BIOQUIMICA

Yolanda Salazar

Tema 1. Introduccin a la Bioqumica

Fundamentos

celulares. Composicin qumica. Fundamentos genticos. Fundamentos evolutivos. Seres vivos y energa.

La extraordinaria variedad de los seres vivos

Caractersticas de los seres vivos

Seres vivos: nacen, crecen, se reproducen y mueren. Adems intercambian materia, energa e informacin con el medio que les rodea. Qu es la vida? Una propiedad que no se puede definir ni medir. Algunas de sus manifestaciones pueden ser medidas, otras solo observadas. Las manifestaciones de la vida que se pueden medir son objeto de estudio de la Bioqumica. Un ser vivo procede de otro ser vivo, no puede haber vida a partir de materia inanimada.

Bioqumica: definicin y principios

La Bioqumica es la ciencia que estudia los seres vivos a nivel molecular mediante tcnicas y mtodos fsicos, qumicos y biolgicos.

Objeto de estudio de la Bioqumica: las sustancias qumicas constituyentes de los seres vivos

Separacin y caracterizacin. En qu concentracin se encuentran? Cules son sus propiedades? Cmo y porqu se transforman? Cmo obtienen la energa y la utilizan? Porqu son estructuras muy ordenadas? Cmo se transmite la informacin gentica? Cmo se expresa y controla la informacin gentica?

Tcnicas ms utilizadas en la investigacin Bioqumica

Tcnicas

de separacin: electroforesis, cromatografa. Tcnicas analticas: espectrometra, fluorimetra, difraccin de rayos X, resonancia magntica nuclear (RMN), dicrosmo circular.

Fundamentos celulares
Clulas

procariotas y eucariotas Tres dominios en los seres vivos Fottrofos y quimitrofos Citoesqueleto Complejos macromoleculares

Membrana Plasmtica

La membrana plasmtica define la extensin de la clula y mantiene las diferencias esenciales entre el contenido de sta y su entorno.

No es una barrera pasiva

Es un filtro altamente selectivo que mantiene la desigual concentracin de iones a ambos lados de ella. Permite que los nutrientes penetren y los productos residuales salgan de la clula.

Lpidos
Estructura general de los fosfolpidos:

Componentes bioqumicos de las membranas

Fosfolpidos
O O P O OO O P O O-

Grupo Hidroflico (polar)

Grupo de cabeza polar CH2 CH

CH2

CH2 CH

CH2

Colas Hidrofbicas (no polar)

Doble enlace cis

Cadenas hidrocarbonadas Saturadas rectas

Cadenas hidrocarbonadas Insaturadas con dobles enlaces cis

Componentes bioqumicos de las membranas Lpidos:

Glucolpidos

Lpidos que contienen oligosacridos Se encuentran nicamente en la mitad exterior de la bicapa

Suelen constituir el 5% de las molculas lipdicas de la monocapa exterior.

Espacio Extracelular

Citosol

Componentes bioqumicos de las membranas Lpidos: Colesterol

Cabeza polar Cabeza polar

Estructura rgida del anillo esteroide

Regin rgida de colesterol

Regin ms fluda Cola hidrocarbonada no polar

Posicin del colesterol en la bicapa

Citoplasma

El citoplasma est compuesto por una disolucin acuosa, el citosol, y una variedad de partculas en suspensin con funciones especficas. El citosol es una solucin muy concentrada que contiene: enzimas y las molculas de RNA que los codifican; las subunidades monomricas (aminocidos y nucletidos) a partir de las cuales se forman estas macromolculas; centenares de pequeas molculas orgnicas denominadas metabolitos. Todas las clulas tienen, al menos durante una parte de su ciclo vital, un ncleo o un nucleoide, en el que se almacena y replica el genoma.

Clulas

Las clulas que poseen envoltura nuclear se denominan eucariotas (del griego eu,"verdadero", y karyoyi, "ncleo"); las que no poseen envoltura nuclear (las clulas bacterianas) se denominan procariotas (del griego pro, "antes").

Dimensiones Celulares

La mayor parte de clulas son de tamao microscpico. El dimetro tpico de las clulas animales y vegetales es de unos 5 a 100 /um, y muchas bacterias tienen una longitud de tan slo 1 a 2 /um El lmite superior del tamao celular viene marcado por la velocidad de difusin de las molculas disueltas en sistemas acuosos. La relacin superficie/volumen representa el terico lmite superior del tamao de la clula.

Filogenia de los tres dominios de la vida

Procariotas: las arquebacterias (del griego archa, "origen") y las eubacterias (del griego eu, "verdadero"). Eubacterias habitan en el suelo, en las aguas superficiales y en los tejidos de otros organismos vivos o en descomposicin (Escherichia coli) Arquebacterias se han descubiertas recientemente habitan en medios muy extremos. Eucariticos, constituyen el tercer dominio.

Hbitats

Los hbitats aerbicos, con abundante oxgeno, los organismos obtienen su energa mediante la transferencia de electrones desde las molculas de combustible al oxgeno. Anaerbicos, privados de oxgeno, lo que obliga a que los microorganismos a obtener su energa mediante la transferencia de electrones hacia el nitrato

Los organismos pueden clasificarse a partir de su forma de obtener la energa y el carbono que necesitan para la sntesis de material celular

Procariotas

Escherichia coli es la clula procaritica mejor estudiada

La E. coli tiene aproximadamente 2 um de longitud Posee una membrana externa protectora y una membrana plasmtica interna que engloba el citoplasma y el nucleoide. Entre las membranas interna y externa se sita una capa fina pero resistente de peptidoglucanos que proporciona a la clula su forma y rigidez caractersticas. La membrana plasmtica y las capas que la rodean constituyen la envoltura celular. Es del grupo Archaea

Eucariotas

Son mucho mayores que las clulas procariticas. Ncleo y los orgnulos rodeados de membrana que llevan a cabo funciones especficas.
Clulas vegetales vacuolas y cloroplastos. Albert Claude, Christian de Duve y George Palade

Citoesqueleto

Filamentos de protena que se entrecruzan en la clula eucaritica y forman una trama tridimensional e interconectada. Actina, los microtbulos y los filamentos intermedios. Estructura y organizacin al citoplasma y mantienen la forma de la clula. Los filamentos de actina y los microtbulos colaboran tambin en el movimiento de los orgnulos o en el movimiento celular global.

Citoplasma dinmico

Los filamentos del citoesqueleto se desagregan para reestructurarse en otro lugar distinto. Las vesculas membranosas brotan de un orgnulo y se fusionan con otro. Los orgnulos se mueven por el citoplasma a lo largo de filamentos de protena gracias a la energa de motores proteicos. La exocitosis y la endocitosis, mecanismos de transporte (hacia el exterior y el interior de las clulas, respectivamente) .

Las clulas construyen estructuras supramoleculares

Las macromolculas y sus subunidades monomricas son de tamao muy diferente. Las subunidades monomricas de protenas, cidos nucleicos y polisacridos se unen mediante enlaces covalentes. Sin embargo, en complejos supramoleculares, las macromolculas se mantienen unidas mediante interacciones no covalentes -mucho ms dbiles, individualmente, que los enlaces covalentes

Resumen

Todas las clulas estn rodeadas por una membrana plasmtica, poseen un citosol que contiene metabolitos, coenzimas, iones inorgnicos y enzimas y poseen un conjunto de genes contenidos en un nucleoide (procariotas) o un ncleo (eucariotas). Los fottrofos utilizan la luz del sol para realizar trabajo; los quimitrofos oxidan combustibles mediante la transferencia de electrones a buenos aceptores electrnicos: compuestos inorgnicos, compuestos orgnicos u oxgeno molecular. Las clulas bacterianas contienen un citosol, un nucleoide y plsmidos. Las clulas eucariticas tienen un ncleo y contienen orgnulos especficos, los cuales pueden ser separados y estudiados de modo aislado. Las protenas del citoesqueleto se asocian formando largos filamentos que confieren forma y rigidez a las clulas y son el soporte para el movimiento de los orgnulos a travs de la clula. Los complejos supramoleculares se mantienen estables mediante interacciones no covalentes y dan lugar a estructuras de diversos tamaos.

Fundamentos qumicos
Antoine Lavoisier (1743-1794) observ la relativa simplicidad qumica del "mundo mineral" en contraste con la complejidad de los "mundos animal y vegetal"; se saba que estos ltimos estaban formados por compuestos ricos en carbono, oxgeno, nitrgeno y fsforo.

Composicin de los seres vivos

Solamente unos 30 elementos qumicos de los ms de 90 presentes en la naturaleza son esenciales para los seres vivos La mayora tienen un nmero atmico bajo, por debajo de 34. Los ms abundantes son: H, O, C, N (estos 4 constituyen ms del 99% de la masa celular), P, S, Na, K, Cl. Oligoelementos: Fe, Mn, Mg, Zn, Mo, Se, etc. Imprescindibles para la actividad de ciertas protenas.

Tabla Peridica

http://www.lenntech.es/periodica/tabla-periodica.htm

Biomoeculas compuestos de carbono

Carbono

Poco abundante en la corteza terrestre (0.027%). Se encuentra puro (grafito, diamante) y combinado formando sales (carbonatos). Su importancia radica en su presencia en los seres vivos. Hace 150 aos se le denomin compuesto orgnico. Gran facilidad para enlazarse con otros tomos pequeos. La qumica de los organismos vivos se organiza alrededor del carbono, que representa ms de la mitad del peso seco de las clulas. El carbono puede formar enlaces simples con tomos de hidrgeno y tanto enlaces simples como dobles con los tomos de oxgeno y de nitrgeno. El dixido de carbono (CO2) es un componente secundario de la atmsfera. Contribuye al llamado efecto invernadero. Es la fuente de C para todas las molculas orgnicas halladas en los organismos. El monxido de carbono (CO) es un gas txico porque interfiere en la capacidad de la hemoglobina de unirse al oxgeno

Biomolculas

La mayora son compuestos orgnicos (esqueleto carbonado). Los C pueden formar cadenas lineales, ramificadas y circulares. Al esqueleto carbonado se le aaden grupos de otros tomos, llamados grupos funcionales. Las propiedades qumicas vienen determinadas por los grupos funcionales

Molculas sencillas: metabolitos y unidades estructurales (glucosa, piruvato, cidos grasos).

Macromoleculas

Gran

parte de las molculas biolgicas son macromolculas, polmeros de alta masa molecular construidos a partir de precursores relativamente simples. Las protenas, los cidos nucleicos y los polisacridos son el resultado de la polimerizacin de subunidades relativamente pequeas de masa molecular relativa igual o inferior a 500.

Macromoleculas

Protenas, largos polmeros de aminocidos, constituyen, excluyendo el agua, la fraccin celular ms importante. Algunas protenas tienen propiedades catalticas y actan como enzimas. Los cidos nucleicos, DNA y RNA, son polmeros de nucletidos. Almacenan y transmiten la informacin gentica y algunas molculas de RNA desempean papeles estructurales y catalticos en complejos supramoleculares. Los polisacridos, polmeros de azcares simples como la glucosa, tienen dos funciones: sirven como almacn de combustibles energticos y como elementos estructurales extracelulares que proporcionan sitios de fijacin especficos para determinadas protenas. Los lpidos, derivados grasos o aceitosos de hidrocarburos, sirven como componentes estructurales de las membranas, reserva de combustible rico en energa, pigmentos y seales intracelulares.

Estructura Tridimencional
Los enlaces covalentes y los grupos funcionales de las biomolculas son de importancia central para su funcin, al igual que la distribucin de los tomos de una biomolcula en el espacio tridimensional (su estereoqumica).

Los compuestos de carbono existen normalmente como estereoismeros, molculas que contienen los mismos enlaces qumicos pero con una estereoqumica diferente, es decir, con diferente configuracin o relacin espacial entre sus tomos constituyentes.
Las interacciones entre las biomolculas son invariablemente estereoespecficas, lo que implica que las molculas que interactan deben tener una estereoqumica concreta.

Interacciones Estereoespecficas

Las interacciones biolgicas entre molculas son estereoespecficas: su "encaje" debe ser correcto estereoqumicamente. La estructura tridimensional de las biomolculas grandes y pequeas es de importancia primordial en sus interacciones biolgicas: un reactivo con su enzima, una hormona con su receptor de membrana celular, un antgeno con su anticenlo especfico son ejemplos de ello.

Resumen

Gracias a su versatilidad de enlace, el tomo de carbono puede producir una amplia variedad de esqueletos carbono-carbono con diversidad de grupos funcionales; estos grupos son los que confieren su personalidad biolgica y qumica a las biomolculas. Las clulas vivas contienen un conjunto casi universal compuesto por unos centenares de molculas de baja masa molecular. Las protenas y los cidos nucleicos son polmeros lineales de subunidades monomricas simples; sus secuencias contienen la informacin para definir su estructura tridimensional y sus funciones biolgicas. La nica manera de cambiar la configuracin molecular es mediante la rotura de enlaces covalentes. Si un tomo de carbono tiene cuatro sustituyentes diferentes, stos pueden ordenarse de dos modos diferentes, generando estereoismeros con propiedades diferentes. De modo prcticamente invariable, las interacciones entre molculas biolgicas son estereoespecficas: requieren el encaje complementario entre las molculas que interactan.

Fundamentos Fsicos

Las clulas han desarrollado, a lo largo de la evolucin, mecanismos muy eficientes para el acoplamiento de la energa obtenida de la luz solar o de los combustibles con muchos procesos celulares que consumen energa. Uno de los objetivos de la bioqumica es la comprensin, en trminos qumicos y cuantitativos, de los mecanismos de extraccin, canalizacin y consumo de la energa en las clulas vivas. Podemos considerar las conversiones de la energa celular en el contexto de las leyes de la termodinamica.

Fundamentos fsicos

Los organismos vivos existen en un estado estacionario dinmico y no se encuentran nunca en equilibrio con los de su entorno. Los organismos transforman energa y materia de su entorno. Sistema, entorno, universo Aislado, Cerrado, Abierto Nutrientes, Luz solar. El flujo de electrones proporciona energa para los organismos.

Fundamentos fsicos

Las clulas no fotosintticas extraen energa para sus necesidades mediante la oxidacin de los productos ricos en energa. El DNA, el RNA y las protenas son macromolculas informativas. Adems de usar energa qumica para formar los enlaces covalentes entre las subunidades de estos polmeros, las clulas deben invertir energa para ordenar las subunidades en su secuencia correcta.

Fundamentos fsicos

La cuestin central de la bioenergtica es el modo mediante el cual la energa obtenida de la luz o del metabolismo de los combustibles se acopla a la energa requerida por las reacciones celulares. Todas las reacciones qumicas celulares tienen lugar a una velocidad significativa gracias a la presencia de enzimas biocatalizadores que provocan un gran incremento en la velocidad de reacciones qumicas especficas sin consumirse en el proceso. Las clulas vivas no son slo capaces de sintetizar simultneamente miles de clases diferentes de molculas sino que adems son capaces de hacerlo en las proporciones precisas que son necesarias para la clula en cualquier situacin

Metabolismo
El

metabolismo es la suma de muchas secuencias de reacciones interconectadas en las que se interconvierten metabolitos celulares. Cada secuencia est regulada de manera que produzca lo que la clula necesita en cada momento y consuma slo la energa necesaria.

Resumen

Las clulas vivas son sistemas abiertos que intercambian materia y energa con su entorno, extrayendo y canalizando energa para mantenerse en un estado estacionario dinmico distante del equilibrio. La energa se obtiene de la luz solar o de los combustibles, conviniendo la energa de un flujo electrnico en energa de los enlaces qumicos del ATP. La tendencia de una reaccin qumica para llegar al equilibrio puede expresarse como la variacin en su energa libre AG La mayor parte de las reacciones celulares tiene lugar a velocidades tiles porque existen enzimas que las catalizan. El metabolismo es la suma de muchas secuencias de reacciones interconectadas en las que se interconvierten metabolitos celulares. Cada secuencia est regulada de manera que produzca lo que la clula necesita en cada momento y consuma slo la energa necesaria.

Fundamentos Genticos

Posiblemente, la propiedad ms notable de las clulas y organismos vivos es su capacidad para reproducirse con fidelidad casi perfecta a lo largo de incontables generaciones. Esta continuidad de rasgos heredados implica que, a lo largo de millones de aos, la estructura de las molculas que contienen la informacin gentica ha debido permanecer constante.

Fundamentos Genticos

Acido desoxirribonucleico o DNA, los nucletidos (o ms exactamente, los desoxirribonucletidos) de este polmero lineal, lleva codificadas las instrucciones para formar todos los dems componentes celulares y acta adems como molde para la produccin de molculas idnticas de DNA que sern distribuidas a la progenie al dividirse la clula. La estructura del DNA hace posible su replicacin y reparacin casi perfecta. La secuencia lineal del DNA codifica protenas con estructura tridimensionales.

Resumen

La informacin gentica est codificada en la secuencia lineal de cuatro desoxirribonucletidos en el DNA. La molcula de DNA en doble hlice contiene un molde interno que permite su propia replicacin y reparacin. La secuencia lineal de aminocidos de una protena, codificada en el DNA del gen de esa protena, da lugar a una estructura tridimensional proteica que es exclusiva para esa protena. Ciertas macromolculas individuales con afinidad especfica para con otras macromolculas forman complejos supramoleculares

Fundamentos Evolutivos

El alto grado de similitud entre las vas metablicas y las secuencias gnicas de organismos, es un robusto argumento a favor de la hiptesis de que todos los organismos modernos comparten un progenitor evolutivo comn y derivaron a partir de l a travs de una larga serie de pequeos cambios (mutaciones) que conferan, en cada caso, mas ventaja selectiva a un organismo dado en un nicho ecolgico concreto.

Fundamentos Genticos

A pesar de la fidelidad casi perfecta de la replicacin gentica, ciertos errores muy poco frecuentes que no han sido reparados durante la replicacin del DNA producen variaciones en la secuencia nucleotdica del DNA, dando lugar a una mutacin.

Fundamentos Genticos

Taller en el aula
Luego

de una lectura comprensiva del capitulo Fundamentos evolutivos. Exprese su criterio sobre la lectura realizada, a travs de un mapa mental. Entregue el trabajo el mircoles 17 de octubre de 2012 en la hora de clase.

Gracias por su atencin