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Departamento de Engenharia Informtica

A Norma DICOM
Paulo de Carvalho, Jorge Henriques {carvalho, jh}@dei.uc.pt Universidade de Coimbra

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DICOM
! Bibliografia

Bas Revet, DICOM Cook Book for Implementation in Modalities: Chapter 1 and 2, Philips Medical Systems, 1997. Norma: ftp://medical.nema.org/medical/Dicom/ (recomenda-se que o seu uso seja s para consultas pontuais, j que esta composta por vrios milhares de pginas)

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DICOM
! Modelo

OSI Upper Layer Service: independncia de suporte especfico de comunicao fsica (existem extenses para TCP/IP) DICOM File Service: acesso a arquivos independentemente dos formatos fsicos e estrutura de ficheiros.

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Processamento Distribudo: Modelo


! Para poder haver cooperao:

Domnio de Aplicao:

Qual o papel dos intervenientes Servidor (Service Provider) Cliente (Service User) Viso equivalente dos dados Semntica Informao depende do contexto do servio distribudo As operaes (servios) implementadas Armazenamento, processamento, etc.

Relao: Servio+Dados+Papel

Domnio da Comunicao

Interface Lgica Protocolo Representao de Dados (Integer, Float, etc.) Sintaxe de Transferncia (Little/Big Endian; Construo da Stream)

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DICOM: Modelo
! RelaoClasse de Servio (Service
Classe)

Estabelece o papel (role)


SCU SCP

Servios (Service Elements-operaes) Informao (IOD-Dados) SE+IOD = SOP Cada classe de servio pode conter SOPs distintas (ex: guardar diferentes tipos de imagem; sendo os servios realizados custa de grupos de servio, ex.,C-STORE)

Ateno: Servio e Dados so designados por classe


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DICOM: A Norma

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DICOM: IOD (Part 3 da Norma)


! IOD Information Object Definition A informao de uma classe SOP

Modelo Abstracto de Dados para veicular informao de objectos reais. Permitem s Aplicaes DICOM (AE) terem a mesma vista dos dados. Exemplo: Um doente, uma imagem, um ECG, etc. Agrupamentos genricos utilizveis em diversas IE

! Information Entity (IE): Agrupam dados de um objecto real.

! Information Object Modules (IOM): agrupam dados relacionados.

! Atributos: Dados elementares.

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DICOM: IOD (Part 3 da Norma)


! Tipos de IODs:

Normalizada composta somente por uma IE Composta composta por duas ou mais IEs. A relao entre as IEs depende do Modelo de Informao.

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DICOM: IOD (Part 3 da Norma)


! Modelo de uma IOD composta

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DICOM: IOD (Part 3 da Norma)


! Exemplo (IOD Composta):

IOM

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DICOM: IOD&IOM
! Exemplo Real (Extrado da norma de 2003):
IOD Parte 3 IOM Parte 3

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DICOM: IOM
! Como definido cada Atributo ?

IOM Parte 3

Attribute Name (legvel Humanos) Attribute Description (Semntica) Attribute TAG (legvel Sis. Inf.) Value Representation (Sintaxe) Value Multiplicity Type Classification

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DICOM: Atributos
! Attribute TAG

Identificador nico composto por


<Grupo nmero>.<Elemento Nmero>

Permite determinar univocamente a representao (sintaxe) do atributo e a sua multiplicidade usando o Dicionrio de Dados.

IOM Parte 3

Dicionrio de Dados Parte 6

Grupo Patient

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DICOM: Atributos
! Value Representation and Multiplicity

VM nmero mximo de ocorrncias no IOM VR Tipo de Representao (sintaxe)

Estruturas de Dados&Codificao Parte 5

Dicionrio de Dados Parte 6

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DICOM: Atributos

IOM Parte 3

! Type Classification (Parte 5 da Norma)

Tipo 1: Atributo Obrigatrio. Tipo 1C: IODs e SOP definem Atributos que devem ser includos em determinadas condies. Nessas condies so obrigatrios. Na ausncia dessas condies no podem ser includos. Tipo 2: So valores obrigatrios. Contudo quando o valor desconhecido permitido que este seja codificado com 0bytes (ver streaming). Tipo 2C: IODs e SOP definem Atributos que devem ser includos em determinadas condies. Nessas condies nestas condies estes atributos funcionam como os do tipo 2. Na ausncia dessas condies no podem ser includos. Tipo 3: Opcionais.

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DICOM: Consulta
IOD

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DICOM: Consulta

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DICOM: Consulta

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DICOM: Data Set


! Representao independente do H/W
e do Sistema Operativo.

Data Set Sintaxe de Transferncia


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DICOM: Data Set


! Representao independente do H/W
e do Sistema Operativo.

Data Set Sintaxe de Transferncia


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DICOM: Data Set


! Data Set - Organizao ! Para cada Atributo:

TAG par ordenado de16 bits Unsigned Int


<Grupo><Elemento> <Grupo> o MSW

VR 16 bits char
2 caracteres do conjunto por omisso

do DICOM

Value Length Unsigned Int


Nmero de bytes do Value Field 16/32 bits VR explcito/VR implcito

Value field nmero par de bytes


Contm o valor propriamente dito Se VM>1 ento os vrios valores so

delimitados se forem cadeias de caracteres. Entre cada cadeia 5Ch \.

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DICOM: Data Set

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DICOM: Sintaxe de Transferncia


! Sintaxe de Transferncia estabelece

VR Byte Ordering
Big Endian Little Endian

Codificaes especficas para pixels, ondas e overlays (Ver captulo 5 da norma)


Na norma 2003 definida a codificao em formatos RLE, JPEG, JPEG-LS e JPEG2000

! Cada sintaxe de transferncia dispe de um identificador nico (UID). ! A sintaxe de transferncia por omisso do DICOM : Implicit VR Little
Endian Transfer Syntax. UID=1.2.840.10008.1.2

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DICOM: Sintaxe de Transferncia


! Para que dois processos DICOM possam comunicar necessrio que durante a
fase de associao as sintaxes de transferncia sejam negociadas.

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DICOM: Representao da Informao

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DICOM: Classes de Servio


! Cada Classe de Servio define:

Os Os Os Os

Papeis servios [e modelos] IODs envolvidos em sub-servios (SOPs) grupos de servio envolvidos (DIMSE)

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DICOM: Servios
! Tipos de Classes de Servio (Captulo 4 da Norma) classe de operaes
realizveis sobre os IOD

Verification Storage Query/Retrieve Study Content Notification Patient Management Study Management Results Management Print Management Media Storage Storage Commitment Basic Worklist Management Queue Management Grayscale Softcopy Presentation State Storage Structured Reporting Storage

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DICOM: Classe de Servio - Exemplo


! Patient Management
Modelo Funcional

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DICOM: Classe de Servio - Exemplo


! Patient Management

Modelo Funcional

Modelo da Informao (IODs envolvidas)

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DICOM: Classe de Servio


! Patient Management Aces Possveis:

Get Patient Information Notfications


Receive Patient Event Notification Provide Patient Event Notification

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DICOM: SOP
! Modelo Geral

IODs
X X X X X X X X X X X X X X X X X X X X X X X X

STORE

Uma dada aco sobre um IOD definida pelo classe SOP SOP=Dados+Aco
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Servios

DICOM: SOP
! As classes SOP so identificadas
recorrendo a UIDs.

! Instncias das SOPs so identificadas


recorrendo a UIDs (as cpias tm o mesmo UID de instncia)

Gartantido pelo PACS e pelo RIS

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DICOM: Classes de Servio


! Implementao dos Servios recorre a
servios DIMSE.
DICOM Application Entity
Service Classes
Association Negotiation
- Study Mgt - Patient Image Mgt - Results Mgt - Storage - Print - Query/Retrieve

Part 4

! Exemplo

Patient Management:
Receive Patient Event Notification Implementado custa de uma

Information Objects
Normalized - Patient - Study - Visit Composite - CT image - MR image - CR image

Part 3

mensagem N-EVENT-REPORT

DICOM Message Service Element (DIMSE)


(DIMSE-C and DIMSE-N Operations and Notifications)

Part 7

Upper Layer Association Services (1)

Upper Layer Presentation Data Service


(see figure 6.1-1)
(1) This figure expands upon figure 6.1-1 by showing that the Association Services specified in Part 8 are formally part of the Application Entity.

Part 8 and Part 9

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DICOM: DIMSE
! Tipos de grupos de servio:

C-XXXX aplicveis a IOD compostas N-XXXX aplicveis Normalizadas

Verificao de Ligao

Leitura/Alterao de Informao

Criao/Eliminao de uma Instncia de uma SOP

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DICOM: Mensagens
! Formato das Mensagens (Captulo 7)

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DICOM: Mensagens
! Formato das Mensagens DIMSE
(Captulo 7 da Norma)

! Cada comando veicula um conjunto

de elementos que compem o Command Set para alm da instncia do SOP.

! Cada um desses elementos


composto:

TAG identificador nico Length Unsigned Integer32 bits Value Parmetro propriamente dito.

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DICOM: Comunicao

! Para o modelo TCP/IP captulo 8


da norma

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DICOM: Comunicao
! Classe de Servio Storage ! Objectivo: Transferncia simples de objectos entre AE DICOM

SCU e SCP suportam os IODs envolvidos Informao armazenada no meio Informao fica disponvel durante um certo tempo

! Papis:

MAGN ETOM

1 SCU 1 SCP

! Implementado custa de C-Store

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DICOM: Comunicao
! Classe de Servio Storage Protocolo

SCU invoca C-Store-RQ 1 Constroi msg C-Store-RQ com o IOD 2 Envia para Preentation Layer usando

msg P-Data ...

Recebe uma C-Store-Conf

SCP Recebe C-Store-RQ (armazena IOD) e responde com C-Store-RSP Recebe uma C-Store-Ind 1 Constroi msg C-Store-RSP 2 Envia para Preentation Layer usando msg P-Data

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DICOM: Comunicao
! Classe de Servio Storage Protocolo

SCU invoca C-Store-RQ 1 Constroi msg C-Store-RQ com o IOD 2 Envia para Preentation Layer usando msg P-Data

...

Recebe uma C-Store-Conf

SCP Recebe C-Store-RQ (armazena IOD) e responde com C-Store-RSP Recebe uma C-Store-Ind 1 Constroi msg C-Store-RSP 2 Envia para Preentation Layer usando msg P-Data

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DICOM: Associao
! Primeiro iniciar uma ligao

! Acordar:

Quais as SOPs que vo ser aplicadas Papeis Sintaxe de Transferncia Parmetros de comunicao
Maximum Package Size Nmero de associaes simultneas

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DICOM: SOP de Imagem

! Nvel Paciente:

Identificao Dados Demogrficos Actividade central Identificao Tipo de modalidade Data/hora Detalhes do tipo de exame Detalhes do equipamento (parmetros)

! Nvel do Estudo:

! Srie

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DICOM: SOP de Imagem


! Nvel da Imagem

Informao da posio Informao relacionada com os parmetros de aquisio Dados relativos organizao Dados da imagem

! Modelo Completo:

Cada bloco Representa uma IE

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DICOM: SOP de Imagem


! Srie:

Organizao de imagens:
Relao temporal (ex:angiografia) Relao espacial (ex: CT)

Neste caso poder conter uma imagem de referncia Quando so aplicados algoritmos distintos de reconstruo, os resultados so guardados em sries distintas. Relativas a um rgo (ex: vrias vistas do intestino)

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DICOM: SOP de Imagem

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DICOM: SOP de Imagem


! Identificadores

Identificador do Paciente
RIS ou HIS

Identificador da SOP Instance


RIS ou HIS

Identificador do Study
RIS ou HIS fundamental que seja nico no RIS

Identificador da Srie
Primeira informao gerada pela

modalidade. Pode ser usado para estabelecer uma ordem nas sries de imagens

Identificador da Imagem
Igual ao UID da SOP

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DICOM: SOP de Imagem


! Representao dos dados de imagem ! Organizao Espacial

EsquerdaDireita Cima Baixo

! Representao de cada pixel

Codificao
Complementos de 2 Pixel Representation Data Element (0028,0103)

Nmero de Elementos por pixel


Podem ser vrios (canais de cor, planos, etc.) Definido pelo Pixel Sample Value

Organizao de cada valor


Bits Alocated (0028,0100) Bits Stored (0028,0101) High Bit (0028,102)

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DICOM: SOP de Imagem


! Representao dos dados de
imagem ! Sintaxe de Transferncia

OW (Other Word String) Packed

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DICOM: SOP de Imagem


! Exemplo (retirado do captulo 5 da norma):

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DICOM: SOP de Imagem


! Representao em memria e byte stream

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DICOM: SOP De Imagem


! Organizao dos dados:

Outras organizaes para imagens com compresso so definidas no captulo 5 da norma. Existem organizaes especficas para (Cap. 5):
RLE JPEG JPEG lossless JPEG-LS JPEG2000

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DICOM: Arquivo
! Modelo

Physical Media Layer: dimenses, propriedades fsicas e mecnicas, propriedades de gravao, etc. (CDR,etc.) Media Format Layer: organizao das bit streams em estruturas especficas; estruturas de directorias etc. DICOM Data Format Layer
DICOM Media Storage SOP e IODs

relacionados Formato de ficheiro DICOM Formato de ficheiro seguro DICOM DICOM Media Storage Directory SOP e IODs DICOM Media Storage Application Profiles DICOM Security Profiles

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DICOM: Ficheiros
! Media Storage Service Classe

Media Storage Roles


FSR File Set Read FSU File Set Update FSC File Set Creator

Media Storage Services


M-READ M-WRITE M-DELETE M-INQUIRE FILE SET M-INQUIRE-FILE

Media Storage SOPs

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DICOM: File Services


! FILE-ID:

Identificador do ficheiro que ter que ser nico no File-Set. ID composto por 1 a 8 caracteres do seguinte conjunto: {A-Z,1-0,_} O ID DICOMDIR um nome reservado para um ficheiro que descreve o File-Set A organizao pode ser como no DOS (directorias, sub-directorias). A path como no DOS: SUBDIR1\SUBDIR2\IMDICOM O FileID de um dado ficheiro composto pela Path completa. Um FILE-SET corresponde a um conjunto de ficheiros que partilham um espao de nomes no qual cada ID de ficheiro nico. Cada FILE-SET dispe de um ficheiro DICOMDIR.

! FILE-SETS:

! Servios

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DICOM: Ficheiros
! Formato de Ficheiro ! Ficheiro

1 Header DICOM (FMI) 1 Instncia de SOP

! Sintaxe de Transferncia do Header


nica (tem que ser sempre legvel) O FMI deve ser transferido com Explicit VR Little Endian Transfer Syntax; UID=1.2.840.10008.1.2.1 (excepo os dois primeiros campos do Header) Em verses anteriores da norma era aplicado a Implicit VR Little Endian Transfer Syntax O data set transferido com a sintaxe definida no Header (UID)

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DICOM: Ficheiros
! Header ! Preambulo

! Prefixo:

128 bytes para informao especfica de implementao. No tem TAG No tem value length Caso no seja usado: 00h 4 bytes No tem TAG No tem value length DICM serve para reconhecer de que se trata de um ficheiro DICOM

! Nmero de bytes do File Meta Information


! File Meta Information Version


4 bytes Nmero de bytes no Meta File Information (permite estabelecer o nmero de bytes de informao privada no final do FMI). Offset para o incio do Data Set.

2bytes Indica a verso do header (compatibilidade com o Standard) Identificao do standard de 2003: bit 0 do 2 byte = 1

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DICOM: Ficheiros
! Header ! Media Storage SOP UID

Identifica a classe SOP no Data Set Identifica a instncia no data set Identifica a sintaxe de transferncia no data set Identificao da implementao que escreveu o ficheiro. Para efeitos de debugging. A verso da API usada para escrever o ficheiro

! Media Storage Instance UID

! Transfer Sintaxe UID

! Implementation Class UID

! Implementation Version Name

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DICOM: Ficheiros
! Header ! Source Application Entity Title

Identifica a aplicao que escreveu o ficheiro Identifica quem colocou informao privada no ficheiro A informao privada

! Private Information Creator UID

! Private Information

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DICOM: Ficheiros Exemplo


! Exemplo do Header (FMI-File Meta Information) de um ficheiro para
Medicina Nuclear em que a SOP transferida com sintaxe Explicit VR BIG Endian Transfer Syntax.

! Nota: Na norma 2003 (e posterior) a FMI transferida recorrendo

sintaxe Explicit VR Little Endian. Em normas anteriores, a sintaxe de transferncia era Implicit VR Little Endian.

! Neste exemplo, por uma questo de simplificao, considera-se que se


aplica a sintaxe Implicit VR Little Endian.

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DICOM: Ficheiros Exemplo FMI


char pream[128]; FILE fich; for (int i=0;i<128;i++) preamb[i]=0; fwrite(preamb, 128*sizeof(char), 1, fich); char prefix[4]; prefix[0]=D; prefix[1]=I; prefix[2]=C; prefix[3]=M; fwrite(prefix,4, 1, fich); 4 bytes VR implcito

Notas: Implicit VR Little Endian Transfer Syntax Assume-se que os campos opcionais no esto presentes116 bytes para Data Set
unsigned int tagGN=0x0200, tagEN=0x0000; unsigned long int valLen=0x02000000;//valor = 2 em 4 bytes fwrite(&tagGN, sizeof(tagGN), 1, fich); fwrite(&tagEN, sizeof(tagEN), 1, fich); fwrite(&valLen, sizeof(valLen), 1, fich); unsigned int val_ui=0x7400;//116 bytes fwrite(&val_ui, sizeof(val_ui), 1, fich);

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DICOM: Ficheiros Exemplo FMI

unsigned int tagGN=0x0200, tagEN=0x0100; unsigned long int valLen=0x02000000;//valor = 2 em 4 bytes fwrite(&tagGN, sizeof(tagGN), 1, fich); fwrite(&tagEN, sizeof(tagEN), 1, fich); fwrite(&valLen, sizeof(valLen), 1, fich); unsigned int val_ui=0x0100; fwrite(&val_ui, sizeof(val_ui), 1, fich);

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DICOM: Ficheiros Exemplo FMI

26 caracteres=0x1A

unsigned int tagGN=0x0200, tagEN=0x0300; fwrite(&tagGN, sizeof(tagGN), 1, fich); fwrite(&tagEN, sizeof(tagEN), 1, fich); char *valueCH=geraUID(); unsigned long int val_ui=strlen(valueCH);//26 bytes fwrite(&val_ui, sizeof(val_ui), 1, fich); fwrite(valueCH, strlen(valueCH), 1, fich);

unsigned int tagGN=0x0200, tagEN=0x0200; fwrite(&tagGN, sizeof(tagGN), 1, fich); fwrite(&tagEN, sizeof(tagEN), 1, fich); unsigned long int val_ui=0x1A00;//26 bytes fwrite(&val_ui, sizeof(val_ui), 1, fich); char *valueCH=1.2.840.10008.5.1.4.1.1.20; fwrite(valueCH, strlen(valueCH), 1, fich);

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DICOM: Ficheiros Exemplo FMI

! Sintaxe de Transferncia: UID=1.2.840.10008.1.2.2 (Explicit VR BIG Endian Transfer


Syntax)

! Implementation Class UID: gerar um identificador que identifique a API. Exemplo:


12345678 como sinnimo de DICOM-IM-DEI

! No so introduzidos os campos opcionais. ! A partir daqui ser o Data Set.

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DICOM: DICOMDIR
! DICOMDIR

Identifica um File-Set; cada File-Set tem que dispor de uma DICOMDIR uma directoria que facilita o acesso informao pelo recurso a informao mdica chave.

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DICOM: DICOMDIR
! Elementos Principais

Directory Entity (DE)


Agrupamento lgico de DRs

Directory Record (DR) Selection Keys (SK)


Chaves de Informao Mdica

! Directory Records
Referncia a uma Entitiy record de

nvel inferior. Selection Keys Referncia a um ficheiro do File-Set (FileID) Um mecanismo que permita realizar a ligao das DR

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DICOM:DICOMDIR
! Regras para a construo de DICOMDIR:

Cada DE de Nvel inferior ser referenciada por, no mximo, uma DR de nvel superior. (Hierarquia) Cada DR tem que pertencer a uma DE. (Hierarquia) Todos os ficheiros referenciados por DR pertencem ao mesmo File-Set. Se o DICOMDIR dispuser de um Directory Information Module, todos os ficheiros do File-Set tm que ser referenciados por um DR. Cada ficheiro do File-Set deve ser referenciado por, no mximo, uma DR.

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DICOM:DICOMDIR
! Exemplo:

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DICOM:DICOMDIR
! Relao entre DRs

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DICOM:DICOMDIR
! Estrutura Base

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DICOM:DICOMDIR

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DICOM:DICOMDIR
! Directory Record

Informao de gesto da lista


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DICOM:DICOMDIR
Identificao de tipo

Informao do Ficheiro
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DICOM:DICOMDIR
Informao do Ficheiro

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DICOM: DICOMDIR
! Exemplo:

Ficheiro Next DR Next DE


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DICOM: DICOMDIR

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