Ficha N 4 Protenas Introduccin Las protenas son polmeros naturales constituidos por miles de unidades de aminocidos unidos por

r enlaces peptdicos. Actividad 1: 1. Qu significa que las protenas son polmeros? 2. Cul es el criterio utilizado para clasificar a las protenas en sencillas y conjugadas? 3. Cul es el criterio para la clasificarlas en globulares y fibrosas? La forma como se organizan en el espacio estas macromolculas, depende de qu aminocidos y en qu secuencia se encuentran. La disposicin espacial de los tomos de una protena se denomina conformacin. Este trmino se refiere a una determinada estructura tridimensional que puede interconvertirse con otras estructuras posibles sin romper enlaces covalentes. De esta gran cantidad de conformaciones posibles para una protena, en general hay una que predomina. Esta es la conformacin termodinmicamente ms estable. Las protenas que se encuentran en su conformacin ms estable y que les permiten cumplir sus funciones biolgicas se denominan protenas nativas. La conformacin de una protena se estabiliza mediante fuerzas de atraccin dbiles. Estas pueden ser: puentes de hidrgeno, puentes disulfuro, fuerzas dipolo-dipolo y fuerzas de van der Waals. Niveles de organizacin de las protenas Qu es lo que determina que una conformacin sea ms estable que otra? Una manera de abordar este problema es analizando los llamados niveles de organizacin de las protenas o estructuras de las protenas. Existen cuatro niveles de organizacin de las protenas los que, en conjunto, determinan la conformacin nativa de las mismas. Estas son: Estructura primaria Incluye todos los enlaces covalentes entre aminocidos y viene definida por las secuencia de los aminocidos unidos. En este nivel no se especifica la disposicin espacial de los aminocidos unidos. Esta secuencia est determinada genticamente mediante el mecanismo conocido como sntesis proteica.

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Estructura secundaria Se refiere a las disposiciones regulares y repetitivas en el espacio de residuos de AA adyacentes en una cadena de protena. Las estructuras secundarias ms importantes son la hlice y la conformacin (hoja plegada).

Fig. 1 Hlice alfa

Fig.2 - Conformacin (hoja plegada)

En la figura 1 se muestra un modelo de hlice alfa. Se trata de una sola cadena polipeptdica que, debido a la imposibilidad de rotacin libre alrededor del enlace peptdico, se enrolla sobre s misma adoptando una disposicin helicoidal. Esta hlice se estabiliza mediante la formacin de puentes de hidrgeno intracatenarios es decir, que se establecen entre AA de la misma cadena (marcados con lneas punteadas en la figura 1). En la figura 2, se muestra un modelo de conformacin beta. Se trata de dos o ms cadenas polipeptdicas paralelas que se unen entre s mediante puentes de hidrgeno intercatenarios, es decir, que se establece entre AA de cadenas diferentes. Estructura terciaria Es la descripcin de las relaciones espaciales entre todos los aminocidos, es decir, su estructura tridimensional completa. Es importante aclarar que no siempre es fcil determinar la frontera entre estructura secundaria y terciaria. Esta conformacin se estabiliza mediante fuerzas de atraccin dbiles (ver figura)

Estructura cuaternaria Las protenas que poseen varias cadenas polipeptdicas tienen como nivel adicional, la estructura cuaternaria, que se refiere a la relacin espacial de estas cadenas polipeptdicas entre s (ms adelante estudiaremos el caso particular de la hemoglobina). Ficha N 4 -Protenas - Prof. Ins Pena - 2012 Pgina 19

Protenas fibrosas y protenas globulares De acuerdo con la conformacin que adoptan las cadenas polipeptdicas, se pueden clasificar las protenas simples en: Las protenas fibrosas son aquellas en las cuales las cadenas polipeptdicas se ordenan formando largos filamentos. Estas protenas tienen funciones estructurales, es decir, proporcionan proteccin, soporte y forma. Por ejemplo, el colgeno de la piel y la queratina del pelo. Son generalmente protenas estticas, cuya funcin principal es, como se indic, la de proporcionar soporte mecnico a las clulas y los organismos. Suelen ser insolubles y estn formadas por una unidad repetitiva simple que se ensambla para formar fibras. Las protena globulares son aquellas cuyas cadenas polipeptdicas se pliegan o enroscan en forma esfrica o globular (ovillo).Estas protenas cumplen funciones de transporte y regulacin. Por ejemplo, la ovoalbmina (clara de huevo), la casena de la leche, la hemoglobina de la sangre. Ejemplos de protenas fibrosas
Las alfa-queratinas

Las queratinas son las protenas ms abundantes del pelo y las uas y forman parte de la piel de los animales. Las alfa-queratinas son miembros de las protenas filamentosas intermedias, que realizan una funcin estructural muy importante en el ncleo, citoplasma y superficie de muchos tipos celulares. La estructura tpica de las queratinas es la siguiente: las molculas individuales poseen largos fragmentos (aprox. 300 residuos) estructurados en forma de alfa-hlice. Un par de hlices se enrollan entre s para formar la estructura de ovillo enrollado; dos ovillos enrollados vuelven a unirse para formar una protofibrilla de cuatro molculas; finalmente, ocho protofibrillas se unen para formar una microfibrilla, que es la base de la estructura del pelo. Las microfibrillas son elsticas y flexibles.

Modelo de fibra de cabello

Las alfa-queratinas presentan un mayor porcentaje de cistenas que otras protenas, con lo que se pueden establecer puentes disulfuro entre las distintas estructuras helicoidales, lo que da mayor rigidez a las microfibrillas.

Actividad 2: 1. Cmo se forman los puentes disulfuro? 2. Por qu se relaciona su presencia con el AA cistena?

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Una curiosidadMediante la aplicacin de agentes reductores y de calor hmedo se puede cambiar el patrn de enlaces disulfuro entre las distintas cadenas polipeptdicas. Aplicando agentes oxidantes, una vez que el cabello se ha moldeado segn la forma deseada, se consigue que se establezca un patrn de puentes disulfuro diferente y el cabello queda ondulado de modo "permanente".

La fibrona de la seda La principal protena de la seda es la fibrona, protena fibrosa que le da sus caractersticas tan especiales. Tambin podemos encontrar una protena amorfa viscosa la sericina, que desempea el papel de aglutinacin y cementacin, es muy pegajosa. La protena fibrona est compuesta por aminocidos Serina, Alamina y Glicina entrelazados por cadenas de hidrgeno. De estos tres aminocidos el ms abundante es la glicina, uno de los aminocidos de cadena ms reducida, esto permite una condensacin muy alta de molculas, haciendo las fibras ms fuertes y resistentes.

Pauling y Corey postularon su modelo de hoja beta tras analizar los datos de difraccin de rayos X de la fibrona de la seda. Esta protena est formada por hojas beta antiparalelas ordenadas. La mayora de estas protenas estn formadas por repeticiones de la secuencia: -[Gly-Ala-Gly-Ala-Gly-Ser-Gly-Ala-Ala-(Ser-Gly-Ala-Gly-Ala-Gly)8]nLa flexibilidad de la fibrona de la seda se debe a que las cadenas se mantienen unidad solo por fuerzas de van der Waals entre las cadenas laterales. La seda de araa La seda del hilo de seguridad se produce en la glndula ampulcea mayor y est formada por dos protenas anlogas a la fibronas que producen los gusanos de seda: espidrona 1 y espidrona 2. Estas protenas fibrosas e insolubles en agua estn compuestas fundamentalmente por los aminocidos glicina (42%) y alanina (25%) y, en menor proporcin, glutamina, leucina, serina, valina, prolina, tirosina y arginina. La principal diferencia entre ambas es que la espidrona 1 es ms rica en alanina mientras que la espidrona 2 es ms rica en glicina y su composicin exacta depende de las especies. La elasticidad se consigue gracias a las cadenas de glicinia, que forman una estructura helicoidal (hlice ) desordenada y laxa que se estira al tirar de ella, y su rigidez y fuerza se debe a las cadenas ordenadas de alanina que forman hojas antiparalelas unidas entre s por puentes de hidrgeno y actan como ladrillos que se distribuyen a lo largo de la protena.

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La organizacin tridimensional de los aminocidos en hojas (flechas verdes) y hlices (azul) confieren a la seda de araa sus extraordinarias propiedades

Detalle de las hojas unidas por puentes de hidrgeno

Datos interesantesDebido a sus peculiares propiedades, la seda de las araas se ha convertido en objeto de investigacin para las compaas de biotecnologa, que han transferido los genes de la protena a bacterias o levaduras para que la produzcan en cantidades suficientes para poder realizar estudios sobre sus propiedades y, en un futuro, para producir seda de araa a gran escala para diversas aplicaciones en la industria y en la medicina. Antes de que la ingeniera gentica hiciera eso posible, la seda para los experimentos se obtena ordeando a las araas. Para ello haba que sedarlas por enfriamiento y fijarlas a una superficie. Posteriormente se sacaba con unas pinzas la fibra de las hileras y se ataba a una bobina, que giraba a una velocidad que permita obtener de 1 a 15 centmetros de seda por segundo.

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 El colgeno El colgeno es una protena fibrosa componente de la piel, los huesos, los tendones y los dientes. La unidad bsica de la fibra de colgeno es una triple hlice denominada tropocolgeno Cada cadena del tropocolgeno, de unos 1000 residuos de longitud, est formado por una hlice izquierda con 3,3 residuos por vuelta y 0,29 nm de elevacin. Las tres cadenas que forman el tropocolgeno se enrollan entre s. La secuencia de aminocidos del colgeno es extraordinariamente regular. Prcticamente cada tres residuos contiene una glicina, tambin presenta una mayor proporcin de prolina que el resto de las protenas. Otra caracterstica es la presencia de residuos de 4-hidroxiprolina, aminocidos que raramente se encuentra en otras protenas Ejemplos de protenas globulares Mioglobina La mioglobina es una hemoprotena globular sarcoplsmica, responsable del transporte y almacenamiento del oxgeno dentro del tejido muscular. Fue la primera protena de la que se determin su estructura tridimensional, en 1957, un hito de la bioqumica por el que su autor, Jonh Kendrew, recibi el premio Nobel. Es una protena conjugada. Est formada por una sola cadena polipeptdica de unos 17.800 de peso molecular, unida a un grupo hemo (grupo prosttico). La estructura de la mioglobina es muy compacta, con alrededor del 75 % de la cadena plegado en forma de hlices , con una estructura cuaternaria mantenida sobre todo por interacciones hidrofbicos. El grupo hemo se sita en un hueco de la molcula y es el responsable de unirse al oxgeno para poder transportarlo El grupo hemo consiste en un anillo tretrapirrlico con un tomo de hierro en el centro. En condiciones biolgicas, y en la carne con buen aspecto, el hierro se encuentra en forma de ion ferroso.

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La mioglobina y el color de la carne

La mioglobina es el pigmento de la carne, y el color de este producto depende fundamentalmente del estado en el que se encuentra la mioglobina. En el msculo, el hierro se encuentra en la mioglobina en forma de in ferroso, y as se encuentra tambin en la carne fresca. El grupo hemo puede tener asociada una molcula de oxgeno, formando entonces la oximioglobina, de color rojo brillante, que es el que se observa en la parte exterior de la carne. En el interior, la mioglobina no tiene oxigeno unido, estando entonces en forma de desoximioglobina, que tiene un color rojo prpura ms intenso y oscuro que el de la oximioglobina. Estas dos formas son interconvertibles, dependiendo de la presin parcial de oxgeno, y en la prctica, de la superficie de contacto. En las condiciones de una atmsfera normal, el ion ferroso es inestable, pasando a ion frrico. En la mioglobina, la presencia del grupo hemo y de la cadena de protena lo protege, pero an as, la oxidacin se produce con cierta rapidez, especialmente si la superficie de contacto es grande, como en el caso de la carne picada. La mioglobina con el hierro en forma frrica recibe el nombre de metamioglobina o ferrimioglobina, y tiene un color marrn poco atractivo, el de la carne almacenada demasiado tiempo. Este proceso es reversible, por la accin de un enzima, la metamioglobin-reductasa, en presencia de agentes reductores. En la oxidacin de la mioglobina se puede formar superxido, que puede dar lugar a reacciones de oxidacin de lpidos Mb-Fe2+ + O2 Mb-Fe3+ + O21El color de la carne depende tambin del pH alcanzado en el proceso de maduracin, y la velocidad a la que se alcanza. Sin embargo, esta variacin en el color no tiene relacin estrictamente con la mioglobina, sino con la textura de las fibras musculares y la forma en la que reflejan y refractan la luz. Si se calienta la carne, en el cocinado, la parte proteica de la mioglobina se desnaturaliza rpidamente, permitiendo la oxidacin del hierro y produciendo el ferrihemocromo, que tienen el color marrn de la carne cocinada. En los productos curados (chacinados, por ejemplo), el xido ntrico (NO), procedente de la reduccin de los nitritos utilizados como aditivo, se une al hierro de la mioglobina, dando nitrosilmioglobina, pigmento de color rojo, pero relativamente inestable. La desnaturalizacin de la protena permite que se una al hierro un segundo NO, que estabilice el color formando ferrohemocromo.

Hemoglobina La hemoglobina, al igual que la mioglobina, es una hemoprotena globular conjugada cuyo grupo prosttico tambin es el hemo. En los seres humanos adultos est formada por 4 cadenas polipeptdicas que en la figura aparecen como alfa y beta. La estructura cuaternaria consiste en dos dmeros, c/u de ellos formado por una cadena alfa y una beta unidas por interacciones no covalentes. Cada una de estas cadenas (subunidades) fija un grupo hemo por lo cual cada molcula de hemoglobina puede transportar 4 Ficha N 4 -Protenas - Prof. Ins Pena - 2012 Pgina 24

molculas de oxgeno. En la figura de la izquierda, aparecen desglosadas las cadenas alfa y beta (dominios) de la hemoglobina y en el centro la estructura cuaternaria completa.

HEMO

Obsrvese que hay dos cadenas de cada tipo, cada una de ellas con una determinada estructura terciaria y a su vez unidas entre s formando la estructura cuaternaria. Tambin aparecen los grupos Hemo que contienen el in Fe2+ responsable de coordinar esta molcula con el oxgeno para as transportarlo a las clulas.

Para saber un poco ms Investiga por qu la hemoglobina es una protena alostrica y la mioglobina no. Relaciona esta diferencia con la estructura y la funcin biolgica de cada una.

Desnaturalizacin La desnaturalizacin es la destruccin de la conformacin nativa de una protena, sin que se vea afectada su estructura primaria. Es decir, desaparecen total o parcialmente las estructuras superiores (secundaria, terciaria, cuaternaria) pero no la primaria. La protena conserva la cadena, es decir, no se rompen enlaces peptdicos. Esto slo ocurre en una hidrlisis. Cuando una protena se desnaturaliza, la funcin biolgica se pierde, ya que sta se halla estrechamente ligada a la conformacin. Desde el punto de vista experimental, puede observarse la precipitacin o coagulacin de la protena (fenmeno caracterstico de las protenas globulares) Dado que la conformacin nativa de una protena est sostenida por atracciones relativamente dbiles, muchos agentes son capaces de afectarla, por ejemplo: calor, radiaciones, congelamientos repetidos, grandes presiones, cidos o bases muy concentrados que provocan marcados cambios de pH, algunos solventes orgnicos, etc. En el curso prctico profundizaremos en el estudio de este fenmeno.

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Enzimas Concepto Las enzimas son protenas de estructura terciaria o cuaternaria que cumplen la funcin de catalizadores biolgicos, acelerando las reacciones qumicas del metabolismo. Hacen que la velocidad de las reacciones sea compatible con la vida. Clasificacin de acuerdo con estructura molecular En las protenas distinguir dos partes: conjugadas podemos

Holoenzima = cofactor + apoenzima Apoenzima: Es la parte polipeptdica de la enzima. Cofactor: Es la parte no proteica de la enzima.

Los cofactores pueden ser: Iones metlicos: Favorecen la actividad cataltica general de la enzima, si no estn presentes, la enzima no acta. Estos iones metlicos se denominan activadores. Ejemplos: Fe2+, Mg2+, Cu2+, K+, Na+ y Zn2+ Coenzimas: generalmente son compuestos orgnicos de bajo peso molecular, por ejemplo, las vitaminas del complejo B son coenzimas que se requieren para una respiracin celular adecuada.

Clasificacin de acuerdo con la funcin (actividad) Existen reglas emanadas de la Unin Internacional de Bioqumicos para la clasificacin y nomenclatura de las enzimas. Sin embargo, nosotros las mencionaremos por sus nombres comunes. El sufijo asa identifica el nombre de una enzima. Por ejemplo, el nombre comn de la enzima del esquema es sacarasa. TIPO DE ENZIMA Hidrolasas Isomerasas Ligasas Liasas

ACTIVIDAD Catalizan reacciones de hidrlisis. Rompen las biomolculas con molculas de agua. A este tipo pertenecen las enzimas digestivas. Catalizan las reacciones en las cuales un ismero se transforma en otro, es decir, reacciones de isomerizacin. Catalizan la unin de molculas.

Catalizan las reacciones de adicin de enlaces o eliminacin, para producir dobles enlaces. Oxidorreductasas Catalizan reacciones de xido-reduccin. Facilitan la transferencia de electrones de una molcula a otra. Tansferasas Catalizan la transferencia de un grupo de una sustancia a otra

Actividad 3: Cita un ejemplo de c/u de los tipos de enzimas mencionadas en el cuadro indicando qu funcin biolgica cumple (en qu reaccin qumica est involucrada)

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Sin enzimas, no existira el metabolismo. Adems de su importancia como catalizadores biolgicos, tienen muchos usos mdicos y comerciales. Un catalizador es una sustancia que disminuye la energa de activacin de una reaccin qumica. Al disminuir la energa de activacin, se incrementa la velocidad de la reaccin. En la figura adjunta, se muestra este efecto.

El mecanismo de accin de las enzimas ha sido explicado mediante el modelo de llavecerradura. Cada enzima presenta un sitio (como un bolsillo en la estructura de la molcula) llamado sitio activo, donde encajan los sustratos de las reacciones qumicas, tal como una llave encaja en su cerradura. La unin del sustrato al sitio activo facilita la formacin del producto. Una vez formado, el producto se libera del sitio activo y la enzima se recupera sin cambios.

Propiedades de las enzimas: 1. Eficiencia: actan a muy bajas concentraciones debido a que su estructura no resulta alterada al finalizar la reaccin y, por lo tanto, la misma molcula de enzima puede catalizar sucesivas reacciones Especificidad: dado que la catlisis requiere el ingreso del sustrato al sitio activo, el sustrato y la enzima no solo deben tener afinidad qumica, sino tambin una forma complementaria. La misma enzima, en general, no admite sustratos distintos, como una cerradura no admite diferentes llaves. Regulabilidad: ciertas sustancias pueden actuar como moduladores de la actividad enzimtica, acrecentndola o disminuyndola. Tambin existen mecanismos como interruptores que pueden encender o apagar una enzima, controlando as el metabolismo por medio de su actividad.

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 Factores que influyen en la actividad enzimtica. 1- Temperatura. El aumento de la temperatura provoca en las molculas un incremento de su energa cintica, los movimientos de las mismas son ms rpidos, y la frecuencia de las colisiones entre molculas aumenta, lo que propicia una mayor velocidad de reaccin. Se comprobado que un aumento de 10 C puede llegar a duplicar y en ciertos casos a cuadriplicar la velocidad de una reaccin. La temperatura a la cual la actividad cataltica es mxima se llama temperatura ptima. Sin embargo, al ser protenas, a partir de cierta temperatura, se empiezan a desnaturalizar por el calor, y la actividad enzimtica decrece rpidamente hasta anularse. En general, la temperatura crtica de las enzimas oscila entre los 55 y los 60 C, aunque las enzimas de algunas bacterias, que viven en aguas termales, llegan a tener temperaturas crticas de 80 a 90 C. 2- pH: Cada enzima necesita unos valores lmites (mximos y mnimos) para poder desarrollar su actividad. Por encima de estos valores, la enzima se desnaturaliza y pierde su actividad. Dentro de estos lmites existe, como en el caso de la temperatura, un valor determinado del pH, en el que la enzima desarrolla su actividad mxima, valor al que se le da el nombre de pH ptimo, y que vara de unas enzimas a otras. As, la pepsina del jugo gstrico posee un pH ptimo de 2, muy cido, mientras que el pH ptimo de la tripsina presente en el jugo pancretico es de 78, ligeramente bsico La mayora de las enzimas intracelulares poseen, sin embargo, un pH ptimo cercano a la neutralidad. 3- Concentracin del sustrato. En toda reaccin enzimtica, si se incrementa la concentracin del sustrato se produce un aumento de la velocidad de formacin del producto, tendente a restablecer el equilibrio qumico entre la concentracin del sustrato y la del producto. Se debe tener en cuenta que las enzimas son protenas. Esto las hace pasibles de ser afectadas por distintos agentes desnaturalizantes. Una enzima desnaturalizada pierde su capacidad de catalizador, es decir, pierde su funcin biolgica especfica porque pierde su conformacin nativa

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