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BCM13042

Fundamentos de Anlises de Protenas

Docentes

CliaRCarlini
CharleyC.Staats
DiogoRDemartini
HugoVerli

Smula
Aminocidosepeptdeos:estrutura;estereoqumica;propriedadesfsicoqumicas;curvade
titulao;pontoisoeltrico;ligaopeptdica
Protenas:arquiteturadeprotenas;tiposdeestruturasecundria;enovelamento;modificaes
pstraducionais;mobilidadeeletrofortica;flexibilidade;catlise
Mtodosparadeterminaodaestruturadeprotenas:RMN;cristalografiaderaiosX;Dicrosmo
circular
Espectometriademassas:metodologiasdeionizao;metodologiasdeanlise.
Mtodosparadeterminaodaquantidadedeprotenas:gravimtrico;absorbncia;
fluorescncia;ninhidrina;biureto;lowry;azuldecomassie;acidobicinchnico.
Mtodosdeseparao,purificaosesequenciamentodeprotenas,peptdeoseaminocidos:
precipitao;saltingin;saltingout;eletroforese;cromatografialiquida,ultracentrifugao;
qumicadeEdman;mtodosdeseparaodeaminocidos.

BCM13042
Fundamentos de Anlises de Protenas

22/11Aminocidosepeptdeos:Charley
23/11Estruturaedeterminaodaestruturadeprotenas:Hugo
24/11Mtodosdequantificao,anliseepurificaodeprotenas:Clia
25/11Espectrometriademassaseprotemica
29/1102/12Seminrios
1tpicopordia
5gruposportpico

Tpico1MtodosdeAnliseeCaracterizaodePeptdeos
1.
2.
3.
4.
5.

PapisBiolgicosdeDAminocidos
Determinaodesequenciadeaminocidos/peptdeos(Edman,MSMS,Dansylao)
Assinalamentodepadres(bioinformtica)
Modificaespstraducionais:tipos,funeseimpactosemanlises
Sntesedepeptdeosparaavaliaobiolgica

Tpico2MtodosdeAnliseeCaracterizaodePeptdeos
6.
7.
8.
9.
10.

Eletroforeses(1D,2D,nativa,zimogramas)
Cromatografia(trocainica,hidrofbica,fasereversa,afinidade)
Metodologiasdequantificaodeprotenas
Precipitaofracionada
MtodosImunoqumicos

Tpico3Espectrometriademassaseprotemica
11.
12.
13.
14.
15.

MudPit/GELCMS
Protemicaquantitativacomparativa
Metaloprotemica
Fosfoprotemica
Interatoma

Tpico4Determinaodeestrutura
16.
17.
18.
19.
20.

RMN
Dicrosmocircular
Fluorometria
CristalografiaRaiosX
Determinaodemotivosestruturais

BCM13042
Fundamentos de Anlises de Protenas
Avaliao
Apresentaode1itemreferenteacadatpico
Respostasaosquestionriosaplicadospeloscolegas
Cadaalunodeverformular1questosobreoitemapresentado
Osdemaisalunosdeveroescolher2questesreferentesacadatpico
pararesponder
Asquestesdevemserembasadasemumartigocientfico.Esperase
queaquestosejaformuladaapartirdeumgrficooutabelapresente
noartigocientfico.
Oautordaquestoserresponsvelpelacorreo.
Aulasserodisponibilizadasjuntoaoendereo
www.ufrgs.br/laprotox

Sorteio

Aminocidos

Estrutura geral dos


Aminocidos

Quantosaminocidosexistemem
sistemasbiolgicos?

20aminocidosdefinidosporseu
cdonnomRNA
GrupoR5gruposdistintos
2aminocidosnousuais
Inserodependedeumelemento
cisnomRNA

Polaraquoso

Apolarlipdico

Polaraquoso

Selenocystein

Pyrrolysine

Hypothetical scheme for the cotranslational insertion of pyrrolysine in response to a contextdependent UAG codon.

Ibba M , Sll D Genes Dev. 2004;18:731-738

2004 by Cold Spring Harbor Laboratory Press

Formao de pontes de enxofre

Estereoisomeros

carbonisachiralcenter

Twostereoisomersarecalled
enantiomers.
Thesolidwedgeshapedbonds
projectoutoftheplaneofpaper,
thedashedbondsbehindit.

Thehorizontalbondsprojectoutof
theplaneofpaper,thevertical
bondsbehind.

TheStereochemistryofAminoAcids

http://www.imb-jena.de/~rake/Bioinformatics_WEB/gifs/amino_acids_chiral.gif

D-aminocidos existem e so metabolizados

Serine-racemase

Daminocidosemprotenas?

Caractersticas fsico-qumicas
dos aminocidos

Absorbncia na regio UV de aminocidos aromticos

Estudos conformacionais Try fluorescence


Changes in low density lipoprotein receptor intrinsic tryptophan fluorescence upon calcium addition.

Dirlam-Schatz K A , Attie A D J. Lipid Res. 1998;39:402-411

1998 by American Society for Biochemistry and Molecular Biology

Zwitterion = on hbrido

VoetBiochemistry3e
2004JohnWiley&Sons,Inc.

Efeito sobre o pKa do ambiente qumico

Henderson/Hasselbach equation and pKa


Protonated form

Unprotonated form (conjugate base)

HA H+ + AKa = [H+] [A-] / [HA]


[H+] = Ka [HA]/ [A-]
-log [H+] = -log (Ka [HA]/ [A-])
-log [H+] = -log Ka -log ([HA]/ [A-])
pH = p Ka - log ([HA]/ [A-])

Titulao de
um
aminocido

Curva de titulao
Glutamato

Curvadetitulao>Histidina

Anelindlico

Peptdeos

Formao da ligao peptdica

Nveis estruturais das protenas

Comosedefinemestruturas
secundrias?

Distnciasinteratmicasnaligaopeptdicasso
menoresqueasdeumaligaoamidacomum

Ressonnciaeletrnica

Ligaopeptdicatem50%decarcterdeduplaligaorgidaecoplanar

ngulosderotaodacadeiapolipeptticaemtornodeumcarbonoalfa

Cadeias
laterais

E
E

F
GrficodeRamachandran

Oqueumdomnioprotico?

Procuradedomniosconservados

Localizaodaprotenapodetrazer
informaessobreasuafuno

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