BIOQUMICA

La cintica enzimtica como mtodo para comprender el mecanismo.

La concentracin de sustrato afecta a la velocidad de las reacciones catalizadas por enzimas

Concentracin de sustrato presente, [S], afecta la velocidad de una reaccin catalizada por una enzima.

Velocidades iniciales de las reacciones catalizadas enzimticamente.

 Efecto

de la concentracin de sustrato sobre la velocidad inicial de una reaccin catalizada por un enzima.

 Victor Teora

Henri; Wurtz 1903/ E + S ES. general de la accin enzimtica,

1913 /

Estado estacionario/ concentracin [ES]. Estado preestacionario/ cont. [ES] /cintica de estado estacionario.

La relacin entre concentracin de sustrato y velocidad de reaccin enzimtica se puede expresar cuantitativamente

Es una forma general de representar la relacin entre [S] y la v0 para la mayora de las enzimas. Se puede representar con la ecuacin de Michaelis-Menten.

Ecuacin de Michaelis-Menten

Dedujeron la ecuacin a partir de una hiptesis bsica : El paso limitante de velocidad en las reacciones enzimticas es la descomposicin del complejo ES para formar el producto y la enzima libre

Trminos importantes vmax, v0, [S] y constante de Michaelis (Km)

Michaelis - Menten propusieron un modelo simple para explicar la mayora de las reacciones catalizadas por enzimas. En este modelo la enzima se combina reversiblemente con su sustrato para formar el complejo enzima-sustrato (ES) que subsecuentemente se rompe para formar el producto, hecho que regenera a la enzima. El modelo para una molcula de sustrato se muestra a continuacin:

S es el substrato E es la enzima ES es el complejo enzima substrato o complejo de Michaelis y Menten k1,k-1 y k2 son las constantes de velocidad de la reaccin.

A partir del modelo anterior podemos hacer la deduccin de la siguiente ecuacin :

V0 viene dado por la descomposicin de ES para dar producto que viene fijado por [ES] :

Introduciremos ahora el trmino [Et ], representa la concentracin total de enzima. La enzima libre o no fijado se puede representar por tanto como:

[Et] - [ES]

Expresin de v0 en funcin de parmetros.

Paso 1.

Velocidad de formacin

Velocidad de descomposicin

o Paso 2. o La velocidad inicial de reaccin refleja un estado estacionario en el que [ES] es constante, por lo tanto la velocidad de formacin ES, es igual a la velocidad de descomposicin.

Hiptesis del estado estacionario

o Paso 3.

Sumando el trmino k1[ES][S]

Despejamos [ES]

Simplificando

(2 +1 ) 1

Km =

o Paso 4.

[ES] = [Et ] Vmax = k2 [Et ]

Ecuacin de Michaelis Menten la ecuacin de velocidad.

Dividir por vmax

Despejamos km obtenemos km + S = 2[S]

Definicin practica de km : km es equivalente a la concentracin de sustrato a la cual v0 es la mitad de vmax .

Los parmetros cinticos se utilizan para comparar actividades enzimticas

Cintica

K m S

de Michaelis-Menten
cuando

1 V0 Vm ax 2

Es vlida para todos las enzimas que siguen la cintica de Michaelis-Menten , a excepcin de las enzimas reguladoras.

 Vmax sta

y Km pueden cambiar de un enzima a otro.

es una limitacin importante de la aproximacin del estado estacionario a la cintica enzimtica. cintica del estado estacionario representa el lenguaje estndar mediante el cual se caracterizan y comparan las eficacias catalticas de las enzimas.

La

Aproximacin de Km es utilizando una grfica de doble recproca.

Ecn. Michaelis - Menten

0 =
Inversamente

1 + = 0
Separando los componentes

1 0

1 0

1
Grfico de dobles recprocos o de Lineweaver-Burk

La Km puede variar considerablemente de una enzima a otra, e incluso para diferentes sustratos de la misma enzima.

Km depende de aspectos especficos de la reaccin, como el nmero y velocidades relativas de los pasos individuales de la reaccin.

k 2 k 1 Km k1

Cuando K2<< K-1, Km se simplifica a K-1/K1 se define como constante de disociacin, Kd, del complejo ES. Cuando K2>> K-1 , km=k2/k1

Vmax tambin vara mucho de una enzima a otra. Michaelis-Menten de dos pasos, Vmax= k2[Et] k2 es el paso limitante de velocidad.

= 3 = 3 =

0 = +

Kcat nmero de recambio

Muchas enzimas catalizan reacciones en la que intervienen dos o ms sustratos

[S] afecta la V; (S P)

Las reacciones enzimticas en las que hay dos sustratos implican normalmente la transferencia de un tomo o un grupo funcional de un sustrato a otro.

E y S; se unen formando un complejo ternario. Azar; unin de S en cualquier orden. Ordenada; unin S1 y S2.

enzima modificado. forma E covalentemente, S2. pong o de desplazamiento.

S1,

Ping

 Complejo

ternario en la reaccin.

Ruta

ping pong o de desplazamiento.

La cintica de estado pre-estacionario puede aportar pruebas sobre pasos especficos de la reaccin
;

Disponer

de una visin completa y cuantitativa del transcurso energtico de una reaccin. Medir velocidades.

Observar

los acontecimientos.

Las enzimas estn sujetos a inhibicin reversible o irreversible.

Los

inhibidores enzimticos son molculas que interfieren en la catalisis,enlentencindola o deteniendo las rxns enzimticas. Los inhibidores enzimticos se encuentran en los agentes farmacuticos. La aspirina, inhibe la enzima que cataliza la sntesis de prostaglandinas, la cual produce el dolor.

Las enzimas estn sujetos a inhibicin reversible o irreversible.

Hay

dos amplias clases de inhibidores enzimticos : Reversibles Irreversibles

Inhibicin Reversible: Existen tres tipos: Inhibicin competitiva: un inhibidor competitivo compite con el sustrato por el sitio activo de la enzima. Muchos inhibidores competitivos son estructuralmente similares al sustrato , que al combinarse con la enzima forma un complejo EI, que no conduce a la catlisis.

Las enzimas estn sujetos a inhibicin reversible o irreversible.

 Ecuacin

Michaelis-Menten

Acompetitivo Un inhibidor acompetitivo es el que se fija a un sitio distinto del que se fija el sustrato en el sitio activo y solo se une al complejo ES.

Inhibidor

Las enzimas estn sujetos a inhibicin reversible o irreversible.

 Ecuacin

Las enzimas estn sujetos a inhibicin reversible o irreversible.

Michaelis-Menten

Las enzimas estn sujetos a inhibicin reversible o irreversible.

mixto Se fija a un sitio distinto al sustrato, pero se fija tanto a E como a ES.
Inhibidor

Normalmente un inhibidor mixto afecta tanto a km como Vmax. El caso especial en el que, = se define como inhibicion no competitiva.

Las inhibiciones mixtas y acompetitiva solo se observan en enzimas con dos o ms sustratos. Los patrones reales de inhibicin observados dependen de si los acontecimientos de fijacin s1 y s2 son ordenados o se producen al azar, y por consiguiente se puede determinar el orden en que los sustratos se fijan y los productos se liberan del sitio activo.

Las enzimas estn sujetos a inhibicin reversible o irrerversible.

Inhibicin Irreversible. Se unen de manera covalente, destruyen un grupo funcional de la enzima que es esencial para su actividad o forman una asociacin no covalente muy estable.

Las enzimas estn sujetos a inhibicin reversible o irreversible.

Las enzimas estn sujetos a inhibicin reversible o irreversible.

Los

aminocidos con funciones catalticas clave en el sitio activo pueden ser identificados, en ocasiones determinando que aminocido se ha unido covalentemente a un inhibidor despus de la inactivacin de la enzima

Las enzimas estn sujetos a inhibicin reversible o irreversible.

Inhibidores

Suicidas Son relativamente poco reactivos. Utilizan el mecanismo de reaccin enzimtico normal para activar la enzima. Los inhibidores suicidas juegan un papel central en el diseo racional de frmacos.

La actividad enzimtica depende del pH

Enzimas

pH ptimo o intervalo de pH

Actividad mxima

Cadenas laterales de aminocidos

Enzima
Cadenas laterales ionizadas

Actan como cidos o bases dbiles desarrollando funciones crticas en el sitio activo de la enzima, dependiendo del mantenimiento de un cierto estado de ionizacin.

Juegan un papel esencial en las interacciones que mantiene la protena.

El intervalo de pH en el que cambia la actividad de la enzima puede proporcionar alguna pista sobre que tipo de aminocido est implicado.