Gentica y Biologa Molecular

en Bioqumica
Primera parte: DNA

Ricardo Fujita, Ph.D.

Centro de Gentica y Biologa Molecular
Instituto de Investigacin
Facultad de Medicina USMP

Informacin Gentica

Fertilizacin

Informacin Gentica

2 X 1014 clulas adulto

2X1023 60 aos
Clulas madre

Qu molcula pasa informacin gentica?

Tiene que ser compleja, hereditaria:
Carbohidratos: azcares, polisacridos
Lpidos: cidos grasos, ceras
Acidos nucleicos: 4 nucletidos, 1 azcar, fsforo
Protenas: 20 aminocidosmas complejocandidato

Antecedentes caracterizacin
del material hereditario
Teora celular: Omnis cellula ex cellula
Mendel (informacin gentica)
Teora cromosmica de la herencia
Composicin qumica de la clula

Composicin qumica del ncleo

Protenas
Fsforo
Friedrich Miescher, 1869: ncleos y esperma citoplasma: sustancia
fosfrica poco proteica
Phoebus Levene, 1920s
[P] = [D-ribosa] = [4 bases nitrogenadas]
P:D-ribosa:base => nucleotido
Extraccin fibrilar => cadena.
Robert Feulgen, 1920, tincin nuclear especfica, cuantitativa= gametos
1/2 de otras clulas.

Informacin Gentica del Principio Transformante

Neumococos: Streptococcus neumonie Cepas en placa Petri
Rugosa (R) (inocua)
mutante no produce
mucopolicridos

Lisa (smooth S)
(patgena)
Proteccin cpsula
mucopolisacridos

Griffith, 1928

Transformacin

Virulenta

R
inocua
S muertas
inocua

R vivas + S muertas = transformacin

virulenta

Avery, McLeod y McCarty (1944)

Es DNA

En la poca (1944) se pensaba que por su complejidad, solo las protenas

podran ser el material gentico

AlfredHersheyyMartaChase
(1952).Virus bacteriofago (protena
y DNA)

32

P(rojo)

S(rojo)

35

Marcacinconradioactividad=
32
P:DNA,35S:protenas
Infeccinabacterias:
introduccindematerialgentico
Anlisisdeinteriorbacteriano:35S
siprotenas.32PsiDNA.
Soloseencuentranbacteriascon
interiormarcadoenP
CONCLUSION: corrobora DNA es material gentico

Carbonos de la desoxi/oxi
ribosa
1 Base nitrogenada
2 H (ADN) / OH (ARN)
3 OH-Interaccion con P
(5) de otro nucletido
4
5 PPP- interaccion
con OH (3) de otro
nucletido

LaformacindenucletidosdeDNA
fosfato+desoxirribosa+basenitrogenada=Deoxinucletido

5
1
3

Bases Nitrogenadas
1

23

3
2

16

5
4

98

R. Franklin y M. Wilkins, 1953

Estudios de Difraccion de rayos X
- Hlice
- bases perpendiculares al eje
- 0.34 nanometros (nm)/base-peldao
- 1 vuelta completa ~ 3.4 nm => 10 bases / vuelta
- 2 nm (20 Amstrong) de ancho

FOTO 51

 Qumica del ADN

Distancias (rayos X)
Helice (1, 2, 3?)
Esqueleto ribosafosfato
Bases perpendiculares
Chargaff [A]=[T],
[C]=[G]
Modelos moleculares
(Rompecabezas con
fierros y cartulinas)
doble cadena

Para tener 2 nm de
ancho solo se puede
arreglar de una
forma: antiparalela
A frente a T (2
enlaces de
Hidrgeno)
G frente a C (3
enlaces de
hidrgeno)
DOBLE CADENA
ANTIPARALELA

Las 2 bases complementarias son

coplanares: pares de bases
Los esqueletos azucar-fosfato estan
al exterior-barandas- (cido) y
las bases al interior-peldaos.
Las cadenas complementarias,
antiparalelas forman la

doble hlice
Cada cromosoma cientos de
millones de pares de bases.
Barandas repeticiones idnticas,
secuencia de bases: informacin
gentica

El DNA es doble cadena antiparalela

Si se conoce una hebra se conoce la otra

Toda la informacin gentica se escribe en

una secuencia 4 letras de DNA:
Inicio de replicacin
Estructura del cromosoma: telmero,
centrmero
Gen:

Exones/intrones
Inicio y final de trascripcin
Regiones promotoras
Regiones reguladoras

Secuencia Parcial del Gen de la Insulina

Qu somosdepende cmo
estamos escritos

ATTTGCAGTTCCAGTCATTGCAATTGCCATTGCCAAC

Propiedades fisicoqumicas
del DNA
Doble cadena complementaria antiparalela
A:T 2 enlaces de hidrgeno, G:C 3 (mas
fuerte)
Denaturacin: apertura de doble cadena
Renaturacin: cierre de doble cadena
Hibridacin: una hebra se aparea con otra
complementaria

Denaturacin
`3
5

5
3

Se rompen los enlaces de hidrgeno

y se separan las cadenas
Agentes qumicos (hidrxidos), alta temperatura (> 90C),
baja salinidad
Secuencias ricas en AT (doble enlace) ms fciles de
denaturar que las ricas en GC (triple enlace)

RENATURACIN

Renaturacin

Dos cadenas se aparean por reconocimiento

de bases y vuelven a formar enlaces de
hidrgeno

Hibridacin
renaturacin o apareamiento con otras molculas externas
complementarias de DNA

competencia con hebra complementaria

Apareamiento 1 vs. ?
5ACCCTAATTTAACAAAC3

5GGCCACCACGGCCC3

5GTTTGTTAAATTAGGGT3

5TGGGATTAAATTGTTTG3

Apareamientos perfectos e imperfectos

3CAAACAATTTAATCCCA5

5GTTTGTTACATTAGGGT3

5GTTTGTTAAATTAGGGT3

5GTTTGTTAAATTACAGC3

Diagnstico gentico glaucoma familia Andahuaylas

CSGE-Conformational
Sensitive Gel
electroforesis
detecta mutaciones
apareamiento
imperfecto
A
C

Normal(perfecto)
Afectado(imperfecto/heterocigoto)
GuevaraFujita,PerezGrosman,Estrada,Pawar,Vargas,Richards&
Fujita(2008).JournalofGlaucoma17:167-72

Replicacin
Principio Universal
Reproduccin individuo, preservacin especie
Objetivo: 2 copias exactas para 2 clulas hijas. De cigoto a indivduo (1014) vida
(1023).
Alta fidelidad, verificacin y reparacin: estabilidad gentica individuo y especie
Fase S ciclo celular Semiconservativa, bidireccional
Varias DNA polimerasas (varias: replicacin, reparacin, ambas)
Otras protenas reconocen DNA, estructura, mutaciones, protenas entorno celular,
etc.)
Una cadena continua y la otra discontinua (Okazaki en eucariotes cada tira tiene
distinta polimerasas y protenas)
Fallas en replicacin: enfermedades degenerativas, cncer
http://www.ucm.es/info/genetica/grupod/Replicacion/Replicacion.htm

Replicacin necesita:
Deoxinucletidos trifosfato (dNTPs): dATP, dCTP, dGTP, dTTP
Origen de replicacin (secuencia especfica). Reconocimiento
200-300 bp una cadena rica en A yTs.
DNA polimerasa: siempre sintetiza 5 -> 3 varias replicacin,
reparacin. Procariota/eucariota. Mitocondrial/nuclear.
Primer (iniciador): necesita 3OH para iniciar. RNA cebador,
DNA (virus), telomerasa, protenas (virus).
Complejo con otras protenas: ligasas, helicasa, SSB, primasa,
topoisomerasa, etc.

Origen de Replicacin

Esquema de las burbujas de

replicacin en eucariotas

(E. coli) 1 sola horquilla de replicacin 30 Genoma

4.5 millones bp (4.5 Mb)
Genoma humano (3, 200 millones de pares de bases),
cuanto tiempo? 500 horas (20 das?). Linfocitos en
cultivo 20 horas => varios puntos a la vez, 20,000
puntos, 150 kb c/u

Incorporacin de BrdU en distintos momentos

Esquema general de la replicacin

Direccin del
desenrrollamiento
topoisomerasas
helicasas
SSB (RP-A)

primer RNA

(cadena discontnua)
(cadena contnua)

Antibiticos y replicacin

Actan en precursores o maquinaria

Sulfonamidas: inhibe cido flico bacteriano
Agentes alquilantes: ciclofosfamidas, mitomicina
Arabinsidos: imita ribosa (no tiene 3OH) en
nucletido. Citarabina (antileucmicos), ara A
(antiviral). Primasa y DNA Polimerasa afectados
Inhibicin topoisomerasas: quinolonas bacterianas,
ciprofloxacina, norfloxacina. Irinotecn cncer.
Mitosis: Taxol, vinblastina, mitomicina

Irinotecan
Topoisomerasa

Tipos de mutaciones a nivel

molecular
AACGTTGACCC
Sustituciones:

AACGTCGACCC
TG

Deleciones:

AACGTACCC

Inserciones:

AACGTTAAGTGACCC

Repeticiones AACGTTGTTGTTGACCC

Causas de Mutaciones
Internas (espontneas): oxidacin, metilacin,
desaminacin, depurinacin, depirimidinacin.

Externas (inducidas): radiacin: X, , UV,policclicos

aromticos (benzopireno, humo, brea, naftalina)

Reparacin
Integridad de la informacin gentica
Funcionamiento normal
Transmisin de los caracteres
Chequeo:
Replicacin: DNA polimerasa
3endonucleassa
Reparacin de dao
Problemas de reparacin: enfermedades
degenerativas (envejecimiento celular) y cncer

Sistema de reparacin
Ms de 150 genes conocidos
Varios complejos proteicos en sistema de
recombinacin (sensores moleculares)
Homologa de genes de reparacin
conservada en evolucin
Pasos: reconocimiento, endonucleasa,
exonucleasa/helicasa, DNA polimerasa,
ligasa

Reparacinpordesigualdad
Silanuevahebraest
equivocada,cmoreconocemos
lacorrecta,(antigua?)
5CCATTGATTATT3
3GGTACCTAATAA5

Defectodeapareamiento
hebraantiguaesmetilado,nueva
todava

(BER)Escisinde1base
Depurinacin(roturade
enlaceglucosdico)espontnea
DesaminacindeAyCy
remocinporNglucosidadasa

(NER)Reparacinporescicindenucletidos
Daoavariasbases
(hasta~30)
UV:dmerosdetimina,
Daocondistorsinfsica
Xerodermapigmentosa
SndromedeCockayne

Recombinacin homloga y NO homloga

Double strand break

Non homologous
End joining

Secuencia
idntica

Secuencia
parecida

Traslocacin, inversin

Xeroderma pigmentosa

Tricotiodistrofia
Sndrome
de
Cockayne

Sndromes debidos a fallas en reparacin (1)

Sndromes debidos a fallas en reparacin (2)

hMSH2, MLH1, PMS1, 2: reconoce mal apareamiento

(mismatch)
BRCA: reconocimiento mutaciones doble hebra y supresor
de tumor (paro ciclo celular)

Mutaciones asociadas a XP, CS y TTD

9q22.3
3p25
11

13q22
5q12.3