Universidade Federal do Oeste da Bahia

Curso de Engenharia de Biotecnologia

BIOINFORMÁTICA
ESTUDO DIRIGIDO

Discente: Beatriz Paiva dos Santos

Docente: Samuel Mazzinghy Alvarenga

Luís Eduardo Magalhães

2021
Questões:

1. Descreva o processo de surgimento da Bioinformática através de um histórico de

descobertas nas áreas de Genética e Biologia Molecular; defina esta ciência em
SUAS próprias palavras e forneça algumas de suas aplicações.

Quando os pesquisadores Watson e Crick resolveram a estrutura

tridimensional do DNA eles não sabiam a quantidade de informações que seriam
geradas naquele momento. Alguns anos depois surgiram métodos que conseguiam
sequenciar o DNA, os quais geraram uma grande quantidade de sequências a
serem armazenadas, exigindo com isso, o desenvolvimento de ferramentas
computacionais mais eficientes. Com isso, a bioinformática iniciou o seu
desenvolvimento.

A bioinformática visa o estudo da aplicação de técnicas computacionais,

matemáticas, estatísticas e químicas, visando auxiliar estudo biológico,
compreendendo melhor a biologia molecular. (biologia molecular + informática).
Algumas das aplicações da bioinformática são montagens de genomas, redes de
regulação gênica, mapeamento, estrutura de DNA e RNA entre outros.

2. RELACIONE as propriedades de direcionalidade, complementariedade,

antiparalelismo, semiconservação, desnaturação e renaturação da molécula de DNA
com os processes de replicação e transcrição.

Replicação:

O DNA é uma dupla fita antiparalela, porque enquanto uma fita está no
sentido 3’ –> 5’, a outra está no sentido 5’ –> 3’. A replicação ocorre antes da
mitose, na fase S da intérfase. Esse processo também é chamado de
semiconservativo. A direção da formação das novas fitas de DNA é no sentindo 5’ –
> 3’. Para começar, primeiro acontece a desnaturação, separando as fitas para que
ocorra a replicação. Quando as fitas estão abertas, começa a replicação, a fita que
está sendo feita é no sentido contrário a fita conversada, complementando as bases
uma da outra. Timina vai parear com adenina e citosina com guanina, fazendo a
renaturação do DNA.

Transcrição:
 O DNA é uma dupla fita, ligado em sentido antiparalelo. Uma enzima RNA
polymerase vai se unir ao DNA até encontrar a região promotora. Quando o RNA
polymerase encontra a região promotora, ela desnatura o DNA e uma dessas fitas
servirá como fita molde. Ele vai percorrendo essa fita molde do DNA e vai pegando
bases nitrogenadas que estão livres no núcleo e complementando as fitas de RNA
mensageiro. Enquanto que o DNA liga A com T e C com G, quando esse RNA
polymerase está fazendo a renaturação da fita de RNA mensageiro, no RNA não
tem timina e sim uma uracila. Portanto, nesse caso, quando tiver A no DNA vai
ocorrer o pareamento com U no RNA. A molécula de RNA mensageiro é fabricada
na direção 5’->3’. O RNA polymerase vai seguir lendo o gene no chamado
transcrição até encontrar um sequencia de término.

3. Descreva as principais ciências “-ômicas” (genômica, metagenômica,

trasncriptômica, proteômica e metabolômica) em SUAS próprias palavras. Explique
o que estuda cada uma, as ferramentas que podem ser utilizadas em cada caso e as
aplicações.

 Genômica é o ramo da genética que estuda o genoma de um organismo, o

DNA. Ela estuda a alteração dos genes.
 Metagenômica é o estudo de todos os genomas de um ambiente, é quando
se analisa os genomas presentes em uma amostra, onde existe uma
comunidade microbiana.
 Trasncriptômica é o conjunto completo de transcritos de um organismo, tecido
ou célula. A técnica da transcriptômica é a leitura e tradução das informações
contidas no RNA. Ela estuda as alterações dos transcritos.
 Proteômica é o estudo do proteoma, que é o conjunto das proteínas
encontradas numa determinada célula. Ela estuda as alterações das
proteínas.
 Metabolômica é a análise abrangente e quantitativa do metaboloma de um
sistema biológico. Os metabólitos são definidos como produto intermediário
ou final de um metabolismo em uma amostra biológica, sendo que, o conjunto
desses metabólitos é denominado como metaboloma. Ela estuda as
alterações dos metabólitos.
4. Explique passo a passo a construção de uma biblioteca para aplicação em
sequenciamento NGS.

Primeiro objetivo da construção de bibliotecas é gerar fragmentos de tamanho

adequado, porque ainda não é possível fazer sequenciamento de fragmentos
longos. A fragmentação pode ocorrer de várias formas, umas das opções é usando
a enzima de restrição, ela quebra o DNA em lugares específicos.

O segundo objetivo é adicionar adaptadores as extremidades de cada um

desses fragmentos. É adicionado fragmentos de DNA de dupla fita de sequencia
conhecida nas extremidades de cada um dos fragmentos que foi gerado no passo
anterior. E por último é adicionado marcadores de amostra, cada NGS tem os seus.
Depois da construção da biblioteca, é feita uma amplificação (opcional).

5. Explique detalhadamente uma metodologia de sequenciamento de primeira

geração, uma metodologia de sequenciamento de segunda geração (1a NGS), uma
metodologia de sequenciamento de terceira geração (2a NGS) e apresente pelo
menos uma tecnologia que fará parte da quarta geração de sequenciamento (3a
NGS).

Uma metodologia de primeira geração é a de Sanger, essa técnica consiste

em distribuir uma amostra de DNA igualmente dentro de quatro tubos, cada um
contendo a mesma quantidade de DNA-Polimerases, primers, dNTPs e com a
mesma quantidade de um ddNTP diferente em cada tubo. Esses tubos são
aquecidos para que as fitas duplas de DNA se separem em fitas simples. O primer
se liga em uma sequência de nucleotídeos específica nas fitas simples, para que
então a enzima DNA-Polimerase possa começar a produzir a nova fita de DNA,
inserindo os nucleotídeos presentes na solução do tubo. Quando um ddNTP é
inserido ao acaso na cadeia de DNA pela enzima, o alongamento da cadeia para.
Assim, várias moléculas de DNA de tamanhos diferentes serão produzidas em cada
tubo. Em seguida, é feita uma eletroforese em gel, processo que separa as
moléculas de DNA pelos seus tamanhos. Cada coluna representa um ddNTP de um
tubo diferente, e cada banda mostra o tamanho da molécula de DNA com um ddNTP
específico no fim da cadeia. Assim, o resultado da eletroforese informa a sequência
das bases na cadeia de DNA da amostra. A leitura é feita de baixo para cima,
determinando a sequência de nucleotídeos.
 Uma metodologia de segunda geração é a Ilumina, o DNA polimerase
adiciona nucleotídeos que estão marcados com fluoróforos (cada um de uma cor) de
maneira complementar, a fluorescência é captada pelo equipamento, que identifica
qual nucleotídeo foi adicionado. Isso acontece até que toda fita seja sequenciada.
No final do processo, é feita uma cópia complementar do molde ao longo da síntese
dessa nova fita, a fluorescência vai sendo gerada pouco a pouco e o equipamento
vai captando toda vez que uma fluorescência é adicionada.

E uma metodologia de terceira geração é a Pac-Bio, ela é uma plataforma de

tempo real de molécula única (SMRT). Durante o desempenho do SMRT, a
polimerização de DNA ocorre em matrizes de nanoestruturas microfabricadas
chamadas guias de onda de modo zero (ZMWs), que são pequenos buracos em um
filme metálico cobrindo um chip. Os ZMWs exploram as propriedades da luz
passando pelas aberturas de um diâmetro menor que seu comprimento de onda, o
que faz com que ela decaia exponencialmente, iluminando apenas o fundo dos
poços. Uma tecnologia que provavelmente fará parte da quarta geração de
sequenciamento é a Nanopore.
6. Explique detalhadamente as estratégias de montagem de genomas usando a
abordagem “referência” e a abordagem “de novo/ab initio”.

Na montagem de genomas por referência, essencialmente as leituras são

alinhadas contra um genoma de referência que seja colinear em relação ao
organismo sequenciado. Quanto menores forem os reads, mais complicado o
processo. E na abordagem ab initio é uma montagem do zero, o processo baseia-se
em um alinhamento em regiões de sobreposições.