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  • Lehninger - Principios de Bioquimica 3ed - Nelson & Cox

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    Lehninger Principios de Bioquimica David L. Nelson Michael M. Cox Titulo original Leininger Principles of Biochemistry Third Edition David L. Nelson and Michael M, Cox First published in the United States by WH. FREEMAN AND COMPANY, New York, New York and Basingstoke Copyright 2000 by Worth Publishers, Inc All rights reserved Lehniager Princfpios de Bioguimica Terccia edigdo, agosto de 2002 Direitos reservados pars a lingua portuguesa ‘Coordenagio da tradugio Amaléo Antonio Simoes Wikon Roberto Navega Lodi Projeto Gréfico CLR Balieiro Editores Impressio/Acabamento RR Donrelley Dados Internacionsie de Catalogagio na Publicagio (CIP) (CAmera Brasileira do Livro, SP, Brasil) Lebninger, Albert Lester, 1917-1986. Lehninger principios de bioqulmica / David L. Nelsen, ‘Michael M. Cox 5 traduzido por Amaido Antonio Simées, ‘Wilson Roberto Navega Lodi. 3.ed.-- Sdo Paulo 2002. ‘Titulo original: Lehninger principles of biochemistry Bibliografia. ISBN 85-7378-125-4 1. Bioquimica I. Nelson, Devid L. Il, Cox, Michael M. ML Titulo. 02-3820 cDD-574.192 Indices pare catélogo sistemiticor 1. Biogutmica 574.192 Lehninger Principios de Bioquimica David L. Nelson Professor de Bioquimica Universidade de Wisconsin—Madison Michael M. Cox Professor de Bioquimica Universidade de Wisconsin—-Madison Coordenagao da tradugao Arnaldo Antonio Simoes Médico, Doutor em Bioquimica Departamento de Bioquimica e Imunologia Faculdade de Medicina de Ribeirao Preto - USP Wilson Roberto Navega Lodi Médico, Professor Associ Departamento de Bioquimica e Imunologia Faculdade de Medicina de Ribeirao Preto - USP Prefacio Lehninger Principios de Bioqudmica, terceira edigio, éumaiintrodugioa nos- 50 assunto favorito — € nosso esforgo em torné-to seu. Ele foi plancjado para cursos de um-dois semestres para estudantes com interesse principal em bioquimica e disciplinas relacionadas, bem como para estudantes de ‘graduagaio que requeiram uma introdugio mais extensa a biequimica,e para estudantes nos programas de medicina, odontologia, veterindria e farmacia, Ao revisé-lo, fomos encorajades e ajudados por comentérios titeis de mui- tos extudantes e professores 20 redor do mundo que usaram a segunda edi- géo de nosso livro em uma das muitas Iinguas em que ele foi publicudo. Abioguimica sofreu profundas alteragoes desde a ultima edigao (1993) dolivro. A terceira edigao reflete essas alteragbes. Cade capitulo foi revisto. Hi capitulos novos e inteiramente reorganizados, tépicos novos ou muito expandidos que cobrem dreasde progresso recente, muitas ilustragdes noven, incluindo um programa de graticos moleculares inteiramente novo. Juntos, cles perfazem mais de um milhar de ilustragoes coloridas (diagramas, fotos, grificos moleculares) nesta edigdo. Entretanto, nossa ambigao nesta nova edigao se estende bem além de uma simples atualizagao. Empregamos pelo menos 0 mesmo esforco em melhorar a nossa fundamentagao. Alteracdes na Nova Edicdo: Contetido Revisado, Refinado e Atualizado A terceira edigao evoluiu gradualmente durante aqueles raros momentos -almos em nossos escritérios, em passtios ao lago Mendotta, em longas viagens de avido ao redor do mundo, em intervalos durante 0s jogos de futebol americano do Badger, em conversagées com colegas, durante tardes “livres” em encontros cientificos, Evolugdo nao é revolugae. Enquanto al révamos 0 contetido extenisivamente, nosso objetivo era manter as excelen~ tes qualidades que levaram muitos usuarios a amar os livros de Albert Leh- ninger desde a primeira edigio de Bioquimica langada trinta anos atras prosa clara e boas ilustragoes, organizagao e desenvolvimento logico das matérias, questoes de estudo desafiadoras. A organizagéo do livro perma- nece fiel a uma ordem de apresentacao qute consistentemente tem se prova- do bem-sucedida por miltiplas edigoes deste livro, e que agora € familiar aos instrutores e estudantes de todo mundo. A Parte I fornece uma série de fundamentose capftulos introdutorios, A Parte Il introduz as principais classes de moléculas nas células vivas.O metabolismo intermedirio é apre- sentado na Parte III. O livro termina com uma discussio sobre as vias da informagio na Parte T Entretanto, hé algumas mudangas notaveis. Uma & a cobertura das proteinas e enzimas nos Capitulos 5-8. Os Capitulos 5 e 6 da segunda edigao foram fundidos em um novo ¢ atual Capitulo 5, que agora introduz as pro- teinas e alguns dos mais importantes métodos usados para analisé-las. O Capitulo 6 é uma apresentagao inteiramente revisada da estrutura, enovela~ mento ¢ desnaturacdo das proteinas. O Capitulo 7 focaliza as fungdes das proteinas. Desenvolvidos a partir de um suplemento publicado para a se- gunda edicio, estes novos capitulos exibem um tratamento expandido dos prinefpios subjacentes 4 ligacao reversivel de ligantes a proteinas, com uma discussae atualizada sobre a fungao da mioglobina, hemoglobina, imuno- globulinas e miisculo. O Capitulo 8, que focaliza a fungio das enzimas, oi também extensamente revisado e atualizado. pagina 212 Capitulos novos ¢ reorganizados, topicos novos ou ampliados cobrindo o progresso recente, programa inteira- mente novo de graficos Mantém a tradicéo dos admirados livros-texto de Albert Lehninger Os antigos Capitulos 5 e 6 foram fundidos em um novo e atual Capitulo 5 Estrutura, enovelamento e desnaturaio no Capitulo 6 Novo Capitulo 7 sobre as funcées das proteinas Novo capitulo sobre a biossinalizagao analisa um dos mais ativos campos de Fost pesquisa da atualidade forilagao oxidativa inteiramente revisada, inch mecanismo da ATP sintase Revisdo extensa das vias de informacéo ‘Novo material sobre NMR, SELEX, pegina 644 | microarranjos de DNA e outros importantes métodos Seguindo um capitulo sobre membranas e transporte, um novo capi- tulo (Capitulo 13; Biossinalizagio} cobre uma das éreas mais ativas da pes. guisa atual em bioguimica: as transilugdes de sinais pelas quais as células detectam ¢ respondem a sinais externos como hormonios, neurotransmis- sores, fatores de crescimento e estimulos ambientais. Esse capitulo enfatiza as propriedades universais dos receptores e os mecanismos de transdugio, incluindo aqueles para a visdo, olfate e gustag2o dos vertebrados. © capitu- lo descreve também os mecanismos que regulam o cielo celular e detalha os efeitos das proteinas regulatérias alteradas, codificadas em oncogenes e ge hes supressores de tumores. Finalmente, o capitulo de biossinalizagao for: nece @ ponte entre a estrutura biomolecular ea proxima parte do livro, © metabolismo intermediério. Os capitulos na Parte III (Bioenergética e Metabolismo) foram atuali zados para incorporar os novos desenvolvimentos na regulagao metabslica, na estrutura das enzimase dos complexos enzimiticos, e novos exemplos de doengas humanas que resultam do metabolismo defeituoso. O capitulo so- bre a fosforilacio oxidativa ¢ a fotofosforilagio (Capitulo 19) foi inteira mente retrabalhado ¢ agora inclui a informacdo recente sobre a estrutura dos complexos enzimaticos ligados as membranas e o admiravel mecanis- mo da ATP sintase, Também usamos, nesse capitulo e em todo o livro, a estequiometria largemente accita para a produgao de ATP na fosforilacao oxidativa — de 2,5 ATP, por par de elétrons, a partir do NADK e 1,5 ATP a partir do FADH. Os capitulos sobre as vias de informagao, na Parte IV, foram sistema ticamente revisados para refletir 0 répido ritmo do avango em muitas das Areas de pesquisa cobertas ¢ para melhorar a ordem e o fluxo da apresenta: ‘¢io, Poucas areas ficaram intocadas. Os destaques incluem uma nova apre- sentagio do metabolismo do DNA, que inclui uma lista de discernimentos experimentais recentes, @ coberiura expandida ¢ atualizada da transcrigao eucaridtica e da regulagao da expresso dos genes, as descricées de novas informasdes concernentes 2 sintese de proteinas e A distribuicao das protet- nas, € uma atualizagio da tecnologia coberta no capitulo final. Uma Visa Mais Detalhada dos Métodos Experimentais Uma compreensio da bioquimica moderna impossivel sem uma introdu- ‘G40 aos metodos experimentais que tornaram possivel cada avango princi- pal. Consideramos a metodologia tao intrinseca aos resultados que entrela- ‘amos descrigdes de muitas dessas importantes técnicas na apresentagao dos conceitos e principios que elas revelaram. Ha novos t6picos sobre métodos como NMR, espectrometria de massa, SELEX e microarranjos de DNA. As apresentacoes da cristalografia de raios X., do seqtienciamento de proteinas DNA, de métodos de hibridizacao, sintese de peptideos e écidos nucléicas, purificagao de proteinas, PCR e de muitos outros métodos foram melhora- das e atvalizadas, Uma lista completa dos métodos experimentais descritos neste livro pode ser encontrada no indice remissivo, sob o titulo “Técnicas”, Novo Trabalho de Arte Pedagégico A diferenga mais imediatamente visivel entre esta ea edigdo anterior éa de muitas ilustragdes novas de estruturas macromoleculares geradas por jean- ‘Yves Sgro, biofisico € mestre de grificos moleculares. Apoiados no encosto de bragos da sua cadeira por muitas, muitas horas na frente do seu compu- tador, desctevemos 0 que gostariamos de ver e lean- Yves conseguia mais do que esperévamos. Sgro tem sido nosso valioso parceiro nessa revisdo, pro- duzindo imagens claras e bonitas que estao intimamente coordenadas com © texto € a arte. As mais de 200 imagens gréficas moleculares sdo todas novas, originaise exchusivas para este livro, Nossa habilidade em ilustrar os principios bioquimicos com estruturas conhecidas foi muito aumentada pelas dramaticas melhorias nos métodos de resolugio das estruturas ma- cromoleculares por cristalografia de raios X e espectroscopia de ressondin- cia nuclear magnética. Os tiltimos anos de pesquisa em biologia estrutural produziram uma profusio de estruturas de proteinas ¢ écidos nucléicos, ricas em detalhes moleculares. © progresso é claramenteaparente quando a presente edigio é comparada com a primeira edigao (1970) de Bioguttnica de Lehninger, que exibia um desenho de apenas uma proteina (mioglobi- na) com detalhe molecular, €nfase na Fundamentacao Para ajudar os estudantes a navegar o oceano de informagio em bioquimi- «a, escrevemos com estes objetivos: + introduzir a tinguagem da bioguimica, com explanagdes cuidadosas sobre a idéia, a origem ¢ o significado dos termos; + providenciar uma compreensio equilibrada do contexte fisico, 4 ico e bial6gico no qual cada biomolécula, reacao ou via metabolica opera: + eniatizar, clara e repetidamente, os principais temas, especialmente aqueles relacionados & evolucao, & termodinamica, a regulacao ea re- laglo entre estrutura e fun + explicar e contextualizaras mais importantes técnicas que nos trouxe- ram a compreensio atual da bioquimica; ¢ + mantero interesse do estudante, desenvolyendo tépicos de uma ma- neira gradual ¢ légica; aproveitando cada oportunidade para apontar conexdes entre processos: identificando lacunas em nosso conheci- mento que prometam desafiar futuras geragdes de cientistas; suprin- do contexto historico da selegao das principais descobertas, quando tal contexto for titi ¢ fornecendo em cada capitulo problemas desa: fiadores que requeiram do estudante trabalhar com dados ou sitta goes reais, As quatro partes de Leininger Principios de Bioquémica, em sua tercei- 1a edigao, foram planejadas com esses objetivos em mente, Temas que uni- ficam grupos de capitulos foram introduzidos na abertura de cada parte ¢ teforcam os capitulos individuais. A organizagao dos capitulos ajudaré os ¢studantesa manter o foco nos temas principais e na informagaio essencial e, 4ssim, aumentara a compreensao do estudante. Escrevemnos introdugdes para cada capitulo que permitem uma auto-suficiéncia, de forma tal que um instrutor, 20 utilizar este livro, nao seja obrigado 2 ministrar seu curso na seqdéncia exata do livro. Isso € especialmente verdadeito para os capitulos intermediarios sobre o metabolismo, em que existe uma variagao conside: rével na seqUéncia usada por diferentes professores. (Os apéndices incluem uma extensa lista de abreviagdes encontradas naliteratura bioquimica ¢ solugdes para os problemas do final de cada cay tulo, 0 Glossirio foi revisto e ampliado para fornecer definicoes de mais de 800 termos importantes. Ao aprescntar esta nova edigio de Priteipios de Bioguimica, recebere mos com prazer suas criticas, sugestoes e comentarios de qualquer espécie. David L. Nelson Michael M. Cox | Todos os graficos e diagramas moleculares seguem um esquema de cores consistente ao longo do texto Novos Adendos e Problemas com Aplicacées Praticas Para encorajar os estudantes & ir mais fundo aplicagdes e implicagSes da pesquisa bio- suimi + Um maior nimero de adendos sobre rele vancia da bioquimica na medicina, biotec nologia e outros aspectos da vide d + Novos problemas nos términos de cada ca- pitulo, que desafigm os estudantes a aplicat os principios bioguimicos a questoes do mundo real esta edigio apresenta: + Problemas da Bioquirmica na internet, que colocam questies ¢ apresentam estratégias para o encontro de respostas usando as fon- tes bioquimicas na World Wide Web. Notas da Terceira Edicao Portuguesa ite anos, em 1982, ocorreu a primeira edigio de Principles of Biocke- istry do Professor Albert Lester Lehninger que em pouco tempo ganhou a prestigiada condicto de paradigma didiatico e texto de referéncia no ensino de Bioquimica. Pouco depois, em 1984, apresentamos a tradugio para a lingua portuguesa e ficamos felizes em verificar que, em seu ambito, ela se manteve dentro da mesma condigao. A continuidade desta obra foi mantida coma segunda edigao na lingua inglesa em 1993 ea nossa tradugdo dela em « 1995, Nestes tltimosanos ocorreu um espantoso crescimento do saber cien- Uifico & em nenhuma area isso foi tao evidente como na Biologia, Nesta, as aplicagdes préticas vém sendo implantadas acompanhando passo a passo os avangos desse saber principalmente nossetoresda medicina humana e vete~ rindria, na agricultura e na nutrigdo, na produsdo industrial de drogas far- ‘mactuticas e de outros empregos, além de miriades de outros. Esse progres- so implica a criagao de termos novos, muitas vezes descritivos de fangdes de moléculas, de procedimentos laboratoriais, de caracteristicas morfolégicas celulares ou subcelulares... Quase invariavelmente esses termos inovadores nascem grafados no idioma inglés € ndo raro sua tradugao ¢ adaptacao ao nosso idioma representam um problema com miltiplas escolhas. Assi nesta edigao, como nas anteriores, seguimos como normas orientadoras, ‘mas nao estritas: primeiro, sempre privilegiar 0 texto € o estilo com mais facil acesso & compreensio do estudante de graduagao, isto é,aquela pessoa que est4 realizando 0 seu primeira contate com a Bioquimica por meio deste livro; segundo grafar a tradugao dessas palavras novas nia forma mais empregada pelos proprios bioquimicos na vivencia diaria dentro dos labo- ratérios, nas aulas de graduagao e pés-graduagio, nas conferéncias, durante as apresentagdes e conversas nos congressos, em trabalhos publicados em portugués e outras diferentes situagoes, Entretanto, as siglas foram manti- das como sdo grafadas em sua forma original pois a mudanga para ¢ forma correspondente ao portugues acarretaria grandes e intiteis cificuldades a0 estudante quando da Ieitura de outros trabalhos em inglés. Pelo uso fre quente e disseminado, algumas siglas novas sobreviverao e serao incorpora- das & nossa lingua, outras serdo esquecidas. Ao prepararmosa terceira edi- ‘¢8o portuguesa de Lehninger Principias de Bioquimica ampliamos a equipe de tracutores 0 que tornou ainda mais seguro e preciso o texto ora apresen- tado, sem perda das qualidades caracteristicas clo anterior. Apesar dos cui- dados, atengaio e carinho empregados na elaboragao e revisio deste texto, acreditamos que corregSes podem ser necesssrias e receber dos nossos leito- rey g adverténcia para aquelas que forem notadas sera uma distingdo pela qual agradecemos desde agora. Tradugéo Arnaldo Antonio Simoes (Cepirtoe 15,16, 17,28, 20.21 622) Professor Aposentado PMRP-USP. Gatlos Curti (Cepindo 14) Professor Associado FCFRP-USP Ccarem Gledes Vargas Rechia (Capiuio9) Professora Doutora FCFRP-USP Francisco de Assis Leone Capitles4,8€19) Professor Titular FFCLRP-USP. Isis do Carmo Kettelhut {Captule 23) Profesiora Associada FMRP-USP Ikhamar Vugman {(Captulo7) Professor Titular Aposentado FMRP-USP Vanderlei Rodrigues (Capttulos 229) Professor Associado FMRP-USP Vitor Diaz Galbon (Capialos 506) Doutor em Bioguimica pela FMRP-USP FMRP-USP, Yara Maria Lucisano Valim ‘(Capitules €3) Profeisora Astociada FCERP-USP Zalleica Rotschield (Capitaio 11) Professera Titular Aposentada FCFRP-USP Wilkon Roberto Navega Lodi (Capitalos 12, 13,2425, 26, 27628) Professor Associado EMRP-USP Ferramentas e Técnicas © testo descreve muitas técnicas usadas ne pesquisa bioquimica,a maioria das unis esté misturada com os resultados de sua aplicagao. Entre as técnicas des- critas neste livro esto: © trabalho com células ¢ animais Bscolha do organismo experimental 17-18 Centrifugagao diferencia no isolamento das organclas subcelulares 32-33 Ultracentrifugagdo isopicnica no fracionamento celular 32,33, Produgdo de animais transgénicos 903 Teste de Ames para a mutagenicidade 747 0 trabalho com polipeptideos e proteinas Separagio cromatogratica de proteinas: afinidade, troca iénica, fittragzo em gel (exclusdo pelo tamanho), HPLC 100-103 Cinética enzimatica pata determinar K,q, Vpn 198-207, Adendo 8-1, 215-216 Quantificagao da cooperatividade na ligagao do ligante: diagrama de Hill 168 Anilise de Scatchard da interacao ligante-proteina, 342, ‘Adendo 13-1 Eletroforese em gel de poliacrilamida com SDS (SDS- PAGE) 103 Focalizacao isoelétrica de proteinas 104-105 Bletroforese de mistura de proteinas em gis de duas dimensbes. 104-105 Transferencia de proteinas para uma membrana, identificadas com anticorpo (“immunoblotting”, “Western blotting”) 179-180 ELISA (“enzyrne-finked immunosorbent assay" ou ensaio imunocomplexo ligaco a enzima) 179-180 Radioimunioensaio (RIA) 694, 696 Seqitenciamento de proteinas pela degradacao de Edman 109-112 Espectrometria de massa (MS/MS), 113-115, Adendo 5-3 espectometria de massa por dessorgao/ionizagao assistida or uma matriz (MALDIMS) 113 ‘espectrometria de massa por ionizagio ¢ cletropulverizacao (ESI MS)113, espectrometria de massa seqencial 114-115 Sintese quimica de peptideos 16-117 saga 334 O trabalho com DNA e RNA Sintese quimica de oligonucleotideos 273 SELEX (“systematic evolution of ligands by exponential enrichment’, ou desenvolvimento sistematico de ligantes por enriquecimento exponencial) 801 Cortando e ligando DNA. 882-884 Construgio de vetores de clonagem ¢ expres 886-887 Clonando cromossomos bacterianos artificiais (BACs) 887 Clonando longos segmentos de DINA em cromossomos ée fungos artificiais (YACs) 894, 896 Plasmfdio Ti como vetor de clonager em plantas. 898-900 Hibridizagde de colbnias 888, 892 PCR (“polymerase chain reaction, ou reagao em. cadeia da polimerase) para amplificar uma seqiiéncia de DNA 887-889 Microarranjos de DNA 711-712, 888, 893 Seqiienciamento de DNA 271-273 Superexpressao de genes clonados 843 Impressio digital ou perfil de DNA. 890-891 Impressio digital de DNA para identificar sitios de ligagio de proteinas no DNA 775 Mutagenese sitio-dirigida 894-895 Anilise de polimorfismo de restrigio de tamanhos dos fragmentos (RFLP — “restriction fragment length polymorphism analysis”), 890, Adendo 29-1 Transferéncia ¢ identificagao de DNA em membranas, 880- 891, Adendo 29-1 ‘Terapia génica humana, 897-898, Adendo 29-2, 902-903 0 trabalho com carboidratos, lipidios e membranas Extragao de lipidios com solventes orginicos 295-296 Andlise de lipidios por cromatografia liquida gasosa (GLC) e cromatografia de camada fina (TLC) 296, 297 Determinagao da estrutura de lipidios por espectrometria de massa 298 Anilise de oligossacarideos ¢ polissacarideos 243-245 Eletromictoscopia por criofratura de membranas, 307, ‘Adendo 12-1 Determinacao da assimetria de membrana com sondas impermedveis. 307-308 Fletrofisiologia do pincamento da membrana para estudar canais iénicos 334 Anilise de hidropatia para detectar segmentos transmembrana 311-313 As técnicas fisicas para a determinagao de estruturas Determinagao da estrutura protéice tercidria por ctistalografia de raios X, 138-139, Adendo 6-3 espectropia de ressonancia magnética nuclear, 139-141, Adendo 6-3 Espectrometria UV/visivel ea st Determinagao experimental do potencial de redugio 400, 401 ide Lambert-Beer, 93, Adendo Aplicagées e Explanagées nos Adendos Osadendos exididos ao longo do texto fomecem informacio suplementar so- bre aplicagées da bioquimica, explanagdes de fendmenos biol6gicos fascinantes + outros tipot de enriquecimento ans estudantes. Aplicagies a jonais da bio- quimica relacionadas a satide e A doenga, ao meio ambiente, industria, agricul- tua ¢ outros campos aparecem 2o longo das paginas dest livro. m Adendo 3-1 Louis Pasteur ea atividade 6ptica: in vino, veritas 47 Adendo 4-1 Resposta ao toque nas plantas: um evento ommético 73 m Adendo4-2 0 produto iénico de agua: dois problemas ilustrativos 75 Adendo 4-3 Resolvendo problemas usando a equagdo de Henderson-Hasselbach 79 Adendo 4-4 Sangue, pulmoes ¢ tampio: 0 sistema-tamptio bicarbonato 80 mAdendo 5-1 Absorgio da luz pelas moléculas:alei de Lambert-Beer 93 = Adendo 5-2 Homologia de proteinas entre as espécies 107 ™ Adendo 5-3 Investigando proteinas com a espectrometria de masa 3 MAdendo 6-1 Identificando hélices orientadas a direita e& esquerda 127 mAdendo 6-2 A ondulagdo permanente em cabelos € uma engenharia bioguimica 133 " Adendo6-3 Métodos para a determinagio da estrutura tridimensional de uma proteina 138 mAdendo 6-4 A morte por enovelamento incorreto, adoenga do prion 153 Adendo 8-1 Transformagdes da equacio de Michaelis- Menten: o grifico dos duplos reciprocos 201 Adendo 8-2 Testes cinéticos para a determinagio dos mecanismes de inibicao 206 mAdendo 8-3 Evidéncias da complementaridade entre a enzima e oestaco de transicio 208 mAdendo 11-1 Os cachalores:cabeses de sebo das profundezss 283 mAdendo 11-2 Doengas humanas herdadas resultam do actimule anormal delipidios de membrana 280 mAdendo 12-1 Observando ss membranas 307 mAcendo 12-2 Transporte defeituoso da glivose « da agua ‘emduas formas de diabetes 321 Adendo 12-3 Um canal ibnico defeituoso causa afibrose cistica 326 sAdendo 13-1 A andlise de Scatchard quantifica a interagio receptor-ligante 342 WAdendo 13-2 Cegueira as cores: 0 experimento de John Dalton direto do timulo 361 "Adendo 14-1 Entropie: as vantagens de haver desorganizagio 385 mAdendo 14-2 A energia livre de hidrélise do ATP no interior das eélulss: 0 verdadeiro custo dos negocios metabélicos 390 "Adendo 14-3 O relampear dos vaga-lumes: relates brilhan- tesdoATP 396 mAdendo 15-1 Glicdlise na presenga de concentracoes limitantes de oxigénio: atletas,jacarése celacantos 471 Adendo 15-2 A fabricagao de cerveja 422 ® Adendo 15-3 Isoenrimas: proteinas diferentes que catalisara amesma reagio 431 Adendo 15-4 Deficiéncia da glicose-6-fosiato desidrogenase: por que Pitégoras nao comia falafel 434 M Adendo 16-1 Sintases sintetasess ligases e llases; quinases, fosfatases ¢ fosforilases: fal, Tantos nomes realmente confundem! 448 ™ Adendo 16-2 Citeato: uma molécula simétrica que reage assimetricamente 451 m Adendo 16-3 Citrato sintase, refrigerantes e 0 suprimento ¢e alimentos para o mundo 454 Adendo 17-1 Os ursos obesos realizam a B-oxidagio durante seu periodo de hibernagao 472 Adendo 17-2 Coenzima B,: uma solugio radical para um problema desconcertante 475 m Adendo 18-1 Ensaios para o diegnéstico de tecidos 462 m Adendo 18-2. Detetives cientificos resolvem um assassinate misterieso 509 m= Adendo 19-1 Vias respirat6rias alternativas calor, plantas malcheirosas 527 Adendo 20-1 A penicilina ea f-lactamase: « bila magica contra 0 colete prova de balas $80 mAdendo 21-1 Oxidases de fungdo mista, oxigenases ¢ citocromo P-450 610 m Adendo 21-2 Cicloxigenases isozimas e a pesquisa por uma aspirina melhor: 0 alivio esta no sitio ativo 614 Adendo 21-3 Osalelos da apolipoproteina E predizem a incidancia da doenga de Alzheimer 630 mAdendo 22-1 Bioguimica de reis ede vampiros 659 m Adendo 22-2 Curando a doenga do sonoafficana com um “cavalo de Tréia” bioguimico 664 Adendo 23-1 Como um horménio é descoberto? 0 frduo caminho na purificagio da insulina 695 MAdendo 25-1 Reparodo DNA ecancer 750 m Adendo 26-1 A RNA polimerase deixa a sua pegida em um promotor 775 m Adendo 26-2 Lutando contra a AIDS com inibidores da transcriptase reversa do HIV 796 ™Adendo 27-1 Deslocamento da janela de tradugio ¢ editoragao do RNA: mRNAs que mudam as regras ses de no meio do jogo 810 m Adendo 27-2 Variagdes naturais no cédigo genético 814 Adendo 27-3 Variagao induzida no cédigo genético: supressio sem sentido 829 = Adendo 29-1 Uma potente arma na medicina forense 890 WAdendo 29-2 © genoma humane e a terapia génica humana 897 Agradecimentos ‘Nossa escrita foi apoiada por muites pessoas cujos conselhos € encoraja- mentos foram cruciais ao longo dos anos de revisao, estamos em débito com todos eles. A Editora Worth, a onganizadora geral do projeto e gerencia- dora de seu desenvolvimento, administrada nas fases iniciais per Judith Wil- son € na fase principal por Morgan Ryan, com a ajuda na hora certa, em alguns capitulos, de Linda Strange e Valerie Neal. O que mais pesou no es- forco geral foi s enorme contribuigao de critica construtiva, divides, enco- rajamento € inspiragao feita por Morgan Ryan, Seu toque editorial habil melhorou o livro de imtimeras meneiras. O manuscrito final beneficiou-se da soberba co-editoria de Linda Strange (que tem participado de todas as cinco edigdes dos textos de bioquimica de Lehninger), Nossa editora do pro- jeto, Elizabeth Geller, manteve todos os elementos do livro movendo-se na direcdo correta ao longo do processo de producio, mostrando-nos as vezes veludo As ve7es cimento. Sua energia e concentragio manteve o projeto nos trilhos. Em Madison, contames com o forte estimulo editorial eorganizacio- nal, envolvendo cada fase do projeto, fornecido por Brook Soltvedt. Na area de secretaria, foi prestada notdvel assisténcia por Shannon Baruth, Foi um grande privilégio trabalhar com um time tio talentoso e energético a to- dos eles deve-se muito da qualidade deste livro. Aarte desta edigdo inclui o trabalho de Susan Tilberry, Laura Duprey ¢ J.B. Woolsey e Assaciados. Paull Lacy, mago da Photoshop e artista da diagramagio das paginas, repetitivamente alegrava-nos com paginas em que as ilustragoes e 0 texto estavam em perfeita sincronia. Ficamos impressio- nados e gratificados em testemunhar o processo pelo qual nossos quase indecifraveis rabiscos foram transformados nas figuras elegantes que enfei- tam estelivee, J4 registramos a valiosa contribuiggo de Jean-Yves Sgro, que fez todos 0 graficos moleculares. As fotografias usadas nesta edicdo foram seleciona- das pela infatigavel Deborah Coodsite, com assisténcia de Joan Peterson, Connie Gardner e Jennifer MacMillan. Yuna Leearticulou os muitos reviso- res deste livro e coordenou o desenvolvimento dos suplementos escritos. O desenvolvimento do site na Web do livro esteve sobre a supervisio editorial de Sonia DiVittorio. Marcy Osgood ¢ Karen Ocorr da Universidade de Mi- chigan, Ann Arbor, escreveram muitos dos problemas encontrados nos fi- nais de capitulos, incluindo todos os problemas da Bioguimica na internet.e fizeram comentarios iiteis sobre 0 manuscrito 4 medida que revisavam 0 seu guia de estudos para este livro. Lou Pech do Colégio Carroll pesquisou e escreveu cinco dos novos adendos desta edigao. Paul Marrione ajudou-nos, asclecionar problemas do guia de Paul Van Fikeren para a primeira edicao. Uma das vantagens especiais que tivemos foi nosso acesso a extraordi- ndria comunidade de pesquisadores da Universidade de Wisconsin-Madi- son, Mais freqtentemente do que nao, a experiéncia de que necessitévamos para desatar um né ou desenvolver um novo tépico estava sempre 4 mao. ‘Nossos colegas municiavam-nos com dados na hora certa ¢ ajudavam-nos de outras inumeras maneiras. O espago impede um detalhamento de cada contribuigao, mas estamos especialmente gratos a Laurens Anderson, Way- ne Becker, Brian Fox, Hazel Holden, Ivan. Rayment e Brian Volkman, que passaram muitas horas nos ajudando, Estes outros colegas de Madison também fizeram contribuigées im- portantes a alguns aspectos do livro: Rick Amasino, Alan Attie, Sebastian Bednarek, Susan Eichhorn, Jerry Ensign, Ray Evert, Bob Fillingame, Perry Frey, Rick Gourse, Colleen Hayes, Judith Kimble, Bob Landick, Paul Lud- den, John Markley, Anant Menon, James Ntambi, Ann Palmenberg, Ron Raines, Tom Record, George Reed, Bill Reznikoff, Ruth Saecker, Heinrich Schnoes, ‘Tom Sharkey, Lloyd Smith, Sue Smith, Gary Splitter, Bill Sugden, Mike Sussman ¢ Marv Wickens. Fomos também capazes de nos aproveitar de contatos de todo o mun- do. Por sua paciéncia em responder nossas questées, que freqtientemente inciufam uma leitura adicional e critica de certas passagens, agradecemos a: ‘Andre Adoutté (Universidade de Orsay), Marlene Belfort (Centro Wadswor th, Departamento de Satide do Estado de Nove York), Terry Beveridge (Uni- versidade de Guelph), Pat Brown (Universidade de Stanford), Peter Burgers (Bscola de Medicina da Universidade de Washington), Joseph Clark (Uni- versidade de Oxford), Ron Conaway (Universidade de Oklahoma), Herbert Friedmann (Universidade de Chicago), Barry Ganong (Universidade de Mansfield), Myron Goodman (Universidade do Sul da California), Jack Griffith (Universidade da Carolina do Norte), Carol Gross (Universidade da California, Sao Francisco), Peter Hinkle (Universidade de Cornell), Denis Lynn (Universidade de Guelph), Lynn Margulis (Universidade de Massa- chusetts, Amherst), Ken Marians (Centro de Cancer do Memorial Sloan- Kettering), Stanley Miller (Universidade da California, Sao Diego), Paul Modrich (Universidade Duke), Chris Raetz (Universidade Duke), Azia San- car (Universidade da Carolina do Norte, Chepel Hill), William Schopf (Uni- versidade da California, Los Angeles), Sue Travis (Universidade de Iowa), Claire Walezak (Universidade de Indiana) Richard Wolfenden (Universi- dade da Carolina do Norte). O livro se beneficiou enormemente da experiéncia e sabedoria com- binadas de muitos revisores. Cada capitulo foi examinado em diverses eta- as por bioguimicos com interesse ¢ experiéncia tanto no tpico de capitu- lo quanto na educardo bioquimica. Estes revisores metédicos ajudaram a dar forma a esta nova edi¢do de muitas maneiras, Pelos seus conselhos ¢ criticas indispensiveis, agradecemos: Revisores da terceira edigao: Sankar Adbya John Browse Insiuto Nacional do Cicer, Istituto Universidade do Estado de Washington Nacional da Sate rasbueei ‘Tom Alber Escola de Medicina da Universidade de Universidade da California, Berkeiey Washington Laurens Anderson ‘Thomas K.Cech Universidade de Wisconsin-Madison Universidade do Colorade, Boulder Norman Ambhein: Michsel J. Chamberlin Universidade do Sul da Califia Universidade da Califia, Berkley ‘Alan Atti Ron Conaway Universidade de Wiconsin-Madison univesidade de OKahoma Tania Baker ; Joseph Clark Inter de Teonologia de Massachusers See aoa Vahe Bandarian aaa Univeidade de Wiconi- Maison Unread de Wicoin Medion Weyne Beckcr 5 H. Garry Dallmann Universidade de Wiscorsin- Madison: Universidade do Colorado, Centro de Ciéncias Robert W. Berhohe da Saide Penn State University Louis). Delbaere Michael R. Borenstein Universidade de Saskatchewan Temple Universidade wali Decks Ross D. Brown, Je Excola de Medicina da Universidade do Texas, Universidade da Florida, Gainesville Houston Diana Downs Universidade de Wisconsin-Madton Jeftrey D. Esko Universidade do Alabama, Birmingham Gerald W, Feigenson Universidade de Gernelt Bob Fillingame Universidade de Wisconsin. Madison Hertmut Follmann, Universidade de Kassel Kassel Alemarha Brian Fox Universidade de Wiseonsin- Madison ‘Maxim D. Frank-Kamenetskit Universidade de Beston Herbert Friedmann Universidade de Chicago David Goodman Universidade de Princeton Myron Goodman Universidade do Sul da California Jack Gorski Universidade de Wisconsin-Madison Ricek Gourse Universidade de Wisconsin: Madivon Lawrence M. Grace Colégio de Facraicia e Citrcias da Si de Massachusetts Rachel Green Esvola de Medicina da Universidade Jobs Hopkins tide Carol Gross Universidade da California, Sto Francie Lawrence Grossman Universidade de Johns Hopkins Richard 1, Gumport Universidade de Minois, Urbana-Champaign Mitchell, Halperin Hospital St. Michacl, Universidade de Toronto Ulrich Hard Instiuao de Binguirnica Max-Planck John W.8. Hershey. Paula de Medicina Davis.da Universidade sa California Lowell E, Hokin Escola de Medicina da Universidade dle Wisconsin-Madison Jon M, Kaguni Universidade do Estado de Michigan Pierre Kamoun Hospital de Duengas infantis le Nocker Harold Kasinsky Universidade da Colirabin Briviica Judith Kimble Universidade de Wiscousin-Madison Roy L. Kisliuk Universidade de Tf Randy D, Krauss tscola de Medicina da Universidade fe Boston Bob Landick Universidade de Wisconsin-Madison Bob LaRossa Companhia DuPont Michael Lieberman, Coligio de Medicina, Universidade de Cincinnati Janet E. Lindsley Escola le Medicina da Universidade de U Stuart Lian Universidade da California, Berkeley Ekebot Lund Universidade de Wisconsin- Madison Michael J. MacDonald Escola de Medicina, Universidade de Wisconsin TR}. Martin, Universidade de Wisconsin-Madison Anant Menon Universidade dle Wisconsin-Madison Julie T. Millacd Colegio Colby Cynthia J. Moore Universidade de Washingion, St, Louis Pierre Morell Universidade da Carolina do Norte, Chapel Hil Ronald L. Niece Universidade da California, Irvine James Ntambi Universidade de Wisconsin-Madison Michael O'Donnell Universidade Rockefeller James Ofengané cola de Medica da Universidade de Miami Archie R, Portis. Te Servico de Pesguisa da Agriculuera USDA Jack Preiss Universidade do Estado de Michigan Frank Pugh Universidade do Estado da Pevsitvnia George Reed Universidade de Wisconsin-Madtison David Reibstein Universidade da Pensitednia Bill Reznikoft Universidade de Wisconsin-Madison Daniel H. Rich Universidade de Wisconsin-Madivon Peter I. Resch : scola de Medicina da Universidade de indiana Gary Roberts Universidade de Wisconsin Meatison Jef? Roberts Universidade de Comell Francia Rolleston Consethe de Pesguists Médicas do Canada Douglas W. Russell Universidade Dalhousie, Nowa Escécia, Canada Lisa M. Salat scala de Medicina da Universidade da Virgbria do Oeste ‘viz Sencar Universidade da Carolina do Norte ‘Chapel Fill Paul Schimmel Institwi de Pesquisas Seripps Bob Scheleit Universidade Jolows Hopkins Herbert 2 Schweizer Universidade dy Fstado do Colorado Tom Sharkey Universidade de Wisconsin-Madison Richard R. Sinden Instituto de Biocigucas » Teonolegi, Universidade do Texts A&M Cassandra L, Smith Universidade de Boston Lloyd M. Smith Universidade de Wisconsin-Macdison Gary Splitter Universidade de Wiseonsin-Madison Howard Sprecher Colegio de Medicina e Satie Priblica, Universidade do Estado de Ohio ‘William Tapprich Gniversidade de Nebraska, Omaia Teremy Thornes Universidade da Califia, Berkeley Bruce Tibertis Universidade da Colton Britanien Harald Tschesche Universidade de Bielefeld, Bielefeld, Alerantsa ‘Thomas Vandergon Universidade de Pepperdine Désinée Vanderwel Universidade de Winnipeg Alsjandeo |. Universidade da Coldinbia Briranien Jon A, Wolff Escola de Medicina, Universidade de Wisconsin ‘Willhm Wolodko Universdate de Alberta Nao temos espago aqui para agradecer a todos os outros individues cujos esforgos especiais se encaminharam para este livro, Em vez disso, oferece- ‘mos nossos sinceros agradecimentos e o livro pronte que eles ajudaram a guiar para a finalizagao. Nos, € claro, assumimos a total responsabilidade pelos erros de fato ou énfase, Somos gratos aos nossos estudantes na Universidade de Wisconsin Madison, que forneceram inspiragio (especialmente Jason Celitti, que ofe- receu valiosa critica, e Erik Mikkelson, um excelente revisor de quimica); aos estudantes e técnicos de nossos grupos de pesquisa, que nos ajudaram a equilibrar a competicao entre as demandas de pesquisa, ensino,administra- sfo ¢ escrita do livro; aos nossos colegas do Departamento de Bioguimica em Madison, que pacientemente responderam nossas questoes, corrigiram nosso conceitos equivocados e, em muitos casos, revisaram nessos capitu- los, Recebemos muitas cartas nos tltimos oito anos de estudantes e profes- sores que usaram nosse livro © que apontaram pontos que poderiam estar melhores, aos quais agradecemos, (Esperamos que 0s usuarios futuros con- tinuem a nos contar como podemos melhorar este livro.) Queremos tam- bém agradecer ao time de Lehninger na Editora Worth, que nos permitiram aliberdade de que necessitavamos eexibiram extraordingria paciéncia quan- do faziamos a tiltima interrupeao para “finalizar” os capitulos, ¢ cuja dedi- cagio em produzir um livro de qualidade inspirava nossos melhores esfor- {08 ¢ tornaram esta uma experiéncia recompensadora. Finalmente, exprimimos 0 nosso mais profundo apreco a nossas es- posas, Brock e Beth, ¢ a nossas crianeas, que suportaram as longas noites ¢ fins de semana que dedicamos & escrita do livro com extraordinaria boa vontade e constante encorajamento. Madison, Wisconsin David L, Nelson Outubro 1999 Michael M. Cox Sobre os Autores Michael M. Cox e David L, Neon David L. Nelson, nascido em Fairmont, Minnesota, recebeu seu BS em Q mica ¢ Biologia no Colegio St. Olaf em 1964. Ele obteve seu PhD em Bio- uimica na Escola de Medicina em Stanford com Arthur Kornberg ¢ foi um. boksista de pos-doutorado na Escola de Medicina de Harvard com Eugene P. Kennedy, que foi um dos primeiros estudantes de pés-graduagio de Leh- ninger. Nelson foi para a Universidade de Wisconsin-Madison em 1971 e tornou-se um professor titular de bioguimica em 1982. A tese de pesquisa em Stanford foi sobre 0 metabolismo intermedis- rio da bactéria durante @ esporulagao e germinagao. Em Harvard, ele est dou a energetica, genetica ¢ bioquimica do transporte iénico em E. coli. Em. Wisconsin, sua pesquisa tem focalizado as transdugdes de sinais que regu: lam a moyimentagio ciliar e a exocitose no protozodtio Raramecium As enzimas das transdugdes de sinais, incluindo uma variedade de proteinas quinases, sao seus principais alvos de estudo. Seu grupo de pesquisa usa a Purificacao de enzimas, ténicas imunologicas, microscopia eletrOnica, ge nética, biologia molecular ¢ eletrofisiologia para estudar esses processos. * ‘© Dr. Nelson possui tum registro ilustre de conferencista e supervisor de pesquisa, Por trinta anos ele lecionou um curso intensivo de bioquimica para estudantes avangados de bioquimica ¢ estudantes de pés-graduasao nas ciéncias da satide (usando os livros Bioguimica ¢ Prinscipios de Bioquimi ca de Lehninger). Ele também lecionou um curso de bioquimica para estu- dantes de enfermagem, um curso de pés-graduacao sobre estrutura e fun- gio de membrana e um semindrio de pés-graduag3o sobre membranas ¢ transdugdes sensoriais. Patrocinou numerosos PhD, MS e teses de honras colegiais e recebeu prémios por sua exceléncia no ensino, incluindo o Pré: mio Escolar Dreyfus e de Distinto Professorado Atwod, Em 1591-1992, ele foi um professor visitante de quimica c biologia no Colegio Spelman. Michael M. Cox, nascido em Wilmington, Delaware, No seu primeiro cur so de bioguimica, 6 livro Bioguimica de Lehninger foi uma grande influen- cia que o fez, voltar & sua fascinagao pela diologia e inspiré-lo 2 seguir uma cartcira em bioquimica. Apés sua graduagio na Universidade de Delaware em 1974, Cox foi a Universidade de Brandeis para fazer o scu trabalho dou: toral com William Jencks ¢ depois para Stanford em 1979 para seu estudo p6s-doutoral com I. Robert Lehman, mudando-se para a Universidade de Wisconsin-Madison em 1983. Tornou-se professor titular de bioquimica em 1992, Sua tese de doutoramento foi sobre a catalise écido e base como um modelo para as rea¢des catalisadas por enzimas. Em Stanford, Cox comegou atrabalhar com as enzimas envolvidas na recombinagio genética, deseavol- vendo métodos de purificagao ¢ de ensaios ainda usados, iluminando 0 pro- ccesso de migracdo da ramificagio do DNA e clonando gene para uma recombinagao sitio-especifica de levedura. A exploracio das enzimas de re- combinagao genética permaneceu seu tema central de pesquisa. © Dr Gox tem coordenado um grande ¢ ativo grupo de pesquisa em Wisconsin, investigando a enzimologia, a topologia e a energética da re- Jaga genética. Um primeiro foco tem sido o mecanismo da troca fitas do DNA ¢ 0 papel do ATP no sistema da RecA. © grupo de pesquisa tem também se concentrado na recombinase FLP da levedura eno process queele controla, eestd desenvolvendo sistemas cromossémicos alvos basea- dos na recombinase FLP. Durante os dltimos quinze anos ele ensinou (com David Nelson) um curso de bioquimica ¢ lecionou em cursos de pos-gra- duagao sobre a estrutura e topologia do DNA, interagdes proteina-DNA ea bioquimica da recombinagdo. Recebeu prémios tanto em pesquisa quanto ‘em ensino, incluindo o Prémio Escolar Dreyfus ¢ 0 Prémio Eli Lilly de 1989 em Quimica Biolégica, Seus passatempos incluem jardinagem, colegao de vinho ¢ ajudar na planificagio de prédios de laborator Aos nossos professores: Paul R. Burton Albert Finholt William P. Jencks Eugene P. Kennedy Homer Knoss. Arthur Kornberg 1. Robert Lehman Earl K. Nelson David £. Sheppard Harald B. White Contetido Resumido 23 Iv 24 25 26 27 28 29 Fundamentos de Bioquimica 1 ALégica Moleculer da Vida 3 Células 16 Biomoléculas 41 Agua 64 Fstrutura e Catalise 87 Aminodcidos, Peptideos e Proteinas 89 Estruturé Tridimensional das Proteinas 123 Func6es das Proteins 159 Enzimas 189 Carboidratos e Glicoconjugados 225 Nucleotideos e Acidos Nucleicos 250 Lipidios 280 Membranas Biolégicas e Transporte 301 Biossinalzacao 340 Bioenergetica e Metabolismo 379 Principios de Binenergética 383 A Glicblise e © Catabolismno das Hexoses 409 © Ciclo do Acido Citrico 441 A Oxidacdo dos Acidos Graxos. 465 ‘A Oxidacao dos Aminoacidos © 3 Producao de Uréia 486 Fosforilagao Oxidativa e Fotofosforilagao 515 Biossintese de Carboidratos 563 Biossintese de Lipidios 590 Biossintese de Aminoacidos, Nucleotideos e Moléculas Relacionadas 639 Integragao e Requlacac Hormonal do Metabolismo de Mamiferos 682 Vias da Informagio 711 Genese Cromossomos 713 Metabolismo do DNA 733 Metabolismo do RNA 771 Metabolismo des Protenes 605 Regulacdo da Expressao Génica 846 Tecnologia do DNA Recombinante 880 Apéndice A Abreviagoes Comuns na Literatura da Pesquisa Bioauimica 909 Apéndice B Solugdes Resumidas dos Problemas 912 Créditos das Hustragdes 931 Glossério 937 Indice Remissiva 955 Contetdo ie 0 reticulo endoplasmatico organize a sintese das proteinas e I Fundamentos de Bioquimica 1 ini ae 0 complexo de Golgi processa e distribui as proteinas 25 1 A Légica Molecular da Vida 3 Os lisossomios S20 05 locais das reacoes degradativas 26 0s vactolos das células de plantas desempenham varias A Unidade Quimica des Diferentes Organismos fungGes importantes 26 Vivos 3 0s peronissomos destioem 05 perdxidos de hidrogénio € os A bioquimica procura explicar a vida em termos quimicos 4 lioxissomos converte gorduras em cerboidatos 26 ‘Todas as macromolécuias sao constiufdas a partir de 0 nuicleo contém 0 genoma 26 poUcOs compostos simples 5 ‘As mitocdndras sao as estacdes de forca das células eucaroticas aerobicas 28 0s cloronlastos corvertem a energia solar em energia quimea 29 As mitocéndrias @ os cloroplastes provavelmente se A Produsao de Energia e seu Consumo no Metabolismo 5 (0s organsmos nunca estao em equilorio cor seu ambiente deserve de bacteasendossrbistcas 29 A compo recurs un stato estcor oes we eiele eee 78 “oplima ¢ produz movimento 29 Sesto ce senaleinrr ate ees Tee 0 etopasna ¢sbarctao, skamente rdenado @ fluxo de elétrans fornece energia para as organisnos 7 aramice. 22, Acopiamenta de enercia iga as reagoes quimicas em 0 Estudo dos Componentes Celulares 32 biologia 8 As arganelas podem ser isoladas por centrfugacao 32 As enzimas promavem reacdes quimicas em cadeia 9 Estudos in vitro podem oferecer uma visio geral de O metabolisro @ regulad para ser ecandmico © importantes nteraces entre as moles 33 equilibeado 10 Evolugao dos Organismos Multicelulares e da Transferéncia da Informacéo Biolégica 11 Diferenciagao Celular 34 Aouad greta = aga Ca C8 we es eee ‘A estrutura do DNA permite seu reparo e sua replicagao com Resumo 37 Leitura Adicional 38 Problemas 39 idelidade quase perfeta 11 ‘Mudanas nas instrucdes hereditarias permitem a evolucao 12 A anatomia molecular revela relacbes evalucionaias 12 3 Biomoléculas 41 {A sequéncia linear co DNA codifica prateinas com estruturas Be eee Surender. 13 Composigio e Ligagéo Quimica 41 Interacdes néo-covalentes estabilizam as estruturas ss Pannen bud ia Be eatboni =a Sidmersonn 14 & > grupos Tuncionais determinant as propriedades guiness. 2 {As RaizesFisicas do Mundo Bioquimico 14 Leitura Adicional 15 2 Células 16 Ware ON a AS Dimensées Celulares 17 WN CeulaseTeidos Usados em Estudos Bioquimicos. 17 2 Evolucao e Estrutura das Células Procariéticas 19 A Eschorichia col & a célula procaniética mass bom estudads 20 Evolugdo das Células Eucariéticas 21 As cClulas eucarioticas evoluiram das procarioticas em varias, elapas 21 ‘As células eucarioticas pmtivas deram origem a diversos protistas 22 Principais Caracteristicas Estruturais das Células Eucariéticas 22 ‘4 membrana plastica contém transportadores & receptores 22 A endocitose e a exoctose realizar 0 flixo através da ‘membrana plesmatca 24 pig 1 Estrutura Tridimensional: Configuracao e Conformagio 44 A configuragéo de uma moléula ¢ mudada somente pela ‘quebra de uma ligagao 45 ' Adendo 3-1 Louis Pasteur e a atividade Optica: in vino, veritas 47 ‘A conformacio molecular ¢ alterada pela rotacéo a0 redor das ligagdes simples 47 Configuracéo e conformacao definem estruturas de biorroléculas 48 Interacces entre biomoliculas sio estereoespectticas 48 Reatividede Quimica 49 ‘A forga da ligacao esta relacionada a propriedades dos atomos que dela particpam 49 'Nas cells Ocorrem cinco tpos gerade transtormacoes quimices 50 Todas as reaches de oxiedugdo envolvem transteréncia de eletrons 50 Ligagbes cartoro-carbono so quebradas ¢ formadas por reacées de substituigdo nuceoflica 51 Transferencia de eétions intramolecular procuz rearranios internos 51 Reacoes de trarsferéncia de grupos ativam interrmedarios matabdlicos 52 Biopolimeros sto formados por condensaches 53 Macromoléculas e Suas Subunidades Monomeéricas 54 0s ptncipais constitutes das células s80 macromoléculas 54 ‘As macromoléculas s40 consiruidas com subunidedes monoméricas 54 ‘As subunidades monomércas tm estruturas simples 54 A condensagio entre as subunidades cia ordem e requer ereraia 56 Acestrutura celular é hierarquizeda 56 Evolugio Pré-Bidtica 57 ‘As piimeiras blomoléculas apareceram por evolugao quitrice 57 ‘A evolugdo quimica pode ser simuiada no laboratorio 58 ‘As moléculas de RNA podem ter sido os primelios genes € catalsadores 59 ‘A evolugdo bioldgca comecou ha mais de trés & meio bilhoes de anos 58 Resumo 60 Leitura Adicional 61 Problemas 62 Agua 64 Interagoes Fracas em Sistemas Aquosos 64 ‘As pontes de hidrogenio conferem a agua suas propriedades Incomuns 64 II ‘A agua forma pontes de hicrogénio com os solutos polares 66 ‘A agua interage eletrostaticarnente com os solutos que cexibem carga elétrica 65 Aeentropia aumenta quando substancias crstalinas sé dssolvidas 68 (05 cases ndo-polares S40 pouco saliveis em agua 68 Compestos nao-colares forcam mudancas eneraeticamente desfavoraves na estrutura da agua 68 As interacOes de van der Walls sao attacces interatémicas fracas 70 ‘As interacOes fracas so cruciais para a estrutura e 2 funglo. das macromaléculas 70 (0s solutos afetam at propriedades coligativas das colugoes aquosas 70 lonizayao da Agua, Acidos Fracos e Bases Fracas 72 ‘A dqua puta é ligeiramente ionizada 72 sAdendo 4-1 Resposta 20 toque nas plantas: um evento osmotco 73 ‘Aionizacio da agua é expressa por uma constante de equilibio 74 ‘A-escala de pH designa as concentragées de Ht @€ OH” 74 Adendo 4-2 0 produto fonico da aqua dois problemas iustratives 75 ‘Acids tracos e bases fracas tém constantes de dissoclagéo caracteristicas 76 ‘As curvas de titulagdo revelam o pk, dos Acids fracos 76 ‘Ago Tamponante contra as Variagdes de pH nos ‘Sistemas Biolégicos 77 (Os tamptes so misturas de dcidos fracos e suas bases conjugadas 78 Umma expressao simples relaciona o pH, 0 pk e a concentracao do tampao 78 ‘ Adendo 43 Resolvendo problemas usando 2 equacio de Henderson-Hasselbach 79 05 écidos fracas ou as bases fracas tamponam as células e os, tecidos contra as vaiacoes de pH 79 Adendo 4-4 Sangue, pulmdes @ tamnao: 0 sstema-tamyaso bicarbonato 80 ‘A Agua como Reagente 81 A Adequacio do Ambiente Aquoso para os Organismos Vivos 81 Resumo 82 Leitura Adicional 82 Problemas 83 Estrutura e Catdlise 87 Aminoacidos, Peptideos ¢ Proteinas 89 Aminoscidos 89 (Os aminoscidos tm caracteristicas estruturais comuns 30 5 residuos de aminodcidos nas proteinas so LestereoisOmeros 91 (s eminoscides podem ser classificades pelos seus guposR 92 = Adendo 5-1 Absorcdo da luz pelas moléculas: a lei de lambert-Beer 93 (0s aminoacidos ndc-primarios também possuem importantes fungdes 94 (0s emnodcidos podem agir como acidos e bases 95 Os aminoacidos tm curvas de titulacéo caractefsticas 95 As curas de titulacdo predizem a carga elétrica dos aminoicidos 96 5 aminoacidos diferem em suas propriedades acidabasicas 96 Peptideos e Proteinas 97 (5 peptideos sao cadeias de aminozcidos 97 (5 peptideos podem ser distinguidos entre si por meio de seu Comportamento de ionizagéo 98 Peptideos e polipeptideos biologicamente ativos ocorrem em ‘uma ampla faixa de tamanhos 98 05 polipeptideos possuem composicoes de aminodicidos caracteristicas 99 Algumas proteinas contém outros grupos quimicos além dos ‘amnoacidos 99 Existem diversos niveis de estrutura protéica 100 Trabalhando com as Proteinas 100 As proteins podem ser separedas ¢ putificadas 100 ‘As proteinas poder ser separades e caracterizadas por eletroforese 103 Proveinas que nao foram separadas podem ser ‘quantificadas 104 A Estrutura Covalente das Proteinas 106 A fungio de uma proteina depende da sua sequiéncia de aminoscidos 106 "Adendo 5.2 Homologia de proteinas entre as espécies 107 As sealéncias de aminodcidos de numerosas protelnas ja forem determinadas 108 Polipeptideos pequenos s30 seqdenciados por procedimentos automatizados 109 Grandes protenas devem ser sequenciadas em segmentos enores 110 As sequencias de aminoacidos também podem ser deduzidas or outros metodos 113 "Adendo 5-3 investigando proteinas com @ espectromeria ce massa 113, A seqiéncia de aminodcidos fornece importantes informacdes bioquimicas 116 Peptideos pequenos e proteinas podem ser sintetizades ‘uimicamente 116 Resumo 118 Leitura Adiconal 118 Problemas 119 Estrutura Tridimensional das Proteinas 123 Aspectos Gerais da Estrutura Protéica 123 A conformacéo de uma proteina ¢ estabilzada em grande parte por interagées fracas 129 A ligagio peptidica € rigida e plana 124 A Estrutura Secundéria das Proteinas 126 A cchélce 6 uma estrutura secundaviacomum 126 "Adendo 6-1 Wentificando helices orientadas & dircita ou 3 esquerdo 127 A seqiéncia de aminoscidos afeta a estabilidade da «- hélice 128 A conformacao B organiza as cadeias polipeptidicas em folhas 129 . ‘As dobras f s80 comuns nes proteinas 130 Estruturas secundarias comumente encontradas apresentam “ngules de ligecao e conteudo de aminoacidos ‘arecteristicos 130 Estruturas Terciérias e Quaterndrias das Proteinas 131 As protelnas fibrosas so estruturalmente adaptadas para uma fung3o 132 Adendo 6-2 A ondulacdo permanente em cabelos é uma engenharia bioguimca 133 A divessidade estruturalreflete a diversidade funcional nas proteinas globulares 136 A rriogiobina forneceu as primeiras evidencias sobre a ‘complexidade da estrutura proteica glabular 136 Adendo 6:3 Métodos para a determinacso da estrutura ‘tidimensional de uma protein 138 4s protelnas globulares apresentam diversas estruturas tercdrias 142 A andlise de muitas proteinas dlobulares revela padres estruturais comuns 143 (0s motivos das proteinas formam a base para a classificacto estrutural das protefnas 144 Estruturas quaternarias de proteinas variam desde simples dimeros até orandes complexos 145 Ha limites para o tamanho des proteinas 149 Desnaturagio Protéica e Enovelamento 149 A petda de estrutura proteicaresuta na perda da fungao 150 | sequencia de arrinoacidos determina a estrutura tercigna 150 ‘05 patipeptideos se enovelam rapidamente por um processo em etapas 151 ‘*Adendo 6-4 4 morte por enovelamento incorteto: a doenca do prion 153 Alaumas proteinas sao submetidas a enovelamento assstido 153 Resumo 155 Leitura Adicional 156 Problemas 157 Funcées das Proteinas 159 Ligacdo Reversivel de uma Proteina com um Ligante: Protefnas Ligadoras de Oxigénio 159 0 oxigenio pode ligarse a um grupo prostético heme 159 ‘A mioglobina tem un unico sitio de ligacao para o oxigénio 160 As interacdes proteina-ligante padem sex descritas quantitativamente 161 A estrutura proteica afeta a maneira pela qual os ligantes se ligam 162 0 oxiginio do sanque ¢ transportado pola hemoglobina 163, 4s subunidades da hemoglobina sio estruturalmente semelhantes as da mioglobina 163 ‘A hemoglobina passa por uma mudange estrutwral com 8 ligag30 do oxgenio 165 A hemoglobina liga-se a0 oxigénio de modo cooperative 166 A ligacao cooperativa do ligarite pode ser descrita de modo quantitative 167 os modelos sugerem mecanismos de ligacao cooperative 167 4 hemoglobina também transportao Ht e CO) 168 ‘A ligaca0 do oxigénio a hemoglobina ¢ requlada pelo 2,3- bifostogicerato 169 A anemia falciforme ¢ uma doenga molecular de hemogicbina 171 Interacdes Complementares entre Proteinas & Ligantes: Sistema Imunolégico e Imunoglobulinas 172 A resposta imunolégica caracteriza-se por um grande nimero de células e proteinas especialzedas 172 A apresentecao de peptidens na superficie das células distingue 0 “proprio” do “nao-proprio” 173 pip ‘ Interacbes moleculares na supericie celular desencadeam a resposta imundlogica 175 (0s anticorpos possuem dois ienticas 176 0s anticorpas ligam-se firme e especificamente aos antigenos 178 ‘A interacéo anticorpo-entigeno & a base de uma variedade de importantes pracedimentas analfiicos 179 InteragGes entre Proteinas Moduladas por Energia Quimica: Actina, Miosina e Motores Moleculares 180 ‘As principals proteinas do musculo sto a miosina e @ actina 181 Proteinas adicionas orcanizam os filamentos finos € grossos ‘em estiuturas ordenadas 182 0s fiamentos arosses da miosina deslizam ao longo dos filamentos fos de actina 184 Resumo 185 Leitura Adicional 186 Problemas 187 3s de ligacdo a0s antigencs Enzimas 189 Uma Introdugao as Enzimas 189 ‘Amaloria das enzimas so proteinas 190 ‘As enzimas séo classticadas pelas reacdes que catalsam Como as Enzimas Funcionam 191 As enzimes afetam a velocidade mas ndo © equilbrio guimico dos weegoe> 191 A velocdade e 0 equiltrio das reacces 18m detinkoes tetrrodinemicamente precisas 193 ‘Alguns princppios explicam o poder cataltico e a espectficdade das encimas 193, {As interagdes fracas entre a enzima e 0 substrato s30 cotimizadas no estado de ‘ransigao 194 A eneraia de ligacio contribui para 2 especificidade da reacéo ea catilise 196 Grupos cetalticos especificos contribuem para a catalise 197 A Cinética Enzimatica como uma Abordagem para a Compreenséio do Mecanismo de Agéo das Enzimas 198 ‘A concentracao do substrato ateta a velotidade cas reacces

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