Sistemas Web - Referência 12, 13 e 14

Kaike Sa Teles Rocha Alves

Programa de Pós-Graduação em Modelagem Computacional, Universidade Federal de

Juiz de Fora, Juiz de Fora, MG
kaike.alves@engenharia.ufjf.br

1 HOPE - Referência 12
Servidores Web são ferramentas que armazenam grande quantidade de infor-
mações sobre efeitos de patologias originárias de diversas fontes no contexto de
biologia, mais especificamente no que tange a mutações genéticas. Por exemplo,
o PolyPhen é um servidor web que armazena informações sobre a substituição
de um ácido. Já o SIFT é um outro servidor que proporciona aos pesquisadores
avaliarem mutações inofensivas daquelas que causam doenças. O Alumat, um
software que se preocupa em com o desenvolvimento de softwares e banco de
dados ainda nesse contexto das mutações, não é um servidor, ele apenas traba-
lha auxiliando os pesquisadores com ferramentas e dados úteis para o trabalho
científico.
Uma da ferramenta recente neste cenário de avaliação de mutações genéticas
é a HOPE (Have Our Protein Explained). Essa ferramenta proporciona uma
avaliação automatizada de mutações genéticas. Esse software armazena os dados
usando PostgreSQL. A interface de saída dos resultados é muito rica, contendo
figuras ilustrativas e um recurso para tradução dos jargões específicos da área. Os
testes do HOPE demonstraram uma acurácia correta dos resultados. O HOPE é
acessado através de um navegador. A interface é bem intuitiva, possibilitando que
o usuário entre com os dados de entrada e mutações sem precisar consutar o guia.
Além disso, o HOPE possui uma pré definição de parâmetros, não necessitando
que os mesmos sejam alterados.

2 EMBL-EBI - Referência 13
O EMBL-EBI é uma ferramenta que possibilita aos usuários carregarem bases
de dados próprias ou terem acesso a base de dados já disponíveis para realizar
diversas aplicações de análise disponíveis pelo programa. A busca por atualiza-
ções frequentes garante que os cientistas sempre tenham acesso às mais atuais
ferramentas disponíveis. Em caso de falha, o software guia o usuário passo a
passo na resolução do problemas. A ferramenta ainda permite que o usuário de-
fina os parámetros do modelo por si só. O software possui uma ferramenta de
feedback dos usuários, com a qual é possível manter um melhoramento contí-
nuo da ferramenta. Também possui uma interface bastante intuitiva e testada
massivamente. O software possui um guia para orientar o usuário nas diversas
ferramentas disponíveis. Pretende-se agregar novas ferramentas ao web server,
além ampliar a produção de conteúdo, como video tutoriais, dentre outros.
3 XML e serviços web - Referência 14

Houve um aumento significativo de dados referentes ao sequenciamento de geno-

mas e sobre as interações entre proteínas nos mesmos, e estes estão disponíveis
ao longo de diversos servidores espalhados. Isso é um quesito que aumenta o
tempo de pesquisa, visto que os cientistas precisam buscar servidor a servidor
o que deseja encontrar. Apesar de já existirem diversas ferramentas de integra-
ção, o problema ainda não foi completamente solucionado, visto que obstáculos
como diferentes bases de dados, servidores diferentes, tipos de dados diferentes,
a linguagem web são ainda barreiras que precisam ser derrubadas.
Serviços web vem para facilitar a integração e troca de informações. Dentre
as vantagens de serviços web, podemos citar o uso do XML para representar os
dados, a independência do cliente com o serviço, o acesso à quantidade correta
de serviços, e a chamada remota de procedimentos. O XML foi projetado para
superar as limitações do HTML, como descrever a semântica de um documento,
e não apenas o documento em si. O XML permite uma padronização, facilitando
o processo integratório. Como resultado, empresas e instituições acadêmicas vem
cada vez mais adotando o XML em processos de pesquisa na área de genomas.
O XML também facilitam a avaliação dos dados.