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O que a vida?
Qual a origem da vida?

Luis Alcacer
IST, Lisboa
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Adaptada de Figura em John Barrow's "The Artful Universe"
Razo entre o raio
da Terra e o raio
da Universo:
1.5x10
20

3

No havia espao, nem
tempo. Nem matria, nem
energia. Era o "vcuo" (o
"nada"). Mas, o "vcuo"
tambm no existia. Era
apenas um estado
quntico.
Nos primeiros 10
-43
s os
fsicos no sabem bem o
que aconteceu. Isso foi h
cerca de 15 mil milhes de
anos! Deram-lhe o nome
de "Big Bang". A partir da,
a fsica tem uma teoria
relativamente bem
fundamentada, suportada
por observaes da
radiao csmica.
A Terra deve ter-se
formado h cerca de 4,56
mil milhes de anos.
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POSSVEIS ORIGENS DA VIDA:
Extra-terrestre (Panspermia):
Esta ideia suportada por vrios dados sobre a observo de
molculas da vida em meteoritos, nomeadamente um que caiu em
1969, em Allende, no Mxico onde foi detectada evidncia de
aminocidos (exticos que no aparecem nos sistemas vivos
conhecidos!).
Esta hiptese considerada incorrecta, embora em 1996, a NASA
tenha publicado um relatrio em que defendia a hiptese de que h
vestgios de vida em Marte e afirmou ter na sua posse microfsseis de
organismos do tipo bactria, com 3,6 mil milhes de anos.

Dos cerca de 24 000 meteoritos descobertos na Terra, s 34 foram
identificados como vindos de Marte. Estes so os meteoritos em
que a NASA diz haver vestgios de vida:


Um meteorito de
Marte (m= 452.6
gramas)

Um meteorito de Marte
(m= 245.4 gramas.)
5
Pesa 1,9 kg, foi
encontrada em 1984 no
Antartico, e pensa-se que
tem 4,5 mil milhes de
anos. O meteorito
ALH84001
provavelmente a pedra
mais discutida no mundo.
Alguns cientistas
suspeitam que as formas
observadas pelo
microscpio electrnico de
varrimento (SEM) sejam
apenas de origem mineral.
David McKay do Centro
Espacial Lyndon B. Johnson
assegurou em 1996, que
so micrbios marcianos
fossilizados.
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Origem Qumica:
A descoberta da sntese da ureia em 1828 por Friedrich Woehler, a
partir do cianato de amnio (sal inorgnico). Esta sntese derrubou a
teoria de que os compostos orgnicos s poderiam ser sintetizados
pelos organismos vivos (teoria da fora vital).

Em 1922 o cientista russo Oparin sugeriu que a vida da clula foi
precedida de um perodo de evoluo qumica.

Em 1953, Stanley Miller (na Universidae de Chicago), ento com 23
anos, realizou uma experincia que ficou clebre:
Colocou num reactor (balo), uma mistura de amnia, hidrognio e
vapor de gua (a que se chamou depois, a sopa primitiva). Queria
assim simular a atmosfera primitiva. Depois de selar o reactor,
provocou sucessivas descargas elctricas no seu interior. Duas
semanas depois (e muitas descargas) o lquido comeou a mudar
de cor. Quando o analisou encontrou pelo menos dois aminocidos,
a alanina e a glicina.
Stanley Miller
(7/3/193020/5/2007)
7
"A production of amino
acids under possible
primitive Earth
conditions

Science 1953; 117: 528-
529.
Produtos obtidos na experincia de Miller:
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As interaces entre estas molculas poderiam levar formao de molculas mais complexas.
A formao de cidos nucleicos poderia ser um indcio de vida pr-celular.
De facto, em experincias posteriores (com outros reagentes inorgnicos simples) foram
detectados cidos nucleicos.
A adenina poderia ser obtida a partir da polimerizao de cianeto (que se poderia facilmente
formar numa atmosfera primitiva):


A adenina e outras bases poderiam, na presena de cidos nucleicos, auto-organizar-se e
formar hlices. Eventualmente, estes elementos pr-celulares poderiam ser envolvidos por
uma membrana (lpido-protena) dando origem a clulas primitivas.
Do ponto de vista da bioqumica, os sistemas vivos distinguem-se pelas seguintes
caractersticas:
1) A capacidade de replicao.
2) A presena de enzimas e outras molculas complexas necessrias aos sistemas vivos.
3) A membrana que separa os constituintes qumicos do ambiente exterior. Sidney W.
Fox produziu esferas proteinides, que embora no sejam clulas, sugerem uma via
possvel para a vida celular.
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A existncia de fsseis coloca a origem da vida a pelo menos 3,5 mil milhes de
anos. H mesmo vestgios fsseis de clulas primitivas em rochas da Groenlndia
com pelo menos 3,8 mil milhes de anos.

As rochas mais antigas que se conhecem datam de cerca de 3,96 mil milhes de
anos e so originrias do rtico (Canad). Assim, provvel que a vida tenha tido
incio pouco depois do arrefecimento da Terra e da formao da atmosfera e dos
oceanos.

Estes fsseis ocorrem em rochas marinhas sedimentares, que se formarm nos
oceanos antigos. Os organismos vivos actuais mais parecidos com as formas de
vida primitivas so as arquibactrias.

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De entre as molculas que havia na Terra antes do aparecimento da vida (h
3 ou 4 mil milhes de anos) estavam provavelmente a gua, o dixido de
carbono, o metano e a amnia.
Em dado momento formou-se, por causas ainda obscuras (e.g. Processo de
Miller), uma molcula capaz de criar cpias de si mesma: um "replicador",
que actuava como modelo, no caldo rico nos blocos moleculares
necessrios formao de cpias.
Surgiram entretanto vrios replicadores que competiam entre si pelos
tais blocos. As variedades menos favorecidas ter-se-o extinguido. As
que sobreviveram construram "mquinas de sobrevivncia" dentro
das quais pudessem viver.
Actualmente os replicadores so os genes e as "mquinas de sobrevivncia"
somos ns!
Richard Dawkins, O Gene Egosta, Gradiva, 3 edio, 2003
O gene uma "entidade molecular" de extraordinria estabilidade s assim se
justifica a sua sobrevivncia. Essa estabilidade de molculas e agregados s se pode
explicar, pela ligao qumica e pelas interaces intermoleculares (e.g., ADN = 2
hlices enroladas uma sobre a outra!). A teoria que explica a ligao qumica e
estabilidade das molculas a teoria QUNTICA.
Como apareceu a vida e como evoluiu?
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Metabolismo (os tomos que constituem o ser vivo no so permanentes, mas
retirados do meio ambiente e combinados para formar os vrios compostos
qumicos e depois devolvidos ao meio ambiente) ciclo autocataltico
Replicao (Hereditariedade -informao gentica) molcula informacional
The origins of life. From the Birth of Life to the Origins of Language
John Maynard Smith and Ers Szathmry, Oxford University Press. 1999
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Processo evolutivo: transies (descontinuidades)
Molcul as repl i cadoras Popul aes de molcul as em protocl ul as
Repl i cadores i ndependentes Cromossomas
ARN como gene e enzi ma Genes de ADN e protei nas-enzi mas
Cl ul as bacteri anas(procari otes) Cl ul as com ncl eos e organel os(eucari otes)
Cl ones assexuados Popul aoes sexuadas
Organi smos uni cel ul ares Ani mai s, pl antas e fungos
Indi vi duos sol i t ri os Colni as com castas no reprodutvei s (abel has, etc)
Soci edades primatas Soci edade humana (lngua)

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Cada cadeia da molcula de ADN
original actua como molde para a
sntese de uma nova cadeia
complementar.

As duas cadeias so separadas
pelas enzimas. Com a assistncia
de outras enzimas, as componentes
disponveis no interior da clula so
ligadas s cadeias individuais
segundo regras de
complementaridade
(emparelhamento das bases)
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Origins of life, Freeman Dyson, Cambridge University Press, 1999 2
FD cita von Newmann (1948) que faz a analogia de um organismo vivo com
um automato (computador). O hardware constitudo sobretudo pelas
protenas (essenciais para o metabolismo) e o software, o cdigo gentico
no ADN.

Um automato composto de hardware sem software pode existir e manter o
metabolismo. Pode viver independente enquanto encontrar alimentos. Um
automato com software e sem hardware s pode viver como parasita.
FD defende a origem da vida como dual:
Ou comeou simultaneamente com as funes de metabolismo e
replicao presentes no mesmo organismo desde o princpio.

Ou teve duas fases, com dois tipos de criaturas separadas: uma capaz de
metabolismo sem replicao e outra capaz de replicao sem
metabolismo

Se comeou em duas fases, a primeira deve ter sido com molculas semlhantes
a protenas, e a segunda com molculas parecidas com cidos nucleicos

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A vida definida como um sistema qumico capaz
de transferir a sua informao molecular por auto-
reproduo e que capaz de evoluir.
Ingredientes necessrios vida:
Todos os cientistas esto de acordo que a gua essencial para a vida evoluir e sobreviver. Os blocos
elementares que so necessrios so o carbono, o oxignio, o hidrognio e o azoto. Para que se reaces
qumicas se processem tambm necessria energia.

As molculas simples deram origem a molculas mais complexas (aminocidos) nos mares da Terra
primitiva. A energia necessria pode ter vindo das tempestades ou de fontes quentes do interior da Terra.
Os aminocidos deram origem s protenas e ao AND que tem a capacidade de se replicar. Transporta o
cdigo para gerar um ser vivo.

H tambm cientistas que acreditam que a vida veio do espao, trazida por um cometa!
Os aminocidos,
elementos constituintes
da matria viva, podero
ter-se formado em gros
de poeira csmica no
espao interestelar
(ilustrao da ESA)
O que a vida?
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A vida um fenmeno emergente complexo. Como tal governado um conjunto
de regras de seleco, que controlam o modo como os agentes (as clulas, os
orgos, etc.) interactuam uns com os outros.
Todos os seres vivos tm clulas (?).
Cada clula delimitada por uma membrana e contm um
conjunto completo de instrues para a sua operao e
reproduo. Todas as clulas usam o mesmo sistema
operativo: ADN ARNprotenas
A caracterstica esssencial das
clulas vivas a HOMEOSTASE
abilidade de manter um balano
qumico estacionrio e mais ou
menos constante num ambiente em
mudana.

A homeostase o conjunto de
mecanismos de controle qumico e
de feedback que assegura que, na
clula, cada espcie molecular
produzida nas propores
adequadas, nem demais, nem de
menos.
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Clula viva
Dimenses: 10 - 100 m
(micron)

Numa clula viva h cerca
de 10 000 protenas que se
movem de modo
organizado.

Cada clula sabe a sua
posio no organismo,
pensa-se que,
comunicando com as
vizinhas.

A origem evolutiva da clula
est relacioanda com a
origem da vida.

No se sabe quase nada!
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O que a vida? E. Schrdinger, 1943
O Funcionamento de um organismo requer leis fsicas exactas
Os tomos individuais tm comportamento aleatrio. o facto de lidarmos com
grandes nmeros de tomos (da ordem de 10
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) que o comportamento da
matria nos parece regido por leis fsicas exactas.
Hereditariedade
Diviso celular. Processo de duplicao
Seleco natural. Estabilidade e mutaes bruscas (mecnica quntica
enorme estabilidade do gene estados descontnuos e saltos qunticos)

A vida parece ser comportamento ordenado da matria, no baseado na
tendncia para passar da ordem desordem (segundo princpio da
Termodinmica), mas sim na ordem existente, que se perpetua, ou mesmo na
passagem da desordem ordem (auto-organizao e self-assembly).

Parece violar o segundo princpio da Termodinmica. De facto a matria viva
alimenta-se de entropia negativa!
A organizao mantm-se, extraindo a ordem (entropia negativa) do meio
ambiente (a partir da desordem, ou melhor disperso) ou a partir da ordem
pr-existente (mais provvel).
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Self-assembly" (auto-agregao) e "auto-organizao".

Self-assembly (auto-agregao) molecular: associao espontnea de molculas, em
condies de equilbrio, de modo a formar agregados estruturalmente bem definidos, ligados por
ligaes qumicas fracas (no-covalentes).

No esquecer os aspectos termodinmicos a competio entre a entalpia e entropia na energia
de Gibbs que tende sempre para um mnimo (equilbrio) na self-assembly.

Auto-organizao
A auto-organizao um processo complexo, e dinmico, que ocorre longe do equilbrio
termodinmico e implica que o sistema deve ser aberto (receber energia e/ou informao).


O conceito de emergncia surge associado complexidade.
J Aristoteles, h mais de 2000 anos, escrevia na Metafisca, que "o todo algo de diferente
e acima das suas partes, e no apenas a soma de todas elas.
Foi no entanto no sculo XIX que essa ideia surgiu entre os bilogos para explicar como
alguns aspectos dos seres vivos so estveis e reprodutveis, enquanto que as leis
microscpicas da qumica donde descendem so aleatrias e probabilsticas.
Os especialistas consideram que os fenmenos emergentes so governados por regras de
seleco, que controlam o modo como os agentes interactuam uns com os outros. Essas
regras so muitas vezes expressas em modelos matemticos. curioso como um pequeno
conjunto de regras simples pode gerar comportamentos de grande complexidade.
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Princpios de self-assembly molecular em biologia:

i) Associao de interaces fracas de modo a dar uma
estrutura final que corresponde a um mnimo termodinmico.




ii) S esto normalmente envolvidos poucos tipos de
molculas minimizando a informao requerida para uma
determindada estrutura: 20 aminocidos, uns poucos
nucletidos, uma dzia de lpidos, 2 dzias de acares +
alguns intermedirios

iii) Cooperatividade
DG = DH - TDS 0
Condio de espontaneidade
Onde vo os sistemas vivos buscar a entropia negativa?
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A Biosfera absorve fotes quentes do Sol
e emite fotes frios de maior
comprimento de onda.
O fluxo de energia e entropia
equivalente ao total da energia e entropia
do circulo da vida.
Trs subsistemas termodinmicos: o
Sol, a Bioesfera e o Universo.
A Bioesfera extrai entropia negativa no
processo de troca de fotes quentes
(T=5800 K) por fotes frios (T=280 K).
Este processo responsvel pela
misteriosa Fora Vital que parece
desafiar a segunda lei
daTermodinmica.
A Energia do Sol altamente
organizada e transportada por fotes.
Balano da entropia para a Bioesfera:
O fluxo de entropia recebida pela Bioesfera dS/dT = 5,6x10
36
bits s
-1
(a T=5800 K)
O fluxo

de entropia emitida pela Bioesfera dS/dT = 122x10
36
bits s
-1
O influxo de entropia negativa responsvel pela formao e manuteno da vida na Terra
dS
INPUT
/dT = 1,16x10
38
bits s
-1
http://www.digital-recordings.com/publ/publife.html
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possvel criar um ser vivo artificial a partir de matria inorgnica?

A experincia de Miller levou ideia de criar vida artificial. Tem havido muitas
tentativas. David W. Deamer, por exemplo, da Universidade da Califrnia, Santa Cruz
lanou a ideia de criar uma protoclula (clula primitiva) h cerca de 30 anos.
Segundo ele, a protoclula deveria satisfazer 12 requesitos, nomeadamente, ter uma
membrana que capta energia, manter gradientes de concentrao de ies, confinar
macromolculas e dividir-se. As macromolculas devem poder crescer por
polimerizao, evoluir, armazenar informao, ter a possibilidade de sofrer mutaes,
promover o crescimento de polmeros catalticos. Vrios laboratrios j conseguiram
estes requisitos, mas ainda faltam dois: i) a clula deve conter genes e enzimas que
podem ser replicados e ii) esses genes devem ser partilhados entre as clulas filhas.
David W. Deamer espera que, na prxima dcada, seja possvel atingir estes
objectivos, talvez atravs de uma enzima que se duplica, e actue simultaneamente
como material gentico e catalisador.

Albert Libchaber da Rockefeller University processou um plasmdio (clula com vrios
ncleos, formada atravs da diviso de um ncleo inicial) que gera protenas e as coloca em
sacos de membranas.
Estas clulas (que funcionam) sobrevivem por 4 dias, mas ainda no
conseguiu que se reproduzissem.
Albert Libchaber
Scientists around the world, using a multitude of approaches, are
closing in on a functioning artificial cell. Does that mean they're
close to creating life in the lab?
Scientist, January 2006
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amphiphilic molecules can self-assemble into
microscopic sacs sharing some properties of
cell membranes
incorporated bacteriorhodopsins and an
ATPase into a liposome membrane to
generate ATP from light.
liposomes capable of maintaining proton
gradients
macromolecules can easily be captured in
lipid vesicles by mixing the vesicles with
the molecules, then drying and rehydrating
the mixture.
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RNA com um marcador fluorescente
vermelho absorvido numa partcula
de calcreo, encapsulada por um
vesculo de cido gordo com um
marcador fluorescente verde.

Esta estrutura formada por self-
assembly mediada pelo calcreo, e
ilustra um possvel processo pelo qual
precursores das clulas primitivas
poderiam ser formados
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Em Junho de 2007 apareceu nos media (e. g., BBC
News) uma notcia que deixou muito boa gente
estupefacta: um grupo de cientistas submeteu um
pedido de patente para um mtodo de criar um
"organismo sinttico". O pedido de patente, do Instituto
J. Craig Venter, reclama propriedade exclusiva de um
conjunto de genes e de um organismo sinttico vivo,
que pode crescer e replicar-se, feito a partir desses
genes.

http://news.bbc.co.uk/2/hi/science/nature/6733797.stm

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O termo BIOLOGIA SINTTICA apareceu pela primeira vez no ttulo de um artigo
na revista NATURE em 1913, mas desapareceu at 1980, altura em que
aplicado no mesmo sentido que a tecnologia do ADN recombinante. Hoje em dia, o
termo usado para descrever a engenharia de circuitos genticos, genomas e
memso organismos.

Algumas definies:

A biologia sinttica a engenharia de novos sistemas usando partes em que se
pode confiar. a aplicao da anlise de sistemas biolgicos para fabricar e testar
mquina biolgicas complexas.
- George Church, professor of genetics at Harvard Medical School and
Director of the Center for Computational Genetics

A definio de biologia sinttica ilusiva, com o a definio de vida. Como
fsicos, gostariamos de construir mquinas, robots, etc. o que tentamos fazer
com as molculas da vida. uma espcie de engenharia, mas h ainda muitas
questes fundamentais
-Vincent Noireaux, assistant professor of physics, University of Minnesota

"Let me ask my funding agency. ... I'll get back to you."
- Frederick Blattner, professor of genetics, University of Wisconsin,
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Alguns aspectos mais fundamentais
Biologia Morfognese biolgica
Qumica Auto-agregao, Auto-organizao
Fsica Teorias Complexidade
Matemtica Caos, Catstrofes
Lgica
Filosofia
Ren Thom
Teoria das catstrofes
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Alguns aspectos mais fundamentais (continuao)
Morfognese biolgica
Ren Thom
Teoria dos modelos
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Filosofia
Tales:
A ideia de Tales, o fundador da escola Milsia, de que a gua a
substncia fundamental, da qual todas as outras so formas
transientes. Note-se, no entanto, o aspecto crucial de que a ideia de
substncia nessa poca no deve ser interpretada no sentido
puramente material, como actualmente, mas que a Vida estava
associada e era inerente a essa substncia.
Aristteles dizia que a substncia de Tales estava cheia de deuses.
Ref: Werner Heisenberg, Physics and Philosophy: The Revolution in
Modern Science, Penguin Modern Classics.
Plato: Timeu
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1. O que a vida? E. Schrdinger (1943)
The origins of life. From the Birth of Life to the Origins of Language
John Maynard Smith and Ers Szathmry, Oxford University Press. 1999
Origins of life, Freeman Dyson, Cambridge University Press, 1999
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3
Bibliografia
Nota:
Esta foi a ltima aula da disciplina de Qumica-Fsica (em Julho de 2008) da licenciatura em
Engenharia Biolgica do Instituto Superior Tcnico.

Em Setembro de 2012, muita coisa poder estar desactualizada, na medida em que muita
investigao tem sido feita e est em curso em todas as disciplinas relevantes para o tema.
A ttulo de exemplo, sugere-se a visualizao do vdeo com uma conferncua sobre self-
replication (uma das carctersticas da matria viva) de um sistema simples. O conferencista o
fsico terico Paul Chaikin, que desde os anos de 1970 trabalha em condutores orgnicos e
conheci, e trouxe a Portugal em 1979, agora a investiigar soft matter na New York University

http://online.kitp.ucsb.edu/online/biopoly-c11/chaikin/rm/flash.html
Luis Alcacer, IST, Lisboa
mailto:alcacer@lx.it.pt
url: http://www.lx.it.pt/~alcacer/