Aminoacidet dhe proteinat

Aminoacidet kane nje strukture te perbashket te perbere nga nje

grup bazik NH2 dhe nga nje grup acid COOH dhe plus nje radikal ose
grup funksional zevendesues.
Keto grupe jane te lidhura me te njejtin atom karboni qe quhet
atomi alfa prandaj quhen edhe me emrin aminoacide alfa.
Ndryshojne midis tyre nga prezenca e vargut te grupit R .
Mund te ndahen ne aminoacide proteike, aminoacide proteike
postsintetike, aminoacide joproteike.
Atomet e karbonit te gjendura ne nje biomolekule mund te identifikohen
me numra.
Regulli I pergjithshem
Grupet funksionale kane nje renditje ne baze te prioritetit acidet, anidridet,
asteret, aldeidet, chetonet,alkolet dhe kjo renditje eshte ne duke filluar nga
ata me prioriet me te madh tek ata me prioritet me te vogel.
Grupit funksional I vihet nje numur duke filluar nga numri 1, ndersa shkronjat
e alfabetit grek shenohen per te treguar numrin e karbonit prezent.

4 3 2 1
C C C C C C C COOH

Aminoacidet proteinike

Ne proteina jane prezente 20 tipe grupesh radikale R qe ndryshojne midis tyre nga:
- Struktura
- Permasa
- Ngarkesa
- Aftesia per te formuar lidhje hidrogjenore
- Hidrofobia
- Reaktiviteti kimik
Dhe ne kete menyre u japin jete 20 tipeve te ndryshme aminoacide.
Ne baze te grupit R mund te klasifikohen ne:
- a.a me grup R alifatik, jopolar
- A.a me grup R aromatik
- A.a me grup R polar pa ngarkese
- A.a me frup R te ngarkura pozitivisht
- a.a me grup R te ngarkuar negativisht
Aminoacide me grup R alifatik, jopolar
Aminoacide me grup R aromatk
Strukture ciklike (fenil) Hidroksifenil -Indol

Aminoacide me grupe R polare jo me ngarkese (hidrofile)
Aminoacide me grup R te ngarkuar pozitivisht (bazike)
Grup aminik grup guanidinik
imidazolik
Aminoacide me grup R te ngarkuar negativisht (acide)
Aminoacidet proteike mund te klasifikohen ne esenciale ,
joesenciale dhe gjysemesenciale.
Esenciale kur orgnizmi nuk eshte ne gjendje qe ti sintetizoje dhe
duhet ti marre nepermjet ushqimit
Jo esenciale qe organizmi eshte ne gjendje ti sintetizoje.
Gjysemesenciale qe vetem nje organizem I rritur mund ti sintetizoje.

Aminoacidet posrsintetike
Krijohen si derivate dhe modifikimi kimike te nje nga aminoacidet
pasi jane futur ne proteine
Aminoacide joproteinike
Gjenden pothuajse gjithmone ne gjendje te lire
Jane te quajtur ne kete menyre sepse nuk marrin pjese ne ndertimin
e proteinave, por marrin pjese ne ndertimin e derivateve
metabolike.

Kur folem per organizimin e aminoacideve thame qe kane nje grup
acid dhe nje grup bazik.
Acidet mund te quhen si dhurues se protoneve ndersa bazat si
pranuese te protoneve. Dhe midis tyre krijohet nje kopje acid-baze.


Ph ne te cilin shperbehet grupi NH3+













ph ne te cilen disocohet grupi COOH

Gjithe aminoacidet pervec glicines, paraqesin atomin e karbonit alfa
te lidhur me kater grupe te ndryshme.
Qendra e karbonit C alfa eshte nje qender kirale ose asimetrike duke
krijuar mundesine e formimit te dy enantiomereve.

Sipas numrit te aminoacideve te ndodhur ne strukture mund te kemi
klasifikimin :
2-10 a.a -> quhet dipepid
10 e me shume -> polipetid
100 a.a quhet -> proteine
Ne nje varg polipeptidik mund te identifikojme : nje varg kryesor dhe
nje varg anesor.
Vargu kryesor I cili ka ne perberje te gjitha atomet qe marrin pjese ne
lidhje peptdike.
Vargu anesor eshte I perbere nga atomet qe I perkasin grupeve R.

Organizimi struktural I proteinave
Struktura primare eshte nje sekuence aminoacidesh te lidhura me
lidhje kovalente
Struktura dytesore eshte e perbere nga perthyerje te vargjjeve ne
zona te caktuara te aminoacideve te lidhura ne afersi me njera
tjetren.
Struktura terziare eshte e perbere nga palosje te metejme te
struktures sekondare.
Struktura kauternare eshte e perbere nga agregate katenash
identike ose te ndryshme.

Strukture sekondare
Ne forme elikeje alfa, strukture beta , ose trefishe me elike te zgjatuar
te cilat jane pjese perberese e proteinave fibroze.
Alfa elika eshte palosja e nje vargu perreth nje aksi .

Struktura beta
Ka nje konformacion me te shtrire. Vargu beta merr nje drejtim zig-
zag
Beta mund te jete ne forme paralele dhe antiparalele.

Struktura beta e perzjere.

Strukture supersekondare
Kombinimi I strukturave dytesore per te dhene forma me te
qendrueshem.

Struktura kuatenare
Bashkimi I shume vargjeve polipetidike ne baze te nje gjeometrie te
caktuar nepermjet lidhjeve jo kovalente :
- Lidhje elektrostatike
- Lidhje hidrogjenore
- Lidhje hidrofobike

- Nennjesi homogjene -> te perbera nga struktura homogjene.
- Nennjesi te ndryshme -> te perber nga struktura heterogjene.
Klasifikimi I proteinave
1. Perberja
2. Struktura
3. Funksioni

Perberja

Proteina te thjeshta -> te perbera nga vetem aminoacide
Proteina te koniuguara -> te perberenga aminoacide dhe
molekula te tjera si psh lipoproteina, glikoproteina,
nukleoproteina, metaloproteina, kromoproteina.


Struktura
Proteina fibroze -> forma molekulare te zgjatuara me sasi te
madhe te prezences te strukturave dytesore.
Proteina globulare -> forme molekulare sferoide, me
struktura terziare dhe kuatenare.
Funksioni
Enzimatik
Rrit shpejtesine e reaksionit
Transporti
Nepermjet indeve ose nepermjet membranave qelizore ( albumina, emoglobulina)
Depozite
Forma depozite pak a shume specifike
Mbrojtese
Psh kundertrupat
Kontraktil
Kontraktimi ndodh fale proteinave fibroze.
Rregullim hormonal
Psh insulina
Struktura
Psh kolagjeni ose elastina
Receptorial
Lejojne kapjen e nje enjali ose trasmetojne nje pergjigje qelizore.


Protenat globulare
Mioglobina e ndertuar nga 1 njesi
Emoglobina e ndertuar nga 4 njesi.
proteina te koniugurar -> cdo nenjesi eshte formuar nga nje pjese
proteinke dhe nje pjese prostetike
Kromoproteine -> proteina qe permbajne pigment

funksioni
Lidhin, trasportojne, depozitojne oksigjenin.

Mioglobulina
Proteina globulare te formuara nga 153 aminoacide, 75% prej te
cilave me konformim alfa elike.
E ndertuar mga 8 segmente elikoidale te bashkuar midis tyre me
palosje te rastesishme .

Hemoglobina
Hemoglobina mund te modifikoje afinitetin e saj per oksigjenin ne
baze te disa faktoeve:

Presioni I CO2
Perqendrimi I H+
Temperatura
duke rritur perqendrimin e CO2 ulet afiniteti I hemoglobines per
oksigjenin.
Duke ulur ph, ulet afiniteti I HG per oksigjenin.
Duke rritur temperaturen, ulet afiniteti per oksigjenin.

Derivate te hemoglobines

Metaemoglobina -> eshte emoglobina e oksiduar e paafte per te
lidhur oksigjenin
Karboksiemoglobina -> emoglobina lidh CO me hekurin 2+ dhe ka
afinitet 200 her me te madhe lidhjeje sesa me oksigjenin.