Eq.

Rubiscos
Ada Mara Williams| A01099420
Eugenia Brun| A01137409
Javier Villela Castrejn | A00367416
Juan Manuel Rosales | A00998308
Melissa Alvarado Ramrez| A00809899
Pedro Romero|

Generalizar un modelo de PCR propensa a error,

anteriormente descrita (Moore & Maranas, 2000), a
condiciones de eficiencia de amplificacion y tamao de
poblacin inicial variable.
OBJETIVO

Calcular la probabilidad de que una secuencia de

nucletidos sea generada en un experimento de
PCR propensa a error.

1. Matriz representando sustituciones nucletidodependientes para un solo ciclo de PCR

Mij representa la probabilidad de que el nucletido

i sea sustituido por el nucletico j.

2. Generacin de matrices para ciclos

sucesivos.

es la delta de Kronecker

3. El nmero de secuencias producidas en cada ciclo n del PCR que

corre por un total de N ciclos se calcula:

El valor ser dependiente de la eficiencia de la amplificacin, que en s

es dependiente del tamao de la poblacin inicial.
El nmero total de secuencias al final del experimento para eficiencia
de amplificacin constante y arbitraria.

Para eficiencia de amplificacin arbitraria y dependiente del ciclo de

PCR

Matriz de datos de mutacin total que representan las

probabilidades de cualquier base de haber mutado por
ciclo N.

4. La aplicacin de esta matriz a cada base en una

secuencia modelo genera una secuencia equivalente a la
seleccin aleatoria de una nica secuencia del PCR final.

variantes del modelo

MMo =1 perfecta eficiencia de amplificacin

MMc <=1imperfecta eficiencia de amplificacin
MMv eficiencia de amplificacin decreciente linealmente

a medida que crece el tamao de la poblacin de secuencias.

Variacin del
numero final de
secuencias

Variacin del
modelo ZN,n

Variacin en la media de
la distancia de Hamming
de una secuencia
generada a partir de una
plantilla

Variacin en la
probabilidad de
generar una
secuencia dada

Variacin
estocstica en los
resultados

Variacin del nmero de secuencias

Las secuencias de DNA no

crecen indefinidamente en una
manera exponencial, ya que
alcanzan un limite.
A)MMo
B)MMc. Diferentes . No es
representativo de una PCR
real. Requiere otra constante.
C) MMv. Existe un limite de
crecimiento.

 Variacin

en probabilidad de generar una

secuencia dada por modelo

Una pequea reduccin en init de 1 a 0.8

en los modelos MMc y MMv, sin cambios
en S0 resulta en bajo efecto en la
probabilidad de obtener una secuencia
prescrita sin importar el nmero de
sustituciones de nucletidos
Agregar la variable de eficiencia de
amplificacin en la forma de lmite de
tamao de poblacin en el modelo MMv (S0
= 106 ; Slimit = 108) incrementa la
probabilidad de obtener la secuencia
prescrita con menos de 15 substituciones
de
nucletidos,
pero
disminuye
enormemente
con
ms
de
15
substituciones

El modelo en el que se basa este artculo describe sistemas

que favorecen la exploracin de secuencias que se
encuentran cerca de la plantilla, as que el modelo Mmo
puede sobreestimar la capacidad experimental del RCP
propenso a error de explorar regiones distantes a la plantilla.
En conclusin, el uso del modelo Mmo puede subestimar la
verdadera tasa de mutacion del experimento

Variacin en el promedio de la Hamming distance* de

secuencias generadas

Hay un incremento linear en el

promedio de Hamming distance con
incremento en tasa de mutacin, lo
que sugiere que estimacin de tasa de
mutacin de este esquema de
muestreo ser impreciso.

Reducir la eficiencia de amplificacin

en el modelo MMc resulta en
decremento de Hamming distance. Lo
que significa que si la eficiencia de
amplificacin es baja, se reduce la
mutacin para toda la reaccin.
* En secuencias de longitud igual, es el nmero de
posiciones en que los smbolos son diferentes

Aqu se muestra el efecto de reducir la

eficiencia de emplificacin con un lmite en
poblacin experimental total para el modelo
MMv. Aqu S0 es igual a 106; y a este valor,
reducciones moderadas de 0 no tienen efecto
significativo en el promedio de Hamming
distance como proporcin de longitud de
secuencia.

En esta figura se muestra el efecto de variar S0 y

Slimit para un rango de tasa de mutacin de = 0.8.
Hay una tendencia en general del promedio de
Hamming distance de la plantilla de secuencias en
la mezcla final a disminuir si incrementa S0. Para
cualquier combinacin de S0 y Slimit; el aumento en
resulta en un promedio de Hamming distance mayor
de la plantilla para secuencias seleccioneadas
aleatoriamente de la mezcla final.