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JAMES G. ROBERTSON Resumen: Las enzimas ofrecen oportunidades únicas para el diseño de fármacos que

JAMES G. ROBERTSON

Resumen: Las enzimas ofrecen oportunidades únicas para el diseño de fármacos que no están disponibles para los receptores de la superficie celular, receptores nucleares hormonales, canales iónicos, transportes y ADN. Revisaremos la variedad de mecanismos de inhibición de las enzimas por los fármacos y estableceremos una base de datos de los fármacos más vendidos que inhiben a enzimas en Estados Unidos. De un análisis del FDA Orange Book, existen 317 fármacos en el mercado que trabajan para la inhibición de una enzima. Estos fármacos, inhiben 71 enzimas, incluyendo 48 humanas, 13 bacteriales, 5 virales, 4 fungicas y 1 enzima protozooa. Entre, los 317 medicamentos, o bien el 65% puede ser objeto de una reacción química en el sitio activo de la enzima-objetivo o que contienen un impulso estructural relacionados con el sustrato. Aproximadamente de los 71 objetivos enzimáticos 25 son inhibidos irreversiblemente por fármacos, y 19 de las 25 enzimas inhibidas irreversiblemente están modificadas covalentemente por el fármaco. En dos casos adicionales los fármacos y el sustrato forman complejos covalentes, y en otros 3 casos más, el fármaco atrapa a una enzima covalente- sustrato intermediario. 4 de las 71 enzimas son inhibidas por un estado de transición análogo. Además, métodos avanzados para determinar la estructura del estado de transición ofrecen ahora la oportunidad de dirigir un fármaco diseñado sin campañas de pruebas caras al azar. Una apreciación total de mecanismos enzimáticos muestra aparte que las enzimas se han especializado directamente hacia fármacos diseñados.

La secuencia del genoma humano ha prometido una revolución en medicina. El código genómico ~20000-25000 genes humanos, y miles de proteínas son el resultado de genes acoplados. Muchos de estos mantienen la llave del tratamiento de enfermedades. Sin embargo, la academia y la comunidad farmacéutica se enfrentan a enormes cambios en la traducción de la revolución genómica en medicinas útiles. Actualmente una compañía farmacéutica importante puede realizar hasta 50 millones de ensayos biológicos al año, arriba de 0.2 millones más que hace una década (2), Todavía, a pesar de estos avances en genómica y ensayos tecnológicos, no ha habido un aumento correspondiente en nuevos fármacos llegados al mercado (3). El descubrimiento de fármacos generalmente se enfoca en 6 principales categorías de objetivos de fármacos: enzimas, receptores superficiales de la célula, receptores nucleares hormonales, canales iónicos, transportes y ADN. En el descubrimiento de los fármacos las clases de objetivos influencian todo desde ingeniería automática hasta el diseño de libros químicos. Sin embargo, los modelos de negocios y la inexorable presión de la tecnología a menudo desenfoca las distinciones entre las clases de objetivos y como resultado, varias equivocaciones son contraproducentes para que el diseño del fármaco se establezca. Aquí, tomaremos una mirada cercana a una clase de objetivo, enzimas, y proveer una evaluación de que hace diferente a las enzimas de otras clases de objetivos.

ENZIMAS COMO OBJETIVOS DE FARMACOS

Varios compendios sostienen la información que los fármacos tienen como objetivo a las enzimas (4-7), pero parece no ser la única fuente que provee una concisa, autorizada, y actual lista de objetivos enzimáticos de fármacos en el mercado. Para

establecer esta lista, a cada uno de los fármacos en el FDA, Orange Book fue revisado sistemáticamente para identificar su mecanismo de acción. En la lista del FDA Orange Book hay 1278 entidades químicas únicas que fueron aprobadas para uso terapéutico en los Estados Unidos (8). Cada uno de estos tienen referencias cruzadas en 4 textos autorizados (4-7), así como en la literatura principal, esos fármacos y objetivos enzimáticos son identificados. De este análisis, hay 317 fármacos que atacar enzimas es su principal o más probable modo de acción. Existen 71 objetivos enzimáticos para esta farmacopia, incluyendo 48 enzimas humanas, 13 bacteriales, 5 virales, 4 fúngicas y una protozooa. La tabla 1 provee la lista completa. Un poco de estos fármacos inhiben mas o de una enzima, y así, el total de fármacos contenidos en la tabla 1 es e 333 ya que 12 fármacos fueron contados 2 veces y 2 fueron contados 3 veces. Los pro- fármacos son incluidos en la cuenta total. También, las isoenzimas fueron contadas como única actividad enzimática. Esto incluye la amina oxidasa, comúnmente denominada MAO A y B de la MAO, la prostaglandina sintasa-endoperóxido, también conocida como COX-1 y COX-2, y yoduro de iodinasa, que existe en tres isoformas conocidas como de tipo I, tipo II y tipo III. Varios de los objetivos enumerados son menos que algunos, pero se han incluido por complementar. Incluyen fosfatasa dolichyl como destino de la bacitracina y la histona acetil-transferasa como el objetivo para el ácido valproico. Bacitracina es bien conocido como un inhibidor de la proteasa, pero aquí la lista da la referencia original. El ácido valproico se ha utilizado durante 35 años como un antiepiléptico, pero no existe un mecanismo único de cuentas de acción para todos sus efectos. Aquí le sugerimos que la acetil-transferasa de histonas es un objetivo importante para el ácido valproico.

ESTRUCTURA DEL SUSTRATO EN FÁRMACOS DE ENZIMA ESPECÍFICA

La primera lección a extraer de la tabla 1 es que la mayoría de los medicamentos comercializados por enzimas específicas están relacionados con la estructura de la enzima sustrato. De los 317 medicamentos que se dirigen a las enzimas en el cuadro 1, 205, o 65%, puede ser objeto de catálisis en el sitio activo de una enzima, reacciona químicamente con un cofactor de la enzima, o que contienen un motivo estructural en relación con el sustrato. Existen 52 antibióticos, incluyendo penicilinas, cefalosporinas y carbenaperns, que se dirigen al tipo serina carboxipeptidasa D-Ala-D-Ala, y todos ellos tienen cierta similitud estructural con la terminal D-Ala-D-Ala del peptidoglicano de la bacteria (9). Además, todos ellos sometidos a la catálisis de la enzima y acilato del la serina del sitio activo. Del mismo modo, los tres inhibidores de B-lactamasas, que se utilizan para superar la resistencia de B-lactamasas, acilato de la serina activa el sitio B-lactamasas. Inhibidores de las bases purina y pirimidina son otro buen ejemplo. 10 enzimas en la tabla 1 son inhibidas por un total de 41 medicamentos que contienen purina-pirimidina o estructuras básicas relacionadas. Éstos incluyen el ADN y ARN polimerasas, las fosfodiesterasas, ribonucleósidos-difosfato reductasa, la adenosina deaminasa, la IMP deshidrogenasa, polimerasas xantina, varios medicamentos a base de desoxinucleósidos se reconocen como sustrato para las enzimas, pero carecen de la necesaria ribitIl hidroxilo y por lo tanto poner fin a la extensión de la cadena de polinucleótidos. Por lo tanto, compiten peleando por los nucleótidos naturales y los residuos cíclicos catalíticos. Los inhibidores de la sintetasa de 17 sulfonamidas dihidropteroato son otro ejemplo. Las sulfamidas son análogos estructurales del ácido p-aminobenzoico, el sustrato de la sintasa de dihidropteroato, y actúan como inhibidores competitivos de la PABA. Como un ejemplo más, los seis inhibidores de la estatina de la HMG-CoA reductasa todas conservan un motivo de ácido 3,5-dihydroxyvaleric que es un análogo cercano o una porción de la HMG-CoA reductasa HMG. En 2001, las estructuras cristalinas de la reductasa HMG-CoA reductasa complejo que con cada una de las estatinas comercializadas fueron determinados, y las estructuras mostraron que, efectivamente, las mitades de la HMG-como el de las estatinas se unen en el mismo bolsillo que la porción de la HMG-CoA reductasa de HMG (10).

Muchas de las drogas-sustrato pertenecen a los principales grupos de metabolitos celulares. Los esteroides inhiben 3 (o 17)- B-hidroxiesteroide deshidrogenasa, 3-oxo-5-esteroide-4-deshidrogenasa, y una monooxigenasa inespecíficos. Un lípido de cadena larga inhibe la lipasa triaglicerol. Un aminoácido que inhibe la tirosina 3-monooxigenasa, naftoquinonas, imitan la vitamina K e inhiben la vitamina K-epóxido. Azúcares que inhiben la enzima a-amilasa, una glucosidasa, una glucosidasa sacarosa, 1,4-glucano una glucosidasa, y un exo-sialidasa. Miméticos fosfato inhiben farnesiltransferasa farnesil-dIfosfata. Péptidos sintéticos miméticos de péptido, y péptidos naturales inhiben la peptidil dipeptidasa A, el VIH-1 retropepsin y kellikrein plasma. Los sustratos pertenecen a la célula, y por lo tanto, no es sorprendente que los inhibidores de carácter sustrato son terapéuticamente eficaces.

ESTADO DE TRANSICION DE DROGAS COMO INHIBIDORES DE ENZIMA ESPECÍFICA.

A principios de 1970, los investigadores comenzaron a popularizar la idea de que el estado de transición análoga como el derecho de los inhibidores de la enzima vinculante (11). A través de los años 1970 y 1980, la mayoría de los ejemplos conocidos son los productos naturales (12). En la década de 1990, esto cambió, y los inhibidores sintéticos se convirtieron en el predominante, los ejemplos de los análogos del estado de transición son por lo menos 132 enzimas (13). Cuatro de las 71 enzimas en el cuadro 1 son inhibidas por las drogas que funcionan como análogos del estado de transición. La pentostatina es un producto natural, producido por Streptomyces, es un inhibidor del estado de transición de adenosina deaminasa. Se une a la enzima glóbulos rojos humanos con un k4 de 14:05 (14). Captopril, el primer diseño racional de drogas por enzimas específicas, puede considerarse como un inhibidor del estado de transición de la peptidil-dipeptidasa A, también conocido como ACE (15). El diseño de captopril se basó en la estructura de un inhibidor análogo derivado de la carboxipeptidasa A (16), e incorpora muchas de las características que se espera que participen en la química de reacción. Retropepsin para el VIH (la proteasa del VIH), una variedad de técnicas de diseño asistido de estructura de drogas tuvieron éxito en el desarrollo de inhibidores. El diseño inicial del saquinavir, el primer inhibidor del VIH comercializados retropepsin, participan isosteres hidroxietilamina que funcionan como análogos del estado de transición (17). En una combinación similar de análisis mecánico y estructural, la naturaleza del estado de transición para un exo-sialidasa, se dedujo de los efectos isotópicos cinéticos (18). Utilizando la estructura cristalina de la enzima y el modelo del estado de transición, los químicos explícitamente han diseñado dos inhibidores potentes del estado de transición (19), oseltamivir y zenamivir, que ahora se utilizan para tratar la influenza. El diseño de inhibidores del estado de transición es probable que sean cada vez más frecuentes en el futuro como la teoría y la tecnología para la comprensión de los estados enzima-transición cada vez más generalizada (20). Éste método se ha utilizado para diseñar immucillin-H, un inhibidor de la fosforilasa 56 pM de nucleósidos de purina que se encuentren en fase de ensayos clínicos para la leucemia Ila de células T (www.biocryst.com). También se han utilizado para desarrollar picomolar (PM) inhibidores de la fosforilasa 5-metiltioadenosina (21) y femtomolar (FM) los inhibidores de la 5'-nucleosidase metiltioadenosina (158).

FÁRMACOS COMO INHIBIDORES IRREVERSIBLES DE ENZIMAS ESPECÍFICAS

Los programas de descubrimiento de fármacos nunca se propusieron hacer programas de inhibidores irreversibles. Sin embargo, 25 de los 71 objetivos en el cuadro 1 son irreversiblemente inhibidas por los medicamentos comercializados. Esto desmiente el prejuicio general contra los inhibidores irreversibles. La mayor parte de las enzimas que son irreversiblemente inhibidas por las drogas son covalentemente modificadas por el medicamento correspondiente. En otros casos, la unión es tan justo que el inhibidor sigue estando obligado por horas o incluso días, y se puede considerar vinculante funcional irreversible. Las siguientes 25 enzimas son inhibidas irreversiblemente por las drogas. Las primeras 19 en la lista son covalentemente modificadas por la droga. Dos

enzimas, la 3-oxo-A-4-esteroide deshidrogenasa y enoil-(proteína transportadora de acilo) reductasa, están irreversiblemente inhibidas por los complejos covalentes entre el inhibidor y el sustrato.

(1)

Tipo D-serina carboxipeptidasa Ala-D-Ala. Tipo serina carboxipeptidasa D-Ala-D-Ala es quizás el ejemplo más

estudiado de un blanco de la droga inactiva de la enzima covalentemente. Todos los antibióticos B-lactámicos acilato la

serina del sitio activo de la carboxipeptidasa (22,23). Que generalmente es una acilación estable que es resistente a la

hidrólisis, y por lo tanto, se elimina de manera efectiva la actividad transpeptidasa alla en la bacteria.

(2)

B-lactamasas. la forma principal de resistencia a los antibióticos B-lactámicos es la hidrólisis de B-lactámicos de B-

lactamasas. Mientras que el es estable intermediario acil-enzima carboxipeptidasa D-Ala-D-Ala durante horas o días,

la B-lactamasa hidroliza intermediario acil-enzima en las tasas de 100-4000.

(3)

Acetilcolinesterasa. La acetilcolinesterasa es otro hidrolasa serina caracteriza por drogas orientada modificación

covalente sitio activo (5). Varios agentes anti-colinesterasa, como la piridostigmina, actúan como sustratos alternativos u

objeto de ataque por el centro activo de serina. Esto lleva a la piridostigmina inducida carbamoilacion de la serina.

Productos intermedios o metilcarbamoil dimeticarbamoil son mucho más estables que el acetil-enzima que se generan con

la acetilcolina, y por lo tanto, in vivo, los inhibidores de la carbamoición puede producir la inhibición enzimática covalente

por 3-4 h.

(4)

UDP-N-acetilglucosamina1-Carboxyvinytransferase. Fosfomicina, un análogo de sustrato fosfoenolpiruvato, es otro ejemplo

de un antibiótico que modifica covalentemente la enzima objetivo. Fosfomicina fue descubierto en los caldos de

fermentación de Streptomyces (25), y más tarde se demostró que era un acilato de cisteína del sitio activo de la UDP-

N-acetilglucosamina 1-Carboxyvinytransferase (26). El anillo epóxido de la fosfomicina presenta una cabeza de guerra

latente a la enzima que es desenmascarado por el mecanismo catalítico y, posteriormente, el covalente modifica el sitio

activo.

(5)

Sintasa prostaglandina-endoperóxido. La aspirina es quizá la droga de más alto consumo en los Estados Unidos, y es un

inactivador irreversible covalente de la prostaglandina-endoperóxido sintasa, también llamada ciclooxigenasa, o la COX.

La incubación de purificado SINTASA prostaglandina-endoperóxido con (acetil-3H) aspirina lleva a la inactivación y la

modificación covalente de un residuo de serina único, que puede ser recuperado como el acetilserina (3H) en digestión

proteolítica de la enzima (27,28).

(6)

Monooxygenasa inespecífico. Aromatasa, o monooxygenasa inespecífico, cataliza la conversión de andrógenos a

estrógenos, y fue identificado como un blanco para la terapia anti-estrógeno en 1975 (29). Exemestano, que tiene un

enlace 1,2-insaturados en el anillo A de los núcleos de esteroides, produce una inactivación dependiente del tiempo de la

aromatasa, y ha formulado la hipótesis de reorientar la reacción de la enzima de aromatización a la modificación

covalente de la enzima. Sobre la base de la similitud de exemestano al sustrato es un inactivador irreversibles basados

en el mecanismo de la aromatasa (30).

(7)

Amino oxidasa (Flavin-que contiene). Amino oxidasa mitocondrial, comúnmente llamada de la monoaminooxidasa o IMAO,

es una enzima que contiene flavina que cataliza la desaminación oxidativa de las catecolaminas y serotonina en el

sistema nervioso central. Selegilina (o deprenil L-), contiene una función de acetilénicos que modifica covalentemente el

átomo N5 reactivado del cofactor de flavina (31). Los lazos de drogas en equilibrio reversible con la enzima, sufre una

oxidación catalítica de un intermediario reactivo sufre una oxidación catalítica a una modificación intermediario

reactivo, y luego produce covalentes en función del tiempo de la flavina (5,32).

(8)

Timidilato sintasa. Timidilato sintasa cataliza la metilación reductora de dUMP a dTMP, y es el único medio de novo

para la síntesis de dTMP. Floxuridina, un análogo del sustrato que contienen flúor, actúa como un inhibidor de la

timidilato sintasa potente al estabilizar el complejo covalente TS-dump-CH2THF temary, con el inhibidor unido

covalentemente a la enzima a través del sitio activo de la cisteína (5,33). ya que el bono CF estabiliza el puente C5-

metileno, también bloquea el mecanismo químico en un estado de transición.

CASOS ACTUALES

(9)

Ornitina descarboxilasa. La ornitina descarboxilasa cataliza la conversión de ornitina a putresina y proporciona el punto

de entrada para aminoácidos en la sintesis de poliamina. El objetivo de la comerzalisacion de la droga ornitina

descarboxilasa, α –difluorometilornitina, es un sustrato y sufre descarboxilación PLP-dependiente en el sitio activo (65).

Esto genera un reactivo intermediario que puede atacar a la lisina o aun residuos cisteína para formar un complejo

inhibido covalente (34). la estructura cristalina de la radiografía de Tripanosoma brucei ornitina decarboxilasa muestra

que DFMO covalentemente modifica la cisteína 360 de la enzima tripanosomial (35).

(10)

Alanina racemasa. La bacteria exclusivamente usa D-ala en el peptidoglicano, y expresar racemasa alanina para

sintetizar. Se pensabe primero que la alanina racemasa, era reversible con inhibición competitiva para la D-cicloserina,

pero mas tarde fue demostrado que la inhibición de la D-cicloserina causas en función del tiempo (36). Recientemente la

estructura de cristalina de la radiografia del complejo inhibidor fue

determinada, y se demostró que D-cicloserina

modifica covalentemente a la enzima PLP en la enzima (37).

(11)

H + / K + ATPasa. La bomba de ATPasa H + / K +

de las células parietales gástricas es responsable de bombear HCl

en el lumen extracelular, y es la fuente de ácido que causa la enfermedad de reflujo gastroesofágico (38).los inhibidores

comercializados parala bomba ATPasa H + / K +

tales como el omeprazol, esmoprazol y lanoprazol, reaccionan con

cisteínas en el lumen extracelular de la bomba ATPasa H + / K + . una vez covalentemente inactivada la bomba

ATPasa H + / K + puede ser neutralizada por 24-48 horas, y solamente puede ser regenerada por la síntesis de una

nueva enzima (5).

(12)

Triglicerol lipasa. El triaglicerol lipasa cataliza la hidrólisis de la interfase del triaglicerol en la superficie de las gotas

de lípidos emulsionados, y es la enzima crítica que participan en el procesamiento de grasas de la dieta. Un inhibidor de

lipasa comercializado, orlistat, o tetrahidroliptatina, forman un ester con Ser152 en porcentaje de triacilglicerol lipasa, con

la incorporación de un mol de tetrahidroliptatina de la enzima (39). La formación del ester derivado de β-lactosa como

ser152 en la porción de la enzima sugerida en el mecanismo de identificación en la enzima de los humanos, ya que la

tríada catalítica en la estructura cristalina de la radiografía de la lipasa humanos, en particular Ser152, se pueden

superponer con la tríada catalítica de otras proteasas de serina (40).

(13)

Reductasa ribonucleósidos-difosfato. La reductasa ribonucleósidos-difosfato cataliza la formación de nuevos

dexosirribonucleotidos para la incorporación del DNA. Distintas sustituciones de nucleótidos han demostrado ser dependientes

de tiempo, inactivadores basados en el mecanismo de reductasa ribonucleósidos-difosfato (41). Un inhibidor particular,

gemcitabina, un 2`-difluoronucleosido ha sido aprobado para su uso en el cáncer de pulmón de células pancreáticas y no

pequeñas. Aunque la inactivación de gemcitabina es reversible, el presunto sitio de modificación covalente no ha sido

modificado.

(14)

Yoduro peroxidasa. en los estados unidos el propiltiouracilo y el metilmasol son las drogas usadas para el tratamiento del

hipertiroidismo. Ambas enzimas inhiben el yoduro de peroxidasa (42,43), y ambas contienen un tiol esencial. Las enzimas

de inhibición parecen estar involucradas en reacciones tanto con yoduro de centro y hemo de la enzima. in vitro, la

inhibición de la enzima por metimazol es considerado como un unhibidor irreversible (42), aunque bajo algunas condiciones

la inactivación no es completa y la enzima al parecer recupera la activación de yodación (43).

(15)

Tiroxina 5 'deiodinasa. La tiroxina 5 'deiodinasa es una familia de es una familia de tres isoenzimas codificadas por

tres genes distintos (44). Propiltiouracilo inhiben a la deiodinasa tipo 1 (45), una selenoenzima, y se piensa en el tiol PTU

(45). La deiodinasa tipo 1 del citosol del hígado de rata se puede recuperar como un complejo con [ 35 S] PTU, y 25% de

la [ 35 S] PTU sigue estando obligado después de la diálisis, la precipitación con ácido tricloroacetico y extracciones

múltiples con etanol, metanol y cloroformo (46).

(16)

Aldehído deshidrogenasa. El aldehído deshidrogenasa cataliza la oxidación de una amplia variedad de endogenes y

aldehídos exógenos para agua soluble en acidos carboxílicos. Disulfiram es un inhibidor irreversible dependiente del tiempo

de aldehído deshidrogenasa (47) y es usado para el tartamiento de alcoholismo. In vitro, in vitro, S-metil-N, N-sulfóxido

dietythiocarbamyl, el principal metabolito del disulfiram, carbamoylates Cys302 en aldehído deshidrogenasa humana

purificada (48). La enzima carbamoylates. Puede ser regenerada en animales tratados con disulfiram (49).

(17)

Trombina. La trombina es una serina proteasa que activa las plaquetas e inicia la señalización intracelular de

(18)

acontecimientos que transforman la plaqueta en una célula activa de formación de coágulos. La antitrombina es un inhibidor de la proteasa serina 58 kDa que con rectas y covalentemente inactiva la trombina (50,51). una heparina de los anticoagulantes más utilizados, acelera la reacción trombina-antitrombina por ~ 10000- veces, y las obras mediante la celebración de la trombina antitrombina uno en las inmediaciones (52). Los inhibidores directos de la trombina también se han introducido, el más potente de que se hirudina recombinante, que tiene un k1 de 231 FM y 3.17x10 -5 de AK, que se traduce en t 1/2 para la disociación de 6 h (53). La disociación lenta significa que la inhibición por el inhibidor recombinante es funcionalmente irreversible. Factor Xa. La antitrombina también es un inactivador del factor Xa, y Xa inactiva en el mismo modo que la

inactivación de la trombina. Como en el caso de la trombina, la heparina también acelera la reacción de el factor Xa-

antitrombina por ~ 1000 veces (52). Como en el caso de la trombina, la inactivación es irreversible, justa para la

modificación covalente del factor Xa y el aumento de la proteólisis para las especies inactivadas.

(19)

4-dioxigenasa hidroxifenilpiruvato. La dioxigenasa hidroxifenilpiruvato es una dependiente de Fe(II), la no hemo oxigenasa

que cataliza la conversión de 4-dioxigenasa hidroxifenilpiruvato a hidroxifenilpiruvato dioxigenasa. En 1991, fue

descubierto la inhibición de hidroxifenilpiruvato dioxigenasa con la degradación de la tirosina nitisinona bloquea en la

parte superior de la vía catabólica de la tirosina y que este tratamiento reduce la incidencia de cáncer de hígado en

niños con tirosinemia (54). nitisinona es un inhibidor irrevrsible que forma un complejo estable con el Fe(II) en el centro de

la enzima. En el extracto de hígado de rata, la t para la disociación de la inhiitor se estimó en 101 h. en la enzima

purificada a partir de Streptomyces avermitilis, él complejo fue estable durante al menos 2 días (55).

(20)

La vitamina K epóxido reductasa. La enzima involucrada en las reacciones de carboxilacion que producen la activación

del factor II, factor VII, factor IX y factor X también son objetivos de anticoagulantes. En particular, la vitamina K

epóxido reductasa es el objetivo de la warfarina , un anticoagulante oral. La warfarina inhibe el disulfuro de la

actividad reductasa(56). Los micosomes tratados con warfarina no recuperan la Vitamina K epóxido reductasa su

actividad se expondrá después de varias dilución y centriguciones, y por esta razón, se ha concluido que la inhibición de

la warfarina es irreversible (57).

(21)

Ile tRNA sintetasa. El aminoácido tRNA sintetasa catalizan la ligadura de los aminoácidos y sus afines tRNAs. La

mupirocina es un inhibidor competitivo de la escherichia Coli IIe tRNA sintetasa, con un ki de 2.5 nM contra el

intercambio de pirofosfato en ATP (58). La mupirocina es un inhibidor irrevrsible como se demostró con la recuperación

de [3H] mupirocina con la enzima después de la filtración en gel (58,59). el complejo es estable vinculado a la diálisis

para un máximo de 18 días (59).Sin embargo, la inhibición no es covalente, y la mupirocina se puede desprender de la

enzima por ebullición en SDS (58) o por HPLC en condiciones de fase reversa (59).

(22)

ADN polimerasa ADN-dirigida. La polimerasa de ADN-dirigida se lleva a cabo como objetivos farmacológicos

importantes debido a su papel fundamental en la replicación. Las deoxinucleotidos inhibidores de la base se reconocen

como sutrato para la enzima, y de la extensión final porque carece de hidroxi ribitol necesarias para la ligadura del

siguiente nucleótido. En este sentido, la consecuencia de inhibición es irreversible. Además, el aciclovir, que se enfoca en el

virus del herpes ADN polimerasa ADN-dirigida, produce la inactivación enzimática irreversible, además de la

incorporación de nuclotidos y su determinación (60). El aciclovir produce la inactivación en función del tiempo del agente

catalítico y la enzima no se reactiva tras la desalación en una columna de filtración en gel (60).se ha sugerido que la

enzima sufre un cambio conformacional irreversible que bloquea la cafdena de nucleótidos que contiene en ese lugar.

(23)

3-oxo-5-4-α esteroide deshidrogenasa. La enzima 3-oxo-5-4-α esteroide deshidrogenasa cataliza la reducción de la

testosterona en dihidrotestosterona. La finasterida, prescrita para el tratamiento efectivo de la hiperplasia benigna de

próstata, es un análogo de la testosterona que actúa como sustrato para 3-oxo-5-4-α esteroide deshidrogenasa (61). El

proceso catalítico del numero de recambios a través de un aducto finasterida unido a la enzima NADP- dihidro-

finasterida, que, una vez formada, actúa como un inhibidor análogo al sustrato extremadamente potente con un k i de

la relación de partición 1x10 -13 M. la relación de participación para la catálisis a la inactivación es de ~ 1, lo que

significa que el numero de recambios catalítica de la finasterida es letal para la enzima. La liberación de [ 3 H]

dihidro-finasterida de la enzima se produce con una vida media de 1 mes a 37 ° C (61).

(24)

Enoil-acil-reductasa proteína transportadora. isoniazida, el tratamiento de primera línea para la tuberculosis, forma un

aducto con NADH unido a la enzima con enoil-reductasa acilo de cadena larga de proteína transportadora (62). La

filtración en gel del complejo de la enzima-inhibidor de muetsra que [ 14 C],isoniazida permanece fuertemente unido a la

enzima (63). Esto indica qu el ainhibicion es irreversible, a pesar de que el inhibidor se une covalentemente a NADH y

no a la enzima.

(25)

Xantina oxigenasa. Xantina oxigenasa es un complejo molibdoflavoenzima que cataliza la oxidación de purinas de acido

urico (64,65). El tratamiento primario para la gota es menos para las concentraciones del acido urico mediante la

inhibición de la xantina oxidasa, con un k i de 630 pM (66,67).bajo condiciones catalíticas, alopurinol sufre una oxidación

catalizada por enzimas alloxantina y la formación de la enzima en un estado parcialmente cuando el centro del

molibdeno sigue siendo reducido. Alloxantina sigue siendo estrictamente ligada a la reducción de enzima, y por esta

medida, la inhibición es funcionalmente irreversible.

REACCIÓN DE CELDAS INTERMEDIARIAS DE CELDAS COMO ENZIMAS-DIRIGAS A LOS FÁRMACOS.

La reacción de celdas intermediarias es otro mecanismo para la formación de complejos covalentes inhibidores, aunque esto no implica enlaces covalentes entre la enzima y inhibidor. dos enzimas caen en esta categoría, inosina monofosfato deshidrogenasa cataliza la oxidación de IMP a CAMPOS mediante la formación de un intermadiario covalente cistinil en C2 del anillo purina.(68,69).El acido mupirocina, un inhibidor no competitivo, une el NAD en el sitio del cofactor, e impide la reacción hidrólisis, por lo tanto captura y estabiliza el complejo covalente E-XMP (68). La estructura de la de los complejos muestra que el sistema biciclicos de anillos de acido mupirocina debajo de la hipoxantina de anillo, impide el intermediario releasa (68). Las topoisomerasas de ADN de mamíferos y bacterias catalizan el reordenamiento del ADN superenrollado topológico y concatenados, y sirven como dianas para los agentes antitumoral topotecan e irinotecan, y como objetivos de los antibióticos fluoroquinoline (70-72). en la topoisomerasa 1 en humanos, la enzima cataliza la hendidura de una sola cadena y la formación de un enlace fosfodiéster entre Tyr 723 y el ADN 3´fosfato (73). Pruebas bioquímicas indican que la camptotecina, el compuesto original para el irinotecan y topotecan medicamentos comercializados, se estabiliza en el complejo covalente, y varios modelos sugieren que se une cerca del punto de corte del ADN (73,74). en la topoisomerasa II, la enzima corta dos cadenas de ADN y genera extremos libres. Los enlaces covalente de la enzima como el extremo 5´ cataliza los residuos en el sitio activo (75), en efecto de abrir inadecuadamente el ADN en los extremos moleculares y la apertura de una entrada a travez del ADN (76). los antibióticos quinolonas se crean para estabilizar este intermediario covalente (70).

LA BASE DE ÁCIDO BÓRICO DE LOS INHIBIDORES DE LA ENZIMA-COMO LOS FÁRMACOS DIRIGIDOS.

El Ácido bórico de muestra la importante propiedad de actuar como ácidos de Lewis fuertes a causa de su accesibilidad del boro (77). Que se puede convertir de una geometría plana trigonal sp 2 a una geometría tetraédrica sp 3 por sustitución en boro, esta iconversión es muy similar a la formación de intermediarios tetraédricos en muchas enzimas hidrolíticas, y permite que los ácidos bóricos puedan actuar como análogos de reacción intermediaria con inhibidores de propiedades potentes en el rango femtomolar (78). Bortezomib, el primer FDA aprobado, inhibidor a base de ácido bórico, llegó al mercado en 2003. bortezomib

inhibe la degradación de las proteínas intracelulares proteasoma (79), y ha demostrado ser eficaz en los cánceres sólidos y hematológicos. Debido a la interacción química con los residuos del sitio activo catalítico, inhibidores de ácido bórico a menudo se muestran lentos - inhibición de la unión, y esto es cierto del bortezomib, que es un proceso lento - la unión del inhibidor tiene un Ki de 600 pM (80).

LOS INHIBIDORES NO COMPETITIVOS COMO LOS MEDICAMENTOS CON ENZIMAS ESPECÍFICAS.

Mientras que la mayoría de enzimas - son medicamentos a base de inhibidores en sitios activos, algunas son inhibidores no competitivos que no se unen en el centro activo. Reversa de nucleósidos no inhibidores de la transcriptase, en particular la nevirapina, son un buen ejemplo. El análisis de la cinética del pre estado estacionario ha demostrado que los nucleósidos ha demostrado que los inhibidores no nucleósidos no interfieren con la unión nucleotida o el cambio en la conformación inducida por nucleotido vinculante (81).Mas bien unir uno a un sitio alosterico, y esto frena la velocidad de la catálisis química, haciendo catálisis química el paso mas lento en la reacción. el cambio conformacional es debido a la unión de nucleótidos es el paso más lento. Esto ofrece una lección de diseño de fármacos, y argumenta que el conocimiento de TGE constantes de velocidad microscópica proporciona una ventaja competitiva para el desarrollo de inhibidores enzimologistas no competitivo como las drogas. Dos inhibidores podría tener el mismo ki, pero si se retrasa la tasa de la catálisis de 10 veces más de lo que otros, en igualdad de condiciones, será una droga más potente.

ACTIVADORES DE ENZIMAS COMO LAS DROGAS ORIENTADA

En principio, siempre hay dos posibilidades para el diseño de fármacos por enzimas específicas: la inhibición o activación de una enzima. En el sentido de un puro k cat o k cat / activador k m , no hay activadores de enzima pura en el mercado. Sin embargo, en el tiempo, este enfoque puede tener éxito. Investigadores de Roche han descubierto ahora que los activadores de gucokinasa k cat aumentar y disminuir el S 0.5 de la glucosa, y éstas pueden ofrecer un tratamiento para la diabetes tipo II (82). Los activadores se unen en un sitio glucoquinasa reglamentación que originalmente fue descubierto en pacientes con hipoglucemia persistente hiperinsulinemia (83,84). Este resultado puede sugerir que la mejor estrategia para el desarrollo de activadores es centrarse en las enzimas altamente reguladas, o las enzimas de cooperación como la glucoquinasa, donde la naturaleza ha proporcionado los sitios de unión que se han diseñado para modular la catálisis.

LAS ENZIMAS SON UNA CLASE DISTINTA DE DESTINO

Las enzimas son catalizadores. Que hacen y deshacen los enlaces químicos covalentes específicas. Los receptores de superficie celular, los canales iónicos, transportes, hormona de receptores nucleares, y el ADN no lo hacen. Aunque esto es axiomático, sorprendentemente, no es muy apreciada. En el descubrimiento de fármacos, la atención se centra siempre en el caso aguardando, y la encuadernación o vocabulario domina la percepción, incluso para los objetivos enzimáticos. Por lo tanto, debe tenerse en cuenta otra vez. Las enzimas son catalizadores, y es el evento catalitico al menos no tan importante si de no de gran porte que el enlace de eventos. La catálisis enzimática progresa a través de eventos vinculante, los cambios conformacionales, uno o más estados de transición, o productos intermedios de reacción, y la liberación de productos, y todos estos pasos se producen con las constantes de tipo definido, Y todos estos pasos se producen con constantes de velocidad definida. Las constantes de velocidad se definen como un modo de termodinámico que se pueden utilizar para el diseño de drogas, lo que diferencia a las enzimas diana de todas las clases de otros.

El uso más poderosos del perfil termodinámico de una reacción enzimática es en descifrar el estado de transición a través de los efectos isotópicos cinéticos, y utilizar esta información para el diseño de inhibidores potentes, como se ha señalado (20). Además, los datos puramente cinéticos se pueden utilizar para predecir la toxicidad potencial de la droga. Como ejemplo, una detallada o pre-estado estacionario análisis cinético del ADN mitocondrial humano de la polimerasa se ha utilizado para predecir la toxicidad potencial de comercializarse los medicamentos antivirales. Una escala de toxicidad fue desarrollado por una especificidad de la determinación de las constantes cinéticas (k pot / k d ), los factores de discriminación, y se valora la exonucleasa para diversos medicamentos a base de nucleósidos, en comparación con los nucleótidos naturales correspondientes. Con esta información, es posible calcular el aumento "relativo en el tiempo necesario para replicar la geometría mitochondial", en presencia de análogos de nucleósidos antivirales (85). Cuanto mayor sea el aumento del tiempo de replicación, el más tóxico de la droga. Este tipo de análisis, basado en datos puramente cinética, que, de hecho, identificar los fármacos que se sabe que son tóxicos en la práctica clínica. Del mismo modo, es posible calcular un índice terapéutico para los análogos de nucleósidos, en donde los factores de discriminación para la DNA polimerasa transcriptasa reversa y se comparan.la mayoría de los Drus terapéuticamente efectiva se predice que tienen una alta tasa de incorporación de la transcriptasa inversa viral (es decir, la inhibición de la enzima buena debido a la utilización de enzimas virales), anuncio una baja tasa de incorporación en el ADN humano por la polimerasa del ADN humano (es decir, baja toxicidad) (85). La relación entre la inhibición de la toxicidad es una medida de la utilidad terapéutica Ness. el índice terapéutico, de nuevo, se puede predecir a partir de un análisis puramente cinético, también está de acuerdo con la conocida eficacia de los fármacos antivirales. Este tipo de análisis proporciona ahora un método in vitro para predecir la toxicidad potencial análogo de los nucleósidos, y complementa los experimentos con animales, que a veces no llegan a predecir la toxicidad (86). Este enfoque lógicamente cinetico podría extenderse a la inhibición de drogas de otras enzimas que no están relacionados con la diana terapéutica. Por ejemplo, el citocromo P 450 son siempre sitios potenciales de la inhibición de drogas debido a la función principal de P 450 en el metabolismo de xenobióticos. Sin embargo, la mayoría de los intentos por generar escalas de predicción de la inhibición de P 450 sobre la base de estructuras de drogas no incluyen ninguna información sobre el mecanismo de la inhibición, y rara vez intentan ser un espacio propicio para la exploración.

RESUMEN

Esta breve revisión proporciona una lista actualizada de los objetivos enzimáticos conocidos de los medicamentos comercializados, y pone de relieve la variedad de enfoques exitosos de diseño de drogas por enzimas específicas. una de las principales enseñanzas que cabe extraer de los medicamentos comercializados es que la naturaleza ha diseñado enzimas para realizar una reacción química selectiva, y por lo tanto, me es probable que los fármacos más potentes para ser descubiertas o diseñadas estarán relacionados con la estructura del sustrato, la reactividad, o de la superficie potencial electrostática de intermedio (s) o estado de transición (s). por el contrario, la expectativa de encontrar casualmente a un medicamento potente como los inhibidores de que nunca se han previsto o diseñado es significativamente menos probable, puesto que estos tipos de moléculas están en la minoría de ubres comercializados. Que depara el futuro más de 71 objetivos enzimáticos para el tratamiento de las enfermedades y aplicar las lecciones de los primeros 71 acelerará el desarrollo de la próxima generación.

 

TABLA 1: BASE DE DATOS DE OBJETIVOS DE LA ENZIMA PARA FÁRMACOS COMERCIALIZADOS

 
 

NOMBRE COMÚN DE LA ENZIMA

COMISIÓN DE

EJEMPLO DE

NO. DE

ENT

ENZIMAS

FÁRMACO

INDICACIÓN

FÁRMACO

ORGANISMO

REF

1 1,3-B-glucano sintasa

2.4.1.34

caspofungi

Antifúngico

1

Hongos

87

3(o 17)-B-hidroxiesteroide
2 deshidrogenasa

1.1.1.51

Trilostan

Cáncer de mama

1

Humano

88

 

3´,5´-cicloGMP

 

3 fosfodiesterasa

3.1.4.35

Sidenalfin

Disfunción eréctil

3

Humano

89

 

3´,5´-ciclonucleoide

4 fosfodiesterasa

3.1.4.17

Teofilina

Asma

11

Humano

90

4-hidroxifenilpiruvato
5

dioxigenasa

1.13.11.27

Nitisinona

Tirosinemia

1

Humano

91

3-oxo-5-a-esteroide 4-
6 dehidrogenasa

1.3.99.5

Finasterida

Hiperplasia

2

Humano

92

 

prostática

benigna

7 Acetilcolinesterasa

3.1.1.7

Piridogstimina

Miasthenya grvis

11

Humano

93

8 Adenosin deaminasa

3.5.4.4

Pentostatina

Lucemia celular

2

Humano

94

9 Alanina racemsa

5.1.1.1

Cicloserina

Tuberculosis

1

Bacteria

95

10 Alcohol dehidrogenasa

1.1.1.1

Fomepizole

Alcoholismo

1

Humano

96

Aldehído deshidrogenasa
11 (NAD)

1.2.1.3

Disulfram

Alcoholismo

1

Humano

97

12 a-amilasa

3.2.1.1

Acarbosa

Diabetes

1

Humano

98

13 a-glucosidasa

3.2.1.20

Miglitol

Diabetes

1

Humano

99

Amino oxidasa (contenido de
14 flavin)

1.4.3.4

Tranilcipromina

Depresión

5

Humano

100

15 Arabinosytransferasa

2.4.2.34

Etambutol

Antibacterial

1

Bacteria

101

16 Aracidonata 5-lipoxigenasa

1.12.11.34

Zileuton

Inflamación

4

Humano

102

Ácido aromático l-amino
17 decarboxilasa

 

Enfermedad de

 

4.1.1.28

Carbidopa

1

Humano

103

Parkinson

 

18 B-lactamasa

3.5.2.6

Tazobactam

Antibacterial

3

Bacteria

104

19 Carbonato deshidratasa

4.2.1.1

Acetazolamida

Glaucoma

6

Humano

105

20 Catecol O-metiltransferasa

2.1.1.6

Entacapona

Enfermedad de

2

Humano

106

 

Parkinson

 
 

Enfermedad de

 

21 Ceramida glucosiltransferasa

2.4.1.80

Miglustat

Gauchers

1

Humano

107

22 D-alanina-Dalamina ligasa

6.3.2.4

Cicloserina

Tuberculosis

1

Bacteria

108

23 Dihidrofolata reductasa

1.5.1.3

Metrotexate

Leucemia

7

Humano

109

24 Dihidrolata dihidrogenasa

1.3.99.11

Leflunomida

Inflamación

1

Humano

110

25 Dihidrpterata sintasa

2.5.1.11

Dapsona

Antifungico

17

Hongos

111

26 DNA topoisomerasa

5.99.1.2

Topotecan

Cáncer de ovario

2

Humano

112

27

DNA topoisomerasa (ATP- hidrolizado)

5.99.1.3

Ciproflaxino

antibacterial

18

Bacteria

113

28

DNA-dirigido DNA polimerasa

2.7.7.7

Aciclovir

herpes

11

Viral

114

29

DNA-dirigido RNA polimerasa

2.7.7.6

Rifapentina

Antibacterial

3

Bacteria

115

30

Dolicil fosfatasa

3.1.3.51

Bacitracin

Antibacterial

1

Bacteria

116

31

Enoil-(proteína transportadora de acilo) reductasa

1.3.1.9

Isoniazid

Tuberculosis

1

Bacteria

117

32

Exo-a-sialidasa

3.2.1.18

Oseltamivir

Influenza

2

Viral

118

33

Factor Xa

3.4.21.6

Fondaparinux

Trombosis

2

Humano

119

 

Farnesil-difosfato

34

farnesiltransferasa

2.5.1.21

Alendronate

Osteoporosis

6

Humano

120

35

Acido fatty sintasa

2.3.1.85

Pirazinamida

Tuberculosis

1

Bacteria

121

36

Glucano 1,4-a-glucosidasa

3.2.1.3

Miglitol

Diabetes

1

Humano

122

37

Histona acetiltransferasa

2.3.1.48

Valproico

Convulsiones

1

Humano

123

38

VIH-1 retropepsin

3.4.23.16

Nelfinavir

SIDA

8

Viral

124

39

Hidrogeno/ potasio-cambio ATPasa

3.6.3.10

Esomeprazole

Sindrome de reflujo gastrofaringeo

5

Humano

125

40

HMG-CoA reductasa

1.1.1.34

Atorvastatin

Hiperlipodemia

6

Humano

126

(NADPH2)

 

41

IMP dehidrogenasa

1.1.1.205

Micofenolate

Inmunosupresión

2

Humano

127

42

Yoduro peroxidasa

1.11.1.8

Propiltiouracila

Hipertiroidismo

2

Humano

128

43

Isoleucina RNAt ligasa

6.1.1.5

Mupirocina

Antibacterial

1

Bacteria

129

44

Membrana peptidasa

3.4.13.19

Cilastatina

Resistencia

1

Humano

130

45

Omitin decarboxilasa

4.1.1.17

Eflomitina

Tripanosomas

1

Parásito

131

 

Orotidin-5´-descarboxilasa

46

fosfato

4.1.1.23

Allopurinol

Gota

1

Humano

132

47

Peptidil-dipeptidasa A

3.4.15.1

Captopril

Hipertensión

12

Humano

133

 

Fosforibosilglicinamida

Pemetrexed

Cáncer

 

48

formiltransferasa

2.1.2.2

1

Humano

134

49

Plasma kallikrein

3.4.21.34

Aprotimin

Trombosis

1

Humano

135

50

Plasmin

3.4.21.7

Aminocaproico

Trombosis

3

Humano

136

 

Prostaglandina-endoperoxido

1.14.99.1

Etodolac

Inflamación

 

51

sintasa

30

Humano

137

52

Complejo proteasoma endopeptidasa

3.4.25.1

Bortezomiba

Mieloma

1

Humano

138

53

Proteína-tirosina kimasa

2.7.1.112

Imatiniba

Leucemia

3

Humano

139

 

Ribonucleósido-difosfato

54

reductasa

1.17.4.1

Gemcitabina

Cáncer

4

Humano

140

55

RNA-dirigido DNA polimerasa

2.7.7.48

Ribavirin

Neumonía

1

Viral

141

56

RNA-dirigido DNA polimerasa

2.7.7.49

Abacavir

SIDA

13

Viral

142

Serina- tipo D-Ala-D-Ala
57 carboxipeptidasa

3.4.16.4

Cefonicida

Antibacterial

52

Bacteria

143

 

Insuficiencia

58 Sodio/potasio-cambio ATPasa

3.6.3.9

Digitoxina

cardiaca

3

Humano

144

 

congestiva

59 Escualeno monooxigenasa

1.14.99.7

Butenafina

Antifúngico

3

Hongos

145

60 Esterol 14-dimetilasa

1.14.13.70

Itraconazol

Antifúngico

11

Hongos

146

61 Sacarosa a-glucosidasa

3.2.1.48

Miglitol

Diabetes

1

Humano

147

62 Trombin

3.4.21.5

Lepidurina

Trombosis

10

Humano

148

63 Timidilato sintasa

2.1.1.45

Floxuridina

Cáncer

6

Humano

149

64 Tiroxina 5´-deiodinasa

1.97.1.10

Propiltiuracil

Hipertiroidismo

1

Humano

150

65 Triaciglicerol lipasa

3.1.1.3

Orlistat

Obesidad

1

Humano

151

66 Tirosina 3-monooxigenasa

1.14.16.2

Metirosina

Feocromositoma

1

Humano

152

UDP-N-acetilglucosamina 1-
67 carboxilviniltransferasa

2.5.1.7

Fosfomicin

Antibacterial

1

Bacteria

153

68 Monooxigenasa inespecífica

1.14.14.1

Aminoglutimida

Cáncer de mama

5

Humano

154

69 Ureasa

3.5.3.5

Acetohydroxamico

Gastritis

1

Bacteria

155

Vitamina-K-epoxido-

70 reductasa(warfarin-sens.)

1.1.4.1

Dicumanol

Cáncer

5

Humano

156

71 Xantina oxidasa

1.17.3.2

Alopurinol

Gota

1

Humano

157