unlversldade lederal da aralba

CenLro de Clnclas LxaLas e da naLureza

ueparLamenLo de lnformLlca
rograma de sCraduao em lnformLlca Cl
ulsclpllna Arqu|tetura de Computadores
rofessor A||sson 8r|to
erlodo 20112

Aluna Andrea Iernanda

kesenha 09 Arqu|teturas reconf|gurve|s
kefernc|a
uollas A keconf|gurab|e Arch|tectures for 8|o|nformat|cs App||cat|ons vLSl (lSvLSl) 2010 lLLL
CompuLer SocleLy Annual Symposlum on 2010
1


Arqu|teturas reconf|gurve|s para ap||caes em
b|o|nformt|ca
8rev|ss|ma Introduo 8|o|nformt|ca
C unA (eoxytlbooclelc fclJ) e uma esLruLura blolglca que carrega a lnformao geneLlca dos
seres vlvos ConslsLe de uma sequncla de pares de bases nlLrogenadas responsvel pela codlflcao de
8nA (lbooclelc fclJ) e proLelnas se[am esLruLurals ou funclonals (enzlmas) que faro parLe do
organlsmo do lndlvlduo exercendo dlversas funes blolglcas As proLelnas por sua vez so formadas
por uma sequencla de amlnocldos com esLruLura Lrldlmenslonal deflnlda aps o dobramenLo de sua
cadela roLelnas malformadas por consequnclas de muLaes geneLlcas acarreLam dlversas doenas
que Lm sldo alvo de esLudo h mulLas decadas pelas clnclas medlcas e blolglcas
2

C unA humano e exLenso formado por 23 pares de cromossomos sendo que o malor
cromossomo possul 220 mllhes de pares de bases nlLrogenadas o que e um volume consldervel de
lnformao que preclsa ser mapeado e esLudado sem falar na necessldade de esLudos de unA de
ouLras especles para apllcaes em agrlculLura e pecurla com flns de melhoramenLos geneLlcos
Apllcaes em blolnformLlca requerem em geral slsLemas de alLo desempenho e flexlbllldade
para processamenLo de anllses e comparao de sequnclas de amlnocldos (ou bases) lnferncla do
dobramenLo de proLelnas e suas funes fllogeneLlca processamenLo de esLaLlsLlcas sobre grandes
volumes de dados eLc

Arqu|teturas reconf|gurve|s
Alguns algorlLmos para blolnformLlca 8LAS1
3
(para allnhamenLo de sequnclas) ocket e
lteJotot para predlo de esLruLuras secundrlas e o meLodo 8AxML para esLlmaLlva de rvores
fllogeneLlcas Lm sldo lmplemenLados com Lecnologla de arqulLeLuras reconflgurvels Segundo o
auLor melhorlas expresslvas nos resulLados Lem ocorrldo em relao a arqulLeLuras de processadores

1
hLLp//leeexploreleeeorg/xpl/freeabs_all[sp?arnumber3372749
2
hLLp//wwwcbloLufrgsbr/blolnfo/02blolnfo_2203pdf
3
8LAS1 8aslc Local AllgnmenL Search 1ool (hLLp//blasLncblnlmnlhgov/8lasLcgl)
de propslLo geral C arLlgo porLanLo se LraLa de uma exposlo das caracLerlsLlcas das arqulLeLuras
reconflgurvels para blolnformLlca com exemplos especlflcos e esLudo de caso
A segulr uma llsLa com as prlnclpals vanLagens de arqulLeLuras reconflgurvels etsos
Lecnologla de processadores de propslLo geral
O aralellsmo vlrLualmenLe lllmlLado
O otopotbs arblLrarlamenLe longos por exemplo o algorlLmo 8LAS1 pode receber
cadelas para comparao/allnhamenLo de cerca de 1000 a 10000 elemenLos de um
alfabeLo de 4 ou 20 slmbolos Llas so comparadas llnearmenLe com ouLras em bancos
de dados aps serem quebradas em sequnclas menores (wmers) de 3 a 100
caracLeres 1als Jotopotbs podem ser facllmenLe lmplemenLados usando lCA
4
com
uma granularldade compleLa sobre o processamenLo dos elemenLos necessrlos
O Conexes dlreLas faclllLam a comunlcao lnLerna enLre os elemenLos em
processamenLo
O AumenLo de desempenho da ordem de 10x a 1000x
O Consumo de energla reduzldo apesar de aumenLo no desempenho
O Comparando com vLSl cu[o Jotopotb pode ser arblLrrlo vLSl
3
Lem malor
desempenho sobre lCA (10x) enLreLanLo oferece menor flexlbllldade pols no
permlLe redlmenslonamenLo do slsLema

ArqulLeLuras reconflgurvels realmenLe se mosLram uma excelenLe opo para o ramo da
blolnformLlca sendo forLemenLe adequados para lmplemenLao de Jotoceotets em cenLros de
pesqulsa na rea em relao a arqulLeLuras de propslLo geral
Apllcaes em blolnformLlca requerem mulLo poder compuLaclonal para o processamenLo dos
dados pols alem da quanLldade de lLens nas sequnclas comparvels (unA (bases) proLelnas
(amlnocldos)) h ouLras lnformaes a conslderar no processamenLo de dados como a dlsLrlbulo
espaclal dos Lomos das moleculas das bases dos amlnocldos (ngulo e dlsLncla enLre as llgaes
qulmlcas) a densldade eleLrnlca eLc que exercem lnfluncla nas esLruLuras do prprlo unA e
proLelnas resulLanLes P casos em que se esbarra em problemas de complexldade de Lempo
Alnda h macromoleculas de ouLra naLureza alem de unA/8nA e proLelnas que se orlglnam a
parLlr de reaes de blosslnLese e que so alvo de esLudos clenLlflcos



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