Introdução à Bioquímica

11
Macromoléculas Biológicas
Nucleotídeos



 Bibliografia

• “Lehninger, Principles of Biochemistry”, David

L. Nelson, Michael M. Cox, 7ª edição, 2017,
Introdução à Bioquímica

W.H.Freeman
Capítulo 8

 Nucleotídeos - Função
Funções no metabolismo celular:
★C o n s t i t u i n t e s d o s á c i d o s n u c l e i c o s , D N A ( á c i d o
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desoxirribonucleico) e RNA (ácido ribonucleico) - as moléculas

responsáveis pelo armazenamento e transferência da informação
genética
★“Moeda de troca” energética nas transferências metabólicas - ATP
(trifosfato de adenosina)

★Medeiam a resposta entre as células e as hormonas (ou outro

estímulo extracelular) cAMP (adenosina 3´-5´monofosfato cíclico)

★Componentes estruturais de várias enzimas

Introdução à Bioquímica Nucleotídeos - Função

 Nucleótideos
Os nucleotídeos são constituídos por
★uma base azotada (purina ou pirimidina)
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★um açúcar (pentose)

★um ou mais grupos fosfato

a numeração dos
carbonos na pentose são
d o t i p o 1 ´ , p a ra o s
distinguir dos carbonos
das bases azotadas

Introdução à Bioquímica Bases azotadas - Pirimidinas (1 anel)

Introdução à Bioquímica Bases azotadas - Purinas (2 anéis)
 Açúcar - pentose
Os ácidos nucleicos tem 2 tipos de pentoses:
– D - ribose (componente do RNA)
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– 2´- desoxi - D- ribose (componente do DNA)

D - ribose 2´- desoxi - D - ribose

 Nucleosídeo - pentose e base azotada

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purina
H (2 aneis aromáticos)
pirimidina
(1 anel aromático)

ligação covalente, β -N-

1´ glicosídica ao carbono 1´da
pentose

 Nucleosídeo
Base azotada ligada à pentose através de uma ligação glicosídica -
reação de condensação
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adenina

ribose adenosina (base derivada da purina -

sufixo osina)

timina
ligação β N-glicosídica

desoxitimidina (base derivada da

desoxi-ribose
pirimidina - sufixo idina)

ligação β N-glicosídica - N-9 purina / N-1 pirimidina com carbono 1´ose

 Nucleotídeo - pentose, base azotada, fosfato
Fórmula geral estrutural de um nucleotídeo
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O caracter ácido dos nucleotídeos é devido à presença de resíduos de

fosfato derivados do ácido fosfórico, H3PO4, que se dissociam em pH
intracelular.
 Nucleotídeo - formação da ligação éster
Introdução à Bioquímica

ligação fosfoéster

ligação éster carbono 5´ose - fosfato

 Polimerização de nucleotídeos
Os ácidos nucleicos são polímeros lineares de nucleotídeos ligados entre
si por ligações do tipo fosfodiéster, formada entre o fosfato do carbono
C´5 de um nucleotídeo e o grupo hidróxido do carbono C´3 da pentose
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do nucleotídeo seguinte.

ligação
N-glicosídica
ligação
fosfodiéster

 Nucleotídeo - formação de ligações fosfodiéster

Introdução à Bioquímica
 Nível primário de estrutura de DNA e RNA
Terminal 5´ Terminal 5´
Introdução à Bioquímica

A cadeia resultante é bastante

polar e possui uma extremidade 5´
sem nucleotídeo, fosfato do C´5 da
pentose e uma extremidade 3´
sem nucleotídeo, hidróxido do C´3.

A orientação da cadeia é designada

de 5´para 3´, 5´ 3´.

Terminal 3´ Terminal 3´
Na ligação fosfodiéster o grupo 5´-fosfato de uma unidade nucleotídica liga-se ao
grupo 3´-hidroxila do nucleotídeo seguinte. A orientação 5´ para 3´ de uma fita de
ácido nucleico refere-se a uma extremidade da fita, não à orientação da ligação
fosfodiéster individual ligando seus nucleotídeos constituintes.

 Representação esquemática de uma sequência de um oligonucleótido

Introdução à Bioquímica

Terminal 5´ Terminal 3´

Por definição todas as sequências escrevem-se na direcção 5’ → 3’

pA-C-G-T-AOH pApCpGpTpA pACGTA ACGTA

A pH=7.0, existe ionização completa dos grupos fosfato carga negativa

Interação com cargas positivas: proteínas (histonas); metais (Mg2+)

 Hidrólise das ligações N- glicosídicas

As ligações N-glicosídicas não sofrem hidrólise alcalina, mas
sofrem hidrólise ácida:
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» nucleosídeos purínicos - hidrólise por ácido diluído, a 60º C.

» nucleosídeos pirimidínicos - hidrólise por ácido perclórico, a
100º C.

nucleosídeos purínicos nucleosídeos pirimidínicos

Introdução à Bioquímica
Hidrólise das ligações fosfodiéster

DNA

RNA

DNA resistente à hidrólise alcalina devido à ausência do grupo

OH no carbono C´2, permitindo a formação da dupla hélice.
O grupo OH no carbono C´2 no RNA actua como grupo
nucleofílico intramolecular, sofrendo hidrólise alcalina.

Introdução à Bioquímica
Hidrólise alcalina das ligações fosfodiéster - RNA

Mistura de derivados
com fosfatos em 2´ e
3´

RNA mais
curto

Introdução à Bioquímica
Formação (Síntese) de polímeros

Terra fotografada pela Apolo 17

 Degradação de polímeros
Introdução à Bioquímica

Terra fotografada pela Apolo 17

Introdução à Bioquímica Desoxiribonucleótideos - nomenclatura

Nucleosídeo: desoxiadenosina desoxiguanosina desoxitimidina desoxicitidina

Nucleotídeo: desoxiadenosina 5´- monofosfato

Símbolos: A; dA; AMP G; dG; GMP T; dT; TMP C; dC; CMP

Introdução à Bioquímica Ribonucleótideos - nomenclatura

Nucleosídeo: adenosina guanosina uridina citidina

Nucleotideo: adenosina 5´- monofosfato

Símbolos: A; AMP G; GMP U; UMP C; CMP

 Purinas e pirimidinas menos comuns

• Formas metiladas presentes em DNA
• Algumas moléculas de DNA viral contêm bases hidroximetiladas
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ou glucosiladas
• Normalmente possuem funções de regulação ou protecção da
informação genética

 Nucleotídeos - propriedades
Nucleotídeos, devido à presença das bases purínicas ou pirimidínicas
(moléculas aromáticas), são facilmente detectados por absorverem luz
ultra violeta.
Introdução à Bioquímica

O comprimento de onda correspondente à absorção máxima para a

maioria é aproximadamente 260 nm.
A medida da absorvância a 260 nm é amplamente empregada para a
quantificação de ácidos nucleicos nas preparações de DNA e RNA.

 Prémio Nobel da medicina - 1962 - estrutura molecular dos ácidos nucleicos

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http://www.nature.com/nature/dna50/watsoncrick.pdf
 Prémio Nobel da medicina - 1962
• Rosalind Franklin (1920 - 1958)
• Com base nos seus dados de cristalografia de raio-
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X Watson e Crick conseguiram propor a estrutura

da hélice dupla para o DNA
• Faleceu em 1958
• Em 2008 os registos de nomeação foram
disponibilizados e verificou-se que Franklin nunca
foi nomeada para o prémio Nobel.
Fotografia 51
Editor: Gradiva Publicações
Colecção: Ciência Aberta
ISBN: 9789726620341
Ano de Edição/
Reimpressão: 1987
N.º de Páginas: 282

ACS: Rosalind Franklin's missed chances to solve DNA

http://blogs.nature.com/news/blog/2010/03/acs_rosalind_franklins_missed.html

 Estrutura secundária do DNA

Os grupos fosfato são grupos hidrofílicos.
As bases nitrogenadas são hidrofóbicas e insolúveis em água a pH 7.0.
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Ficam empacotadas de modo a maximizar as interações hidrofóbicas.

Esqueleto hidrofílico - desoxirriboses e

fosfatos estão virados para o exterior.

Interior hidrofóbico - as bases quase

planares estão viradas para o interior.

http://www.dnaftb.org/dnaftb/

 Estrutura secundária do DNA

A dupla hélice é mantida por 2 tipos de interações:
» ligações de hidrogénio entre bases
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complementares
» interações hidrofóbicas entre as bases

Quanto maior o conteúdo G-C, mais difícil a

separação das duas cadeias:
» emparelhamento A - T 2 ligações H
» emparelhamento C - G 3 ligações H

Adenina - Timina

Guanina - Citosina

 Ligações de hidrogénio

Ligações de hidrogénio -
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átomos de N e O (grupo carbonilo)

 Replicação do DNA
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As cadeias pré-existentes (mãe)

separam-se e cada uma delas serve de
molde para a síntese de uma cadeia
nova (filha).
 Outras estruturas secundárias da dupla hélice de DNA
A estrutura B é a mais estável em condições fisiológicas e a proposta
por Watson - Crick.
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Estrutura Z - a cadeia gira

sobre o eixo da dupla
hélice para a esquerda

Estrutura A - ocorre sob

condições não fisiológicas
e m a m o s t ra s d e D N A
desidratadas
 Outras estruturas secundárias da dupla hélice de DNA
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 Estruturas secundárias menos usuais de DNA
dobramento
arranjos cruciformes
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cadeia tripla

Estas formas, que acontecem devido à presença de sequências

específicas, são importantes no processo de reconhecimento do
DNA por certas proteínas e enzimas.

 Estruturas secundárias menos usuais de DNA

sequências de DNA
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Determinadas sequências originam estruturas secundárias menos usuais:

sequência palíndrome - ambas as cadeias têm a mesma sequência

mas com polaridade inversa

repetição em espelho - quando a repetição invertida ocorre na

mesma cadeia

 Estruturas secundárias menos usuais de DNA

grampos e cruciformes
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 Estruturas secundárias menos usuais de DNA

triplex e tetraplex
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Ligações de hidrogénio adicionais.

 DNA triplex - hemoglobina fetal

HPFP - Persistência hereditária de hemoglobina fetal
Doença que se traduz na produção de hemoglobina fetal, não se
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dando o bloqueio na transcrição dos genes que codificam as globinas

fetais (estas só devem ser produzidas logo após nascimento).

O bloqueio é da responsabilidade de uma estrutura de DNA triplex

intramolecular.
A mutação no DNA triplex leva à continuação da produção de
hemoglobina fetal.
A hemoglobina fetal tem mais afinidade para o oxigénio do que o
normal, não o libertando para as células que acabam por recorrer à
fermentação láctica para garantir a sua oxigenação. A produção de
ácido láctico causa dores musculares.

 Estrutura terciária do DNA - supertorção ou super hélice

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 Estrutura terciária do DNA - DNA circular
Nas células procarióticas o DNA apresenta-se na forma circular.
Apresentam um único cromossoma associado a histonas.
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O DNA circular também está presente como DNA extracromossomal -

DNA de plasmídeos.
Nas células eucarióticas, o DNA está presente na mitocôndria.

 DNA - células de eucariontes

★DNA é superenrolado.
★DNA é empacotado com proteínas (histonas) formando ao
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nucleossomo.

 Histonas ; nucleossomo
O DNA em células eucariontes está associado a proteínas de caracter
básico - histonas, formando o nucleossomo.
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 Tipo de RNA
O DNA encontra-se essencialmente no núcleo e a síntese proteica
ocorre nos ribossomas no citoplasma.
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RNA é o intermediário, encontra-se no núcleo e no citoplasma. O

aumento na síntese proteica é acompanhado por um aumento de
síntese do RNA e por um aumento da sua taxa de turnover.

★mRNA - RNA mensageiro; contem a informação codificada no

DNA, a qual será traduzida em proteína

★tRNA - RNA de transferência; cada tRNA transporta um

aminoácido até à extremidade da cadeia polipetídica

★rRNA - RNA ribossomal; o RNA associa-se a proteínas para formar

os ribossomas, onde se dá a tradução.

★RNA com actividades específicas, ex. RNA com actividade

enzimática - ribosimas.

 Tipo de RNA
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ribossoma aminoácido
tRNA

uracil

mRNA rRNA tRNA

 Estrutura do RNA - mRNA
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transcrição
DNA mRNA

RNA obtido a partir da transcrição do DNA é sempre em cadeia simples.

A estrutura em hélice é mantida por interações as bases.
purina - purina >> purina - pirimidina ; pirimidina - pirimidina

O mRNA contém a informação codificada no DNA, a qual será traduzida em

proteína.

mRNA monocistrónico - codifica apenas uma cadeia polipeptídica.

mRNA policistrónico - codifica mais do que uma cadeia polipeptídica.

 Estrutura do RNA - rRNA

O rRNA corresponde a cerca de 80% do RNA celular e é o constituinte

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dos ribossomas.

Os ribossomos são responsáveis pela síntese das proteínas através da

união dos seus aminoácidos. Esta síntese é controlada pelo mRNA

 Estrutura do RNA - tRNA

➡ Ligações de hidrogénio não seguem a regra de Watson-Crick
➡ Emparelhamento G-C ou A-U
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➡ Emparelhamentos G-U também existem

 Nucleotídeos - outras funções - Monofosfatos de adenosina

Os nucleótidos podem ter grupos fosfatos em várias posições.

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 Outras funções dos nucleotídeos - energia química
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AMP - adenosina monofosfato

ADP - adenosina difosfato

ATP - adenosina trifosfato

 Outras funções dos nucleotídeos - energia química
Adenosina 5´-trifosfato, ATP
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A hidrólise de cada ligação anidrido produz cerca de 30 kJ/mol.

A hidrólise do ATP quando acoplada a uma reação com variação de
energia livre positiva, muda o equilíbrio do processo geral
promovendo a formação do produto.

 cAMP; ppGpp - mensageiros secundários

Adenosina 3´,5´-monofosfato cíclico, cAMP
É um mensageiro secundário celular, formado a partir do ATP
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Guanosina 5´-difosfato, 3´difosfato, ppGpp

Nucleotídeo regulador produzido em bactérias como resposta a uma
redução de velocidade da síntese proteíca durante a falta de
aminoácidos.

 Cofactores enzimáticos - CoA

Uma série de cofatores enzimáticos que serve a uma ampla gama
de funções químicas inclui a adenosina como parte das suas
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estruturas.
Exemplos: coenzima A, envolvida na síntese e na oxidação de
ácidos gordos

 Cofactores enzimáticos - NAD e FAD

NAD- Nicotinamida Adenosina Dinucleotídeo
FAD - Flavina Adenosina Dinucleotídeo
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Coenzimas envolvidas em reacções reversíveis de oxidação-redução

FAD

NAD+