Universidad de Cartagena Facultad de Medicina Unidad Academica de Bioqumica Programa de Postgrado

Aminocidos y Protenas

2. Periodo Acadmico Ao 2008

Aminocidos y Protenas

Aminocidos y Protenas

N J T G Y V D P

Ile

Trp Glu Phe Tyr Cys Gln Asn Leu Val Pro

Monmeros

B I F

C
R

Arg

A G

Asp Ala Lys His Gly

Thr

Gln

Met

B I O Q U I M I C A

Polmeros

V I D A

H U M A N O

G A T C A T A

A
G T C T T G

G
A C T

Ile

Arg Gln

Val Phe

Trp

Tyr

Lys

Gln

Glu

Met Thr

His Gly Asn Leu

A
C G
Cys

Pro Asp

AMINOACIDOS

Aminocidos y Protenas

Compuesto orgnico que contiene por lo menos

un grupo amino un grupo carboxilo

grupo carboxilo COOH R1 C R2 CH2 NH2

grupo amino

La presencia de estos grupos le confiere dos caractersticas importantes: 1. Sustancias anfteras 2. Sustancias formadoras de polmeros

Aminocidos y Protenas

CH2
+NH 3

CH2

CH2

CH2

CH2
+NH 3

COOLisina

-aminocidos con los cuatro grupos funcionales diferentes excepcin: glicina COOH C
+NH 3

Clasificacin:

Aminocidos y Protenas

1. Aminocidos Proteicos
hacen parte de las protenas
grupo carboxilo COOH C
+NH 3

grupo amino

R
carbono cadena lateral

Codificables

Modificados

Esenciales Dieta

No Esenciales Sintetizados por el hombre

Aminocidos y Protenas

Nombre Valina Leucina

3 letras Val Leu Met Thr Ile Trp Lys Phe His Tyr Ala

1 letra V L M T I W K F H Y A

Esenciales No Esenciales

Aminocidos Codificables: Mayoritarios

Metionina Treonina Isoleucina Triptofano Lisina Fenilalanina Histidina Tirosina Alanina

Arginina
Asparagina Acido Asprtico Cisteina Glutamina Acido Glutmico Glicina Prolina Serina

Arg
Asn Asp Cys Gln Glu Gly Pro Ser

R
N D C Q E G P S

Aminocidos y Protenas

Positivos Arg, His, Lys Polares (cargados) Polares Polares (no cargados) Ser, Tre, Gln, Asn Negativos Asp,Glu

Clasificacin

Apolares Ala, Val, Iso, leu, Met, Tyr, Trp, Phe

Casos especiales Cys, Gly, Pro

Aminocidos y Protenas

Polares (cargados) elctricamente cargados en su cadena lateral

Arginina (Arg) R

Histidina (His) H

Lisina (Lys) K

Acido Asprtico (Asp) D

Acido Glutmico (Glu) E

Negativos

Positivos

Aminocidos y Protenas

Polares (no cargados) elctricamente no cargados en su cadena lateral

Serina (Ser) S

Treonina (Thr) T

Asparagina (Asn) N

Glutamina (Gln) Q

Aminocidos y Protenas

Apolares con cadenas laterales hidrofobicas

Alanina (Ala) A Isoleucina (Ile) I

Leucina (Leu) L

Metionina (Met) M

Fenilalanina (Phe) F

Triptofano (Trp) W

Tirosina (Tyr) Y

Valina (Val) V

Aminocidos y Protenas

Casos especiales
Cisteina (Cys) C Glicina (Gly) G Prolina (Pro) P

Cistena Cistina Cistena

Aminocidos y Protenas

Aminocidos Modificables: Minoritarios Metilacin: 1- y 3- metilhistidina protenas musculares Acetilacin: acetil-lisina Hidroxilacin: 3-, 4- prolina colgeno 5-OH-lisina Fosforilacin: Fosfoserina, fosfotreonina

Carboxilacin: -carboxiglutmico
Dimerizacin: Cistena cistina Hipermodificaciones: iodacin: iodotirosina hormonas tiroideas desmosina cuatro restos de lisina lisinal desaminacin de R en la lisina

Aminocidos y Protenas

2. Aminocidos no proteicos no se encuentran en las protenas

-carboxiglutamato 4-hidroxiprolina

5-hidroxilisina

6-N-metillisina

selenocisteina

Ornitina

Citrulina

Aminocidos y Protenas

Propiedades de los aminocidos 1. Estereoisomera 2. Carcter cido-base 3. Absorbancia UV 4. Reacciones de coloracin

Estereoisomerismo de los aminocidos

L-Alanina

Aminocidos y Protenas

COOH 3 +N C CH3

Carbono quiral: posee cuatro sustituyentes diferentes

Dos estereoismeros

L-aminocido

D-aminocido

Aminocidos y Protenas

L-Gliceraldehido

D-Gliceraldehido

L-Alanina

D-Alanina

Los aminocidos en las protenas son

L-estereoismeros

Aminocidos y Protenas

Carcter Acido-Base de los aminocidos

COOH H C NH2
H2O

COOH C R Switterion Doble ion

+NH 3

R
Forma no inica

Sustancias con naturaleza dual (anfotrica), comportarse como acido y como base son llamadas ANFOLITOS (electrolitos anfotricos)

Aminocidos y Protenas

COOH Switterion C R + H+
+NH 3

COOH C R
Donador de protones

NH2

+ H+

COOH H C
+NH 3

Aceptor de protones

Aminocidos y Protenas

Aminocido neutro

pI

pK1 + pK2 2

Glicina

(equivalentes)

Aminocidos y Protenas

Aminocido cargados negativamente pK1 + pKR

Glutamato

pI

(equivalentes)

Aminocidos y Protenas

Aminocido cargado positivamente pI pKR + pK2 2

Histidina

(equivalentes)

Aminocidos y Protenas

Aminocidos y Protenas

Aminocidos y Protenas

Enlace Peptdico
las protenas son polmeros de aminocidos unidos por enlaces peptdicos
es un enlace amida formado por la condensacin entre el grupo -carboxlico y el grupo amino liberando una molcula de agua

Pptido

Aminocidos y Protenas

Aminocido 1

Aminocido 2

Amino terminal

Carboxi terminal

Aminocidos y Protenas

4 monmeros de aminocidos

Monmero 1

Monmero 2

Monmero 3

Monmero 4

Pptido

Residuo 1

Residuo 2

Residuo 3

Residuo 4

Aminocidos y Protenas

Los PEPTIDOS son cadenas de aminocidos

dipptido 2 aminocidos tripptido 3 aminocidos

pocos aminocidos Oligopptido

muchos aminocidos Polipptido

Polipptido Protena
Hemoglobina 4 polipptidos subunidades

Aminocidos y Protenas

Amino terminal

Carboxi terminal

Aminocidos y Protenas

Los pptidos se nombran empezando por el extremo amino terminal que esta colocado del lado izquierdo

L-Aspartil-L-fenilalanina metil ester (Aspartame)

Diferencias entre protenas y pptidos

Pptido Longitud Existencia biolgica < 30-50 aminocidos Origen de sntesis y sin prueba en organismos Protena > 50 aminocidos Origen natural y se encuentra en ser vivo

Aminocidos y Protenas

Protenas
son macromolculas formadas por cadenas lineales de aminocidos son biopolmeros estn determinadas genticamente, es decir, los genes determinan que protenas tendr un individuo Propiedades de las protenas Solubilidad son solubles, al incrementar el pH y/o temperatura se disminuye la solubilidad Especificidad cada protena tiene una funcin especfica determinada por su estructura primaria Efecto Tampn actan como amortiguadores de pH debido a su carcter anftero

Aminocidos y Protenas

Desnaturalizacin Proceso mediante el cual las protenas pierden sus estructuras menos la primaria pierde solubilidad en el agua y precipita se produce por cambios de temperatura variaciones de pH sales de metales pesados radiacin UV rayos X En algunos casos, las protenas desnaturalizadas pueden volver a su estado original a travs de un proceso llamado renaturalizacin

Aminocidos y Protenas

Fuerzas o enlaces que estabilizan una protena

Puentes de Hidrgeno

Atraccin electrosttica

Interaccin hidrofbica

Hlice

Lmina

Coordinacin con iones metlicos

Aminocidos y Protenas

Especificidad de algunos compuestos en la fragmentacin de las cadenas polipeptdicas Tratamiento Tripsina Quimotripsina Pepsina Endoproteinasa Lys C Bromuro de Cianogeno Asp-N-Proteasa Punto de clivaje Lys, Arg (C) Phe, Trp, Tyr (C) Phe, Trp, Tyr (C) Lys (C) Met (C) Asp, Glu (N)

Aminocidos y Protenas

Aminocidos y Protenas

Clasificacin
Segn su forma
Fibrosas: presentan cadenas polipptidas largas y una atpica estructura secundaria insolubles en agua y en soluciones acuosas Queratina, Colgeno y Fibrina Globulares: se caracterizan por doblar sus cadenas en una forma esfrica apretada o compacta dejando grupos hidrfobos hacia adentro de la protenas y grupos hidrfilos hacia afuera son solubles en solventes polares como el agua Enzimas, Anticuerpos, Hormonas, Protenas de Transporte Mixtas: posee una parte fibrilar (en el centro de la protena) y otra parte globular (en los extremos) Albmina

Aminocidos y Protenas

Segn su composicin qumica

1. Simples u Holoprotenas 2. Conjugadas o heteroprotenas
Protenas Holoprotenas Globulares Protaminas Histonas Albuminas Globulinas Fibrilares Heteroprotenas Fosfoprotenas Glucoprotenas Lipoprotenas Nucleoprotenas

Cromoprotenas

Pptidos y Protenas

Pptidos y Protenas

Arreglo espacial de tomos en la protena

CONFORMACION

Estructuras que adopte sin romper sus enlaces covalentes

Protena nativa En su conformacin y plegamiento que la hace funcional

Glicina Estructura de la protena quimiotripsina

Estructuras

Pptidos y Protenas

Niveles estructurales de las protenas Es la manera en como se organiza para adquirir cierta forma comprende cuatro niveles de organizacin, aunque el cuarto no siempre esta presente

Estructura Primaria

Estructura Secundaria

Estructura Terciaria

Estructura Cuaternaria

Residuos de aa

hlice

Cadena polipeptdica

Subunidades ensambladas

Pptidos y Protenas

Niveles estructurales de una protena 1. La estructura tridimensional esta determinada por la secuencia de aminocidos 2. La funcin de una protena depende de su estructura 3. Una protena aislada tiene solo una nica estructura 4. Las fuerzas mas importantes que estabilizan la estructura proteca son las interacciones covalentes 5. En medio del gran numero de estructuras de una protena, se puede reconocer el patrn estructural que nos ayudara a organizar nuestro entendimiento de la arquitectura de la protena

Las protenas tiene esttica, intercambian sus estructuras tridimensionales determinando en algunos casos su funcin

Pptidos y Protenas

Estructura Primaria orden de los residuos de aminocidos unidos por enlace peptdico en la protena secuencia de aminocidos

Carboxi terminal

Amino terminal

El enlace peptdico es planar y rgido

Los dems enlaces que involucran la cadena lateral pueden rotar libremente

Pptidos y Protenas

Todos los enlaces peptidicos en las protenas se dan con configuracin trans

Excepcin PROLINA

En protenas conjugadas la estructura primaria determina donde se sitan los enlaces covalentes con azucares, lpidos, grupos prostticos, etc

Pptidos y Protenas

Estructura Secundaria Conformacin local de algunas partes de la protena Hlice Conformaciones

Pptidos y Protenas

Hlice William Astbury en 1930 Rayos X repeticin de aminocidos es una conformacin estable puentes de H-amino + OH-carboxilo
Carbono

Amino terminal

Hidrgeno Oxgeno Nitrgeno Grupo R

Las cadenas laterales se disponen hacia el exterior y el enlace peptdico esta paralelo al eje de la hlice Enlaces de hidrogeno estabilizan la estructura Cada 5.2 posee 3.6 aminocidos

5.6 (3.6 residuos)

Vista transversal de una -hlice

Carboxi terminal

Vista longitudinal de una -hlice

Pptidos y Protenas

Lmina Pauling y Corey conformacin en zig-zag Antiparalelo Paralelo

Antiparalelo

Paralelo

Vista lateral

Vista lateral

Pptidos y Protenas

Giros
conectan el final de dos segmentos adyacentes de una lamina antiparalela vuelta de 180 4 aminocidos Gly y Pro son importantes tamao

Pptidos y Protenas

Cada estructura secundaria de una protena tiene aminocidos caractersticos

Hlice Lmina Giro

Pptidos y Protenas

Tipo de uniones que estabilizan el plegamiento de las protenas

2. puentes de hidrgeno, entre Thr y Ser 1. interaccin electrosttica

3. interaccin dipolo-dipolo entre dos Ser

4. unin de disulfuro, convalente, entre dos cistenas

5. interaccin hidrofbica entre Leu e Ile

Pptidos y Protenas

Estructura Terciaria orden de los residuos de aminocidos unidos por enlace peptdico en la protena secuencia de aminocidos

disposicin tridimensional de todos los tomos que componen una

protena responsable directa de sus propiedades biolgicas es el mximo nivel estructural en holoproteinas

Superplegamiento de la protena que da lugar a una estructura compacta

Pptidos y Protenas

1. Fibroso: una de las dos dimensiones en mucho mayor que la otra forma alargada, funcin estructural Colgeno -Queratina del cabello Fibroina de la seda Subunidad fundamental es una estructura secundaria repetida

Insolubles en agua alta concentracin de residuos de aa con grupos hidrofbicos

Propiedades y estructura secundaria de las protenas fibrosas Estructura -hlice, entrecruzadas por puentes disulfuro Conformaciones Caracterstica Duras, estructuras protectoras insolubles de flexibildad y dureza variable Suaves, filamentos flexibles, altamente fuertes sin tensiones Ejemplo -queratina del cabello, uas

Fibroina de la seda, colgeno de tendones

Pptidos y Protenas

- queratina
estn en cabello, uas, capa mas externa de la piel, hacen parte de los filamentos intermediarios junto con protenas del citoesqueleto Rico en aa hidrofobicos como Ala, Val, Leu, Ile, Met, Phe

-hlice de la queratina

Doble cadena superenrollada

Protofilamento

Protofibrilla

32 protofibillas

Filamento intermediario

Pptidos y Protenas

Colgeno
estn en tejido conectivo de tendones, cartlagos, matriz orgnica de la huesos y cornea de los ojos es la nica con estructura secundaria distinta a -hlice

3 aa por vuelta en 5.2 cadenas 3 cadenas

35% Gly, 11% Ala, 21% Pro e OH-Pro Gly-X-Pro Gly-X-OHPro

Pptidos y Protenas

Fibroina de la seda
producida por insectos y araas conformaciones Ala, Gly

Pptidos y Protenas

2. Globular: no hay predominio de dimensin entre las cadenas polipeptdicas se suceden estructuras secundarias al azar forma esferoidal Diversidad de estructuras determinan diversidad en sus funciones enzimas, protenas inmunoglobulinas, etc. transportadoras, reguladoras, motoras,

Conformacin

Hlice

Forma globular nativa

Pptidos y Protenas

Mioglobina primera en determinar su estructura terciaria por estudios con Rayos X

protena que transporta oxigeno en los msculos almacena oxigeno y facilita su difusin durante la contraccin muscular una cadena de 153 aa y una protoporfirina de hierro (grupo hemo)

His

Grupo Hemo Fe+3 No activa no transporta oxigeno Fe+2 activa transporta oxigeno

Pptidos y Protenas

Anlisis de las protenas globulares revelan patrones estructurales comunes motivos arreglos estables de varios elementos con estructuras secundarias y la conexin entre ellos Dominios

Pptidos y Protenas

Estructura terciaria de algunas protenas

Citocromo c

Lisozima

Ribonucleasa

Pptidos y Protenas

Mtodos para identificar la estructura terciaria de una protena

Difraccin de rayos X

Resonancia Magntica Nuclear

Pptidos y Protenas

Estructura Cuaternaria arreglo que adopta una protena con mas de una cadena polipeptdica subunidad estructural repetitiva en una protena multimerica, ya sea subunidad o un grupo de subunidades es llamado protmero oligomrica multimrica una

debe considerar 1. el numero y naturaleza de las subunidades o monmeros 2. la forma en que se asocian en el espacio

Pptidos y Protenas

Hemoglobina primera protena oligomrica con estructura cuaternaria

4 polipptidos y cuatro grupos hemo

Parte proteca: globina 2 cadenas (141 residuos) 2 cadenas (146 residuos) Dmero de -protmeros como tetrmero

Deoxyhemoglobina hemo

hemoglobina sin molculas de oxigeno unidas al grupo

Pptidos y Protenas

Desnaturalizacin y Renaturalizacin de una protena ribonucleasa