Anne Philippe Cours R

Plan
Notes de Cours sur le logiciel R

Anne PHILIPPE
Universit de Nantes, Laboratoire de Mathmatiques Jean Leray email : Anne.philippe@math.univ-nantes.fr
2 3 4
14 septembre 2011
Objets et Oprations Vecteurs et matrices Dataframes Listes Les fonctions Les graphiques Structures de contrle et Itrations
5 6 7
Autour des lois de probabilits Outils graphiques en statistique Infrence statistique Estimation non paramtrique Tests Rgression Sries Chronologiques
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Installation
Documentations
Documents sur le logiciel R :
http://www.math.sciences.univ-nantes.fr/philippe/R_freeware.html
Le logiciel R est un freeware disponible sur le site http://cran.r-project.org/ Il existe des versions Windows MacOS X Linux ... Outils disponibles : un langage de programmation orient objet des fonctions de "base" des librairies/packages complmentaires (1800 sur le site CRAN)
Anne PHILIPPE (U. Nantes) Logiciel R 14 septembre 2011 3 / 131
Site consacr aux graphiques addictedtor.free.fr/graphiques/ Collection spcique UseR chez Springer Plus de 80 livres, par exemple
Introductory Statistics With R Bayesian Computation With R Applied Statistical Genetics With R : Generalized Additive Models : An Introduction with R Extending the Linear Model With R Time Series Analysis And Its Applications : With R Examples
Au dmarrage
Sous linux
> apparat automatiquement en dbut de chaque ligne de commandes + apparat en dbut de ligne si la ligne prcdente est incomplte
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Utiliser laide
diteur
Sous MacOS et Windows, un diteur de texte intgr au logiciel R
> > > >
help("plot") ?plot help.search("plot") ??plot
Les dmos :
> demo() # pour obtenir la liste des demos > demo(graphics)
Les exemples : La fonction example excute les exemples gnralement inclus la n des chiers daide.
> example(FUN)
Ctrl R excute la ligne sur laquelle se trouve le curseur ou les lignes dun bloc slectionn. source("nom-du-fichier.R") pour excuter le code contenu dans le chier nom-du-fichier.R
Objets et Oprations
Librairies
Toutes les librairies ne sont pas charges au lancement du logiciel library() retourne la liste des librairies installes. library(LIB) charge la librairie LIB library(help = LIB) retourne la liste des fonctions de la librairie LIB search(), searchpaths() retourne la liste des librairies charges.
Objets et Oprations Vecteurs et matrices Dataframes Listes
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Oprations lmentaires
1
Objets
Oprations lmentaires sur les scalaires : , , +, /,

>2+4 6
Les objets de base sont vecteurs, matrices data.frames, listes Quelques fonctions gnriques : ls() retourne la liste des objets de la session. rm(a) supprime lobjet a
Oprations avec aectation (avec ou sans achage)

>x=2+4 >x 6 >(x=2+4) 6
# avec affichage du rsultat
Les principaux types sont

entier , rel, complexe caractre logique : TRUE, FALSE, NA (not available)
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Objets et Oprations
Objets et Oprations
Vecteurs et matrices
Fonctions is/as
is.xxx(obj) teste si obj est un objet de type xxx as.xxx(obj) contraint si possible obj au type dobjet xxx o xxx reprsente un type dobjet (complex, real, vector matrix etc...)
> x=3 > is.real(x) [1] TRUE > is.complex(x) [1] FALSE
> as.complex(x) [1] 3+0i > as.character(x) [1] "3"
Remarque : Conversion de TRUE / FALSE en valeur numrique :

> as.integer(T) [1] 1 > as.integer(F) [1] 0
Anne PHILIPPE (U. Nantes) Logiciel R Objets et Oprations Vecteurs et matrices 14 septembre 2011 13 / 131 Anne PHILIPPE (U. Nantes) Logiciel R Objets et Oprations Vecteurs et matrices 14 septembre 2011 14 / 131
Crer des vecteurs

Gnralisation : seq(a,b,t) o a est premier terme, le dernier b et la raison t la fonction c( ) concatne des scalaires ou des vecteurs :
> x=c(1,4,9) > y=c(x,2,3) > y [1] 1 4 9 2 3 seq(from, to) seq(from, to, by= ) seq(from, to, length.out= ) la raison est 1 on fixe la raison on fixe le nb de termes
par exemple
> seq(1,4,by =0.1) [1] 1.0 1.1 1.2 1.3 1.4 1.5 1.6 1.7 1.8 1.9 2.0 2.1 2.2 2.3 .... [26] 3.5 3.6 3.7 3.8 3.9 4.0 raison -1
Suites arithmtiques de raison 1 ou -1 : c(a:b).

> c(1:4) # a<b raison 1 > c(4:1) # a>b [1] 1 2 3 4 [1] 4 3 2 1 > c(1.4:7) # a-b nest pas un entier [1] 1.4 2.4 3.4 4.4 5.4 6.4
x=rep(y ,n) pour crer un vecteur constitu de llment y rpt n fois. (y peut tre un scalaire ou un vecteur) par exemple
> rep(1,4) [1] 1 1 1 1
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Objets et Oprations
Objets et Oprations
Crer des matrices

Les matrices sont cres avec la fonction matrix() partir dun vecteur. On doit xer le nombre de colonnes ncol et/ou le nombre de lignes nrow.
> x = matrix(c(2,3,5,7,11,13),ncol=2)
Attention : si la dimension du vecteur nest pas gale au produit (ncol nrow) alors lopration eectue est la suivante :
> matrix(c(1:3), ncol=2,nrow=3) [,1] [,2] [1,] 1 1 [2,] 2 2 [3,] 3 3 > matrix(c(1:3), ncol=2) [,1] [,2] [1,] 1 3 [2,] 2 1
Par dfaut la matrice est remplie colonne par colonne. Pour remplir ligne par ligne, on ajoute largument byrow=T
> y = matrix(c(2,3,5,7,11,13),ncol=2, byrow=T) > x > y [,1] [,2] [,1] [,2] [1,] 2 7 [1,] 2 3 [2,] 3 11 [2,] 5 7 [3,] 5 13 [3,] 11 13
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Quelques matrices particulires : diagonale, Toeplitz
Concatner des vecteurs/matrices

rbind
> diag(1:4) [,1] [,2] [,3] [,4] [1,] 1 0 0 0 [2,] 0 2 0 0 [3,] 0 0 3 0 [4,] 0 0 0 4 >
> toeplitz(1:4) [,1] [,2] [,3] [,4] [1,] 1 2 3 4 [2,] 2 1 2 3 [3,] 3 2 1 2 [4,] 4 3 2 1
cbind
> x=1:10 > y=x^2 > rbind(x,y) [,1] [,2] [,3] [,4] [,5] [,6] [,7] [,8] [,9] [,10] x 1 2 3 4 5 6 7 8 9 10 y 1 4 9 16 25 36 49 64 81 100 > cbind(x,y) x y [1,] 1 1 [2,] 2 4 [3,] 3 9 [4,] 4 16 [5,] 5 25 [6,] 6 36 etc PHILIPPE (U. Nantes) Anne Logiciel R
diag La fonction diag retourne une matrice diagonale lorsque le paramtre dentre est un vecteur. Si le paramtre dentre est une matrice, alors elle retourne un vecteur constitu de la diagonale de la matrice
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Objets et Oprations
Objets et Oprations
Extraire des lments dun vecteur ou dune matrice

> vect=c(1.5:9.5 ) > vect [1] 1.5 2.5 3.5 4.5 5.5 6.5 7.5 8.5 9.5 > mat=matrix(vect,ncol=3,nrow=3) [,1] [,2] [,3] [1,] 1.5 4.5 7.5 [2,] 2.5 5.5 8.5 [3,] 3.5 6.5 9.5
Oprations sur les Matrices/Vecteurs

Les oprations + * - / entre 2 vecteurs ou matrices de mme dimension sont des oprations terme terme.
> A [,1] [,2] > x=c(1:5) > y=c(rep(0,3),rep(1,2)) [1,] 2 1 [2,] 4 9 > x > B [1] 1 2 3 4 5 [,1] [,2] > y [1,] 0 2 [1] 0 0 0 1 1 [2,] 1 1 > A*B > x*y [,1] [,2] [1] 0 0 0 4 5 [1,] 0 2 [2,] 4 9 >
Extraire un lment
> vect[1] [1] 1.5 > mat[2,1] [1] 2.5
Colonne/ligne dune matrice

> mat[,1] [1] 1.5 2.5 3.5 > mat[3,] [1] 3.5 6.5 9.5
Extraire un bloc ou plusieurs coordonnes

> mat[2:3,1:2] [,1] [,2] [1,] 2.5 5.5 [2,] 3.5 6.5 > vect[c(1,3,7)] [1] 1.5 3.5 7.5
Attention : vect[-j] retourne le vecteur vect sans la j me coordonne

> vect[-c(1,3,7)]
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retourne 2.5 4.5 5.5 6.5 8.5 9.5

Logiciel R Objets et Oprations Vecteurs et matrices 14 septembre 2011 21 / 131 Anne PHILIPPE (U. Nantes) Logiciel R Objets et Oprations Vecteurs et matrices 14 septembre 2011 22 / 131
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Attention Si les vecteurs ne sont pas de mme longueur, le plus court est complt automatiquement .
> x =c(1:5) > x [1] 1 2 3 4 5 > y =c(1,2) > y [1] 1 2 > x + y [1] 2 4 4 6 6
Quelques oprations particulires sur les matrices

> a=matrix(1,ncol=2,nrow=2) > a [,1] [,2] [1,] 1 1 [2,] 1 1 > a+3 #matrice +scalaire [,1] [,2] [1,] 4 4 [2,] 4 4 > a+c(1:2) #matrice + vecteur [,1] [,2] [1,] 2 2 [2,] 3 3
x : 1 2 3 4 5 y : 1 2 1 2 1 ----------------x+y : 2 4 4 6 6
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Objets et Oprations
Objets et Oprations
Action dune fonction sur un vecteur ou une matrice

Soit FUN une fonction dnie sur les scalaires qui retourne un scalaire. Par exemple
sqrt abs sin cos tan exp log log10 gamma lgamma square root absolute value trigonometric functions (radians) exponential and natural logarithm common logarithm gamma function and its natural log
Pour les fonctions de deux variables

f une fonction de deux variables f : (x, y ) f (x, y ) x et y deux vecteurs de mme dimension. La commande f(x,y) retourne le vecteur constitu des lments f (xi , yi ) . Si x et y ne sont pas de mme dimension, celui de plus petite dimension est rpt. Tableaux croiss La fonction outer retourne une matrice de la forme M(i, j) = fun(xi , yj )
x=1:5 y=1:5 M=outer(x,y,fun)
Lorsque le paramtre dentre est un vecteur (respectivement une matrice), la fonction FUN est applique sur chacune des composantes. Lobjet retourn est un vecteur (respectivement une matrice). Exemple Si A = (ai,j ) est une matrice, alors exp(A) retourne une matrice constitue des lments e ai ,j .
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fun peut aussi tre une opration lmentaire +/-*

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Quelques fonctions sur les matrices

Le produit matriciel est obtenu avec % % Calcul des valeurs/vecteurs propres :eigen Calcul du dterminant : det t(A) retourne la transpose de la matrice A dcomposition de Choleski :chol (X) retourne R telle que X = R R o R est une matrice triangulaire suprieure et R est la transpose de R. dcomposition svd : svd(X) retourne (U,D,V) telles que X = UDV o U et V sont orthogonales et D est diagonale. solve solve(A) retourne linverse de la matrice A solve(A,b) retourne x tel que Ax = b
Objets boolens et instructions logiques

Les oprations logiques : < , > , <= , >= , != [diffrent], == [gal] retournent TRUE ou FALSE. La comparaison entre deux vecteurs est une comparaison terme terme. Si les vecteurs ne sont pas de mme longueur, le plus court est complt automatiquement.
> a= 1:5 > a<b [1] TRUE ; b=2.5
TRUE FALSE FALSE FALSE
Il est possible de dnir plusieurs conditions remplir avec les oprateurs ET : & OU : |
Objets et Oprations
Objets et Oprations
Fonction which
Pour extraire les lments dun vecteur, on peut utiliser des instructions logiques. extraire les composantes >8 vect[vect>8] : vect>8 est un vecteur de TRUE et FALSE, on extrait les composantes aectes TRUE. extraire les composantes >8 ou <2 vect[(vect>8) | (vect<2)] extraire les composantes >8 et <10 vect[(vect>8) & (vect<10)] Soit vec un vecteur logique. La fonction which(vec) retourne les indices des coordonnes du vecteur vec qui prennent la valeur TRUE
> x=(1:10)^2 > x [1] 1 4 9 16 25 > which(x== 25) [1] 5 > which(x > 21) [1] 5 6 7 8 9 10
36
49
64
81 100
Exemple Les commandes x[x>1] et x[which(x>1)] retournent le mme vecteur. Cas particulier which.max(x) retourne which(x==max(x))
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Logiciel R Objets et Oprations Dataframes
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Ces fonctions retournent un scalaire : sum() (somme n 1 i=1 xi ) n max(), min() length() (longueur du vecteur), dim(), ncol(), nrow() (dimension de la matrice/nombre de lignes / nombre de colonnes.) Ces fonctions retournent un vecteur : cumsum() (sommes cumules (x1 , x1 + x2 , . . . , (produits cumuls), sort (tri), order, unique remarque : sort(x) = x[order(x)] fft() (transform de Fourier)
n i=1 xi ), i
xi ), prod() (produit
xi ), mean() (moyenne
1
cumprod()
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Objets et Oprations
Dataframes
Objets et Oprations
Dataframes
Dnition des data.frames

Cest une matrice dont toutes les colonnes ne sont pas ncessairement du mme type : scalaire, boolen, caractre. Par exemple
> data1= x1 x2 1 1 1 2 1 2 3 1 3 4 1 4 5 1 5 6 1 6 7 1 7 8 1 8 9 1 9 10 1 10 data.frame(x1=1,x2=1:10,a=letters[1:10]) a a b c d e f g h i j
Oprations sur les dataframes

Les oprations entre des dataframes sont oprations terme terme comme pour les matrices.
> A = data.frame(x=1:3,y=2:4) > C= data.frame(x=1:3,y=rep("a",3)) > B = data.frame(xx=1,yy=1:3)
> A x 1 1 2 2 3 3
y 2 3 4
> B xx yy 1 1 1 2 1 2 3 1 3
> A+B x y 1 2 3 2 3 5 3 4 7
> C x 1 1 2 2 3 3
y a a a
Par dfaut les lignes sont numrotes 1,2 etc. On peut ajouter des noms aux lignes avec loption row.names
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> A+C x y 1 2 NA 2 4 NA 3 6 NA
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Warning message: In Ops.factor(left, right) : + ceci nest pas pertinent pour des variables facteurs
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Oprations sur les dataframes

Pour extraire un lment ou un bloc, la syntaxe est la mme que pour les matrices. Pour extraire une colonne les deux syntaxes suivantes peuvent tre utilises
> A$x [1] 1 2 3 > A[,1] [1] 1 2 3
Pour concatner des dataframes ayant le mme nombre de lignes

data.frame(A,B) x y xx yy 1 1 2 1 1 2 2 3 1 2 3 3 4 1 3
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Objets et Oprations
Listes
Objets et Oprations
Listes
Dnition dune liste

Cest une structure qui regroupe des objets (pas ncessairement de mme type). On cre les listes avec la fonction list Exemple On construit une liste appele rnd qui contient 3 objets : un vecteur dans serie un scalaire dans taille une chane de caractres dans type La syntaxe est la suivante
>rdn=list(serie=c(1:100),taille=100,type="arithm")
Oprations sur les listes

Pour visualiser la liste des composantes dune liste
>names(rdn) [1] "serie" "taille" "type" > summary(rdn) Length Class Mode serie 100 -none- numeric taille 1 -none- numeric type 1 -none- character
Pour atteindre les composantes dune liste

>rdn$taille [1] 100 OU >rnd[[2]] [1] 100
attention Une liste peut tre cre sans donner des noms aux variables cest a dire rdn=list(c(1:100),100,"arithm") .
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attention Si la liste a t cre sans spcier de noms aux variables, il ny a pas de nom par dfaut et la seule la premire syntaxe est utilisable.
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Importer/exporter des donnes
Pour extraire les objets dune liste

>attach(rdn) "serie" "taille" "type"
Importer une suite : x=scan("data.dat") : pour crer un vecteur partir de donnes stockes dans un chier, ici data.dat. Importer un tableau : x=read.table("data.dat") x=read.table("data.dat", header=TRUE) Linstruction header=TRUE permet de prciser que la premire ligne du chier contient le nom des colonnes du tableau. Exporter : write, write.table
supprimer les objets crs la ligne prcdente :

>detach(rdn)
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Les fonctions
Les fonctions
Structure gnrale pour crer des fonctions
La structure gnrale dune fonction est

2
Les fonctions
>FUN=function(liste_des_paramtres) { commandes return(objets_retourns) }
Les accolades { et } dnissent le dbut et la n de la fonction. La dernire instruction return contient le ou les objets retourns par la fonction. Excuter la fonction : FUN(...)
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Exemple
La fonction suivante retourne le rsultat de n lancers dune pice.
>PF = function(n ,proba.pile) { u=runif(n) #nb alatoire suivant Unif(0,1) pf=(u<proba.pile) pf = as.integer(pf) return(pf) }
Renvois multi-arguments
La fonction return interdit les sorties avec plusieurs arguments : il faut les regrouper dans un seul objet sous la forme dune liste.
PF = function(n ,proba.pile) { u=runif(n) #nb alatoire suivant Unif(0,1) pf=(u<proba.pile) pf = as.integer(pf) f =mean(pf) return(list(echantillon = pf,frequence = f)) }
La sortie de la fonction est

> PF(10,1/2) [1] 0 0 1 0 1 0 1 1 0 0 # avec affectation de la sortie dans le vecteur x > x = PF(10,1/2) > x [1] 0 1 1 1 0 0 0 0 0 0
Excution de la fonction :
> PF(4,1/2) $echantillon [1] 0 0 1 0 $frequence [1] 0.25 > l= PF(4,1/2) > l$echantillon [1] 0 0 1 1 > l$f [1] 0.5
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Les fonctions
Les fonctions
Paramtres par dfaut

On peut aecter des valeurs par dfaut aux paramtres dentre dune fonction. Modication de la fonction PF par dfaut on suppose que la pice est quilibre.
>PF = function(n ,proba.pile=1/2) { u=runif(n) #nb alatoire suivant Unif(0,1) pf=(u<proba.pile) pf = as.integer(pf) return(pf) }
Paramtres dentre
Il y a trois faons de spcier les paramtres dentre dune fonction par la position : les paramtres dentre sont aects aux premiers arguments de la fonction. PF(3,1/2) : les paramtres dentre sont n=3 et proba.pile=1/2 par le nom : il sagit du moyen le plus sr, les noms des arguments sont prciss de manire explicite. On peut alors crire PF(proba.pile=1/2 ,n=3), lordre nest plus prioritaire avec des valeurs par dfaut : ces valeurs par dfaut seront utilises si les paramtres dentre ne sont pas spcis. On peut alors crire PF(3) ou PF(n=3) : les paramtres dentre sont n=3 et la valeur par dfaut pour proba.pile cest dire 1/2.
Les commandes
>PF(10) OU PF(10,1/2)
retournent le mme rsultat

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Remarque sur les valeurs par dfaut

Modication de la fonction PF : on inverse lordre des paramtres dentre :
>PF = function(proba.pile=1/2, n) { ... } > PF(10) Erreur dans .Internal(runif(n, min, max)) : n est manquant > PF(n=10) [1] 0 0 1 0 1 0 1 0 1 0 >
3
Les graphiques
IL est donc prfrable de placer les paramtres sans valeur par dfaut en premier dans la dclaration des variables dentre.
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Les graphiques
Les graphiques
Les fonctions usuelles plot(), lines(), points()

plot est la fonction centrale Le fonctions points ou lines sont utilises pour superposer des courbes ou des nuages de points. Premier exemple : reprsenter des vecteurs plot(y) / plot(x,y)
> x= seq(-4,4,.1) > y=log(x^2+1/x^2)
plot(y)
Quelques arguments de la fonction plot

type=p
4 x
pour xer les limites des axes

ylim=c(ay,by) et xlim=c(ax,bx) par dfaut les bornes sont optimises sur la premire courbe trace
4
10
15 Index
20
25
30
type=l
10
15 Index
20
25
30
1 2 3 4
type="p" (points) ou "l" (ligne) : pour tracer une ligne ou un nuage de points.
60 80
type=s
4 x 0 2
20
40 Index
pch : type de points lty : type de lignes.

0 2
10
15 Index
20
25
30
plot(x,y,pch=3)
type=h
4 x
1 2 3 4
col : couleur
-4 -2 0 x 2 4
10
15 Index
20
25
30
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Superposition de courbes
superposer des courbes
commentaire
5
lgende legend
legend(-1, 1.9, c("x^2-1","sin","cos"), col = c(3,4,6), lty = c(2, -1, 1), pch = c(-1, 3, 4))
-1
0 x
2
bottomleft
-1.0
-0.5
-0.5
> x=rnorm(20) > y=rexp(20) #nuage de points > plot(x,y) #ajouter un nuage de points > points(x+.1,y+.1, pch=2) #ajouter une ligne > lines(sort(x),y, lty=2) #ajouter une ligne horizontale > abline(h=3) #texte + frametitle > text(1,5,"commentaire") >title("superposer des courbes")
1.0
1.5
x^2-1 sin cos
les emplacements prdnis :

1.0
top topleft, inset = .05 (x,y) (x,y)
topright, inset = .02 (x,y)
0.5
x^2 - 1
0.5
0.0
0.0
left (x,y)
center (x,y)
right (x,y)
bottom (x,y) 0.2 0.4 x 0.6 0.8
bottomright (x,y) 1.0
(x,y) 0.0
Anne PHILIPPE
(U. Nantes)
Logiciel R
14 septembre 2011
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-3 -1 Anne PHILIPPE -2 (U. Nantes)
-1.0
2 Logiciel R
14 septembre 2011
52 / 131
Les graphiques
Les graphiques
Autour de la fonction plot

Le graphique produit par la fonction plot(x) dpend de la classe de lobjet x.
> methods(plot) [1] "plot.data.frame" [3] "plot.density" [5] "plot.formula" [7] "plot.histogram" [9] "plot.mlm" [11] "plot.new" [13] "plot.POSIXlt" [15] "plot.ts" [17] "plot.xy" "plot.default" "plot.factor" "plot.function" "plot.lm" "plot.mts" "plot.POSIXct" "plot.table" "plot.window"
Illustrations
sur une fonction (par ex sin)
1.0
> plot(sin,xlim=c(-pi,pi))
sur un tableau
sin (x)
0.5
> x=rpois(1000,1) > y=table(x) > y x 0 1 2 3 4 374 372 162 71 20 > plot(y)
0.0
-1.0
-0.5
-3
-2
-1
0 x
100
200
300
2 x
6 1
20
Histogram of r
0.4
density.default(x = r)
Frequency
Density
>r=rnorm(100,1) > z=hist(r,plot=F) > plot(z) >w=density(r) >plot(w)

Logiciel R Les graphiques 14 septembre 2011 53 / 131 Anne PHILIPPE (U. Nantes)
10
-1
1 r
0.0
0.1
0.2
sur un histogramme ou une densit
15
0.3
-2
-1
N = 100 Bandwidth = 0.3564
Anne PHILIPPE
(U. Nantes)
14 septembre 2011
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Reprsentation graphique dune matrice

contour(x, y, matrice.... ) image( ) persp( )
Maunga Whau Volcano
Reprsentation dune fonction de R2

x <- seq(-10, 10, length= 30) y <- x f <- function(x,y) { r <- sqrt(x^2+y^2); 10 * sin(r)/r } z <- outer(x, y, f) persp(x, y, z, theta = 30, phi = 30, expand = 0.5, col = "lightblue")
100
200
300
400
500
600
100
200
300
400 x
500
600
700
800
x
x
Anne PHILIPPE
(U. Nantes)
Logiciel R
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Anne PHILIPPE
(U. Nantes)
Logiciel R
y
y
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Les graphiques
Les graphiques
Reprsentation graphique dune matrice ou dataframe

Les outils graphiques matplot et pairs sont adapts aux matrices dont les colonnes correspondent des variables. Exemple
>data(iris) >iris
Fonction matplot(matrice ...)

Cette fonction reprsente sur un mme graphique les colonnes dune matrice ou dune data.frame. Andersons Iris Data 3 species
8 iris
1 2 3 4 ... 54 55 ... 147 148
Sepal.Length Sepal.Height Petal.Length Petal.Height 5.1 3.5 1.4 0.2 4.9 3.0 1.4 0.2 4.7 3.2 1.3 0.2
Species setosa setosa setosa
5.5 6.5 6.3 6.5

(U. Nantes)
2.3 2.8 2.5 3.0
4.0 4.6 5.0 5.2
1.3 versicolor 1.5 versicolor 1.9 2.0 virginica virginica

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Anne PHILIPPE
14 septembre 2011
0 Anne PHILIPPE
(U. Nantes)
50
100
150 14 septembre 2011 58 / 131
Utilisation des biplots , pairs(matrice , ....)

Cette fonction reprsente tous les nuages de points possibles entre les direntes colonnes.
Anderson's Iris Data -- 3 species
2.0 2.5 3.0 3.5 4.0 0.5 1.0 1.5 2.0 2.5
Construction dun polygone

1
On commence par xer les axes des abscisses et des ordonns laide dun graphique vide.
plot(c(1,9), c(0,2), type="n")
2
4.5 5.5 6.5 7.5
Avec la fonction polygon, on trace le polygone dni pas ses sommets

polygon(c(4.5,5.5,5.5,4.5) ,c(0,0,1,1))
Sepal.Length
Arguments supplmentaires
polygon(1:9, c(2,1,2,1,NA,2,1,2,1), col=c("red", "blue"), border=c("green", "yellow", lwd=3, lty=c("dashed", "solid"))
2.0 2.5 3.0 3.5 4.0
Sepal.Width
1 2 3 4 5 6 7
etape 1
etape 2
etape 3
2.0
2.0
Petal.Length
1.5
1.5
c(0, 2)
c(0, 2)
c(0, 2)
2 4 c(1, 9) 6 8
1.0
1.0
0.5 1.0 1.5 2.0 2.5
0.5
0.5
0.0
0.0
4 c(1, 9)
0.0
Petal.Width
0.5
1.0
1.5
2.0
4 c(1, 9)
4.5
5.5
6.5
7.5
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(U. Nantes)
Logiciel R
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Les graphiques
Les graphiques
autre exemple
Distance Between Brownian Motions
Pour sauvegarder un graphique :

utilisation de la fonction dev.print.
pour obtenir un chier postscript : dev.print(postscript, file="essai.ps") pour obtenir un chier pdf : dev.print(pdf, file="essai.pdf")
-5 0 5 10 15 20
0
Distance
20
40 Time
60
80
100
utilisation des menus (sous widows ou mac seulement)

n=100 z.haut=c(0,cumsum(rnorm(n)) ) z.bas= c(0,cumsum(rnorm(n))) xx <- c(0:n, n:0) yy <- c(z.bas, rev(z.haut)) #graphique vide pour fixer les dimensions plot (xx, yy, type="n", xlab="Time", ylab="Distance") #tracer le polygone polygon(xx, yy, col="gray", border = "red") title("Distance Between Brownian Motions")
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La fentre graphique peut tre fractionne en utilisant

par(mfrow=c(n,m)), on obtient alors n m graphiques sur une mme page organiss sur n lignes et m colonnes split.screen(m,n)
screen(i), screen(i,FALSE) pour slectionner la sous fentre erase.screen() close.screen(all = TRUE)
Anne PHILIPPE
(U. Nantes) Logiciel R Structures de contrle et Itrations
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Instructions conditionnelles
Structures de contrle et Itrations
La syntaxe if (condition) {instructions} permet de calculer les instructions uniquement si la condition est vraie. if (condition) { A } else {B} calcule les instructions A si la condition est vraie et les instructions B sinon. Par exemple, if (x>0) y=x*log(x) else y=0 Remarque : Si les instructions se limitent un seul calcul comme dans cet exemple on peut utiliser la fonction ifelse y=ifelse(x>0,x*log(x),0)
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opration non vectorielle

1
Itrations
On utilise les boucles pour excuter plusieurs fois une instruction ou un bloc dinstructions Les trois types de boucle sont for : for(var in seq) {commandes} while : while(cond) { commandes} repeat : repeat { commandes ; if (cond) break }
1 2
Avec la commande if (condition) ... else ... la condition ne peut pas tre vectorielle Par exemple
> x= 1:7 > if(x>2) print("A") else print("B") [1] "B"
La condition a une longueur suprieure 1. Seul le premier lment est utilis :

2
(x>2) correspond (x[1] >2) ifelse permet dappliquer une instruction conditionnelle sur chacune des coordonnes dun vecteur.
> ifelse(x<2,"A","B") [1] "A" "B" "B" "B" "B" "B" "B"
Dans une boucle for, le nombre ditrations est x. La dure dexecution des boucles while/repeat peut tre innie !
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Anne PHILIPPE
14 septembre 2011
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Exemples
Exemple 1 On simule des variables alatoires suivant la loi de Bernoulli jusqu lobtention du premier 1 x=rbinom(1,1,.5) while ( x != 1) { x=rbinom(1,1,.5) }
Initialiser les variables : exemple

On dispose des tempratures moyennes mensuelles releves Nottingham pendant 10 ans de 1920 1939.
> nottem Jan Feb Mar Apr May Jun Jul Aug Sep Oct Nov Dec 1920 40.6 40.8 44.4 46.7 54.1 58.5 57.7 56.4 54.3 50.5 42.9 39.8 1921 44.2 39.8 45.1 47.0 54.1 58.7 66.3 59.9 57.0 54.2 39.7 42.8 > nottem=matrix(nottem,ncol=12,byrow=T)
repeat { x=rbinom(1,1,.5) if (x==1) break }
etc
On souhaite calculer un prol moyen annuel et le stocker dans le vecteur temp

temp = rep(0,12) for (i in 1:12) temp[i] = mean( nottem[,i] )
Exemple 2 Les 3 structures suivantes sont quivalentes

i= 1 for ( i in 1:10) { commandes }
i= 1 while (i<11) { commandes i = i+1 }

Logiciel R
i= 1 repeat { commandes i = i+1 if (i>10) break }

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On peut aussi initialiser le vecteur temp comme le vecteur vide, puis on le remplit en concatnant les rsultats
temp = NULL for (i in 1:12)
Anne PHILIPPE
temp = c(temp , mean( nottem[,i] ) )

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(U. Nantes)
La fonction apply
apply(matrice , MARGIN, FUN) La fonction apply() permet dappliquer la mme fonction FUN sur toutes les lignes (MARGIN=1) ou les colonnes (MARGIN=2) dune matrice MAT La fonction apply() retourne un vecteur. Cette fonction remplace une boucle sur le nombre de colonnes ou de lignes Retour lexemple des tempratures Calcul du prol annuel :
> temp = apply(nottem,2,mean) # moyenne sur les colonnes [1] 39.695 39.190 42.195 46.290 52.560 ....
sapply,lapply
Ces fonctions calculent la mme fonction sur tous les lments dun vecteur ou dune liste. La syntaxe : lapply(X,FUN, ARG.COMMUN) La fonction lapply applique une fonction FUN tous les lments du vecteur ou de la liste X. Les valeurs de X sont aectes au premier argument de la fonction FUN. Si la fonction FUN a plusieurs paramtres dentre, ils sont spcis aprs le nom de la fonction : ARG.COMMUN Cette fonction retourne le rsultat sous la forme de listes. sapply est une fonction similaire lapply mais le rsultat est retourn sous forme de vecteurs, si possible.
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Calcul des moyennes annuelles

> temp.annuelle = apply(nottem,1,mean) # moyenne sur les lignes
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Exemple sur les donnes cars

cars est une liste constitue de deux vecteurs speed et dist
> cars speed dist 1 4 2 2 4 10 3 7 4
Supprimer une boucle ....

Il est trs souvent possible de supprimer les boucles for en utilisant lapply ou sapply. Soit x = (x1 , ...., xt ) une srie reprsentant lvolution du prix dune action sur une dure de t jours. On veut calculer Mi le prix maximum sur la priode 1 i. 1 avec une boucle
M = 1:t for ( i in 1:t) { M[i] = max(x[1:i]) }
2
>lapply(cars, mean) $speed $dist [1] 15.4 [1] 42.98 >lapply(cars, quantile, probs = (0:4)/4) $speed 0% 25% 50% 75% 100% 4 12 15 19 25 $dist 0% 25% 50% 75% 100% 2 26 36 56 120
sans boucle
FUN.max = function(n,y) max(y[1:n ]) M = sapply(1:t , FUN.max ,
(U. Nantes)
y = x )
14 septembre 2011 72 / 131
Anne PHILIPPE
Logiciel R
Autour des lois de probabilits
La fonction tapply
Le type factor est un objet vectoriel qui permet de spcier une classication discrte (nombre ni de groupes). La fonction tapply applique une fonction FUN sur les sous groupes dun vecteur X dnis par une variable de type factor GRP tapply(X,GRP,FUN,...)
> note [1] 10.83676 11.63757 11.07312 13.79699 10.84186 10.72562 13.58680 14.85070 13.15659 14.36744 > xgr [1] "a" "b" "a" "b" "a" "a" "b" "a" "b" "b" > gr=factor(xgr) > gr [1] a b a b a a b a b b Levels: a b > tapply(note,gr,mean) a b 11.66561 13.30908
Anne PHILIPPE (U. Nantes) Logiciel R Autour des lois de probabilits 14 septembre 2011 73 / 131 Anne PHILIPPE (U. Nantes) Logiciel R Autour des lois de probabilits 14 septembre 2011 74 / 131
Gnralits
Soit X une variable alatoire de loi PX
Quelques lois disponibles
Lois discrtes
Loi Loi Loi Loi Loi binomiale (n,p) hypergomtrique (N,n,k) de Poisson (a) gomtrique (p) support ni {(ai , pi ), i = 1...m} Gaussienne (m, 2 ) uniforme sur [a, b] de Student degrs de libert du 2 degrs de libert binom hyper pois geom sample norm unif t chisq
PX (A) = P(X A) =
xA P(X = x) loi discrte loi continue . A f (x)dx
Pour les lois classiques, des fonctions existent pour calculer

P(X = x) pour les lois discrtes la densit f (x) pour les lois continues la fonction de rpartition F (x) = P(X x) les quantiles F (u) = inf{x : F (x) u} 1
2
Lois continues
Loi Loi Loi Loi
simuler des nombres alatoires suivant la mme loi que X .
1. Si F est une bijection alors F = F 1

Anne PHILIPPE (U. Nantes) Logiciel R 14 septembre 2011 75 / 131 Anne PHILIPPE (U. Nantes) Logiciel R 14 septembre 2011 76 / 131
Exemple : loi gaussienne de moyenne 0 et de variance 1

dnorm(x,0,1) : densit au point x pnorm(x,0,1) : fonction de rpartition au point x qnorm(,0,1) : quantile dordre rnorm(n,0,1) : chantillon de taille n
Gaussian N(0,1) distribution density cdf
Si www reprsente le nom dune des lois alors dwww(x,...) calcule la densit de la loi www au point x pwww(x,... ) : calcule la fonction de rpartition au point x qwww(,... ) : calcule le quantile dordre rwww(n,...) retourne un chantillon de taille n les . . . reprsentent les paramtres spciques chaque loi.
0.4
dnorm(x)
plot(x,dnorm(x,0,1), type="l") plot(x,pnorm(x,0,1) ,type="l") plot(u,qnorm(u,0,1) ,type="l")

qnorm(u)
0.0
0.1
-4
-2
0 x
pnorm(x)
x=seq(-5,5,.01) u=seq(0,1,.01)
0.0 0.2 0.4 0.6 0.8 1.0
0.2
0.3
-4
-2
0 x
quantile function
random values
-4
plot(rnorm(10,0,1))
0.0
0.2
0.4 u
0.6
0.8
1.0
0.0 0.5 1.0 1.5 2.0
-2
rnorm(10)
6 Index
10
Anne PHILIPPE
(U. Nantes) Logiciel R Autour des lois de probabilits
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Anne PHILIPPE
(U. Nantes) Logiciel R Autour des lois de probabilits
14 septembre 2011
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Simulation dune loi discrte nie

Soit Z une variable alatoire valeurs dans {x1 , ....., xk } telle que p(Z = xi ) = probi pour tout i = 1...k La fonction sample est un gnrateur de nombres alatoires pour les lois discrte support ni. La syntaxe est sample(x, n, replace= TRUE, prob) o
x contient les valeurs prises par Z prob contient les valeurs des probabilits. lorsque loption prob nest pas spci, par dfaut cest la loi uniforme Lorsque replace=FALSE indique que le tirage est sans remise. Autrement dit on simule une ralisation de n variables alatoires indpendantes et de mme loi
Simuler le rsultat dun d 6 faces

On simule suivant la loi uniforme sur lensemble {1, ..., 6}. On simulen = 100 ralisations de faon indpendante
> DE = sample((1:6),100,replace =TRUE) # Les ralisations > DE [1] 3 2 5 3 4 5 4 4 2 4 2 5 2 6 5 6 4 [24] 3 5 4 4 5 5 4 4 4 3 5 5 2 5 3 5 4 [47] 2 5 6 2 1 5 1 6 2 1 2 3 5 1 3 4 2 [70] 6 4 1 3 4 5 6 1 6 3 5 4 1 5 2 2 2 [93] 6 4 2 5 5 1 5 4 # calcul du nombre de 1,...,6 dans #lchantillon simul : > table(DE) DE 1 2 3 4 5 6 12 17 17 19 23 12 # reprsentation de la rpartition > plot(table(DE))
table(DE)
1OO lancers
3 3 3 3
10 15 20
5 1 1 3
4 3 2 2
5 1 6 2
3 3 1 6
5 4 6 6
0
1
3 DE
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(U. Nantes)
Logiciel R
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Construire une fonction cdlg constante par morceaux

La fonction stepfun retourne un objet de type function qui dni une fonction constante par morceaux et continue droite. La syntaxe est F=stepfun(x, z) o le vecteur x contient les points de discontinuit de la fonction, le vecteur z est de la forme c(a, y) o a est la valeur prise par F avant le premier point de discontinuit et y les valeurs de la fonction aux points de discontinuits x. Pour reprsenter graphique la fonction F on utilise plot ou lines (pour superposer) : avec largument vertical=FALSE
> plot(F, vertical=FALSE) ou lines(F, vertical=FALSE)
Exemple : loi binomiale

On trace la fonction de rpartition de la loi binomiale B(10, 1/2)
points.discont = 0:10 F.points.discont = pbinom(points.discont,10,0.3) F = stepfun( points.discont , c(0,F.points.discont) ) plot(F,vertical =FALSE ,col=4,main="fct rep loi binomiale" ,ylab="F")
0.0 0.2 0.4 0.6 0.8 1.0
q q q
f(x)
q q
Application : les fonctions de rpartition des lois discrtes

Anne PHILIPPE (U. Nantes) Logiciel R Outils graphiques en statistique 14 septembre 2011 81 / 131 Anne PHILIPPE
4 x
10
(U. Nantes) Logiciel R Outils graphiques en statistique
14 septembre 2011
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Les donnes Island

islands data: area (sq. miles)
Asia Africa North America South America Antarctica Europe Australia Greenland New Guinea Borneo Madagascar Baffin Sumatra Honshu Britain Victoria Ellesmere Celebes New Zealand (S) Java New Zealand (N) Newfoundland Cuba Luzon Iceland Mindanao Ireland Novaya Zemlya Hokkaido Hispaniola Sakhalin Moluccas Tasmania Celon Banks Devon Tierra del Fuego Southampton Melville Axel Heiberg Spitsbergen New Britain Taiwan Kyushu Timor Prince of Wales Hainan Vancouver 0 5000 10000 15000
Outils graphiques en statistique
Anne PHILIPPE
(U. Nantes)
Logiciel R
14 septembre 2011
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Anne PHILIPPE
(U. Nantes)
Africa 11506 Australia 2968 Banks 23 Celebes 73 Devon 21 Greenland 840 Hokkaido 30 Ireland 33 Luzon 42 Mindanao 36 New Guinea 306 Newfoundland 43 Prince of Wales 13 Southampton 16 Taiwan 14 Logiciel R Timor
Antarctica Asia 5500 16988 Axel Heiberg Baffin 16 184 Borneo Britain 280 84 Celon Cuba 25 43 Ellesmere Europe 82 3745 Hainan Hispaniola 13 30 Honshu Iceland 89 40 Java Kyushu 49 14 Madagascar Melville 227 16 Moluccas New Britain 29 15 New Zealand (N) New Zealand (S) 44 58 North America Novaya Zemlya 9390 32 Sakhalin South America 29 6795 Spitsbergen Sumatra 15 183 Tasmania Tierra del Fuego 26 19 14 septembre 2011 Victoria 131 84 / Vancouver
Statistique descriptive sur les donnes islands

> mean(x) [1] 3.734162 > var(x) [1] 9.134685 > quantile(x,c(.25,.5,.75)) 25% 50% 75% 1.794741 2.990066 4.326417 Q1 mediane Q3 >boxplot(x)
Questions :
boxplot data : sqrt(islands)
100
120
80
Comment reprsenter graphiquement lchantillon dune variable continue discrte qualitative ? Comment reprsenter un tableau de donnes numriques ?
Construction du boxplot :
Les points reprsentent les valeurs aberrantes. Elles sont dnies comme les observations en dehors de lintervalle I = [Q1 1.5(Q3 Q1 ), Q3 +1.5(Q3 Q1 )].
Anne PHILIPPE (U. Nantes) Logiciel R Outils graphiques en statistique 14 septembre 2011 85 / 131 Anne PHILIPPE (U. Nantes) Logiciel R Outils graphiques en statistique 14 septembre 2011 86 / 131
Histogramme
Estimation de la distribution dune variable continue
20
40
60
Estimation de la densit pour des lois continues

On compare sur des donnes simules suivant la loi gaussienne deux estimateurs de la densit (hist / density) avec la densit thorique de la loi
hist(sqrt(islands), breaks = 12) hist(sqrt(islands), breaks = c(4*0:5, 10*3:5, 70, 100, 140))
Density
equidistant breaks NON - equidistant breaks
Histogram of dat
0.4
0.10
19
0.05
11 5 32
-3
1 0 0 2 60 3 80 100 2 140
-2
-1
0 dat
20
40
60
80
100
140
20
40
sqrt(islands)
sqrt(islands)
density.default(x = dat)
0.4
par(mfrow=c(1,2)) x=rnorm(10000) y=density(x) plot(y) hist(x, proba=T) lines(y) z=seq(min(x),max(x),0.01) #superpose densit thorique lines(z,dnorm(z,0,1),lty=2)
0.00 0.02 0.04 0.06
0.15
Density
Density
WRONG histogram
Density
Frequency
les options
15 10 5 0
0.00
0.0
0.2
Remarque sur la fonction hist

-4 -2 0 2 4 N = 1000 Bandwidth = 0.2179
Largument breaks xe le nombre ou les bornes des classes. On peut aussi utiliser nclass pour xer le nombre de classes.
0 20 40 60 80 100 140 sqrt(islands)
0.2
proba =T : laire en dessous de la courbe est gale 1. Par dfaut proba =F : laire est gale au nombre dobservations.
Logiciel R 14 septembre 2011 88 / 131
0.0
Anne PHILIPPE
(U. Nantes)
Logiciel R
14 septembre 2011
87 / 131
Anne PHILIPPE
(U. Nantes)
Variables qualitatives
On relve pendant un mois la mteo Cental Park. La variable est valeurs dans {clear, partly.cloudy, cloudy }. > central.park.cloud [1] partly.cloudy partly.cloudy [5] partly.cloudy partly.cloudy [9] partly.cloudy clear [13] cloudy cloudy [17] partly.cloudy clear partly.cloudy clear cloudy clear clear clear cloudy partly.cloudy partly.cloudy clear
Reprsentation graphique dune variable quantitative

tab=table(central.park.cloud) pie(tab) barplot(tab)
Comment ordonner les modalits ? en gnral, on les classe suivant lordre croissant des eectifs.
barplot(sort(tab))
pie(tab)
0 4 8
Pour rsumer linformation : on calcule la rpartition (ou la frquence) des modalits dans lchantillon. > table(central.park.cloud) central.park.cloud clear partly.cloudy 11 11
Anne PHILIPPE (U. Nantes) Logiciel R Outils graphiques en statistique
partly.cloudy
clear
clear
partly.cloudy
cloudy
modalits ordonns par effectif croissant

0 4 8
cloudy 9
14 septembre 2011 89 / 131 Anne PHILIPPE
cloudy
cloudy
14 clear septembre partly.cloudy 90 / 131 2011
Remarque sur le choix de la plage des ordonnes (ylim)

On relve le salaire de 3 personnes
John 40
Variables discrtes
On relve N le nombre dappels tlphoniques reus par un central pendant un mois.
> N etc > t N 2 2 > [1] 6 16 3 6 8 10 9 9 10
nb d'appels
> sales John Jack Peter 45 44 46 Reprsentation graphique pie(sales) barplot(sales)
30
20
= table(N) 3 4 4 3
Peter 0
5 6 7 8 9 10 11 12 13 14 15 16 17 7 16 15 25 18 23 18 25 9 6 9 4 2
10
10
Jack
15
jours
John
Jack
Peter
Modication de laxe des ordonns pour amliorer la lisibilit du graphique :

47
Reprsentation de la distribution et comparaison avec la densit de la loi de Poisson de paramtre la moyenne empirique de lchantillon (points en rouge).
J= 2:17 plot(table(N)/length(N),ylab="") points(J,dpois(J,mean(N)))
0.12 0.00
2
46
table(N)/length(N)
44
0.04
barplot(sales,ylim=c(40,47),xpd=F)
45
0.08
9 N
11
13
15
17
43
John
Jack
Peter
Anne PHILIPPE
(U. Nantes)
Logiciel R
14 septembre 2011
91 / 131
Anne PHILIPPE
(U. Nantes)
Logiciel R
14 septembre 2011
92 / 131
Remarque sur la fonction barplot pour des variables quantitatives

0.00 0.02 0.04 0.06 0.08 0.10 0.12
Comparaison de deux variables quantitatives indpendantes

On compare le nombre dappels par mois de deux standards
comparaison des quantiles
5 10 15 20 25
>barplot(t/length(N))
N2
2 5 8 12 17
10
10
12
14
16
Attention : Les labels des barres ne coincident pas avec la coordonne sur laxe des abscisses. Illustration : on veut ajouter sur graphique prcdent la densit de la loi de Poisson de paramtre gal la moyenne empirique de lchantillon (points en rouge), on obtient
J= 2:17
0.00 0.02 0.04 0.06 0.08 0.10 0.12
GRAPHIQUE FAUX GRAPHIQUE CORRIG
nd d appels par jour
10 12 14 16
frquence
15
10 N
15
boxplot(N,N2,col=c("green","orange")) t=table(N2) xt = as.integer(names(t))+.3 plot(table(N ),col="green" ,lwd=2,xlab="",ylab="") lines(xt, t,col="orange" ,type="h",lwd=2) qqplot(N,N2) abline(0,1)
frquence
# GRAPHIQUE CORRIG br = barplot(table(N)/length(N)) points(br,dpois(J,mean(N))) Anne PHILIPPE
frquence
# GRAPHIQUE FAUX barplot(table(N)/length(N)) points(J,dpois(J,mean(N)))
0.00 0.02 0.04 0.06 0.08 0.10 0.12
10
12
14
16
10
12
14
16
Pour les variables alatoires continues, on compare les estimations de la densit : histogrammes, estimateur noyau.
Anne PHILIPPE (U. Nantes) Logiciel R Outils graphiques en statistique 14 septembre 2011 94 / 131
14 septembre 2011
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Lien entre des variables qualitatives dpendantes

Donnes : pour 122 tudiants, on dispose de la note obtenue cette anne (A+ ....F) et celle de lanne prcdente
prev grade B+ B+ AAB+ AF F F F A B A A C D
Autres graphiques pour rsumer la table de contingence
1 2 3 4 5 6 7 8
14
A AB+ B BC+ C D F
20
14
A AB+ B BC+ C D F
12
10
15
10
table(grades)
A AB+ B B- C+ C D F
prev
> table(grades) grade prev A AB+ A 15 3 1 A3 1 1 B+ 0 2 2 B 0 1 1 B0 1 0 C+ 1 1 0 C 1 0 0 D 0 0 0 F 1 0 0 > plot(table(grades))
B 4 0 1 4 2 0 1 1 1
B0 0 2 3 0 0 1 0 1
C+ 0 0 0 1 0 0 3 0 1
C 3 0 0 3 1 1 5 4 3
D 2 0 1 0 0 0 9 3 4
F 0 0 1 2 0 0 7 1 11
B+
Bgrade
A-
Bprev
10
12
B+
Bprev
grade
F D C C+ B B+ AB-
> barplot(tab,xlab="grade",legend.text=T , col=rainbow(10),beside=T) > barplot(t(tab),xlab="prev", col=rainbow(10)) > barplot(t(tab),xlab="prev",legend.text=T , col=rainbow(10),beside=T)
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Anne PHILIPPE
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Utilisations des couleurs

Donnes : pour 150 enfants, on relve les informations suivantes : age / poids / taille /sexe
> kid.weights age weight height gender 1 58 38 38 M 2 103 87 43 M 3 87 50 48 M 4 138 98 61 M 5 82 47 47 F
20 60 100 140
Utilisation des couleurs, de la taille et du type de marques

On reprsente la taille en fonction du La couleur des points est dnie par la variable gender La taille des points est proportionnelle lage des individus.
60
height
height
Pour visualiser le lien entre les variables : on utilise la fonction pairs sur les 3 premires colonnes. On peut ajouter en option la couleur des points dnies partir de la variable gender
20 60 100 140
poids. Le type de points est dnie par la variable gender Le dgrad de couleurs est dni partir de la variable age.
60 50
50
150
40
30
80 120
20
40
40
20
age
age
80 120
30
40
10
60 100 140
60 100 140
20
40
60
80 weight
100
120
140
10
0 20 40 60 80 weight 100 120 140
weight
weight
20
50
20
height
30 10
height
10 30
50
40
80
120
10
30
50
40
80
120
10
30
50
plot(weight,height, cex =age/max(age)*2,col=as.integer(gender)) plot(weight,height, col = rainbow(150)[age],pch=as.integer(gender))

Anne PHILIPPE (U. Nantes) Logiciel R 14 septembre 2011 Infrence statistique Estimation non paramtrique 98 / 131
pairs(X[,1:3])
Anne PHILIPPE (U. Nantes) Logiciel R Infrence statistique
pairs(X[,1:3],col=X[,4])
14 septembre 2011 97 / 131
Infrence statistique Estimation non paramtrique Tests Rgression
Anne PHILIPPE
(U. Nantes)
Logiciel R
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Anne PHILIPPE
(U. Nantes)
Logiciel R
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100 / 131
Infrence statistique
Estimation non paramtrique
histogramme : le choix du nombre de classes

1000 Normal Random Variates
Prcision sur la fonction density

Soit X1 , , Xn n variables alatoires i.i.d. suivant la loi de densit f . La fonction density calcule lestimateur de f suivant
0.4
0.4
Density
Density
On simule un chantillon suivant la loi gaussienne de taille 1000 On trace lhistogramme pour direntes valeurs du nombre de classes. On compare lhistogramme avec la densit thorique de loi gaussienne (courbe en rouge)
1 fn (x) = n le choix du noyau kern

gaussian
n k=1
0.3
0.3
0.0
0.0
1 kern bwn
x Xk bwn
0.2
0.1
0.1
0.2
-4
-2
0 x
-4
-2
0 x
epanechnikov
rectangular
1.0
1.0
0.8
0.8
0.4
0.4
Density
Density
0.3
0.3
0.4
0.4
Density
1.0 0.0 0.5 1.0
0.6
0.6
Density
Density
0.2
0.2
0.2
0.2
0.0
0.0
1.0
0.0
0.5
1.0
0.0
1.0
0.2
0.4
0.6
0.8
1.0
0.0
0.5
1.0
0.1
0.1
triangular
biweight
cosine
1.0
1.0
0.0
0.0
0.8
0.8
Density
Density
0.4
0.4
Density
1.0 0.0 0.5 1.0
-4
-2
0 x
-4
-2
0 x
0.6
0.6
0.2
0.2
0.0
0.0
1.0
0.0
0.5
1.0
0.0
1.0
0.2
0.4
0.6
0.8
1.0
0.0
0.5
1.0
hist(x, nclass=*** ,proba=T) ou hist(x,proba = T) par dfaut le nombre de classes est optimis pour des chantillons gaussiens
la dimension de la fentre bw. Par dfaut le paramtre est optimis pour un chantillon gaussien
Illustration sur un mlange gaussien

On teste la fonction density sur des donnes simules 2 suivant un mlange de lois gaussiennes : f (x) = 1 1 1 (x5)2 3 1 1 (x+5)2 e 2 + e 2 4 2 4 2
bandwidths = 0.1 bandwidths = 1
Fonction de rpartition empirique (ecdf)

La fonction de rpartition empirique est dnie par 1 Fn (t) = n
n n p.s.
1]t] (Xi ) F (t)

i=1
Cest un estimateur de la fonction de rpartition.

1.0
10 5 N = 50 0 5 10 Bandwidth = 1
same bandwidth, 6 different kernels

0.4
0.10
Density
0.3
Density
0.2
0.08
0.1
0.05
0.10
0.15
Density
0.06
5 N = 50
Bandwidth = 0.1
0.00
0.04
bandwidths = 2
bandwidths = 3
10
5 N = 50
10
10
5 N = 50
10
15
5 N = 50
10
15
Bandwidth = 2.096
Bandwidth = 2
Bandwidth = 3
2. Simulation des donnes w=rbinom(50,1,1/4) sample = w*rnorm(50,5) +(1-w) * rnorm(50,-5)

Anne PHILIPPE (U. Nantes) Logiciel R 14 septembre 2011 103 / 131 Anne PHILIPPE (U. Nantes)
0.0
0.2
0.00
0.00
> x= rnorm(100) >Fn=ecdf(x) >plot(Fn,col="green") > z=seq(min(x),max(x),0.01) > lines(z,pnorm(z), col=1,lwd=2)
c(0:(n 1))/n
0.08
0.06
0.08
Density
Density
0.04
0.00
0.02
0.04
0.4
0.02
0.6
0.8
0.0
Logiciel R
14 septembre 2011
104 / 131
Tests
Estimation de la moyenne : comportement asymptotique.

Soit X1 , . . . , Xn une suite de variables alatoires iid, si E |X1 | < alors Sn = 1 n
n
Xi E (X1 )
i=1
evolution de Sn en fonction de n : cas gausien
n=5000 #loi gaussienne x=rnorm(n,0,1) y=cumsum(x)/(1:n) plot(y, type=l) # loi de Cauchy ou Student(1ddl) xc=rt(n,1) yc=cumsum(xc)/(1:n) plot(yc, type=l)
y
0.0 0.5 1.0 1.5
1000
2000 Index
3000
4000
5000
evolution de Sn en fonction de n : cas cauchy

0 1 2 3 4 -2
0
yc
1000
2000 Index
3000
4000
5000
Logiciel R Infrence statistique Tests
14 septembre 2011
105 / 131
Anne PHILIPPE
(U. Nantes)
Logiciel R Infrence statistique Tests
14 septembre 2011
106 / 131
Les fonctions pour les tests statistiques classiques :
Exemple : Test de Student t.test()

X1 , . . . , Xn iid N (1, 1) et Y1 , . . . , Ym iid E(1) Test H0 : E (X ) = E (Y ) vs H1 : E (X ) = E (Y )
> x = rnorm(100,1,1) > y = rexp(200,1) > t.test(x,y) Welch Two Sample t-test data: x and y t = -0.2178, df = 178.446, p-value = 0.8278 alternative hypothesis: true difference in means is not equal to 0 95 percent confidence interval: -0.2648092 0.2121608 sample estimates: mean of x : 0.9544127 mean of y : 0.9807369
t.test(x,mu=5,alt="two.sided") t.test(x,y,alt="less", conf=.95)
#student
var.text(x,y) cor.test(x,y) chisq.test(x,y) Box.test(z, lag = 1)
# comparaison variance # non correlation #indpendance #non correlation
shapiro.test(x) ks.test(x,"pnorm") ks.test(x,y)
#normalit #normalit K-S # mme distribution
Anne PHILIPPE
(U. Nantes)
Logiciel R
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107 / 131
Anne PHILIPPE
(U. Nantes)
Logiciel R
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108 / 131
Tests
Tests
Test dajustement
On construit un gnrateur de nombres alatoires suivant la loi normale en utilisant le Thorme Central Limite appliqu des variables alatoires iid suivant la loi uniforme sur (0, 1). Mthode de simulation non exacte .... U = 1, . . . , Un iid suivant la loi uniforme n 1 (Un ) X N(0, 1) 12 2 La gnrateur scrit
simU<-function(taille,size) { y = matrix(runif(taille*size),ncol=size) (apply(y,1,mean)-1/2)*sqrt(taille/12) }
Anne PHILIPPE (U. Nantes) Logiciel R Infrence statistique Tests 14 septembre 2011 109 / 131
Validit de lalgorithme
Pour direntes valeurs de n = 1, 5, 10 1 On teste la normalit laide de deux procdures de test, le test de Kolmogorov et celui de Shapiro. 2 On compare la fonction de rpartition empirique et la fonction de rpartition thorique. 3 On compare lestimation de la densit par un histogramme et la densit thorique.
X = simU(1000,n) test1=ks.test(X,"pnorm",0,1)$p.value test2 = shapiro.test(X)$p.value plot(sort(X),(1:size)/size, type="s", col="orange") lines(seq(-3,3,.1),pnorm(seq(-3,3,.1)),col="red") title(paste("n=",n," et pvalue(ks)=",floor(c(test1)*100)/100)) hist(X,col="orange", xlim=c(-3,3), proba=T,main="") lines(seq(-3,3,.1),dnorm(seq(-3,3,.1)),col="red") title(paste("pvalue(shapiro)=",floor(c(test2)*100)/100))
Anne PHILIPPE (U. Nantes) Logiciel R Infrence statistique Rgression 14 septembre 2011 110 / 131
1 Un = n
Ui
i=1
Les rsultats
n= 1 et pvalue(ks)= 0
(1:size)/size (1:size)/size 0.8 0.8
n= 5 et pvalue(ks)= 0.01
(1:size)/size 0.8
n= 10 et pvalue(ks)= 0.81
7
1.5
0.5 sort(X)
0.5 1.0 1.5
2 1
0 sort(X)
3 2 1 0 sort(X)
0.0
0.0
pvalue(shapiro)= 0
Density Density 0.4
pvalue(shapiro)= 0.03
Density 0.3
0.0
pvalue(shapiro)= 0.18
0.00
0.0
3 2 1 0
Anne PHILIPPE
3 2 1 0
Logiciel R
0.0
3 2 1 0
3
111 / 131 Anne PHILIPPE (U. Nantes) Logiciel R 14 septembre 2011 112 / 131
(U. Nantes)
14 septembre 2011
Rgression
Rgression
Rgression linaire
Le modle le plus simple y = ax + b + Pour raliser une rgression linaire, par la mthode des moindres carrs, on utilise la fonction lm . Sur les donnes cars
> lm(cars$dist~ cars$speed) Call: lm(formula = cars$dist ~ cars$speed)
120 100
Visualisation : plot.lm
Residuals vs Leverage Residuals vs Fitted
0.5
40
23
49
23
49
Standardized residuals
35
Residuals -1 0 -2
39
Cook's distance 0.00 0.02 0.04 0.06 0.08 0.10 0 20 40 Fitted values lm(cars$dist ~ cars$speed) 60 80
Leverage lm(cars$dist ~ cars$speed)
Normal Q-Q
-20
20
Scale-Location
23 49
1.5
23
49
35
35
-2 -1 0 Theoretical Quantiles lm(cars$dist ~ cars$speed) 1 2
> plot(cars$speed,cars$dist) > abline(reg, col=3,lwd = 2 )
20
40
Coefficients: (Intercept) cars$speed -17.579 3.932
80
cars$dist
60
-1
-2
0.0
0.5
1.0
20
40 Fitted values lm(cars$dist ~ cars$speed)
60
80
10
15 cars$speed
20
25
Remarque : Si les donnes sont disponibles sous la forme dune liste on peut utiliser la syntaxe
> fit = lm(dist ~ speed, cars)
Anne PHILIPPE
(U. Nantes)
Logiciel R Infrence statistique Rgression
14 septembre 2011
113 / 131
Anne PHILIPPE
(U. Nantes)
Logiciel R Infrence statistique Rgression
14 septembre 2011
114 / 131
Extension
Rgression non paramtrique

>data(cars) >attach(cars) >plot(speed, dist) >lines(ksmooth(speed, dist, "normal", bandwidth=2), col=2) >lines(ksmooth(speed, dist, "normal", bandwidth=5), col=3) >lines(ksmooth(speed, dist, "normal", bandwidth=10), col=4)
Rgression multiple lm(v v1 + v2 + v3) Rgression linaire gnralise glm etc Mthodes non paramtriques
0 20 40 60 80 100 120
dist
10
15 speed
20
25
Anne PHILIPPE
(U. Nantes)
Logiciel R
14 septembre 2011
115 / 131
Anne PHILIPPE
(U. Nantes)
Logiciel R
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116 / 131
Rgression
Sries Chronologiques
Polynmes Locaux
100
120
>data(cars) >cars.lo = loess(dist ~ speed, cars) >p = predict(cars.lo) >plot(cars) >lines(seq(5, 30, 1),p$fit,col=3)
5 10 15 speed 20 25
dist
20
40
60
80
Anne PHILIPPE
(U. Nantes)
Logiciel R Sries Chronologiques
14 septembre 2011
117 / 131
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14 septembre 2011
118 / 131
Exemple
> > data(USAccDeaths) USAccDeaths
Jan 9007 7750 8162 7717 7792 7836 Feb 8106 6981 7306 7461 6957 6892 Mar 8928 8038 8124 7767 7726 7791 Apr May Jun Jul Aug 9137 10017 10826 11317 10744 8422 8714 9512 10120 9823 7870 9387 9556 10093 9620 7925 8623 8945 10078 9179 8106 8890 9299 10625 9302 8192 9115 9434 10484 9827 Sep 9713 8743 8285 8037 8314 9110 Oct 9938 9129 8466 8488 8850 9070 Nov 9161 8710 8160 7874 8265 8633 Dec 8927 8680 8034 8647 8796 9240
Lobjet srie chronologique est une liste qui contient les valeurs observes, la frquence des observations, la date de la premire observation la date de la dernire, etc...
1973 1974 1975 1976 1977 1978
>plot(USAccDeaths)
7000 8000 9000 10000 11000

1973
USAccDeaths
1974
1975
1976 Time
1977
1978
1979
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(U. Nantes)
Logiciel R
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119 / 131
Anne PHILIPPE
(U. Nantes)
Logiciel R
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120 / 131
Pour crer une srie chronologique, on utilise la fonction ts

>bruit.blanc=ts(rnorm(100), frequency = 1, start = c(1), end=c(100)) >plot(bruit.blanc) >acf(bruit.blanc, type="correlation") #ou type="covariance" ou type="partial"
Series Bruit.Blanc
Filtre
Premier exemple de ltre : (I Lp )d , on utilise la fonction diff
>diff(x,lag=p,differences=d)
La fonction filter permet d appliquer des ltres linaires :

y=filter(x,sides= 1, method = convolution ,filter=c(2,3)) # y[i] = 2*x[i] + 3*x[i-1] y=filter(x,sides= 2, method = convolution ,filter=c(2,3,4)) # y[i] = 2*x[i-1] + 3*x[i] +4]*x[i+1] y=filter(x,method =recurcive ,filter=c(2,3)) #y[i] = x[i] + 2*y[i-1] + 3*y[i-2]
Bruit.Blanc
ACF
-2
0.0
0.2
-1
0.4
0.6
0.8
1.0
20
40
60
80
100
10 Lag
15
20
Ces fonctions permettent en particulier de crer un gnrateur de processus ARMA.
Time
Anne PHILIPPE
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-0.2
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121 / 131
Anne PHILIPPE
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tude prliminaire de la srie USAccDeaths

periodogram = function(traj) { n = length(traj) freq = 1:(n %/% 2)/(n) periodogram = Mod(fft(traj))[2:(n %/% 2 + 1)]^ 2/(2 * pi * n) plot(freq, periodogram, type = "l") }
Series USAccDeaths Series USAccDeaths
modlisation et prvision AR
La fonction ar permet destimer les paramtres dun modle AR Ap (L)X [t] = e[t] Si lordre p nest pas prcis, le meilleur modle AR pour le critre AIC est slectionn.
>data(lh) >ar(lh) Call:ar(x = lh) Coefficients: 1 2 0.6534 -0.0636 Order selected 3
0.2 0.6 1.0
0.4
0.4 0.0 0.4
Partial ACF
ACF
>acf(USAccDeaths) >pacf(USAccDeaths) >periodogram(USAccDeaths)

periodogram 1500000
0.0
0.5 Lag
1.0
1.5
0.2
0.6 Lag
1.0
1.4
3 -0.2269 sigma^2 estimated as
0.1959
0
0.0
0.1
0.2
0.3
0.4
0.5
Anne PHILIPPE
(U. Nantes)
Logiciel R
freq
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Anne PHILIPPE
(U. Nantes)
Logiciel R
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Autour des modles ARMA
>ar(lh, aic = FALSE, order.max = 4) # on fixe p=4 Call: ar(x = lh, aic = FALSE, order.max = 4) Coefficients: 1 2 3 4 0.6767 -0.0571 -0.2941 0.1028 Order selected 4 sigma^2 estimated as 0.1983
ARMAacf pour le calcul des covariances thorique dun modle ARMA ARMAtoMA pour le dveloppement en MA innie dun modle ARMA arima.sim pour simuler des trajectoires dun modle ARMA ou ARIMA
ATTENTION x doit tre une srie chronologique (x=ts(x))
Anne PHILIPPE
(U. Nantes)
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Anne PHILIPPE
(U. Nantes)
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Modle ARMA : Estimation
modlisation et prvision SARIMA

Plus gnralement, la fonction arima permet destimer les paramtres dun modle SARIMA
La fonction ar permet destimer les paramtres dun processus AR. Pour les modles ARMA dordre (p,q) X [t] = a[1]X [t 1]+...+a[p]X [t p]+e[t]+b[1]e[t 1]+...+b[q]e[t q] on utilise la fonction arima, la syntaxe est out=arima(x,order=c(p,0,q)) la sortie out est une liste contenant : out$coef : estimation des coecients, out$resid : estimation des rsidus e[t] ATTENTION x doit tre une srie chronologique (x=ts(x))
Ap (L)P (Ls )Y [t] = Q (Ls )Bq (L)e[t] avec Y [t] = (I L)d (I Ls )D X [t] la syntaxe est la suivante :
out=arima(x,order=c(p,d,q), seasonal=list(order=c(P,D,Q),period=s))
la sortie est une liste contenant : out$coef : estimation des coecients, out$aic : critre AIC, out$resid : estimation des rsidus e[t] option : include.mean=F ou T Exemple :
data(USAccDeaths) a = c(USAccDeaths) USAcc= ts(a[1:60],frequency=12,start=c(1973,1))
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fit =PHILIPPE (U. Nantes) Anne arima(USAcc, order=c(0,1,1), seasonal=list(order=c(0,1,1))) Logiciel R 14 septembre 2011
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Prvision pour des modles SARIMA

Pour prvoir lhorizon h, on utilise la fonction predict
>out=arima0(...) > p=predict(out,h) p$pred #contient les prvisions p$se #erreurs de prvision ( cart type )
Plus gnralement : la fonction predict
7000
p = predict(fit, n.ahead=12) plot(USAccDeaths, col="orange") lines(p$pred,col="red3") lines(p$pred+1.96*p$se, col="blue2") lines(p$pred-1.96*p$se, col="blue2")
USAccDeaths
8000
9000
10000
11000
Exemple :
> methods(predict) [1] "predict.ar" [3] "predict.loess" [5] "predict.smooth.spline" [7] "predict.glm" [9] "predict.mlm"
"predict.arima" "predict.ppr" "predict.smooth.spline.fit" "predict.lm"
1973
1974
1975
1976 Time
1977
1978
1979
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Lissage exponentiel
La mthode de lissage de Holt & Winter est disponible sous R. Les fonctions sappelle HoltWinters et predict.HoltWinters. Exemple : sur la srie data(co2)
data(co2) m = HoltWinters(co2) p = predict(m, 50, prediction.interval = TRUE) plot(m, p) #lissage # prevision
HoltWinters filtering
le lissage simple si lon impose les coecients.
320
1960
330
340
des modles multiplicatifs
Observed / Fitted
350
cette fonction peut aussi tre utilise pour
360
370
1970
1980 Time
1990
2000
Anne PHILIPPE
(U. Nantes)
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Notes de Cours sur le logiciel R

> > > >

help("plot") ?plot help.search("plot") ??plot

Objets et Oprations Vecteurs et matrices Dataframes Listes

Logiciel R Objets et Oprations

Logiciel R Objets et Oprations

Oprations lmentaires sur les scalaires : , , +, /,

Oprations avec aectation (avec ou sans achage)

# avec affichage du rsultat

Les principaux types sont

> as.complex(x) [1] 3+0i > as.character(x) [1] "3"

Objets et Oprations Vecteurs et matrices Dataframes Listes

Remarque : Conversion de TRUE / FALSE en valeur numrique :

Crer des vecteurs

Suites arithmtiques de raison 1 ou -1 : c(a:b).

Crer des matrices

Logiciel R Objets et Oprations Vecteurs et matrices

Logiciel R Objets et Oprations Vecteurs et matrices

Quelques matrices particulires : diagonale, Toeplitz

Concatner des vecteurs/matrices

Extraire des lments dun vecteur ou dune matrice

Oprations sur les Matrices/Vecteurs

Colonne/ligne dune matrice

Extraire un bloc ou plusieurs coordonnes

Attention : vect[-j] retourne le vecteur vect sans la j me coordonne

retourne 2.5 4.5 5.5 6.5 8.5 9.5

Quelques oprations particulires sur les matrices

Action dune fonction sur un vecteur ou une matrice

Pour les fonctions de deux variables

fun peut aussi tre une opration lmentaire +/-*

Quelques fonctions sur les matrices

Objets boolens et instructions logiques

TRUE FALSE FALSE FALSE

Logiciel R Objets et Oprations Vecteurs et matrices

Logiciel R Objets et Oprations Dataframes

Objets et Oprations Vecteurs et matrices Dataframes Listes

Dnition des data.frames

Oprations sur les dataframes

Logiciel R Objets et Oprations Listes

Oprations sur les dataframes

Objets et Oprations Vecteurs et matrices Dataframes Listes

Pour concatner des dataframes ayant le mme nombre de lignes

Dnition dune liste

Oprations sur les listes

Pour atteindre les composantes dune liste

Importer/exporter des donnes

Pour extraire les objets dune liste

supprimer les objets crs la ligne prcdente :

Structure gnrale pour crer des fonctions

La structure gnrale dune fonction est

>FUN=function(liste_des_paramtres) { commandes return(objets_retourns) }

Logiciel R Les fonctions

Logiciel R Les fonctions

La sortie de la fonction est

Paramtres par dfaut

retournent le mme rsultat

Remarque sur les valeurs par dfaut

Les fonctions usuelles plot(), lines(), points()

Quelques arguments de la fonction plot

pour xer les limites des axes

pch : type de points lty : type de lignes.

Logiciel R Les graphiques

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