Microrganismos: Nossas fábricas microscópicas

Os microrganismos são seres vivos microscópicos que podem estar presente em

todos os tipos de ambientes possíveis. Sua quantidade no corpo humano é tão
grande que, nós possuímos mais células de bactérias do que nossas próprias
células. Sua presença não é imperceptível, mesmo não sendo capazes de serem
vistos, eles estão ligados tanto a doenças, que nos matam, quanto a alimentos e
remédios, que nos mantém vivos, além de também estarem presentes nos
combustíveis que utilizamos para locomoção.

A presença deles nos acompanha desde o início do mundo, mas só foi descoberto
que alguns deles habitam em nossos corpos em 1665, por Robert Hooke.
Entretanto, a partir de 1880, por pesquisas de Robert Koch, foi possível isolar os e
estudar as diferentes espécies de microorganismos. Devido a realização destes
estudos, ocorreram outros que possibilitaram a descoberta da penicilina, produzida
pelo fungo Penicillium chrysogeum, encontrada por Alexander Fleming, Ernst
Chain, Howard Florey e Norman Heatley entre os anos de 1928 e 1942, já no ano
de 1942, a penicilina foi utilizada a primeira vez para tratar uma infecção bacteriana.
A partir deste momento, iniciaram-se buscas para encontrar outros microrganismos
com outras capacidades, assim foram descobertas enzimas para processamento e
tratamento de alimentos e tecidos, diversos antibióticos, goma xantana,
aminoácidos, vitaminas e muitos outros que hoje são produzidos em escala
industrial. Um outro avanço foi a capacidade de modificar geneticamente os
microrganismos, a partir de 1982, bactérias geneticamente modificadas passaram a
ser utilizadas para produzir insulina usada no tratamento de pessoas com diabetes.

A comparação entre o DNA de uma célula e um conjunto de softwares dentro de um

hardware chamado célula é feita devido a semelhança em suas funções e como se
comunicam. As células utilizam uma "linguagem de programação" para se
comunicar, por isso que células de diferentes espécies, ou seja, diferentes
softwares, se comunicam, por meio dessa comunicação é possível dar uma
informação ou ordem para realizar uma tarefa. Atualmente essas tarefas podem ser
chamadas de modificações genéticas realizadas no próprio DNA, deste modo é
capaz de excluir a informação sobre como sintetizar uma toxina de um
microrganismo ou adicionar a informação de como sintetizar insulina. Assim
surgiram os microrganismos geneticamente modificados por engenharia genética,
que pode ser chamada como a segunda revolução das microfábricas, o que permitiu
a nós a capacidade de sermos construtores, e produzir vacinas, enzimas e
hormônios recombinantes.

Nos anos 2000, iniciou-se a terceira revolução das microfábricas, o que permitiu não
só apenas construir como projetar uma informação genética, assim, a manipulação
genética deixou de ser limitada e passou a ser possível criar novas capacidades
para as os microrganismos. Diante disso, abriu terreno para o surgimento de uma
nova abordagem, a biologia sintética, que visa a concepção de fábricas biológicas,
microscópicas ou macroscópicas, de uma forma racional e sistemática. Portanto, a
biologia sintética propõe a criação de células feitas de matéria biológica com
funções não naturais, que associando a parte computacional, seria como
desenvolver novos softwares para comandar os hardwares existentes.

O próximo passo a ser realizado é a criação de microfábricas sintéticas que sejam

formadas por DNA sintético que contenham um código sintético responsável por
dirigir a produção de proteínas sintéticas. Já um passo mais complexo é a criação
de uma linguagem sintética para a célula, o que permitiria o isolamento dos
microrganismos geneticamente modificados em relação aos naturais, impedindo
qualquer tipo de disseminação de DNA modificado entre a microbiota natural.

Entretanto, este é um tema bem complexo e levanta importantes discussões sobre

segurança em relação ao uso massivo desses organismos geneticamente
modificados. Diante disso, os cientistas continuam trabalhando para tornar esse
desenvolvimento seguro e confiável.

Construction of microbial cell factories for industrial bioprocesses

A indústria de microbiologia está sendo fundamental para as indústrias

farmacêuticas e químicas por evitar recursos à base de petróleo e aumentar
preocupações ecológicas. Porém, é necessário que a produção microbiológica seja
economicamente eficiente. Seu sucesso econômico para produção química é ditada
por três pontos principais: fonte renovável de carbono, processo de bioconversão e
a purificação do produto. Os novos métodos de análise revolucionam nossas
abordagens racionais para projeto de fábrica de células microbianas. O projeto de
tensão racional foi inicialmente com base na compreensão da estequiometria
bioquímica e as vias metabólicas resultantes assumidas. Vários exemplos de
sucesso de fábricas de células microbianas foram desenvolvidos pela combinação
de caminhos naturais existentes em outros organismos: para a biossíntese de
1,3-propanodiol de genes de glicose de S. cerevisiae e Klebsiella pneumoniae foi
montado em E. coli. O primeiro relato de cepas originou-se de uvas de choupo e
videira, no entanto, outras plantas têm sido a fonte de genes para a construção de
cepas futuramente. Modelagem metabólica em escala de genoma ajuda a prever os
alvos genéticos a serem projetados, considerando uma multidão de diferentes
componentes do sistema biológico e suas interações ao mesmo tempo. Um método
computacional comum para previsão de alvos da engenharia é a análise de fluxo
metabólico baseada em restrições (MFA): no começo é o modelo metabólico
estequiométrico em escala de genoma, representando a informação de balanço de
massa de metabólitos em todas reações celulares (relevantes). É importante definir
uma função objetiva apropriada, que pode maximizar a taxa de crescimento celular,
maximizando a taxa de formação do produto, ou minimizando a taxa de formação de
subprodutos. No final, isso permite uma estimativa da distribuição da taxa
metabólica de toda a célula. De um modo geral, os fluxos metabólicos são
descrições quantitativas do modo de operação celular. Consequentemente, eles são
indicadores apropriados para manipulações direcionadas, que apoiam mudando a
atividade da rede metabólica para aumentar a formação de um produto desejado.
Portanto, as redes metabólicas devem ser projetadas de maneira ideal de forma
integrada, juntamente com reguladores e outras redes celulares (em todo o
sistema). Para este fim, sistemas metabólicos à engenharia foram propostos como o
desenvolvimento da produção de cepas realizando engenharia metabólica dentro de
um sistema de quadro biológico. Biologia de sistemas em combinação com a
biologia sintética nos permite criar novos e bem controlados circuitos metabólicos e
regulatórios, maximizando os fluxos metabólicos para os produtos desejados na
cepa que está sendo desenvolvida. Isso significa redes celulares inteiras, das quais
o metabolismo é apenas um, o qual tem que ser otimizado. A heterogeneidade da
população é uma condição inerente à isogênica população de células, mesmo
assumindo que todas as células encontram-se idênticas condições ambientais, que
adicionalmente podem ser um erro de suposição. Para uma compreensão final dos
processos celulares, essa heterogeneidade deve ser levada em consideração,
mesmo que seja particularmente desafiador no nível analítico. Desenvolvimentos
empolgantes em análises de célula única estão atualmente em progresso.
Freqüentemente, eles empregam um sofisticado dispositivo lab-on-a-chip (LOC).
Idealmente, tais dispositivos permitem múltiplos alvos não invasivos determinando a
concentração de analito, em tempo real com resolução. A biologia estrutural analisa
detalhes estruturais de macromoléculas, como proteínas e mecanismos de suas
reações e regulações. Biologia sintética é o desenvolvimento de princípios e
ferramentas para projetar e montar elementos precisamente controláveis para a re-
programação das redes celulares. Além da regulação da via e da formação do
subproduto, vias metabólicas heterólogas projetadas frequentemente sofrem de
desequilíbrios de fluxo, uma vez que, normalmente carecem de mecanismos
regulatórios ativos em seu ambiente natural. Estruturas de proteínas sintéticas, que
recrutam espacialmente as enzimas metabólicas correspondentes em um forma
projetável, permitem o aumento da concentração efetiva de intermediários da via
metabólica. A indústria geral de processo só pode ser projetada de forma adequada
considerando a fonte de carbono, o micróbio e o bioprocesso até o seu fim,que
inclui DSP.