sistema. Esse grupo de
parâmetros formam ensembles diferentes e descrevem a equação de estado
do sistema, assim, é possível calcular diferentes funções termodinâmicas.
Para a realização de um sistema com temperatura constante, o
termostato de Nosé-Hoover considera uma Lagrangeana estendida permitindo
a flutuação da energia do sistema. Isso acontece inserindo uma variável ̃ em
conjunto com uma velocidade ̃̇ e uma massa Q>0.2
Onde ̃ é adicionado como grau de liberdade do sistema caracterizado
como parâmetro de escala temporal, visto que há um reservatório térmico
externo a temperatura T02. Escala temporal, dado pela Equação 2.2
̃ ̃ ( )
̃ ̇̃ ̃ ̇ ̃ ̃̇ ̇ ( )
̃ ̃̇ ̃
∑ ( ̃) ̃ ( )
29
As equações de movimento são dadas pelas Equações 2.5 e 2.6,
respectivamente.
̃ ̃ ̃̇ ̃ ̃ ̃ ( )
̃̈ [∑ ̃ ̃̇ ] ( )
̃
̇
̃ ̃ ( )
̇ ( )
[ ] ( )
( )
( ) [( ) ( ) ] ( )
30
A Figura 13 foi obtida Utilizando-se e , no potencial
Lennard Jones.
^ ( )
( )
( ) ( )
O potencial total, para este trabalho, é dado pela Equação 2.13, que une
os potenciais de Lenard-Jones e de Coulomb.
[( ) ( ) ] ( )
33
removidos e foi imposta condição de contorno periódica na direção axial, de
forma a imitar nanotubos infinitos. Neste segundo estágio, o ensemble utilizado
foi o NVT.
O cálculo da difusão se dá pela equação 2.14:
⟨|( ( ) ( ))| ⟩ ( )
34
CAPÍTULO 3
RESULTADOS
Difusão
- Campo nulo
Calculamos o valor da difusão para os seis nanotubos de diâmetros
diferentes e comparamos nossos resultados com os resultados encontrados
por Aluru e Köhler. Para o calculo da difusão, utilizamos o último
nanossegundo das curvas <r2> vs. tempo, onde o regime é linear, como
mostrado na Figura 15.
Figura 15: Curva de <r2> vs. tempo (linha verde) com os valores para <r2> do
ultimo nanosegundo selecionados (linha vermelha).
A linha verde marca todos os pontos da curva <r²> vs. tempo, e a linha
vermelha demarca os pontos selecionados no ultimo nanossegundo da curva.
Este gráfico é a solução para o nanotubo (12,12) com campo 0,05 V/Å aplicado
paralelamente (ângulo 0º) ao eixo do tubo. Para todos os outros tubos, campos
e ângulos o procedimento foi realizado similarmente.
Na Figura 16, nossos resultados são mostrados conjuntamente com os
resultados das Refs [95] e [118] para comparação. Os valores que
encontramos para difusão (linha amarela) estão compatíveis aos valores
35
encontrados por Farimani e Aluru, que utilizaram o modelo SPC/E (linha preta)
e com os valores encontrados por Köhler (linha vermelha) que utilizou o modelo
TIP4P/2005, todos para a água confinada. Observa-se que encontramos um
mínimo na difusão para o nanotubo (9,9) e um máximo na difusão, nós
encontramos no nanotubo (12,12) com uma diferença pequena comparada à
difusão encontrada para o nanotubo (40,40).
Assim, como aconteceram nas Refs [95] e [118], podemos observar o
mesmo comportamento da água para os nanotubos de diâmetros diferentes.
Ocorre o congelamento da água no nanotubo (9,9), com diâmetro maior que o
nanotubo (7,7), onde esse comportamento não é observado. Ao continuar
aumentando o diâmetro dos nanotubos, o congelamento não é mais
observado.
Também para a difusão da água bulk, o resultado da ref. [95], utilizando
o modelo SPC/E (linha verde) tem um valor um pouco acima (2,59.10 -5 cm²/s)
da difusão encontrada na ref. [118] utilizando o modelo TIP4P/2005, que foi de
2,18.10-5 cm²/s (linha azul). Nosso resultado para a água bulk, utilizando o
modelo TIP4P/2005, foi próximo às demais difusões acima citadas, sendo de
2,30.10-5 cm²/s (linha roxa).
36
Sobre nosso sistema tubo-água aplicamos um campo elétrico com três
intensidades diferentes: 0,05 V/Å, 0,075 V/Å e 0,1 V/Å, e em três direções
diferentes: paralelo ao eixo do tubo (eixo z, o qual será referido simplesmente
como ângulo 0º), perpendicular ao eixo do tubo (ângulo 90º), e também
fazendo um ângulo de 45º com o eixo z. As comparações entre os valores
encontrados para difusão como função destes campos são mostradas nas
figuras que se seguem.
37
Figura 17: Comportamento da difusão devido à aplicação de um campo de
0,05 V/Å em três direções distintas; perpendicular ao tubo (ângulo 90º),
paralelo ao tubo (ângulo 0º) e fazendo um ângulo de 45º.
38
Figura 18: Comportamento da difusão devido à aplicação de um campo de
0,075 V/Å em três direções distintas; perpendicular ao tubo (Ângulo 90º),
paralelo ao tubo (Ângulo 0º) e fazendo um ângulo de 45º.
39
Figura 19: Comportamento da difusão devido à aplicação de um campo de 0,1
V/Å em três direções distintas; perpendicular ao tubo (Ângulo 90º), paralelo ao
tubo (Ângulo 0º) e fazendo um ângulo de 45º.
40
Figura 20: Comportamento da difusão para diferentes valores de campo, na
direção paralela ao eixo do tubo (ângulo 0º).
41
Finalmente, com o campo a 90º, não pudemos observar grandes
mudanças na difusão da água dentro dos tubos. Os comportamentos para
todas as intensidades de campo são mostrados na Fig. 22. Apesar desta figura
mostrar um comportamento mais de flutuação do que “trend”, vemos ao menos
um efeito notável da aplicação do campo perpendicular ao eixo do tubo. No
caso do tubo (9,9), onde a difusão era nula em todos os outros casos, aqui,
com o aumento da intensidade do campo, vê-se claramente um aumento da
difusão como função da intensidade de campo aplicado. Uma possível
explicação para este fenômeno pode ser dada pelo fato de os dipolos das
moléculas de água se alinharem com o eixo do tubo na fase congelada, que é
o que deve ocorrer neste tubo quando a difusão é nula (veja a Fig. 21). Com a
aplicação do campo perpendicular ao eixo do tubo, quebra-se essa simetria e
as moléculas tendem a ganhar mobilidade devido ao “derretimento” da camada
de gelo nas paredes do tubo.
42
Figura 23: Difusão vs. campo para os seis nanotubos com campo nulo e
aplicação de três diferentes intensidades de campo em três direções distintas.
Os nanotubos: (a) (7,7), (b) (9,9), (c) (12,12), (d) (16,16), (e) (20,20), (f) (40,40).
43
eixo do tubo. Sendo os valores da difusão, ao se aplicar o campo fazendo um
ângulo 0º com o tubo, menores que os valores ao se aplicar o campo em um
ângulo de 45º com o eixo do tubo. Ainda, na aplicação do campo em paralelo,
os valores da difusão para os campos 0,075 V/Å e 0,1 V/Å são muitos próximos
de zero. Enquanto que, para o campo aplicado num ângulo de 45º, a difusão é
próxima de zero somente para o valor do campo de intensidade 0,1 V/Å.
Para os nanotubos (9,9) e (40,40) (Figura 23 – b e f) os valores da
difusão, quando se aplica os campos fazendo ângulos de 0º e 45º com o eixo
do tubo, são visualmente iguais e menores que a difusão do nanotubo sem
aplicação de campo. E na aplicação dos campos perpendiculares ao tubo, para
o nanotubo (9,9) a difusão aumenta significativamente quando comparada à
difusão com campo nulo, tendo seu valor máximo para o campo de 0,1 V/Å. Já
para o nanotubo (40,40), os valores da difusão não sofrem grande variação ao
serem comparados com a difusão do nanotubo com campo nulo.
- Densidade
44
Calculamos as densidades em cada uma dessas regiões como o
número de moléculas de água por volume da região. Para isso fizemos um
programa em Fortran para ler as posições das moléculas e separá-las em cada
região para posteriormente realizar o cálculo da densidade mencionado. Os
resultados são mostrados na Figura 25 (nanotubos sem campo) e Figuras 26 e
27 (com aplicação de campos em ângulos distintos).
Figura 25: Densidade com relação à posição axial dos nanotubos sem
aplicação de campo elétrico.
45
(a) (b)
Figura 26: Densidades referentes às posições axiais devido à aplicação dos
campos, (a) 0,05 V/Å e (b) 0,075 V/Å, em três diferentes ângulos.
46
(c)
Figura 27: Densidades referentes às posições axiais devido à aplicação do
campo 0,1 V/Å em três diferentes ângulos.
47
O comportamento das densidades, em relação às posições axiais, não
apresenta uma grande diferença, visto que os máximos nas densidades
ocorrem sempre nas mesmas posições axiais. Podem ser observados até dois
máximos nos valores das densidades em nanotubos com diâmetros maiores,
como (12,12) ao (40,40). Também é possível observar que os valores das
densidades diminuem em cada casca ao se aumentar o diâmetro dos
nanotubos, pois há um maior numero de cascas onde as partículas podem
estar.
48
Figura 29: Densidades referentes às posições axiais, para os tubos (12,12),
(16,16), (20,20) e (40,40), devido à aplicação de dois diferentes campos em
três ângulos.
49
Figura 30: Densidades referentes às posições axiais, para cada tubo, devido à
aplicação do campo de intensidade 0,1 V/Å em três ângulos distintos.
50
Figura 31: Densidades referentes às posições axiais, para os tubos (16,16),
(20,20) e (40,40), devido à aplicação do campo de intensidade 0,1 V/Å em três
ângulos distintos.
51
Como observado anteriormente, quanto mais se aumenta o diâmetro dos
nanotubos, aumenta-se também o numero de máximos nas densidades, sendo
observados dois máximos para os nanotubos (20,20) e (40,40), como mostra a
Figura 31-b e c.
Agora com a comparação entre nanotubos de um mesmo diâmetro com
um campo de 0,05 V/Å, aplicado em ângulos diferentes com o eixo do tubo,
observamos que a densidade tem um valor levemente mais alto quando o
campo é aplicado paralelo ao eixo do tubo, decrescendo esse valor até a
aplicação do campo perpendicular ao eixo. O valor observado na densidade do
campo aplicado perpendicularmente, ângulo de 90º, é muito próximo ao valor
observado quando não há aplicação de campo no nanotubo, ficando, no
gráfico, linhas sobrepostas.
Em todos os casos, foi observada uma densidade maior quando se
aplica o campo paralelamente ao eixo do tubo (Ângulo 0º), e uma densidade
muito próxima da aplicação do campo perpendicular ao eixo do tubo com a
densidade de um tubo sem aplicação do campo.
52
Figura 33: Densidades referentes às posições axiais, para os tubos (12,12),
(16,16), (20,20) e (40,40), devido a aplicação de três campos elétricos distintos
em ângulos de 0º e 45º com o eixo do tubo.
53
Figura 34: Densidades referentes as posições axiais, para os tubos (7,7), (9,9)
e (12,12), devido a aplicação de três diferentes intensidades de campo elétrico
aplicadas perpendicularmente ao eixo do tubo.
54
Figura 35: Densidades referentes às posições axiais, para os tubos (16,16),
(20,20) e (40,40), devido à aplicação de três campos elétricos distintos
perpendicularmente ao eixo do tubo.
55
Observamos, nas Figuras 32(a) e (c) e 33(a), (c), (e) e (f), que a
aplicação de um campo mais alto (0,1 V/Å) paralelamente ao eixo do tubo faz
com que a densidade seja maior que quando se aplica campos mais baixos.
Assim, ocorrendo também quando se aplica os campos elétricos fazendo um
ângulo de 45º com o eixo do tubo, como observado nas Figuras 32(b) e (d) e
33(b), (d), (f) e (h). Nas Figuras 34 e 35, quando os campos são aplicados
perpendicularmente ao eixo do tubo, exceto pelo resultado do nanotubo (9,9),
as densidades têm valores muito próximos, independente do valor do campo.
No nanotubo (9,9), os valores das densidades ainda são próximos, mas com
pequenas diferenças, com relação aos campos aplicados.
- Ligações de Hidrogênio
Figura 36: Valores dos ângulos nas moléculas de água para considerar a
existência de ligações de hidrogênio. (Figura adaptada da Ref. [2])
56
Outra maneira é considerar a distância entre o oxigênio de uma
molécula e o hidrogênio de outra como sendo 1,88 Å, a distância entre os
oxigênios das duas moléculas sendo 2,82 Å e o ângulo entre o hidrogênio de
uma molécula e o eixo de ligação entre os dois oxigênios é de 12º, como
mostra a Figura 37.115
57
Figura 39: Parâmetros considerados para os nossos cálculos das ligações de
hidrogênio. (Adaptada das Refs. [76] e [95])
58
(a)
(b)
Figura 40: Comparação entre o número de ligações de hidrogênio e a difusão
dos nanotubos com campo de 0,05 V/Å aplicado em três direções diferentes.
(a) Ligações de hidrogênio em relação aos raios dos nanotubos; (b)
Comportamento da difusão devido à aplicação de um campo de 0,05 V/Å em
três direções distintas.
59
- Campos 0,075 V/Å e 0,1 V/Å – todos os ângulos
60
(a)
(b)
Figura 41: Comparação entre o número de ligações de hidrogênio e a difusão
dos nanotubos com campo de 0,075 V/Å aplicado em três direções diferentes.
(a) Ligações de hidrogênio em relação aos raios dos nanotubos; (b)
Comportamento da difusão devido à aplicação de um campo de 0,075 V/Å em
três direções distintas.
61
(a)
(b)
Figura 42: Comparação entre o número de ligações de hidrogênio e a difusão
dos nanotubos com campo de 0,1 V/Å aplicado em três direções diferentes. (a)
Ligações de hidrogênio em relação aos raios dos nanotubos; (b)
Comportamento da difusão devido à aplicação de um campo de 0,1 V/Å em
três direções distintas.
62
- Ângulo 0º - todos os campos
63
(a)
(b)
Figura 43: Comparação entre o número de ligações de hidrogênio e a difusão
dos nanotubos com três intensidades de campo diferentes aplicadas
paralelamente (ângulo 0º) ao eixo dos tubos. (a) Ligações de hidrogênio em
relação aos raios dos nanotubos; (b) Comportamento da difusão para
diferentes valores de campo, na direção paralela ao eixo do tubo.
64
- Ângulo 45º - todos os campos
65
(a)
(b)
Figura 44: Comparação entre o número de ligações de hidrogênio e a difusão
dos nanotubos com três intensidades de campo diferentes aplicadas em um
ângulo de 45º com o eixo dos tubos. (a) Ligações de hidrogênio em relação aos
raios dos nanotubos; (b) Comportamento da difusão devido à aplicação de três
valores de campo em um ângulo de 45º.
66
- Ângulo 90º - todos os campos
Ao aplicar os campos perpendiculares ao eixo dos tubos, observamos
valores muito parecidos do numero de ligações de hidrogênio ao que
obtivemos sem aplicação de campo. Os máximos ocorrem nos nanotubos
(40,40) e os mínimos nos nanotubos (7,7). Apenas uma pequena diferença é
observada para os nanotubos (9,9), onde há um maior numero de ligações de
hidrogênio, quando não há aplicação de campo, e esse valor diminui conforme
se aumenta o valor do campo.
Com as diferentes intensidades de campo aplicadas perpendicularmente
ao eixo do tubo, os números de ligações de hidrogênio são, visualmente,
iguais, com exceção do nanotubo (9,9). Assim também ocorre nos valores da
difusão que são muito próximos uns dos outros para cada nanotubo. Contrário
do que acontece na difusão do nanotubo (9,9), que aumenta com o aumento da
intensidade do campo, o número de ligações de hidrogênio diminui com o
aumento do campo.
67
(a)
(b)
Figura 45: Comparação entre o número de ligações de hidrogênio e a difusão
dos nanotubos com três intensidades de campo diferentes aplicadas
perpendicularmente (ângulo 90º) ao eixo dos tubos. (a) Ligações de hidrogênio
em relação aos raios dos nanotubos; (b) Comportamento da difusão para
diferentes valores de campo, na direção paralela ao eixo do tubo.
68
- Comportamento das moléculas de água
Figura 46: (a) Vista frontal para observação do comportamento das moléculas
de água. (b) Ao lado, comportamento da densidade pela posição axial, ao se
aplicar um campo paralelamente ao eixo do tubo.
69
Figura 47: Vista frontal, (a) sem perspectiva e (b) com perspectiva, do
nanotubo (9,9) para observação do comportamento das moléculas de água. (c)
Comportamento da densidade pela posição axial, ao se aplicar um campo
perpendicularmente ao eixo do tubo.
Figura 48: (a) Vista frontal para observação do comportamento das moléculas
de água. (b) Comportamento da densidade pela posição axial, ao se aplicar um
campo paralelamente ao eixo do tubo.
70
O mesmo ocorre com o nanotubo (16,16), com raio igual a 10,86 Å, há
um máximo de densidade próximo a parede do nanotubo e outros dois em
sequência até o centro.
Figura 49: (a) Vista frontal para observação do comportamento das moléculas
de água. (b) Comportamento de densidade pela posição axial, ao se aplicar um
campo paralelamente ao eixo do tubo.
Figura 50: (a) Vista frontal para observação do comportamento das moléculas
de água. (b) Comportamento da densidade pela posição axial, ao se aplicar um
campo paralelamente ao eixo do tubo.
71
Assim, como ocorre no nanotubo (40,40), com raio 27,125 Å,
apresentando dois máximos de densidade mais próximos da parede do
nanotubo.
Figura 51: (a) Vista frontal para observação do comportamento das moléculas
de água. (b) Comportamento da densidade pela posição axial, ao se aplicar um
campo paralelamente ao eixo do tubo.
72
CAPÍTULO 4
CONCLUSÃO
73
APÊNDICE A
LAMMPS
74
Na parte inicial, se define todos os parâmetros para a criação do
sistema. Desde suas unidades à condições de contorno1,106.
Os átomos são definidos pela informação topológica do sistema, a caixa
de simulação, além da leitura de arquivos com características dos átomos,
como cargas e posições iniciais1,106.
Nas configurações descreve-se os parâmetros da simulação, como: lista
de vizinhos, ensembles, informações termodinâmicas a serem computadas,
dentre outras1,106.
Por fim, a evolução do sistema é definida pela quantidade de passos de
tempo1,106.
75
APÊNDICE B
Softwares Utilizados
B.I. TubeASP109
Página acessível para gerar geometrias de nanotubos de carbono.
Criada por R.G.A. Veiga da Universidade Federal de Uberlândia (UFU), MG.
Acessível na página: nanotube.msu.edu, criada para facilitar a troca de
informações entre pesquisadores e possui links para sites sobre nanotubos.
B.II. Fortran110
Linguagem de programação para resolução de problemas, com ordens
simples para execução de um computador. As ordens são “dadas” ao
computador por meio de um algoritmo que contém instruções passo-a-passo
do que se deve realizar.
Compilador Fortran 90
B.III. Packmol111
Pacote que gera configurações iniciais de quaisquer átomos e moléculas
em um espaço, criando a estrutura do sistema. Essas configurações são
usadas em simulações de dinâmica molecular.
B.IV. JMol112
Permite visualizar estruturas químicas da topologia em 3D de sistemas
obtidos em simulações. Possibilita observar a imagem de um sistema inicial
(sem movimento) até a evolução desse sistema ao fim de uma simulação
(mudança de posições dos átomos) obedecendo aos parâmetros impostos.
76
REFERÊNCIAS BIBLIOGRÁFICAS
77
[11] TAKAIWA, Daisuke et al. Structures of water molecules in carbon
nanotubes under electric fields. The Journal of chemical physics, v.
142, n. 12, p. 124701, 2015.
[12] FARIMANI, Amir Barati; HEIRANIAN, Mohammad; ALURU,
Narayana R. Nano-electro-mechanical pump: Giant pumping of water in
carbon nanotubes.Scientific reports, v. 6, 2016.
[13] DE OLIVEIRA, Alan Barros. Anomalias termodinâmicas,
dinâmicas e estruturais em modelos contínuos de duas escalas
para a água. 2008. Tese de doutorado. Universidade Federal do Rio
Grande do Sul.
[14] DE OLIVEIRA, Alan Barros; NETZ, Paulo Augusto; BARBOSA,
Marcia C. An ubiquitous mechanism for water-like anomalies. EPL
(Europhysics Letters), v. 85, n. 3, p. 36001, 2009.
[15] DA SILVA, Jonathas Nunes et al. Effects of the attractive
interactions in the thermodynamic, dynamic, and structural anomalies of
a two length scale potential. The Journal of chemical physics, v. 133,
n. 24, p. 244506, 2010.
[16] BERNAL, J. D. et al. A Theory of Water and Ionic Solution, with
Particular Reference to Hydrogen and Hydroxyl Ions. The Journal of
Chemical Physics 1, 515 (1933).
[17] MALLIK, Bhabani S.; CHANDRA, Amalendu. Hydrogen bond and
residence dynamics of ion–water and water–water pairs in supercritical
aqueous ionic solutions: Dependence on ion size and density. The
Journal of chemical physics, v. 125, n. 23, p. 234502, 2006.
[18] SCALA, A. et al. Waterlike anomalies for core-softened models of
fluids: Two-dimensional systems. Physical Review E, v. 63, n. 4, p.
041202, 2001.
[19] DE OLIVEIRA, A. Barros; NETZ, Paulo A.; BARBOSA, Marcia C.
Which mechanism underlies the water-like anomalies in core-softened
potentials?.The European Physical Journal B, v. 64, n. 3-4, p. 481-
486, 2008.
[20] DE OLIVEIRA, Alan Barros et al. Entropy, diffusivity and the
energy landscape of a waterlike fluid. The Journal of chemical
physics, v. 132, n. 23, p. 234509, 2010.
78
[21] CHAVES, Frederico Mota. Propriedades dinâmica,
termodinâmica e estrutural da água e do metanol por simulações de
dinâmica molecular. 2015. Universidade Federal de Ouro Preto.
[22] BERENDSEN, Herman JC et al. Interaction models for water in
relation to protein hydration. In: Intermolecular forces. Springer
Netherlands, 1981. p. 331-342.
[23] SEDLMEIER, Felix et al. Water at polar and nonpolar solid walls
(Review).Biointerphases, v. 3, n. 3, p. FC23-FC39, 2008.
[24] FARIMANI, A. Barati; ALURU, N. R.; TAJKHORSHID, Emad.
Thermodynamic insight into spontaneous hydration and rapid water
permeation in aquaporins. Applied physics letters, v. 105, n. 8, p.
083702, 2014.
[25] BOSE, Arnab; METYA, Atanu K.; SINGH, Jayant K. Surface effect
on the electromelting behavior of nanoconfined water. Physical
Chemistry Chemical Physics, v. 17, n. 35, p. 23147-23154, 2015.
[26] CHIALVO, Ariel A.; VLCEK, Lukas; CUMMINGS, Peter T.
Compounding effects of fluid confinement and surface strain on the wet–
dry transition, thermodynamic response, and dynamics of water–
graphene systems.Molecular Physics, v. 113, n. 9-10, p. 1033-1042,
2015.
[27] CHIALVO, Ariel A.; VLCEK, Lukas; CUMMINGS, Peter T. Surface
Corrugation Effects on the Water–Graphene Interfacial and Confinement
Behavior. The Journal of Physical Chemistry C, v. 117, n. 45, p.
23875-23886, 2013.
[28] WERDER, T. et al. On the water-carbon interaction for use in
molecular dynamics simulations of graphite and carbon nanotubes. The
Journal of Physical Chemistry B, v. 107, n. 6, p. 1345-1352, 2003.
[29] NGUYEN, Thanh X.; BHATIA, Suresh K. Some anomalies in the
self-diffusion of water in disordered carbons. The Journal of Physical
Chemistry C, v. 116, n. 5, p. 3667-3676, 2012.
[30] MIN, K.; FARIMANI, A. Barati; ALURU, N. R. Mechanical behavior
of water filled C60. Applied Physics Letters, v. 103, n. 26, p. 263112,
2013.
79
[31] FARIMANI, A. Barati; WU, Yanbin; ALURU, N. R. Rotational
motion of a single water molecule in a buckyball. Physical Chemistry
Chemical Physics, v. 15, n. 41, p. 17993-18000, 2013.
[32] ZHANG, Li; LIU, Ying-Chun; WANG, Qi. Molecular dynamics
simulation of self-and mutual diffusion coefficients for confined
mixtures. The Journal of chemical physics, v. 123, n. 14, p. 144701-
144701, 2005.
[33] BORDIN, José Rafael et al. Diffusion enhancement in core-
softened fluid confined in nanotubes. The Journal of chemical physics,
v. 137, n. 8, p. 084504, 2012.
[34] KROTT, Leandro B.; BORDIN, José Rafael. Distinct dynamical
and structural properties of a core-softened fluid when confined between
fluctuating and fixed walls. The Journal of chemical physics, v. 139, n.
15, p. 154502, 2013.
[35] BARBOSA, Rafael de C.; KROTT, Leandro B.; BARBOSA, Marcia
C. Structural behavior of an anomalous fluid under hydrophobic,
hydrophilic and heterogeneous confinement. In: Journal of Physics:
Conference Series. IOP Publishing, 2016. p. 012004.
[36] CHOPRA, Manish; CHOUDHURY, Niharendu. Comparison of
Structure and Dynamics of Polar and Nonpolar Fluids through Carbon
Nanotubes. The Journal of Physical Chemistry C, v. 117, n. 36, p.
18398-18405, 2013.
[37] BORDIN, José Rafael; KROTT, Leandro B.; BARBOSA, Marcia C.
High pressure induced phase transition and superdiffusion in anomalous
fluid confined in flexible nanopores. The Journal of chemical physics,
v. 141, n. 14, p. 144502, 2014.
[38] SVOBODA, Martin; BRENNAN, John K.; LÍSAL, Martin. Molecular
dynamics simulation of carbon dioxide in single-walled carbon nanotubes
in the presence of water: structure and diffusion studies. Molecular
Physics, v. 113, n. 9-10, p. 1124-1136, 2015.
[39] JOSEPH, Sony; ALURU, N. R. Why are carbon nanotubes fast
transporters of water?. Nano letters, v. 8, n. 2, p. 452-458, 2008.
[40] IIJIMA, Sumio et al. Helical microtubules of graphitic
carbon. nature, v. 354, n. 6348, p. 56-58, 1991.
80
[41] IIJIMA, Sumio; ICHIHASHI, Toshinari. Single-shell carbon
nanotubes of 1-nm diameter. 1993.
[42] HERBST, Marcelo Hawrylak; MACÊDO, Maria Iaponeide
Fernandes; ROCCO, Ana Maria. Tecnologia dos nanotubos de carbono:
tendências e perspectivas de uma área multidisciplinar. Química Nova,
v. 27, n. 6, p. 986-992, 2004.
[43] PASTRANA-MARTÍNEZ, Luisa et al. Nanotubos e grafeno: os
primos mais jovens na família do carbono!. QUÍMICA, v. 128, p. 21-27,
2013.
[44] DRAGOMAN, D.; DRAGOMAN, M. Giant thermoelectric effect in
graphene.Applied Physics Letters, v. 91, n. 20, p. 203116, 2007.
[45] GUARNETTI, Leandro José. Expansão térmica de nanotubos de
carbono de duas camadas. 2014.
[46] DE SOUZA FILHO, Antônio Gomes; FAGAN, Solange Binotto.
Funcionalização de nanotubos de carbono. Química nova, v. 30, n. 7, p.
1695, 2007.
[47] MACIEL, Indhira Oliveira. Estudo da dopagem em nanotubos de
carbono por espectroscopia Raman ressonante. 2009.
[48] PUGNETTI, Stefano; DOLCINI, Fabrizio; FAZIO, Rosario. dc
Josephson effect in metallic single-walled carbon nanotubes. Solid State
Communications, v. 144, n. 12, p. 551-556, 2007.
[49] PENG, Shu et al. Carbon nanotube chemical and mechanical
sensors. In:Proceedings of the 3rd International Workshop on
Structural Health Monitoring. 2001. p. 1-8.
[50] LUU, Thomas; LÄHDE, Timo A. Quantum Monte Carlo
calculations for carbon nanotubes. Physical Review B, v. 93, n. 15, p.
155106, 2016.
[51] KONSTANTINIDIS, N. P. Capped carbon nanotubes with a
number of ground state magnetization discontinuities increasing with
their size. arXiv preprint arXiv:1512.03925, 2015.
[52] ZHANG, Huaichen et al. Cross-plane heat transfer through single-
layer carbon structures. Physical Chemistry Chemical Physics, v. 18,
n. 7, p. 5358-5365, 2016.
81
[53] XU, Fufang; ZHU, Jia-Lin. Conductance and thermoelectric power
in carbon nanotubes with magnetic impurities. arXiv preprint cond-
mat/0703373, 2007.
[54] BELLUCCI, S. et al. The influence of dimensionality on
superconductivity in carbon nanotubes. Journal of Physics:
Condensed Matter, v. 19, n. 39, p. 395016, 2007.
[55] UMENO, Yoshitaka; KITAMURA, Takayuki; KUSHIMA, Akihiro.
Theoretical analysis on electronic properties of zigzag-type single-walled
carbon nanotubes under radial deformation. Computational materials
science, v. 30, n. 3, p. 283-287, 2004.
[56] BRANDÃO, Sirlaine Diniz Ferreira. Influência da funcionalização
com grupos contendo oxigênio na dispersão de nanotubos de carbono
de parede única em solventes do tipo amida. Centro de
Desenvolvimento de Tecnologia Nuclear - CDTN. Belo Horizonte –MG.
2010.
[57] JOSEPH, Sony et al. Electrolytic transport in modified carbon
nanotubes.Nano Letters, v. 3, n. 10, p. 1399-1403, 2003.
[58] O N, José afael L, Alexandre A OSA, Marcia .
Relation between flow enhancement factor and structure for core-
softened fluids inside nanotubes. The Journal of Physical Chemistry
B, v. 117, n. 23, p. 7047-7056, 2013.
[59] MUTAT, T.; ADLER, J.; SHEINTUCH, M. Single species transport
and self diffusion in wide single-walled carbon nanotubes. The Journal
of chemical physics, v. 136, n. 23, p. 234902, 2012.
[60] CHEN, Qu et al. Transition from single-file to Fickian diffusion for
binary mixtures in single-walled carbon nanotubes. The Journal of
chemical physics, v. 133, n. 9, p. 094501, 2010.
[61] CHANDRACHUD, Prachi. Thermodynamics of confined gallium
clusters.Journal of Physics: Condensed Matter, v. 27, n. 44, p.
445502, 2015.
[62] SAHU, Pooja; ALI, Sk M. The entropic forces and dynamic
integrity of single file water in hydrophobic nanotube confinements. The
Journal of chemical physics, v. 143, n. 18, p. 184503, 2015.
82
[63] YAN, Wang; HONG-JUN, Yuan. Molecular dynamics simulation of
water confined in carbon nanotubes. Chinese Physics Letters, v. 24, n.
11, p. 3276, 2007.
[64] KYAKUNO, Haruka et al. Confined water inside single-walled
carbon nanotubes: Global phase diagram and effect of finite length. The
Journal of chemical physics, v. 134, n. 24, p. 244501, 2011.
[65] STRIOLO, A. et al. Water in carbon nanotubes: Adsorption
isotherms and thermodynamic properties from molecular simulation. The
Journal of chemical physics, v. 122, n. 23, p. 234712, 2005.
[66] ANASTASSIOU, Alexandros et al. Detailed atomistic simulation of
the nano-sorption and nano-diffusivity of water, tyrosol, vanillic acid, and
p-coumaric acid in single wall carbon nanotubes. The Journal of
chemical physics, v. 139, n. 16, p. 164711, 2013.
[67] NAGUIB, Nevin et al. Observation of water confined in nanometer
channels of closed carbon nanotubes. Nano Letters, v. 4, n. 11, p. 2237-
2243, 2004.
[68] ZHAO, Kuiwen; WU, Huiying. Structure-dependent water transport
across nanopores of carbon nanotubes: toward selective gating upon
temperature regulation. Physical Chemistry Chemical Physics, v. 17,
n. 16, p. 10343-10347, 2015.
[69] WU, Kefei et al. Kinetics of water filling the hydrophobic channels
of narrow carbon nanotubes studied by molecular dynamics
simulations. The Journal of chemical physics, v. 133, n. 20, p. 204702,
2010.
[70] WALTHER, Jens H. et al. Barriers to superfast water transport in
carbon nanotube membranes. Nano letters, v. 13, n. 5, p. 1910-1914,
2013.
[71] WANG, Luying; DUMONT, Randall S.; DICKSON, James M.
Nonequilibrium molecular dynamics simulation of water transport through
carbon nanotube membranes at low pressurea). The Journal of
chemical physics, v. 137, n. 4, p. 044102, 2012.
[72] GUILLOT, Bertrand. A reappraisal of what we have learnt during
three decades of computer simulations on water. Journal of Molecular
Liquids, v. 101, n. 1-3, p. 219-260, 2002.
83
[73] KOTSALIS, E. M.; WALTHER, J. H.; KOUMOUTSAKOS, P.
Multiphase water flow inside carbon nanotubes. International Journal
of Multiphase Flow, v. 30, n. 7, p. 995-1010, 2004.
[74] VO, Minh D.; PAPAVASSILIOU, Dimitrios V. Effect of Sodium
Dodecyl Sulfate Adsorption on the Behavior of Water inside Single
Walled Carbon Nanotubes with Dissipative Particle Dynamics
Simulation. Molecules, v. 21, n. 4, p. 500, 2016.
[75] BONTHUIS, Douwe Jan et al. Theory and simulations of water
flow through carbon nanotubes: prospects and pitfalls. Journal of
Physics: Condensed Matter, v. 23, n. 18, p. 184110, 2011.
[76] ZHANG, Qi-Lin et al. Resonant Transport of Water Molecules
across Carbon Nanotubes Induced by Far Infrared Terahertz Electric
Fields. arXiv preprint arXiv:1503.01924, 2015.
[77] HASSAN, Jamal et al. Water inside carbon nanotubes: structure
and dynamics. Nanotechnology Reviews, v. 5, n. 3, p. 341-354, 2016.
[78] ERRINGTON, Jeffrey R.; DEBENEDETTI, Pablo G. Relationship
between structural order and the anomalies of liquid water. Nature, v.
409, n. 6818, p. 318-321, 2001.
[79] GORDILLO, M. C.; MARTI, J. Hydrogen bond structure of liquid
water confined in nanotubes. Chemical Physics Letters, v. 329, n. 5, p.
341-345, 2000.
[80] GORDILLO, M. C.; MARTI, J. Hydrogen bonding in supercritical
water confined in carbon nanotubes. Chemical physics letters, v. 341,
n. 3, p. 250-254, 2001.
[81] KOLESNIKOV, Alexander I. et al. Anomalously soft dynamics of
water in a nanotube: a revelation of nanoscale confinement. Physical
review letters, v. 93, n. 3, p. 035503, 2004.
[82] ALEXIADIS, Alessio; KASSINOS, Stavros. Molecular simulation of
water in carbon nanotubes. Chemical reviews, v. 108, n. 12, p. 5014-
5034, 2008.
[83] CHEN, Qu et al. The effect of hydrogen bonds on diffusion
mechanism of water inside single-walled carbon nanotubes. The Journal
of chemical physics, v. 140, n. 21, p. 214507, 2014.
84
[84] MASHL, R. Jay et al. Anomalously immobilized water: a new water
phase induced by confinement in nanotubes. Nano Letters, v. 3, n. 5, p.
589-592, 2003.
[85] SHIOMI, Junichiro; KIMURA, Tatsuto; MARUYAMA, Shigeo.
Molecular dynamics of ice-nanotube formation inside carbon
nanotubes. The Journal of Physical Chemistry C, v. 111, n. 33, p.
12188-12193, 2007.
[86] ZHOU, Xiaoyan et al. The ice-like water monolayer near the wall
makes inner water shells diffuse faster inside a charged nanotube. The
Journal of chemical physics, v. 138, n. 20, p. 204710, 2013.
[87] STRIOLO, Alberto. The mechanism of water diffusion in narrow
carbon nanotubes. Nano letters, v. 6, n. 4, p. 633-639, 2006.
[88] ZHENG, Yong-gang et al. Water diffusion inside carbon
nanotubes: mutual effects of surface and confinement. Physical
Chemistry Chemical Physics, v. 14, n. 2, p. 964-971, 2012.
[89] LIU, Xin et al. Diffusion of water inside carbon nanotubes studied
by pulsed field gradient NMR spectroscopy. Langmuir, v. 30, n. 27, p.
8036-8045, 2014.
[90] MERMIGKIS, Panagiotis G.; TSALIKIS, Dimitrios G.;
MAVRANTZAS, Vlasis G. Determination of the effective diffusivity of
water in a poly (methyl methacrylate) membrane containing carbon
nanotubes using kinetic Monte Carlo simulations. The Journal of
chemical physics, v. 143, n. 16, p. 164903, 2015.
[91] GAO, Xiang; ZHAO, Tianshou; LI, Zhigang. Effects of ions on the
diffusion coefficient of water in carbon nanotubes. J. Appl. Phys, v. 116,
p. 054311, 2014.
[92] ZHAO, Kuiwen; LIU, Zhenyu; WU, Huiying. Effects of Temperature
and Pore Size on Water Diffusion Inside Carbon Nanotubes. In: ASME
2015 13th International Conference on Nanochannels,
Microchannels, and Minichannels collocated with the ASME 2015
International Technical Conference and Exhibition on Packaging
and Integration of Electronic and Photonic Microsystems. American
Society of Mechanical Engineers, 2015. p. V001T03A017-V001T03A017.
85
[93] SEGATTO, Carla Adriane Ramos. Estudo computacional da
difusão de água em nanotubos de carbono induzida por gradiente
de pressão. 2013. Universidade Federal de Santa Maria.
[94] DA SILVA, Leandro Barros. Structural and dynamical properties of
water confined in carbon nanotubes. Journal of Nanostructure in
Chemistry, v. 4, n. 2, p. 1-5, 2014.
[95] BARATI FARIMANI, A.; ALURU, N. R. Spatial diffusion of water in
carbon nanotubes: from fickian to ballistic motion. The Journal of
Physical Chemistry B, v. 115, n. 42, p. 12145-12149, 2011.
[96] MARK, Pekka; NILSSON, Lennart. Structure and dynamics of the
TIP3P, SPC, and SPC/E water models at 298 K. The Journal of
Physical Chemistry A, v. 105, n. 43, p. 9954-9960, 2001.
[97] CHATTERJEE, Swaroop et al. A computational investigation of
thermodynamics, structure, dynamics and solvation behavior in modified
water models. The Journal of chemical physics, v. 128, n. 12, p.
124511, 2008.
[98] CALEMAN, Carl. Water models in computer simulations. Journal
of Chemical Physics, v. 221, p. 709, 2007.
[99] FYTA, Maria. Water models in classical simulations. Universidade
de Stuttgart.
[100] JORGENSEN, William L. et al. Comparison of simple potential
functions for simulating liquid water. The Journal of chemical physics,
v. 79, n. 2, p. 926-935, 1983.
[101] NAKAMURA, Yoshimichi; OHNO, Takahisa. Structure of water
confined inside carbon nanotubes and water models. Materials
Chemistry and Physics, v. 132, n. 2, p. 682-687, 2012.
[102] MORGON, Nelson H.; COUTINHO, Kaline. Métodos de química
teórica e modelagem molecular. Editora Livraria da Física, 2007.
[103] HAILE, J. M. Molecular dynamics simulation. Wiley, New York,
1992.
[104] LIMA, Amauri Libério de. Simulações de dinâmica molecular de
dobras de grafeno. 2013. Universidade Federal de Ouro Preto.
86
[105] FRENKEL, Daan; SMIT, Berend. Understanding molecular
simulations: from algorithms to applications. Academic, San Diego,
1996.
[106] NUNES, J. N. Dinâmica molecular de fluidos supercríticos.
2013. Instituto Militar de Engenharia.
[107] SALINAS, Sílvio Roberto. Introdução a Física Estatística. Vol.
09. Edusp, 1997.
[108] CHIQUITO, Adenilson J.; DE ALMEIDA, Norton G. O Potencial de
Lennard-Jones: Aplica cão a Moléculas Diatômicas. Revista Brasileira
de Ensino de Física, v. 21, n. 2, 1999.
[109] TubeASP. Disponível em: http://www.nanotube.msu.edu/tubeASP/
Acesso em: Setembro de 2015.
[110] CRISTO, Helder Pereira. Programação em Linguagem
FORTRAN. Arquivo Livre: Fortran. pdf, 2003.
[111] MARTÍNEZ, Leandro et al. PACKMOL: a package for building
initial configurations for molecular dynamics simulations. Journal of
computational chemistry, v. 30, n. 13, p. 2157-2164, 2009.
[112] JMol. Disponível em: http://jmol.sourceforge.net/ .Acesso em:
Setembro de 2015.
[113] LAMMPS. Disponível em: http://lammps.sandia.gov/ . Acesso em:
Maio de 2015.
[114] Ritos K, Borg MK, Mottram NJ, Reese JM. 2016. Electric fields
can control the transport of water in carbono nanotubes. Phil. Trans.
R. Soc. A 374: 20150025.
[115] KÖHLER, Mateus Henrique; DA SILVA, Leandro Barros. Size
effects and the role of density on the viscosity of water confined in
carbon nanotubes.Chemical Physics Letters, v. 645, p. 38-41, 2016.
[116] ABASCAL, Jose LF; VEGA, Carlos. A general purpose model for
the condensed phases of water: TIP4P/2005. The Journal of chemical
physics, v. 123, n. 23, p. 234505, 2005.
[117] umphrey, W., alke, A. and Schulten, K., „VM – Visual
Molecular ynamics‟, J. Molec. Graphics. 1996, 14.1, 33-38.
87
[118] KÖHLER, Mateus Henrique. Estudo computacional da
viscosidade da água confinada em nanotubos de carbono. 2015.
Universidade Federal de Santa Maria.
[119] RYCKAERT, Jean-Paul; CICCOTTI, Giovanni; BERENDSEN,
Herman JC. Numerical integration of the cartesian equations of motion of
a system with constraints: molecular dynamics of n-alkanes. Journal of
Computational Physics, v. 23, n. 3, p. 327-341, 1977.
[120] KELL, George S. Density, thermal expansivity, and compressibility
of liquid water from 0 to 150 C: correlations and tables for atmospheric
pressure and saturation reviewed and expressed on 1968 temperature
scale. J. Chem. Eng. Data, v. 20, n. 1, p. 97-105, 1975.
[121] M. Chaplin, Sixty three anomalies of water,
http://www1.lsbu.ac.uk/water/water_anomalies.html
[122] C. A. Angell, E. D. Finch, and P. Bach, J. Chem. Phys. 65, 3065
(1976).
[123] MODIG, Kristofer; PFROMMER, Bernd G.; HALLE, Bertil.
Temperature-dependent hydrogen-bond geometry in liquid
water. Physical review letters, v. 90, n. 7, p. 075502, 2003.
88