Malaria, Algas, Amebas y Usted: Desenredando las Relaciones Eucarióticas

Joel B. Dacks
ActionBioscience.org (01/2002) http://www.actionbioscience.org/index.html

Desde los tiempos de Aristóteles, los científicos han estado clasificando a los organismos
vivos y buscando claves sobre las relaciones de parentesco entre las especies biológicas, es
decir, su “filogenia.” La vida en la tierra puede clasificarse en tres tipos o dominios
mayores:
• Las Bacterias
• Los Archaea
• Los Eucariotes
Las bacterias, tales como E. coli, y los Archaea son organismos microscópicos con su ADN
expuesto al resto de sus células. Por su parte, los Eucariotes son organismos cuyo ADN se
encuentra contenido dentro de una membrana separada dentro de la célula. Los Eucariotes
nos incluyen a nosotros, a los árboles en nuestros jardines, a los hongos en nuestras pizzas
y a la mayoría del mundo vivo que podemos observar con nuestros ojos.
La determinación de las relaciones de parentesco entre los eucariotes puede tener
aplicaciones muy prácticas. Por ejemplo, el descubrimiento de que los Microsporidios, una
vez considerados como un linaje ancestral, se encuentran en realidad relacionados a los
hongos,12,14 abrió formas potenciales inesperadas de combatir de estas plagas agrícolas y
económicas. La filogenia de los eucariotes puede también proveer respuestas a un número
de preguntas sobre como:
• Algunos eucariotes adquirieron la habilidad de sobrevivir por medio de la simple
exposición a la luz solar (fotosíntesis);
• Como llegó a establecerse la maquinaria de producción de energía de nuestras
células (las mitocondrias); y
• Ultimadamente, cómo llegamos a ser como somos ahora.

Historia de la filogenia de los eucariotes

Filogenia basada en la morfología
Por mucho tiempo la filogenia estuvo basada solamente en la morfología, es decir, en el
estudio de los caracteres estructurales tales como la forma, el tamaño u otras
características que un organismo puede poseer. Así fue como el mundo biológico visible fue
enfrentado inicialmente y, con la llegada del microscopio, como mucho del mundo
microscópico fue también estudiado. Este tipo de trabajo ha sido, y continúa siendo,
inmensamente importante y es la manera en que hoy en día muchos organismos son
clasificados.
Filogenia molecular
Los avances en la tecnología de secuenciación del ADN dieron origen a un nuevo campo de
estudios evolucionarios: la filogenética molecular. La idea en la cual se basa este campo es
que, por lo general, mientras más emparentados esten dos organismos, más similares
serán sus secuencias de ADN. Esto se debe a que ellos no habrán tenido mucho tiempo
para que se acumularan muchos cambios independientes en sus secuencias genéticas.
Comparando estadísticamente las similitudes y las diferencias entre las secuencias de ADN
de un mismo gen proveniente de varios organismos, podemos deducir el patrón de
parentesco entre ellos. Este patrón generalmente se representa como un diagrama de
árbol, muy parecido a un árbol genealógico. Mientras más cerca se encuentren dos linajes
en el árbol, más cercana es su relación evolucionaria. Una convención estándar es que
mientras más profunda (es decir, más cerca del tronco del árbol) se encuentra la
separación entre los dos linajes, más lejana en el tiempo ocurrió la separación
evolucionaria, es decir, la “especiación.”
El análisis por computadora del primer gen usado extensamente en el estudio de la
filogenia molecular, el gen llamado ssu rADN, nos dio una imagen aparentemente definitiva
del paisaje eucariótico (ver Figura 1).22 Un número de linajes emergió en secuencia de la
base del árbol, aparentemente correspondiendo a los linajes que se separaron
evolutivamente del resto de los eucariotes cerca del comienzo de nuestra historia. Estos
fueron seguidos por una radiación no resuelta (o “radiación en corona”) de grupos que
incluyeron a los animales, a las plantas, a los hongos y a un número de linajes eucarióticos
unicelulares, colectivamente llamados “protistas.”
Desafortunadamente, a medida que se acumularon más datos y se desarrollaron mejores
métodos de análisis, la fortaleza de esta estructura comenzó a erosionarse. La filogenia
derivada de los genes de proteínas no pareció concordar con este cuadro8, y más
importante aún, se descubrió dentro de los análisis de computadora un tipo especial de
problema dominante llamado La Atracción de la Rama Larga.10,18 El problema en estos
análisis es que los genes que evolucionaron muy rápidamente fueron interpretados
incorrectamente como genes relacionados.
En el caso de la filogenia de los eucariotes, esto:
• Escondió varias relaciones verdaderas;
• Hizo que otras relaciones parecieran verdaderas cuando no lo eran;
• Nos llevó a la conclusión cuestionable de que organismos particulares eran especies
muy antiguas; y
• Cuando se llevaron a cabo compensaciones, desaparecieron muchas de las claras
respuestas provistas por nuestro cuadro inicial de las relaciones entre los eucariotes.
Sin embargo, debemos señalar que no todos los estudios del ssu rADN fueron sujetos a la
Atracción de la Rama larga. La secuencia del gen ssu rADN aún es el mejor lugar para
comenzar a estudiar a un organismo nuevo y es muy útil para esclarecer las relaciones
específicas, tal y como se discutirá más adelante. Sin embargo, este gen parece no ser la
respuesta principal al esclarecimiento de las relaciones generales entre los eucariotes.
Además del gen ssu rADN, los científicos han tratado de utilizar un número de otros genes
individuales para reconstruir el árbol de los eucariotes. Cada intento se ha enfrentado con
problemas similares al de la Atracción de la Rama Larga y a la incertidumbre.7,11,13,21 La
Atracción de la Rama Larga no es un fenómeno restringido al gen ssu rADN pero puede
afectar a cualquier juego de datos moleculares donde las diferentes secuencias han
evolucionado a tasas muy diferentes.
Frente a la incertidumbre que rodea a las relaciones entre los eucariotes, hasta se ha
propuesto que el resolver estas relaciones puede ser imposible, debido a verdaderas
razones biológicas.18,19 Una teoría llamada “el big bang eucariótico” (o “la gran explosión
eucariótica”) sugiere que la razón por la cual los investigadores no pueden encontrar
relaciones claras entre los grupos principales es que estos grupos evolucionaron muy
rápidamente los unos de los otros. Esta separación de los grupos en especies ocurrió tan
rápidamente que no ha habido tiempo de acumular suficientes cambios en los genes que
los científicos estudian para que estos permitan elucidar los patrones de relación.

Avances recientes
Sin embargo, en el año 2000 y a comienzos del 2001 una serie de avances recientes han
enfatizado que las relaciones específicas de gran escala son, de hecho, discernibles. La
construcción pieza por pieza de una estructura exhaustiva en el árbol eucariótico puede ser
la manera correcta de enfrentar el estudio de la filogenia eucariótica.

1. ¿Están relacionadas las algas rojas con las algas verdes? ¿Quién atrapó al primer
cloroplasto?
En la década de los 70 se hizo el impactante descubrimiento que varias partes integrales de
nuestra maquinaria celular, tales como la mitocondria que produce energía y el cloroplasto
que cosecha luz, son en realidad bacterias capturadas y permanentemente residentes. Esta
idea, en realidad propuesta por primera vez en 190516, fue resumida y actualizada en la
“teoría endosimbiótica serial.”15 A pesar de que esta teoría fue altamente controversial en
su tiempo, la filogenia molecular de los genes de los cloroplastos y de las mitocondrias
apoyó fuertemente a la teoría y ahora es ampliamente aceptada. Sin embargo, aún existe
un número de preguntas importantes.
Quizás la pregunta principal es cuántas veces los eucariotes de la antigüedad capturaron
bacterias y las convirtieron en cloroplastos. Esta no es una pregunta pequeña sino que
involucra a las relaciones entre los tres mayores grupos de eucariotes:
• Las algas rojas (como la capa exterior de los rollos de sushi)
• Las plantas terrestres y las algas verdes (como los árboles, las hierbas y la lana
verde que crece en las peceras)
 • Un grupo de protistas llamados los glaucófitos o glaucocistofitos.
Parece ser que los tres grupos han capturado bacterias y las han convertido en
cloroplastos. Si los grupos están relacionados, entonces la captura de las bacterias
probablemente ocurrió una sola vez, llevada a cabo por su ancestro común. Sin embargo, si
no están relacionados, ellos pueden haber capturado a sus propios cloroplastos
independientemente. El análisis de los genes de los cloroplastos sugiere que los tres grupos
están estrechamente relacionados, pero los genes nucleares, hasta ahora, han sido
inconclusos o moderadamente en apoyo de que los tres grupos no están relacionados.
Sin embargo, a principios del año 2000 una publicación conjunta de grupos franceses y
españoles dieron un fuerte peso a una de las opciones.17 Utilizando análisis de genes
simples y de genes en combinación, estos grupos mostraron que las algas rojas y las
verdes están estrechamente relacionadas. Los glaucófitos estaban solo débilmente
agrupados con las algas verdes y rojas en este análisis, pero otra evidencia apunta
fuertemente a que los glaucófitos están relacionados a las algas rojas.23 Conjuntamente,
esto sugiere que, de hecho, los tres grupos descendieron de un ancestro común (Nota:
para una opinión contraria ver la referencia [23]). La unión de estos grupos de algas (ver
Figura 2) es un paso mayor en la resolución del árbol de los eucariotes y apunta
fuertemente hacia una captura única original de una bacteria que eventualmente se
convertiría en el cloroplasto.

2. Algas y más allá: ¿Cuándo el captor se convierte en el capturado?

Las criaturas acuáticas fotosintéticas son comunes y numerosas.
• Muchas se han clasificado en un gran grupo denominado los estramenopilos,
también llamados heterocontos o cromistas.4 Éstos incluyen al kelp gigante (alga
marina), a las diminutas diatomeas y a las algas doradas de nuestros lagos y
océanos.
• Otra criatura marina común es el dinoflagelado que causa la Marea Roja. Estos están
relacionados, dentro de un grupo de protistas llamados alveolazos, a organismos tan
diversos como el ciliado Paramecium (altamente conocido en laboratorios de biología
de la escuela secundaria) y el parásito que causa la malaria o paludismo, el
Plasmodium, un apicomplejo.
Lamentablemente, nunca se ha clarificado si uno o ambos de estos consorcios encajan
dentro del esquema mayor de relaciones entre los eucariotes.
En un artículo científico que se ha hecho muy famoso9 publicado en el año 2001, un grupo
de canadienses de la Universidad de British Columbia mostró que los heterocontos y los
alveolados están enlazados evolutivamente (ver Figura 2). Este equipo descubrió que estos
grupos comparten un reemplazo genético particular dentro de su aparato fotosintético. No
solo une a este grupo el análisis de cómputo de este gen, sino también el hecho que todos
ellos comparten esta característica extremadamente rara, lo cual hace muy posible que
ellos compartan un ancestro común. Este descubrimiento no solo une a un porcentaje
mayor de la diversidad eucariótica conocida, sino también responde a varias preguntas
fundamentales sobre la evolución de la fotosíntesis. El cloroplasto es una maquinaria tan
útil que los organismos que lo capturaron por primera vez fueron ellos mismos capturados
e incorporados, creando en esencia una célula dentro de una célula dentro de otra célula.
La unión de los alveolados y de los estramenopilos en un nuevo grupo llamado los
Cromoalveolados4 sugiere que su ancestro común fue un eucariota que capturó a una alga
roja y la hizo actuar como un cloroplasto.

3. Del fondo de los lagos a las entrañas de las termitas: ¿Lecciones en la pérdida de las
mitocondrias?
A veces se descubren organismos que aparentan no estar relacionados con el resto de la
vida eucariótica. Un ejemplo es el Trimastix, que vive en los sedimentos de los lagos y de
los océanos. Este organismo fue descrito por primera vez en 1886 pero fue prácticamente
olvidado y no estudiado hasta finales de la década de 1990. Este organismo no posee
mitocondrias pero se ha sugerido que posee una mitocondria vestigial. Trimastix comparte
un número de características con un grupo más o menos suelto de parásitos y de
organismos marinos llamados los excavados. Algunos excavados no poseen mitocondrias,
mientras que otros sí las tienen; estas mitocondrias tienen la apariencia que pensamos
tenían las mitocondrias originales. En una época se pensó que estos excavados sin
mitocondria podían ser los linajes antiguos que evolucionaron antes de que el ancestro del
resto de los eucariotes capturara a la mitocondria original.3 Sin embargo, los científicos
ahora creen que la mayoría de estos excavados probablemente ya tenían mitocondrias pero
que luego las perdieron.20
Los organismos olvidados por mucho tiempo, como el Trimastix son fascinantes. Sin
embargo, igualmente interesantes son los organismos cuyas relaciones filogenéticas son
aún un misterio después de 100 años de estudio. Este fue el caso de las oxymonads (ver
Figura 3), un grupo de protistas que viven en simbiosis en las entrañas de las termitas y
que les permiten a las termitas digerir la madera.2
Este año, sin embargo, en una colaboración entre mi persona y un grupo de colegas
internacionales, la respuesta parece haber sido elucidada.6 Obtuvimos la primera secuencia
del gen ssu rADN de Trimastix y de oxymonads y, después de chequear por posibles efectos
de Atracción de la Rama Larga, mostramos por análisis de computadora de estos genes que
las oxymonads y Trimastix se relacionan cercana y específicamente.
Esto quiere decir que:
• Dado que las oxymonads no poseen mitocondrias pero están relacionadas a
Trimastix (el cual probablemente posee mitocondrias modificadas), es posible que
las oxymonads tuvieron mitocondrias en algún momento pero las perdieron.
• Las oxymonads y Trimastix en conjunto pueden ser un buen modelo para examinar
el proceso de pérdida de las mitocondrias.
• Dos grupos mayores de organismos (ver Figura 2), cuyas relaciones filogenéticas
estaban previamente en duda, se encuentran ahora bien basados.
4. Bases de datos concatenadas: las voces filogenéticas por encima del ruido
A pesar de la aparente falta de resolución en la estructura general del árbol de los
eucariotes, donde un solo tipo de evidencia es utilizado, es posible que una nueva
estrategia pueda resolver este problema. Mientras que un solo gen puede no tener
suficientes diferencias para permitir resolver las relaciones entre los grupos principales de
eucariotes, el uso de las diferencias acumuladas en un número de genes puede darnos la
respuesta. Este método ha sido adoptado por investigadores de la Universidad de
Dalhousie. A finales del año 2000, los investigadores unieron a los marcadores de proteínas
más usados en una sola base de datos combinada (o concatenada), obteniendo resultados
extraordinarios.1
Este análisis de la base de datos concatenada provee evidencias fuertes para varias
relaciones que antes estaban débilmente apoyadas o que no se habían visto.
• Se demostró un gran agrupamiento de las amebas;
• Las amebas fueron ligadas a una serie de grupos que incluye a los animales y a los
hongos;
• Los euglenozoa (incluyendo al agente causal de la enfermedad del sueño de África) y
los heterolobosea (el agente que causa la meningoencefalitis amébica) fueron unidos
en forma convincente; y
• Algunas de las relaciones más altas en la jerarquía también fueron apoyadas,
incluyendo las algas rojas y verdes con los cromalveolados.
El gran avance no fue que se recuperó una relación única, sino el hecho de que todas ellas
fueron demostradas con el mismo análisis y que ellas fueron consistentes con las piezas
únicas de evidencia convincente presentadas arriba.

¿A donde vamos ahora?

Por un tiempo pareció que el poder resolver las relaciones entre los grupos mayores de
eucariotes era una tarea sin esperanza. Los eucariotes probablemente evolucionaron
rápidamente en los grupos mayores que ahora observamos. Sin embargo, en el último año
o un poquito más, hemos visto que el ensamblaje del árbol de los eucariotes puede ser
posible (ver Figura 2). Debemos abandonar nuestra esperanza por una resolución rápida.
Es poco probable que un solo gen pueda darnos todas las respuestas. Pero, con el uso de
varios métodos, la determinación de las relaciones entre los eucariotes puede llevarse a
cabo. Esto va a ser una tarea difícil, pero ¿Qué más podemos esperar sobre un reto de tan
grandes proporciones como la reconstrucción de eventos que ocurrieron miles de millones
de años atrás y navegar la red de la vida que vemos a nuestro alrededor?