LA VIDA INTERIOR DEL GENOMA

Introduccin

Para abordar esa cuestin, junto con investigadores del nuevo campo de la biloga celular gen6mica, estamos estudiando la disposicin de los cromosomas, y los genes que albergan, en el espacio tridimensional del ncleo, as como el efecto de esa organizaci6n en su funcionamiento. Mediante nuevas tcnicas de obtenci6n de imgenes tridimensionales que nos permiten desentraar el interior de la clula viva, hemos descubierto un ecosistema tremendamente dinmico. En el ncleo, los cromosomas interaccionan fsicamente con cromosomas vecinos, los genes de esos cromosomas migran a distintos lugares nucleares segn su cometido y las molculas que regulan la actividad gnica se congregan en bulliciosas centralitas. Los hallazgos recientes nos ofrecen conocimientos de primera mana sobre la funcin del genoma en el mantenimiento de nuestra salud y el origen de algunas enfermedades, entre ellas ciertos tipos de cncer; tambin pueden dar lugar a nuevos mtodos para el diagnstico de enfermedades. Los recientes progresos son el resultado de descubrimientos llevados a cabo en la dcada de los ochenta. Por aquel entonces, se saba que los cromosomas sufran una intensa condensaci6n durante la divisi6n celular, mientras que cuando realizaban sus funciones normales, los cromosomas parecan laxos como espaguetis en un bol. Esta imagen muy imaginativa fue la que dio lugar a la teora anterior a los 80, denominada como la teora del bol de espaguetis que afirmaba que los cromosomas se alojaban en el ncleo como los espaguetis en un bol, sin orden ni sentido. Theodor Boveri rechaz el modelo de los espaguetis para definir la organizacin de los cromosomas. Basndose en estudios de un gusano cilndrico que infecta a los caballos, dedujo que aunque los cromosomas experimentan cambios de tamao y forma durante la vida de una clula, cada uno de ellos ocupa una regin distinta y bien definida en el ncleo. Denomin territorio cromosmicos a las regiones habitadas por los distintos cromosomas, pero esta teora, la pionera en su campo, quedo relegada por haberse realizado con gusanos. Posteriormente los hermanos Thomas y Christoph Cremer desarrollaron un mtodo para marcar y visualizar el material gentico de una pequea regin del ncleo. A principios de los ochenta, demostraron que cuando un rayo laser incide sobre el ADN en una determinada regin del ncleo, solo unos pocos cromosomas resultan marcados. Si el ADN nuclear se hallase tan amontonado como se crea, cada pulso de rayo laser habra incidido sobre un numero mucho mayor de cromosomas. Aos despus, los investigadores perfeccionaron un para marcar y visualizar cromosomas enteros. Mediante la tcnica de pintado cromos6mico se aada un marcador fluorescente a secuencias de letras del ADN de cromosomas individuales. Cada cromosoma se marcaba con una molcula fluorescente distinta para poder determinar su ubicacin. Estos estudios demostraron claramente que los cromosomas se presentaban en el nucle como entidades discretas, ocupando un espacio separado de los dems.

Afinidad entre cromosomas

Ahora sabemos que cada cromosoma tiende a ocupar un lugar en el ncleo y que se organizan de forma inteligente, ms o menos cerca del ncleo o de la membrana nuclear lo que permite a los mismos ser ms o menos activos. Cada cromosoma tiene un conjunto de cromosomas vecinos, con los que siempre coincide cuando se trata de clulas del mismo tipo y en el mismo estado de desarrollo. As podemos afirmar que el lugar que ocupan es diferente en cada momento y situacin en la que se encuentre la clula as como en cada tipo de clula se da un tipo de vecindad cromosmica. Este tipo de organizacin da lugar a asociaciones entre cromosomas que son propias en cada momento de la vida funcional de la clula. Diferentes descubrimientos han puesto de manifiesto una sencilla regla sobre la manera en que la posicin de un gen influye en su propia funcin: con frecuencia, los genes situados en la periferia del ncleo son inactivos. Habr algo en las regiones externas del ncleo que favorezca el silenciamiento gnico? Uno de los primeros indicios de que podra ser as se remonta a los aos treinta, cuando se observ que la periferia del ncleo se hallaba revestida de heterocromatina. La heterocromatina representa una forma de cromatina con un enrollamiento muy compacto, una disposici6n que tiende a evitar que las protenas que leen los genes accedan al ADN subyacente. Este hecho se comprob cuando en 2008 investigadores movieron genes de su posicin habitual y los fijaron a la pared nuclear, lo que dio como resultado el silenciamiento de los genes anclados. El interior del ncleo, por su parte, tambin podra contribuir a la funcin de los cromosomas y genes, cuya actividad se necesita de forma rpida y frecuente. Esa zona aporta conjunto de conglomerados proteicos, las fabricas de transcripcin . Entre ellos se incluyen las polimerasas, as como factores de transcripcin de protenas que se unen a las regiones reguladoras de los genes y ponen en marcha las polimerasas. Esta idea se basaba en estudios anteriores donde se haba propuesto la existencia de partes en el ncleo como podra ser el nuclolo donde de forma conjunta se transcriban conjuntamente cientos de genes de forma simultnea. Influencias en la salud

Se ha demostrado que la ubicacin de los genes en el ncleo tiene relevancia en el desarrollo normal y la salud. Ejemplos llamativos de este hecho seran; - La reorganizacin gnica durante el desarrollo embrionario en las clulas madre. (Desarrollo de laminopatas) - En algunos tipos de cncer resulta claro el papel crucial de la posicin cromosmica. (Mala recombinacin cromosmica en procesos de sntesis de ADN en ncleos de transcripcin genera procesos tumorales como se ha demostrado)

El ncleo autoorganizado

El enigma fundamental de la biologa celular genmica es saber lo que determina la posicin de un gen o de un cromosoma en el ncleo. Para explicar como los genes y los cromosomas saben posicionarse dentro del ncleo han propuesto la idea de una autoorganizacin de la posicin nuclear, donde la localizacin de los genes y de los cromosomas en el interior del ncleo surge como resultado de su actividad y no est determinada por ningn mecanismo de organizacin externo. Cuando el gen de una clula diferenciada se activa en respuesta a una seal ciertas molculas desenrollan el ADN condensado en el gen y su alrededor y hacen esa zona ms accesible a la maquinaria transcripcional. . En un ncleo autoorganizado, esta relajacin permitira la formacin de un bucle de cromatina que sobresaldra de la heterocromatina ubicada en la periferia. El bucle errante merodeara por nuevas regiones del ncleo y acabara estableciendo contacto con una fbrica de transcripcin. Aunque los genes se desplazan poco, cada uno de ellos contribuye a que su cromosoma alcance su lugar definitivo en la clula. Por lo tanto un cromosoma que contenga en su mayor parte genes inactivos se vera empujado hacia las regiones mas represivas de la periferia nuclear, mientras que un cromosoma con una mayora de los genes activos ser arrastrado hacia el centro del ncleo. Para comprobar tal prediccin obtuvieron clulas precursoras de la sangre y provocaron su maduracin. Las clulas se recogieron en distintos momentos y se midi en varios miles de genes su actividad. Al mismo tiempo, determinaron la posicin de los cromosomas donde se albergan los genes. El resultado es que los cromosomas que contenan en mayor nmero de genes cuya actividad variaba al madurar las clulas fueron los que mas se desplazaron. El mtodo Hi-C es una tcnica revolucionaria que permite obtener en poco tiempo una instantnea de la arquitectura tridimensional del genoma al enlazar qumicamente todas las regiones cromosmicas que se hallan en contacto en el ncleo. Mediante esa tcnica pronto se podr determinar la localizacin del os cromosomas en ncleos de distintos tejidos, a diferente tiempos y sometidos a condiciones diversas. Esto nos permitir adquirir nuevos conocimientos sobre el efecto de la organizacin nuclear en la funcin de la clula y el modo en que su alteracin puede contribuir a la enfermedad.