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1 FACULDADE INTEGRADA DA GRANDE FORTALEZA CURSO LICENCIATURA EM BIOLOGIA CSAR AUGUSTO VENANCIO DA SILVA Unidade II - Tema 3 - Protenas

1 - Como se chamam as unidades estruturais das protenas?

Os aminocidos so as unidades estruturais bsicas das protenas. Um alfa-aminocido constitudo de um grupamento amina, uma carboxila, um tomo de hidrognio e um radical R diferenciado, ligados a um tomo de carbono, que chamado de carbono alfa por ser o adjacente ao grupamento carboxila.

As protenas so compostos orgnicos de alto peso molecular, so formadas pelo encadeamento de aminocidos. Representam cerca do 50 a 80% do peso seco da clula sendo, portanto, o composto orgnico mais abundante de matria viva. So encontradas em todas as partes de todas as clulas, uma vez que so fundamentais sob todos os aspectos da estrutura e funo celulares. So os constituintes bsicos da vida: tanto que seu nome deriva da palavra grega "proteios", que significa "em primeiro lugar". Nos animais, as protenas correspondem cerca de 80% do peso dos msculos desidratados, cerca de 70% da pele e 90% do sangue seco. Mesmo nos vegetais as protenas esto presentes. Existem muitas espcies diferentes de protenas, cada uma especializada para uma funo biolgica diversa. Alm disso, a maior parte da informao gentica expressa pelas protenas. Todas contm carbono, hidrognio, nitrognio e oxignio, e quase todas contm enxofre. Algumas protenas contm elementos adicionais,

2 particularmente fsforo, ferro, zinco e cobre. Independentemente de sua funo ou

espcie de origem, so construdas a partir de um conjunto bsico de vinte aminocidos, arranjados em vrias seqncias especficas, que se repetem, em mdia, cerca de 100 vezes. Desta forma, as protenas tm como base de sua estrutura os polipeptdios formados de ligaes peptdicas entre os grupos amino (-NH2) de um aminocido e carboxlico (-COOH) de outro, ambos ligados ao carbono alfa de cada um dos aminocidos.

2. Diga o que so enzimas e sua importncia para o organismo.

Enzimas so catalisadores biolgicos. Catalisador aquela substncia que aumenta a velocidade das reaes. Todo ser vivo tem enzimas na sua constituio, elas nos ajudam no processo de digesto e muitas outras funes. Por exemplo: as proteases agem sobre as protenas que ingerimos, as lpases sobre a gordura. Enzimas so um grupo de substncias orgnicas de natureza normalmente protica (existem tambm enzimas constitudas de RNA, as ribozimas), com actividade intra ou extracelular que tm funes catalisadoras, catalisando reaes qumicas que, sem a sua presena, dificilmente aconteceriam. Isso conseguido atravs do abaixamento da energia de activao necessria para que se d uma reaco qumica, resultando no aumento da velocidade da reao e possibilitando o metabolismo dos seres vivos. A capacidade cataltica das enzimas torna-as adequadas para aplicaes industriais, como na indstria farmacutica ou na alimentar. Em sistemas vivos, a maioria das reaces bioqumicas d-se em vias metablicas, que so sequncias de reaces em que o produto de uma reaco utilizado como reagente na reaco seguinte. Diferentes enzimas catalisam diferentes passos de vias metablicas, agindo de forma concertada de modo a no interromper o fluxo nessas vias. Cada enzima pode sofrer regulao da sua actividade, aumentando-a, diminuindo-a ou mesmo interrompendo-a, de modo a modular o fluxo da via metablica em que se insere. O ramo da Bioqumica que trata do estudo das reaces enzimticas a enzimologia. As enzimas exercem uma grande variedade de funes nos organismos vivos. So indispensveis para a transduo de sinais, na regulao celular, muitas vezes por aco de cinases e fosfatases.[51] Atravs da sua aco podem gerar movimento, como no caso da miosina que hidroliza ATP, gerando contraces musculares. Tambm movimentam carga atravs da clula, atravs da aco do citoesqueleto. Algumas enzimas

3 so ATPases (funcionam como bombas inicas), que se localizam na membrana celular, estando envolvidas do processo de transporte activo. Algumas funes mais exticas so operadas por enzimas, como o caso da luciferase que gera luz nos pirilampos. Os vrus podem conter enzimas que auxiliam na infeco de clulas (HIV-integrase e transcriptase reversa) ou na libertao celular de vrus (neuraminidase no vrus influenza). Uma importante funo das enzimas tem lugar no sistema digestivo dos animais. Enzimas como as amilases e proteases, quebram grandes molculas como o amido e protenas, respectivamente, em molculas de menores dimenses, de maneira a que estas possam ser absorvidas no intestino. O amido no absorvvel no intestino, mas as enzimas hidrolizam as cadeias de amido em molculas menores tais como a maltose e a glucose, podendo desta maneira ser absorvidas. Diferentes enzimas actuam sobre diferentes tipos de alimento. Nos ruminantes, que possuem uma dieta herbvora, bactrias no sistema digestivo produzem uma enzima denominada celulase que quebra as paredes celulares das clulas vegetais. As enzimas podem trabalhar em conjunto, seguindo uma ordem de actuao especfica. Desta maneira podem formar vias metablicas. Nestas vias, uma enzima processa o produto da aco de outra enzima como o seu substrato. Aps a reaco cataltica, o produto depois entregue a outra enzima. Por vezes, mais do que uma enzima pode catalisar a mesma reaco, em paralelo. Isto permite uma regulao mais complexa: As enzimas determinam que passos que ocorrem nessa vias metablicas. Sem a presena de enzimas, o metabolismo no progride atravs dos mesmo passos, nem suficientemente rpido para que sirva as necessidades da clula. De facto, uma via metablica to importante como a gliclise no poderia existir sem a presena de enzimas. A glucose, por exemplo, pode reagir directamente com o ATP para dar origem a um produto fosforilado em um ou mais carbonos. Na ausncia de enzimas, este processo to lento que se torna insignificante. No entanto, se a enzima hexocinase for adicionada, estas reaco lentas continuam a ser efectuadas, mas a fosforilao do carbono nmero 6 ocorre de maneira to rpida que, se a mistura for testada pouco tempo depois, a glicose6-fosfato o nico produto significativo. Consequentemente, pode-se dizer que a rede de vias metablicas existentes dentro de cada clula depende do conjunto de enzimas funcionais que esto presentes. A atividade enzimtica na clula controlada de cinco principais modos: A produo da enzima (transcrio e traduo dos genes que codificam a enzima) pode ser aumentada ou diminuda pela clula em resposta a mudanas no ambiente celular. Esta forma de regulao gentica designada como induo ou inibio da expresso enzimtica. Por exemplo, as bactrias podem

4 desenvolver resistncia a antibiticos como a penicilina porque so induzidas enzimas (lactamases) que hidrolisam o anel beta-lactmico presente na estrutura do antibitico e essencial para a sua actividade biolgica. Outro exemplo a importncia das enzimas hepticas citocromo P450 oxidases, envolvidas no metabolismo de desintoxicao de xenobiticos. As enzimas podem encontrar-se compartimentadas, com difentes vias metablicas (ou partes de vias metablicas) ocorrendo em diferentes compartimentos celulares. Por exemplo, os cidos gordos so sintetizados por um conjunto de enzimas no citoplasma, no retculo endoplasmtico e no complexo de Golgi e usados por um conjunto diferente de enzimas como fonte de energia na mitocndria, atravs da -oxidao. As enzimas podem ser reguladas por inibidores e activadores. Por exemplo, os produtos finais de uma dada via metablica so frequentemente inibidores das enzimas que catalisam os primeiros passos da via (normalmente o primeiro passo factualmente irreversvel), regulando assim a quantidade de produto final produzido pela via. Este tipo de regulao denominado mecanismo de feedback (ou autoalimentao) negativo porque a quantidade de produto final regulada pela sua prpria concentrao. Na prtica, o feedback negativo ajusta a velocidade de sntese de metabolitos intermedirios da via de acordo com a necessidade da clula. Este mecanismo ajuda na distribuio econmica e eficiente de compostos, evitando a produo excessiva de produtos finais. Tal como outros mecanismos homeostticos, o controlo da actividade enzimtica ajuda na manuteno de um ambiente interno estvel em organismos vivos. As enzimas podem ser reguladas atravs da sua modificao ps-traducional. Este tipo de modificao inclui a fosforilao, a miristoilao e a glicosilao. Por exemplo, a fosforilao de diversas enzimas, como a glicognio sintase, em resposta a um sinal da insulina, ajuda no controlo da sntese ou degradao do glicognio e permite a resposta celular a variaes da glicemia. Outro exemplo a quebra da cadeia polipeptdica da quimotripsina, uma protease digestiva que produzida numa forma inactiva (quimotripsinognio) no pncreas e transportada ento para o estmago, onde activada. Este mecanismo evita a digesto de tecidos pancreticos (ou outros) pela quimotripsina antes de entrar no tracto digestivo. Este tipo de precursor inactivo de uma enzima denominado zimgeno. Algumas enzimas tornam-se activas quando so colocadas num ambiente diferente (por exemplo, de um ambiente citoplasmtico redutor para um ambiente periplasmtico oxidativo). Um exemplo encontra-se na hemaglutinina dos vrus Influenza (vrus da gripe), que sofre uma mudana conformacional quando encontra o ambiente acdico de vesculas da clula hospedeira, provocando a sua activao(Howard Hugues Media Institute, The Structural Biology Program, "RNA,

5
The Enzyme" A. Radzicka, R. Wolfenden (1995), "A proficient enzyme.", Science, 6(267), p. 90-931; Ren Antoine Ferchault de Raumur (1752), "Observations sur la digestion des oiseaux", Histoire de l'academie royale des sciences, 1752p. 266, 461; Williams, H. S. (1904) A History of Science: in Five Volumes. Volume IV: Modern Development of the Chemical and Biological Sciences Harper and Brothers (New York); J. Dubos (1951), "Louis Pasteur: Free Lance of Science, Gollancz." in K.L. Manchester (1995), "Louis Pasteur (18221895)--chance and the prepared mind.", Trends in Biotechnology, 13(12), p.511-515; Nobel Laureate Biography of Eduard Buchner at http://nobelprize.org Accessed 04 April 2007.).

3. Esquematize a reao enzimtica.

Um grande nmero de substncias pode inibir a atividade enzimtica. Algumas dessas substncias so constituintes da clula e outras so estranhas, levando com a sua presena a alteraes significativas do metabolismo. Quando o inibidor produzido pela prpria clula, a variao na sua concentrao vai ser muito empregado pela prpria clula como uma forma de controle da velocidade das reaes. Esse mecanismo vai possibilitar ao organismo responder a diferentes condies fisiolgicas. Muitos medicamentos usados rotineiramente baseiam-se na inibio especfica de enzimas. O bloqueio de uma nica reao vai afetar toda a sequncia de reaes, j que a reao bloqueada no vai gerar o produto que vai ser necessrio pra reaes seguintes. Os inibidores podem ser reversveis ou irreversveis, de acordo com a estabilidade gerada pela sua ligao com a enzima: Os inibidores irreversveis se ligam as enzimas levando a inativao definitiva desta. Estes inibidores so muito txicos para o organismo j que no so especficos, sendo capazes de inativar qualquer enzima. J os inibidores reversveis podem ser divididos em dois grupos: os competitivos e os no-competitivos. Essa diviso baseada na presena ou no de competio entre o inibidor e o substrato pelo centro ativo da enzima.

Esquema cintico para uma inibio enzimtica reversvel.

Os inibidores competitivos competem com o substrato pelo centro ativo da enzima. Estas molculas apresentam configurao semelhante ao substrato e por isso so capazes

6 de se ligarem ao centro ativo da enzima. Eles produzem um complexo enzima-inibidor que semelhante ao complexo enzima-substrato. Os inibidores no-competitivos no tem semelhana estrutural com o substrato de reao que inibem. A sua inibio se d pela sua ligao a radicais que no pertencem ao grupo ativo. Esta ligao vai alterar a estrutura da enzima e inviabiliza a sua catlise.

Esquema cintico para inibidores enzimticos reversveis. E=Enzima; S=Substrato; ES=Complexo; P=Produto; I=Inibidor

Entre os compostos orgnicos da clula encontramos as protenas, que so macromolculas construtoras do organismo, formadas por molculas pequenas denominadas aminocidos. As protenas desempenham importantes funes no organismo como componentes das membranas celulares, como constituinte de defesas orgnica (antgenos e anticorpos) e tambm como impulsora das reaes qumicas celulares (enzimas).

4. Cite os fatores que podem alterar o funcionamento das enzimas.

Em termos quantitativos, a funo das protenas que domina a formao de tecidos dos seres vivos. Pode pensar em cabelo, pele, carne, em particular. Todavia, existe outro tipo de protenas que no existe em quantidades grandes no corpo, mas sim muito importante, tendo a funo de catalisador dos processos bioqumicos no corpo. Estes biocatalisadores so chamados: "enzimas". A ao dos biocatalisadores depende em grande parte da forma molecular, em particular da superfcie da molcula da prpria protena. O funcionamento das enzimas, por conseqncia, depende da superfcie da sua molcula. Qualquer influncia que pode mudar esta superfcie estraga o trabalho da enzima. Assim, uma ao de desnaturao desastrosa. A enzima j no funciona. Pode ser uma temperatura alta demais: uma desnaturao irreversvel. Ou mudana de pH, ou mudana do ambiente por acrescentar lcool ou sais. As enzimas mostram sempre um

7 valor de pH ou uma temperatura que o melhor para seu funcionamento: a temperatura tima ou o pH timo. Duas caractersticas gerais das enzimas: I. Enzimas so protenas (a parte estrutural); tm a estrutura da protena; tm a possibilidade de desnaturao, em particular sob influncia do pH e da temperatura; II. Enzimas so (bio)catalisadores (a parte cintica); muito especfico e eficiente; holoenzima = apoenzima + coenzima/grupo prosttico. A enzima uma protena com: Uma estrutura primria, produzida sob controle do DNA = a sequncia dos aminocidos; Uma estrutura secundria, = o -helix (tipo mola) da estrutura primria; Uma estrutura terciria, = o resultado quando o -helix se vai dobrar em 3 dimenses; a forma tridimensional defina a especificidade e a sua inibio; Uma estrutura quaternria (nem sempre) um conjunto de (4) estruturas tercirias iguais. De modo geral, o nome da enzima comea com o substrato +, em seguida, a atividade da enzima:

Oxidoreductases catalisam reaces redox (ex. glucose-oxidase) Transferases Hidrolases Liases Isomerases Ligases transferem grupos funcionais dum doador para um aceitador. separar molculas (ex. peptidases, proteases) tiram ou juntam certos grupos funcionais (ex. decarboxilase) mudam ismeros (mutase) para ligar molculas (piruvatocarboxilase)

Protenas so sensveis para o ambiente, em particular para o valor do pH e a temperatura. Os dois podem causar mudanas na forma tridimensional, at desnaturao.

Desnaturao de protenas (e polissacardeos). Para tal existem vrios mtodos (por exemplo): Aquecimento causa mais movimento dos tomos e ligaes; pode estragar as ligaes vanderwaals ou as ligaes polares; no se estragam as ligaes covalentes. Aquecimento extremo pode estragar as ligaes dentro das molculas e formar outras substncias, at chegar a produtos finais, como gua e carbono (resduo preto) Juntar cido ou lcool pode estragar pontes de hidrognio, ou seja, a estrutura terciria e secundria.

5. Diferencie os aminocidos essenciais dos no essenciais e diga onde encontramos cada tipo.

9 Um aminocido essencial aquele que o organismo considerado (normalmente, o humano) no capaz de sintetizar mas necessrio para o seu funcionamento. O organismo humano incapaz de sintetizar cerca de metade dos vinte aminocidos comuns. Tem ento de os obter atravs da dieta, pela ingesto de alimentos ricos em protenas. Os aminocidos no essenciais so tambm necessrios para o funcionamento do organismo, mas podem ser sintetizados in vivo a partir de determinados metabolitos. Existem aminocidos que so essenciais apenas em determinadas situaes patolgicas ou em organismos jovens e em desenvolvimento. A estes convencionou-se a designao "condicionalmente essenciais". Estes aminocidos so normalmente fonte de diviso entre os cientistas, havendo os que consideram estes como essenciais e os que no os consideram essenciais. A lista abaixo mostra os aminocidos comuns classificados quanto sua essencialidade para o organismo humano. Esta lista vlida para a maioria dos mamferos. Condicionalmente essenciais: Arginina; Glutamina; Glicina; Prolina; Tirosina; Cistena; Serina; Asprtico. Essenciais: Histidina; Isoleucina; Leucina; Lisina; Metionina; Fenilalanina; Treonina; Triptofano; Valina; triptofano. Note-se que os aminocidos no essenciais possuem, em geral, vias de sntese relativamente simples. Por exemplo, o metabolito -cetoglutarato (intermedirio do ciclo dos cidos tricarboxlicos) precursor do glutamato, que por sua vez pode dar origem glutamina, prolina e arginina. Os aminocidos so especialmente divididos em dois grupos: os no essenciais (que so os que o nosso corpo produz) e os essenciais (aqueles cujo o nosso corpo no produz, mas que pode ser obtido atravs da alimentao). A maioria das plantas e bactrias consegue sintetizar a totalidade dos aminocidos, no existindo nestes organismos o conceito de "aminocido essencial". Amino cido H Histidina I Isoleucina L Leucina K Lisina M Metionina mg por kg de peso mg para pesssoas de 70 mg para pessoas de 100 corporal 10 20 39 30 15 (total) + C Cisteina F Fenilalanina 25 (total) kg 700 1400 2730 2100 1050 1750 kg 1000 2000 3900 3000 1500 2500

10

+ Y Tirosina T Treonina 15 W Triptofano 4 V Valina 26

1050 280 1820

1500 400 2600

A recomendao para crianas de 10 a 20% maior que para os adultos, podendo chegar a 150% para bebs. Fontes de protena animal, como carne, peixes, ovos e leite proveem todos os amino cidos essenciais. Plantas como a quinoa, semente de cnhamo, amaranto e soja tambm, embora a utilizao deste aminocido esteja influenciada pelo aminocido limitante. Por exemplo: se uma fonte contm todos os aminocidos, mas tem uma quantidade muito pequena de lisina, o corpo humano s vai absorver os outros na proporo que a lisina for utilizada para sntese de protenas, e os aminocidos em "excesso" sero desaminados e transformados em acar ou gordura. Da a importncia de variar a dieta e misturar vrias fontes de protenas. At mesmo dietas estritamente vegetarianas podem suprir facilmente as necessidades proticas de qualquer indivduo, basta que se combine alimentos ricos em protenas - por exemplo, arroz contm poucas quantidades de alguns aminocidos que so encontrados em boas quantidades no feijo. De forma similar, feijo contm poucas quantidades de alguns aminocidos dos quais o arroz rico. Juntos, feijo e arroz fornecem quantidades adequadas de todos os aminocidos essenciais. Fonte protica Trigo Arroz Legumes Milho, cereais feijo ovos, frango Amino cido limitante lisina lisina triptofano lisina and triptofano metionina (or cisteina) nenhum; referncia para protena absorvida

Referncias Bibliogrficas para essa unidade temtica. 1. Howard Hugues Media Institute, The Structural Biology Program, "RNA, The Enzyme" 2. A. Radzicka, R. Wolfenden (1995), "A proficient enzyme.", Science, 6(267), p. 90-931

11 3. Ren Antoine Ferchault de Raumur (1752), "Observations sur la digestion des oiseaux", Histoire de l'academie royale des sciences, 1752p. 266, 461 4. Williams, H. S. (1904) A History of Science: in Five Volumes. Volume IV: Modern Development of the Chemical and Biological Sciences Harper and Brothers (New York) 5. J. Dubos (1951), "Louis Pasteur: Free Lance of Science, Gollancz." in K.L. Manchester (1995), "Louis Pasteur (18221895)--chance and the prepared mind.", Trends in Biotechnology, 13(12), p.511-515 6. Nobel Laureate Biography of Eduard Buchner at http://nobelprize.org Accessed 04 April 2007 7. 1946 Nobel prize for Chemistry laureates at http://nobelprize.org Accessed 04 April 2007 8. Blake CC, Koenig DF, Mair GA, North AC, Phillips DC, Sarma VR.. (1965). "Structure of hen egg-white lysozyme. A three-dimensional Fourier synthesis at 2 Angstrom resolution.". Nature 22 (206): 757-761. PMID 5891407. 9. Chen LH, Kenyon GL, Curtin F, Harayama S, Bembenek ME, Hajipour G, Whitman CP. (1992). "4-Oxalocrotonate tautomerase, an enzyme composed of 62 amino acid residues per monomer". J. Biol. Chem. 267 (25): 17716-21. PMID 1339435. 10. Smith S. (1994). "The animal fatty acid synthase: one gene, one polypeptide, seven enzymes". FASEB J. 8 (15): 124859. PMID 8001737. 11. Anfinsen C.B.. (1973). "Principles that Govern the Folding of Protein Chains". Science: 223230. PMID 4124164. 12. The Catalytic Site Atlas at The European Bioinformatics Institute Accessed 04 April 2007 13. Jaeger KE, Eggert T.. (2004). "Enantioselective biocatalysis optimized by directed evolution.". Curr Opin Biotechnol. 15(4): 305313. PMID 15358000. 14. Shevelev IV, Hubscher U.. (2002). "The 3' 5' exonucleases.". Nat Rev Mol Cell Biol. 3 (5): 364376. PMID 11988770. 15. Berg J., Tymoczko J. and Stryer L. (2002) Biochemistry. W. H. Freeman and Company ISBN 0-7167-4955-6 16. Zenkin N, Yuzenkova Y, Severinov K.. (2006). "Transcript-assisted transcriptional proofreading.". Science. 313: 518520. PMID 16873663.

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