cidos Nuclicos

Lic. Ral Hernndez M.

cidos nucleicos: Introduccin Bases, nuclesidos y nucletidos

F. Miescher (1865)
Estudia la composicin qumica del pus:

encuentra una fraccin precipitable por cido diludo que denomina Nuclena. Encuentra un material parecido a la nuclena en la esperma de salmn, y lo fracciona en una componente proteico (protamina) y un componente que contiene P, de carcter cido, que Altmann denomina cido nucleico.

 Estudios posteriores a Miescher demuestran la

existencia de dos tipos de cido nucleico: uno abundante en la levadura, que recibe el nombre de cido zimonucleico y otro, abundante en el timo, llamado cido timonucleico. Posteriormente se comprueba que en la composicin del llamado zimonucleico entra la ribosa, y por eso pasa a llamarse cido ribonucleico (RNA, ARN), mientras que el timonucleico contiene desoxirribosa, por lo que pasa a llamarse cido desoxirribonucleico (DNA, ADN)

Experimento de Avery (1944)

El neumococo tipo R (rough, rugoso) (colonias a la izda.) puede ser transformado en neumococo tipo S (smooth, liso) (colonias a la dcha.) por el DNA del neumococo S. Esta transformacin se transmite a la descendencia.

La hidrlisis qumica completa de un cido nucleico da lugar a una mezcla equimolar de: A. Una base nitrogenada heterocclica, purina o pirimidina B. Una pentosa, ribosa o desoxirribosa C. Fosfato La hidrlisis enzimtica completa de un cido nucleico da lugar a una mezcla de nucletidos Los cidos nucleicos son polmeros (de altsimo peso molecular) cuyos monmeros son los nucletidos.

DNA de Escherichia coli

Una sola molcula circular cuya circunferencia mide 1 mm Tiene un peso molecular de aproximadamente 109

NH2 O
-

N O H OH Base N N

O P O CH2 OH OH H

Pentosa Fosfato

Nuclesido Nucletido

NH2 N O P O CH2 O
-

Polinucletido

N N NH2 N O N N NH2 N O N N

OH O P O CH2 O
-

Enlace fosfodister

OH O P O CH2 O
-

Enlace -glicosdico
O OH

Purinas
2 2N 2 2 2

Pirimidinas
2 2 2 2

N NH
2

N N
2

2 2

NH2 N N N NH

Adenina: 6-amino purina

O HN H2 N N N NH

Guanina: 2-amino 6-oxo purina

NH2 N O N O HN O N O HN O N
Timina: CH2 2,4-dioxo 5-metil pirimidina
Uracilo: 2,4-dioxo pirimidina Citosina: 2-oxo 4-amino pirimidina

Nuclesidos, 1
Unin de una base a una pentosa a travs de un enlace de tipo -N-glicosdico:

H2 N N HOCH2 O N N N

Enlace -N-glicosdico

H2 N N N N

HOCH2

OH

OH

OH

Adenosina (pentosa es ribosa)

Desoxiadenosina (pentosa es desoxirribosa)

Purinas: enlace entre carbono anomrico (1) y N9 de la base

-D-ribofuranosil adenina (Adenosina)

Chem2 Embed D

Nuclesidos, 2

NH2 N HOCH2 O O N HOCH2 O O N N

NH2

OH

OH

OH

Citidina

Desoxicitidina

Pirimidinas: enlace entre carbono anomrico (1) y N1 de la base

Numeracin
H2 N

Nomenclatura

2 N 2 2 2 2 ' 2 HOCH2 N2 N 2 O ' 2 2 ' ' 2 2 ' OH OH

N2

Base Adenina Guanina Citosina Uracilo Timina

Nuclesido Adenosina Guanosina Citidina Uridina Timidina

Numeracin de tomos en los nuclesidos

Uridina 5 4 3 2 1

Conformacin de nuclesidos

Adenosina (anti-)

Adenosina (syn-)

Antibiticos nucleosdicos
NH2 N O N N N
Puromicina Antibitico inhibidor de la sntesis de protenas

NH2 N N N

HOCH2

OH

HOCH2

Cordicepina Medicamento contra el cncer; es un tipo de antibitico antitumoral.

NH H2 C O CH2 CH NH2 C O

OH

Antivirales

Citosin arabinsido (Vidarabin) Activo contra herpes y varicela

Antirretrovirales, ej. VIH

O HN HOCH2 O O N CH2 HN HOCH2 C O O C N O CH2

N2 AZT, Zidovudina

D2 Estavudina T,

Nucletidos (ribonucletidos)

5-nucletido (5-CMP)

3-nucletido (3-CMP)

2-nucletido (2-CMP)

5-CMP

Chem2 Embed D

Nucletidos (desoxirribonucletidos)

5-dTMP

3-dCMP

Nucletidos cclicos

3,5 Adenosin monofosfato cclico, cAMP

5-Adenosina monofosfato, AMP

5-Adenosina difosfato, ADP

5-Adenosina trifosfato, ATP

Nuclesido polifosfatos

Propiedades de los nucletidos

1. Carcter cido debido al fosfato 2. Solubilidad incrementada respecto al nuclesido 3. Misma reactividad que bases y nuclesidos

ATP como donador de energa

Polinucletidos

Extremo 5

Enlace fosfodister

Polinucletido

Extremo 3

Formas de representacin de polinucletidos

5- CpApTpTpGpCpGpGpApApTpGpCpCp -3 5-CATTGCGGAATGCC-3 3-GTAACGCCTTACGG-5

3 5

Polinucletido en doble hlice

DNA y RNA

Composicin en bases del DNA en algunas especies

A Hombre, H.sapiens Bovino, Bos taurus Levadura, S.cerevisiae Mycobacterium sp. 0.29 0.26 0.30 0.12

G 0.18 0.24 0.18 0.28

C 0.18 0.23 0.15 0.26

T 0.31 0.27 0.29 0.11

Cristalografa de rayos X del DNA

Estudiada por: L.Pauling (Caltech), M.Wilkins y R.E.Franklin (Londres) J.D.Watson y F.H.C.Crick (Cambridge) Formas cristalinas: DNA-A: baja hidratacin, peso molecular relativamente bajo, reflexiones claras DNA-B: alta hidratacin, peso molecular alto, reflexiones difusas DNA-Z: Molcula de DNA de doble hebra con giro hacia la izquierda. Se ha demostrado que existe en forma transitoria y localizada junto al DNA en conformacin B.

El DNA-B

1. Estructura helicoidal 2. Periodicidad a 3.4 nm 3. Periodicidad a 0.34 nm 4. R.E.Franklin sugiere que el eje ribosa-fosfato est hacia fuera y las bases hacia dentro. Igualmente sugiere que se trata de una doble hlice, y no triple

Con estos datos, Watson y Crick elaboraron su modelo en doble hlice

Modelo de Watson - Crick, A

3.4 nm

1. El DNA es una doble hlice plectonmica y dextrgira, con un paso de rosca de 3.4 nm

Modelo de Watson-Crick, B
5 3

2. Cada una de las dos hlices es un polinucletido entrelazado con el otro de manera que su polaridad es opuesta (es decir, corren en sentido antiparalelo)

3. El eje ribosa-fosfato se sita hacia el exterior de la doble hlice, en contacto con el solvente

Modelo de Watson-Crick, C

4. Mientras que las bases nitrogenadas (anillos planares) se sitan, apiladas, hacia el interior de la estructura, en un entorno hidrofbico

Modelo de Watson-Crick, D

0.34 nm

5. Las bases estn situadas en planos aproximadamente perpendiculares al eje mayor de la doble hlice. La distancia entre planos es de 0.34 nm

Modelo de Watson-Crick, E

6. Cada base interacciona con su opuesta a travs de enlaces de hidrgeno, y de manera que:

(a) Adenina (A) slo puede interaccionar con timina (T) (y viceversa), a travs de dos puentes de hidrgeno, y

(b) Guanina (G) slo puede interaccionar con citosina (C) (y viceversa), a travs de tres puentes de hidrgeno

Modelo de Watson-Crick, F 8. La desoxirribosa en forma furansica 7. La base est situada en posicin anti-

5 4 3

2 9. El anillo furansico est en conformacin endo-2

Surco estrecho 10. El eje de la doble hlice no pasa por el centro geomtrico del par de bases. Esto determina que la hlice presente un surco ancho y un surco estrecho Surco ancho

Modelo de Watson-Crick, G

Geometra de la doble hlice (DNA-B)

Paso de rosca 3.4 0.34 Distancia entre planos de bases Pares de bases/vuelta Anchura

3.4 nm 0.34 nm 10 2.4 nm

2.4

ADN B

Chem3D Embed

DNA-A
1.Doble hlice plectonmica y dextrgira 2. Planos de bases oblicuos respecto al eje de la doble hlica 3. Propio de RNAs en doble hlice, o de hbridos DNA-RNA 4. Ms ancha y corta que DNA-B

DNA-Z
1. Doble hlice plectonmica y levgira 2. Zonas de secuencia alternante -GCGC3. Conformacin de G es syn- en lugar de anti4. Ms estrecha y larga que DNA-B

Distintas formas del DNA

A Grosor Giro Bases/vuelta P.de rosca Inclinacin plano bases 2.6 Dextro 11 2.5 19

B 2.4 Dextro 10.4 3.4 1

Z 1.8 Levo 12 4.5 9

Tipos de ADN
ADN-A ADN-B ADN-Z

los surcos son ms parecidos en anchura:

Ms corta

surco mayor estrecho y profundo surco menor ancho y superficial

Ms larga
el surco mayor no existe, es muy poco profundo

19

bases algo inclinadas: 9

surco menor, profundo y estrecho

dextrgira

levgira

Superhlices de DNA

El DNA se presenta habitualmente en forma de superhlices, cuando la doble hlice, a su vez, se enrolla sobre s misma. Esto permite el empaquetamiento de la molcula en el interior de la clula o del ncleo celular.

DNA circular, con superhlice negativa DNA circular, relajado

Superhlices en plsmidos (ADN extracromosmico)

Niveles estructurales de los cidos nucleicos

Estructura primaria
Polmero lineal formado por la unin de numerosos nucletidos mediante enlaces fosfodister. El orden de los nucletidos define la secuencia del cido nucleico.

Estructura secundaria
Formada por la disposicin relativa espacial de los nucletidos que se encuentran prximos en la secuencia. DNA estructura definida por la unin de las dos cadenas polinucletidicas a travs de las bases nitrogenadas. RNA presente en determinadas regiones de la molcula

Estructuras de orden superior

Todas aquellas de orden superior a los niveles primario y secundario. DNA resultantes del superenrollamiento y de la asociacin con protenas bsicas para formar la cromatina. No determinada por niveles inferiores. RNA (especialmente tRNA) plegamiento tridimensional definido, similar a la estructura terciaria de las protenas.

Epaquetamiento de ADN en Eucariotas

El ncleo en interfase de las clulas eucariotas, el ADN se encuentra asociado a protenas y fuertemente empaquetado.

Cromatina del ncleo de una clula eucariota. Si se rompe la clula y se asla y purifica la cromatina del ncleo celular se observan unas estructuras filamentosas llamadas fibras nucleosmicas.

Cromatina del ncleo de una clula eucariota. Se observa una fibra nuclosmica, collar de perlas y una fibra de 30 nm.

El nucleosoma
Histonas: 2H2a, 2H2b, 2H3, 2H4 DNA: aprox. 196 pares de bases El nucleosoma es una estructura que constituye la unidad fundamental y esencial de cromatina, que es la forma de organizacin del ADN en los eucariotes.

Esquema de una fibra de 30 nm

5
-

O P

O O O H2 C N O O P H O H2 C O N OH O N O O P N H O N OH N H N O N N N H H H

2-OH en la pentosa

O P

O H2 C

Uracilo en lugar de timina

OH H H N N O N OH N O N OH N N N

O H2 C

O P

O N

H H N H

RNA

O H2 C

Reactividad qumica: El RNA, al tener el grupo 2-OH, es mucho ms reactivo qumicamente que el DNA. En concreto, puede ser completamente hidrolizado por lcali a una mezcla de 2- y 3-nucletidos.

Estructura tridimensional Las formas en doble hlice del RNA adoptan la configuracin A (en lugar de la B, propia del DNA), as como los hbridos DNA-RNA. La pentosa aparece en forma endo-3 (y no endo-2)

DNA

RNA

5 5 4 3 2 1 4 3 1 2

Anillo furansico en endo-2

Anillo furansico en endo-3

RNA como enzima Algunos RNA son capaces de catalizar reacciones qumicas del mismo modo que las enzimas: son las ribozimas

Participan en el procesado del RNA transcrito primario y en la formacin de enlace peptdico en la sntesis de protenas. Ribozima hammerhead

Funciones y tipos de RNA, 1

Los distintos tipos de RNA permiten la expresin fenotpica del DNA: - Como mensaje gentico que determina la secuencia de aminocidos en la sntesis de protena: RNA mensajero o mRNA - Como molcula que activa a los aminocidos para poder ser incorporados en una nueva protena: RNA de transferencia o tRNA - Como elemento estructural bsico de las partculas encargadas de llevar a cabo la sntesis proteica, los ribosomas: RNA ribosmico o rRNA

Funciones y tipos de RNA, 2

- Participa en el procesado del transcrito primario (HnRNA) para dar lugar al RNA mensajero o mRNA, mediante los snRNA (RNAs nucleares pequeos) - Opera como enzima (ribozimas) en el procesado del HnRNA y en la formacin de enlace peptdico en las protenas. - Es el material gentico de algunos virus.

Extremo aceptor

Lazo T--C

Lazo DHU

Lazo variable

tRNA
Lazo anticodon

O P

O O O H2 C N O O P H O H2 C O N OH H N N O O P N O N OH N H N O N N N H H H

Unin del aminocido al extremo 3 del tRNA

-

C C
N

O P

O H2 C

OH H H N N O N OH N

O H2 C H

O O

H2 C C N R

Estructura tridimensional del tRNA 3 5

Extremo aceptor Lazo TC Lazo variable

Lazo anticodon

3 5

Lazo anticodon

5 A U G I C C mRNA

rRNA 23s