segundo filho do antropólogo Manuel Diegues Júnior e de uma fazendeira. Aos 6 anos de idade, sua família mudou-se para o Rio de Janeiro e instalaram-se em Botafogo, bairro onde Diegues passou toda sua infância e adolescência. Estudou no Colégio Santo Inácio, dirigido por jesuítas, até ingressar na Pontifícia Universidade Católica do Rio de Janeiro (PUC-Rio), onde fez o curso de Direito. Como presidente do Diretório Estudantil, fundou um cineclube, iniciando suas atividades de cineasta Amador. Em 1962, no CPC, Diegues dirige seu primeiro filme profissional, em 35mm, Escola de Samba Alegria de Viver, episódio do longa-metragem Cinco Vezes Favela Em 1969, após a promulgação do AI-5, Diegues deixa o Brasil, vivendo primeiro na Itália e depois na França, com sua esposa, a cantora Nara Leão. De volta ao Brasil, Diegues realiza mais dois filmes - Quando o Carnaval Chegar (1972) e Joanna Francesa (1973). Em 1976, dirige Xica da Silva, seu maior sucesso popular. Em 1984, realiza o épico Quilombo, uma produção internacional comandada pela Gaumont francesa, um velho sonho de seu realizador. Numa fase crítica da economia cinematográfica do país, realiza dois filmes de baixo custo, Um Trem para as Estrelas (1987) e Dias Melhores Virão (1989). Na mesma fase, realiza, em parceria com a TV Cultura, Veja esta Canção (1994). Quando a nova Lei do Audiovisual finalmente é promulgada, ele é um dos poucos cineastas veteranos ainda em atividade - trabalhando com comerciais, documentários, videoclipes. Entre seus sucessos que seguiram incluem-se Tieta do Agreste (1996), Orfeu (1999) e Deus É Brasileiro (2003). Tem dois filhos, Isabel e Francisco, do seu casamento com a cantora Nara Leão (se separaram em 1977, 12 anos antes de Nara falecer). Tem três netos: José Pedro Diegues Bial (2002), filho de Isabel; e Monah André Diegues (2004) e Mateo André Diegues (2005), filhos Francisco. Desde 1981, é casado com a produtora de cinema Renata Almeida Magalhães, com quem teve a filha Flora. Em 2016, recebeu a homenagem da escola de samba Inocentes de Beford Roxo, pelo grupo de acesso A, com o enredo "Cacá Diegues - Retratos de um Brasil em cena!" Representado por Marcos Vinícius ficando em 9º lugar no concurso.