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La sntesis protenas no esta asociada necesariamente asociad a la divisin cel. la expresin protenas determina la morfologa y funcin celular
Componentes estructurales
2 cidos nuclicos: ADN y ARN elementos comnes : Pentosa, que ser ribosa o desoxirribosa. Los carbonos con numeracin N (1, 2 ,3 ,4 ,5)
Nomenclatura del nuclesidos: Adenosina, Citidina, Guanosina, Timidina, Uridina. Nucletido : establece al formar un nlace ester fosfrico entre: P + C5 Pentosa
Nomenclatura
de nucletidos:
Adenilato (A) Citilidato (C) Guanilidato (G) Timidilidato (T) Uridilidato (U).
Unin nucletidos: C5 +
nlace fosfodister)
C 3
Direccin 5 3
Composicin: Su azcar es la desoxirribosa Sus bases nitrogenadas son Adenina, Guanina, Citosina y Timina. Tiene gran tamao (109 Daltons) No es una molcula lineal aislada, sino que es bicatenaria forma de doble hlice con giro dextrgiro
Claves estructurales
1base- 1 azcar-1 fosfato Molcula anfiptica : Fosfato hidrfilo Base y azcar hidrfobas
Apareamiento
Estructura
Hacia el interior del DNA quedan las partes mas apolares (BN + pentosa) El dimetro de la doble hlice es de 2 nm en toda su longitud. Entre dos pares de bases en la escalera hay 0,34 nm y un desfase de 36.
El desfase de 36 (360) contenga 10 pares distancia entre una vuelta de hlice y la siguiente es de 34 nm.
la
B-DNA con el A-DNA: BDNA son perpendiculares al eje mientras que las del A-DNA estn mas inclinadas. B-DNA tiene bases mas concentradas y el A-DNA es menos denso. Z-DNA con el B-DNA encontramos que el B-DNA es dextrgiro y el Z-DNA es levgiro.
Propiedades
DNA cido polianin (-) interacciona con cationes : Mg , Ca , Pb Molcula estable (puentes de H) Tipo cooperativa (H y su relacin bases) DNA alta viscosidad (muy alargada y PM alto Absorbe la luz 260 nm
1.
Absorbe luz a 260nm, ayuda desnaturalizada o nativa efecto hipercrmico DNA desnaturalizado cuando:
DNA duplohelicoidal nativo
Agentes desnaturalizantes: 1. Calor. El calor aumenta la vibracin de las molculas, y desestabiliza los puentes de hidrgeno 2. pH extremos. Ioniza los grupos funcionales de las bases nitrogenadas ruptura de los puentes de hidrgeno.
Superenrollamiento DNA
superenrollamiento org, procariotas Superenrrollamiento negativo. En sentido levgiro, en sentido contrario al DNA ms estable desenrrollamiento rpido del DNA Superenrrollamiento positivo. En sentido dextrgiro, en el mismo sentido del DNA, es poco comn ya que queda en forma muy tensa e inestable. Topoisomerasas: regulan enrollamiento y desenrollamiento
DNA mitocondrial
Pequea
parte DNA mitocondrias mas pequeo 16,569 pares de bases , mas pequeo y mas cerrado 3-10 mol. DNA por mitodocondria Pocos genes (37 genes) codifican RNA m. IMPORTANTE variacin , enfermedaddes Parkinson, distona
RNA
Los RNA se sintetizan a partir de una secuencia de DNA , 3 tipos: RNA mensajero (mRNA).funcin,sntesis de protenas ,5% del RNA. Es muy inestable RNA transferente (tRNA).sntesis de protenas el 15% del RNA RNA ribosmico (rRNA). Tiene funcin estructural en la formacin de ribosomas. representa aproximadamente el 80% del RNA
Mnima
parte en el ncleo. Los eucariotas (animales)mas cantidad de RNA que de DNA (8:2). RNA es monocatenario (excepto virus)
Diferencias: Composicin de bases. uracilo en vez de timina. Pentosa. Ribosa en lugar de desoxirribosa. Longitud. siempre ms pequeas (65 a miles de nucletidos) Estructura. Al ser monocatenarios no necesitan complementariedad de bases, pero si las hay causan existencia de : tramos en horquilla.
RNA m
Funcin
: codificar las protenas Mediante un codn: el triplete que codifica un aminocido en la protena, y es la parte funcional del mRNA.
Monocistronico:
fragmento Los extremos 5 y 3 estn protegidos en todos los mRNA eucariticos. El extremo 5 tiene lo que denominamos CAP caperuza, (protege extremo 5, no es reconocido por nucleasas)
RNA de transferencia
Sirve para formar el complejo aminoacilRNA y activar un aminocido poseen un anticodn, interacciona con el codn para participar en la sntesis de protenas. Los tRNA tienen estructura en forma de hoja de trbol (tres estructuras tipohorquilla) 50% de estructura helicoidal.
en el extremo 5 una guanina fosforilada en el extremo 3 desapareado tienen todos la secuencia ACC. Este extremo 3 es el que interacciona con el aminocido brazo aceptor del aminocido
BUCLE CENTRAL BUCLE ANTICODON
RNA ribosmico
Se trata de un rRNA que presenta 3 especies distintas en procariotas y 4 especies distintas en eucariotas. (s: svedbergs)
Tipo
Tamao
Subunidad mayor (sARNr ) 50S (5S : 120 nt, 23S : 2906 nt) 60S (5S : 121 nt,1 5.8S : 156 nt,2 28S : 5070 nt3 )
Procariota
70S
Eucariota
80S
La funcin es fundamentalmente:
La
funcin es fundamentalmente estructural, en la conformacin del ribosoma, pero tambin participan directamente en la traduccin para la sntesis de protenas, fundamentalmente el de la subunidad menor.
Genoma de un eucariota 10 pares de bases DNA eucariticos tiene alrededor de un 3% del DNA codificante, mientras que el resto no es, y tiene funcin desconocida. tienen regiones que codifican protenas (exones) intercaladas por secuencias que no codifican nada (intrones). diferencia de tamao.
El DNA de un organismo procaritico 10 pares de bases DNA bacteriano prcticamente todo el DNA es codificante, compuesto de forma exclusiva de genes
Alberto Gmez Esteban & Laura del Olmo biologa molecular1er Parcial
Sntesis de un RNA m
Se sintetiza un mRNA a partir de un gen ste contiene las regiones que codifican protena y las regiones no codificantes(intrones) para que este mRNA sea funcional, debemos modificarlo mediante el splicing, para que quede constituido nicamente por exones.
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En las bacterias casi todos las secuencias de DNA copia nica TTA DNA de organismos eucariotas hay una gran cantidad de secuencias que se repiten hasta 1 millon de veces. TTA TTA TTA TTA
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El DNA de copia nica puede representar entre el 50-70% (en humanos un 70%) del total de material gentico. Los genes no contienen solo una parte estructural codificante para protenas sino tambin contienen una regin reguladora. Los genes estn compuestos por exones e intrones (zona estructural) y una regin reguladora. DNA no codificante: incluye los intrones, los cuales son el DNA que entrecorta los fragmentos codificantes de los genes (se considera que los intrones forman parte del gen, pero que no codifica protena).
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DNA repetitivo
secuencias de DNA que se repiten muchas veces a lo largo del genoma, desde algunos cientos de veces hasta incluso 10x6 veces 30% en humanos del total de material gentico. DNA repetitivo en: DNA codificante DNA no codificante. El DNA codificante puede estar agrupado en regiones concretas del DNA o bien disperso.
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El
DNA:
40-50 copias pero pueden llegar a tener unas 100 copias todas se expresan RNA r RNA t
Familias
Estas copias no son exactamente iguales, sino que codifican protenas ligeramente distintas las cuales se expresan unas u otras dependiendo de la etapa vital, es decir, estos genes no se expresan todos a la vez. (teora de missing-self)
Familias multignicas con genes dispersos. Presentan mltiples copias por todo el genoma pero distribuidas en distintas zonas del DNA o incluso distintos cromosomas.
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DNA no codificante
El DNA repetitivo agrupado es un DNA que aparece desde varios miles de veces en el DNA a incluso 1,5 millones de veces (regiones heterocromticas) DNA satlite Las secuencias no suelen ser largas (20-30 pares de bases) es un DNA muy rico en adenina-timina
centrmeros, y su funcin es desconocida Uno de los seis tipos de satlites se sita tambin en los telmeros
El DNA moderadamente repetitivo: DNA no codificante, disperso y se repite en general menos que el satlite.
DNA minisatlite y microsatlite. aparecen dispersos por todo el genoma en bloques repetidos en tndem dividen en 2: Minisatlites. Repeticiones de cientos a miles de veces. Tienen unos 10-65 pb, estabilizan telomeros en el DNA. Microsatlites. Repeticiones de unas 50 veces. Tienen
SIME (Elementos Nucleares Interpuestos Cortos) y LIME (Elementos Nucleares Interpuestos Largos). SIME: Tienen de 100-500 pares de bases : Las secuencias mas conocida es Alu las cuales tienen una diana para rotura con endonucleasas de restriccin. LIME. Tienen varios miles de pb. La ms caracterstica es la LINE1 cuya funcin es desconocida.
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Secuencias palindrmicas es aquella que se lee igual en todos los sentidos, de forma que este tipo de secuencias pueden formar estructuras cruciformes.
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modifican mediante metilacion Las metilaciones ocurren en secuencias C-G que se van repitiendo a lo largo de todo el genoma (islas CG).
Norma
general :
un gen metilado se expresa peor que otro gen menos metilado. Las metilaciones son heredables exactamente igual que el genoma, de forma que muchas de estas modificaciones se van a heredar.
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Se lleva a cabo en lisina y arginina. La lisina metilada afecta: 1.estructura terciaria del DNA (no demasiado por que no hay cargas) 2. protenas tendrn diferencias al interaccionar con el DNA.
Se lleva acabo sobre : 1. lisinas y argininas. 2. Se pierde la carga positiva de la histonas y la interaccin con el DNA se inhibe 3. DNA queda menos compacto y ms accesible a la trascripcin
Todos estos mecanismos muestran que sin alterar directamente las secuencias del DNA alteran la expresin de un gen, se conocen globalmente como epigentica.
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REPLICACIN
La replicacin es la duplicacin del DNA, es decir, a partir de una molcula de DNA parental obtenemos dos molculas hijas exactamente iguales.
La replicacin debe ser completa. La replicacin esta ligada al ciclo celular. Es semiconservativa, es decir, cada una de las clulas hijas conserva una hebra del DNA progenitor. Es bidireccional En bacterias existe un nico origen de replicacin, y en eucariotas hay mltiples orgenes. Siempre el origen debe ser muy especfico. Las dos cadenas se sintetizan de forma simultnea. Es semidiscontinua (continua y pedazos)
DNA polimerasa
polimerasa I Primera enzima descubierta sintetiza DNA (Es capaz de aadir a una cadena de DNA un nucletido) con una serie de requisitos:
Debe tener una cadena preformada (cebador) en el sentido en el que trabaja. Necesita los cuatro nucletidos trifosfato (dATP, dGTP, dTTP y dCTP) para aportar energa. No aade nucletidos al azar sino que utiliza un molde. Necesita magnesio (Mg2+) Necesita una fuente de energa (ATP) Necesita nucletidos de ribosa trifosfato (ATP, UTP, CTP y GTP) Necesita NAD+
cebador
Un partidor, cebador, iniciador o primer, es una cadena de cido nucleico o de una molcula relacionada que sirve como punto de partida para la replicacin del ADN. Es una secuencia corta de cido nucleico que contiene un grupo 3'hidroxilo libre que forma pares de bases complementarios a una hebra molde y acta como punto de inicio para la adicin de nucletidos con el fin de copiar la hebra molde.
Tambin tena una actividad exonucleasa, hidrolizando nucletidos de un extremo 3 5, (5 -> 3) ( 3-> 5) exonucleasa 3 sintetiza un nucletido, si es incorrecto, poder eliminarlo y sustituirlo por el correcto, por lo que se denomina actividad correctora. La reaccin en concreto que cataliza se da a partir de una cadena molde donde: unin de un extremo 3 con otro 5 otra hebra Las hebras sern complementarias y antiparalelas. Una vez que se pensque la DNA-polimerasa 1 no poda ser la nica replicadora, se descubri la DNApolimerasa 3, con los mismos requisitos, pero con mucha mayor velocidad que la DNA-polimerasa 1, la
La estructura de la DNA-polimerasa 3 tiene una estructura muy compleja: La parte cataltica de la enzima (core) esta formada por la subunidad: Actividad polimerasa . Actividad exonucleasa . Tiene funcin estructural de unin entre las otras dos Tiene otras dos subunidades t unidas cada una a una parte de la molcula y sirve de unin entre las dos partes de la enzima. complejo - (2 -2) unido al complejo core la cual: sintetizar la hebra retrasada cuya finalidad es hacer ms simultnea la replicacin de ambas hebras
1. 2.
Existe tambin una subunidad , que es la responsable de la procesividad de la Procesividad es la copia sin soltar el molde unos cuantos nucletidos, acelerando la copia (1000 nucletidos/segundo)
Replicacin del DNA Generalidades: burbuja de replicacin (E.coli) A la apertura de la doble hlice se le denomina burbuja de replicacin con dos horquillas de replicacin a ambos lados, por donde se inicia la replicacin en ambas hebras
Fragmentos de Okazaki pequeos fragmentos que se sintetizn de forma discontinua mediante La replicacin discontinua. La hebra continua va algo ms adelantada que la otra hebra discontinua (retrasada ,la hebra 5-3 se sintetiza sin problema, pero la otra hebra no puede sintetizarse en sentido 3-5)
Estas enzimas no pueden empezar desde 0, sino que necesitan un fragmento preformado, que se trata de un pequeo segmento de RNA (primer o cebador) sintetizado por una RNA polimerasa primasa.
Replicacin en procariotas
1- reconocer el origen de replicacin este es reconocido por una protena denominada DNA-A. 2-En cuanto la protena reconoce el origen se debe abrir la hebra 3-El origen suele ser rico en adenina-timina debido a sus enlaces ms dbiles. La doble hlice se abre por helicasas (DNA-B y otras protenas 4-EL DNA una vez abierto, tiende a estabilizarse formando los puentes de hidrgeno. 5-se forma un cebador en el inicio del 5-3 (hebra adelantada) y en una zona cercana al inicio de la 3-5 (hebra retrasada). 6-Una vez completa la DNA polimerasa 3 (holoenzima) comienza a sintetizar la hebra continua a partir del cebador. 7-En la hebra discontinua la primasa sintetiza mltiples fragmentos de Okazaki. 8-Una vez que avanza la sntesis de DNA, la zona siguiente se va abriendo, y la zona ya formada va
Al formarse la burbuja de replicacin se genera una tensin sobre el resto de la hebra, las topoisomerasas estabilizan la estructura cortando en determinadas zonas .
Actividad exonucleasa 3 de la DNA polimerasa 3 elimina un nucletido incorrecto y aade el adecuado (actividad revisora o correctora) de forma que la replicacin prcticamente transcurre sin errores. Los huecos restantes son rellenados mediante la actividad polimerasa de la misma enzima, utilizando los fragmentos preformados de la hebra hija.
una hebra retrasada repleta de cebadores de RNA en direccin 5-3 que se deben eliminar, lo que se hace gracias a la actividad exonucleasa 5 de la DNA polimerasa 1, que los elimina.
Los huecos restantes son rellenados mediante la actividad polimerasa de la misma enzima, utilizando los fragmentos preformados de la hebra hija.
caractersticas generales de la replicacin son idnticas. La diferencia se halla en que en organismos eucariotas la replicacin tiene mltiples orgenes de replicacin
Replicacin en eucariotas
En eucariotas se han caracterizado 5 DNA polimerasas (aunque posiblemente hay ms). DNA polimerasa . Tiene actividad polimerasa y primasa de forma que es capaz de sintetizar el primer e incluso iniciar la sntesis DNA polimerasa . Tiene actividad polimerasa 5-3 y exonucleasa 3. Seria equivalente a la DNA polimerasa 3 holoenzima. Requiere la protena PCNA para que esta enzima funcione DNA polimerasa . Tiene tambin actividad polimerasa y exonucleasa 3 participa en la replicacin pero su funcin fundamental es la reparadora. DNA polimerasa . Esta implicada fundamentalmente en mecanismos de reparacin DNA polimerasa . Se trata de una polimerasa mitocondrial, que
Los huecos restantes son rellenados mediante la actividad polimerasa de la misma enzima, utilizando los fragmentos preformados de la hebra hija. Los trozos sueltos que quedan despus de sintetizar estos nuevos fragmentos deben ser unidos entre s, lo que se realiza con la enzima DNA ligasa que forma el enlace fosfodister, con energa aportada por NAD+. (En eucariotas la aporta el ATP.)
En eucariotas el DNA esta mucho ms compactado (estructura de nucleosoma) se requieren multitud de protenas que desbaraten gran parte de la estructura de la cromatina para hacer el DNA accesible.
Eucariotas se da un problema: DNA lineal quedara un extremo 10 nucletidos a los cuales los eliminara telmeros. (compactacin cromatina mas histonas)
En bacterias con una mitad del cromosoma circular se puede terminar de replicar el DNA
Todo tipo de organismos disponen de mecanismos de reparacin, ya que si no: alteraciones permanentes o mutaciones.
Los daos mas frecuentes en el DNA son: Perdida de una base Base alterada Apareamiento incorrecto Delecin-insercin Formacin de dimeros Rotura de cadenas Uniones covalentes de las cadenas
Si tenemos una base alterada 1. eliminar esa base sustituirla o eliminar todo el nucletido para tambin sustituirlo ms tarde. 2.Si sobre el dmero incide la luz UV una enzima la fotoliasa es capaz de deshacer el dao.
Personas con esta enzima defectuosa sufren de la patologa del Xeroderma pigmentoso, que se caracteriza sensibilidad a la luz- carcinogena
Existen enzimas que rastrean continuamente el DNA : endonucleasa consigue detectar el dmero y cortar la zona daada (elimina unos 10-12 nucletidos) con lo cual existe un hueco que se rellena utilizando el fragmento anterior (5-3) como cebador, y utilizando una ligasa para unir esos nucletidos. En eucariotas fundamentalmente la DNA polimerasa d y e se encargan de reparar estos huecos.
Transcripcin
Sentido
: 5 - 3
nicamente
para irreversi
de la reaccin)
Ventajas de la RNA polimerasa: No requiere helicasas No necesita cebador (3OH) Plega la doble hlice al tiempo que la copia Aade nucletidos (reiterativa)
casi todos los RNA tendrn una purina como primera base (normalmente A). (promotor)
Posicin Posicin
eficaces
secuencias de consenso
Transcripcin en bacterias
INICIACIN (1era fase) Reconoce promotor por protena Nusa RNA polimerasa ELONGACIN (2nda fase): RNA polimerasa
Velocidad de transcripcin RNA = 50m/s. Transcripcin es mas lenta No hay actividad exonucleasa (correctora) Tasa de error >.
TERMINACIN (Fase 3) ? 1. mayor concentracin de guaninas y citosinas (difcil RNA polimeraza) 2. aparicin secuencia palindrmica
Terminacin Definitiva: aparecen URACILOS no se aparean con la ADENINA del ADN. (falta gpo metilo)
Recordar: t RNA y r RNA modifican hacerse funcionales m RNA no traduce inmediatamente a protenas Ribozimas: pequeos fragmentos de RNA que cortan fragmentos de RNA (no todas las nzimas son proteinas)
Transcripcin Eucariotes
Similitudes con la transcripcin bacteriana: 1. Transcripcin selectiva: solo se transcriben segmentos de DNA. 2. Sealizacin del inicio y del final. 3. DNA molde que se conserve intacto hasta el final. 4. Nucleotidos trifosfato. 5. Mg2+ como cofactor enzimatico. 6. Todas las RNA polimerasas conocidas NO necesitan cebador No hay actividad exonucleasa correctora.
Diferencias : 3 RNA polimerasa RNA polimerasa I (genes): r RNAs grandes polimerasa II: mRNA polimerasa III: tRNA En resumen: RNA POL I = rRNA RNA POL II = mRNA RNA POL III = tRNA
Promotor Prximal : mejoran transcripcin secuencia Kposicion 75 secuencias ricas en Guanina y Citosinas secuencias distales: Activadores/Inhibidores de los factores de transcripcion. - Elementos de respuesta: tipo concreto de secuencias distales (a hormonas, a AMPC).
Elongacin y terminacin. No estn bien establecidas ya que: no hay secuencias palindrmicas si hay ralentizacin del RNA polimerasa si hay aparicin de timinas (no podra aparearse mas) Protenas similares al Rho
Modificaciones
EUCARITICOS:
ningn ARN (m, t , r) es funcional por lo que necesitar de cortes nucleasas para funcionales
Modificaciones: mRNA de eucariotas empieza a modificarse en el extremo 5 pierde un fosfato del extremo 5 por hidrlisis (enzima fosfohidrolasa) El RNA se sigue sintetizando hasta llegar una endonucleasa cortar unos 20 nucletidos por delante de dicha secuencia disponiendo ya de un extremo 3 libre.