Biofsica Protenas: estrutura/funo

Determinao da estrutura tridimensional A estrutura tridimensional de uma protena de suma importncia para a determinao de suas funes biolgicas. A determinao da seqncia de aminocidos importante para a caracterizao de uma protena, mas no permite a sua anlise estrutural, a no ser algumas alfa-hlices e folhas-beta. A cristalografia por raios-x o mtodo utilizado para a anlise da estrutura. Este procedimento fornece uma resoluo da estrutura a nvel atmico, que uma informao importante, por exemplo, para a elaborao de produtos farmacuticos. O passo inicial, e talvez um dos mais complicados, consiste na cristalizao do material protico a ser analisado. Para isso, o material deve ser muito bem purificado, com uma srie de requisitos importantes para o xito da atividade, sendo esta atualmente a grande dificuldade para estes estudos. Como as protenas possuem alta especificidade de ligao a substratos, possvel separ-las de acordo com suas caractersticas para que seja possvel purific-la. Devido aos avanos tecnolgicos associados a sistemas computacionais (que antigamente eram o segundo grande problema), hoje crescente a automao nas anlises na difrao dos raios-x. Estudos relacionados biofsica estrutural envolvem a aplicao de vrios conceitos fsicos, atravs de caracterizaes fsico-qumicas e estruturais. Caracterizao fsico-qumica: As protenas (em soluo aquosa), quando se aproximam de seu ponto isoeltrico (determinado valor de pH em que a soma das cargas parciais em uma protena nula), podem sofrer precipitao, formar agregados ou se cristalizar. Estes tipos de associao ocorrem quando h, na soluo, protenas iguais, sendo tipos de interaes entre vrias estruturas monomricas. Agregados so formados quando a exposio das cadeias laterais reativas de cada protena leva alterao de sua estrutura tridimensional, formando uma estrutura polimrica amorfa. A precipitao ocorre quando a estrutura dos monmeros no alterada. A cristalizao um procedimento complexo, em que se deve lentamente retirar a camada de solvatao em condies controladas. A temperatura tambm deve ser mantida inferior a 18C. Assim, de grande importncia a determinao de uma curva de solubilidade para a amostra em questo. A periodicidade indica a forma com que determinado nmero de elementos se organizam em um dado espao. A periodicidade na organizao dos monmeros denominada simetria. As molculas, em um cristal, so organizadas na forma de uma estrutura chamada rede cristalina. A oligomerizao a tendncia formao de complexos estruturais (dmeros, trmeros, etc.) a partir de subunidades proticas (monmeros), em soluo. Algumas protenas, por exemplo, somente estaro ativas fisiologicamente se estiverem oligomerizadas. Porm, a determinao da estrutura tridimensional de protenas oligomricas dificultada. Elas so classificadas principalmente como protenas globulares, que possuem forma compacta e arredondada; protenas fibrosas, de estrutura alongada que permite sua extenso a longos alcances. No caso de oligmeros, tambm podem ser compostos por subunidades diferentes. Caracterizao estrutural: A partir da seqncia de aminocidos em uma cadeia polipeptdica, a molcula organiza-se em uma conformao tridimensional, envolvendo ligaes covalentes (entre resduos de aminocidos) e nocovalentes (enovelamento da seqncia polipeptdica). possvel inclusive fazer predies acerca da estrutura secundria conhecendo-se a seqncia de aminocidos, a partir do conhecimento de interaes entre as cadeias laterais. Essas estruturas secundrias formam o arcabouo estrutural das macromolculas. Modificaes estruturais so importantes na ao de protenas, podendo potencializ-la ou inativ-la, devido a modificaes nos stios catalticos dessas molculas. Modificaes configuracionais se devem a mudanas no posicionamento relativo dos tomos em que h quebra e restabelecimento de ligaes, ocorrendo inclusive rotaes. A rotao de tomos restrita a algumas posies (ngulos em que no h

choque estereoqumico), e pode ser causada por diferentes fatores, como por exemplo, pela hidrlise de ligaes duplas, rotacionando tomos que naturalmente no o fariam. Origina configuraes distintas, como por exemplo, cis e trans. Diferentemente, modificaes conformacionais so relativas conformao da molcula, ou seja, estrutura enovelada da cadeia polipeptdica. O arranjo conformacional resultado das interaes entre as cadeias laterais dos resduos de aminocidos, variando levemente quando a molcula interage com outras molculas menores no ambiente, no havendo rompimento de ligaes. Mudanas conformacionais so cruciais para o desempenho de funes fisiolgicas. A conformao final de uma cadeia polipeptdica geralmente aquela com menor energia livre associada. Essa estabilidade estrutural fsica e qumica muito estudada para fins biotecnolgicos, e dependendo de sua aplicao, uma conformao pode ser mais interessante em detrimento de outra. O mtodo fsico-qumico mais utilizado para estudos na biologia estrutural a difrao de raios-x. Foi criado um banco de dados contendo coordenadas atmicas, denominado PDB (Protein Databank), que agrupa coordenadas atmicas (x,y,z) de cada um dos tomos. O posicionamento dos tomos determinado pela difrao de raios-x na maioria dos casos (79%), sendo a tcnica mais utilizada atualmente. Outra tcnica bastante importante em trabalhos bioqumicos a espectrofotometria, em que so produzidos espectros diferenciados a partir de tomos excitados. Organizao estrutural de protenas O enovelamento das cadeias polipeptdicas um processo que depende de caractersticas qumicas dos aminocidos que as compem, notadamente de suas cadeias laterais. Embora as cadeias polipeptdicas possam atingir sua conformao correta sem ajuda externa, existem protenas auxiliadoras nessa tarefa, as chamadas chaperoninas moleculares, que conduzem o processo pela rota energeticamente mais favorvel. Um aminocido ligado ao outro adjacente por meio de uma ligao covalente (ligao peptdica), reao em que h perda de uma molcula de gua. Em sua composio, uma seqncia de resduos de aminocidos, o esqueleto covalente forma uma cadeia principal. As cadeias laterais, formadas por 20 diferentes grupos qumicos, conferem propriedades qumicas singulares aos aminocidos, distinguindo-os. Estas so responsveis pela conformao tridimensional. As extremidades da cadeia principal so denominadas extremidades N-terminal e C-terminal. O pH do meio em que uma molcula se encontra, bem como sua variao, responsvel por alterar a carga eltrica nas cadeias. Na extremidade N-terminal, por exemplo, em pH=7 a carga positiva mantida. Quando o pH aumentado, essa carga perdida, e a regio da molcula fica neutra. O efeito de ressonncia nos eltrons da ligao peptdica confere carter de ligao dupla, embora no seja (ligao pseudo-dupla). A rigidez molecular da ligao se d pelo impedimento estrico causado pelos eltrons ressonantes, formando um plano em que no h rotao. Este plano denominado plano peptdico. A classificao dos aminocidos depende da cadeia lateral presente. A glicina, por exemplo, possui um grupo H que, por apresentar baixo volume molecular, forma dobras na cadeia; j a alanina possui grupo (CH3); quando o grupo um anel benznico, o aminocido chamado fenilalanina, e o fenol apresenta ressonncia no interior do anel. Estes aminocidos citados so classificados como apolares, e tendem a se agrupar no interior da molcula, sendo esse tipo de ligao fraca tambm determinante para a forma estrutural da protena. A nvel molecular, o que define aminocidos apolares a forma simtrica de organizao de eltrons, no havendo cargas parciais derivadas de diferenas de eletronegatividade no interior da molcula. O contrrio ocorre em aminocidos polares. Quando adicionada uma hidroxila no grupo fenil, forma-se o aminocido tirosina. A presena dessa hidroxila fenlica responsvel por tornar a molcula polar, visto que a hidroxila um grupo altamente eletronegativo. A reatividade das cadeias laterais varia conforme a polaridade, logo a seqncia desses aminocidos um fator importante para o processo de dobramento da cadeia. A definio de propriedades fsico-qumicas fundamental em estudos que envolvam reaes no meio ambiente. Ligaes no-covalentes so de natureza eletrosttica, e, por isso, dependem da polaridade

do meio em que a molcula est imersa e possuem longo alcance. Envolvem tanto tomos da cadeia polipeptdica quanto da cadeia lateral. Por serem ligaes mais fracas, fornecem a dinmica estrutural de protenas, e regies mais firmemente ligadas contam com um alto nmero dessas ligaes. As protenas podem ser classificadas como globulares, fibrosas, oligomricas ou possurem multidomnios. O posicionamento orientado das cadeias laterais define as funes da protena, atravs dos seus domnios. Domnios so aglomerados globulares, compactos e estveis, sendo estruturalmente independentes, cada um desempenhando funes especficas. Uma organizao muito mais complexa pode ocorrer entre estruturas quaternrias de cadeias polipeptdicas. Essas protenas oligomricas possuem mais de uma subunidade e possuem tendncia muito alta de se associarem de modo no-covalente, sendo comum ocorrer precipitao. Por esses motivos so protenas difceis de cristalizar. Protenas fibrosas formam uma estrutura tranada e alongada, formada por super-hlices, no possuindo estrutura tridimensional complexa. Essas protenas, hidrofbicas, tm funo basicamente de sustentao, conexo e proteo, sendo formadas por unidades repetitivas chamadas motivos. Estes motivos so estruturas supersecundrias (super-hlices) formadas a partir de associaes de alfa-hlices de cadeias laterais apolares, que tendem a se voltar para o interior da molcula. Determinao da estrutura tridimensional A cristalografia de raios-x um mtodo que envolve purificao e cristalizao de protenas, com o intuito de se obter um cristal, o qual deve ento ser bombardeado por um estreito feixe paralelo de raios-x (estes interagem com os eltrons na matria). Os feixes de raios-x so emitidos por um aparelho chamado difratmetro. O comprimento de onda do raio-x muito curto, sendo aproximadamente igual ao comprimento de interaes interatmicas, e por isso utilizado na cristalografia. Ondas que eventualmente incidem em um tomo so desviadas, gerando um padro de difrao, a partir de interferncias nas ondas vizinhas em determinados pontos. Interferncias construtivas entre ondas dispersas (sincronizadas) aumentam a intensidade do sinal, atribuindo imagem pontos pretos, enquanto interferncias destrutivas (no-sincronizadas) no atribuem nenhuma modificao, formando regies em branco. O padro resultante (onda secundria) captado por um filme fotogrfico ou um detector CCD e gera uma imagem, o mapa de densidade eletrnica. A partir do mapa de densidade eletrnica, necessrio ter conhecimento dos tomos que compem a estrutura. A presena de determinado tomo em uma protena associada a uma propriedade chamada ocupncia, que possui valor 1,0 quando aquele tomo est presente em um volume pr-definido. Pode-se, ento, organizar uma tabela que relaciona a presena de diferentes tomos em cada volume analisado. Os tomos no cristal no so estticos. Sua mobilidade dada por uma propriedade denominada fator de temperatura, tambm com um valor numrico associado. Este nmero nos permite quantificar a mobilidade dos tomos nas regies analisadas. A resoluo nos permite identificar a densidade dos tomos com diferentes precises, dependendo de seu valor. Essa propriedade dada em angstron (), e o valor associado decresce com o aumento da resoluo. A maneira como se obtm o cristal um fator que influencia na resoluo da amostra. As protenas, para atingirem uma boa resoluo (2 - 3,5 ) precisam ser cristalizadas formando arranjos tridimensionais ordenados. Como protenas so naturalmente bastante hidratadas (40 a 60% de gua), as molculas so geralmente desordenadas em alguns ngstrons, limitando sua resoluo mesmo em cristais bem ordenados. A protena pode ser cristalizada como dmero, trmero, (...) embora a protena em soluo no seja necessariamente dessa forma. Durante a cristalizao, a concentrao da protena purificada deve ser gradativamente aumentada, juntamente com a concentrao da soluo precipitante. O ponto de saturao o ponto em que a protena precipitada, um dado importante para a obteno de cristais. A curva de solubilidade (S) delimita as regies em que a soluo hiposaturada (abaixo da curva de solubilidade, em que nunca ocorre cristalizao) e hipersaturada (acima da curva de solubilidade). Na fase intermediria (faixa de supersaturao) ocorre a formao de cristais, no devendo haver precipitao. O diagrama de solubilidade o grfico em que esses parmetros so plotados, e servem para posterior anlise. Os

parmetros importantes para se obter uma protena metaestvel (faixa de cristalizao) so o estado (S) e concentrao da protena, temperatura, pH, presso, campos eltricos e magnticos, tempo para atingir a supersaturao, fora inica, pureza dos reagentes qumicos utilizados, efeitos de densidade e viscosidade e velocidade de difuso. Os mtodos Hanging drop e Sitting drop so tcnicas para cristalizao de macromolculas biolgicas, envolvendo a presso de vapor a que a amostra submetida. O processo que ocorre nesses mtodos a difuso de vapor, e ocorre mais rapidamente em sitting drop. Quando h muito solvente entre as clulas unitrias da rede cristalina, dizemos que o cristal mole. Nesses casos, o empacotamento das clulas unitrias no perfeito, formando um cristal amorfo. Em contrapartida, quando o cristal est com suas clulas unitrias organizadas em perfeita sintonia, dizemos que h baixa mosaicidade. A mosaicidade um parmetro que relaciona o grau de empacotamento das clulas unitrias com a resoluo que o material apresenta, em uma relao inversa. Assim, quanto maior o nvel de mosaicidade, menor ser a qualidade do resultado obtido. Para ser transportado ou armazenado, o cristal deve ser congelado em nitrognio lquido com adio de uma substncia crioprotetora, que ajuda a conservar o cristal. At mesmo para a anlise o cristal deve permanecer a baixa temperatura, sendo manuseado atravs de um gonimetro. Por possuir um giro angular, essa estrutura permite o posicionamento do cristal para a anlise. Utilizando a tecnologia de acelerao de eltrons, a luz sncrotron permite a obteno mais rpida de resultados e com maior resoluo. Os eltrons so acelerados atravs de um campo eletromagntico, produzindo uma radiao de maior intensidade. Os eltrons atingem uma velocidade prxima velocidade da luz, tendo por isso sua energia bastante aumentada. Como h risco de ocorrer vazamento de radiao, este tipo de procedimento s realizado em laboratrios especiais, em que a mquina blindada, alm de haver mais uma srie de procedimentos de segurana. Nesses aparelhos, existem pequenas fendas que permitem a sada controlada de radiao, em determinado comprimento de onda, para estruturas chamadas cabanas, que proporcionam segurana para o pesquisador. Mesmo assim, o pesquisador s pode acesslas durante determinados momentos. Construo de modelos tridimensionais Eltrons que oscilam em um campo magntico apresentam a mesma freqncia desse campo, tornando-se fontes de ondas secundrias, em raios-x. A difrao de raios-x por um cristal resultado da interao entre o campo eletromagntico e os eltrons dos tomos, e gera um mapa de contorno. As ondas secundrias sofrem interferncia, podendo ela ser construtiva ou destrutiva. Estes so os sinais considerados na metodologia de difrao. Para que se obtenham ondas secundrias, o cristal precisa ser ordenado, originando ondas de interferncia construtiva. Buscam-se primeiramente, em um banco de dados, conformaes tridimensionais de protenas j conhecidas, de maneira que seja encontrado um molde que mais se adqe aos resultados obtidos no mapa de contorno. A partir desse molde inicial, vo sendo feitas substituies moleculares a partir daquele mapa de densidade eletrnica gerado pela difrao. A sobreposio total de modelos nunca ocorre, sempre devendo ser feitos ajustes a partir do molde. A partir da ocupao atmica da protena analisada, inicia-se um processo de construo e refinamento de sua estrutura. So feitos vrios ciclos de refinamento, em que os posicionamentos dos tomos vo sendo corrigidos. Planos cristalinos so conformaes bidimensionais de tomos em uma superfcie de um cristal. Existem vrios planos cristalinos, em que os tomos constituintes so os pontos de difrao. Interaes atmicas nas cadeias polipeptdicas Uma cadeia polipeptdica possui fragmentos chamados motivos de sequncia. Quando a cadeia est disposta de forma linear, ela exibe resduos hidrofbicos, que apresentam carga negativa, para o lado externo. As molculas de gua podem, assim, interagir com as cadeias principal e lateral desses resduos. Quando a protena se torna compacta, molculas de gua saem para o corpo do solvente, excludas pelas

cadeias hidrofbicas. Chamamos este fenmeno de efeito hidrofbico, e faz com que molculas apolares minimizem o contato com a gua. Naturalmente, cadeias laterais apolares agregam-se no interior da molcula, o que pode ser explicado pela 2 Lei da Termodinmica (afirma que a entropia em um sistema isolado tende a aumentar). O que ocorre que no caso de cadeias laterais apolares entrarem em contato com a gua, so formadas gaiolas de molculas de gua chamadas clatratos ao redor das cadeias. Dessa forma, as molculas de gua encontram-se ordenadas ao redor de corpos apolares, caracterizando um baixo grau de entropia. Quando esses resduos apolares encontram-se no interior da molcula, as molculas de gua, por permanecerem na regio exterior, encontram-se em um grau entrpico maior. Assim, as cadeias laterais se posicionam de acordo com sua hidrofobicidade, sendo o ponto inicial no dobramento de cadeias polipeptdicas. O dobramento da cadeia polipeptdica se d atravs de ligaes no-covalentes, que permitem alta mobilidade estrutural (necessria para a realizao de suas funes fisiolgicas). Porm, so ligaes covalentes que unem aminocidos na cadeia principal, as denominadas ligaes peptdicas, que necessitam de catlise para se estabelecer. uma ligao classificada como intermediria, pois apresenta propriedades similares s de ligaes duplas, embora no tenha o tamanho caracterstico de uma. A frequente ocorrncia de ressonncia nessa ligao responsvel por lhe fornecer o carter de ligao pseudo-dupla, que restringe a movimentao rotacional dos tomos. Por isso, os tomos envolvidos na ligao (grupo amida) organizam-se em planos peptdicos. Assim, a cadeia principal composta por vrios planos peptdicos rgidos e planares, em que as ligaes que o compem no podem ser rotacionadas. A liberdade de toro dessas cadeias se deve s duas ligaes simples que ocorrem no carbono , um dos vrtices dos planos. Os ngulos de toro ocorrem exatamente nas ligaes C N () e C C (), em cada um dos resduos. Estes ngulos de toro tambm possuem conteno espacial, pois dependendo dos valores de e , pode haver choque estereoqumico entre tomos prximos ligao. Em uma cadeia polipeptdica, carbonos sucessivos, na maioria dos casos, se encontram em configurao trans. Aproximaes na configurao cis so raras porque geram impedimento estereoqumico. Alm disso, tambm ocorrem rotaes em cadeias laterais, possibilitando, a princpio, inmeras conformaes espaciais diferentes. Porm, repulses eletrostticas geradas quando esferas de Van-der-Waals (representa o espao ocupado pelos eltrons) se tocam acabam limitando os valores que os ngulos de toro podem assumir. A maioria dos valores para os ngulos e so inviveis. A distribuio assimtrica de eltrons nos orbitais forma dipolos, que fornecem cargas parciais molcula. A formao de dipolos essencial para se determinar a reatividade de ligaes qumicas no-covalentes. Os aminocidos podem ser classificados como no-polares, polares, carregados (positivamente/negativamente) ou aromticos. A ligao dissulfeto, uma interao covalente que estabiliza uma protena, em meios extracelulares principalmente, em que as condies so bastante variveis. formada pela interao entre grupos SH de cistenas em uma protena enovelada, caracterizando uma oxidao. Age como um grampo molecular, que refora a conformao mais estvel da protena. Interaes formadas por dipolos induzidos, formadas por cadeias hidrofbicas, so momentneas e estabilizam a cadeia, ocorrendo geralmente quando apresentada uma carga externa. O papel da carga externa exatamente induzir a formao do dipolo. O fenmeno denominado absoro observado em alguns aminocidos que apresentam ressonncia, e ocorre quando eltrons realizam o salto quntico na presena de radiao eletromagntica. Neste processo, o eltron passa de um estado fundamental para um estado excitado a partir de uma fonte de energia, retornando depois para o estado fundamental, devolvendo a energia para o meio, na forma de um fton de luz. A absoro dependente da forma em que os eltrons se distribuem na molcula, modificando-se quando a molcula sofre alteraes. Assim, podem funcionar como sondas moleculares, sendo que mudanas observadas na absoro podem ser relacionadas a mudanas conformacionais na molcula. Mudanas nas condies do meio podem provocar alteraes nas cadeias, como ionizao de cadeias laterais. A faixa em que ocorre a ionizao dessas cadeias dada por pK ionizao, indicando o pH limite para que ocorra ionizao. Quando o pH do meio mais alto que o valor de pK ionizao, a molcula est com carga negativa; quando inferior a esse parmetro, a carga nula. Aminocidos diferentes

absorvem em faixas diferentes, apresentando assim diferentes bandas de absoro. Bandas maiores significam que as sondas so mais efetivas. Podemos ainda determinar precisamente a concentrao de aminocidos que absorvem em determinada faixa, atravs do coeficiente de absortividade molar. Eltrons so ainda importantes no processo de dobramento da cadeia polipeptdica por apresentarem capacidade de empacotamento. Interaes eletrostticas tambm agem no empacotamento da estrutura tridimensional. Molculas de gua formam dipolo permanente. Assim, podem interagir com ons, molculas que formam dipolos permanentes ou dipolos induzidos. Esses tipos de interaes so de natureza eletrosttica, embora interaes dipolo induzido-dipolo induzido sejam tambm chamadas interaes de Van der Waals. Interaes dipolo induzido so fracas, porm, apresentam uma fora bastante coesa, minimizando a energia potencial e, assim, estabilizando a molcula. O nmero em que essas ligaes ocorrem em uma protena determina o grau de compactao da macromolcula. Essas interaes possuem uma energia potencial associada, que depende da distncia entre tomos. Sendo assim, podem gerar choque estereoqumico se ocorrerem descontroladamente. A relao entre energia e distncia dada pela coordenada de reao. Nesse modelo, o mnimo de energia conformacional est associado distncia tima de ligao. Dessa forma, as interaes se do lenta e cautelosamente, de modo a no haver sobreposio de esferas de Van der Waals (a representao das eletrosferas pode seguir um modelo que as denomina esferas de Van der Waals). O choque estereoqumico ocorre devido a um aumento abrupto na energia conformacional, gerando uma repulso eletrosttica. O efeito hidrofbico um dos gatilhos que leva ao processo de dobramento de protenas. A regio de contorno da cadeia hidrocarbonada possui molculas de gua, que formam estruturas organizadas e de certa forma rgidas, sendo por isso denominadas gua dura. Quando mais cadeias hidrocarbonadas so adicionadas, h um conseqente aumento de entropia do sistema, pois as molculas de gua em um primeiro momento se desorganizam. Em seguida, devido ao aumento no grau de liberdade dos tomos, h uma compensao na entalpia, quando surgem interaes dipolo induzido entre cadeias hidrofbicas, exemplificando a 2 Lei da Termodinmica, sendo o processo espontneo. O custo entrpico significa o aumento da entropia do meio (ambiente molecular onde a protena se dobra) para um dado processo. Nesse caso, o custo entrpico coincide com a organizao da cadeia polipeptdica. Interaes no-covalentes O alto nmero de ligaes no-covalentes influencia na estabilidade estrutural da molcula por torn-la mais rgida. Para se medir a estabilidade de protenas, em laboratrio, provoca-se alteraes conformacionais, enfraquecendo as ligaes at que ocorra desnaturao da protena. No momento em que desnaturada, as ligaes no-covalentes so rompidas. Ento, posteriormente calcula-se a energia livre, a partir da 2 Lei da Termodinmica. A medio da energia liberada para o meio, na forma de calor, o meio de se medir a variao da entalpia no processo. Experimentos assim possuem aplicaes importantes no setor da biotecnologia, como por exemplo na elaborao de frmacos. Protenas podem apresentar limitaes em sua atuao fisiolgica, dependendo da temperatura a que submetida. Assim, a partir da tecnologia de recombinao, possvel criar protenas mais resistentes para determinadas aplicaes. O processo de dobramento guiado entropicamente. Resduos carregados tendem a se localizar na interface de encontro ao solvente, a menos que suas cargas sejam neutralizadas por ligaes eletrostticas no interior da molcula. Ligaes de hidrognio se formam entre uma primeira molcula que possui um hidrognio associado a um tomo eletronegativo (tomo doador) e uma segunda molcula que possui um tomo eletronegativo (tomo aceptor). Elas tambm apresentam uma funo importante no empacotamento de cadeias polipeptdicas e na formao de sua estrutura secundria, como na formao de folhas-. Estas so compostas por fitas anti-paralelas, que so mantidas unidas e estabilizadas por interaes de hidrognio. Nessas estruturas, as cadeias laterais projetam-se para fora, dando a elas a capacidade de interagir com outras estruturas anlogas e ocorrer empacotamento. Alfa-hlices tambm so estabilizadas por ligaes de hidrognio, sendo que alteraes nessas interaes podem distorcer a hlice. As cadeias laterais nesse caso so todas dispostas para o exterior da hlice, ocorrendo tambm o

empacotamento de alfa-hlices. Nas cadeias laterais ocorrem grupos reativos, que podem ser doadores ou receptores de eltrons. O conhecimento acerca da reatividade de certas regies na cadeia polipeptdica necessrio para se determinar a estrutura tridimensional formada por estes grupos. Ligaes salinas, tambm conhecidas como ligaes inicas, so feitas a partir de interaes entre campos eltricos gerados por cargas eltricas, sendo assim o tipo de interao no-covalente mais forte. O potencial eletrosttico representa a capacidade que uma carga possui de atrair sua carga oposta a uma distncia (normalmente de 8), para a formao da ponte salina. Essas interaes so raras no interior das protenas, pois devem ser muito bem posicionadas, apresentando um risco de gerar repulses eletrostticas. Por isso, so mais comuns nas regies superficiais, podendo estar localizadas em fendas catalticas ou em contato com o solvente. Estabilizam a estrutura nativa da protena. Tambm geram foras de empacotamento de monmeros, entre outras funes, como solubilizao de protenas e formao de protenas fibrosas. Apesar de em grande nmero apresentarem rigidez estrutural nas protenas, essas ligaes tambm esto relacionadas dinmica. Por serem interaes fracas, podem ser de vrias maneiras rearranjadas, possibilitando a realizao de funes fisiolgicas no organismo. Efeitos do solvente Momentos dipolares dependem da geometria das molculas, se relacionando com a solubilidade de uma protena. A energia de interao entre a protena e o solvente dada pela equao E= q/(R x ), em que denota a constante dieltrica do meio. A relao entre e a energia de interao inversa, sendo assim a constante dieltrica est associada capacidade do solvente em reagir com a cadeia polipeptdica. A solubilidade funo de pH, fora inica, temperatura e constante dieltrica. A presena de sais aumenta a constante dieltrica do meio, pois os ons do sal competem pelas molculas do solvente que interagiam com a protena ou ligam-se s protenas, excluindo a gua. Como o solvente passa a interagir menos com a protena, a solubilidade diminui. A temperatura aumenta a energia cintica (K) das molculas e, como conseqncia, aumenta as chances de ocorrerem choques que possam levar a interaes entre molculas. Em um meio uniforme, o quadro diferente. No vcuo, no h nenhuma molcula diferenciada, sendo que todas presentes no meio possuem dipolos iguais e, por isso, igual potencial de interao. A relao dada por: F=q/(F.), diferentemente de um meio no-uniforme, em que F=(q1.q2)/(F.). No meio uniforme, a protena agrega. A adio do solvente com alta solvata as protenas. A adio do solvente compete com as interaes entre protenas. Quando o solvente no interage com as protenas eles tendem a se aproximar e compensar suas cargas com dipolo induzido, atraindo-se fortemente. Adicionando-se sal e aumentando do solvente leva competio do solvente com as protenas, ligam-se a elas e as solubilizam. Salting in significa baixas concentraes de sal, de modo que seja apenas o necessrio para interagir com a protena. Salting out significa altas concentraes de sal. Com o excesso de sal, os ons salinos em altas concentraes competem no s com as protenas mas tambm com a gua de solvatao. Ao monopolizar a gua, o on impede que a protena interaja com a gua e se solubilize. Sendo assim a protena precipita. Se a gua de solvatao sair lentamente, h a formao de cristais. Para o dobramento de protenas, o grupo peptdico deve estar sempre na configurao trans. e no giram livremente, pois seus giros devem respeitar os raios de Van der Waals e no gerar impedimentos estricos entre cadeias laterais. Devem acomodar os tomos da maneira de menor energia possvel. O ngulo sempre 180 (configurao trans). A prolina a nica exceo, podendo formar cis ou trans. O diagrama de Ramachandran plota os aminocidos de acordo com seus ngulos e . Se a maioria est em regies permitidas significa que o modelo est correto, pois so as estruturas secundrias que do forma protena. Aminocidos fora das regies de Ramachandran podem formar alas entre as estruturas secundrias ou simplesmente estarem errados.

Estruturas secundrias regulares apresentam valores repetidos de e ao longo das cadeias polipeptdicas. Como exemplos de estruturas secundrias regulares temos a alfa-hlice e a folha-beta. Estruturas irregulares so alas. Como so expostas ao solvente sua estrutura se modifica muito. Nos valores de e , h bastante flexibilidade.

Glossrio
Camada de solvatao: Pelcula hdrica que pode evitar o contato direto entre duas molculas de protena. A organizao das molculas de gua ao redor da protena confere a ela determinada solubilidade, que pode ser alterada na presena de sais inorgnicos, sendo aumentada ou diminuda. Ocupncia: probabilidade de se encontrar tomos em um determinado espao. Clulas unitrias: estruturas elementares repetitivas que formam um cristal. So formadas por tomos organizados, sendo a unidade bsica de um cristal.