Estrutura de protenas

Prof. Dr. Francisco Prosdocimi

Nveis de Estruturas Proticas

Estrutura do aminocido

Aminocidos encontrados em protenas so isomros L

Ligaes peptdicas e o ngulo omega

Trans:

= 180

ngulos torsionais e restries espaciais

Estrutura de protenas e os ngulos torsionais

ngulos torsionais e estruturas 2D

Predio da estrutura 2D
Tipos de predio
Ab initio Por homologia Ab initio + homologia
http://www.expasy.ch/tools/#secon dary
APSSP - Advanced Protein Secondary Structure Prediction Server GOR - Garnier et al, 1996 HNN - Hierarchical Neural Network method (Guermeur, 1997) Jpred - A consensus method for protein secondary structure prediction at University of Dundee PredictProtein - PHDsec, PHDacc, PHDhtm, PHDtopology, PHDthreader, MaxHom, EvalSec from Columbia University PSIpred - Various protein structure prediction methods at Brunel University SSpro4 - Secondary structure prediction using bidirectional recurrent neural networks at University of California

Alinhamento de estruturas 2D
A conservao da estrutura 2D maior do que a da estrutura 1D 3D > 2D > 1D Permite verificar ancestralidade antiga entre genes

Mtodos experimentais de descoberta da estrutura 3D

Prof. Dr. Francisco Prosdocimi

Difrao de raios-X
Difrao a tcnica mais utilizada 84% PDB Apresenta resultado mais preciso do que o NMR No pode ser realizada com a protena em soluo
O problema da Cristalizao Metodologia delicada e complexa

A tcnica mais aplicada e mais rpida exige que se tenha conhecimento de estrutura com enovelamento bastante similar Refinamento

Cristalizao de protenas
Tcnica complexa Nem toda protena cristaliza

Condies complexas para a cristalizao

Mtodo emprico

Protena com diversos sais

Difrao de Raios-X

Resoluo da Estrutura
Produz-se um mapa de densidades eletrnicas e monta-se o quebra-cabeas Encaixe das cadeias laterais (sequenciamento)

NMR
Ressonncia nuclear magntica (RNM) Permite identificar a posio dos tomos de hidrognio (prtons) Protenas em soluo Vrias estruturas de mnima energia

Informaes sobre o PDB

Prof. Dr. Francisco Prosdocimi

Protein Data Bank

Banco de dados primrio GenBank X PDB

Novos enovelamentos

Estrutura de um arquivo PDB

Ttulo TITLE, COMPND, SOURCE, AUTHOR, REMARKS Estrutura primria DBREF, SEQADV, SEQRES, MODRES Heterotomos HET, HETNAM, HETSYN, FORMUL Estrutura secundria HELIX, SHEET, TURN Ligaes qumicas SSBOND, HYDBND, SLTBRG, CYSPEP Dados cristalogrficos CRIST1, ORIGXn, SCALEn, MTRIXn Coordenadas atmicas MODEL, ATOM, TER, HETATM

http://www.rcsb.org/pdb/ 3H1V

SCOP

Na internet
PDB http://www.rcsb.org/pdb/ Mais famoso e completo banco de dados de estrutura de protenas Protein explorer http://proteinexplorer.org Programa derivado do RasMol para a visualizao de estruturas de protenas SWISS-PDBviewer http://www.expasy.org/spdbv/ Programa para a visualizao e anlise da estrutura de protenas. Permite a realizao de mutaes, alteraes em pontes de hidrognio, ngulos de toro e distncias entre tomos

Modelagem molecular por homologia

Prof. Dr. Francisco Prosdocimi

Modelagem molecular por homologia

Por que utilizar?
Stios catalticos Stios de interao a drogas

Premissa bsica
Seqncia a ser modelada
Homologia

Seqncias homlogas

????????????? ?????????????

Similaridade

Estrutura Tridimensional

Quando utilizar a modelagem?

Problema experimentalmente difcil
Protenas de membrana Protenas glicosiladas

Problema no justifica o investimento necessrio para resolver a estrutura experimentalmente

ltimo recurso disponvel

Como utilizar?
Processo Iterativo
Alternativa Enviar a seqncia para o SWISSMODEL

Swiss-Model

http://www.expasy.org/swissmod

Modeller
Modelagem por satisfao de restries espaciais Restries espaciais obtidas de mtodos empricos Banco de dados com alinhamentos de 416 protenas de 105 famlias diferentes Distncias entre tomos so expressas em funes densidade de probabilidade

Modeller

Ramachandran
Verificao da adequao do modelo Obedincia das restries espaciais

ngulos phi e psi permitidos

CASP
Critical Assessment of Techniques for Protein Structure Prediction Competio para verificar o melhor software de predio de estrutura 3D de protenas Protenas de estrutura resolvida recentemente so dadas a bioinformatas A predio mais precisa ganha a competio Modeller-based techniques

Na internet
Modeller http://salilab.org/modeller/ Um dos programas mais utilizados para a modelagem de protenas por homologia. SWISS-MODEL http://www.expasy.org/swissmod Programa via web para a modelagem de protenas por homologia. PROCHECK http://www.biochem.ucl.ac.uk/~roman/ procheck/procheck.html Programa que checa a qualidade estereoqumica de uma estrutura de protena, gerando anlises grficas sobre a geometria espacial da protena, resduo por resduo.

Protein threading
Prof. Dr. Francisco Prosdocimi

Premissa?

Muitas vezes a seqncia pode no ser conservada, mas a estrutura sim!

Threading
Criao de modelos descritivos para o enovelamento de protenas;
Distncia entre resduos de aminocidos; Estrutura secundria dos fragmentos; Caractersticas fisico-qumicas de cada resduo e sua ordem na cadeia;

Libra http://www.ddbj.nig.ac.jp/E-mail/libra/LIBRA_I.html Programa on-line que utiliza threading para encontrar uma seqncia de resduos de aminocidos que melhor se adequem a uma estrutura terciria conhecida e vice-versa Threader Programa de predio da estrutura terciria atravs do reconhecimento do enovelamento a partir de bibliotecas alternativas

Concluses
A descoberta das estruturas das protenas permite-nos saber como ela realizada sua funo molecular

Predio de ligantes
Dinmica molecular para interao com qumicos (drogas) Bioengenharia de protenas

Aula Prtica
Modelagem de protenas por homologia utilizando o SWISS-MODEL http://www.expasy.org/swissmod Estrutura de um arquivo PDB http://www.pdb.ufmg.br http://www.pdb.org

Visualizando um arquivo PDB no Protein Explorer http://www.proteinexplorer.org