Na quarta-feira (7), o presidente da CPI da Covid, senador Omar Aziz (PSD-AM), fez uma declaração sobre o “lado podre das Forças Armadas”, em referência aos militares ligados a irregularidades no Ministério da Saúde investigadas pela Comissão. A fala provocou reação imediata dos comandantes das Forças Armadas e do ministro da Defesa, o general Braga Netto. Em nota, os comandantes das Forças Armadas afirmaram que o parlamentar fez uma generalização grave e destacaram que "ataques levianos" não serão aceitos.
O comunicado foi assinado pelos generais, mas sua redação contou com a participação do presidente Jair Bolsonaro. Omar Aziz interpretou a mensagem como uma tentativa de intimidação e afirmou que não vai recuar. Para acalmar os ânimos, o presidente do Senado, Rodrigo Pacheco (DEM-MG), tentou pôr panos quentes e disse que tudo foi um “mal entendido”. A resposta de Pacheco, no entanto, não agradou Omar Aziz, que disse que faltou ao presidente do Senado reagir contra a tentativa de intimidação. No dia seguinte, quinta-feira (8), o próprio ministro da Defesa conversou com Pacheco para esfriar o assunto. Braga Netto teria dito que a nota foi uma reação pontual à fala de Aziz, mas que não haveria nada pessoal contra o senador. Em resposta, o presidente do Senado repetiu que tudo não passou de um mal entendido e disse que o assunto estava encerrado. Porém, o desgaste entre a cúpula militar e a CPI da Covid extrapola a declaração dada pelo presidente da comissão. No Ao Ponto desta sexta-feira, a colunista Bela Megale e a repórter Julia Lindner explicam como o avanço da CPI provoca atritos entre os generais e os senadores. Já o colunista Merval Pereira analisa o tom da nota da Defesa e dos comandantes das Forças Armadas e os desdobramentos das investigações atingem oficiais deslocados para o Ministério da Saúde.