UNIVERSIDADE FEDERAL DO ESTADO DO RIO DE JANEIRO

CENTRO DE CIÊNCIAS BIOLÓGICAS E SAÚDE - CCBS

INSTITUTO BIOMÉDICO - IB
BIOMEDICINA BACHARELADO

Trabalho Teórico de Biologia Molecular:

DUPLICAÇÃO GÊNICA

Grupo 5: Ana Luiza Pereira, Henry Aguiar, Leticia Jung. Luana Martins e Renato Romero.

Docente: Eduardo Nogueira.

Rio de Janeiro
 2023

O QUE É UM GENOMA, COMO O DNA SE ENCONTRA DENTRO DE UMA

CÉLULA?

Genoma é toda a informação hereditária de um organismo contida em grandes

moléculas de Ácido Desoxirribonucleico, DNA, (embora alguns vírus tenham apenas RNA
no lugar) formadas por quatro monômeros de ácidos nucleicos que se diferenciam
dependendo de qual base nitrogenada eles apresentam, Adenina, Timina, Guanina e Citosina
(Uracila substitui a Timina no RNA). O genoma é muito importante para todas as funções da
célula, pois ao responder a determinados estímulos que a célula sofre ele comanda a produção
de diferentes proteínas e enzimas, como também dita desta forma a duplicação da mesma.

O DNA está localizado no núcleo celular, lá ele se organiza em cromossomos, um

amalgama do material genético com diferentes proteínas. O genoma tem tamanho e número
variados dependendo da espécie, embora sempre sejam moléculas grandes e muito
complexas. Porém salienta-se que a maioria dos procariotos é haploide, tem apenas um
cromossomo, que se organiza de forma circular e não está delimitado por um núcleo; já os
eucariotos são diploides, com várias duplas de cromossomos, organizados em uma estrutura
linear e delimitados por um núcleo.

A maioria das proteínas associadas ao DNA está lá para compactar a grande molécula,
para que ela possa caber no núcleo, porém esse compactamento também é uma forma de
controlar quais partes do genoma estão ativas, quais serão ou não transcritas em RNA
mensageiro. O complexo DNA-proteína é denominado Cromatina e as principais proteínas
em que o material genético se enrola são as Histonas, sua função e proeminentemente
estrutural, elas se enovelam no cromossomo como se o mesmo fosse uma linha de barbante
em um carretel, o material genético se enrola em diversas histonas (formando uma espécie de
corda com pontos) e em seguida as histonas se enrolam nelas mesmas. Para uma comparação
de importância, todo o material genético humano alinhado resultaria em uma única linha com
aproximadamente dois metros de comprimento, porém ao serem enovelados e compactados
eles chegam a apenas cinco micrometros de diâmetro.

Os ácidos nucleicos são formados por um ácido fosfórico, um carboidrato de cinco

carbonos e uma base nitrogenada. No DNA esses monômeros se subdividem em purinas e
pirimidinas, com dois e um anéis respectivamente, sendo que essa organização e as interações
intermoleculares (pontes de hidrogênio) entre as duas fitas são essenciais para a manutenção
da estrutura de alfa-hélice do material genético. Cada pirimidina se pareia com uma purina de
diferentes formas (as Guaninas fazem três pontes de hidrogênio com as Citosinas e as
Adeninas fazem duas pontes com as Timinas).

Sendo assim, é possível que haja algum emparelhamento incorreto, porém existem
diversos mecanismos para consertar possíveis erros. Algumas enzimas na síntese do material
genético trabalham para corrigir os erros logo no início, como a própria DNA Polimerase,
enquanto outras enzimas trabalham para corrigir erros tanto na pós síntese, para corrigir
mutações.

A imensa cadeia de DNA se liga através de ligações fosfodiéster, onde o fosfato

ligado ao carbono 5 do carboidrato e a hidroxila do carbono 3, sendo que as duas cadeias são
ligadas inversamente, seus sentidos são opostos, com uma organização antiparalela. Essa
ordem na organização das ligações fosfodiéster vai ser muito relevante na duplicação genica.
Também, com base nesse emparelhamento e ligações, refere-se a uma cadeia polinucleotídica
como estando em um sentido 5’3’ ou 3’5’.

Duplicação Genica: Pilar das mutações e evolução dos eucariotos

A duplicação gênica são quaisquer duplicações de partes do DNA, não ele inteiro, suas
origens são várias elas podem vir de erros no alinhamento, de recombinações homólogas, de
eventos de retrotransposição ou até mesmos de duplicações de um cromossomo inteiro,
muitas são suas possíveis origens. Mas em todo caso elas são responsáveis por mutações
estruturais que podem ou não continuar ativas ou desempenhar uma diferente função, para o
benefício ou malefício do portador
Em grande parte dos organismos os genes podem ser agrupados em famílias gênicas, grupos
baseados em estrutura, função, dentre outras similaridades. A formação de tais famílias
gênicas teve seu início com as Duplicações Gênicas.
A duplicação gênica é um mecanismo que aumenta o material genético, sendo que é
relacionada como um importante fator nos estudos acerca da evolução de eucariotos. Em
teoria um ancestral comum começou a fazer a duplicação gênica, resultando em um aumento
da diversidade genética de seus descendentes, caso contrário ele teria de ter todos os
componentes genéticos observados na diversidade de organismos atuais, o que é muito
improvável.
As novas funções derivadas desse fenômeno vêm, em sua maioria, da reutilização de
um material genético preexistente, sabemos disso por proteínas conservadas comparadas com
as de diversos organismos atuais ou ancestrais. Porém, a duplicação apenas replica uma parte
do material genético, logo as possíveis novas funções vêm da dinâmica de se ter um gene
repetido. Se há mais de um gene, um deles é redundante, umas das cópias está livre, assim
uma cópia pode continuar desempenhando suas funções enquanto a outra acumula mutações
que podem, ou não, vir a serem decisivas para a sobrevivência do portador.
Mesmo assim, ter mais de uma cópia de um gene apenas pela chance dele em algum
momento desenvolver uma função útil é custoso. Porém em alguns casos é fácil de identificar
a vantagem, principalmente nos organismos com múltiplas cópias de um gene que ao
desempenharem a mesma função, está se tornando mais efetiva. Um exemplo, indivíduos da
espécie Culex pipiens, com o gene da dosagem da proteína esterase duplicada, apresentam
maior resistência a inseticidas (Guillemaud et al,1999). Outra vantagem que cobriria o custo é
a proteção contra mutações e perturbações ambientais, se um estiver muito comprometido
tem outro para substituir.
Contudo, é observado que os genes duplicados precisam estar diferenciados em algum
grau para serem mantidos por seleção natural. Como uma das cópias será redundante, sem a
necessidade de assumir sua função original, ela poderia sofrer uma neofuncionalização que
poderia gerar um novo fenótipo
Para que ocorra a neofuncionalização, o duplicado tem de adquirir a função
divergente e se fixar antes que se torne um pseudogene. Como a maioria das mutações que
afetam o fitness são deletérias e os genes duplicados redundante, quase todas as cópias serão
destinadas a degeneração, embora alguns estudos tenham sido contrários a essa afirmação,
defendendo uma elevada taxa de retenção das cópias.
Foi proposto o modelo de sub funcionalização, em que mutações deletérias ocorreriam
em diferentes zonas dos dois duplicados, logo desenvolve-se uma complementação, com
ambas as cópias passando a ser necessárias para o organismo (Force et al, 1999). O modelo
seria a defesa para elevadas taxas de retenção de cópias, pois assim as cópias poderiam ser
mantidas por seleção natural, podendo durar tempo o suficiente para desenvolver ou não uma
neofuncionalização.
Em resumo uma duplicação genica pode resultar em uma cópia sem função que será
degenerada se tornando um pseudogene, em uma neofuncionalização ou em copias que
dividirão uma função entre si, em uma codependência. Sendo que as cópias da duplicação
gênica costumam durar mais com genes pleiotrópicos, que possuem controle sobre várias
características.
 As duplicações gênicas foram cruciais para evolução dos vertebrados, os genes Hox,
por exemplo, codificam fatores de transcrição essenciais para a especificação do destino
celular no desenvolvimento embrionário. Os genes Hox ocorrem em clusters, e a presença de
quatro clusters em vertebrados, em comparação com um único em invertebrados, sugere dois
eventos de poliploidização no início da linhagem dos vertebrados.

Comparando o número de genes entre vertebrados e invertebrados, observa-se que os

vertebrados geralmente possuem mais genes, especialmente nas famílias gênicas envolvidas
no desenvolvimento. A expressão de genes duplicados desempenha um papel importante no
desenvolvimento do plano corporal dos vertebrados, com muitas estruturas específicas
marcadas por essa duplicação.

Para demonstrar um pouco mais da importância da duplicação gênica para nossa

evolução até como somos hoje podemos citar o exemplo da classe FoxP, que é composta por
fatores de transcrição que são cruciais para o desenvolvimento dos vertebrados, contendo
quatro genes (de FoxP1 a FoxP4) em mamíferos. E que são diferentes em invertebrados que
possuem apenas um gene ortólogo. Esse fato sugere que a presença dos quatro genes em
mamíferos surgiu por meio de duplicações gênicas após a divergência de vertebrados e
invertebrados. E cada gene da classe FoxP se especializou em desempenhar diferentes
funções, porém importantíssimas para o nosso organismo. FoxP1 regula genes relacionados a
macrófagos e células B, além de ajudar na supressão de tumores, enquanto o FoxP2 é
fundamental para o desenvolvimento cognitivo e cerebral. O FoxP3 tem papel no
desenvolvimento das células T reguladoras. Já o FoxP4 é necessário para o pleno
desenvolvimento de diversos órgãos, como do intestino e dos pulmões. Sem essa classe de
fatores de transcrição produzidos por meio de duplicações gênicas ao decorrer da evolução da
nossa espécie seriamos um organismo completamente diferente do que somos hoje.

DNA POLIMERASE: PRINCIPAL PILAR DA REPLICAÇÃO

O DNA é uma molécula enorme e muito complexa, sua replicação precisa ser muito
precisa e fiel para garantir a estabilidade da nova fita, além disso, a replicação precisa ser
rápida, o DNA tem o comprimento de bilhões de bases nitrogenadas, a replicação de tudo
isso precisa ser feita rapidamente de outra forma seria inviável para maioria das células que
se replicam em horas ou ate mesmo minutos.

A DNA Polimerase é a principal enzima que replica o DNA e ela realiza essa façanha
com muita precisão e velocidade. A enzima tem dois substratos um sendo a junção iniciador-
molde (porção de ácido ribonucleico, com parte dupla fita conjugada a uma parte de fita
simples) e outro substrato estando na forma de desoxinucleotídeos livres ligados a três
fosfatos (em uma configuração muito parecida com a do ATP, só que com uma desoxirribose
e podendo ter qualquer base nitrogenada que um DNA possa precisar não só a Adenina).

A junção iniciador-molde se liga a fita de DNA previamente desassociada de

proteínas e da sua contraparte, este substrato também é capaz de garantir que houve um
pareamento correto entre os pares de base. Conforme a DNA Polimerase vai andando na fita,
os desoxinucleotídeos livres ligados a três fosfatos, são os que vão de base em base
compondo a nova cadeia, com a quebra da ligação entre os fosfatos, com uma nova base na
cadeia e um pirofosfato liberado.

Como os nucleotídeos estão livres no meio, a enzima garante que o correspondente

seja inserido na nova fita através do pareamento correto entre as bases, já que a velocidade de
incorporação de um nucleotídeo incorreto é dez mil vezes mais lenta, a enzima depende
muito do pareamento com a outra base não só para que haja a duplicação correta, mas
também para facilitar que as ligações fosfodiéster aconteçam. Outro mecanismo da DNA
Polimerase, e a capacidade de discernir entre riboses e desoxirriboses, não inserindo a
primeira na fita, pois o oxigênio estra dos RNAs os impossibilita de se ligarem ao sítio da
enzima, mesmo que as bases pareiem corretamente, caso a ligação ainda persista, ela será mil
vezes mais lenta.

Dentro do sítio de replicação da DNA Polimerase há um espaço físico onde os

desoxinucleotídeos livres ligados a três fosfatos se ligam para que sejam colocados como
próximo nucleotídeo na fita, porém caso a base nitrogenada não seja a correspondente, não
haverá um emparelhamento correto consequentemente o desoxinucleotídeos livre estará em
uma posição diferente da ideal, o que diminui muito a velocidade de ligação. De uma forma
muito similar a DNA Polimerase distingue Riboses das Desoxirriboses. Dentro deste mesmo
sítio há um grupo de aminoácidos discriminatórios, que reagirão com o oxigênio a mais da
ribose e deixarão a molécula em uma posição desfavorável dentro do sítio da enzima.

A DNA Polimerase é dividida em três domínios com funções distintas, como a forma
da enzima se assemelha a de uma mão direita os domínios são nomeados de acordo; domínio
do polegar, da palma e dos dedos.

No domínio da palma é onde está o sítio ativo da enzima, onde o DNA e sintetizado.
Como os desoxinucleotídeos livres estão ligados a três fosfatos eles têm uma carga muito
negativa, para balancear isso, no sítio ativo da enzima há um íon magnésio. A formação do
oxianion na hidroxila do carbono 3’, que vai possibilitar a ligação fosfodiéster, também é
estimulada por um íon magnésio. O domínio da palma faz suas ligações de forma não
especifica, dependendo do correto pareamento entre as bases. Porém, caso haja um erro no
pareamento, a molécula vai perdendo a afinidade com a enzima, assim quando a molécula se
desliga do sítio de replicação ela rapidamente se liga ao sítio de revisão de leitura, no próprio
domínio da palma. Quando a fita de DNA com o pareamento incorreto vai para o sítio de
revisão, este simplesmente irá retirar o último nucleotídeo pareado, que se tudo estiver de
acordo será o que está pareado de forma incorreta.

Geralmente há apenas um erro por cem mil nucleotídeos incorporados, com a ação
exonuclease do sítio de revisão essa probabilidade diminui ainda mais.

O domínio dos dedos estimula a catalise, caso o nucleotídeo pareie corretamente

alguns aminoácidos interagem com estes para estabilizar as cargas negativas devido os
fosfatos, de maneira similar aos íons magnésio presentes na palma.

O domínio do polegar faz com que o substrato se encaixe corretamente no sítio ativo.
ele garante que apenas um único nucleotídeo esteja presente no sítio ativo, ditando uma
ordem e velocidade para a replicação. Paralelamente ele também auxilia para que várias
ligações fosfodiéster sejam feitas de forma constante, novamente ditando a velocidade da
replicação.

DNA Helicase é a responsável por ativar a DNA polimerase depois que ela já está
posicionada na junção iniciador-molde, ela estimula a atividade da primase, e essa irá
estimular a atividade da polimerase. Esta promove a abertura da dupla hélice do DNA
desassociando as pontes de hidrogênio entre as bases nitrogenadas e permitindo que a
replicação aconteça, a enzima vai “caminhando” em qualquer pela dupla fita separando-a
continuamente em duas fitas simples, a polaridade da enzima que dá a ela a capacidade de
andar por toda a extensão da fita.

FORQUILHAS DE REPLICAÇÃO

O DNA é uma dupla fita de nucleotídeos, na duplicação essas fitas têm de se

desassociar uma da outra para que a DNA Polimerase se ligue a elas e comece uma nova fita,
isso também significa que duas fitas são duplicadas ao mesmo tempo.
 Como já dito antes são atribuídos sentidos as fitas de DNA, relacionados as ligações
fosfodiéster, como o genoma dos eucariotos se dispõe de uma forma linear significa que em
uma extremidade da fita há um carbono 5 livre e na outra extremidade uma hidroxila ligada
ao carbono 3 da pentose também livre. Desta forma assim que a forquilha separa as bases a
replicação de DNA acontece de formas diferentes em cada uma delas, as dividimos em ‘fita
livre’ e ‘fita tardia’.

A fita líder está no sentido 5’3’, ela é sintetizada continuamente, pois ela esta no
mesmo sentido da replicação. Já a fita tardia está no sentido 3’5’, ela é sintetizada em partes,
pedaço por pedado, pois está no sentido oposto ao da replicação, essas sessões de
replicamento de DNA da fita tardia são conhecidas como fragmentos de Okasaki. Os
fragmentos variam de tamanho dependendo se o organismo for um procarioto, com cada
fragmento tendo de mil a dois mil pares de base, e se for um eucarioto, onde os fragmentos
têm de duzentos a quatrocentos pares de base.

A Primase é uma enzima que sintetiza e liga na fita de DNA, já desassociada um

pequeno trecho de RNA, dando a junção iniciador-molde que a DNA Polimerase precisa para
iniciar a replicação. A primase é uma RNA Polimerase especial, não precisam da junção de
um iniciador molde. Logo entendesse que enquanto a fita líder tem um único iniciador a fita
tardia tem vários, um para cada fragmento de Okasaki.

O material genético humano é uma grande molécula constituída apenas por Ácido
Desoxirribonucleico, não pode haver RNA misturado. Logo as junções iniciador-molde
inseridas pela Primase precisam ser retiradas da molécula. Sendo assim, a RNAse H é a
responsável por localizar e degradar o iniciador de RNA. Após há uma curta ação da
exonuclease 5’ que degrada apenas a última base de RNA que faz ligação fosfodiéster com o
primeiro nucleotídeo que a DNA polimerase adicionou, já que a RNAse H não consegue
degradá-lo por estar ligado a uma base de DNA. Ao fim há a ação uma DNA Polimerase mais
lenta, para replicar o pedaço faltante. Porém o último nucleotídeo não vai conseguir fazer
uma ligação fosfodiéster sozinho com a próximo já sintetizado, se faz necessário que a DNA
ligase use a energia de uma molécula de ATP para ligar a cadeia recém-replicada com a
próxima.

A DNA-helicase é uma enzima processiva que possui polaridade e que tem como
função abrir a fita de DNA. Ela determina a direção da replicação do DNA. Essa enzima
interage com a primase, estimulando sua atividade.
 Devido ao fato do DNA tender a ficar em forma de dupla fita se tornam necessárias as
SSB (proteínas ligadoras de simples fita) durante a replicação. As SSB interagem com o
DNA por meio de interações eletrostáticas com o esqueleto de fosfato. Essas proteínas
possuem uma ligação cooperativa, permitindo uma ligação em cadeia, onde uma ligação
estimula uma nova em um trecho adjacente. Dessa forma elas mantêm o DNA alongado.

A topoisomerase é outra proteína importante que atua a frente da forquilha de

replicação desfazendo os laços que se formam nas fitas de DNA.

O grampo deslizante é uma proteína que interage com proteínas da compactação e

proteínas do reparo dos fragmentos de okasaki. Sua principal função é aumentar a
processividade da DNA-polimerase, ao evitar que a DNA-polimerase se desligue do
substrato. A proteína carregadora de grampo utiliza um ATP e coloca o grampo no DNA que
está sendo replicado.

Em bactérias há a holoenzima DNA-polimerase 3 que interage com a proteína

carregadora de grampo e com duas DNA-polimerase 3, o que forma um mecanismo que
permite que as duas fitas sejam replicadas ao mesmo tempo e na mesma direção. Por conta do
movimento que esse mecanismo produz ele é chamado de “modelo trombone”.

INICIAÇÃO DA REPLICAÇÃO DO DNA

A replicação começa na origem de replicação e constitui um replicon. Já a sequência

para ligação da proteína iniciadora constitui um replicador.

Os replicadores podem variar em tamanho de organismo para organismo. Mas o que

eles têm em comum são os vários sítios onde as proteínas iniciadoras se ligam e sítios locais
onde se começa a formação do DNA simples fita.

A proteína iniciadora reconhece a origem de replicação e liga-se a ela, desenrola o

DNA e recruta as outras proteínas envolvidas na replicação do DNA. Em bactérias ela se
chama DnaA e em eucariotos chama-se complexo de reconhecimento de origem (ORC).

REGULAÇÃO DA REPLICAÇÃO EM BACTÉRIAS

Em bactérias a adenina é metilada pela Dam metilase e quando a replicação se inicia a

fita recém-sintetizada demora um pouco para ser metilada, pelo DNA estar m-metilado. Isso
ajuda a garantir a próxima replicação. A proteína Seq A bloqueia o sítio de iniciação,
impedindo que a DnaA (proteína iniciadora) se ligue ao sítio. Após o término de um ciclo a
Dam metilase metila a adenina novamente e se inicia um novo ciclo de replicação.

REGULAÇÃO DA REPLICAÇÃO EM EUCARIOTOS

Pelo DNA dos eucariotos ser muito maior do que de procariotos, impossibilita que o
DNA seja todo copiado de uma só vez, diferindo então dos procariotos. Em eucariotos o
complexo ORC se liga em uma fase do ciclo e fica ativo, dando início a replicação em outra
fase do sítio. Ele reconhece e é montado na fase G1 e dá início a replicação na fase S (fase de
síntese do DNA). A regulação ocorre pelas proteínas recrutadas pelo complexo ORC
chamadas de Cd6 e Cd1 que são fosforiladas pelas CdKs. Ao serem fosforiladas elas
desligam-se do complexo ORC, ativando o complexo ORC que recruta as outras proteínas
envolvidas na síntese do DNA (primase, DNA-helicase, proteína carregadora de grampo,
DNA-polimerase, grampo deslizante).

Dessa forma o complexo ORC é regulado pela atividade das proteínas CdKs. Quando
em baixa atividade de CdKs há a formação de novo complexo pré-replicativo, mas não há
ativação dos complexos pré-replicativos. Quando há alta atividade de CdKs ocorre a inibição
de novos complexos pré-replicativos e a ativação de complexos pré-replicativos já existentes.
Na fase G1 as CdKs estão baixas, logo é a fase em que os complexos pré-replicativos são
montados. Enquanto na fase S, na fase G2 E na fase M os níveis de CdKs estão elevadas, o
que permite que os complexos montados na fase G1 sejam ativados, quanto a formação de
novos complexos é inibida. Ao voltar a fase G1 os níveis de CdKs caem e um novo ciclo se
inicia.

TÉRMINO DA REPLICAÇÃO

A topoisomerase 2 permite o desenlace das 2 moléculas de DNA recém-sintetizadas.

No término da replicação a telomerase que possui seu próprio RNA molde funciona como
uma polimerase e estende a extremidade 3’ do telômero, o seguimento do DNA adicional da
extremidade 3’ atua como um molde para um novo fragmento de okazaki. Para a regulação
do telômero proteínas se ligam a sequências de fita dupla e inibem a telomerase.

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