Aminocidos y Protenas

Estructura

Autor: Prof. Mario Morosano

Aminocidos y Protenas Contenidos

Protenas: Definicin.

Aminocidos: Estructura General-Grupos funcionales en el Carbono (Alfa).

Concepto de Isomera ptica-Formas L y D- Aplicacin a los aminocidos. Caractersticas de la cadena lateral-Reconocimiento y clasificacin de los aminocidos por su cadena lateral. Propiedades cido-bsicas de aminocidos. Influencia del pH sobre las cargas.

Aminocidos y Protenas Contenidos (continuacin)

Concepto de punto isoelctrico. Unin Peptdica-Concepto de Hidrlisis. Niveles de organizacin estructural de las Protenas: Estructuras Primaria, Secundaria, Terciaria y Cuaternaria. Funciones biolgicas de las Protenas-Relacin estructura/funcin. Concepto de desnaturalizacin. Agentes que la producen

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Protenas - Definicin

Las Protenas son Biopolmeros constituidos por unidades monomricas bsicas denominadas Aminocidos.

Son macromolculas, compuestos de elevado

peso molecular.

Son polmeros de 20 aminocidos que se encuentran en el organismo.

Protenas y Pptidos: Funciones

Catlisis Enzimtica.

Transporte y Almacenamiento.
Soporte Mecnico-Funciones Estructurales. Proteccin Inmunitaria.

Coagulacin.
Control de Crecimiento y Diferenciacin. Funciones Hormonales (protenas reguladoras).

Receptores y Canales de Membrana.

Contractilidad y Motilidad.

Aminocidos - Estructura General

Tienen una estructura general comn. Consiste en un tomo de Carbono (Alfa) al que estn unidos:

Carbono (Alfa)

tomo de Hidrgeno

R C

Un cido carboxlico. Un grupo amino Un tomo de hidrgeno Una cadena lateral R

Acido Carboxlico Grupo Amino Cadena Lateral

Aminocidos - Estructura General

La cadena lateral R es diferente para cada uno de los 20 aminocidos.

El tomo de Carbono se encuentra en el centro de un tetrahedro con los cuatro sustituyentes en los cuatro vrtices.

C
NH3

COOH

El Carbono es Asimtrico

Est unido por cada una de sus cuatro valencias a tomos o grupos de tomos diferentes.
R

Esta afirmacin se cumple para todos los aminocidos excepto para la glicina cuya cadena lateral es slo un tomo de Hidrgeno.
NH3

C
H

Le confiere a la molcula actividad ptica, es decir capacidad para girar el plano de la luz polarizada.

COOH

L y D Aminocidos
H C O HO
H

H C
H H

H H
H2N

H H
H

O OH OH

C
C
C

H
H

C
C C

H
NH2

C C
H

C C
H

OH

O OH

O OH

L-Gliceraldehido

D-Gliceraldehido

L-Alanina

D-Alanina

Las configuraciones absolutas de los sustituyentes en torno al Carbono (marcado con el crculo celeste) comparadas con las del Carbono asimtrico de la molcula de Gliceraldehido (marcado con el crculo rojo) determinan la pertenencia a la familia L D. Si el grupo amino se encuentra a la izquierda (como el oxhidrilo del Carbono asimtrico del L-Gliceraldehido), el aminocido pertenece a la familia L. Si est a la derecha, corresponde a la familia D.

L y D Aminocidos

Los aminocidos encontrados en las protenas del organismo son L - Aminocidos. La capacidad de hacer girar el plano de la luz polarizada hacia la derecha (dextro-rotatorio) a la izquierda (levo-rotatorio), es independiente de la pertenencia a las series D o L. En el caso de los Dextrorrotatorios se anotan con el signo + . Los Levorrotatorios se anotan con el signo -

Aminocidos
Clasificacin segn la estructura de la cadena lateral Aminocidos de cadena lateral aliftica no polar
tomo de Hidrgeno Metilo

Glicina
Alanina Valina

Cadena Lateral Ramificada

Leucina

Isoleucina

Aminocidos - Clasificacin
Aminocidos con anillos aromticos
Grupo bencnico

Fenilalanina

Grupo Fenol

Tirosina

Grupo Indlico

Triptofano

Aminocidos - Clasificacin
Aminocidos con grupos R azufrados
Grupo Tiol

Cistena

Metilo

Metionina

Aminocidos - Clasificacin
Aminocidos cidos y sus Amidas
Acido Glutmico Acido Asprtico

cido Carboxlico Grupo Amida

Glutamina

Asparragina

Aminocidos - Clasificacin
Aminocidos Bsicos
Grupo Amino en Carbono (Epsilon)

Lisina

Grupo Guanidino

Arginina

Grupo Imidazol

Histidina

Aminocidos - Clasificacin
Aminocidos de cadena lateral aliftica con grupos hidroxilos

Alcohol Primario

Serina

Alcohol Secundario

Treonina

Iminocido

Prolina

Aminocidos Clasificacin segn su polaridad

Apolares: Valina, Leucina, Isoleucina, Alanina, Cistena, Metionina, Fenilalanina , Prolina y Triptofano.
De polaridad intermedia: Glicina, Tirosina, Treonina, Serina. Polares: Lisina, Arginina, Histidina, Glutamato, Aspartato, Glutamina, Asparagina.

Aminocidos Esenciales

Esenciales: Valina Leucina Isoleucina Fenilalanina Triptofano Lisina Treonina Metionina. Relativamente Esenciales: Arginina Histidina.

Aminocidos Derivados

Cistina. Hidroxiprolina. Hidroxilisina. Desmosina. Isodesmosina. cido Gama Carboxi Glutmico.

Propiedades cido-Base
C H3
+H 3N

C C

R
R

O O-

O OH

O + H+ O-

L-Alanina

NH3+

NH2 + H+

Los Aminocidos tienen por lo menos dos grupos ionizables en su estructura (son los grupos funcionales de su estructura general comn).

Propiedades cido-Base
C H3
+H 3N

cido Carboxlico

Ion Carboxilato

C C

R R

O OH

O + H+ O-

O OH

NH3+

NH2 + H+

L-Alanina

Ion Amonio

Grupo Amino

El cido carboxlico y el ion amonio (en amarillo y verde respectivamente) son los miembros protonados de esos equilibrios. El grupo amino y el ion carboxilato son las bases conjugadas o aceptores de protones.

Propiedades cido-Base
C H3
+H 3N

cido Carboxlico H

Ion Carboxilato

C C

R R

O OH

O + H+ O-

O O-

NH3+

NH2 + H+

L-Alanina

Ion Amonio

Grupo Amino

A pH biolgico (7.4) los grupos carboxlicos existen casi completamente como su base conjugada el ion carboxilato (en blanco). Al mismo pH, los grupos amino se encuentran como grupos protonados amonio (en verde).

Propiedades cido-Base
C H3
+H 3N

C C

R R

O OH

O + H+ O-

O O-

NH3+

NH2 + H+

L-Alanina

Los aminocidos se encuentran ionizados en soluciones acuosas como se puede observar en la estructura de la L-Alanina en el panel superior izquierdo.

Como al pH biolgico contienen cargas positivas y negativas sobre la misma molcula, se dice que son iones dipolares, anfolitos o anfteros (zwitterion).
Pueden comportarse como cidos o como bases.

Propiedades cido-Base
C H3
+H 3N

C H3
H
+H 3N

C H3
H
H 2N [H+] C C H

C
C

C
C

O OH

[H+]

O O-

O O-

L-Alanina

En soluciones cidas fuertes (la flecha roja hacia la izquierda del grfico), el ion dipolar (en este caso la Alanina), capta un protn en su grupo carboxilato (en amarillo). Se comporta como base y el aminocido adquiere carga positiva.

En soluciones alcalinas fuertes (hacia la derecha del grfico) el protn del ion amonio (en verde) es cedido al medio. Se comporta como cido y el aminocido se carga negativamente.

La carga neta de un aminocido depende del pH del medio en el que se encuentra disuelto.

Propiedades cido-Base
C H3
+H 3N

C H3
H
+H 3N

C H3
H H 2N C C H

C C

C C

O OH

[H+]

O O-

[H+]

O O-

Carga +

Carga 0

Carga -

Existe un valor de pH en el cual la disociacin de cargas positivas y negativas se iguala y por lo tanto la carga neta es 0. Este valor de pH es el denominado Punto Isoelctrico.

Unin Peptdica

En los pptidos y protenas los bloques constituyentes, los aminocidos, estn unidos por medio de enlaces covalentes que se establecen entre el grupo carboxilo de uno con el grupo amino de otro. En el proceso de unin se pierde una molcula de agua y el enlace resultante es de tipo amida. Al conformar las molculas peptdicas los aminocidos se convierten en residuos de aminocidos. C H3 C H3
H

H 2N

C C

C H3

H 2N H

C C

O OH

H N H

C C

L-Alanina

O OH

H2O

O O N

C H3
C H

L-Alanina

O OH Enlace Peptdico

H C

Estructura del Enlace Peptdico

El enlace peptdico tiene algunas propiedades muy importantes para la estructura de las protenas

Es ms rgido y corto que un enlace C-N simple. Posee carcter parcial de doble enlace: no se permite giro alrededor del enlace -C-N-. No hay libertad de rotacin en los enlaces que unen al carbono carbonlico y al nitrgeno. Los tomos que participan (O, C, N, H) son co-planares. La rigidez generada por el enlace peptdico impone ciertas condiciones a las estructuras superiores de las protenas. El grupo de tomos alrededor del enlace peptdico puede adoptar dos configuraciones posibles: trans y cis.

Estructura del Enlace Peptdico

tomos Coplanares del enlace peptdico
Cadena Lateral

tomo de Oxgeno tomo de Nitrgeno Carbono Carbonlico tomo de Carbono

R Enlaces de libre rotacin

Unin Peptdica
C H3 C H3
H 2N C C H

C H3

H2 N

H N H

C C

O OH

O OH

H2O

O O N

C H3
C H

H C

L-Alanina

L-Alanina

O OH

Dipptido Alanil-Alanina

Si se unen dos aminocidos se forma un dipptido con una sola unin peptdica. Los pptidos y las protenas tienen una direccin. El primer residuo es el que corresponde al extremo amino-terminal; el ltimo es el que posee el carboxilo terminal.

Pptidos

Los aminocidos presentes en los pptidos se llaman residuos de aminocidos. Se nombran reemplazando los sufijos - ato, - ina de los aminocidos libres por ilo il. (glutamilo leucilo alanilo). Por ejemplo el tripptido formado por Alanina, Cisteina y Glicina se nombra: Alanil-Cisteinil-Glicina . La terminacin ina de la Glicina denota que el carboxilo alfa de ella no participa en la formacin de un enlace peptdico. Como los pptidos tienen direccin, en el ejemplo anterior el residuo Alanilo es el que corresponde al extremo amino terminal (el comienzo del pptido). La Glicina posee el carboxilo terminal, es decir que constituye el final de la molcula.

Pptidos

En caso de ser tres los aminocidos constituyentes, se forma un tripptido, con dos enlaces peptdicos. Una molcula con varios aminocidos es un polipptido (entre 10 y 50). El lmite entre polipptidos y protenas se ha establecido en un peso molecular de 6000 D ( el correspondiente a la Insulina que tiene unos 50 aminocidos).

S
H 2N Cys 1 Tyr 2 Phe 3 Glu 4 Asp 5

S
Cys 6 Pro 7 Arg 8 Gli 9

COO-

Este Nonapptido posee Cistena en su comienzo y Glicina en su extremo final, carboxilo-terminal. Posee adems un puente disulfuro entre las Cistenas en posicin 1 y 6.

Hidrlisis
S H2N Cys Tyr Phe H 2O Glu H 2O Asp S Cys H 2O COOH2N Gli COO-

H 2O
H2N Pro Arg COO-

H 2O

La ruptura de los enlaces covalentes peptdicos por medio de molculas de agua se denomina Hidrlisis. Se puede efectuar calentando a 110 en un fuerte medio cido o bsico o por medio de enzimas ( Enzimas Digestivas: Tripsina Quimotripsina Carboxipeptidasa). En la hidrlisis se reconstituyen los grupos amino y carboxilo a partir de los cuales se forman los enlaces peptdicos.

Pptidos y Protenas Propiedades cido-Base

Las propiedades cido-bsicas de los pptidos y las protenas dependen mnimamente de los grupos carboxilo y amino terminales y fundamentalmente de los grupos ionizables de las cadenas laterales de los residuos de aminocidos que las componen. Del mismo modo como ocurre con los aminocidos en forma individual, el pH influye sobre la carga neta de los pptidos.

A un pH superior al PI de una protena, sta estar cargada negativamente. A un pH inferior al PI tendr carga positiva.

Propiedades cido-Base

La fuerza cida relativa de los grupos ionizables (su tendencia a disociar un protn) se puede expresar en trminos del Logaritmo negativo de su constante de disociacin o pK. El pK para los grupos amino de los aminocidos se encuentra entre 9 y11. El pK de los grupos carboxilo se halla entre 2 y 3.

Para los aminocidos que tienen un solo grupo carboxilo y amino (por ejemplo la Alanina), el punto isoelctico se calcula sumando los dos pK de los grupos ionizables y dividiendo por dos.
Para los aminocidos que poseen un grupo ionizable en su cadena lateral, el procedimiento de clculo es ms complejo. Se deben sumar los pK de los grupos que se encuentran a un lado y otro de la especie isoinica y luego se divide por dos.

Protenas Conjugadas: Ejemplos

Clase
Lipoprotenas
Glucoprotenas Fosfoprotenas Flavoprotenas Hemoprotenas Metaloprotenas

Grupo Prosttico
Lpidos
Carbohidratos Grupos Fosfato Flavin Nucletidos Hierro (Hem) Metales (Fe-Zn-Cu-Ca)

Ejemplos
Lipoprotenas sricas
Inmunoglobulinas Casena (leche) Enzimas Hemoglobina Ferritina-EnzimasCalmodulina

Protenas Niveles de Jerarqua Estructural

Para comprender la organizacin y estructura de las protenas sta se ha dividido en cuatro niveles de jerarqua estructural. Asimismo se describen un par de sub-categoras.

Estructura Primaria: nmero, calidad y secuencia de aminocidos en una cadena polieptdica. Estructura Secundaria: plegamiento de segmentos cortos contiguos (hasta 30 residuos) en unidades ordenadas.

Estructura Super-secundaria (Motifs): Combinacin de estructuras secundarias.

Estructura Terciaria: disposicin espacial de toda la estructura polipeptdica.

Dominios

Estructura Cuaternaria: Conformacin en el espacio de una protena formada por ms de una cadena polipeptdica.

Estructura Primaria

La estructura primaria de pptidos y protenas se refiere al nmero, al tipo y al orden de los residuos de aminocidos presentes. Es el orden lineal o secuencia de los residuos de aminocidos comenzando por el extremo amino terminal y concluyendo por el extremo carboxilo terminal. Consiste en la estructura covalente de los residuos y la localizacin de puentes disulfuro (cistinas). El tipo de enlace caracterstico es el enlace covalente.

La secuencia de aminocidos condiciona la estructura tridimensional de la protena.

Estructura Secundaria

Consiste en las relaciones espaciales entre residuos cercanos entre s en la estructura primaria que dan origen a ciertas regularidades locales en su conformacin.

Es el ordenamiento espacial de los residuos prximos entre s en la secuencia lineal que produce conformaciones regulares
extendidas o arrolladas de segmentos de la cadena peptdica. Estas estructuras son mantenidas por puentes de hidrgeno que constituyen la forma de enlace caracterstica de este nivel estructural.

Existen dos conformaciones estructurales regulares ms estables termodinmicamente, que se hallan con mayor frecuencia en las protenas: la Hlice (Alfa) y la lmina (Beta).

Hlice Alfa

Es una Estructura Secundaria comn encontrada en protenas globulares. Su formacin es espontnea. Se estabiliza por puentes de hidrgeno dentro de la misma cadena peptdica.
3,6 residuos

Eje Central de la Hlice

Direccin del giro

Puentes de Hidrgeno

Estos se forman entre los Nitrgenos amdicos y los carbonilos que se encuentran a 4 residuos de distancia. Los grupos R (cadenas laterales) se proyectan hacia el exterior en forma perpendicular al eje de la hlice.

Hlice Alfa

Las cadenas laterales (grupos R) se proyectan hacia afuera de la hlice. Las protenas del organismo (slo contienen L- aminoacilos) desarrollan hlices dextrorotatorias, mucho ms estables. Las hlices se representan como cilindros como puede verse en la figura contigua.

Eje Central de la Hlice R

R R Puentes de Hidrgeno R

R R

Lmina Beta (Antiparalela)

Puentes de Hidrgeno

Direccin de las Cadenas

Carbonilo

Conformadas por cadenas de residuos de aminocidos extendidas, una adyacente a la otra, que forman una hoja plegada (ondulada). Las cadenas de residuos adyacentes pueden tener la misma direccin (paralelas) o estar alineadas en direccin opuesta (antiparalelas).

tomo de Oxgeno tomo de Nitrgeno tomo de Carbono Carbono carbonlico

Estructura Secundaria

El enlace entre N y C se denomina con la letra griega fi ()y el enlace entre el C y el grupo Carbonilo se denomina psi (). Las conformaciones secundarias ordenadas surgen cuando los ngulos de rotacin de los enlaces covalentes adyacentes al enlace peptdico de los residuos de aminocidos adoptan ciertos valores similares. Cuando los ngulos fi tienen -57 y los psi -47, el segmento del polipptido adopta la conformacin Hlice . Cuando estos ngulos tienen respectivamente -139 y +135, se genera la Lmina antiparalela. Cuando los ngulos son de -119 y +113 se forma la Lmina paralela (ms extendida y menos estable que la anterior). Los polipptidos tienen adems de estas conformaciones regulares segmentos de disposicin al azar, bucles y asas, curvas, giros, con diferentes ngulos en los enlaces en los residuos involucrados.

Estructura Super-Secundaria (Ingls: Motifs)

Son asociaciones definidas de elementos estructurales secundarios. Los tipos de uniones que las caracterizan son los enlaces Puentes de Hidrgeno y las uniones hidrofbicas.

Hlice

Lminas Paralelas

Estructura Super - Secundaria (Ingls: Motifs)

Hlice Asa Hlice (Hlices Alfa ) Estructura Beta-Alfa-Beta

NH2

Hlice

Beta Hairpin

Lminas Paralelas

Estructura Terciaria

Son las relaciones espaciales de residuos distantes entre s en la secuencia primaria. La forma general de plegado de una molcula nica unida por enlaces covalentes. El arreglo tridimensional de la molcula en el espacio. Enlaces caractersticos: uniones hidrofbicas en primer trmino; adems puentes de hidrgeno, uniones electrostticas, fuerzas de Van der Waals, puentes disulfuro.

Dominios

Se definen como regiones de plegado particulares dentro de una misma protena. Son regiones compactas, semi-independientes que constan de unos 100 a 150 residuos.

Los diferentes dominios que forman parte de algunas protenas pueden cumplir funciones o propsitos especficos dentro de la funcionamiento general de la protena.
Enlaces caractersticos: uniones hidrofbicas, par inico, puentes de hidrgeno, Van der Waals.

Protenas Globulares y Fibrosas

Las protenas globulares son aqullas que guardan relaciones axiles (entre sus ejes) de no ms de tres. Son compactas y aproximadamente esfricas porque ninguno de sus ejes predomina sobre los otros. La mayor parte de las enzimas y las protenas transportadoras de la sangre son globulares. En cambio, las protenas estructurales poseen conformaciones extendidas. Tienen relaciones axiles de 10 o ms. En estas protenas fibrosas, un eje predomina claramente sobre los dems.

Estructura Cuaternaria

Consiste en la asociacin de dos o ms estructuras polipeptdicas independientes, por medio de fuerzas no covalentes o por puentes disulfuro, para dar origen a una protena oligomrica o multimrica.
NH3+

Protena Dimrica Formada por dos subunidades o protmeros diferentes sealados con las flechas. Una unidad (en celeste) posee 5 hlices . La otra subunidad al frente (en color rosa) posee solo 4 hlices .
COOCOO-

Estructura Cuaternaria

Las unidades peptdicas individuales de esta protena se denominan subunidades y pueden ser idnticas o diferentes una de otra (homo y hetero-oligmeros). Los tipos de enlaces que caracterizan este nivel estructural son: uniones hidrofbicas, electrostticas, puentes de hidrgeno, fuerzas de Van Der Waals, puentes disulfuro.
NH3+

COO-

COO-

Desnaturalizacin

Consiste en la ruptura de las uniones que determinan la estructura secundaria terciaria y cuaternaria de una protena. Pierde su conformacin nativa. En el proceso de desnaturalizacin se conserva la estructura primaria. La protena desnaturalizada pierde su actividad biolgica (funcin), y se torna insoluble. Agentes desnaturalizantes: calor, pH extremos, agentes qumicos, detergentes,etc.

Bibliografa

Devlin Thomas. Bioqumica Libro de Texto con aplicaciones clnicas. Ed. Revert 2 Edicin (1989). Stryer Lubert Bioqumica. Ed. Revert 3 edicin (1990). Kuchel Philip, Ralston Gregory. Bioqumica General. Mc Graw Hill 1 edicin (1994). Roskoski jr, Robert. Biochemistry. Saunders Company 1st edition (1996). Murray R, Granner D, Rodwell V. Harper Bioqumica ilustrada. 17 ed. El Manual Moderno (2007). Blanco Antonio. Qumica Biolgica. 7. Edicin