Facultad de Ingeniera y Ciencias Agropecuarias

Carrera Ingeniera en Biotecnologa

PRINCIPIOS DE GENTICA MOLECULAR
ESTRUCTURA Y PROPIEDADES
DE LOS CIDOS NUCLEICOS
Dr. Roberto Granda
Genoma e informacin gentica
Estructura primaria del DNA.
Estructura secundaria del DNA.
Formas de molculas de DNA (B,A y Z).
Formas del RNA
Estructura terciaria del DNA
Propiedades Fsico-Qumicas del DNA.

Bibliografa:
Watson, et al. (2008). Chapter 5: The structures of DNA and RNA.
page 101.
SUMARIO
Material gentico
GENOMA:
Consiste en una larga secuencia de cido nucleico que
proporciona la informacin necesaria para construir un
organismo, producir cada protena que se emplea en las
clulas y regular su expresin en dependencia de las
necesidades.
Puede ser DNA o RNA dependiendo del organismo.
Los cidos nucleicos: PORTADORES DE LA INFORMACIN
GENTICA.
Material gentico
Ej. HUMANOS
Estructura de los cidos nucleicos
Estructura primaria Estructura secundaria
Polmeros lineales de nucletidos, cuyos grupos
fosfatos unen las posiciones 3 y 5 de azucares
consecutivos.
Estructura primaria de los cidos nucleicos
Estn formados por:
un residuo de azcar
unido por el C1 a una
base nitrogenada
y a un grupo fosfato
por el C5

Nucletidos:
Estructura primaria de los cidos nucleicos
Figure 2-26 Molecular Biology of the Cell ( Garland Science 2008)
Estructura primaria de los cidos nucleicos
NUCLETIDOS: Constituyen los bloques bsicos de los cidos
nucleicos.
Son derivados de los NUCLESIDOS
Estructura primaria de los cidos nucleicos
Nuclesidos Vs. Nucletidos
Unin de una base
nitrogenada y una
pentosa o azcar
Unin de un nuclesido
con un grupo fosfato
(dNTPs)
Estructura primaria de los cidos nucleicos
Nuclesidos Vs. Nucletidos
Estructura primaria de los cidos nucleicos
Tipos de bases nitrogenadas:
Las purinas se unen al C1 del azcar mediante un enlace N-glucosdico a
travs del N9 del anillo mientras que las pirimidinas lo hacen a travs del N1.
Las bases son las que contienen la informacin gentica
http://www.dnalc.org/resources/3d/09-5-dna-has-4-units.html
Estructura primaria de los cidos nucleicos
TIPOS DE AZCARES
cido ribonucleico (RNA) cido desoxirribonucleico
(DNA)
Figure 6-4a Molecular Biology of the Cell ( Garland Science 2008)
Estructura primaria de los cidos nucleicos
Los nucletidos se unen
unos con otros por una
reaccin entre el grupo
fosfato y el 3OH del azcar.

Forman uniones
fosfodister entre las
posiciones 3 y 5 de
azucares consecutivos.


Estructura primaria de los cidos nucleicos
Cuando hablamos de extremos de la molcula nos
referimos a las posiciones de la pentosa.
Siempre se indica en sentido 5 a 3.
Enlace libre
para una
nueva unin
de nt.
Estructura primaria de los cidos nucleicos
El proceso puede ser repetido muchas veces para dar una larga
molcula de polinucletido.
Estructura primaria de los cidos nucleicos
cido ribonucleico (RNA) cido desoxirribonucleico (DNA)
Estructura primaria de los cidos nucleicos
En 1953 Watson y Crick propusieron que el DNA era una doble
hlice, donde las dos cadenas estn asociadas por puentes de
hidrgeno entre las bases nitrogenadas.
Qu evidencias los llevaron a este planteamiento?
1.- La difraccin de rayos
X muestra que el DNA
tiene una forma de
hlice regular:
Vuelta de 34 (3.4 nm),
con un dimetro de
aproximadamente 20 (2
nm).
De acuerdo a lo anterior,
debe tener 10 nucletidos
por vuelta.
Estructura primaria de los cidos nucleicos
En 1953 Watson y Crick propusieron que el DNA era una doble
hlice, donde las dos cadenas estn asociadas por puentes de
hidrgeno entre las bases nitrogenadas.
Qu evidencias los llevaron a este planteamiento?
2.- El dimetro constante de la hlice puede ser explicado si las
bases de cada cara de la cadena estn hacia adentro y estn
restringidas de tal manera que las purinas estn siempre opuestas a
las pirimidinas, evitando as los pares purina-purina o pirimidina-
pirimidina.

3.- La proporcin de G es siempre la misma que la de C en el ADN y
las proporciones de A son siempre las mismas que las de T.
Estructura primaria de los cidos nucleicos
Fig. 5.4 Base-pairing in DNA. C in a circle
represents carbon at the 1 position of
deoxyribose. Rapley, R. (2010).
Watson y Crick (W-C)
propusieron entonces que debe
haber complementariedad:

Por tanto se llama
apareamiento de W-C y ocurre
entre Purinas y pirimidinas.
Mantienen una distancia
constante de 1=0,1nm desde
el Carbono 1 de los azcares.


Estructura primaria de los cidos nucleicos
Apareamiento de bases (o apareamiento de W-C):
DNA: A-T, G-C
RNA: A-U, G-C
Las bases pareadas se dicen que son complementarias.
Doble hlice: cadenas se asocian por interaccin entre las bases
nitrogenadas por enlaces de hidrogeno.
Estructura primaria de los cidos nucleicos
La unin por puentes de
hidrgeno es
importante para la
especificidad del
apareamiento de bases.

No obstante, se pueden
dar modificaciones que
alteran la
complementariedad
entre las bases
Molecular Biology of the Gene ( Watson 2008)
Entre las bases
pueden existir
desplazamientos de
protones de manera
que pueden tener
lugar conversiones
tautomricas de los
residuos- Influye el
pH del medio.
Las bases pueden ser modificadas
Las bases pueden ser modificadas
Los apareamientos entre tautmeros son:
1) Citosina en forma imino aparea con Adenina (y viceversa).
2) Timina en forma enol aparea con Guanina (y viceversa)
Fuente de errores de apareamiento!!!!
Estructura primaria de los cidos nucleicos
El modelo requiere
las dos cadenas de
polinuclotidos
corriendo en
direcciones
(antiparalelas)::
una en direccin
35, mientras
que la otra lo hace
en direccin
53.


Figure 4-4 Molecular Biology of the Cell ( Garland Science 2008)
Estructura primaria de los cidos nucleicos
Los grupos fosfatos
son acdicos por lo
que estn cargados
negativamente.
Por ellos el DNA tiene
carga negativa.

Fig. 6-3. Molecular Biology of the Gene ( Watson 2008)
Estructura Secundaria de los cidos nucleicos
La doble cadena de
DNA forma entonces
una hlice que le
confiere la estructura
secundaria a la
molcula
Figure 4-3 Molecular Biology of the Cell ( Garland Science 2008)
Estructura secundaria de los cidos nucleicos
Y as, Crick y Watson construyeron un
modelo de metal de dos hlices unidas
entre s por pares de cuatro molculas.
El reporte sobre el modelo en la
publicacin Nature, en 1953, di a
ambos, conjuntamente con Wilkins, el
premio Nobel de Medicina en 1962
Estructura Secundaria de los cidos nucleicos
Doble hlice enrollada:
http://material-preuniversitario.blogspot.com/2012/03/adn-como-material-
genetico-modelo-de.html
Estructura secundaria de los cidos nucleicos
Podra ser una triple
cadena en forma de hlice?

In February of 1953, A proposed structure
for the nucleic acids was published and this
paper, was the most famous mistakes in
20th-century science: The authors argued
for a triple-helical structure for DNA.
A few months later, James Watson and
Francis Crick published the correct structure
of DNA, a double helix, in Nature.





DNA Molecule: Triple Helix
http://www.dnalc.org/resources/3d/22-triple-helix.html
http://lpi.oregonstate.edu/ss03/triplehelix.html
Estructura Secundaria de los cidos nucleicos
Doble hlice enrollada, no fue hasta el ao 2012
que se pudo visualizar nuevamente:
Investigadores del Instituto Italiano de Tecnologa obtuvieron
por primera vez una fotografa del modelo de doble hlice del
ADN, esto al utilizar un microscopio electrnico.

Direct Imaging of DNA Fibers: The Visage of Double Helix. Nano
Lett., 2012, 12 (12), pp 64536458



Estructura Secundaria de los cidos nucleicos



The experimental breakthrough is the production of robust and highly ordered
paired DNA nanofibers that allowed its direct transmission electron microscopy
(TEM) imaging and the double helix structure revealing (Fuente: Nano Letters) .
Estructura Secundaria de los cidos nucleicos



La imgenes obtenidas esta ocasin son mejores a las que se
lograron en 1953, cuando se determin la estructura del ADN.
(Foto: Nano Letters )
Estructura Secundaria de los cidos nucleicos
El DNA normalmente se encuentra como una doble hlice
dextrgira o con giro a la derecha.
Conocida como Forma B o DNA B.
Se ha encontrado in vivo
Formas de molculas de DNA
DNA-B
Requiere la presencia de
iones alcalinos, como el Na
+
,
y una humedad relativa del
92 %.
Demostrada por difraccin de
rayos-X.
Tiene un aproximado de 10
bases por vueltas de la
hlice.
Formas de molculas de DNA
Grupos
fosfatos hacia
afuera:
Carga negativa
Hidroflicos
Bases
nitrogenadas
hacia
adentro:
Anillo es
Hidrofbico.
Formas de molculas de DNA
Figure 4-5b Molecular Biology of the Cell ( Garland Science 2008)
Los planos de las bases son
perpendiculares al eje de la hlice.

DNA-B
Formas de molculas de DNA
Para girar a la derecha las bases nitrogenadas hacen un giro
de propela.

Formas de molculas de DNA
Debido a que los dos enlaces glucosdicos no son diametralmente
opuestos entre s, cada par de base tiene un lado ms grande que
define el surco mayor y un lado ms pequeo que define el surco
menor.
Formas de molculas de DNA
Formas de molculas de DNA
La estructura del ADN es sorprendentemente irregular y
depende de la secuencia.
Las variaciones son importantes para la unin a secuencias
especficas del ADN de determinadas protenas relacionadas
con el procesamiento de la informacin gentica.
Giro de hlice: rotacin de las bases apareadas en sentidos
opuestos alrededor del eje mayor (apertura de la hlice).
Balanceo del par de bases: inclinacin del par de bases
como un todo con respecto a su eje mayor.

Formas de molculas de DNA
Existen por tanto otras formas de DNA, que se
forman cuando las fibras de DNA se someten a
diferentes humedades relativas.

A y B: Hlices
dextrgiras
Ms importantes porque
slo ellas son comunes
en la naturaleza.

Z: Hlice Levgira,
Forma de ms energa y
por tanto la ms
inestable.
Formas de molculas de DNA
Cuando la humedad relativa se reduce al 75 % el ADN-B sufre un cambio
conformacional reversible hacia la llamada forma A (No se ha encontrado in vivo).
Forma C: se produce a partir del ADN-B en presencia de soluciones de
sales concentradas y etiln glicol.
Forma Z: se ha sintetizado en el laboratorio pero se piensa que no existe in vivo.
Formas de molculas de DNA
Guanine-quadruplexes:
http://www.bbc.co.uk/mundo/noticias/2013/01/130121_salu
d_adn_doblehelice_gtg.shtml
"Estas estructuras pueden estar presentes cuando la clula
tiene cierto genotipo o estado disfuncional", dijo el profesor
Shankar Balasubramanian, del departamento de qumica de
Cambridge.
Se le conoce como G-quadruplex. La "G" se refiere a guanina.
Pareciera que el G-quadruplex se forma en el ADN cuando hay
mucha presencia de guanina.
Formas de molculas de DNA
Guanine-quadruplexes:
Observada al final de los
TELMEROS.

Una cadena de DNA
puede plegarse sobre s
misma para formar una
G-quadruplex
intramolecular,.

Adems, dos y cuatro
hebras de DNA pueden
ensamblarse en
estructuras dimricas y
tetramricas,
respectivamente.

Formas de molculas de DNA
Molculas lineales
Clulas eucariotas.
Cada cromosoma
contiene una nica
molcula de DNA lineal
extremadamente larga.
Molculas circulares
DNA circular nico, ms
pequeos que eucariontes.
La mayora, no todos, los
cromosomas procariontes.
Material gentico extra
cromosmicos:
Plsmidos
Mitocondrias
cloroplastos


Algunas molculas pueden ser lineales o circulares algunas veces. Ej., bacteriofago
Formas de molculas de RNA
El RNA existe generalmente en forma de simple cadena.
No obstante, a menudo contiene secuencias que son
complementarias con otras de la misma cadena.
Por tanto, puede adoptar una estructura secundaria
determinada, dependiendo de la molcula (Ej., RNAt)
Los hbridos DNA-RNA adoptan una estructura similar al DNA-A.
Formas de molculas de RNA
Estructura terciaria del DNA
El ADN no est libre dentro
de la clula, sino que est
asociado a protenas.
El objetivo es lograr el
empaquetamiento del
genoma, puesto que las
molculas de DNA son
generalmente enormes.
SU ORGANIZACIN Y
EMPAQUETAMIENTO SER
LO QUE ANALIZAREMOS
EN LA PRXIMA CLASE.
Propiedades Fsico-Qumicas del DNA
El papel del DNA
como repositorio de
la informacin
gentica depende,
en parte, de su
inherente
estabilidad.
Figure 4-5a Molecular Biology of the Cell ( Garland Science
2008)
Propiedades Fsico-Qumicas del DNA
Las dos cadenas de la doble hlice estn unidas por uniones
relativamente dbiles (no covalentes.
Por lo tanto, bajo determinadas condiciones estas se pueden
separar:
Se rompen los puentes de hidrgeno entre las bases con la
consiguiente separacin de las cadenas.
La transicin entre el estado nativo y el no nativo se conoce
como DESNATURALIZACIN.

Propiedades Fsico-Qumicas del DNA
DESNATURALIZACIN:
Condiciones fsicas:
Temperaturas superiores a las fisiolgicas (hasta 100C).
Condiciones qumicas:
pH elevados

Propiedades Fsico-Qumicas del DNA
Este es un proceso reversible si se restablecen las condiciones
ambientales: RENATURALIZACIN.
Este se aprovecha para formar molculas dplex en el
laboratorio de diferente origen, se llama HIBRIDACIN.
Puede ser entre molculas:
DNA:DNA
RNA.RNA
DNA:RNA
Solo requiere un porcentaje de homologa entre las bases.
ABSORCIN DE LA LUZ UV
El estado fsico de los cidos nucleicos est relacionado con su
capacidad de absorcin de la luz ultravioleta (UV) a 260nm
(A
260
).
Cuando el DNA se encuentra desnaturalizado las bases
desapareadas y no apiladas absorben un 37% ms que
cuando se encuentran en la estructura nativa de doble hlice.
Se conoce como: efecto hipercrmico.
La absorbancia a 260nm se puede utilizar como una medida
del estado fsico de la molcula de DNA.
Propiedades Fsico-Qumicas del DNA
ABSORCIN DE LA LUZ UV
Esquema efecto hipercrmico
Propiedades Fsico-Qumicas del DNA
Propiedades Fsico-Qumicas del DNA
DESNATURALIZACIN:
La temperatura a la cual el DNA se encuentra
semidesnaturalizado se denomina temperatura de fusin (T
m
).

Propiedades Fsico-Qumicas del DNA
ESTABILIDAD:
La estabilidad de las molculas es un factor dependiente de su
composicin, pero tambin de sus condiciones ambientales.
En esta estabilidad influye la concentracin de G-C que tenga la
molcula:
a mayor porcentaje de G-C la molcula es ms estable
debido a la caracterstica de sus enlaces.
Propiedades Fsico-Qumicas del DNA
ESTABILIDAD:
En esta estabilidad influye adems, las interacciones entre
pares de bases adyacentes (apilamiento de bases).
Interacciones de los electrones en las superficies
superior e inferior de los anillos que forman las bases.
Existen 10 posibles interacciones (Cuadro a continuacin).
Propiedades Fsico-Qumicas del DNA
Estabilidad por apilamiento
de bases
Fuerza promedio de la
interacciones: 30 kJ mol
-1
Mayores que la estabilidad conferida
por enlaces de hidrgeno (alrededor
de 4 kJ mol
-1
).
Ntese que las interacciones G/C
son ms fuertes (ms negativas) que
las de A/T.
Esto est dado porque las
interacciones son ms fuertes, no
por la cantidad de puentes de
hidrgeno.


Propiedades Fsico-Qumicas del DNA
SOLUBILIDAD:
Grupos fosfatos, zonas
aninicas, estn en contacto
con el agua.
Los grupos fosfatos ceden
sus protones al agua y se
ionizan formando
oxianiones.
Existe una fuerte atraccin
entre los oxianiones y el
agua y por tanto el DNA y
RNA son completamente
solubles.

La solubilidad es muy importante porque ellas interactan con
molculas que se encuentran en el medio acuoso de las clulas.