Estructura secundaria de las protenas

Se refiere a cualquier segmento de una cadena polipeptdica y describe el arreglo espacial local de los tomos de la cadena principal sin tomar en cuenta la conformacin de su cadena lateral o su interrelacin con otros segmentos.
Hlices a Conformaciones b Giros b

Los puentes de hidrgeno son la principal fuerza estabilizadora de esta estructura.

Niveles de estructuracin en las protenas

ENLACE PEPTDICO

Es plano, por lo que no existe rotacin alrededor del enlace.

Posee un carcter de doble enlace, lo que significa que es mas corto que un enlace sencillo por lo que es rgido y plano.

Esta caracterstica previene la libre rotacin alrededor del enlace entre el carbono carbonlico y el nitrgeno del enlace peptdico. El resto de la molcula puede rotar libremente. Esta capacidad de rotacin permite a las protenas adoptar una inmensa gama de configuraciones.

Se refiere a cualquier segmento de una cadena polipeptdica y describe el arreglo espacial local de los tomos de la cadena principal sin tomar en cuenta la conformacin de su cadena lateral o su interrelacin con otros segmentos.
Hlices a Conformaciones b Giros b

Los puentes de hidrgeno son la principal fuerza estabilizadora de esta estructura.

Hlice a
La cadena se enrolla en espiral sobre s misma. Esta estructura se mantiene gracias a los enlaces de hidrgeno intracatenarios formados entre el grupo NH de un enlace peptdico (n) y el grupo C=O del cuarto aminocido que le sigue (n+4).

Tendencia de los aminocidos a formar hlices a

A mayor DDG0 (relativo a la alanina) es menos propenso a formar hlices a

Factores que desestabilizan las hlices a

Los aminocidos disruptores de la hlice a desestabilizan la estructura helicoidal, como la prolina cuyo N de su enlace peptdico no tiene ningn H para formar un puente de hidrgeno.

Restricciones en la hlice-a
Presencia de Pro y/o Gli:
Pro: El tomo de N, es parte de un anillo rgido, lo que no permite la rotacin del Ca-N; adems de que el mismo N no tiene H para participar en los puentes de H con otros residuos. Gli: Tiene mayor flexibilidad conformacional que otros residuos. Los polmeros de Gli tienden a formar estructuras enroscadas muy diferentes a la hlice-a.

Conformaciones b
Hojas plisadas b: el esqueleto de la cadena polipeptdica se extiende en forma de zig-zag. Las cadenas de los polipptidos adyacentes pueden ser paralelas o antiparalelas.

Giros b
Giros b: Muy abundantes en las protenas globulares, las cuales tienen una estructura plegada de forma compacta. Los giros b conectan las terminaciones de dos segmentos adyacentes de una lmina b antiparalela.

La estructura es un giro de 180o que involucra cuatro residuos de aminocidos.

Los aminocidos Gli y Pro, son los que frecuentemente forman los giros b, debido a su tamao pequeo (Gli) y a su flexibilidad (Pro).

Giros b

Protenas fibrosas
Son molculas muy alargadas. Las estructuras secundarias son los motivos
predominantes.

Sus funciones son fundamentalmente estructurales o

motrices.

Son resistentes e insolubles.

Ejemplos: colgeno, queratina, fibrona de la seda

a-keratina
Est formada por dos cadenas de hlice-a que van girando a la derecha, orientadas en paralelo y envueltas entre ellas mismas, formando una espiral superenrollada lo que le confiere una mayor fuerza. La estructura superenrollada gira hacia la izq. La a-keratina est enriquecida en residuos de Ala, Val, Ile, Met, Phe.

Protenas fibrosas
Sus cadenas polipeptdicas estn organizadas en hebras o lminas largas. Ej. a-queratina, colgeno.

El colgeno como protena fibrosa

Se encuentra en tejido conectivo (tendones, cartlago, matriz orgnica de los huesos y crnea).

Red fibrosa de tropocolgeno (unidad estructural). Formada por tres cadenas que se unen entre s por puentes de hidrgeno. Abundante en glicina e hidroxiprolina (Gli-X-Y). X=Pro, Y=4OHPro). Forma una hlice triple que solo se rompe en los extremos.

El colgeno es un componente abundante en piel, tendones, sistema vascular y otros materiales de desecho, de donde se puede obtener la gelatina comercial, que es un producto de degradacin parcial del colgeno, extrada por calentamiento tras un tratamiento en medio cido o alcalino.

Colgeno
Su PM es 300,000 y tiene forma de varilla, de 3,000 de largo y 15 de ancho. Su estructura secundaria gira a la izquierda (left-handed). Cuenta con tres cadenas-a superenrolladas entre ellas mismas que cuentan con aprox. 1,000 residuos de a.a (cadenas-a hlices-a). Su estructura superenrollada va girando hacia la derecha.

Colgeno
El contenido usual de aminocidos en el colgeno es una tripptido que se repite:
Gli-X-Y, donde X es frecuentemente Pro y Y 4-OH-Pro

Y su contenido es comnmente: 35% Gli, 11% Ala, 21% Pro y 4-OHPro.

Colgeno
Las fibrillas de colgeno estn formadas de molculas de colgeno alineadas y entrecruzadas, lo que le permite formar estras cruzadas y que a su vez le confiere gran fuerza.

Estructura terciaria de las protenas

Estructura terciaria: Es el arreglo tridimensional de todos los tomos de una protena. Los aminocidos polares se sitan en el exterior y los apolares se internalizan.

La estabilizan: Puentes de H Puentes disulfuro Interacciones de Van der Waals Efecto hidrofbico
Estructura terciaria de la mioglobina

Protenas globulares
Las cadenas polipeptdicas se pliegan de forma esfrica o globular. Mioglobina

Caracterssticas de las protenas globulares

Forma mas o menos esfrica. Ricas en estructuras secundarias. Mltiples funciones.

Son solubles, flexibles y dinmicas.

Ejemplo: hemoglobina, anticuerpos, enzimas

La funcionalidad de las protenas globulares depende de sus propiedades dinmicas

Flexibilidad
No son estructuras rgidas. Su flexibilidad depende de un gran nmero de interacciones dbiles.

Cambios conformacionales
Son pequeas variaciones de su estructura terciaria. Sirven para regular su actividad.

Interacciones
Unin reversible de ligandos. Interacciones reversibles protena-protena. Se llevan a cabo mediante enlaces dbiles.

Ejemplos de protenas globulares: mioglobina y hemoglobina

Mioglobina
Hemoprotena monomrica. Funcin: Almacenamiento de O2 en el msculo.

Hemoglobina
Hemoprotena tetramrica: cada cadena es muy similar a la mioglobina.
Funcin: transporte de oxgeno y CO2 entre los pulmones y los tejidos.

Estructura cuaternaria de las protenas

Estructura cuaternaria: Es la disposicin espacial de las distintas cadenas polipeptdicas de una protena multimrica.

Protenas oligomricas: se componen de ms de una cadena polipeptdica, ejemplo, la hemoglobina.

Protenas monomricas: compuestas de una sola cadena polipeptdica, ejemplo, la mioglobina.

Estructura de la hemoglobina

Estructura cuaternaria de las protenas

Los monmeros se asocian entre s mediante interacciones no covalentes: Puentes de hidrgeno Interacciones hidrofbicas Tambin pueden existir interacciones covalentes entre las diferentes cadenas polipeptdicas: Puentes disulfuro. Son homodmeros cuando los monmeros que constituyen a las protenas son iguales. Son heterodmeros cuando los monmeros son diferentes.

Dimensiones aproximadas de la albmina srica bovina (PM 64,500 y 585 residuos de aa) en una sola cadena polpptidica si todos los residuos adoptaran las siguientes conformaciones.

Plegamiento y desnaturalizacin de las protenas

El plegamiento de una protena es el proceso por el que una protena alcanza su estructura tridimensional. Su funcin biolgica depende de su correcto plegamiento

Estructura primaria

Estructura terciaria

El plegamiento de una protena es la transicin reversible entre dos estados: El estado N (nativo) y D (desnaturalizado).

El estado nativo es la forma funcional de una protena

El estado desnaturalizado se define como el resultante del deterioro cooperativo y generalizado de la estructura nativa, sin cambios en los enlaces covalentes (a excepcin de los puentes disulfuro).

Estado desnaturalizado

Estado nativo

Durante la desnaturalizacin tiene lugar la solvatacin generalizada de la mayor parte de la molcula, mientras que durante el plegamiento, algunas interacciones disolvente-protena son reemplazadas por interacciones intramoleculares.

Durante el plegamiento hay una disminucin en la entropa configuracional (S) (medida del desorden) de la cadena polipeptdica.

Sconfiguracional nativa < Sconfiguracional desnaturalizada

DSconfiguracional < 0

En condiciones fisiolgicas, el plegamiento es una reaccin espontnea.

Gnativa< Gdesnaturalizada
DG < 0

Una protena pequea como la RNAsa A, que tiene 124 residuos de aminocidos tiene 1050 conformaciones posibles. Si la molcula pudiese probar una configuracin cada 10-13 segundos, seran necesarios 1030 aos para probarlas todas. Sin embargo, se ha comprobado in vitro que la RNAsa de pliega en aproximadamente 1 minuto!!!

Agentes desnaturalizantes
Son aquellos que provocan la prdida de la estructura nativa de una protena

Agentes fsicos: temperatura. Agentes qumicos: detergentes

caotrpicos.

agentes

Cambios en el pH.

Efecto de la temperatura sobre la estructura de las protenas

Aumento de la energa cintica de las molculas.
Desorganizacin de la envoltura acuosa de las protenas. Asimismo, el aumento de la temperatura destruye las interacciones dbiles y desorganiza la estructura de la protena, de forma que el interior hidrfobo interacciona con el medio acuoso y se produce la agregacin y precipitacin de la protena desnaturalizada.

Agentes qumicos: detergentes y agentes

caotrpicos
Los detergentes y los agentes caotrpicos (promotores del caos) originan la desnaturalizacin de la protena bajo condiciones menos agresivas, ya que estas sustancias:

No rompen los enlaces covalentes. Desorganizan la estructura secundaria,

cuaternaria, pero

terciaria y

No desorganizan la estructura primaria.

Los agentes caotrpicos como las sales de guanidinio y la urea permiten que las molculas de agua penetren en las protenas, desorganizando as las interacciones hidrofbicas que estabilizan la conformacin nativa.

Efecto del pH sobre la estructura de las protenas.

Los H+ y los OH- del agua provocan efectos parecidos, pero adems de afectar a la envoltura acuosa de las protenas tambin afectan a la carga elctrica de los grupos cidos y bsicos de las cadenas laterales de los aminocidos. Esta alteracin de la carga superficial de las protenas elimina las interacciones electrostticas que estabilizan la estructura terciaria y a menudo provoca su precipitacin.