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Mutaciones inducidas
Mutgenos por radiacin, qumicos y biolgicos Importancia de la mutagnesis en la investigacin biolgica
Mutaciones gnicas
Tipos fundamentales Mecanismos de reparacin del DNA
Mutaciones genmicas
Cambios en la estructura cromosmica Cambios en el nmero de cromosomas
Mutaciones y Mutantes
Recombinacin: combinacin de variantes allicas preexistentes originando una nueva Otros: secuencias mviles, retrovirus, mecanismos endgenos, etc
Carcter de la Mutacin
A principios del siglo XX una pregunta candente era: Las mutaciones producen variaciones azarosas que son luego sustrato de seleccin (Darwinismo) o la presin externa -el medio ambiente- induce la generacin de adaptaciones heredables (Lamarckismo)? Luria y Delbrck (1943): Test de fluctuacin.
a. Una poblacin de E. coli iniciada a partir de una nica clula (clonal) mostrar diferentes patrones de acumulacin de mutaciones (resistencia a T1) dependiendo de qu modelo sea el correcto. i. La teora adaptativa dice que las bacterias son inducidas a generar resistencia a T1 slo cuando el fago esta presente. Entonces, la proporcin de resistentes deber ser la misma para todos los cultivos con el mismo background gentico. ii. La teora mutacional dice que eventos azarosos confieren resistencia al fago T1, independientemente de si ste est presente o no. Entonces, los cultivos mostrarn diferencias en el nmero de resistentes, dependiendo de cundo ocurri la mutacin (o mutaciones) responsables de la resistencia. b. Luria and Delbrck observaron nmeros fluctuantes de resistentes, lo cual indica que el modelo mutacional es el correcto.
Mutaciones adaptativas
Medio no selectivo
Medio selectivo
Idem patrn
MUTACIONES
Cambio azaroso y heredable a nivel de secuencia de DNA de un organismo Puede involucrar desde una sola base hasta alteraciones cromosmicas Ocurren en cualquier clula en organismos multicelulares mutaciones somticas vs germinales Ocurren a frecuencias constantes, dependiendo del sistema tipo celular, background gentico (genes mutadores) mutgenos, inductores de stress Se cuantifican de distintas maneras Se seleccionan de distintas maneras medios selectivos (antibiticos, T, etc.) reversin de auxotrofas Test genticos en eucariotes multicelulares Importancia clave en el entendimiento de las bases de los procesos biolgicos, en los mapeos fsicos de genomas y en el mejoramiento de especies.
Cuantificacin de Mutaciones
La tasa de mutacin es la probabilidad de ocurrencia de una mutacin particular en funcin del tiempo (e.g., nmero de mutaciones por gen por generacin). La frecuencia de mutacin es el nmero de veces que ocurre una mutacin particular en proporcin al nmero total de clulas o al nmero total de individuos en la poblacin (e.g., nmero de mutaciones por 100,000 organismos). Estos valores pueden variar por causas ambientales y/o genticas (activacin de trasposones, genes de reparacin, etc.)
a=
En medio slido
m d
m = N2 N1
a= tasa de mutacin m= nmero de mutaciones surgidas en el cultivo en el tiempo t d= nmero de divisiones ocurridas en ese tiempo t N= nmero de clulas
Eventos de mutacin n de mutantes Si se hace en cultivo lquido hay que hacer correcciones
Contar nmero de mutantes (y en rplicas que no fueron sometidas al fago, contar el nmero de clulas totales) La tasa de mutacin se saca experimentalmente y depende del tamao, secuencia del gen, secuencia de aa y estructura tridimensional del producto del gen que se est mutando. Tasa de mutacin espontnea para cada gen: 10-6-10-8
tiempo
Deteccin de Mutaciones
Mtodos simples Observacin de fenotipo (Ploida dificulta el anlisis) color de ojos o forma de alas en Drosophila pigmentacin de colonia en hongos o bacterias morfologa de playas de lisis en bacteriofagos, etc. Auxotrofas pueden detectarse por replica plating Mutantes condicionales (T) se rastrean por replica plating Fenotipos extremos (vida muerte) permiten rastrear resistencia a drogas o mutgenos.
Mtodos de enriquecimientos de mutantes. Agentes selectivos (seleccin positiva o negativa) Tcnica de enriquecimiento por penicilina (bacterias) Tcnicas genticas de deteccin de mutantes letales (Drosophila) Mutantes condicionales
MUTACIONES
Por alteracin espontnea de ciertos nucletidos que lleva a un apareamiento equivocado (Tautomerismo, desaminacin, depurinacin, etc.)
Espontneas
Errores en la replicacin: ocurre con alta frecuencia pero existen mecanismos de correccin Trasposones
Inducidas
Mutagnesis dirigida
Mutaciones espontneas
1. 2. 3. 4. 5. Baja tasa de ocurrencia Frecuencia depende del gen en estudio, de la constitucin gentica del organismo y del ambiente En general son corregidos por maquinarias celulares Los errores ocurridos durante la replicacin del DNA pueden ser puntuales o involucrar pequeas inserciones y/o deleciones Los errores puntuales son debidos a wobbling por formas extraas de nucletidos
Cadena nueva
Mecanismos de sntesis Mecanismos de reparacin de baja fidelidad
T- - - A
C- - - G
T- - - G
C- - - A
A- - - G
T- - - C
MeC
T- - -A
MeCG
TA
Hot Spots
Regiones de 500-1000 bp ricas en CG (no Alu) Subrepresentadas en el genoma total Presentes en regiones promotoras, 5 UTR y alrededor del primer exn de ciertos genes (~60% promotores RNA Pol IIdependientes en mamferos) Metilacin correlaciona con silenciamiento (en mamferos, ocurre la inversa en Caenorhabditis) La 5-metilcitosina puede deaminarse espontneamente y formar una timina! (CGTG)
3) Spontaneous generation of addition and deletion mutants by DNA looping-out errors during replication
Generalmente en poliX
Distribucin de mutaciones
exones 5`UTR 3`UTR
intrones
Distribucin de mutaciones
MUTACIONES INDUCIDAS
Mutgenos qumicos y fsicos Mutgenos biolgicos: trasposones, virus Mutagnesis dirigida
Mutgenos son muy usados en investigacin gentica para incrementar la variabilidad: SE REQUIERE DE UN BUEN METODO DE RASTREO (SCREENING) DE MUTANTES
Screening de mutantes
Tipos de Mutgenos
Radiaciones
Ionizantes (x ej, rayos X)
Penetrantes Rompen uniones covalentes en DNA Causa principal de aberraciones cromosmicas Efecto acumulativo
Mutgenos qumicos
Naturales o sintticos. Se clasifican de acuerdo a su mecanismo de accin: 1) Anlogos de base: dependen de la replicacin para insertarse. Semejan bases nitrogenadas y son reconocidas por DNA polimerasas. Ej: 5 bromouracilo (5BU) Se asemeja a T y aparea con A En estado alterado, aparea con G y resulta en una transicin TA-a-CG. Si se incorpora en su estado alterado y luego cambia de conformacin, produce la mutacin inversa No todos los anlogos de base son mutgenos (AZT es un anlogo estable). 2) Agentes modificadores de bases: pueden inducir mutaciones en cualquier fase del ciclo celular Agentes deaminantes: x ej, HNO2 Agentes hidroxilantes: x ej, hidroxilamina (NH2OH) Agentes alquilantes: x ej, metilmetanosulfnico (MMS) 3) Agentes intercalatantes: molculas pequeas hidrofbicas, durante la replicacin causan la insercin de una base extra (al azar) en la cadena nueva o una delecin puntual si se incorporan durante la replicacin en vez de una base normal 4) Otros: Especies reactivas de hidrgeno, Sales metlicas, steres de cido fosfrico
Enzimas hepticas
Test simple, barato y cuantitativo para screenear potenciales carcingenos. Mide la frecuencia de reversin de cepas mutantes de Salmonella typhimurium
Mutaciones gnicas
Las mutaciones en regiones codificantes se definen de acuerdo a su efecto sobre el producto final. Los efectos pueden variar desde nulos a severos (non-sense, sitios de splicing, etc.)
Alelos mutantes
Alelo nulo: aquel que lleva a la ausencia del producto gnico normal (ej m6) o a la desaparicin fenotpica de la funcin normal (ej m2 y m3). Los alelos nuevos formados por mutacin pueden resultar en la prdida total o parcial de la funcin, o de la ganancia de ms funcin o incluso adquisicin de una nueva funcin a nivel proteico.
Reversiones
Una revertante es una cepa en la que se restaur el fenotipo silvestre que se haba perdido.
Revertantes
Tambin pueden ocurrir naturalmente o ser provocadas
Mutacin en otro gen que restaura el fenotipo silvestre produciendo la misma protena. Ej. : mutacin en genes de tRNA. Supresora informacional
Mutacin que produce una va metablica alternativa que permite el mismo fenotipo. Supresora por bypass
Revertantes
1. Mutaciones reversoras ocurren en el mismo sitio que la mutacin original: Cambian el genotipo desde un tipo mutante a uno wild type o muy parecido al wild type i. Una reversin al aa wt es una reversin real. ii. Una reversin a algn otro aa relacionado es una reversin parcial si restaura funcionalidad proteica 2. Mutaciones supresoras ocurren en sitios diferentes que la mutacin original mutation. a. Supresoras intragnicas: i. Un nucletido distinto es alterado, recuperando la funcin proteica. b. Supresoras intergnicas: i. En general funcionan afectando la traduccin del mRNA. ii. En general se da en tRNAs, de forma tal que en vez de producir terminacin traduccional insertan un residuo. iv. Debido a que los tRNAs son redundantes, la actividad del tRNA original no se pierde. v. La reversin de la funcionalidad proteica puede ser total o parcial. vi. Mutacin supresora acta sobre muchos genes, pero esto no es tan dramatico porque muchos genes tienen mltiples codones STOP en tandem de naturaleza distinta (e.g., UAGUGA).
Mechanism of action of an intergenic nonsense suppressor mutation that results from mutation of a tRNA gene
1) Mecanismos preventivos
Detoxificacin por superxido dismutasa
Convierte radicales superxido en agua oxigenada que luego es captada por la enzima catalasa y transformada en agua.
Detoxificacin por gen mutT Oxidacin de dGTP da formacin de 8-oxo G triP que aparea con A en lugar de C. Gen mutT desfosforila el 8-oxo dG triP inhibiendo su incorporacin al DNA.
3) Mecanismos reparativos
Por escisin
Roturas de enlace fosfodister a ambos lados de la lesin (5-30 bp). Sntesis reparativa usando de molde la hebra complementaria y ligacin.
Reparacin de TT no dependiente de luz (NER) 1) En E. coli, un complejo de 2 UvrA y 1 UvrB se unen al DNA y lo escanean buscando dimeros de pirimidina y otros agentes de distorsin de DNA. Al encontrarlo, UvrA se disocia y es reemplazada por UvrC, que corta a 48 nucleotidos 3 y 5 de la lesin. 3) UvrB se disocia y UvrD une extremos 5 libres. Por ser una helicasa, UvrD promueve la liberacin del pequeo ssDNA mientras la DNA polimerasa I y la DNA ligasa rellenan y resellan el gap
2)
3) Mecanismos reparativos
Por escisin especfica: lesiones sutiles que no generan distorsin Vas mediadas por glucosidasas (rompen enlaces base-azcar y generan sitio AP)
Uracilo, hipoxantina, bases alquiladas
Vas mediadas por nucleasas AP (rompen enlace fosfodister en sitios AP generados por glucosidasas o espontaneamente)
Requiere de exonucleasa, DNA pol I y DNA ligasa para reparar el dao.
Actividad correctora por recombinacin: involucra single strand exchange y genes rec
C MeC
Uracil-glicosilasa
T- - -A
MeCG
No se saca con una glicosilasa El sistema de reparacin por mismatch no puede distinguir cual es la base equivocada Hot spot
Dao por alquilacin: glicosilasas especficas, AP endonucleasas, exonucleasa y ADN pol I y ligasa
metiltransferasas especficas
Dao por especies reactivas de oxgeno: Formacin de 8-oxo G. Aparea con A en lugar de C. Genes mut.
mutM codifica para una glicosilasa especfica para 8-oxo G. mutY codifica para una glicosilasa especfica para A. mutT inhibe la formacin de 8-oxo G. Tambin en dao al ADN por especies reactivas de oxgeno acta el sistema de reparacin por escisin
Mutaciones genmicas
Mutaciones cromosmicas
Los organismos tienen tienden a sufrir cambios desde un estado hereditario a otro mutacin Mutaciones gnicas: cambios que ocurren dentro de un gen, obtenindose distintas formas allicas para un mismo gen. Las mutaciones gnicas nunca son observadas microscpicamente. Mutaciones o aberraciones cromosmicas: cualquier cambio en la estructura o el nmero de cromosomas, siendo cambios que generalmente afectan a varios genes. Las aberraciones cromosmicas pueden ser detectadas por examinacin microscpica o anlisis gentico.
- Cambios numricos: estn relacionados con cambios en el nmero de molculas de DNA de la clula, siendo el cambio en el nmero la base de sus efectos genticos. No ocurren cambios estructurales en ninguna molcula de DNA. - Cambios en la estructura cromsmica: resultan en un re-arreglo de secuencias dentro de una o ms molculas de DNA.
Cambios estructurales
Existen dos tipos de rearreglos cromosmicos: Rearreglos no-balanceados: hay cambios en el dosage gnico del segmento cromosmico. Ocurre cuando hay deleciones o duplicaciones.
Delecin
Duplicacin
Rearreglos balanceados: hay cambios en el orden de los genes en los cromosomas sin remocin ni duplicacin del material gentico. Ocurre en las inversiones y translocaciones recprocas.
Inversiones
Translocaciones
Delecin: rearreglo en el cual existe la prdida de brazo de cromosoma y la yuxtaposicin de los dos segmentos flanqueantes.
Imp! En general, debido a que las regiones homlogas tienen gran tendencia a aparearse durante la meiosis, los diploides con una serie cromosmica normal y otra portadora de un reorganizacin producen estructuras de apareamientos particulares.
Configuracin de loop en una delecin heterocigtica
La configuracin de loop en el apareo meitico de una delecin permite identificar la regin comprendida en la misma.
Cariotipo
La constitucin cromosmica de una clula est descripta por el cariotipo, que establece el nmero total de cromosomas y la constitucin de los cromosomas sexuales. Estudios citogenticos permiten identificar mutaciones cromosmicas a partir de la comparacin con la topografa normal de los cromosomas. Rasgos cromosmicos caractersticos:
-Nmero de cromosomas: es altamente variable entre las distintas especies. -Tamao del cromosoma: dentro del genoma puede existir una gran variacin en el tamao de los cromosomas. En humanos hay una rango de variacin de entre 3 y 4 veces entre el cromosoma ms grande (cr. 1) y el mas pequeo (cr. 21). -Posicin del centrmero: zona estrecha conocida como constriccin primaria. La posicin determina la relacin entre las longitudes de los dos brazos cromosmicos. En base a la posicin del centrmero los cromosomas se clasifican en: telocntricos (en un extremo), acrocntricos (fuera del centro), y metacntricos (en el centro).
Bandeo G de cromosomas de una mujer (44A XX). Los cromosomas estn ubicados en orden de decreciente de tamao, comenzando por el cr 1.
Denominacin por convencin del brazo corto (p) y largo (q) de un cromosoma. El centrmero es designado cen y el telmero tel.
Tipos de tinciones:
-Bandeo G: los cromosomas son sujetos a una digestin controlada con tripsina y luego son teidos con Giemsa, un colorante que une DNA. Tie zonas de cromatina ms compactada.
- Bandeo Q: los cromosomas son teidos con un colorante fluorescente que une preferentemente regiones ricas en AT y luego visto a UV. Ej Quinacrina, DAPI o Hoechst 33258. Tie los mismos segmentos cromosmicos que Giemsa. - Bandeo R: esencialmente es la reversa del patrn de Giemsa. Los cromosomas son desnaturalizados por calor previo a su tincin con Giemsa. El calor desnaturaliza regiones ricas en AT. El mismo patrn puede ser obtenido con colorantes que unan regiones ricas en GC (cromomicina A3, mitracina). - Bandeo T: indentifica un subset de bandas R que estn especialmente concentradas en los telmeros. Las bandas T son las bandas R ms intensamente teidas. - Bandeo C: se utiliza para demostrar la localizacin de la heterocromatina constitutiva, principalmente en los centrmeros.
Tincin de Giemsa
FISH
Pseudodominancia: expresin de un gen recesivo cuando est presente en una sola dosis (ej, debido a una delecin en el cr. homlogo). Se utiliz como criterio adicional para los mapas genticos originales en Drosophila.
Las deleciones pueden ser reconocidas por los loops de delecin, la pseudodominancia y la falta de reversibilidad. La letalidad de las deleciones heterocigotas pueden explicarse por desbalance gnico y expresin de alelos recesivos letales. La homocigosis para una delecin suele ser letal. Mejor criterio: los cromosomas con una delecin nunca revierten al fenotipo anterior, a diferencia de las mutantes gnicas.
Las duplicaciones y las deleciones pueden ser productos recprocos de un mismo suceso si es que estas ocurren entre cromosomas homlogos.
Delecin e f a a b b c c d e f e f a b b c a c d e f
a a b c b c
de f
d f
e Duplicacin
Los segmentos duplicados adyacentes pueden estar: En tndem: a bc bc d Invertidos: a bc cb d En cada caso, la configuracin que se produce durante el apareamiento es distinto.
Las duplicaciones son alteraciones cromosmicas muy importantes porque aportan material gentico adicional potencialmente capaz de evolucionar hacia nuevas funciones.
Inversiones: rearreglos en los cuales un segmento interno de un cromosoma ha sido fracturado dos veces, girado 180 y vuelto a unir.
Trasposones o zonas repetitivas favorecen la generacin de deleciones o inversiones por recombinacin meitica desigual.
Las inversiones heterocigticas son fcilmente identificables por la formacin de los loops de inversin, baja FR, y fertilidad reducida debido a los productos meiticos desbalanceados o deletreos. Individuos con inversiones generalmente son normales, salvo que las fracturas se originen dentro de los genes (produciendo fusiones). En tal caso, la mutacin puede verse reflejada fenotpicamente.
Translocaciones recprocas: rearreglo en el cual dos cromosomas no homlogos son fracturados una vez, creando fragmentos acntricos, que luego intercambian sus lugares.
La translocacin recproca tambin da productos meiticos inviables, produciendo semiesterilidad en el 50% de los casos.
Cambios numricos
N monoploide (x): nmero de cromosomas que constituye una dotacin cromosmica bsica. Euploides: organismos que contienen mltiplos del nmero monoploide. Poliploides: euploides con set de cromosomas mayor a 2. Ej triploides (3x), tetraploides (4x), etc Monoploide 1x Euploides 2x , diploide (Poliploides) 3x, triploide 4x, tetraploide N haploide (n): nmero de cromosomas que hay en las gametas. En la mayora de los animales y algunas plantas el nmero haploide y el monoploide coincide. Ej, humano 2x = 46, x = 23. En las gametas n = 23. x = n = 23 El trigo es hexaploide: 6x = 42, x = 7. En las gametas existen 21 cromosomas: n = 21; 2n = 42.
Designacin n
Constitucin ABC
Nmero de cromosomas 3
2n 3n 4n
6 9 12
2n - 1
5 5 5 7 7 7
Trismico
2n +1
Constitucin cromosmica de un organismo normalmente diploide con tres cromosomas (denominados A, B, y C) en el set bsico. n = x
Euploidas anormales
Cariotipo triploide
El apareamiento de tres cromosomas homlogos de un triploide durante la meiosis puede formar un trivalente o un bivalente ms un univalente. Generalmente estos organismos son estriles porque producen gametas aneuploides
2n
4n
El apareamiento de 4 cr. homlogos durante la meiosis de un tetraploide puede resultar en 3 tipos de estructuras: dos bivalentes o un cuadrivalente (generando gametas funcionales) o un trivalente + un univalente (generando gametas no-funcionales).
Los organismos con series cromosmicas mltiples (poliploides) suelen ser ms grandes de lo normal, pero anomalas en el apareamiento meitico de los cromosomas en estos organismos suele causar esterilidad (ej triploides). El nmero par de dotaciones cromosmicas es ms probable que resulte frtil.
Aneuploidias
Un aneuploide es un organismo cuyo nmero cromosmico difiere del wild type en parte del set cromosmico. Generalmente, las variantes que han ganado o perdido un cromosoma se originan por no-disyuncin (segregacin cromosmica anormal en la meiosis).
Los organismos aneuploides son casi siempre estriles y manifiestan anormalidades atribuibles al desequilibrio gnico, el cual interfiere con el funcionamiento normal del genoma.
No disyuncin
Preparado de cromosomas en metafase luego de hibridizacin por SKY. La imagen muestra el set completo de cromosomas de una lnea celular de leucemia con anormalidades citogenticas. Algunas traslocaciones entre varios cromosomas estn indicadas con flechas.
Cromosoma philadelphia