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MAYO 2009

Los aminocidos estn unidos mediante "enlaces amida" denominados enlaces peptdicos.

Las propiedades fsicas y qumicas de las protenas se determinan a partir de los aminocidos que las forman.

Casi todos los aminocidos naturales tienen configuracin (S), con estereoqumica parecida a la del L-(-)-gliceraldehdo, por lo que se denominan L-aminocidos. Excepto la glicina, todos los aminocidos son quirales. El centro quiral es el tomo de carbono asimtrico .

Hay veinte aminocidos, denominados aminocidos estndar, que prcticamente se encuentran en todas las protenas.

Los aminocidos estndar difieren unos de o tros en la estructura de las cadenas laterales enlazadas a los tomos de carbono .

A pesar de que generalmente los aminocidos se escriben con un grupo carboxlico (-COOH) y un grupo amino (-NH2), su estructura real es inica y depende del pH. El grupo carboxlico pierde un protn, dando lugar a un in carboxilato, y el grupo amino se protona y da lugar a un in amonio. A esta estructura se le denomina in dipolar o zwitterin.

El pH controla la carga de la glicina: catinica por debajo de pH = 2.3; aninica por encima de pH = 9.6 y zwitterinica entre pH = 2.3 y 9.6. El pH isoelctrico es 6.0. El punto isoelctrico es el pH al que el aminocido se encuentra en equilibrio entre las dos formas, como el zwitterin dipolar con una carga neta de cero.

Representacin simplificada de la separacin electrofortica de la alanina, lisina y cido asprtico a pH = 6. La lisina catinica es atrada hacia el ctodo, el cido asprtico aninico es atrado hacia el nodo y la alanina se encuentra en su punto isoelctrico, por lo que no se mueve

Uno de los mejores mtodos para sintetizar aminocidos consiste en combinar la sntesis de Gabriel de aminas con la sntesis malnica de cidos carboxlicos.

El ster N-ftalimidomalnico se alquila de la misma forma que el ster malnico. La hidrlisis y la descarboxilacin da lugar a un -aminocido racmico.

Mediante la sntesis de Strecker se puede obtener una gran variedad de aminocidos a partir de aldehdos apropiados.

El mecanismo es similar al de la formacin de una cianohidrina, excepto en que en la sntesis de Strecker el in cianuro ataca a la imina en lugar de al aldehdo.

Primero, el aldehdo reacciona con amoniaco para formar una imina. La imina es un anlogo nitrogenado del grupo carbonilo y es electroflica cuando se protona. El ataque del in cianuro a la imina protonada da lugar a -aminonitrilo.

En un paso separado, la hidrlisis del -aminonitrilo da lugar a un -aminocido

Una enzima acilasa (como la acilasa del rin de cerdo o la carboxipeptidasa) slo desacila al aminocido natural L

La mezcla resultante de D-aminocido y de L-aminocidos desacilados se separa fcilmente

La ninhidrina es un reactivo comn para visualizar las manchas o bandas de los aminocidos que se han separado por cromatografa o electroforesis.

La ninhidrina produce el mismo colorante prpura, independientemente de la estructura del aminocido original. La cadena lateral del aminocido se pierde en forma de aldehdo. La ninhidrina se puede utilizar en la deteccin de huellas dactilares dado que existen trazas de aminocidos en las secreciones de la piel

la estabilizacin por resonancia de una amida da lugar a su gran estabilidad, a la disminucin de basicidad del tomo de nitrgeno y a la rotacin restringida (carcter de doble enlace parcial) del enlace C-N.

En un pptido, el enlace amida se denomina enlace peptdico. Tiene seis tomos en un plano: el C y el O del carbionilo, el N y su H, y los dos tomos de carbono asociados.

Hormona humana bradiquinina es un nonapptido con un grupo -NH3+ en el extremo N terminal y un -COO- libre en el extremo C terminal.

Un pptido es un polmero de aminocidos unidos por enlaces amido entre el grupo amino de cada aminocido y el grupo carboxilo del aminocido vecino.

La cistina, dmero de la cistena, se obtiene cuando dos residuos de cistena se oxidan y forman un puente disulfuro.

La oxidacin suave enlaza dos molculas de un tiol para formar un puente disulfuro.

La oxitocina es un nonapptido con dos residuos de cistena (en las posiciones 1 y 16) que unen parte de la molcula formando un gran anillo

La insulina est formada por dos cadenas peptdicas separadas, la cadena A contiene 21 residuos de aminocidos y la cadena B que contiene 30.

La oxidacin de una protena mediante la ruptura de todas las uniones disulfuro por el cido peroxifrmico, oxidando la cistena a cido cisteico. Los puentes de cistena, cuando se reducen a la forma tiol, tienen tendencia a reoxidarse y volver a formar puentes disulfuro.

En el analizador de aminocidos, el hidrolizado pasa a travs de una columna de intercambio inico. La solucin que emerge de la columna se trata con ninhidrina y su absorbancia se registra en funcin del tiempo. Cada aminocido se identifica por el tiempo de retencin necesario para pasar a travs de la columna.

Utilizacin de un analizador de aminocidos para determinar la composicin de la bradiquinina humana. Los picos de la bradiquinina para la Pro, Arg y Phe son ms grandes que los de la mezcla equimolecular estndar, ya que la bradiquinina tiene tres residuos Pro, dos residuos Arg y dos residuos Phe

Los dos primeros pasos de la secuenciacin de la oxitocina bovina se ilustran en esta figura. En cada degradacin de Edman se rompe el aminocido del N-terminal y se forma su derivado de feniltiohidantona. El pptido acortado est disponible para el paso siguiente.

El mtodo de Sanger para la determinacin N-terminal es una alternativa menos frecuente a la degradacin de Edman.

La degradacin de Edman se suele preferir al mtodo de Sanger

El aminocido C-terminal se puede identificar utilizando el enzima carbixipeptidasa, que rompe el enlace peptdico del residuo C-terminal.

Ocasionalmente, se hidroliza el pptido completo en sus aminocidos individuales.

De hecho, el polmero sirve como la parte alcohlica de un grupo protector ster para el extremo carboxlico del aminocido del extremo C-terminal.

Una vez que el aminocido del extremo C-terminal se ha fijado al polmero, la cadena se forma a partir del grupo amino de este aminocido.

Cuando se completa la sntesis, el enlace ster con el polmero se rompe con HF anhidro

Debido a que se trata de un enlace ster, se rompe con ms facilidad que los enlaces amido del pptido

Cuando se trata una mezcla de una amina y un cido con N,N'-dicilohexilcarbodiimida (DCC), la amina y el cido reaccionan, y forman una amida.

La molcula de agua que se pierde en la condensacin transforma el DCC en N,N'-diciclohexilurea (DCU).

El in carboxilato se adiciona al carbono fuertemente electroflico de la diimida, dando lugar a un derivado de acilo activado

El derivado activado reacciona rpidamente con la amina para dar lugar a la amida. En el paso final, la DCU sirve como un grupo saliente excelente.

Cada grupo carbonilo peptdico se une mediante un enlace de hidrgeno a un hidrgeno del grupo N-H de la siguiente vuelta de la hlice.

Las cadenas laterales se simbolizan por esferas verdes en el modelo molecular de la figura

Cada grupo carbonilo peptdico est unido mediante enlace de hidrgeno al hidrgeno del grupo N-H de una cadena peptdica adyacente.

Este ordenamiento puede hacer que se alineen muchas molculas de pptidos unas al lado de las otras, dando lugar a una lmina bidimensional.

En la estructura terciaria de una protena globular tpica se mezclan segmentos de hlice con segmentos de enrollamiento al azar en los puntos donde se dobla la hlice.

La estructura primaria es la estructura enlazada covalentemente, incluyendo la secuencia de aminocidos y los puentes disulfuro. La estructura secundaria incluye las reas de hlices , lminas plegadas o enrollamientos al azar. En la estructura terciaria se incluye la conformacin total de la molcula. En la estructura cuaternaria se incluye la asociacin de dos o ms cadenas peptdicas de la protena activa.

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