RNA ribosomal

Denis LJ Lafontaine, Universite 'Libre de Bruselas, Bruselas, Blgica David Tollervey, Wellcome Trust Centro de Biologa Celular de la Universidad de Edimburgo, Reino Unido

Son todas las protenas sintetizadas por los ribosomas, las grandes complejos RNA-protena que funcionan y ribozimas como son los objetivos de varios antibiticos clnicamente relevantes. Ribosomas contienen rRNA especies altamente conservados, que catalizar los pasos clave en la sntesis de protenas, junto 70-80 de protenas que desempean un papel importante en el correcto plegamiento y embalaje de la rRNAs.

Introduccin
El ribosomal RNAs (rRNAs) se encuentran en el ncleo de la protena la maquinaria de sntesis. Estos RNAs fueron consideradas durante mucho tiempo como mera andamios para la ribosmicos protenas (r-protenas), pero trabajo reciente ha demostrado que el rRNAs en el hecho de llevar a cabo la clave de las reacciones en la traduccin. Una de las principales funciones de la rproteins es garantizar la correcta estructura del rRNA, que permite su apretado embalaje de todo el activo centro de la ribosoma. En todos los organismos el ribosoma se compone de dos subunidades. Estos son los designados subunidades 40S y 60S en eucariotas y la subunidad 30S y 50S en bacterias, Archaea y el citoplasma de orgnulos eucariotas, mitocondrias y los cloroplastos. En casi todos los organismos subunidad ribosomal pequea contiene una singleRNAspecies (el 18S rRNA en eucariotas y el rRNA 16S en otros lugares). En Bacterias y arqueas, la subunidad contiene dos grandes rRNA especies (la 5S y 23S rRNAs); en la mayora de eucariotas la subunidad grande contiene tres especies de ARN (la 5S, 5.8S y 25S/28S rRNAs). Secuencia de anlisis muestra que el 5.8S rRNA corresponde a los 5'finales de la bacteria y archaeal 23S rRNAs, y presumiblemente se gener a principios en eucariotas evolucin mediante la insercin de un espaciador secuencia. Cloroplasto grandes tambin contienen subunidades ribosomales tres RNAs, en este caso la 4.5S rRNA se deriva de la 3'terminal de la bacteriana 23S rRNA. Por ltimo, en la mitocondria el gran subunidad rRNA es menor en tamao y es design a la 21S rRNA.

Organizacin de la RNA ribosomal

Genes
En casi todos los organismos rRNAs no son sintetizados como simples transcripciones, sino que se generan a partir de grandes precursores (pre-rRNAs) por post transcripcinal transformacin. En bacterias Archaea primaria y la transcripcin en general, incluye la 16S, 23S y 5S rRNAs (vase la figura 1a). Estos son flanqueado por los 5 'y 3' externos transcritas espaciadores (5'- ETS y 3'-ETS) y separados por el interior transcritas spacer (ITS) regiones. La transferencia de RNA (tRNA) gen es generalmente ubicado en la ITS entre el 16S y 23S rRNA genes, y uno o ms tambin pueden ser ubicados 3 'a la Gen 5S. En eucariotas, 18S, 5.8S y 25/28S rRNAs son cotranscribed por la RNA polimerasa I, mientras que el gen 5S es independiente transcrito por la RNA polimerasa III (Figura 1b, c). La mayora de bacterias y arqueas contener una sola rDNAoperon o varias copias del opern dispersas en del genoma (por ejemplo, Escherichia coli tiene siete). En contrario, eucariotas suelen tener tantas copias del ADNr organizado conjuntamente repite, en los seres humanos, aproximadamente 300-400 ADNr repite estn presentes en cinco grupos en los cromosomas 13, 14, 15, 21 y 22). Estos sitios son a menudo se denomina organizador nucleolar regiones, lo que refleja el hecho de que se observaron nucleolos reunir a estos lugares en los nuevos ncleos formados interfase. En la mayora de los eucariontes 5S rRNA genes estn presentes en separado repetir matrices (Figura 1c). Excepcionalmente, en la levadura Saccharomyces cerevisiae, una 5S rRNA gen est presente en cada uno de los 100-200 tandemly repetido ADNr repite (en cromosoma XII) (Figura 1b).

Pre-Procesamiento de rRNA
En todos los organismos, la madurez rRNAs son generados por posttranscriptional procesamiento de reacciones. En bacterias y Archaea, la endonucleasa RNAase III Cleaves tallo estructuras formadas por las secuencias complementarias que flanquean cada una de las secuencias de rRNA maduro (vase la figura 2a). El separados antes de la rRNAs son 3 'procesados por los 3' a 5' exoribonuclease RNAase T y 5 'procesado por el endonucleasa RNAase E. Procesamiento ocurre cotranscriptionally, pero la exigencia de la raz mediante estructuras que cada maturerRNAmust ser sintetizada totalmente antes de su procesamiento puede comenzar. RNAase III tambin procesos otros sustratos de RNA, RNAs mensajeros (mRNAs) y fagos y transcripciones plsmido, mientras que participa RNAase T en la tramitacin de ARNt y otros RNAs estable.

Figura 2 Pre-rRNAs en Escherichia coli (a) y Saccharomyces cerevisiae

(b). Sitios en la E. coli pre-rRNA que se escindida por RNAase III y P son RNAase indic. Sitios en el S. cerevisiae pre-rRNA que se escindida por Rnt1p y RNAase MRP tambin se indican. RNAase MRP es homloga a RNAase P y Rnt1p es homloga a RNAase III. En la transformacin de E. coli en los extremos de el 18S y 23S madura rRNAs se suma, desde la base de sincronizacin es necesaria para generar la divisin III RNAase sitios. En S. cerevisiae se ha propuesto que en las interacciones con los pequeos transeuropeas nucleolar RNAs (snoRNAs) U3 y U8 ofrece un acoplamiento similar, aunque esto an no ha sido establecida. ETS, se transcribe a los espacios exteriores; SU, se transcribe a los espacios internos.

Pre-procesamiento de rRNA es menos entendido en eucariotas. En particular, muchos de los enzimas de procesamiento estn an por identificar. El procesamiento es posttranscriptional, con la excepcin de la primera divisin por RNAase III (Rnt1p en levadura) en la 3'-ETS que, al menos en levaduras, es cotranscriptional. Tratamiento posterior muestra una fuerte 5 '! 3' sesgo en el orden de escisin. En la levadura, la tramitacin de las 18S rRNA endonucleasa comprende cuatro divisiones, dentro de los 5'-ETS y ITS1 y en los extremos de la madurez rRNA, pero la endonucleasas responsables no han sido identificados. ITS1 tambin est escindida por una RNAprotena complejo, RNAase MRP. Esto es sustancialmente homloga a RNAase P, Cleaves que el 5 'extremos de ARNt. RNAase MRP divisin permite la entrada de 5 'a 3'exonucleases Rat1p y Xrn1p que generan los 5 'finales de la 5.8S rRNA. El 3 'tratamiento de la 5.8S rRNA es tambin exonucleolytic y es llevada a cabo por un complejo de once 3 'a 5' exonucleases llamado exosome. Al igual que en las bacterias, el pre-rRNA eucaritico de procesamiento enzimas tambin tienen otros sustratos. Levadura Rnt1p (RNAase III) de los procesos de los precursores a los pequeos nucleolar RNAs (snoRNAs) y spliceosomal pequeos ARN nucleares (snRNA). El 5 'a 3' exonucleases Rat1p y Xrn1p degradar pre-rRNA spacer fragmentos y el proceso de 5' extremos de snoRNAs, y degrada Xrn1p mRNAs 5 'a 3' en el citoplasma. El exosome est implicado en la degradacin de las armas nucleares antes de mRNAs y pre-rRNA spacer fragmentos, la tramitacin de la 3'extremos de snRNAs y snoRNAs y ARNm citoplsmico volumen de negocios. En ambos levadura y E. coli (los dos organismos en los que Procesamiento de ARN se entiende mejor) de procesamiento de ARN Las enzimas no son especficas de una sola va, pero tienen un gama de sustratos de RNA. El spacer regiones de ARN precursores de los cambios muy rpidamente y durante la evolucin Sistemas de procesamiento de ARN parecen haber evolucionado a contratar las enzimas de un grupo de factores, segn sea necesario, en lugar de el desarrollo de enzimas especficas para cada sustrato.

Las relaciones entre los pre-procesamiento de rRNA en bacterias y eucariotas

Hay amplias similitudes en la pre-procesamiento de rRNA a travs de la evolucin. El recuento de bacterias, y eucariotas archaeal pre-rRNAs son esencialmente colinear y

varios pre-rRNAprocessing se conservan las enzimas de las bacterias a los eucariotas (Figura 2).

RNAase III
RNAase III es una protena que endoribonuclease tanto Cleaves lados de imperfecta double-stranded RNAs. En el recuento de bacterias pre-rRNA, RNAase III Cleaves los tallos que se forman por las secuencias que flanquean el 16S y la 23S rRNAs (vase Figura 2a), la produccin de sustratos para su posterior recorte reacciones. En los eucariotas (levaduras) pre-rRNA, el homlogo de RNAase III (Rnt1p) lleva a cabo el primer paso en la tramitacin de cleaving por un tallo en el 3'-ETS (vase Figura 2b).

RNAase MRP y RNAase P

RNAase MRP y RNAase P endoribonucleases que se consisten en complejos RNA-protena. P RNAase procesos el 5 'extremos del pre-ARNt en todos los organismos y la Cleaves 5' final del tRNA situado en la regin en su bacteriano archaeal y preRNA(ver Figuras 1a y 2b). RNAase MRP slo se ha identificado en eucariotas y en el eucariotas (levaduras) pre-rRNA RNAase MRP recortes en ITS1. La bacteriana RNAase P se compone de un ARN junto con la molcula de una sola molcula de protena. En contrario, eucariotas (levaduras) RNAase tiene nueve protena P componentes, junto con una nica molcula de RNA. El ARN RNAase componentes de P y MRP muestran similitudes previsto en sus estructuras y compartir ocho protenas componentes, cada uno tambin tiene un nico componente de la protena. Es probable que RNAase MRP surgi de RNAase P en un principios y se convirti en eukaryote especializados para la pre-rRNA transformacin. TheRNAcomponent de RNAase P de muchas bacterias y Archaea muestra actividad in vitro en ausencia de su cofactor de protenas, aunque las condiciones necesarias para la sal esta actividad estn lejos de ser fisiolgico. Una molcula de ARN que muestra la actividad enzimtica, en ausencia de las protenas es denomina ribozyme. Se cree que theRNAcomponent de bacterias RNAase P funciona como un ribozyme en ARN escisin en vivo. La protena ayuda al componente vinculante y la liberacin del sustrato, y permite una mayor divisin de variedad de sustratos que con solo el ARN. En contraste, ribozyme los intentos de demostrar la actividad de la ARN componentes de eucariotas RNAase P o MRP se han sin xito, lo

que sugiere que algunas o todas las enzimtica actividad ha sido tomada por los componentes de la protena.

Papel de la pequea nucleolar RNAs en eucariotas pre-procesamiento de rRNA

Eucariotas contienen un gran nmero de especies snoRNA (aproximadamente 150 en las clulas humanas). Con la excepcin de la RNAcomponent de RNAase MRP, todas estas especies puede dividirse en dos grupos. Estos son designados como "Cuadro de C1D 'y' cuadro H1ACA" sobre la base de la conserva secuencia de elementos que se cree que son los sitios de la protena vinculante (Figura 3). Cada clase de snoRNA se asocia con un conjunto de protenas y miembros comparten conservadas caractersticas de la estructura secundaria predijo. La mayora de estos snoRNAs actuar como guas de sitios especficos para la modificacin de nucletidos en el rRNAs. La caja C1D snoRNAs seleccionar los nucletidos en el que el 2'-hidroxilo de las posiciones residuos de azcar sometidos a metilacin (2'-O-metilacin), mientras que el boxH1ACAsnoRNAs seleccionar posiciones en que

Figura 3. El pequeo nucleolar RNAs (snoRNAs) y sus asociados protenas. Los dos principales familias de snoRNA son cada uno de ellos asociado con un conjunto especfico de protenas. Por el cuadro de C1D snoRNAs, estos son Nop1p /fibrillarin, Nop58p, Nop56p y Snu13p. El H1ACA snoRNAs son asociados con bf5p/dyskerin, Gar1p, Nhp2p y Nop10p. Nop1p y Cbf5p son las subunidades catalticas putativo. Los colores de otros componentes de las dos clases de snoRNP no indican homologa funcional.

uridina se convierte en pseudouridine (C) por la rotacin de la base. SnoRNA homlogos han sido recientemente identificados en Archaea donde tambin parecen estar implicados en rRNA modificacin. Adems, un pequeo nmero de la casilla C1d y caja H1ACA snoRNAs son necesarios para pre-procesamiento de rRNA (U3, U14, snR10 y snR30 en levadura; U3, U8, U14 y U22 en los vertebrados). Anlisis genticos mostraron que la levadura snoRNAs son todos necesarios para la pre-rRNA escisin pasos, en el 5'-ETS y ITS1, sobre la va de 18S Rrna sntesis. En Xenopus (rana) oocitos, U3, U14 y U22 son igualmente necesarios para la sntesis de 18S rRNA, mientras se U8 necesarios para su transformacin en la 3'-ETS y en ITS1 sobre la rRNA 5.8S/28S va de sntesis. En el caso de la caja de levadura C1D snoRNAs U3 y U14, de compensacin han demostrado que las mutaciones que debe par de bases con el pre-rRNA para funcionar en ribosome sntesis. El requisito para estos snoRNAs en la tramitacin no no parecen estar relacionados con funciones en la modificacin y rRNA tambin la snoRNAs no parecen actuar en catalticamente transformacin. Por el contrario, se cree que los cambios en la mediacin la estructura del pre-rRNA, posiblemente constitutivo de la correcta conformacin de reconocimiento por la endonucleasa (s). En E. coli, la coordinacin de la transformacin de los 5' y 3 'extremos del 16S y 23S rRNAs est garantizado por la requisito de que las secuencias de acompaamiento a la par de bases generar el lugar para RNAase III (vase Figure2a). No equivalente base de sincronizacin se pueden extraer de los eucariotas; sino que se especula con que en las interacciones con transeuropeas snoRNAs trae la tramitacin sitios juntos y se asegura coordinado su escisin (ver Figura 2b). El U3 snoRNA Se cree que esta funcin de coordinacin de la transformacin en el 5'-ETS y ITS1, mientras Xenopus U8 secundario coordinar el procesamiento en la 3'-ETS y ITS1.

Reorganizacin estructural de la rRNAs ribosoma durante la sntesis (pag 4)

E. coli en el pre-rRNA, el 5 'final de la 16S rRNA es participan en una base de la interaccin con los pares 3 'de la regin el 5'-ETS. Esta interaccin debe romperse para que la 5'final del 16S rRNA maduro para asumir su conformacin-esto implica una interaccin de largo alcance entre el bucle de el 5'se derivan de circuito alrededor de la estructura y la posicin de los nucletidos 917, una interaccin que se hace referencia a que la central de pseudoknot. Esta estructura se conserva en toda la evolucin y es probable que desempee un papel fundamental en el conjunto de plegado de la rRNA. En el pre-rRNA de eucariotas, el U3 snoRNA de pares de bases a los 5 'se derivan de circuito de la estructura 18S rRNA,la prevencin de formacin de la central pseudoknot. Formacin de la pseudoknot presumiblemente es un paso irreversible y la estructura alternativa que pueda bloquear la creacin prematuro de esta interaccin a larga distancia hasta la etapa en la correcta proceso de montaje se alcanza. En la levadura, un supuesto ARN helicasa (una enzima que puede openRNAstructure) se encuentra asociados con U3 estable y puede catalizar esta estructurales isomerizacin. En eucariotas, un gran nmero de modificaciones gua snoRNAs par de bases con la pre-rRNA. La conformacin del pre-rRNA en el snoRNA asociados formulario debe ser muy diferente de su estructura de madurez, y una amplia reordenamientos estructurales son inevitables. Sorprendentemente, el 17 de diferentes ARN helicases putativo que se requieren para ribosoma sntesis en la levadura. Es probable que desempear funciones esenciales de tal remodelacin estructural. Se ha especulado que la funcin primaria de la modificacin snoRNAs gua es ayudar a la correcta plegable del pre-rRNA. RNAs o protenas que funcionan a promover el correcto plegado de otro factor que se denomina acompaantes. En este modelo, las modificaciones son un rRNA lado del producto que sirven como seales de que la ha snoRNA obligado (y presumiblemente ha hecho su trabajo). Formacin de la modificacin dara lugar a una helicasa disociar la snoRNA / pre-rRNA base de la vinculacin. Hay, sin embargo, son pocos los datos para apoyar este modelo en la actualidad.

Funcin rRNA Primaria y secundaria en la estructura de rRNAs diferentes especies

Inspeccin de la estructura de los organismos en la lejana rRNAs de los tres dominios de la vida revela que, a pesar de diferencias sustanciales secuencia primaria, tanto los pequeos subunidad rRNA (SSU-rRNA) y grandes subunidad rRNA (UG-rRNA) muestran notable conservacin de sus secundario, terciario y, probablemente, las estructuras. Estructuras bsicas pueden extraerse de la SSU-UG-y que rRNAs puede acomodar a la secundaria de todas las estructuras descritas rRNAs. La mayora de los elementos conservados se supone que son de importancia funcional. Estos se han propuesto para representan el ncleo activo de los ribosomas y la parte de ribosomas moderna que se estableci por primera vez en el curso de la evolucin. En particular, la casi totalidad de los rRNA post transcripcional modificaciones (base y ribosa metilacin y como la conversin de uridina a ) entran dentro de estos conservan regiones centrales de la rRNAs. Planteamientos iniciales a la estructura de la rRNAs participan el anlisis de fragmentos aislados de la rRNA por sondeo y qumicas de ARN-ARN reticulacin experimentos. Estos anlisis generado una gran cantidad de datos sobre la interacciones funcionales dentro de la ribosoma pero eran menos informativos sobre los mecanismos de la traduccin. Un potente tcnica para la determinacin de la estructura secundaria se filogenticos basados en comparaciones. El enfoque principal es buscar mutaciones compensatorias en las regiones prev que par de bases. Compensatorios mutaciones surgen cuando pares de producirse cambios en la secuencia de tal manera que el basepair potencial se mantiene con diferentes nucletidos. El identificacin de mltiples mutaciones en compensatoria predijo tallo estructuras proporcionan pruebas abrumadoras de la existencia de la base real de la vinculacin. Respaldada por el reticulacin de datos, lo que permiti la secundaria la estructura de regiones conservadas de la rRNAs que se con buena confianza. Las estructuras de ambos subunidades ribosomales de Archaea Recientemente se han determinada por cristalografa de rayos X, que ofrece la primera ribosoma vista de la estructura atmica en la resolucin. Esto estructura ya ha contribuido a racionalizar varias dcadas bioqumicos y genticos de avance

para datos. Un avance importante para la totalidad del mbito de la biologa del ARN es que la estructura proporciona un apoyo decisivo a la opinin de que la peptidil transferasa reaccin (la reaccin de los aminocidos que residuos se adjuntan los unos a los otros para formar las protenas) es catalizada por el propio rRNA. En la primera secuencia de la rRNAs, la conserva secuencias estn separadas por regiones variables, en la que el primaria y secundaria difieren de las estructuras ms rpidamente en evolucin. La longitud total de estas regiones tambin estn mal conservadas y, en general, ya en eucariotas, que son por lo tanto, a menudo denominados segmentos de expansin. El ncleo estructuras de la SSU-UG-rRNAs y contener un 10 y 18 tan variables, respectivamente. En general, la variable regiones son ms prescindibles para ribosoma funcin.

Funcional en el rRNAs
La combinacin de mtodos bioqumicos, en su mayora reticulacin y experimentos de qumica footprinting rRNAs obligado a ARNt o varios antibiticos, con el el anlisis gentico de cepas de E. coli con mutaciones en sus rRNAs llev a la definicin de varios dominios funcionales en el rRNAs. Como se resume en el cuadro 1, los dominios se atribuirse a la mayora de las funciones bsicas de los ribosomas (es decir, decodificacin o codn-anti codon reconocimiento y peptidyltransferase actividad), as como a los antibiticos y vinculante interacciones con las protenas ribosomales y translacional factores. El panorama general que surge de estos estudios es que la decodificacin de centro el reconocimiento especfico del codn por el tRNA) del ribosoma se encuentra dentro de su subunidad menor y la actividad peptidyltransferase (adems de los nuevos aminocidos a la creciente polipptido) es llevadas a cabo por la subunidad grande. La precisin de traduccin est determinada por los componentes de las dos subunidades, probablemente refleja la interaccin de ambos con el ARNt subunidades ribosomales. El anlisis de mutaciones en el rRNAs ha sido durante mucho tiempo obstaculizado por el gran nmero de copias de los genes ADNr. En E. coli este problema fue parcialmente superada por la sobreexpresin del ADNr copia mutada de un alto copia plsmido construir una poblacin mixta rRNA, con alrededor del 50% cada uno de los de tipo salvaje y mutante ribosomas. En la levadura, un nmero de ms sofisticados sistemas para la expresin condicional de tipo salvaje y

mutante rRNAs se han elaborado, lo que permite el anlisis de la procesamiento y las funciones de la rRNA. Estas tcnicas han sido ampliamente utilizados para el anlisis de los efectos de cis-que actan las mutaciones en el separador regiones en pre-rRNA transformacin. Los efectos de las mutaciones sobre la funcin de la rRNA es menos caracterizados. Sin embargo, parece que funcional, en particular el centro de precisin, como as como las caractersticas del rRNA que son reconocidos por antibiticos aminoglucsidos, se han conservado muy en toda la evolucin. Nuestra comprensin de la estructura y la funcin de los ribosomas en eucariotas sigue siendo mucho menos avanzada que en E. coli.

Catalizador de las actividades durante rRNAs traduccin

La identificacin de los elementos que intervienen ribosmicos en la formacin del pptido-fianza ha sido una larga ribosome reto en la investigacin. Esta zona era en su mayor parte explorado en E. coli, haciendo uso de los sistemas de in vitro la reconstitucin de las subunidades. Trabajo pionero utiliza un simple peptidyltransferase (PT)ensayo subunidades 50S en el que se mezclan con dos minisubstrates que imitaron ARNt vinculado a la A y P sitio (es decir, sus estructuras se asemejan a las del tRNA llevar a la prxima, aminocido activado y el tRNA llevar a la cadena polipeptdica alargndose, respectivamente), permitiendo la formacin de un pptido de bonos. El autenticidad de la reaccin se bas en la inhibicin eficaz

por PT-antibiticos especficos, tales como el cloranfenicol y carbomycin. Estos primeros estudios estableci que el PT la actividad no depende de ARNm, la subunidad 30S, translacionales factores, guanosina trifosfato (GTP), trifosfato de adenosina (ATP) o incluso intacto ARNt. Subunidades ribosomales gran falta individuales o mltiples ribosmicos protenas se analizaron en este ensayo y mostr a ser igualmente activas. Slo cinco de protenas parece ser esenciales para la actividad PT, dos de los cuales mostraron ser necesarios para la subunidad 50S asamblea. En un conjunto diferente de experimentos, los ribosomes fueron sometidos a duras protena condiciones de extraccin. Las partculas fueron despojados de casi terminacin, pero mantuvo su actividad PT. Estos enfoques experimentales no han determinado si el dos o tres protenas que se mantuvo la obligacin de therRNAare PT que participan en la actividad en s o si son necesarias para mantener un mnimo competente rRNA estructura. En la alta resolucin (3 AES) estructura de la archaeal UG la peptidil transferasa (PT) La regin se considera rodeado por un campo de rRNA cuidadosamente embalados. El protenas son generalmente localizadas en el exterior de este estructura, si bien algunos proyectos en el rRNA de dominio, haciendo un proteina "los contactos y la estabilizacin de ARN la brevedad de la estructura de todo el rRNA catalizador activo sitio. Cristalogrfico estos estudios tambin confirmaron que

PT actividad es competencia exclusiva de la rRNA, y no las protenas ribosomales se encontraron dentro de la 18A ES PT centro (que tengan un impacto en catlisis proteica tendra que ser dentro de 3 ES A). Un Mecanismo basado en ARN para la formacin del pptido de los bonos ha se propuso la participacin de N3 la posicin de una adenina residuos (A2251 en E. coli) y un sistema de enlaces de cargo. Esto primero se activa la entrada de pptidos al aceptar un protn, y entonces neutraliza la carga en el grupo despus de dejar formacin de pptidos de bonos. En esencia, esto es anlogo a la reverso de la acilacin paso observado en serina proteasas (por ejemplo, quimotripsina) durante la hidrlisis peptdica y ARN sugiere que han aprendido los principios de la qumica de la catlisis antes de la protena enzimas. La opinin actual es, por tanto, que la actividad cataltica de el ribosome radica en su componente de ARN, mientras que el ribosmicos protenas actan como chaperones en ribosome montaje y como cofactores para aumentar la eficiencia de la mediada ARN por PT reaccin y la exactitud de la traduccin. In vitro de la reconstitucin funcional de E. coli pequeos subunidades ribosomales logrado ha sido por mucho tiempo, ya sea en el de transcritos in vitro o purificada 16S rRNA y piscinas de ribosmicos protenas. La situacin era ms compleja para subunidades ribosomales grandes, sin embargo. Gran activo ribosmicos subunidades slo puede ser reconstituida en caso de un fragmento autntico de al menos 80 nucletidos que contiene varias posttranscriptional modificaciones, se aade en el transporte. Esto sugiere que a la plena actividad de la subunidad ribosomal gran crtica requiere uno o ms nucletidos modificados.

Interacciones funcionales entre los rRNAs, ARNm y ARNt

En bacterias, el 3 'final del 16S rRNA de pares de bases con el ARNm (vase tambin el cuadro 1). Esta parte se llama Shine - Dalgarno es fundamental la interaccin y la iniciacin de la traduccin. En todos los organismos, ellos interactan tRNA ARN y en el codn-anticodon el econocimiento que se reitera a lo largo todo el proceso de traduccin. Esta interaccin, que incluye slo tres pares de nucletidos de base, es estabilizado por una serie de interacciones entre el tRNA y el rRNAs. Interacciones importantes para la catlisis de formacin del pptido de los bonos son proporcionados por

el reconocimiento de universalmente conservado 3 'final del CCA aminoacil-tRNA sustratos de 23S rRNA. En particular, uno de Watson-Crick par de bases entre formas universalmente conservadas de residuos, G2252, cerca del centro de PT en el 23S rRNA y C 74 a l aceptor final de ARNt. En E. coli, una rRNA-ARNm interaccin se propone desempear un papel en el reconocimiento de la terminacin tresillo.

Interacciones de la rRNAs con antibiticos

Los antibiticos han sido de gran utilidad en la investigacin ribosoma, en particular cuando su sitio (s) de la interaccin con el ribosoma podra estar relacionada con a traduccin defectos, proporcionando funciones para putativo secciones de rRNAs (vase tambin Tabla 1). La mayora de los antibiticos parece caracterizado principalmente de obligar a la rRNAs. En algunos casos, el estado de metilacin ARN specificr residuos se correlaciona con la resistencia a los antibiticos o sensibilidad. Por ejemplo, dimethylation de theN6-A2058 23S rRNA en el centro por el PT ErmE metiltransferasa confiere resistencia a lincosamide y B y estreptogramina variedad de antibiticos macrlidos, incluyendo eritromicina. La eritromicina se une a los nucletidos A2058 y vecinos, y la mutacin de estas bases tambin confiere antibitico resistencia. Del mismo modo, la resistencia a los que se confiere thiostrepton por ribosa o la sustitucin de metilacin en el A1067 GTPasa regin del 23S rRNA, en el thiostreptonbinding sitio. Sin embargo, ambos thiostrepton y la eritromicina tambin funcionalmente importantes contactos con ribosmicos protenas (con L11 y L15, respectivamente). En contrario, theN6-dimethylation de la A1518A1519 doblete en el 3 'final del 16S rRNA de la KsgA methylase es necesarios para la sensibilidad a la kasugamicina. Estructuras atmicas de subunidades ribosomales vinculado a los antibiticos han sido reportado. Estos estudios estn empezando a arrojar una totalmente nueva luz sobre las interacciones entre los antibiticos y rRNAs. Por ejemplo, varios pequeos subunidad especfica de los antibiticos parecen ejercer sus efectos inhibitorios a travs de la estabilizacin de cada uno de los dominios que ribosmicos de otro muestran un grado de flexibilidad en relacin con los dems esenciales para la decodificacin y, posiblemente, para la translocacin proceso.

El rbol de la vida - sobre la base de rRNA comparacin de secuencias

Figura 4 El rbol de la vida. Filogenia universales derivados de las comparaciones de secuencias de rRNA.

rRNA y Filogenia
Altamente conservado en la estructura y funcin de presunta en todos los de la evolucin, la rRNAs, y en particular la rRNA subunidad pequea, se han convertido en el ms comnmente marcadores utilizados para el establecimiento de relaciones filogenticas entre organismos. Mutaciones en el ncleo conserva regiones del rRNA estn fuertemente sesgadas hacia nucletidos sustitucin, en lugar de eliminacin y la insercin. Esto, junto con la existencia de una secundaria universal estructura, facilita considerablemente la secuencia de alineacin proceso. Filogenia molecular (filogenia derivados de la secuencia comparacin), basado en la secuencia de rRNA condujeron a la conclusin de que existen tres mbitos de la vida: las bacterias (anteriormente denominado Eubacteria), Archaea (anteriormente denominado Archaebacteria) y eucariotas

(tambin denominado Eukarya). La mayora de los modelos predicen que durante la evolucin de la Progenote (los primeros organismos capaces de replicar sus genomas) y el Archaea eucariotas surgi de una ancestro comn, a raz de su separacin de la bacteriana lnea (vase la Figura 4). rboles con diferentes topologas se han obtenido sobre la base de una variedad de secuencias de protenas, probablemente como consecuencia de los niveles relativamente elevados de transferencia lateral de genes que ahora se cree que se han producido durante la evolucin.

Ms lecturas
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