David L. Nelson and Michael M.

Cox

LEHNINGER
PRINCIPLES OF BIOCHEMISTRY
Quinta Edición

CAPÍTULO 4
La Estructura 3D de Proteínas

© 2008 W. H. Freeman and Company

 Glicina

Quimotripsina
La conformación de una proteína o su estructura 3D es
descrita por su estructura secundaria, terciaria, y cuaternaria.

Todas estas estructuras dependen de la estructura primaria.

Interacciones débiles, no covalentes, estabilizan esta

arquitectura que determina la forma general de la proteína.
El oxígeno del cabonilo tiene una carga 
negativa parcial y el nitrógeno una carga 
positiva parcial creando un pequeño dipolo. 
Los enlaces péptidos ocurren en 
configuración trans.
Gráfica Ramachandran para L­Ala
Resumen

Cada proteína tiene una estructura 3D que refleja su función.
La estructura proteíca se estabiliza por múltiples interacciones 
débiles. Las interacciones hidrofóbicas son los principales 
contribuyentes para estabilizar la forma globular de muchas 
proteínas solubles; las enlaces de hidrógeno y las interacciones 
iónicas se optimizan en las estructuras termodinámicas mas estables.
Los enlaces covalentes en el esqueleto polipéptidico confieren 
restricciones a la estrcutrua. El enlace péptido tiene caracter de 
doble enlace lo que mantiene al grupo péptido consistente en 6 
átomos en una configuración rígida y planar. El enlace N—Cα y el 
Cα –C pueden rotar para definir los ángulos dihyedrales  φ y ψ, 
respectivamente.
Estructura Secundaria
Estructura Secundaria:

Se refiere al arreglo de aminoácidos adyacentes en

patrones regulares y recurrentes.

Algunas estructuras secundarias comunes son la α-

Hélice, confomración β, β-turn, y la hélice de
colágeno.

Estas estructuras se forman, en parte, en respuesta a

interacciones no-covalentes entre aminoácidos
vecinos. Son estables, porque se maximiza la
formación de enlaces de hidrógeno y la repulsión se
minimiza en estas conformaciones.

Algunos aminoácidos son compatibles con esta

estructura.
 Mioglobina

(Ala, Leu, Met, Phe, Glu, Gln, Lys, Arg, His) 
y
Paralela
Antiparalela
Antiparalela
Triose phosphate isomerase
Conecta los dos extremos de segmentos
adyacentes en la antiparalela β
UV
Pelo
Colágeno
Proteína fibroína: seda y tela de arañas
 Estructura Terciaria:
arreglo 3D de la cadena de aminoácidos
Mioglobina
Grupo Heme
Estructura 3D de hemoglobina
 Estructura cuaternaria: 
cuatro cadenas polipéptidas
Estructura Cuaternaria

El arreglo tridimensional de las subunidades separadas de una 
proteína se conoce como su estructura cuaternaria.
Interacciones entre las subunidades individuales son estabilizadas 
por las mismas interacciones debiles, no­covalentes, que estabilizan 
lad estructuras secundarias y terciarias.
Ejemplo bien conocido: Hemoglobina
Cápsidas 
virales
BSE: Bovine Spongiform Encephalopathy;
Sindrome de Creutzfeldt­jakob