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CURSO 2009/2010
Nota: El material gráfico necesario para estos ejercicios puede visualizarse en un ordenador personal,
sin conexión a Internet, siempre que se hayan instalado los programas o plugins recomendados, todos
de uso público permitido. Estan contenidos en el BioRom 2008, de acceso a través de la pagina
web del Depto. de Bioquímica y Biología Molecular B e Inmunología entre otras fuentes.
El primer módulo extenso, aunque con menor nivel de profundidad, requiere el mayor trabajo a nivel
de 1ª Curso. Está dedicado a la Bioquímica estructural clásica: glúcidos, lípidos, proteínas, vitaminas,
y ácidos nucleicos. Como ejemplos de proteínas se consideran la lisozima y la hemoglobina.
1.1. Glúcidos
Monosacáridos: glucosa, fructosa
Disacáridos: sacarosa
Polisacáridos: celulosa, almidón (modelos de amilosa y amilopectina), queratán-sulfato,
agarosa
1.2. Lípidos
Ácidos grasos: saturados, insaturados
Fosfolípidos: dilauril fosfatidil etanolamina
Esteroides: colesterol
1.3. Vitaminas: vitamina A, vitamina B2
Nota: Téngase en cuenta que los siguientes apartados de este módulo solapan con el módulo 2, aunque
con menor detalle, lo que debe ser tenido en cuenta en la visualización en pantalla para una
familiarización paulatina.
1.4. Proteínas
Estructura primaria: aminoácidos
alifáticos polares
polares sin carga
aromáticos
básicos
ácidos
péptidos
Un ejemplo: tripéptido
Estructura secundaria: alfa-hélice
hoja plegada beta (lámina beta)
Estructura terciaria: lisozima
Estructura cuaternaria: hemoglobina
1.5. Ácidos nucleicos
bases nitrogenadas
nucleósidos
nucleótidos
ADN
ARN
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El segundo módulo es una continuación del primero. Recoge con mayor detalle la estructura de las
proteínas, desde sus aminoácidos constituyentes pasando por los modelos de estructura secundaria,
para llegar a ilustrar las estructuras terciaria y cuaternaria con dos ejemplos clásicos, la hemoglobina y
las inmunoglobulinas G. En la parte B también analiza los aspectos estructurales del ADN y de la
interacción ADN-proteínas
3.1. Aminoácidos
alifáticos apolares
polares sin carga
aromáticos
básicos
ácidos
3.2. Péptidos y "esqueletos peptídicos"
enlace peptídico
oligopéptidos
3.3. Estructura secundaria
hélice alfa
hoja plegada beta
triple hélice del colágeno
3.4. Estructura terciaria y cuaternaria
hemoglobina
hemoglobina y hemo
hélices alfa anfipáticas
hidrofobicidad, polaridad y carga eléctrica
puentes salinos de la desoxihemoglobina
hemoglobina de las células falciformes
inmunoglobulinas G
B. Los ácidos nucleicos, ADN, ARN e interacción de ambos con proteínas.
3.5. Estructura de ácidos nucleicos
apareamiento de nucleótidos
estructura secundaria de B-ADN
otras estructuras del ADN
3. 6. Interacción entre ADN y proteínas
hélice-giro-hélice
hélice-bucle-hélice
homeodominio
dedo de zinc
3.7. Estructura del ARN
ribonucleótidos
ARN de cadena sencilla
plegamiento del ARN
ARN de transferencia
interacción codón-anticodón
ribozimas
3.8. Interacción del ARN con proteínas
proteína Rev del VIH unida al ARN del "elemento de unión a Rev" (RBE)
proteína EF-Tu unida a un ARNt
aminoacil-ARNt sintetasa unida a su ARNt
proteína U1A del ayustosoma (espliceosoma) unida a un pre-ARNm
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INFORMACION ADICIONAL
Los modelos moleculares proceden de la base de datos Protein Data Bank, donde se centralizan las estructuras de
proteínas y ácidos nucleicos, determinadas por estudios de RMN o de cristalografía de rayos X. Estos archivos
PDB, disponibles por internet, son leídos por el programa Rasmol, que los transforma en modelos
tridimensionales que se pueden girar, cambiar de tipo de representación, colores, etc. Los archivos scripts
generados desde Rasmol pueden ser leídos por Chime.
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En resumen: Para avanzar por el contenido de las páginas dispone de dos medios:
1. Los "botones" (⌧), que cargan modelos moleculares en la ventana izquierda.
2. Los vínculos (ejemplo), que cargan nuevas páginas en la ventana derecha o esquemas en
la izquierda. En este caso, no olvide pulsar en "Salir" para continuar. De no hacerlo, los
"botones" no funcionan más.
3. Menú desplegado del botón derecho del ratón:
File Save Molecule as...
Edit Copy
Copy Chime Script
Clear
Transfer to ISIS Draw
Transfer to Sculpt
2D rendering
Rotation
Display Wireframe
Sticks
Ball & Stick
Spacefill Van del Waals Radii
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MODULO 1
1.1: Glúcidos
Monosacáridos: glucosa, fructosa
Disacáridos: sacarosa
Polisacáridos: Celulosa, almidón, queratán-sulfato, agarosa
El programa permite rotar las moléculas en el espacio, identificar las unidades formadoras mediante su
color y otros muchos detalles que tienen sus máximas aplicaciones en el caso de macromoléculas,
principalmente proteínas y ácidos nucleicos. Para practicar estas posibilidades, visualice las
moléculas mediante rotación de las mismas en el espacio, y utilice la opción “display” para
observarlas según los distintos modelos: esqueleto de varillas, modelo de bolas y varillas,
radios de Van der Waals, etc. Utilizando otras opciones del menú, puede numerar los
átomos de C, O y otros, así como calcular distancias y ángulos entre los distintos átomos.
Los glúcidos o hidratos de carbono son las biomoléculas más abundantes de la naturaleza,
presentes tanto en los animales como en los vegetales y los microorganismos. Además estas moléculas
son muy versátiles en cuanto a las funciones que desempeñan, ya que por un lado intervienen
directamente en el metabolismo energético de la célula, como fuente inmediata de energía y/o como
moléculas de reserva energética, y por otro lado ejercen funciones estructurales plásticas o de sostén.
En función de la complejidad de su estructura, se clasifican básicamente en:
Monosacáridos: Unidades estructurales básicas no hidrolizables, compuestas por una cadena
alifática polialcohólica (entre 3 y 8 átomos de carbono) y un grupo carbonilo (aldehído o cetona).
Eventualmente pueden tener también otros sustituyentes como grupos carboxilo, amino, fosfato o
sulfato, entre otros. En disolución forman unas estructuras cíclicas (anillos) de 5 o 6 átomos vértice,
consecuencia del enlace hemiacetálico intramolecular que se establece entre el carbonilo y uno de los
hidroxilos más alejados del mismo.
Poseen una disposición espacial característica, debido a la presencia de carbonos quirales o
asimétricos en la molécula. Los grupos hidroxilo (-OH) quedan orientados hacia arriba o abajo del
plano medio que determina el anillo, según el monosacárido que se trate. El –OH del carbono
anomérico (carbono carbonílico antes de formar el hemiacetal) queda orientado tanto hacia arriba
como hacia abajo del anillo (anómeros beta y alfa respectivamente), ya que ambos isómeros son
interconvertibles (mutarrotación) y de hecho coexisten simultáneamente.
Esta práctica nos muestra, en primer lugar, la estructura tridimensional de dos monosacáridos:
D-glucosa y D-fructosa. La representación plana de las mismas, según la estructura de Haworth es la
siguiente:
CH 2 OH
CH 2 OH CH 2 OH
O OH O CH 2 OH
O
OH H,OH OH OH
CH 2 OH OH
OH
OH OH OH
O
OH D-glucosa
OH
OH
α(1→β2)
O
CH 2 OH
Sacarosa
O
OH
D-fructosa
OH
β-D-galactosa
OH NHCOCH 3
NHCOCH 3 OH OH
n
β(1→4)
β(1→3) β(1→3)
β-N-acetilglucosamina-6-sulfato
La práctica nos permite distinguir e identificar las unidades básicas formadoras de este
heteropolisacárido, ya que están coloreadas de forma distinta. Rotando la molécula podemos apreciar
el grupo N-acetilo enlazado al grupo amino en el C2 de la glucosa y el éster sulfato del C6 de la
misma. Además, conviene prestar atención también a los dos tipos de enlace glicosídico que aparecen,
β(1→3) y β(1→4) entre la N-Ac-glucosamina y la galactosa, y la galactosa y la N-Ac-glucosamina,
respectivamente.
El agar-agar es también un heteropolisacárido natural obtenido de las algas Rodofíceas, que
tiene capacidad gelificante. Esta capacidad hace que se utilice para la preparación de medios de cultivo
y que una fracción purificada (la agarosa) sea utilizada para formar los geles de electroforesis
utilizados para separar fragmentos de ácidos nucleicos en función de sus tamaños. Está formado por
unidades repetitivas de agarobiosa: D-galactopiranosil-3,6-anhidro-L-galactosa, enlazadas por uniones
α(1→3) y en menor proporción con ramificaciones β(1→4). Además, presenta esterificaciones con
sulfato en el C6 de la galactosa, aproximadamente cada 50 unidades de monosacárido. La
representación plana es la siguiente:
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β-D-galactosa
CH 2 OH CH 2 CH 2 OH CH 2
OH O OH O O
O O O
OH O O
O O
OH OH OH OH
n
β(1→4) α(1→3) β(1→4)
α-3,6-anhidro-L-galactosa
1.2 Lípidos
Ácidos grasos: saturados e insaturados
Fosfolípidos: dilauril fosfatidil etanolamina
Esteroides: colesterol
Ácidos grasos saturados e insaturados:
Los ácidos grasos son unidades estructurales de otros lípidos. Son ácidos monocarboxílicos de
cadena lineal, con un número de átomos de carbono entre 4 y 26. Los más abundantes tienen cadenas
entre 12 y 20 carbonos. Los 9 más importantes constituyen más del 95 % del total encontrado en
grasas vegetales y animales. De ellos, 4 son saturados (mirístico, palmítico, esteárico y araquídico) y 5
son insaturados (palmitoleico, oleico, linoleico, linolénico y araquidónico).
En este apartado se presenta la estructura de los ácidos grasos utilizando como ejemplos al
palmítico y tres insaturados. Como norma general, observe los ácidos grasos en la opción “sticks” con
los átomos unidos por varillas. Permita la rotación de la estructura y elijan las otras opciones de
“display”. A veces la visualización se mejora utilizando fondo blanco en lugar de fondo negro. Para
cambiarlo debe ir al final de la página y entrar en Utilidades.
Esteroides: colesterol
Los esteroides son un grupo de lípidos de los denominados isoprenoides, es decir, lípidos derivados
del 2-metilbutadieno. Los esteroides presentan estructuras derivadas del anillo
ciclopentanoperhidrofenantreno, con una cadena lateral hidrocarbonada. Pueden clasificarse, según su
estructura y funciones, en Esteroles, Vitamina D, Ácidos Biliares y conjugados, Corticosteroides y
Hormonas Sexuales. Para la visualización de la molécula propuesta consideren todas las opciones
descritas en los apartados anteriores. Recuerde que el fondo blanco para mejorar la observación.
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1.4 Proteínas
1) Estructura primaria: aminoácidos y péptidos
2) Estructura secundaria: alfa-hélice y hoja plegada beta
3) Estructura terciaria: lisozima
4) Estructura cuaternaria: hemoglobina
El pK del grupo imidazol de la histidina libre es 6.5. En las proteínas, la cadena lateral de la
Histidina puede estar protonada (+) o no, dependiendo del ambiente local. Por tanto, la His debe
considerarse menos básica que los otros dos, Lis y Arg.
En cada uno de ellos, visualice la molécula en todas las formas posibles que permite el programa, y
localice los grupos comunes y las características de la cadena lateral. Para ello, haga uso del botón
izquierdo del ratón y despliegue todas las posibilidades de visualización. Entre ellas, las más
importantes a utilizar para estas biomoléculas son:
Rotation. Permita que rote y entonces con la opción display observe:
Wireframe: Se observa el esqueleto en varillas finas del aminoácido.
Sticks: El esqueleto con los átomos unidos por varillas
Ball & Sticks: Aparecen los núcleos como bolas y enlaces con varillas, con el código CPK.
Spacefill: Se incluyen los espacios ocupados por orbitales moleculares,
Utilice otras opciones del menú (options, select etc.) e intente marcar los átomos de O y N, observar
la molécula en estéreo, cambiar el color, y en resumen, familiarícese con el menú de visualización que
le permitirá mayores posibilidades cuando en módulos siguientes se observen macromoléculas como
proteínas o ácidos nucleicos.
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Péptidos y "esqueletos peptídicos"
Dos aminoácidos pueden unirse covalentemente a través de un enlace amida, denominado enlace
peptídico. Este enlace se forma al reaccionar el grupo alfa-carboxilo de un aminoácido con el grupo
alfa-amino del otro aminoácido, perdiéndose una molécula de agua. Pueden unirse tres aminoácidos
para formar un tripéptido
o pueden unirse muchos aminoácidos para formar polipéptidos o proteínas. Los carbonos alfa de cada
aminoácido se van alternando con
los enlaces peptídicos para formar el
"esqueleto" del péptido. En este
modelo de varillas (ver pantalla)
puede verse el esqueleto peptídico
de un tripéptido. Pueden
representarse sólo los carbonos alfa,
los átomos que intervienen en los dos enlaces peptídicos y los grupos amino y carboxilo terminal, y
también con las cadenas laterales. Observe cómo el enlace peptídico es una estructura plana, y cómo el
oxígeno y el hidrógeno se disponen en configuración trans.
Ahora cada aminoácido tiene una cadena lateral formada por un carbono. De este modo
hemos construido el tripéptido Lys-Ala-Ile. Los péptidos empiezan a nombrarse por el aminoácido
que tiene el extremo amino libre (N-terminal) y terminan por el que tiene el carboxilo libre (C-
terminal).
La representación con modelos de bolas y varillas proporciona demasiados detalles para visualizar
grandes proteínas. Por esa razón es habitual presentar la cadena peptídica por una línea que une los
carbonos alfa. Esa línea representa el esqueleto del péptido (backbone). A veces se utiliza el modelo
de cinta (ribbon), multihebras (strands) y cinta orientada (cartoon). Practica todas estas formas de
representar el péptido, aunque son mucho más útiles cuando se trata de cadenas más largas que un
tripéptido y con estructura secundaria determinada (ver más adelante)
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3) Estructura terciaria: Lisozima
Utilice las distintas opciones de representar la cadena polipeptídica de esta proteína. Las opciones
ribbon y cartoon son de nuevo importantes de comparar.
Desplegando el menú de opciones, obtener información sobre la secuencia. Obtener el número total
de aminoácidos en la cadena y visualizar los enlaces disulfuro que existen en esa molécula señalando
cuantos hay y sus posiciones.
b) Nucleósidos
El ejemplo que ahora ilustra estas estructuras es el de la adenosina (Ado): la adenina forma con la
ribosa el nucleósido. Visualizar varias vistas con distintos ángulos de observación.
c) Nucleótidos
Cuando a un nucleósido se une uno o varios grupos fosfato, se forma un nucleótido. En el ejemplo, la
adenosina se une con un grupo fosfato formando el nucleótido llamado ácido adenílico o adenosina-
monofosfato (AMP). Como a pH fisiológico el fosfato está ionizado, se le llama también adenilato.
Se pueden unir también dos o tres grupos fosfatos consecutivos, dando lugar, respectivamente, a:
adenosina-difosfato (ADP) y adenosina-trifosfato (ATP). El ATP es especialmente importante por ser
la "moneda energética" de las células. Los nucleótidos formados por ribosa se llaman ribonucleótidos
y forman parte del ARN, mientras que los formados por desoxirribosa se llaman
desoxirribonucleótidos y forman parte del ADN.
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ejemplo, el ARN de transferencia o ARNt. La línea ficticia que une los átomos de fósforo (esqueleto)
nos permite observar cómo se pliega la cadena. Ver la molécula completa (completar estudio ARN en
módulos siguientes).
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MODULO 2
Esta simulación presenta un cierto grado de solapamiento con la anterior, pues está basada en el
estudio de proteínas y ácidos nucleicos, y ha sido desarrollada sobre la base del trabajo de varios
Dptos. de Bioquímica y Biología Molecular de Facultades españolas que generosamente ha cedido
este material. Por tanto, queda a discreción del alumno el recorrer apartados ya vistos anteriormente
(aminoácidos y péptidos) en función de su sensación sobre dichos conocimientos.
Por otra parte, la sesión comienza con unas generalidades sobre la molécula de ácido adenílico o
adenilato (AMP) y el manejo del ratón para conseguir mayor riqueza en la observación y manejo de
las moléculas.
De forma general, puede decirse que la parte correspondiente a los aminoácidos (sección 3.1) es
prácticamente igual a lo realizado en la práctica 1, pero la ventana de observación es mayor y presenta
mejor visibilidad.
Respecto a péptidos (sección 3.2), la exposición es más extensa que en la sesión 1, y se visualizan los
tripéptidos/tetrapéptidos AAA, KAA, KAI y KAIT.
Las secciones correspondientes a la estructura secundaria (3.3) en α-hélice y hoja plegada β son
también más extensas que en la sección 1, y las estructuras se visualizan mejor en la ventana de esta
sección.
1. Hemoglobina y hemo
La molécula de hemoglobina mayoritaria en personas adultas (HbA) está formada por cuatro cadenas
polipeptídicas (α1, β1, α2, β2), unidas entre sí de forma no covalente. Por cada molécula de
hemoglobina hay además cuatro moléculas de hemo (una protoporfirina IX con un átomo de Fe2+).
Los grupos hemo se representan en rojo porque son los responsables del color rojo de la hemoglobina.
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Ahora los grupos hemo se colorean utilizando el código CPK (los hidrógenos no se representan). La
molécula de oxígeno se une al Fe2+ del hemo en los pulmones, donde el oxígeno es abundante, y se
libera en los tejidos que necesitan el oxígeno para su metabolismo.
Observe también en detalle una única molécula de hemo (intente identificar los sustituyentes del anillo
porfirínico). El Fe2+ del hemo puede formar 6 enlaces de coordinación. Cuatro de ellos, situados en el
plano del hemo, se establecen con los nitrógenos de los anillos pirrólicos de la protoporfirina IX. Los
otros dos, perpendiculares al plano del hemo, se establecen con el nitrógeno de la cadena lateral de la
histidina F8 (His proximal) y con el oxígeno. Por la misma cara del hemo a la que se une el oxígeno se
aproxima la cadena lateral de la histidina E7 (His distal), que aunque no establece enlace con el Fe2+
dificulta estéricamente la unión del CO al sitio del oxígeno. La afinidad del hemo aislado por el CO es
25000 veces la del oxígeno, mientras que la hemoglobina es sólo 200 veces mayor.
A continuación se muestra la posición de la molécula de hemo (con una molécula de oxígeno) en una
de las cuatro cadenas de la hemoglobina, representada en un modelo compacto. Los residuos de
propionato del hemo (hidrofílicos) se disponen hacia la superficie de la proteína, mientras que el resto
de la molécula (hidrófoba) queda enterrada entre los aminoácidos apolares de la proteína, y las dos
histidinas (F8 y E7).
3. Hidrofobicidad y polaridad
Esta representación de una de las cadenas beta muestra los aminoácidos con carga eléctrica, polares, y
apolares, el grupo hemo, y los oxígenos del agua. Los aminoácidos polares y con carga son abundantes
en la superficie, donde forman puentes de hidrógeno con el agua. (La mayoría de las moléculas de
agua del disolvente no se muestran).
Antes de continuar pare la rotación de la molécula, una sección vertical a través de la molécula, cerca
de la superficie anterior, muestra gran cantidad de residuos hidrófilos. A medida que movemos el
plano de sección hacia el interior de la molécula se aprecia cómo el centro es hidrófobo mientras que
la superficie tiene gran cantidad de aminoácidos polares y con carga eléctrica. Cerca de la superficie
posterior, los residuos hidrófilos son otra vez abundantes.
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En la representación de bolas y varillas se aprecia mejor la interacción entre los tres aminoácidos, la
His146 y el Asp94 de la cadena beta1 y la Lys40 de la cadena alfa2. Pulse aquí para ver las fórmulas
de los aminoácidos His146, Lys40 y Asp94.
Observe que el puente entre el carboxilo del Asp94 y el anillo imidazol de la His146 requiere que este
último esté protonado.
Los puentes salinos que estabilizan la desoxihemoglobina (forma T) se rompen tras producirse la
unión del oxígeno (forma R). Veamos como ejemplo la rotura del puente His146-Asp94.
En la forma T, como ya hemos visto, la conformación de las cadenas beta permite que la His146 y el
Asp94 formen un puente salino. La unión del oxígeno produce un cambio conformacional que rompe
dicho puente. Una consecuencia es la disminución del pK del grupo imidazol de la His146, lo cual
produce la liberación de un protón (Efecto Bohr).
6. Inmunoglobulinas G
a. Estructura de la IgG
b. Dominio CL
c. IgG anti-Lisozima: Modelo de interacción antígeno-anticuerpo
a. Inmunoglobulina IgG
Las IgG son tetrámeros formados por cuatro cadenas polipeptídicas, dos cadenas idénticas de unos 446
aa (cadenas pesadas o “heavy”, H1 y H2) y dos cadenas, también idénticas, de unos 214 aa (cadenas
ligeras o “light”, L1 y L2). Las cadenas H y las L se unen por puentes disulfuro intercatenarios.
Además, existen puentes disulfuro intracatenarios que hacen que tanto las cadenas ligeras como las
pesadas se plieguen en varios dominios.
Los primeros 108 aa de las cadenas ligeras y pesadas son diferentes para cada anticuerpo específico y
forman el dominio o Región Variable (VH y VL). Este dominio contiene el sitio de unión con el
antígeno, por lo que cada molécula de IgG puede unirse a dos moléculas de antígeno.
El resto de Aa de la secuencia primaria son idénticos para todas las inmunoglobulinas de una clase (G,
A, M, D o E), y forman la denominada Región Constante (CH y CL).
Las Cys que forman los puentes disulfuro se muestran aquí en modelo espacial, superpuestas en el
esqueleto peptídico de las cuatro cadenas. Magnificando la imagen se pueden apreciar con más detalle
los puentes disulfuro que unen las cadenas pesadas entre sí y las cadenas ligeras a las pesadas.
Al tratar las moléculas de IgG con enzimas proteolíticos se obtienen diferentes fragmentos que se
corresponden con diferentes dominios funcionales. Si se tratan con papaína, las cadenas pesadas se
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rompen, obteniéndose tres fragmentos peptídicos, 2 fragmentos Fab (fragment antigen binding) y 1
fragmento Fc (fragment crystallizable). Cada fragmento Fab es capaz de unirse a una molécula de
antígeno. En cambio, si se tratan con pepsina los fragmentos Fab permanecen unidos, denominándose
fragmento F(ab')2.
b. Dominio CL
La estructura secundaria predominante en todos los dominios de las IgG es la hoja plegada beta.
Veamos en detalle como ejemplo la estructura terciaria del dominio CL utilizando varias
representaciones diferentes:
Codigo de colores: hélice alfa (rojo), hoja beta (amarillo) y giro (azul).
Observe la imagen como:
Modelo compacto.
Esqueleto peptídico.
Modelo esquemático.
Colores en arco iris: desde extremo N-terminal (azul violeta) C-terminal (rojo).
El dominio CL tiene tres residuos de Cys. Dos de ellos forman un puente disulfuro intracatenario. El
tercero forma un puente disulfuro con la región constante de la cadena pesada (Pare la rotación antes
de continuar).
Como se observa en esta sección transversal del dominio CL, los esqueletos peptídicos de las hojas
beta forman dos láminas que crean un "emparedado" conteniendo los residuos hidrófobos de la
molécula. Los aminoácidos con cadenas laterales polares y cargadas se disponen en cambio hacia la
superficie, en contacto con el solvente. El puente disulfuro queda enterrado en el núcleo hidrófobo.
(Reanude la rotación para ver la sección en diferentes direcciones)
3.6 Interacción entre ADN y proteínas: Motivos estructurales proteicos de unión al ADN
Algunas estructuras tridimensionales se repiten en distintas proteínas y son responsables de su
interacción con secuencias específicas de ADN. A estas estructuras se las denomina "motivos
estructurales". Los principales motivos responsables de la interacción con el ADN son:
1. Hélice-giro-hélice.
2. Hélice-bucle-hélice
3. Homeodominio
4. Cremallera de leucina
5. Dedo de zinc
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3) otra alfa-hélice que queda más separada del ADN y forma un ángulo fijo con la primera (en
verde).
Los tres componentes dan nombre al motivo. Además de ellos, cada proteína en particular posee otras
regiones en alfa-hélice, giros y bucles (mostrados en rojo y púrpura) que colaboran en la estructura del
motivo, y el resto de la molécula de proteína (no mostrada para simplificar la figura). Observar
también el modo espacial compacto, que conserva el mismo código de colores.
Ejemplo 2: "Represor lambda", proteína del bacteriófago lambda, unido al ADN en la región del
operador. Observe de nuevo el dímero en dos surcos mayores y consecutivos del
ADN.
3. Motivo homeodominio
Ejemplo 1: Dímero de la proteína MAT alfa-2 de levadura, con dos homeodominios idénticos,
unido a un fragmento de ADN de 21 pb. Cada cadena se muestra en un color: las 2
hebras de ADN y 2 motivos en la proteína dimérica (mismo código que en motivos
anteriores).
Este motivo, de nuevo con elementos similares a los anteriores, consta de:
1) un motivo de tipo hélice-giro-hélice (naranja-amarillo-verde) que contacta con el surco
mayor del ADN (dos tramos en alfa-hélice separados por un corto tramo sin estructura secundaria).
2) una tercera hélice, externa al ADN (en rojo).
3) un tramo sin estructura secundaria definida que interacciona con el ADN en el surco menor
(en púrpura).
Además, cada proteína posee otras regiones que forman el resto de la molécula, no mostradas por
simplificación.
Obsérvese en una visión axial cómo las dos hélices de reconocimiento encajan en posiciones sucesivas
del surco mayor.
En el modelo espacial compacto se destaca en color verde oscuro el péptido que contacta con el surco
menor.
Ejemplo 2: En este caso, un heterodímero formado por una subunidad de la proteína anterior
MAT alfa-2 y otra de una proteína similar, MAT A-1.
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Ejemplo 1: Proteína GCN4 de levadura; se muestra sólo una parte de la proteína, la que
corresponde al motivo cremallera de leucina, unida a un fragmento de ADN. Cada
cadena se muestra en un color: las 2 hebras de ADN y 2 cadenas en la proteína.
Este motivo consta de los dos segmentos peptídicos en alfa-hélice, que a su vez se enrollan
ligeramente entre sí (formando un superhelicoide). En un extremo, estas hélices interaccionan entre sí
y en el otro lo hacen con secuencias específicas de bases en el surco mayor del ADN. Utilice una vista
superior para apreciar el enrollamiento mutuo de las dos cadenas proteicas helicoidales: La interacción
entre las dos hélices se mantiene principalmente gracias a fuerzas de tipo hidrofóbico entre cadenas
laterales de leucina, situadas cada 7 residuos en la secuencia (en colores verde oscuro y naranja, cada
dos vueltas de alfa-hélice). Por otro lado, en la región que contacta con el ADN existe abundancia de
aminoácidos con carga positiva, como arginina (en rojo y marrón).
Utilice una vista ampliada de uno de los contactos entre leucinas de ambas cadenas (cadenas laterales
en color más oscuro amarillo y verde, otros aminoácidos en color CPK).
En este caso, la proteína posee un solo dedo de zinc pero forma un dímero al unirse al ADN. Además,
el motivo tiene una estructura diferente: 2 Zn2+, coordinados cada uno por una hélice y un bucle, a
través de las cadenas laterales de 4 Cys para cada Zn. Este tipo de dominio se llama dedo de zinc C4.
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3. Plegamiento de la cadena de ARN
La estabilidad de la molécula de ARN aumenta mucho si, de forma similar a como ocurre con el ADN,
las bases hidrofóbicas pueden ocultarse del medio acuoso. Esto puede ocurrir mediante formación de
puentes de hidrógeno entre bases complementarias aunque, a diferencia del ADN, ambas bases
pertenecen a la misma cadena de ARN. Es decir, la cadena se pliega sobre sí misma en zonas donde
las secuencias son parcialmente complementarias, formando tramos cortos de doble hélice.
Observemos, como ejemplo, la estructura del ARN ribosómico 5S de Xenopus laevis (formado por
128 nucleótidos). Otros ARNs son mayores y adoptan estructuras más complejas.
En el caso de ARNr y ARNt, es común que gran parte de la molécula presente secuencias
complementarias que permiten este tipo de plegamiento. Para facilitar el seguimiento de esta
estructura espacial, es muy útil el código arco iris desde el extremo 3' al 5'.
Como se realizó anteriormente para otros modelos proteicos o de ácidos nucleicos, observe el modelo
espacial compacto, con el esqueleto (hidrofílico, polar) y las bases (hidrofóbico, apolar). Se puede ver
cómo algunas bases (en rojo), al no tener una base complementaria enfrente, se vuelven hacia el
exterior de la molécula.
Mediante el zoom utilizable en esta parte de la práctica, observe más de cerca uno de los bucles o
puntos donde la cadena vuelve sobre sí misma, el extremo de un tramo en doble hélice. Para una mejor
observación, parar la rotación e ir pulsando sucesivamente los botones mostrados en la pantalla.
Tras reanudar la rotación, observe los pares de bases (enfrentadas en el mismo plano) y las bases del
bucle, no apareadas.
4. ARN de transferencia
Los ARN de transferencia son moléculas de hebra sencilla que adoptan un plegamiento o estructura
tridimensional característica, en forma de L. Aunque esta es la forma real, los ARNt han sido
representados muy frecuentemente en hoja de trébol por comodidad en la representación conceptual
para la interacción codón-anticodón.
Como se puede observar, existen unas regiones donde la molécula adopta una doble hélice
intracatenaria. Esto ocurre gracias a la formación de puentes de hidrógeno entre bases
complementarias de dos zonas de la misma cadena. La representación muestra el código arco iris para
facilitar el seguimiento lineal de la cadena.
Los dos extremos 5’ (rojo) y 3’ (azul) se encuentran cercanos, mientras la región donde se encuentra el
anticodón está prácticamente en el lado opuesto de la L de la molécula. Las bases apareadas y no
apareadas se pueden mostrar u ocultar, y se muestran en diferente color.
Los enlaces por puentes de hidrógeno entre las bases apareadas y en algunos casos formando ternas o
interacciones de tres bases hacen que se adopte el plegamiento tridimensional adecuado, dándole a la
molécula su estructura espacial característica. Las zonas apareadas definen cuatro brazos o asas en la
estructura del ARNt; ordenados de 5' a 3' son:
Brazo aceptor del aminoácido (rojo)
Brazo D o DHU (azul)
Brazo del anticodón (verde)
Brazo T o TΨC (amarillo ocre)
Cada brazo tiene una región apareada, o tallo (stem), y otra no apareada en su extremo, o bucle (loop).
Se pueden usar los botones para ver y ocultar las bases hasta diferenciar claramente las distintas partes
de la molécula.
Además de los 4 brazos, existe otra región, de longitud variable, que puede o no aparear sus bases (en
amarillo). Esta región es la que presenta menor homología entre ARNt de distintas especies.
El brazo variable. Vistas axiales a lo largo de los dos brazos de la "L" (detener antes la rotación):
a) Sobre el eje del brazo aceptor (con el extremo 5' en primer plano, y el 3' un poco más atrás)
b) Sobre el eje del brazo del anticodón (con el anticodón en primer plano)
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Reanude la rotación y sobre el modelo espacial compacto, puede observar algunas zonas
funcionalmente importantes de la molécula como son:
Molécula en general Esqueleto (púrpura) Bases (verde)
Nucleótido del extremo 5' : Esqueleto (azul oscuro) Base (azul claro)
Nucleótido del extremo 3' : Esqueleto (púrpura oscuro) Base (naranja)
Anticodón: Esqueleto (rojo) Bases (amarillo)
Vuelva a la representación simplificada. El ejemplo que hemos visto corresponde al ARNt de levadura
específico para fenilalanina (ARNtPhe). Veamos otro ejemplo, en el cual el brazo variable (zona
engrosada, verde) es mayor: ARNtSer de levadura. En este caso, el bucle de este brazo es ligeramente
mayor que el anterior.
5. Interacción codón-anticodón
Vemos aquí el brazo del anticodón del ARNtPhe (el mismo estudiado anteriormente):
Esqueleto (línea imaginaria que une los fosfatos).
Tallo (nucleótidos con bases apareadas).
Bucle (nucleótidos con bases no apareadas), excepto el anticodón (triplete mG-A-A)
(mG esO2'-metilguanosina-5'-monofosfato) (pulsa en la imagen para aumentarla)
Ahora veamos el modelo molecular de la interacción de este anticodón (mG-A-A en el ARNt) con un
codón UUU (en el ARNm):
Para diferenciarlos bien, se han coloreado los átomos de carbono del ARNt y los del ARNm.
(Puesto que el metilo de mG está en la pentosa, no afecta al apareamiento y mG aparea igual que G)
(El codón complementario sería UUC, pero gracias al balanceo también es posible el apareamiento
con UUU; a esto se le llama codones sinónimos, y ambos codifican Phe; una muestra de la
degeneración del código genético)
3 2 1 ARNt anticodón
3' -A-A-G- 5'
5' -U-U-U- 3' ARNm codón
1 2 3
No se ven los enlaces de hidrógeno entre bases, pero puedes observar su coplanaridad y
enfrentamiento. Resaltar
par A3-U1
par A2-U2
par G1-U3
6. Ribozimas
Se creó este nombre cuando se descubrió que existen ciertas moléculas de ARN que ejercen actividad
catalítica y, por tanto, no todas las moléculas con actividad enzimática son proteínas.
Podemos ver aquí un ejemplo, perteneciente al grupo de las llamadas "ribozimas en cabeza de
martillo", pues su estructura secundaria recuerda a ésta. El modelo consta de dos cadenas:
Una de ARN (rojo), que es la ribozima, y otra de ADN monohebra (azul), que sería el análogo del
sustrato. En este caso, el ARN de la ribozima no puede hidrolizar la hebra de ADN, por lo que el
complejo es más estable y puede estudiarse mejor.
La estructura secundaria de la ribozima unida a su análogo del sustrato: (pulsar en la imagen para
aumentarla)
La ribozima (rojo) corta un enlace fosfodiéster (verde) si el sustrato (azul) fuese una hebra de ARN
formado por ribonucleótidos. En este modelo dicho sustrato se ha sustituido por un ADN de una hebra,
que, aunque se une a la ribozima, no es hidrolizado y así permite estudiar la estructura del complejo
ribozima-sustrato.
Se representan en color más claro (azul o rojo, pero la diferencia con el resto no es muy visible) las
regiones que forman puentes de hidrógeno entre sus bases complementarias (regiones de doble hélice).
Se destacan en modelo de varillas el GTP, el residuo cisteinilo y el nucleótido 3'-terminal del ARNt, al
que está unido (adenilato).
Enfocar el extremo 3' del ARNt con el aminoácido unido (Cys). En color CPK.
Enfocar el centro de unión del GTP. En color CPK.
Modelo espacial compacto. (puedes repetir los enfoques sobre él)
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EJERCICIOS SOBRE GLÚCIDOS
6.. Ordéne por puntos de fusión crecientes los ácidos Laúrico, Mirístico, Palmítico, Esteárico y
Araquídico
7. Ordéne por puntos de fusión crecientes los ácidos grasos insaturados Palmitoleíco, Oleico
Linoleico, α− Linolénico y Araquidónico y clasifíquelos por familias omega
8. ¿Qué tres factores principales influyen en la Tf de un ácido graso?. El ácido elaídico tiene un punto
de fusión de 46ºC ¿Qué factor de los 3 explica las diferencias en fluidez del elaídico y el oleico?
10-¿Presentan actividad óptica los triacilglicéridos con 2 ácidos grasos iguales en posiciones 1 y 2?.
□Si □No
11- ¿Presentan actividad óptica los triacilglicéridos con 2 ácidos grasos iguales en posiciones 1 y 3?.
□Si □No
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EJERCICIOS SOBRE AMINOACIDOS
14-Relacione los aminoácidos nombrados con los grupos que figuran a la derecha:
1) Arginina a) Apolar
2) Glutámico b) Polar sin carga
3) Treonina c) Aromático
4) Tirosina d) Catiónico
5) Valina e) Acido
15-Relacione los aminoácidos nombrados con los grupos orgánicos presentes en su cadena lateral
mencionados a la derecha:
1) Arginina a) Indol
2) Histidina b) Imidazol
3) Cisteína c) Guanidinio
4) Triptófano d) Isopropilo
5) Valina e) Tiol
Liberador TSH piroEHP-CONH2 Secretado por hipotálamo, hace que pituitaria libere tirotropina.
Vasopresina CYFQNCPRG- CONH2 Secretada por hipófisis, hace que el riñón retenga agua.
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20-La lana, como el cabello y otras α-queratinas, debe su insolubilidad y resistencia mecánica y
química al alto contenido en puentes disulfuro entre las cadenas polipeptídicas que forman las
fibrillas. Las polillas son animales capaces de degradar la lana. Analizado su aparato digestivo, se
observa que no contiene ninguna proteasa especial, pero sí un alto contenido en ácido sulfhídrico
¿Por qué cree que este hecho favorece la digestión de la lana?
a) El ácido sulfhídrico es muy fuerte, más fuerte que el clorhídrico del estómago humano.
b) El ácido sulfhídrico es capaz de reducir los puentes disulfuro y separar cadenas.
c) El ácido sulfhídrico no guarda relación con la degradación de la lana por estos animales.
PEPSINÓGENO HUMANO
Número de acceso en SWISS-PROT: P00790. Es el precursor de la pepsina A.
El péptido señal está constituido por los aminoácidos:1 al 15.
La activación tiene lugar mediante un segundo corte proteolítico, que elimina el péptido de 16 al 62.
La pepsina A humana madura tiene 326 aminoácidos (del 63 al 388).
La isoenzima gástrica tiene baja especificidad, aunque prefiere enlaces peptídicos en los que participan
los aromáticos F o L. El centro activo está formado por los D 94 y 277.
La secuencia o estructura primaria del precursor tal como se sintetiza en ribosoma es:
10 20 30 40 50 60 70 80
MKWLLLLGLV ALSECIMYKV PLIRKKSLRR TLSERGLLKD FLKKHNLNPA RKYFPQWEAP TLVDEQPLEN YLDMEYFGTI
21- Cuente todos los residuos básicos (R y K, no H) y ácidos (D y E) que contiene la molécula.
¿Cuales son más abundantes, los ácidos (□) o los básicos (□)?
24- El pH del jugo gástrico es ácido -¿Cómo será el pI del pepsinógeno en relación con la pepsina?
□Mayor □Menor
PROINSULINA HUMANA
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Cuando se elimina el péptido señal de la preproinsulina, queda una cadena polipeptídica de 86
aminoácidos con la siguiente secuencia primaria:
FVNQHLCGSHLVEALYLVCGERGFFYTPKTRREAEDLQVGQVELGGGPGAGSLQPLALEGSLQKRGIVEQCCTSICSLYQLEN
YCN
Una vez procesada por proteasas específicas, la insulina humana muestra dos cadenas A y B de 21 y
30 aminoácidos. El péptido C (sombreado) se pierde, además de 2 residuos básicos de ambos lados.
Cadena A: GIVEQCCTSICSLYQLENYCN
Cadena B FVNQHLCGSHLVEALYLVCGERGFFYTPKT
25)-La Tabla adjunta muestra los cambios en la estructura de la insulina de varias especies. Antes de
existir la posibilidad de obtener insulina humana recombinante a partir de cultivos bacterianos, el
tratamiento de personas diabéticas con insulinas animales producía frecuentemente una respuesta
alérgica inicial. Calcule el número de posiciones diferentes de cada especie respecto a la humana y
rellene con ello la columna de la derecha.
26)-En base a ello, prediga que insulina animal producirá más reacciones alérgicas en humanos, y
cuales menos, y son por tanto más apropiadas en el caso hipotético de no tener humana.
Más: ________
Menos: __________
27) -El glucagón bovino fue analizado por digestión proteolítica con las siguientes proteasas con los
resultados que se indican:
a) Tripsina: produjo 3 fragmentos, YLDSR, AQDFVQWLMNT, HSQGTFTSDYSK y una R libre
b) Quimotripsina*: produjo 6 fragmentos, SKY, LDSRRAQDF, HSQGTF, VQW, LMNT, TSDY,
Nota: *La quimotripsina en condiciones suaves reconoce sólo cadenas laterales aromáticas
En base a estos datos ¿Cual es la estructura primaria del glucagón?
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La siguiente secuencia es la estructura primaria de los 120 primeros resíduos de la cadena α1 del
colágeno maduro de piel de rata (X=Hidroxiprolina).
EMSYGYDEKSAGVSVPGPMGPSGPRGLXGPXGAXGPQGFQGPXGEXGEXGASGPMGPRGP 60
XGPXGKNGDDGEAGKPGRXGQRGPXGPQGARGLXGTAGLXGMKGHRGFSGLDGAKGNTGP 120
30)- ¿A partir de qué residuo es posible la formación de la triple hélice típica del tropocolágeno?.
31)- Elija una posible función del fragmento N-terminal que no forma la hélice tritrenzada.
1- Prevenir la polimerización prematura de las unidades de tropocolágeno al colágeno
2- Tener secuencias de reconocimiento para la secreción de esa proteína por el fibroblasto
3- Constituir zonas de interacción con proteoglicanos en el tejido conectivo
4- Las dos primeras
La elastina es otra proteína fibrosa encontrada en el tejido conectivo, pero mucho más flexible que el
colágeno. Esta proteína es también muy rica en G y P, pero con muy pocas hidroxiprolinas e
hidroxilisinas. Su estructura es al azar y su flexibilidad se debe a entrecruzamientos intercatenarios
por desmosina e isodesmosina. Escriba las estructuras de:
37)- En los ARNt existen apareamientos de bases distintos de los normales de Watson y Crick.
□Si □No
38)- ¿Con que molécula (1) y en que proceso (2) se aparean las 3 bases del anticodón?
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40- ¿Existe el dihidrouracilo? □Si □No
¿Y el pseudouracilo? □Si □No
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