RE-CREAR EL MUNDO DE ARN

Ichiro Hirao and Andrew D. Ellington

Department of Chemistry, Indiana University, Bloomington, Indiana 47405, USA.

Los resultados de los experimentos de seleccin in-vitro se pueden utilizar para construir y probar modelos de la evolucin del mundo del ARN. Sorprendentemente, el xito de ARN seleccionados ligandos de unin y las reacciones de catalizador puede hacer que sea difcil determinar con precisin el linaje de fsiles moleculares, molculas que se cree que han sobrevivido del mundo del ARN hasta el presente. INTRODUCCIN: El descubrimiento de los catalizadores de ARN se ha ido moldeando las especulaciones sobre el origen de la vida y la evolucin del metabolismo. El primordial "huevo y la gallina" enigma - Qu entr polinucletidos primera, de informacin o polipptidos funcionales? - Fue obviado por la compactacin simple pero elegante, tanto de la informacin gentica y la funcin cataltica en la misma molcula. Por otra parte, la complejidad qumica del ARN cataltico (riboenzimas) llev a especulaciones de que la bioqumica de los primeros organismos pudo haber sido consecuencia de las formas y funciones que los cidos nucleicos podran asumir. En los escenarios ms complejos, los primeros replicadores de ARN puede haber surgido directamente de la "sopa prebitica" y evolucion hasta convertirse en un "mundo de ARN" [1], en el que la bioqumica primordial y el metabolismo espejo que se encuentra en la vida moderna [2]. La revolucin conceptual en la comprensin de la evolucin de cidos nucleicos ha sido acompaado por un igualmente revolucin tcnica profunda. Tcnicas tales como el ADN secuenciacin, la transcripcin in vitro y la polimerasa reaccin en cadena han hecho posible la manipulacin y caracterizar las secuencias de cidos nucleicos casi en su totalidad ex vivo. A su vez, los principios que rigen la seleccin natural de los organismos ahora se puede aplicar a las molculas en un tubo de ensayo: un grupo de molculas de cidos nucleicos hereditable variables se puede preparar y se tamiza para las secuencias que confieren un fenotipo mejorado, estos fenotipos puede ser les permite competir entre s, y los supervivientes puede ser preferentemente amplificado. Aunque la nocin de la seleccin in vitro veces se dice que se producido de nuevo [3], es una consecuencia lgica y evidente de un cuerpo de investigacin en la evolucin molecular [4,5]: se las tcnicas disponibles que avanz hasta el punto de las viejas ideas se hicieron ms accesibles experimentalmente. Modelos de evolucin molecular La interseccin del descubrimiento de las riboenzimas con la desarrollo de tcnicas de amplificacin de cidos nucleicos modelos de evolucin molecular permite que se recapitulan en un tubo de ensayo. Como ARN cataltico existentes son anloga, o descendientes de, riboenzimas temprano, muchos de las ideas propuestas en el marco general de la Hiptesis de "mundo de ARN" pueden ser objeto de experimentacin pruebas. Tanto los datos obtenidos y su interpretacin pueden ser examinados para determinar si una determinada aspecto de un modelo particular para el mundo del ARN podra han ocurrido, o si fue un escenario alternativo ms probable. Sin embargo, aunque los datos obtenido a partir de in vitro experimentos de seleccin pueden ser utilizados para guiar la construccin de modelos, atencin an se deben tomar para garantizar que los modelos ellos mismos son compatibles con otros hechos y, lgicamente, auto-consistente.

Como una gua de cmo la biologa molecular puede primordial potencialmente ser modelado por la experiencia y la inferencia, examinar tres demandas que se han propuesto sobre diferentes aspectos de la hiptesis del "mundo de ARN": Que los catalizadores de ARN puede ser con diversidad funcional, que el origen del cdigo gentico puede estar en amino cido-ARN interacciones, y que la evolucin de la aparato de traduccin y otros ARN funcional podra se han guiado por las interacciones con los de bajo peso molecular efectores de peso. Al comparar y contrastar cmo la evidencia se utiliza para apoyar o contradecir estas afirmaciones, Debera ser posible llegar a comprender el valor y limitaciones del uso de artificiales experimentos evolutivos hoy en da para describir los procesos evolutivos naturales que pueda haber ocurrido en el pasado. El mundo del ARN y la diversidad de ARN catalizadores Con el fin de establecer una base comn para la discusin, una visin generalizada del mundo de ARN se muestra en la Figura 1.

Fig. 1. Una opinin generalizada de que el ARN mundo. La hiptesis de que los acontecimientos han se produjo entre el origen de la vida y la progenie (el ltimo ancestro comn de la vida moderna) son ms o menos ordenada. La cronologa de los flujos de "temprana" en el parte superior de la pgina (- 3,5 mil millones de aos) de "tarda" en la parte inferior. Celularizacin representa la inmovilizacin de autoreplicaciones, y podra fcilmente haber se produjo en una superficie de dos dimensiones como dentro de una vescula lipdica. Como la difusin se ha reducido gravemente la aptitud de los replicadores, celularizacin puede tener sido concomitante con el origen de la vida. Del mismo modo, como el reabastecimiento de los metabolitos de la sopa, probablemente habra sustituy a la necesidad de un error resistente genoma, el metabolismo se muestra a se producen antes de la invencin de ADN. "Fsiles moleculares" que pueden haber persistido de las versiones anteriores de la vida son representados a la derecha.

En este modelo, la primera auto-replicantes cidos nucleicos - si el ARN, ADN o algn anlogo de polmero fueron elaborados en todos los genomas de RNA y los catalizadores. La supervivencia de cualquier sistema de auto-replicantes depende en evitar la disipacin de la difusin, y espera que celulizacin fue uno de las primeras propiedades fenotpicas de un ribo-organismo. ADN fue encontr que una macromolcula superior para el almacenamiento de gentica informacin, y las protenas eran fortuitos producto secundario de una riboenzima complejo que podra catalizar plantilla-directa pptido de bonos formacin. La invencin de la aparato de traduccin era probable que haya sido un cataclismo evento que permiti a los catalizadores de protenas superior a desplazar bioqumicamente compleja, pero menos eficiente, los ribosomas.

La mayora de estos eventos evolutivos ocurrieron mucho antes del ltimo ancestro comn de la vida moderna, la progenie, dieron lugar a los tres mbitos modernos (eubacterias,) arqueobacterias y eucariotas. Algunos vestigios de ARN antigua grandeza puede, sin embargo, an se encuentra en (catalticamente competente?) ARN ribosomal y su transferencia asistente ARN, los nucletidos "firmas" de cofactores en todas partes como el NAD y ATP, y tal vez en idiosincrsico fsiles moleculares, como el grupo I de autoempalme intrn. Este escenario hace una prediccin firme sobre el catalizador funciones que pueden ser asumidos por las riboenzimas. Para ejemplo, si NAD es un "ribo-cofactor" descendientes de los Mundo del ARN, entonces debera ser posible al menos para algunos Secuencias de ARN para actuar como deshidrogenasas [6]. Del mismo modo, el hecho de que la moneda de la energa celular, ATP, es un nucletidos sugiere que puede haber habido enzimas como ribo-quinasas. De hecho, la hiptesis del mundo del ARN necesariamente supone la existencia de una amplia variedad de riboenzimas, con las funciones que se han extendido por la bioqumica reacciones del metabolismo intermediario. Si estas funciones catalticas fueron asumidas por las riboenzimas en el pasado, entonces debera ser posible volver a crear las riboenzimas como en el presente. Esta prediccin se ha hecho de manera implcita o explcitamente por una serie de autores, tanto antes, y siguiente, el descubrimiento real de los catalizadores de ARN [2,7-12]. De acuerdo con estas predicciones, la seleccin in vitro se ha utilizado para generar una amplia variedad de riboenzimas nuevo. Hay dos tipos de procedimiento de seleccin han dado catalizadores. Seleccin indirecta es similar a los protocolos de origen para aislar anticuerpos catalticos. Al prudente et. [13] seleccionado las molculas de ARN que puede unirse a un puente bifenilo anlogo del estado de transicin de una isomerizacin reaccin. La especie de unin se encontr que capaz de catalizar la isomerizacin de los sustratos de las riboenzimas qumicamente similar a la analgica. Seleccin directa requiere que activa las molculas de ARN en una piscina se alteran durante el proceso de seleccin, de tal manera que se permiten su aislamiento. Por ejemplo, Bartel y Szostak [14] fueron capaces de seleccionar las molculas de ARN capaces de ligar una cartilla secuencia en s mismos de una piscina de forma aleatoria. Por el contrario, Pan y Uhlenbeck [15] riboenzimas seleccionados que puede utilizar un cofactor llevar a romper ellos mismos. Lorsch y Szostak [16] forj un vnculo entre uniones de cofactor y la catlisis mediante la seleccin de riboquinasas que pueden fosforilar a s mismos de un grupo de molculas de ARN en el que una secuencia al azar variada fue colocado junto a un sitio previamente seleccionado de unin para el ATP. La seleccin de sitios de unin de cofactores redox similar abre el camino a la seleccin de los ribo-deshidrogenasas o ribooxidasas [17,18]. Por ltimo, la seleccin directa de un riboenzima capaz de catalizar una reaccin que no implicaban un reordenamiento enlace fosfodister ha sido recientemente llevada a cabo por Wilson y Szostak [19]. Estos autores riboenzimas identificado que pueden biotinylate, un alquilacin similares a las llevadas a cabo por la reaccin de metilo transferasas en todo el metabolismo. Si por lo menos algunas riboenzimas se improvisado de secuencias aleatorias durante la evolucin temprana, entonces nuevas funciones podran haber sido rpidamente adquirido por mutacin bases por bolas. Una vez ms, en experimentos in vitro de seleccin dar crdito a esta idea. Joyce en particular, y sus colaboradores han desarrollado el grupo I de auto-empalme intrn a realizar otras reacciones de auto-empalme, incluyendo ADN divisin [20-22] y el ARN divisin con el calcio [23]. De hecho, los ribosomas, que han evolucionado para catalizar una reaccin intrnsecamente podran albergar la maquinaria cataltica para llevar a cabo reacciones heterlogas. El grupo

I autoempalme intrn se ha demostrado que catalizan ster (como frente a fosfodister) hidrlisis [24], y la variante desarrollarse para catalizar la divisin de ADN ha demostrado, Tambin para hidrolizar los enlaces amida [25]. Aminocido-ARN interacciones y el origen del cdigo gentico En el cdigo gentico, la asignacin de los codones de tripletes de aminocidos particulares es claramente no al azar, sin embargo, el la lgica o la frmula que podra dar cuenta de la norma acuerdo en la mayora de los organismos sigue siendo desconocido. Aunque es posible que el cdigo gentico es un helado ' accidente "[7], su importancia bsica ha llevado a varios autores para disear esquemas que plantean los vnculos racionales entre la informacin gentica y la funcionalidad de los aminocidos. Tal vez la ms seductora de estas hiptesis es la idea de que la informacin gentica no slo el cdigo para, pero de alguna manera genera, aminocidos funcionalidad [26,27]. Para ejemplo, se ha propuesto que los aminocidos pueden tener directamente relacionados con sus codones tripletes afines o anticodones [28,29]. Una vez ms, el apoyo a esta hiptesis se puede encontrar en las minucias de la bioqumica. El grupo I de auto-empalme intrn puede interactuar especficamente con un cofactor de guanosina. Yarus ha demostrado que la arginina puede inhibir competitivamente guanosina vinculante para el grupo I de empalme auto-intrones [30], y seala que la secuencia primaria de la unin de guanosina, sitio contiene varias extensiones de trinucletidos que podra ser ledos como codones de arginina [31]. Esto fue interpretado como se evidencia en favor de la hiptesis de la "asociacin directa, en lugar de ser slo una casualidad reaccin cruzada basada en las similitudes estructurales entre la bien llamada guanosina y el grupo guanidino de la arginina (Fig. 2).

Fig. 2. Similitudes estructurales entre la arginina y la guanosina. La dos estructuras se dibujan de modo que el grupo de cabeza guanidino de la arginina se encuentra en una orientacin similar a grupos qumicos relacionados que se encuentran de guanosina. La similitud se puede ampliar a travs de la base y en el azcar, ya sea en la amina primaria o carboxilato de los aminocidos podran coincidir con los hidroxilos en la ribosa.

La generalidad de la asociacin de aminocidos observados con el grupo I de auto-empalme intrn puede ser fcilmente evalu a travs de la seleccin in vitro. Las molculas de ARN que puede se unen especficamente a la arginina - 'aptmeros "- se forma iterativa tamizado de una piscina secuencia totalmente aleatoria [32]. Secuencias aptmero se determinaron y uniones de arginina, sitios asignados. Los resultados obtenidos parecen estar de acuerdo con los observados en el grupo I intrn. Uno de los aptmeros predominante se contiene arginina codones que se superponen con el sitio de unin a la arginina. La capacidad de la arginina a asociarse con las molculas de ARN Yarus motivado [33,34] para proponer un modelo para el origen del cdigo gentico (Fig. 3). El modelo propone que guanosina-sitios de unin, como las que se encuentran en el grupo I intrn, se seleccionaron inicialmente para durante la evolucin de la auto-replicacin. Las similitudes estructurales entre guanosina arginina y permiti que este aminocido se unen cerca de la sitio activo de una riboenzima. Esta riboenzima puede haber sido capaz de utilizar la arginina como sustrato, catalizando su activacin y luego la aminoacilacin de la riboenzima por la activa arginina. El codn de arginina o anticodn (o ambos) habra sido una caracterstica clave del sitio de unin de la recin desarrollado-tRNA-sintetasa como riboenzima. Otro -tRNA-sintetasa como riboenzimas que han evolucionado con sus propias interacciones con los aminocidos codificados. Como las protenas desplazados en el mundo del ARN, los ribosomas podra haber desapareci, pero el cdigo se habra quedado.

Fig. 3. Modelo para la evolucin de los aparatos de traduccin y la origen del cdigo gentico. Esta figura resume muchos de los especulaciones planteadas por Yarus y sus compaeros de trabajo [30,31,33,34]. Replicasas primordial puede contener sitios de unin de nucletidos como guanosina (G) o la adenosina (A). Estos sitios de unin puede tener por casualidad tambin ha sido capaz de obligar a algunos de los aminocidos, y podra haber servido como "proto-codones. La capacidad de la guanosina- sitio de unin del intrn Tetrahymena tambin se unen arginina (R) se utiliza normalmente como un ejemplo. Unin adyacentes de aminocido y cofactores de nucletidos (A) podra haber dado lugar a la formacin de los aminocidos activados, como adenylates aminocidos. Activado aminocidos podran a su vez, han reaccionado con terminal (o interno) hidroxilos de los ARN que los mantena. Si estos compuestos o eventos impartidos funcin o fenotipo a un ribo-organismo, la etapa se han establecido para la invencin de la traduccin. La molculas de tRNA se ve en los organismos modernos por lo tanto puede ser visto como fsiles moleculares de la antigua amino-cido-sitios de unin. El sorprendente consistencia de las modernas estructuras de tRNA se encuentra en marcado contraste con la secuencia aparente y la plasticidad estructural de algunos aminocidos- sitios de unin, y no se aborda en este modelo.

Aspectos de este modelo se apoya en los resultados de la en experimentos in vitro de seleccin. Los aptmeros seleccionados para unirse arginina tambin se encontr que se unen guanosina. Aptmeros seleccionados para unirse tanto la arginina y la guanosina se encontraron para contener algunos codones de arginina [35]. Un ARN arginina motivos de unin dio lugar a una sintetasa tRNA riboenzima, tambin hay mltiples otras formas de unirse arginina, que no necesariamente implican los codones de arginina (o anticodones). Por ejemplo, Famulok [37] ha seleccionado arginina motivos de unin que no son, evidentemente, depende en los codones de arginina o anticodones. Que es ms importante, el aminocidos especificidad de estos aptmeros se puede modificar (para citrulina) por sustituciones en tres residuos, sin embargo, estos los residuos no son parte de un solo codn de arginina o anticodn o la interaccin codnanticodn. Por otra parte, hay indicios de que los experimentos de seleccin objetivo ricos en arginina motivos de las protenas [38], u otros amino cidos como el triptfano [39] o valina [40], que no hay toda la correspondencia particular entre los motivos seleccionados y afines codones o anticodones. En todo caso, la seleccin experimentos parecen indicar que hay un gran nmero de los posibles motivos de unin para un determinado aminocido. Dado el gran nmero de posibilidades, puede ser imposible para probar o refutar un modelo concreto de la evolucin del cdigo gentico. Si la evolucin pelcula se a correr de nuevo, una totalmente diferente, pero igualmente determinada, cdigo gentico podra ser la misma probabilidad de salir.

Los antibiticos y la evolucin de la traduccin. Los antibiticos se sabe que se unen a, y afectar su funcionamiento de, el ARN ribosomal. Convencionalmente, se crea que esas interacciones se deben ms a la estructura de los antibiticos que a la estructura del ARN. En este punto de vista, los antibiticos son compuestos que fueron hechos a mano cuidadosamente para la guerra microbiolgica y mejora la supervivencia de las especies que los producen. Julian Davies [41,42], sin embargo, ha postulado que el ARN ribosomal pueden estar predispuestos para interactuar con los inhibidores de antibiticos debido a la limitaciones histricas. Por ejemplo, si se ribosomas una vez regulada por pequeas molculas orgnicas (los llamados bajo molecular- efectores de peso o LME), entonces la unin los sitios de estas molculas pueden haber sido conservados a travs del curso de la evolucin, a la espera de ser explotados por los programas de qumica combinatoria de las bacterias. Ms recientemente, se ha demostrado que los antibiticos pueden unirse a, e inhiben, otros ARN funcional, como el grupo Me auto-empalme intrn y la riboenzima cabeza de martillo [43,44]. Estos resultados han llevado a Renee Schroeder y compaeros de trabajo [45] a especular que los centros activos de RNAs funcionales pueden formar bolsas de unin que han formas o funciones similares. A su vez, si el ribosoma y el intrn del grupo I tienen similares LME-sitios de unin, a continuacin, Tambin pueden compartir un ancestro comn [45,46]. Esta nueva hiptesis sugiere que los antibiticos se pueden utilizar como sondas estructurales y funcionales para indicar la relacin, tanto como los anticuerpos fueron utilizados para examinar homloga eptopos de protenas antes de la llegada de la filogentica anlisis de la secuencia. La medicin de la relacin entre molculas como el ARN ribosomal y el intrn del grupo I con una sonda estructural podra ser la nica manera de que sus ancestros pudo ser confirmada, ya que estos funcionales RNAs no estn relacionados en su estructura primaria y secundaria. Las conjeturas de Davies y Schroeder son particularmente interesantes, ya que unir una variedad de diferentes hechos acerca de ARN funcional y podra validar el lineal descenso de los organismos modernos a partir de secuencias antiguas. Las hiptesis que, sin embargo, deber ponderarse con el hiptesis nula - que los sitios de unin a los antibiticos en diferentes RNAs son el resultado de la casualidad o de la historia. Esta alternativa es consistente con el hecho de que highaffinity antibiticos de sitios de unin se pueden encontrar en ARN que probablemente no son descendientes de primordial secuencias, como el elemento vinculante de Ap humanos virus de la inmunodeficiencia 1 [47]. La seleccin in vitro se pueden utilizar para evaluar la probabilidad de la hiptesis histrica / LME por la apreciacin del riesgo de su opuesto: la hiptesis nula (o estocsticos) hiptesis (Fig. 4). Si es relativamente difcil de encontrar a los antibiticos de unin secuencias en una piscina de forma aleatoria, a continuacin, los antibiticos sitios de unin que se identifican en la naturaleza puede ser debido a la ascendencia comn. Si bien es relativamente fcil de aislar antibiticos secuencias de unin, entonces no hay razn para asumir que los sitios de unin que de otra manera no relacionados comparten un ancestro comn.

Fig. 4. Modelos para la evolucin de los aminoglucsidos sitios de unin. Dos modelos contrastantes de la presencia de aminoglicosidioligandos sitios en los ARN modernos se muestran. (a) La "hiptesis de la LME" sugiere que los sitios modernos aminoglucsidos son Vinculantes fsiles moleculares de un nmero relativamente limitado de sitios de unin que se produjo en la antigua ARN. Los sitios han sido conservados a travs del tiempo debido a su asociacin con las estructuras crticas del ARN o funciones. (b) La "hiptesis estocstica" sugiere que, como aminoglucsidos probablemente evolucionado de obligar a ARN, no es sorprendente que la unin de los aminoglucsidos, los sitios se puede encontrar azar en ARN funcional. Datos de la seleccin in vitro experimentos confirman que hay una gran variedad de natural vinculante aminoglucsidos sitios 48,49].

Comparaciones y conclusiones: Los tres ejemplos examinados anteriormente son a propsito orden en trminos de cronologa, la especificidad y la inverosimilitud. Esta correspondencia no es casual: en general, la La principal conclusin que puede extraerse de la seleccin in vitro experimentos es que el nmero total de potenciales de unin motivos y los catalizadores es enorme. Por lo tanto, si bien es salvo para especular en la adquisicin de una funcin particular o evento (por ejemplo, ribo-quinasas o celularizacin), el muy pluralidad de secuencia y funcin puede hacer imposible de probar el origen de una secuencia particular (el cdigo gentico) o estructura (el antibitico de unin sitio del ribosoma). Si este es el caso, entonces no es ms que la informacin en el cdigo gentico que es un accidente congelado de la biologa, pero tal vez todos los restos de la inferirse ARN mundo. Cofactores, ARN de transferencia y el ribosoma todos podran haber resultado significativamente diferente de las versiones que nos son familiares, y determinista los intentos de reconciliar sus secuencias o estructuras entre s o con otras caractersticas moleculares, como empalme auto-intrones, se vuelven ms difciles. Paradjicamente, el examen de la naturaleza exacta de nuestros origen puede ser frustrado por los mismos factores que en un principio llevado al xito del mundo del ARN. Agradecimientos: Este trabajo fue apoyado por un Nacional de Ciencia Fundacin Premio Nacional de Jvenes Investigadores (AE), el Premio Acadmico de la Fundacin Americana para la Investigacin del SIDA (AE), el Premio Acadmico Pew en las Ciencias Biomdicas (AE), el Cottrell Premio Acadmico (AE), la Oficina de Investigacin Naval de subvencin # N00014-93-1-0430 (AE), y los Institutos Nacionales de Salud subvencin # PHS R01GM48175 (A.E.). BIBLIOGRAFA: (X)