LADN Mots cls : acide ribonuclique, ribose, bases azotes, phosphate, liaison phosphodiester, virus, cellules procaryotes, cellules

eucaryotes, ADN, hybridation, complmentarit des bases, interactions ADN/protines, compaction, rplication, rparation. Intro : Organismes vivants constitus par diffrents types de macromolcules dont les acides nucliques (ADN et ARN). ADN : matriel gntique ou support information gntique. ARN : diffrents rles dans lexpression de linformation gntique paralllement grande diversit des molcules dARN. I. Universalit, diversit et proprits de lADN. A. Universalit de lADN. 1. LADN des virus. On mentionne ici le cas des virus dont le gnome est constitu par de lADN. Il existe des ADN bicatnaires mais aussi monocatnaires (ex : Parvovirus B19). Donner quelques exemples (virus de la varicelle, phage lambda qui infecte les bactries Escherichia coli). 2. LADN des cellules eubactriennes et eucaryotes. a. Le chromosome bactrien La plupart des bactries possdent un unique chromosome circulaire. Il existe toutefois de rares exemples de bactries, comme Rhodobacter sphaeroides possdant deux chromosomes. Les bactries du genre Borrelia ont la particularit d'avoir un gnome linaire et segment, ce qui est exceptionnel chez les eubactriennes. La taille du gnome peut tre trs variable selon les espces de bactries tudies. Le gnome de la souche de Escherichia coli squenc en 1997 est constitu de 4,6 Mpb (4 600 000 paires de bases), il code 4 200 protines. Le gnome dune autre souche de E. coli squenc en 2001 comprend 5,5 Mpb codant 5 400 protines. Certaines bactries prsentent un tout petit gnome, comme la bactrie parasite Mycoplasma genitalium avec un gnome de 580 000 paires de bases et la bactrie endosymbiotique dinsecte, Candidatus Carsonella ruddii avec un gnome de seulement 160 000 paires de bases31. Au contraire, la bactrie du sol Sorangium cellulosum possde un gnome constitu de 12 200 000 paires de base. Chose peu commune, les Spirochtes ainsi que des Streptomyces prsentent la particularit davoir un chromosome linaire. Le chromosome bactrien peut dautre part intgrer de lADN de virus bactrien (bactriophage). Ces bactriophages peuvent contribuer au phnotype de lhte. Par exemple, les bactries Clostridium botulinum et Escherichia coli O157:H7 synthtisent une toxine code par un gne qui provient dun phage qui sest intgr au gnome de ces bactries au cours de lvolution. b. Les plasmides Un plasmide dsigne en microbiologie ou en biologie molculaire une molcule d'ADN surnumraire distincte de l'ADN chromosomique, capable de rplication autonome et non essentiel la survie de cellule. Les plasmides sont gnralement circulaires. Ils se trouvent

quasi-exclusivement dans les bactries, l'exception notable du plasmide 2Mu que l'on trouve hberg par le micro-organisme eucaryote (Saccharomyces cerevisiae ). Une cellule bactrienne peut en contenir une copie, pour les grands plasmides, ou des centaines pour des plasmides artificiels (construits par gnie gntique des fins de clonage de gnes). Les bactries en comportent gnralement 5 30 copies, les levures entre 50 et 100 exemplaires par cellule. Plusieurs plasmides diffrents peuvent coexister dans une mme cellule sous condition de leur compatibilit mutuelle. Certains plasmides sont capables de s'intgrer aux chromosomes; on appelle ces plasmides des pisomes. Les plasmides participent aux transferts horizontaux de gnes entre les populations bactriennes, et donc la dissmination des gnes confrant des avantages slectifs (par exemple des rsistances aux antibiotiques ou des facteurs de virulence). La mobilit des plasmides (par conjugaison) au sein des populations bactriennes accrot le spectre dhte des gnes impliqus dans la virulence. Ces gnes offrent en contrepartie un avantage slectif pour le plasmide et les bactries htes. On conoit donc la nature quasi-ubiquitaire et persistante des plasmides chez les bactries pathognes. c. LADN nuclaire L'ADN nuclaire est de l'ADN double brin localis dans le noyau des cellules eucaryotes sous forme de chromosomes linaires. Chez les organismes diplodes, l'ADN nuclaire est donc prsent en seulement 2 exemplaires dans la cellule, il est hrit pour moiti du pre et pour l'autre moiti de la mre. Il dtermine le sexe des individus puisqu'il contient les chromosomes sexuels. L'ADN nuclaire humain contient plus de 3,4 milliards de paire de base. Le nombre de chromosome humain est de 23 paires de chromosomes dont une paire de chromosome sexuels d. lADN mitochondrial.

Confin l'intrieur des mitochondries, organites qui produisent l'nergie cellulaire, le gnome mitochondrial (ADNmt) est distinct de l'ADN contenu dans le noyau. La transmission de cet ADN est gnralement dite non-mendlienne, dans la plupart des cas il est transmis par la mre. Mais il existe de nombreuses exceptions chez les plantes, les champignons et mme chez les animaux. Le gnome mitochondrial est particulirement utilis en gntique des populations humaine, ou en agronomie. Il se distingue du reste du gnome des cellules eucaryotes par son asexualit, qui est l'origine du phnomne de strilit mle. La strilit mle cytoplasmique est un phnomne par lequel une plante dioque se retrouve dans lincapacit de produire des gamtes mles fertiles. Le terme cytoplasmique voque le fait que le phnotype est provoqu par un facteur port par le gnome mitochondrial. Ce processus a deux intrts majeurs en agronomie : faciliter la production de descendance hybride chez des plantes naturellement autogame, et bnficier ainsi du phnomne de vigueur hybride ou htrosis, mais aussi pour les semenciers de distribuer des plantes ne pouvant donner une descendance utilisable pour un nouveau semis. Dans la nature le phnomne de strilit mle cytoplasmique est contre balanc par lapparition de facteurs de restauration de la fertilit, cods par le noyau. Chez l'homme, le gnome mitochondrial humain est circulaire, contient environ 16 000 paire de base. Il comporte 37 gnes, lesquels codent 13 protines, 22 ARN de transfert et 2 ARN ribosomaux. Les gnes sont disposs les uns la suite des autres, et ne sont spars que par de 2

courtes rgions non codantes. Les gnes codant des protines sont spars les uns des autres par des gnes codant des ARN de transfert. Une rgion de rgulation de 600pb comporte les origines de transcription et une origine de rplication.

e. LADN chloroplastique Ils sont rencontrs chez les organismes photosynthtiques Les molcules d'ADN du gnome chloroplastique sont gnralement linaires ou ramifies (pendant longtemps, il a t dcrit comme circulaire). Le gnome chloroplastique est trs rduit, 37 220kb et contient gnralement une centaine de gnes, alors que par comparaison celui d'une cyanobactrie (origine des chloroplastes) fait plusieurs mgabases et comporte plusieurs milliers de gnes. Les ribosomes sont constitus d'ARNr, synthtiss dans les chloroplastes, et de protines codes par les gnomes nuclaires et chloroplastiques. L'ADN du chloroplaste ne lui permet pas de subvenir tous ses besoins ; il y a une coopration entre la cellule et le chloroplaste. Par exemple, le Ribulose 1,5 Bisphosphate Carboxylase/Oxygnase (ou Rubisco) est compose de deux parties : une grande et une petite qui sont rptes chacune huit fois. La grosse sous-unit (55 kDa) est forme dans le chloroplaste et la petite sous-unit (15 kDa) est synthtise dans le cytoplasme de la cellule, sous la forme de prcurseurs, puis pntre dans le chloroplaste. Rappel : La rubisco permet la fixation du carbone du CO2 dans la matire organique. Elle catalyse la raction suivante :Ribulose-1,5-bisphosphate + CO2 2 (3-phosphoglycrate). Cest une enzyme peu efficace, tant capable de ragir la fois avec le dioxyde de carbone (photosynthse) et l'oxygne (photorespiration). Certains vgtaux fournissent le dioxyde de carbone en excs la Rubisco, en sparant les tapes d'absorption dans la feuille et d'assimilation dans la matire organique du CO2. Deux stratgies sont possibles : sparation dans le temps (mtabolisme crassulacen, plantes CAM) ou dans l'espace (plantes en C4, toutes deux aboutissant une meilleure efficacit photosynthtique. En rgle gnrale, les protines codes par l'ADN nuclaire mais destines une localisation chloroplastique sont synthtises sous la forme de prcurseurs pourvus d'un signal de transit en N-terminal, qui consiste en un peptide d'une cinquantaine d'acides amins (taille variable d'une protine une autre), et qui sera cliv au moment du passage l'intrieur du chloroplaste pour aboutir la protine mature. Les protines destines la membrane des thylacoides du chloroplaste peuvent mme tre pourvues de deux squences de transit, la premire pour entrer dans le chloroplaste, la deuxime pour tre intgre dans la membrane. Ces mcanismes font intervenir deux complexes protiques connus sous le nom de TIC et TOC. B. Composition chimique, structure et proprits. 1. Les desoxyribonuclotides, monomres de base. [Sucre=pentose=D-desoxyribose]+acide phosphorique+base azote.

2. Structures des chanes desoxyribonuclotidiques. a. La structure primaire Liaison phosphodiester et squence. Tous les ADN sont constitus par un enchanement de desoxyribonuclotides (Structure Iaire). Liaison phosphodiester entre C 5 et 3 du desoxyribose. La rpartition en A, T, G, C nest pas uniforme le long dune molcule dADN. Grce l'alternance des 4 bases azotes A, C, T, G, toutes ces squences constituent un message cod, portant les informations gntiques. En effet, l'ordre, la nature, et le nombre de nuclotides dterminent l'information gntique. Le lien entre l'information gntique, et les caractres de l'organisme (le phnotype), est gouvern par le code gntique. b. La structure secondaire La molcule dADN est en gnral double brin on dit qu'elle est bicatnaire, elle forme une double hlice. Cette structure a t mise en vidence par la technique de diffraction aux rayons X (le fameux clichet de 1952). Les bases azotes sont complmentaires deux deux, une purique s'associant toujours une pyrimidique: l'adnine s'associant avec la thymine et la guanine avec la cytosine. Les bases azotes complmentaires sont relies entre-elles par des liaisons hydrogne. Il y a deux liaisons hydrognes entre A et T et trois entre C et G. En face d'une adnine, il y a toujours une thymine; en face d'une cytosine, il y a toujours une guanine. La proportion de G + C est variable selon les organismes : elle varie entre les bornes 25 et 75%, environ. Mais selon la loi de Chargaff, A/T=C/G=1. Les brins d'ADN sont orients dans le sens 5' vers 3' (et ceci en raison de notations lies la gomtrie du dsoxyribose). Deux brins d'une double hlice sont complmentaires et antiparallles, c'est--dire assembls tte bche (l'extrmit 5' de l'un est en contact avec l'extrmit 3' de l'autre et inversement). Ce caractre antiparallle des brins explique l'existence de deux sillons (l'un grand, l'autre petit) autorisant l'accs la squence des nuclotides sans avoir "ouvrir" la molcule en sparant les brins entre eux. Les paires de bases forment des plateaux, lhlice est un ensemble de plateaux qui forment un espce descalier en colimaon. La rotation entre 2 plateaux conscutifs est de lordre de 36. Il y a donc 10 paires de bases par tour dhlice. Ce mme tour dhlice fait 34 (1=10 -10 m) de long pour un diamtre de 20 . On a donc 3,4 entre 2 paires de bases conscutives. 4

Il existe 3 formes diffrentes de double hlice. Complmentarit des deux brins d'ADN

3. Proprits des ADN a.Molcule charge ngativement : En raison des groupes phosphoryls, lADN est charg ngativement. Cette molcule peut tre facilement spare dans un champ dlectrophorse. La temprature de fusion (ou dnaturation) Tm (melting temperature) des acides nucliques comme l'ADN est la temprature pour laquelle 50 % des molcules d'ADN sont dsapparies ou dnatures (i.e. sous forme simple brin). Cette proprit est visible par lecture de l'absorption optique de la solution contenant l'ADN 260 nm : la densit optique augmente au cours du dsappariement (phnomne d'hyperchromicit). Courbe de fusion d'un acide nuclique en fonction de la temprature. L'augmentation de l'absorption UV caractrise le phnomne d'hyperchromicit.
b.Fusion ou dnaturation

L'nergie thermique apporte devient alors suffisante pour rompre les liaisons H interbrins. Cette temprature dpend donc de la quantit de liaisons hydrognes prsentes. Ce sont d'abord les appariements A-T qui se sparent les premiers au cours de la monte de la temprature car ils ne possdent que deux liaisons hydrognes contrairement aux appariements G-C qui en possdent trois. Ainsi, lors d'une lvation progressive de la temprature, il se forme des yeux d'ouvertures dans l'ADN. Plusieurs formules empiriques permettent de calculer la valeur de la temprature de fusion. Elles tiennent compte du pourcentage de base (G+C), de la salinit du milieu ainsi que de divers facteurs correctifs, tels 5

que la prsence de structures secondaires intra ou extra molculaires (repliement de l'ADN sur lui-mme, formation d'appariements entre deux brins). La connaissance de la temprature de fusion est un lment important au laboratoire lorsqu'il s'agit de faire de la PCR (Raction en chane par polymrase), par exemple. Un lien hydrogne est une mise en commun d'un proton entre un accepteur et un donneur. Plus il y a de liaisons hydrognes dans une molcule d'ADN, plus l'nergie de liaison est leve et plus sa temprature de fusion sera leve. Ainsi une molcule d'ADN double brin compose uniquement d'appariements de C (de G) avec des G (des C) (3 liens H) ncessitera plus d'nergie pour tre dnature sous la forme de molcules simple-brins, qu'un ADN de mme taille compos d'appariements de A (de T) avec des T (des A) (2 liens H). Ceci explique pourquoi la temprature de fusion de l'ADN varie en fonction de deux facteurs principaux :

sa taille (exprime en nombre de bases, gnralement en kilobase kb ou mgabase Mb ), son rapport (A+T)/(C+G), appel relation de Chargaff, donnant un indice des proportions de paires A-T versus C-G.
c. Stabilit

La structure double brin de lADN double brin en fait une molcule stable. De plus, labsence dun groupement OH sur le carbone en 2 fait que cette molcule est plus neutre que lARN. Il existe des enzymes qui hydrolysent les acides nucliques ce sont les nuclases. La quasi totalit des cellules possdent diffrents types de nuclase dont le but est de faire le mnage pendant le mtabolisme des acides nucliques. Les nuclases sont des phosphodiestrase et elles catalysent l'hydrolyse des liaisons phosphodiester entre les nuclotides. Certaines enzymes clivent spcifiquement l'ADN (des ADNases) ou de l'ARN (ARNases) mais d'autre ne sont pas spcifique et sont appels tout simplement nuclases. L'ADN traite par une solution d'acide chlorhydrique 1M subit une hydrolyse des liaisons glycosidiques au niveau des bases pyrimidiques spcifiquement. L'ADN rsiste l'hydrolyse alcaline. LADN peut tre phosphoryl, mthyl, actyl. d.Hybridation possible : ADNsb/ADNsb ; ARN/ADNsb. Interactions ADN/protines. 4. La compaction de lADN - Exemple chez une eubactrie E. Coli La molcule dADN est une double hlice circulaire, de 1300 micromtres de long. La taille de E.Coli : cylindre de 3 microns de long et 1 micron de diamtre. Donc lADN doit tre trs compact pour tenir dans la cellule. La molcule est dite superenroule mais ce nest pas suffisant. Elle est associe des protines : lensemble forme le nucloide. Les protines forment un chafaudage (scaffold). Lchafaudage est une structure

protique do mergent des boucles dADN super-enroul. Lenzyme responsable du superenroulement est une gyrase. Exemple pour lhomme : Chez lhomme : 2m dADN pour les 46 chromosomes dune cellule diplode, les chromosomes en mitose, bout bout, font 200 microns. LADN doit donc tre compact. Les histones sont des protines basiques en contact troit avec l'ADN. ce jour, cinq histones sont dcrites : les histones H2A, H2B, H3 et H4 forment un octamre globulaire (de structure 2x(H2A,H2B,H3,H4)) qui permet l'enroulement de 146 paires de bases d'ADN en un tour trois quart afin de former un nuclosome ou "collier de perles" : 1er degr de condensation de l'ADN (11 nm) ; l'histone H1 permet quant elle la compaction des nuclosomes et rigidifie la structure hlicodale ainsi obtenue (obtention d'un solnode : 2me degr de condensation de l'ADN 30 nm -). Contrairement plusieurs ARNm, les histones n'ont gnralement pas de queue poly(A). Les histones ne se fixent pas de manire spcifique certaines squences dADN : elles reconnaissent plutt des caractristiques globales (charge, structure dans lespace des nuclotides apparis). 5. Analyse de lADN et techniques utilises. Purification : partir de nimporte quelle cellule dun organisme donn car lADN gnomique est identique pour toutes les cellules de celui-ci lexception des gamtes ou de cellules mutagnises. La purification d'une solution d'ADN se fait le plus souvent par prcipitations rptes dans l'alcool. Une solution d'ADN, porte haute force ionique par addition de NaCl 3 M (1/10 du volume), est additionne d'un large excs d'thanol absolu 20C. Au bout de quelques minutes au maximum, on voit apparatre un prcipit blanchtre, translucide et filamenteux (la mduse ) constitu de longs filaments d'ADN prcipit. Dosage : spectrophotomtrie avec calcul de labsorbance 260 nm.
ADN double brin ADN simple brin 260 260 1U.D.O.=50 1U.D.O.= 33 g/ml g/ml

Squenage : consiste dterminer l'ordre d'enchanement des nuclotides dun fragment dADN donn. Actuellement, la plupart des squenages dADN sont raliss par la mthode de Sanger. Cette technique utilise la raction de polymrisation de lADN l'aide d'une ADN polymrase et des didsoxyribonuclotides (ddNTP). Electrophorse. Diffrentes techniques utilisent la proprit dhybridation : Southern blot, PCR. II. La biosynthse de lADN : la rplication.

On ne traitera pas du cas des virus. La rplication est le processus au cours duquel l'ADN est synthtis grce l'ADN polymrase. Ce mcanisme permet lADN d'tre dupliqu (donc doubl). 3 phases : initiation, longation, terminaison). La totalit du gnome doit tre rpliqu. Le brin dADN 7

qui sert de matrice la rplication est le brin parental. Le nouveau brin complmentaire au brin parental est le brin fils. lissue de la rplication, chacune des deux molcules dADN nouvellement forme est constitue dun brin parental et dun brin noform. On qualifie ce processus de semi-conservateur. La rplication de lADN dbute partir dune origine de rplication et progresse dans les deux sens partir de ce point crant ainsi deux fourches de rplication. On dit que la rplication de lADN est bidirectionnelle. A. Les tapes et les enzymes de la rplication. Linitiation au niveau dune origine de rplication, avec des enzyme permettant louverture du brin dADN (hlicase) des ssb (single strand binding protein) empche le rappariement des brins dADN en attendant sa rplication. Synthse des amorces par une primase (ARN polymrase). Synthse de lADN par une ADN polymrase (ADN dpendante, ncessitant un double brin pour commencer la synthse do limportance des amorces). Lavancement de la fourche de rplication implique des hlicases afin dliminer les surenroulements. La terminaison au niveau de site de terminaison pas trs bien caractris. Cette tape est trs importante. Le gnome doit tre rpliqu en entier une seule fois. Exemple chez une eubactrie E.Coli. Les origines de rplication sont des rgions riches en A et T. Celles-ci ont la particularit d'avoir une fusion plus basse, d'o une meilleure possibilit d'insertion de protines. C'est justement l'origine de rplication que va se former l'orisome, le complexe ADN/protines qui va ouvrir l'ADN et initier la rplication de l'ADN. Exemple dune origine de rplication :

-Les dna A se complexent avec les botes R de lorigine de rplication . Ce procd consomme de l'ATP.

-Des hlicases vont alors s'insrer dans les botes A, actives par les dna C et l'ADN va alors s'ouvrir. Cette tape consomme aussi de l'ATP.

- Le complexe va alors avancer dans la chane alors que des protines SSB vont stabiliser la forme simple brin. De l'ATP est encore consomm.

- Des primases vont alors s'insrer et le complexe protique va se dplacer de 5' en 3'. Des polymrases vont s'ajouter et la rplication va alors commencer, le complexe formant alors le rplisome. De l'ATP va encore tre consomm, sans compter les NTP requis pour les polymrases.

On peut ds lors remarquer que tous ces mcanismes consomment beaucoup d'nergie. Lorsque les brins fils s'emmlent, il y a un ralentissement au niveau de chaque rplisome. On pense alors que c'est le signal pour que chaque chromosome cr se dplace de chaque ct de la bactrie. C'est le dbut de la division cellulaire.

 Exemple de la rplication des tlomres

B. Les ADN polymrases. 1. LADN pol effectue une lecture oriente. Ce processus repose sur lappariement de bases complmentaires. LADN polymrase lit uniquement dans le sens 3-5 et lADN est donc synthtis dans le sens 5-3. Les deux brins sont antiparallles, un brin est donc synthtis de faon continue, la synthse de lautre brin (celui qui a lextrmit 5 tri-phosphate libre) se fait de manire discontinue. Cela veut dire quune srie de fragments (fragments dOkazaki mis en vidence en 1968) vont tre synthtiss et ensuite relis entre eux pour former un seul brin dun seul tenant. La vitesse de polymrisation est denviron 105 nt/minute chez E. coli. Chez les eucaryotes, sa
vitesse de progression sera entre 500 et 5000 nt/ minute cest lent mais il y a plusieurs origine de rplication.

2. Il existe plusieurs ADN pol. ADN polymrases bactriennes Trois ADN polymrases principales ont t identifies chez les bactries: Pol I : implique dans la rparation de lADN. Elle possde les deux activits polymrase 5' 3' et exonuclase 3'5' (fragment de Klenow), et participe la synthse des fragments dOkazaki. Elle intervient aussi en fin de rplication pour liminer les amorces d'ARN (activit exonuclase 5'-3'). Pol II : implique dans la rplication de l'ADN endommag. Pol III : cest la principale polymrase bactrienne qui intervient dans l'longation de la chane d'ADN lors de la rplication au niveau du brin avanc et de la synthse des fragments dOkazaki. Elle est constitue de dix sous-units. On dfinit une structure 10

minimale (core enzyme ) comprenant une sous-unit (activit polymrase), une sous-unit (exonulase 3' 5') et une sous -unit de fonction inconnue. Deux cores () et un complexe (facteur de chargement) sont maintenus ensemble par l'intermdiaire d'un connecteur, la protine . ADN polymrases eucaryotes les principales : ADN Pol -primase: ce complexe synthtise de courtes amorces ARN l'origine de la rplication sur le brin avanc ainsi que des amorces ARN pour les fragments d'Okazaki du brin retard. Cette polymrase ne possde pas de fonction exonuclasique. ADN Pol : Cette polymrase est implique dans des processus de rparation de l'ADN. Elle ne possde pas de fonction exonuclasique. Pol : Cette polymrase intervient dans la rplication de l'ADN mitochondrial. ADN Pol : C'est la polymrase principale qui intervient dans la rplication de l'ADN chez les eucaryotes, avec l'ADN Pol , dans la synth du brin avanc et du brin retard. Elle se possde aussi une activit exonuclasique 3' vers 5' intervenant dans la correction des erreurs et dans des processus de rparation. Cette polymrase correspond la Pol III bactrienne. ADN Pol : Elle possde une activit polymrase 5' vers 3' et une activit exonuclase 3' vers 5' et intervient dans la rplication et la rparation de l'ADN. Elle lit dans le sens 3' 5' et synthtise 5' 3' la zone du tlomre qui ne peut tre synthtise par l'ADN Pol (une amorce pralable doit tre pose par la primase sur l'extrmit 3' allonge du tlomre). Une ligase recollera ensuite les 2 brins.

C. Localisation du processus de rplication. Proca : la rplication a lieu dans le compartiment unique. Euca : la rplication se droule dans le noyau pour lADN nuclaire, sinon dans les mitochondries ou les chloroplastes.

D. Traitement des erreurs 1. Taux derreur de la rplication La polymrase incorpore un nuclotide erron avec une frquence qui varie entre 10 - 3 et 10-6. Cest lev. Une erreur qui nest pas corrige est une mutation transmissible la descendance cellulaire (uniquement somatique ou germinale) Il existe plusieurs systmes de correction des erreurs pendant et aprs la rplication proprement dite. Une fois que ces systmes sont intervenus, le taux derreur non corrige tombe 1/1010 voire 1/1011 On le lit : une erreur par 1010 ou 1011 nuclotides et par gnration Pour E.coli, on peut approximer en disant que cela revient 1 erreur pour 1 000 rplications du gnome bactrien. Inconvnient des erreurs : elles perturbent, abolissent le fonctionnement correct des gnes du gnome. Avec le temps, perte de ce qui fait la viabilit ou lidentit dune espce 11

Avantages : elles introduisent une variabilit qui peut tre conserve si elle est avantageuse (slection naturelle) et ouvrent la porte lvolution des espces. Il y a un quilibre entre stabilit et plasticit 2. Taux daltration de lADN Des altrations de l'ADN peuvent se produire. Ces phnomnes ne sont pas rares, et certains sont mme spontans (dsamination frquente des bases ), altration dues l'instabilit chimique des bases, alors que d'autres induits ( chaleur enlve normment de purines sur un brin ), modifications dues l'environnement. Voici un bref tableau rsumant les principaux dommages que subissent l'ADN, leurs facteurs principaux et le nom du mcanisme de rparation associ.

3. Les systmes de corrections des erreurs de la rplication Correction sur preuve. La pol III exerce une SECONDE activit enzymatique. Elle peut revenir en arrire pour enlever le nuclotide mal appari grce son activit exonuclasique 3 vers 5. Une fois la mauvaise base enleve, la polymrisation repart dans le sens 5-3

5 3

dXXP

3O 12 dXXP

Correction des erreurs d'appariement La plupart des msappariements dans l'ADN surviennent aprs la rplication de l'ADN, mais ils peuvent aussi survenir aprs une dsamination d'une cytosine mthyle.

- Excision-rparation de base Ce type de rparation est communment utilis pour liminer les bases incorrectes ( comme l'uracile ) ou les bases alkyles. On sait que les cytosines peuvent tre mthyles. Suite une dsamination, la cytosine devient une thymine. La glycosylase est suppose reconnatre et supprimer les liaisons TC, or ce mcanisme est loin d'tre parfait. On parle alors de points chauds de mutation ces endroits o les mutations sont frquentes.

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- Excision-rparation du nuclotide Bien que l'excision-rparation de base joue un rle important dans la rparation de l'ADN, ce mcanisme n'est pas suffisant, notamment parce que les N glycosylases ne sont pas capables de rparer certaines erreurs. L'excision rparation du nuclotide est un mcanisme plus flexible. La pol III cesse immdiatement son activit.

- Les rparations post-rplicatives Dans le cas o le systme d'excision-rparation est dbord ou si l'erreur se produit prs d'une fourche de rplication, l'erreur ne sera pas rpare avant la rplication ; d'o un brin portera toujours l'erreur. ce moment se dclenche RecA qui va recombiner un morceau du brin sain qui servira de matrice pour remplacer l'altration.

- Le systme SOS 14

Lorsque les dgts sur l'ADN sont trop importants et que les autres mcanismes de rparation ne sont pas seuls capables de rparer l'ADN, un mcanisme se dclenche et une vingtaine de protines normalement rprimes vont alors tre exprimes. Ces protines sont des protines de rparation. La protine RecA s'associe aux ADN simple brin. Ceci lui confre une activit qui dtruit le rpresseur LexA. Ainsi, s'il y a beaucoup de forme simple brin, le rpresseur sera inactiv, et les protines de rparation qu'il rprimait seront alors exprimes. On remarque notamment parmi ces protines RecA et UvrA, normalement exprimes en petit nombre.

III. Les fonctions de lADN. 1. LADN support de linformation gntique. C'est la molcule de l'HRDIT. Elle contient toutes les informations ncessaires la vie de tout organisme. Le gnotype dtermine le phnotype. Chez les organismes haplodes le phnotype est le reflet direct du gnotype, tandis que chez les organismes diplodes la relation est indirecte du fait de la prsence de deux allles (diffrents ou identiques) du mme gne. Information prsente sur lADN : a. Les squences gniques : notion de gne, les squences promotrices, les squences rgulatrices, les squences dinitiation et de terminaison de la transcription et de la traduction.

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b. Les squences non gniques exemple : site dinitiation de la rplication, tlomre. 2. Lexpression des gnes a. La transcription et sa rgulation b. La traduction : Evoquer la traduction en pointant les squences prsentes sur lADN qui se retrouve sur lARN et son importantes pour cette tape (squence rgulatrice de la traduction, les squences shine et delgarno.) le code gntique Expliquer le code gntique est le systme de correspondance entre les squences de nuclotides de l'ADN et les squences en acides amins des protines. L'enchanement des quatre nuclotides A, C, T, G, dans une squence gnique doit coder l'enchanement des 20 acides amins au niveau de la protine. Si une base codait un seul acide amin, seuls 4 acides amins pourraient tre cods de faon non ambigu. Le codage d'un acide amin ncessite donc au minimum une suite de 3 bases (64 possibilit d'arrangement, ou codons). Il serait possible donc de coder 61 acides amins diffrents et 3 codons d'arrt de la traduction : UAA UAG et UGA. Le code est dit dgnr (on parle de redondance du code gntique), un acide amin peut tre cod par plusieurs codons pour cette raison. 16

3. La transmission de lADN a. Transmission conforme Chez les procaryotes : la bipartition. La multiplication par bipartition est la plus courante chez les bactries : le chromosome circulaire (ADN) se ddouble et la cellule se divise en deux : c'est la reproduction conforme Chez les Eucaryotes : la bipartition, la mitose, meose b. Transmission non conforme - les mutations - les recombinaisons In vivo chez les procaryotes (transformation, conjugaison, transduction (insertion de virus), transposition (insertion de transposon) La conjugaison bactrienne, sexualit chez les bactries. Il y a transfert de matriel hrditaire d'une bactrie donatrice dite " mle " vars une bactrie rceptrice dite " femelle ".

" Mle "

" Femelle "

Accolement ou ouverture du chromosome circulaire

Transfert d'une partie du matriel hrditaire par un pont commun aux deux bactries.

Il y a alors formation d'un zygote (uf) particulier qui donne une bactrie possdant un fragment d'ADN venant du " pre " et un fragment d'ADN de la " mre ". Ceci peut tre assimil une sexualit vraie car il y a " brassage " du matriel hrditaire. La nouvelle bactrie n'est conforme gntiquement ni au " pre " ni la " mre ".

In vivo chez les eucaryotes (transpositions, recombinaison meotique et somatique)

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4. LADN un outil molculaire LADNc Ex: Pour lutter contre certaines formes de diabte, il faut de linsuline. Cette molcule doit tre dorigine humaine. Des chercheurs ont transfr le gne de linsuline humaine dans une bactrie. La bactrie peut tre facilement cultive en grande quantit. Elle fabrique, en utilisant le gne humain, de linsuline humaine que lon peut facilement rcuprer.

CONCLUSION : Rappel des points importants en soulignant que la structure, la conformation des ADN et la possibilit pour eux dtablir des interactions avec ADN, ARN et protines sont des proprits fondamentales pour comprendre les mcanismes qui sous-tendent les diffrentes fonctions que ces acides nucliques remplissent. Molcule la fois stable et variable, ce qui permet ladaptation dune espce dans le cas ou les conditions de milieu changent. Aprs on peut ouvrir en parlant de diffrents sujets comme : - Un problme de taille se pose lorsque la division cellulaire se fait de faon anarchique, on assiste l'apparition de cellules cancreuses. -le contrle de la rplication - les OGM -ADN mithocondrial et phylognie molculaire -thrapie gnique

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