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Os marcadores genéticos são comumente usados em pesquisas com drosófilas, e a maioria dos
fenótipos são facilmente identificáveis a olho nu ou com um microscópio. Na lista de exemplos
de marcadores comuns abaixo, o símbolo do alelo (em inglês) é seguido pelo nome dos genes
afetados e a descrição de seu fenótipo. (Observação: os alelos recessivos são escritos em letras
minúsculas, enquanto os alelos dominantes são escritos em letras maiúsculas.)
Cy1: Curly; as asas são curvadas para além do corpo e o voo pode ser um pouco alterado.
e1: Ebony; corpo e asas pretas (os heterozigotos são visivelmente mais escuros que o tipo
selvagem).
Sb1: Stubble; os pelos são mais curtos e mais grossos do que os do tipo selvagem.
bw: Brown; cor dos olhos determinada por vários pigmentos combinados
y1: Yellow; pigmentação do corpo e asas amarelas. Este é o análogo nas moscas do albinismo.
bem como das partes larvais da boca (2, 3). Muitos alelos mutantes
gene ideal para estudar os efeitos dos rearranjos da sequência de DNA na expressão gênica.