C O M P U TA O N EU R A L EM

S IS TEM A S D E D N A
Universidade Federal do Cear
Departamento de Bioqumica e Biologia Molecular
Bacharelado em Biotecnologia
Tpicos em Biotecnologia IV
Renato Marques de Oliveira
Francisco Dalton Barreto de Oliveira
Beatriz Caroline Nishi
Prof. Dr. Hermgenes David de Oliveira (Tutor)

Sum rio
1. Apresentao
1. Bioinformtica e Biologia Computacional
2. Introduo - Novos recursos da informtica na Biologia
3. Sistemas de DNA
4. Origami de DNA / DNA-Spiders / DNA-Walkers

2. Elementos tericos
1. Cascatas de deslocamento de fitas de DNA
2. O modelo gangorra
3. O modelo Linear threshold gate
4. Redes Neurais
5. Implementao de neurnios artificiais

3. Mtodos Gerais
4. Aplicaes Sugeridas
1. Combate diabetes
2. Sugesto dos estudantes

Bioinform tica e Biologia

Com putacional
Genmica
Transcriptmica
Protemica
Biologia estrutural
Sistemas de expresso
Filogentica
Engenharia molecular e bioqumica
Nanorrobtica
Sistemas de DNA
3

IN TR O D U O
Em se falando de Biotecnologia, pode se admitir 2
classificaes

Biotecnologia Clssica: sistemas biolgicos (desde

biomolculas a organismos) que possuam alguma
propriedade de interesse ao homem.

Biotecnologia Moderna: relacionada velocidade

de processamento da informao gentica, que vem
progredindo junto com os avanos tecnolgicos.

Nanobiotecnologia;

Bioinformtica;
Biologia Computacional.

Nanobiotecnologia:
> manipulao de tomos e molculas
biolgicas atravs de nanomquinas e
nanopartculas,
> produo controlada de materiais em escala
nanomtrica.

Bioinformtica: armazenamento e
processamento de informaes
> coleo, comparao, recuperao e anlise de
banco de dados biolgicos em larga escala.
> montagem de bancos de dados de
informaes genticas.

Biologia Computacional:
>algoritmos computacionais
> Construo de modelos que simulem o
comportamento de novas molculas e processos
biolgicos

Biologia computacional + Bioinformtica

Utilizao de sequncia e estrutura de uma protena j

catalogada, num banco de dados
Desenvolver algoritmos computacionais para, a partir da
sequncia primria, prever a estrutura tridimensional e a
possvel funo de novas protenas.
Conforme interesse (genmica, transcriptmica, protemica,
biomedicina, etc) algumas ferramentas so amplamente
utilizadas para se criar tanto um banco de dados quanto
rvores filogenticas de genes e protenas.

BLAST & Clustal

BLAST (Basic LocalAlignm ent

Search Tool)
Algoritmos para comparar informaes de sequncias biolgicas primrias
(sequncias de aminocidos de diferentes protenas ou nucleotdeos de diferentes
sequncias de DNA).

Consulta com um banco de dados de seqncias para se comparar com sequencias

conhecidas. Comparao de sequncias para se calcular o mnimo de alteraes
nucleotdicas necessrias para determinar a interconverso entre as isoformas de
uma protena putativa

Identificar bibliotecas de seqncias que se assemelham quela consultada ou

acima de um certo grau de semelhana.
blastP(sequncias de aminocidos num banco de dados de sequncias
proteicas);
blastX (sequncia nucleotdica traduzida em todas as formas de leitura, num
banco de dados de protenas);
tblastX (sequncia de nucleotdios possveis num banco de dados proteicos),
dentre outros.

Sequncias que produziram alinhamentos significativos codificadores

da amilase em bactrias com BLAST

Stam M R et al. Protein Engineering, Design and Selection

2006;19:555-562

CLUSTAL
Alm de alinhamento, pode se construir rvores filogenticas de
uma determinada sequncia, transcrito ou protena.

ClustalW/Clustal X: "Clustal Clssico.

ClustalX : Interface de grfico do Usurio (GUI)
ClustalW: Interface de linha de comando. Com eles, pode se
alinhar protenas, RNA e DNA.

Clustal Omega: ltima verso do Clustal;

Rpido e escalvel(pode alinhar milhares de sequncias em horas)
Maior preciso devido ao modelo de alinhamento HMM.
Linha de comando s funciona on line e atualmente, s alinha
sequncias proteicas.

rvore Filogentica da Aox (Oxidase Alternativa) em plantas . 1 gene Aox1. 2: gene AOx2

Regelsberger G et al. J. Biol. Chem. 2002;277:43615-43622

rvore filogentica da Superxido dismutase portadora de Mn (Mn SOD) em

algumas cianobactrias

Sistem as de D N A
A reao mais imediata (e

Taylor, S.,
Stojanovic, M.
(2007) Is There a
Future for DNABased Molecular
Devices in Diabetes
Management? J
Diabetes Sci
Technol. 1(3): 440
444.

bastante razovel) a essa proposta

a de que tal dispositivo
molecular seja melhor discutido no
contexto de um romance de fico
cientfica, mesmo ao nvel de
demonstrao em tubos de ensaio.
Simplesmente, um comportamento
molecular dessa complexidade,
utilizando componentes no
naturais, no foi demonstrado
anteriormente.

12

Sistem as de D N A
Prope-se os portes lgicos e os

Qian, L., Winfree,

E. (2011) A simple
DNA gate motif for
synthesizing largescale circuits.
Journal of The
Royal Society
Interface. Published
online before print.
doi:10.1098/rsif.20
10.0729

catalisadores baseados em RNA e

DNA como componentes de propsito
geral para a sntese de circuitos
qumicos com aplicaes em
terapia mdica, nanotecnologia e
controle acoplado de reaes
qumicas. O progresso nesta direo
depender de certos avanos, como o
desenvolvimento de interfaces de
entrada/sada entre circuitos de DNA
e molculas relevantes para a
biomedicina, nanomquinas de
DNA e as qumicas gerais.

13

O rigam ide D N A
Soluo com mais
de 200
oligonucleotdeos
como sequncias
- staple

Aquecimento da
soluo a 95C

Anelamento das
sequncias

Lento
Resfriamento

14

O rigam ide D N A

https://www.elitenetzwerk.bayern.de/uploads/tx_temp
lavoila/1_01.gif

15

N ano-spiders

Yong, E. (2010) Enter the nano-spiders independent walking robots made of DNA.
Disponvel em
http://blogs.discovermagazine.com/notrocketscience/2010/05/12/enter-the-nano-sp
iders-%E2%80%93-independent-walking-robots-made-of-dna
/. Acessado em 11/10/2011.

Lund, K., Manzo, A., Dabby, N., Michelotty, N., Johnson-Buck, A.,
Nangreave, J., Taylor, S., Pei, R., Stojanovic, M., Walter, N., Winfree, E., Yan,
H. (2010) Molecular robots guided by prescriptive landscapes. Nature 465: 206-210

16

D N A-W alkers

David Yu Zhang. (2010) Dynamic DNA Strand Displacement Circuits

(Doctoral Dissertation). Retrieved from
http://www.dna.caltech.edu/DNAresearch_publications.html

17

Cascatas de deslocam ento de

fi
tas de D N A
Predictabilidade da termodinmica do

pareamento (modelo de WatsonCrick) .

David Yu Chang e Erik Winfree

18

Cascatas de deslocam ento de

fi
tas de D N A

19

Pesquisa recente sobre com putao em redes

neurais

20

Cascatas de deslocam ento de

fi
tas de D N A
Fita hibridizada
Fita simples em random coil

Domnio
de
ligao

Domnio
complementar

Subdomnio

21

 e - constantes de

hibridizao de e a seus
respectivos complementos.
e - constantes de dissociao
de e a seus respectivos
complementos.
- taxa com que a juno das
fitas cruza o domnio de
ligao
A cintica de produo de
calculadas a partir das outras
Y possui 50% de preciso
constantes, que so
quando as concentraes
calculadas a partir da
de e S esto abaixo de .
sequncia de nts.

A partir disso pode-se criar um modelo bimolecular com cintica de segunda orde
22

23

24

A molcula sinal se liga molcula gate

A molcula
Uma molcula
de sada
sinal
expulsa
interagedocom
domnio
uma de
atravs do seu domnio de reconhecimento
reconhecimento
molcula
e liberada
gate em soluo.
(S5), deslocando a molcula de sada (output).
atravs do domnio de apoio (T).

25

AUma
nova
Osmolcula
molcula
produtosde
dessa
sinal
sada
interage
interao
pode se
com
no
tornar
o so
gate
uma
de
detectados
molcula
limiar atravs
sinal
na reao
para
do domnio
um
com
gate
as
dediferente,
fitas
ligao
reporter,
S5,
por
caracterizando
exemplo,
deslocando
um gate
a no
o sinal
deultrapassagem
limiar
resduo
(threshold
(waste).
do gate).
limiar.

26

S5
T

S6
T*

S6*

27

O m odelo gangorra
(seesaw m odel)

fuel

LL Qian et al. Nature

doi:10.1038/nature10262

Qian L , Winfree E J. R. Soc. Interface

doi:10.1098/rsif.2010.0729

29

30

Abstract diagrams for seesaw gate circuits.

Qian L , Winfree E J. R. Soc. Interface

doi:10.1098/rsif.2010.0729
2011 by The Royal Society

Circuit diagrams and input/output behaviour of boolean logic gates.

00.4x being OFF and 0.61x being ON

Qian L , Winfree E J. R. Soc. Interface

doi:10.1098/rsif.2010.0729
2011 by The Royal Society

Circuit diagrams and input/output behaviour of boolean logic gates.

00.3x being OFF and 0.71x being ON

Qian L , Winfree E J. R. Soc. Interface

doi:10.1098/rsif.2010.0729
2011 by The Royal Society

Linear Threshold G ates

Modelo simples para a atividade

responsria dos neurnios

Imita o mecanismo matemtico de
disparo dos neurnios
teis na construo de circuitos
multicamadas
Exponencialmente mais compactos que
circuitos AND-OR-NOT
Ajudam na compreenso de
computaes cerebrais
34

Linear Threshold G ates

35

Im plem entao de neurnios artifi

ciais

36

M todos G erais
Clculo
Depende sensvelmente da energia de
da
ligao dos domnios de apoio
cintica
Bimolecul
ar

Meio
reacional

Tampo TE (Sigma-Aldrich) Tris-HCl 10 mM

pH 8 1mM EDTA-Na2 [+ 62.5 M MgCl2 para
experimentos]
Armazenamento: 4 C
Experimentao: 25 5 C

Oligonucleotdios encomendados da
Integrated DNA Technologies (IDT),
Purifica
purificados via HPLC
o dos
Concentraes determinadas por Ab 260 nm
reagentes Complexos foram purificados posteriormente
via
ND PAGE
37

Resultados e D iscusso
Aspectos
no
compreen
-didos

Dependncia da constante de hibridizao do DNA () na

sequncia do domnio de apoio
O deslocamento da juno (branch migration) modelado
como uma taxa de fenmeno nico, sem passos
intermedirios

Ajuste
dos
Parmetr
os

Constantes de velocidade ajustadas utilizando a funo

fminunc do Matlab
Resultados experimentais de Toehold Exchange mostraram
boa concordncia com as constantes ajustadas pelo
modelo bimolecular.
Espera-se viabilizar o sistema para diferentes faixas de
osmolaridade

Aplicabilidade do
modelo

Aplicao em faixas maiores de temperatura

Aplicao dos conceitos biofsicos para RNA e outros
anlogos de cidos nucleicos sintticos

38

N anorrobs de D N A no
controle da diabetes

Taylor S, Stojanovic M. (2007) Is There a Future for DNA-Based Molecular

Devices in Diabetes Management? J Diabetes Sci Technol

39

Sugesto dos estudantes para

um a aplicao

40

Sugesto dos estudantes para

um a aplicao

41

Referncias Bibliogrfi
cas

Lund, K., Manzo, A., Dabby, N., Michelotty, N., Johnson-Buck, A., Nangreave, J.,
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R.M., Pierce, N.A. (2011) NUPACK: Analysis and design of nucleic acid systems. Journal of
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42
Zhang, D.Y., Winfree, E. (2009) Control of DNA Strand Displacement Kinetics Using Toehold